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基于辐射防护基因集的抗辐射损伤先导化合物预测
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作者 刘祯 杨晓曦 +1 位作者 王乃震 晓晨 《军事医学》 CAS 北大核心 2019年第4期252-259,共8页
目的利用基于网络的细胞反应印记整合文库(LINCS)计划的小分子化合物刺激不同细胞系的转录谱数据,构建算法评估化合物的抗辐射损伤活性,发现抗辐射损伤先导化合物。方法基于基因本体(gene ontology,GO)数据库构建辐射防护基因集,并基于... 目的利用基于网络的细胞反应印记整合文库(LINCS)计划的小分子化合物刺激不同细胞系的转录谱数据,构建算法评估化合物的抗辐射损伤活性,发现抗辐射损伤先导化合物。方法基于基因本体(gene ontology,GO)数据库构建辐射防护基因集,并基于基因集富集分析算法构建算法评估化合物的抗辐射损伤潜能,预测具有抗辐射损伤活性的先导化合物。结果建立了4个具有抗辐射损伤效果的辐射防护基因集,以及利用转录组数据预测抗辐射损伤先导化合物的方法;在32 560个小分子化合物中预测获得了299个抗辐射损伤先导化合物,其中17个已被报道具有抗辐射损伤活性。结论预测结果具有较好参考价值;预测方法速度快,成本低,可有效发现具有抗辐射损伤活性的化合物。 展开更多
关键词 先导化合物 辐射防护剂 基因表达谱 转录组数据 LINCS计划
利用长距离PCR扩增国内肠道病毒流行株基因组方法的建立和评价 预览
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作者 姜棋予 冯帆 +4 位作者 柴燕涛 孙慧伟 貌盼勇 侯俊 晓晨 《生物技术通讯》 CAS 2019年第3期326-331,共6页
目的:通过调查近年来我国肠道病毒EV-71型和柯萨奇病毒A16型流行株的全基因组序列,建立一种能够获得我国肠道病毒序列的通用扩增方法,为今后的手足口病流行病学分析、致病机理研究等打下基础。方法:收集我国近5年各地报道的肠道病毒流... 目的:通过调查近年来我国肠道病毒EV-71型和柯萨奇病毒A16型流行株的全基因组序列,建立一种能够获得我国肠道病毒序列的通用扩增方法,为今后的手足口病流行病学分析、致病机理研究等打下基础。方法:收集我国近5年各地报道的肠道病毒流行株全基因组序列作为参考序列进行比对分析,在保守区设计通用引物,利用3'RACE、长距离PCR扩增及简并引物扩增肠道病毒全基因组序列,采用IonTorrentPGM二代测序仪对扩增产物进行深度测序,以对扩增方法进行验证和评价。结果:通过比对肠道病毒流行株序列设计了通用扩增引物,经二代测序实验获得了肠道病毒全基因组序列;以系列比例模拟混合病毒感染,该扩增方法能够同时获得2株肠道病毒的全基因组序列;能够完整地揭示肠道病毒重组情况。结论:建立了针对我国近年来肠道病毒流行株的通用全基因组扩增方法,在病毒培养液中肠道病毒的提取与扩增中显示了较高的灵敏度,能够反映混合病毒感染、重组病毒的情况。 展开更多
关键词 手足口病 肠道病毒 二代测序 全基因组
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生物效应大数据评估聚类算法的并行优化
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作者 彭绍亮 杨顺云 +6 位作者 孙哲 程敏霞 崔英博 王晓伟 李非 晓晨 廖湘科 《大数据》 2018年第3期24-36,共13页
生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化... 生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析(GSEA)比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力。 展开更多
关键词 GSEA 聚类 MPI OPENMP
基于转录组大数据的抗辐射损伤化合物筛选
