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PCR-DGGE对长江河口八种野生鱼类肠道菌群多样性的比较研究 预览 被引量:25
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作者 李可俊 管卫兵 +2 位作者 张延 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS 2007年第3期 268-269,272,共3页
目的分析长江河口捕获的8种野生鱼类的肠道菌群多样性的差异并观察这种差异与食性的联系。方法采用PCR-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术,DGGE图谱用PCA(principal component analy-sis)方法进行分析。结果建立... 目的分析长江河口捕获的8种野生鱼类的肠道菌群多样性的差异并观察这种差异与食性的联系。方法采用PCR-DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术,DGGE图谱用PCA(principal component analy-sis)方法进行分析。结果建立了长江口8种鱼野生条件下肠道菌群的DGGE指纹图谱,观察到它们在野生条件下的肠道菌群的差异。其中,营底栖生活的舌鰕虎鱼的肠道菌群和其他7种野生鱼有着明显的差异,其他7种鱼的肠道菌群多样性的差异与它们的食性差异相关。结论PCR-DGGE技术是一种能够快速有效地分析研究鱼类肠道菌群结构的技术。8种野生鱼的肠道菌群的结构有明显的差别,并且食性差异大的鱼类之间肠道菌群差异也更为明显 展开更多
关键词 鱼类 肠道菌群 PCR—DGGE 16S RRNA
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错配识别蛋白MutS的研究及应用进展 预览 被引量:3
2
作者 全智勇 《生命科学》 2006年第4期 380-384,共5页
错配修复(mismatch repair system,MMR)系统维护着遗传物质的稳定性。错配识别蛋白MutS是错配修复系统行使修复功能的第一个蛋白,具有识别并结合错配的能力。MutS蛋白具有特异性结合错配的特殊功能,在检测突变和SNP的研究中具有很... 错配修复(mismatch repair system,MMR)系统维护着遗传物质的稳定性。错配识别蛋白MutS是错配修复系统行使修复功能的第一个蛋白,具有识别并结合错配的能力。MutS蛋白具有特异性结合错配的特殊功能,在检测突变和SNP的研究中具有很大的应用潜力。近年来已有一些报道介绍了Muts蛋白的一些方法,虽然这些方法还有待改进,但MutS应用前景仍然十分诱人。 展开更多
关键词 错配修复 错配识别 MutS突变 单核苷酸多态性
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钩端螺旋体蛋白质相互作用网络预测与系统分析 被引量:1
3
作者 孙景春 +4 位作者 曹建平 刘琪 郭晓奎 石铁流 李亦学 《科学通报》 CAS 北大核心 2006年第9期1049-1057,共9页
问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病.该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础.本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测... 问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病.该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础.本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测钩端螺旋体赖株蛋白质相互作用网络.对运动和趋化系统、信号传导系统、脂多糖生物合成以及黏附、侵袭等有关蛋白质之间的相互作用进行了详细分析.除此以外,根据蛋白质的相互作用网络以及功能分类,预测了203个未知蛋白质可能的功能.这不仅为进一步研究钩端螺旋体赖株的致病机制提供了一个资料,也为在基因组范围内应用生物信息学方法研究微生物提供了一个实例. 展开更多
关键词 问号钩端螺旋体 蛋白质相互作用网络基因融合法 基因邻居法 系统发生谱法 操纵子法
一种新的核蛋白CTCF-多功能转录调节物 预览
4
作者 张圣滢 赵耕春 《自然杂志》 北大核心 2005年第2期 94-98,共5页
