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黄瓜CsWRKY32基因的cDNA克隆及生物信息学分析 预览

cDNA clone and bioinformatics analysis of CsWRKY32 in cucumber
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摘要 WRKY转录因子存在于高等植物中,广泛参与植物对生物胁迫、非生物胁迫、机械损伤以及衰老等生理过程。目前对WRKY转录因子参与生物胁迫的研究相对较多,但对于非生物胁迫的响应机制及调控的靶基因尚不明确。采用RT-PCR克隆黄瓜CsWRKY32基因的cDNA序列,并对其基因结构、蛋白的基本理化性质、结构域、和系统发育进行了分析。结果表明,CsWRKY32的cDNA开放读码框全长975bp,含有4个内含子和5个外显子,编码324个氨基酸,其中含有一个WRKY结构域,属于Ⅱ类WRKY转录因子。其编码蛋白质的分子量为36.3kDa,等电点为6.35,预测该蛋白60.9%定位于细胞核中,CsWRKY32是一个亲水蛋白。系统发育分析表明CsWRKY32与拟南芥AtWRKY40同源。本研究为进一步分析CsWRKY32基因在非生物胁迫应答中的功能奠定基础。 WRKY transcription factors exist in higher plants,WRKY are widely involved in plant response to biotic and abiotic stress,mechanical injury and senescence.In recent,there are more papers focus on WRKY involved in biotic stress,but there are little researches in abiotic stress,and the regulatory mechanism and target genes of WRKY involve in abiotic stress are still unclear.In this study,the cDNA of CsWRKY32 was cloned by RT-PCR,and the gene structure,the physical and chemical properties of protein,the sequence motif and phylogenetic tree were analyzed.The open reading frame(ORF)length of CsWRKY32 is 975 bp,including 4 introns and 5 exons encoding 324 amino acids with one WRKY motif,CsWRKY32 belongs to WRKYⅡfamily.The protein molecular weight is 36.3 kDa,and its isoelectric point is 6.35,69.9%of the predicted protein was located in the nucleus and prediction of CsWRKY32 was a hydrophilic protein.The phylogenetic analysis indicated that CsWRKY32 is homologous to AtWRKY40.These data provided useful information for further studying the gene functions in plant response to abiotic stress.
作者 张颖 刘佳 廉想 张金梅 佟德利 ZHANG Ying;LIU Jia;LIAN Xiang;ZHANG Jinmei;TONG Deli(College of Life Science,Shenyang Normal University,Shenyang 110034,China)
出处 《沈阳师范大学学报:自然科学版》 CAS 2018年第5期441-445,共5页 Journal of Shenyang Normal University: Nat Sci Ed
基金 国家自然科学基金青年科学基金资助项目(31301815,41601314) 辽宁省博士启动项目(20170520357) 辽宁省教育厅科学研究一般项目(L201610)。
关键词 黄瓜 RT-PCR 生物信息学 WRKY cucumber reverse transcription PCR bioinformatic analysis WRKY
作者简介 张颖(1984-),女,辽宁沈阳人,沈阳师范大学讲师,博士;通信作者:佟德利(1983-),男,辽宁锦州人,沈阳师范大学讲师,博士。
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