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作者 刘祯 洪浩 +4 位作者 文昱琦 宋欣雨 从玉文 晓晨 何松 《军事医学》 CSCD 北大核心 2018年第9期694-700,共7页
目的利用基于网络的细胞反应印记整合文库(LINCS)计划的小分子化合物扰动不同细胞系的转录谱数据,结合辐射损伤的转录谱特征,寻找具有抗辐射损伤潜能的化合物,并推荐它们在特定细胞系上的实验剂量。方法经过一系列数据处理步骤,构建了30... 目的利用基于网络的细胞反应印记整合文库(LINCS)计划的小分子化合物扰动不同细胞系的转录谱数据,结合辐射损伤的转录谱特征,寻找具有抗辐射损伤潜能的化合物,并推荐它们在特定细胞系上的实验剂量。方法经过一系列数据处理步骤,构建了30 722个小分子扰动的转录反应表达谱数据集,以及反映细胞辐射损伤特征的转录谱特征集。计算小分子化合物扰动的转录谱在辐射损伤特征集上的富集分数及P值,按照一定的筛选规则,得到具有辐射损伤防治效果的化合物列表,并依据一定规则获取其在特定细胞系上的最佳细胞实验剂量。结果建立了一套基于转录组数据的筛选抗辐射损伤化合物的筛选方法,经过筛选获得有潜在抗辐射损伤作用的287个小分子化合物,经文献调研发现其中14个已报道具有抗辐射损伤功能,雌激素类化合物在筛选结果中显著富集。结论基于转录组大数据的筛选方法能有效缩小抗辐射损伤化合物的实验范围,提高抗辐射损伤药物的发现速度。该方法基于公开数据,无需进行湿实验,具有成本低,速度快的优势,且具有开放性,可进一步增加数据,扩大筛选范围,提高筛选质量。 展开更多
关键词 辐射防护 辐射损伤 LINCS计划 小分子化合物库 药物评价 临床前
基于遗传算法的弥漫大B细胞淋巴瘤识别深度神经网络模型自动压缩
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作者 任怀胜 晓晨 应晓敏 《军事医学》 CSCD 北大核心 2018年第10期757-761,共5页
目的基于遗传算法(GA),设计弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)识别深度神经网络(DNN)模型的自动压缩.方法鉴于目前DNN的训练和模型压缩过程中涉及过多人为经验因素,提出根据已有数据集使用GA自动迭代生成最适合的网络模型,自动去除原有网络模型... 目的基于遗传算法(GA),设计弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)识别深度神经网络(DNN)模型的自动压缩.方法鉴于目前DNN的训练和模型压缩过程中涉及过多人为经验因素,提出根据已有数据集使用GA自动迭代生成最适合的网络模型,自动去除原有网络模型冗余的节点和连接,使优化后的模型更加精简.该自动压缩算法在DLBCL数据集上进行了测试,通过计算进化后的最新一代的种群适应度,选择最大适应度的个体进行结构解析,得到最适合的网络结构.结果经过自动压缩算法的优化迭代,在基本保证原有网络模型识别精度的前提下得到了大幅度精简后的网络模型.通过解析适应度最高的网络模型可见,模型层数较最初模型更加精简,模型参数数量显著降低.结论该自动压缩方法使用GA自动压缩并生成最适合的模型,简化了模型体量,提升了模型的运行速度,使之更加适合临床应用. 展开更多
关键词 深度学习 模型压缩 遗传算法 淋巴瘤 大B细胞 弥漫性
面向肿瘤精准医学的综合数据资源TCGA及其相关在线分析工具推荐 预览 被引量:1
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作者 张卓 江帅 +4 位作者 李睿江 李宛莹 李昊 陈河兵 晓晨 《中华医学图书情报杂志》 CAS 2018年第3期5-9,共5页
癌症基因组图谱(TCGA)是一个公共资助的项目,旨在编目和发现引起癌变的主要人类基因组变化,目标是创建癌症基因组的全面"图谱"。TCGA数据库收录了多种癌症组学数据,包括转录组数据、表观遗传组学数据、基因突变数据和疾病样本临床... 癌症基因组图谱(TCGA)是一个公共资助的项目,旨在编目和发现引起癌变的主要人类基因组变化,目标是创建癌症基因组的全面"图谱"。TCGA数据库收录了多种癌症组学数据,包括转录组数据、表观遗传组学数据、基因突变数据和疾病样本临床数据等,为认识肿瘤发生的相关知识提供了丰富的资源,可以帮助科研人员更好地学习和认识癌症相关领域知识并促进肿瘤精准医学的实现。调查整理了TCGA数据在线分析工具并对其进行筛选推荐,可以帮助研究人员方便地进行TCGA数据分析。 展开更多
关键词 癌症 多组学数据 精准医学 分析工具 肿瘤 基因组
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脊椎动物基因组中转录因子结合位点的分布差异比较
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作者 李宛莹 李睿江 +3 位作者 江帅 李昊 陈河兵 晓晨 《军事医学》 CSCD 北大核心 2018年第8期598-603,共6页
目的探索4种脊椎动物转录因子结合位点(TFBS)在基因组分布情况。方法使用Bowtie比对软件将4个物种高通量测序数据进行序列比对,获得染色质开放区间,基于Cis-BP数据库的转录因子模体(motif),采用FIMO算法识别染色质开放区间上TFBS区域,对... 目的探索4种脊椎动物转录因子结合位点(TFBS)在基因组分布情况。方法使用Bowtie比对软件将4个物种高通量测序数据进行序列比对,获得染色质开放区间,基于Cis-BP数据库的转录因子模体(motif),采用FIMO算法识别染色质开放区间上TFBS区域,对TFBS在基因组的分布情况、序列特征、是否存在聚集情况进行分析。结果编码基因启动子上下游区域处于开放状态的基因数目比例不同;相同TFBS在4个物种中的识别位点数目不同;4种脊椎动物TFBS在基因组分布位置相似,主要分布于基因间区、内含子区,少量分布于编码蛋白区、启动子区;4个物种的TFBS在基因组均呈现聚集分布,聚集区间长度不同,担尼鱼(斑马鱼)、黑猩猩的聚集区间长度> 2000 bp,小鼠聚集区间长度约500 bp,人的聚集区间长度约650 bp。结论 4种脊椎动物的TFBS在基因组分布大部分保守,聚集区间长度存在差别。 展开更多
关键词 脊椎动物 基因组 转录因子 结合部位
深度学习在生物医学数据中的应用 预览 被引量:1
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作者 洪浩 晓晨 李非 《医学信息学杂志》 CAS 2018年第3期2-9,共8页
介绍深度学习方法常用模型结构,包括卷积神经网络和循环神经网络模型,总结目前生物医学数据分析中深度学习的最新应用情况,分析其在数据处理、模型构建和训练方法等方面共有问题的解决方法,指出深度学习方法应用于生物医学数据分析中仍... 介绍深度学习方法常用模型结构,包括卷积神经网络和循环神经网络模型,总结目前生物医学数据分析中深度学习的最新应用情况,分析其在数据处理、模型构建和训练方法等方面共有问题的解决方法,指出深度学习方法应用于生物医学数据分析中仍需解决的问题。 展开更多
关键词 深度学习 数据挖掘 卷积神经网络 循环神经网络 临床医学
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新形势·新策略——网络药理学与中药新药研发 预览
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作者 韩露 程肖蕊 +31 位作者 晓晨 曹亮 陈纯 陈洛南 陈禹保 段大跃 方坚松 高丽 高莉 高耀 李美娜 李学军 刘艾林 刘骏 秦雪梅 Bauer RUDOLF 宋文婷 Alastair STEWART 孙蓉 孙妩弋 田俊生 王永华 王忠 魏伟 肖伟 徐峰 徐筱杰 张文娟 张媛媛 赵静 周文霞 张永祥 《中国药理学与毒理学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第11期827-828,共2页
'网络药理学与生物医药发展国际论坛'于2018年8月23-25日在江苏省连云港市召开。本次论坛由中国科协海智办、国际药理学联合会天然药物药理学分会、中国药理学会、中国药学会、江苏省科学技术协会、江苏省食品药品监督管理局和... '网络药理学与生物医药发展国际论坛'于2018年8月23-25日在江苏省连云港市召开。本次论坛由中国科协海智办、国际药理学联合会天然药物药理学分会、中国药理学会、中国药学会、江苏省科学技术协会、江苏省食品药品监督管理局和连云港市人民政府共同主办,中国药理学会网络药理学专业委员会承办,江苏康缘药业股份有限公司协办,中国药理学会网络药理学专业委员会主任委员周文霞教授和常务委员、江苏康缘药业股份有限公司董事长肖伟教授共同担任论坛主席。有来自美国、澳大利亚、奥地利、中国大陆和中国澳门等多个国家和地区的97名代表出席本次论坛。国家卫生健康委员会科技教育司监察刘登峰专员应邀参会。论坛针对国际、国内网络药理学研究的现状、最新进展和发展前沿等有关问题进行了综合讨论,展示了该研究领域的新技术、新进展和新应用。为促进国内外学术交流,本文对部分专家的观点和意见进行了整理,以期为促进我国网络药理学和生物医药研究与发展起到积极的推动作用。 展开更多
关键词 网络药理学 生物医药 中药
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生物芯概念计算——生物信息计算的新概念
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作者 刘翟 卜东波 +5 位作者 石铁流 权建校 汪德鹏 师咏勇 晓晨 韩文报 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2018年第3期341-342,共2页
生物技术的迅猛发展推动了生命科学进入大数据时代,以新一代测序技术为代表的高通量生物技术加速了生物学与计算、信息等学科的融合,大大推进了生物信息学的发展.据美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Inform... 生物技术的迅猛发展推动了生命科学进入大数据时代,以新一代测序技术为代表的高通量生物技术加速了生物学与计算、信息等学科的融合,大大推进了生物信息学的发展.据美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)最新的数据统计,相较前一年,基因组测序项目增长了49.94%,以读长数据(read)为代表的高通量核酸测序数据增长了44.37%,蛋白质序列数据增长了39.85%. 展开更多
关键词 生物技术 信息计算 CENTER 生物信息学 基因组测序 生命科学 测序技术 信息中心
基于LINCS转录组大数据的药物诱导基因共表达网络构建
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作者 宋欣雨 文昱琦 +2 位作者 刘祯 何松 晓晨 《军事医学》 CSCD 北大核心 2018年第6期424-428,共5页
目的利用基于网络的细胞反应印记整合图书馆(LINCS)计划药物扰动各细胞系的转录反应表达谱,构建基因共表达网络,探究药物的作用机制。方法经过一系列数据预处理步骤,构建583种已上市药物扰动的转录反应表达谱数据集。计算每个药物刺激... 目的利用基于网络的细胞反应印记整合图书馆(LINCS)计划药物扰动各细胞系的转录反应表达谱,构建基因共表达网络,探究药物的作用机制。方法经过一系列数据预处理步骤,构建583种已上市药物扰动的转录反应表达谱数据集。计算每个药物刺激不同细胞系下的所有基因之间的Pearson相关系数及P值,按一定的筛选和合并规则,分别构建了14个不同治疗属性药物刺激下的基因共表达网络。选取在14个共表达网络中同时出现的共表达关联基因对,构成一个核心的药物诱导基因共表达网络。结果基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析结果表明,14个不同治疗属性药物刺激下的基因共表达网络既有相同的富集主题,也有特异的富集主题。核心的药物诱导的基因共表达网络显著富集在神经活性配体受体相互作用等信号通路以及编码男性组织特异性蛋白的基因上。结论药物诱导的基因共表达网络有助于更好地理解药物的作用机制。 展开更多
关键词 药物设计 药物反应 基因共表达 LINCS计划 转录因子 基因调控网络 细胞系
基于高通量测序数据的快速病毒物种分析工具
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作者 苏亚男 李非 +1 位作者 晓晨 倪铭 《军事医学》 CSCD 北大核心 2018年第3期220-226,共7页
目的基于高通量测序技术,开发一款轻量级的、使用方便的快速病毒鉴定工具。方法构建本地化的病毒核酸序列数据库,对大型公共数据库中的病毒核酸序列,按同源性进行去冗余等处理。基于该数据库,实现自动化的数据库比对、de novo拼接和再... 目的基于高通量测序技术,开发一款轻量级的、使用方便的快速病毒鉴定工具。方法构建本地化的病毒核酸序列数据库,对大型公共数据库中的病毒核酸序列,按同源性进行去冗余等处理。基于该数据库,实现自动化的数据库比对、de novo拼接和再比对的生物信息学流程,解读数据中病毒的信息。采用Django框架,对数据库、流程和结果进行封装,使用中文操作界面,并采取一键出结果的方式,用图表的形式在浏览器端展示病毒分析结果。结果该工具可安装运行于普通个人计算机。利用5例腺病毒非培养样本高通量测序数据(1.78 Gbp)和5例埃博拉病毒非培养样本数据(0.93 Gbp)进行测试,分别在2.9和67.9 min完成整个分析流程,并返回正确、易读的病毒物种的分析结果。结论该工具部署方便、操作简单,可快速实现病毒物种水平的鉴定,适用于生物安全事件的快速响应,为病毒病原体进一步确证和研究提供依据和参考。 展开更多
关键词 病毒鉴定 病毒数据库 高通量测序 埃博拉病毒 酶联免疫吸附测定 聚合酶链反应 计算生物学
Y-STR位点数和允许错配数对Y-STR数据库排查的影响
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作者 任子林 刘海 +5 位作者 王升启 杨雅冉 吴可 晓晨 倪铭 严江伟 《中国法医学杂志》 CSCD 2018年第5期489-492,共4页
目的 探讨在不同位点数和允许错配数的条件下,Y-STR数据库家系排查结果的假阴性率、假阳性率以及排查结果人数分布的情况,为实际应用提供参考依据。方法 对河南省Y-STR数据库中60 066名匿名无关男性的Y-STR基因型进行随机抽取和排查。... 目的 探讨在不同位点数和允许错配数的条件下,Y-STR数据库家系排查结果的假阴性率、假阳性率以及排查结果人数分布的情况,为实际应用提供参考依据。方法 对河南省Y-STR数据库中60 066名匿名无关男性的Y-STR基因型进行随机抽取和排查。对每个抽取个体的基因型,根据中国汉族人群Y-STR突变率模拟突变,并分别按照8个、11个、16个、25个Y-STR位点组合的基因型,以及不同的Y-STR允许错配数,同数据库进行比对,并重复上述过程。最后根据大量重复模拟排查的结果,统计各种情况下排查结果人数分布、假阴性率和假阳性率。结果 在河南省Y-STR数据库中,使用8个、11个、16个、25个Y-STR进行比对,在允许错配位点小于或等于2个的条件下,假阴性率(漏比率)分别为0.000 2%、0.000 36%、0.001 35%和0.026 7%;返回的查询结果人数在5个以内的概率为分别为33.01%、53.20%、87.97%和99.70%。结论 本文通过大规模模拟排查实验,评估了不同Y-STR位点数和不同条件下的排查返回结果,可供实际应用参考。 展开更多
关键词 法医遗传学 Y-STR数据库 家系排查 假阴性率 假阳性率
基于高通量测序技术的微生物检测数据分析方法 被引量:5
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作者 周子寒 彭绍亮 +1 位作者 晓晨 李非 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第1期58-69,共12页
高通量测序技术的发展正在逐渐改变诸多生物学领域的研究方法.为应对突发疫情以及新发未知微生物威胁的需求,微生物鉴定技术逐渐从传统的物理化学方法及核酸杂交等分子水平方法进一步走向利用无需培养的测序数据进行快速分析检测.随... 高通量测序技术的发展正在逐渐改变诸多生物学领域的研究方法.为应对突发疫情以及新发未知微生物威胁的需求,微生物鉴定技术逐渐从传统的物理化学方法及核酸杂交等分子水平方法进一步走向利用无需培养的测序数据进行快速分析检测.随之而来的是对高通量数据分析在精度及速度的要求.基于高通量测序数据的微生物检测数据分析方法在近些年得到了快速的发展.本文分析了目前基于高通量测序数据的微生物检测数据分析方法,对其数据分析的处理流程和计算方法进行了研究,比较了各个微生物检测数据分析方法的特点及适用场景.最后结合本实验室工作总结微生物检测数据分析方法在实际应用中可能遇到的问题,希望对该应用领域的研究有一定的参考意义. 展开更多
关键词 高通量测序 微生物检测 数据分析方法 性能评测
化学中的计算——DNA计算的发展与模型概述 被引量:1
15
作者 尹晓尧 李非 +2 位作者 晓晨 骆志刚 左小磊 《化学进展》 CSCD 北大核心 2017年第11期1297-1315,共19页
电子计算机的发展给人类社会进步带来了极大的推动作用,但是随着电子计算机制造工艺趋于极限,人们迫切需要找到一种新的计算体系来满足日益增长的计算需求。DNA计算因其超强的信息存储、大规模的并行计算能力和超低的能耗而受到了广泛... 电子计算机的发展给人类社会进步带来了极大的推动作用,但是随着电子计算机制造工艺趋于极限,人们迫切需要找到一种新的计算体系来满足日益增长的计算需求。DNA计算因其超强的信息存储、大规模的并行计算能力和超低的能耗而受到了广泛的关注。自1994年Adleman博士在实验室利用DNA完成了一个6顶点哈密尔顿路求解问题开始,各种计算模型纷纷涌现。本文首先对DNA计算的基本原理和实验操作手段进行了简单的介绍,然后对DNA相关的理论进行了阐述,包括DNA计算中序列编码设计的理论、DNA计算模型复杂度分析与通用计算能力的证明;在此基础上,对突破性的DNA计算模型进行了概括,进而根据实验操作的具体手段将所有已知模型进行了分类,按照类别进行了综述,并随后挑选了该类别中经典的模型进行更为直观的分析。更进一步,在文章的最后,结合笔者的工作对DNA计算领域的前景进行了展望。 展开更多
关键词 DNA计算 NP难问题 并行重叠组装模型 粘贴模型 剪接模型 DNA Tile自组装 生化信号 逻辑门
LINCS——面向转化医学的细胞反应大数据计划 被引量:2
16
作者 黄昕 何松 +2 位作者 刘阳 白卉 晓晨 《生物化学与生物物理进展》 CSCD 北大核心 2017年第11期1041-1043,共3页
近十几年来,基因芯片、转录组测序、蛋白质组等技术的发展是极大地推动了生物医学研究的重要手段.通过基因和蛋白质表达谱分析可以发现疾病发生与发展的关键分子、辅助辨识诊断标志物和药物治疗靶标.然而,传统的组学分析主要关注显著差... 近十几年来,基因芯片、转录组测序、蛋白质组等技术的发展是极大地推动了生物医学研究的重要手段.通过基因和蛋白质表达谱分析可以发现疾病发生与发展的关键分子、辅助辨识诊断标志物和药物治疗靶标.然而,传统的组学分析主要关注显著差异表达基因,由于噪声的影响,差异表达分析往往带来较多的假阳性.近年来,基因表达谱关联图谱分析逐渐成为基因表达谱分析的另一重要途径. 展开更多
关键词 生物医学 细胞反应 表达谱分析 转化 基因芯片 差异表达基因 差异表达分析 蛋白质组
生物医学数据分析中的深度学习方法应用 被引量:10
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作者 李渊 骆志刚 +4 位作者 管乃洋 尹晓尧 王兵 晓晨 李非 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第5期472-483,共12页
生物医学数据的积累速度史无前例,为生物医学研究带来机遇的同时,也让传统数据分析技术面临巨大挑战.本文综述了深度学习方法应用在生物医学数据分析中的最新研究进展.首先阐述了深度学习方法,列举深度学习方法的主要实现模型,随后总结... 生物医学数据的积累速度史无前例,为生物医学研究带来机遇的同时,也让传统数据分析技术面临巨大挑战.本文综述了深度学习方法应用在生物医学数据分析中的最新研究进展.首先阐述了深度学习方法,列举深度学习方法的主要实现模型,随后总结了目前生物医学数据分析中的深度学习方法应用情况,分析了在数据处理、模型构建和训练方法等方面共有问题的解决方法,最后给出了深度学习方法应用于生物医学数据分析时可能存在的问题及建议. 展开更多
关键词 深度学习 高通量组学 临床医学 数据挖掘
面向药物发现和精准医疗的基因表达谱分析 被引量:2
18
作者 刘阳 白卉 +4 位作者 陶欢 何松 黄昕 晓晨 王升启 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第10期923-935,共13页
作为功能基因组学中重要的组成部分,基因表达谱在生物学、医学和药物研发等多个领域发挥着重要作用.特别是随着精准医疗概念的提出,整合多组学数据用于个性化医疗是未来的发展趋势.本文从基因表达谱的基本概念出发,重点介绍面向药物发... 作为功能基因组学中重要的组成部分,基因表达谱在生物学、医学和药物研发等多个领域发挥着重要作用.特别是随着精准医疗概念的提出,整合多组学数据用于个性化医疗是未来的发展趋势.本文从基因表达谱的基本概念出发,重点介绍面向药物发现的基因表达谱分析方法,即基于关联图谱的方法、基于基因调控网络的方法和基于多组学数据整合的方法.系统整理了各种方法的研究进展,特别是在抗癌药物研发领域的最新进展,为利用基因表达谱数据进行药物研发提供方法借鉴. 展开更多
关键词 基因表达谱 关联图谱 整合网络细胞印记库 基因调控网络 多组学融合 精准医疗
基因表达谱大数据在抗癌药物研发中的应用
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作者 刘阳 白卉 晓晨 《大数据》 2016年第5期22-31,共10页
作为功能基因组学中重要的组成部分,基因表达谱在生物学、医学和药物研发等多个领域发挥着重要作用。特别是随着精准医疗概念的提出,整合包括基因表达谱在内的多组学数据用于个性化医疗是未来的发展趋势。从抗癌药物研发背景出发,介绍... 作为功能基因组学中重要的组成部分,基因表达谱在生物学、医学和药物研发等多个领域发挥着重要作用。特别是随着精准医疗概念的提出,整合包括基因表达谱在内的多组学数据用于个性化医疗是未来的发展趋势。从抗癌药物研发背景出发,介绍了基于细胞扰动表达谱的大数据分析方法,并且总结了其在抗癌药物研发中的应用。 展开更多
关键词 基因表达谱 关联图谱 整合网络细胞印记库 抗癌药物研发
粪微生态移植治疗溃疡性结肠炎的初步研究 被引量:14
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作者 任荣荣 孙刚 +11 位作者 杨云生 彭丽华 张修礼 王淑芳 窦艳 张晓梅 王子恺 晓晨 刘庆森 李闻 范南南 马欣 《中华内科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期411-415,共5页
目的 通过对溃疡性结肠炎(UC)患者实施粪微生态移植(FMT)治疗,探讨FMT治疗UC的方法、初步疗效和安全性.方法 对7例确诊的活动期UC患者行内镜下FMT治疗,记录治疗前后临床症状、实验室检查改变,用Mayo评分评估疾病缓解情况.供体为经... 目的 通过对溃疡性结肠炎(UC)患者实施粪微生态移植(FMT)治疗,探讨FMT治疗UC的方法、初步疗效和安全性.方法 对7例确诊的活动期UC患者行内镜下FMT治疗,记录治疗前后临床症状、实验室检查改变,用Mayo评分评估疾病缓解情况.供体为经过严格筛查的健康个体,当日采集新鲜粪便制备粪微生态移植物,经结肠镜、胃镜或两者联合于6h内灌入患者肠道内.结果 7例活动期UC患者病程0.5 ~24.0(9.1±8.5)年;1例行3次FMT,1例行2次FMT,5例行单次FMT;随访时间30 ~210(98.6 ±70.8)d.7例患者经FMT治疗后临床指标均有明显好转,Mayo评分分别降低7、4、6、5、6、9、9分.部分患者FMT治疗后出现一过性发热、腹泻、腹胀等症状,可自行缓解;1例患者出现机会致病菌奇异变形菌和白念珠菌感染,经抗菌药物治疗后治愈;未见其他严重不良反应.结论 FMT具有明显的临床疗效,安全性较高,是治疗活动期UC一项有前景的技术;但其长期疗效、不良反应等问题有待进一步研究. 展开更多
关键词 结肠炎 溃疡性 治疗 临床研究性 粪微生态移植
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