CTCF是进化上高度保守的含有11-锌指(ZF)模体的DNA-结合核蛋白.它通过其11-ZFs与~50 bp DNA靶位点的结合形成不同的CTCF-DNA复合体,产生正常基因调节功能,包括转录抑制和活化、激素调节的基因沉默、甲基化-依赖的染色质绝缘以及调节亲... CTCF是进化上高度保守的含有11-锌指(ZF)模体的DNA-结合核蛋白.它通过其11-ZFs与~50 bp DNA靶位点的结合形成不同的CTCF-DNA复合体,产生正常基因调节功能,包括转录抑制和活化、激素调节的基因沉默、甲基化-依赖的染色质绝缘以及调节亲本印迹(parental imprinting)位点. 展开更多
关键词 核蛋白 CTCF 基因调节 锌指
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大规模蛋白质相互作用数据的分析与应用 被引量:11
5
作者 孙景春 +1 位作者 李亦学 石铁流 《科学通报》 CAS 北大核心 2005年第19期2055-2060,共6页
蛋白质相互作用在生命活动中起着重要的作用. 目前已开发出几种实验和计算方法能够得到大规模蛋白质相互作用数据. 但是, 与传统的实验结果相比, 蛋白质相互作用大规模数据中存在着比例较高的假阳性. 为了能够充分利用这些数据, 需要建... 蛋白质相互作用在生命活动中起着重要的作用. 目前已开发出几种实验和计算方法能够得到大规模蛋白质相互作用数据. 但是, 与传统的实验结果相比, 蛋白质相互作用大规模数据中存在着比例较高的假阳性. 为了能够充分利用这些数据, 需要建立生物信息学方法对这些数据进行系统的评价, 进而提高数据的可信度, 并从中挖掘出有价值的生物信息. 本文对目前蛋白质相互作用大规模数据的计算分析和应用进行了总结, 包括蛋白质相互作用数据评估方法、与蛋白质其他信息的关系以及在生物学研究中的应用, 并提出了开发分析和挖掘蛋白质相互作用数据工具的主要方向, 以期有助于这些数据的研究和应用. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 生物信息学 蛋白质组 蛋白质功能预测 生物途径 研究和应用 大规模数据 生物学研究 计算方法 生命活动
大规模蛋白质功能预测方法的进展 预览 被引量:1
6
作者 曾岚 +1 位作者 李亦学 石铁流 《生命的化学》 CAS 北大核心 2005年第1期 4-7,共4页
全基因组测序的快速发展在获得大量序列信息的同时也迫切需要获取功能信息,用生物信息学方法进行大规模蛋白质功能预测在这种需求中获得发展.这些预测方法从基于序列同源性发展到基于genomic-context获得功能相关蛋白质对.基于genomic-c... 全基因组测序的快速发展在获得大量序列信息的同时也迫切需要获取功能信息,用生物信息学方法进行大规模蛋白质功能预测在这种需求中获得发展.这些预测方法从基于序列同源性发展到基于genomic-context获得功能相关蛋白质对.基于genomic-context的方法具体有基因融合、染色体邻近、相似系统发生谱等.由于各种方法的偏向性,最新的趋势是整合多种方法的数据,组成蛋白质相互作用网络,通过分析网络的结构进行蛋白质功能预测. 展开更多
关键词 功能预测:genomic—context 网络
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预测转录单位基础上的原核生物启动子预测 被引量:5
7
作者 林建成 +1 位作者 骆建华 李亦学 《生物化学与生物物理学报:英文版》 SCIE CAS 北大核心 2003年第4期 317-324,共8页
启动子及转录单位预测对于了解基因间的功能及相互间的调节关系具有重要的作用,这方面的研究一直是生物信息学的一个重要方向,但预测的淮确率一直都很有限。本文建立了在转录单位预测基础上进行原核生物启动子预测的新方法,首先根据... 启动子及转录单位预测对于了解基因间的功能及相互间的调节关系具有重要的作用,这方面的研究一直是生物信息学的一个重要方向,但预测的淮确率一直都很有限。本文建立了在转录单位预测基础上进行原核生物启动子预测的新方法,首先根据基因间距离、功能关系及多基因比对结果来进行转录单位预测,得到了比较理想的结果,而且对于研究得比较透和研究得较少的基因组都适用。其后在转录单位预测结果基础上进行启动子预测则采用了隐Markov链模型,并在Markov链中考虑状态驻留时间。结果显示,该方法能有效地预测出启动子序列及其位置,准确率达到70%以上。 展开更多
关键词 生物信息学 转录单位 预测 原核生物 启动子 基因 操纵子 隐马尔可夫链模型
性的进化:起源和维持 预览 被引量:1
8
作者 林苑 贺林 《生命科学》 2002年第4期 197-200,共4页
有性繁殖是真核生物生命周期的一个普遍特征.然而,在解释有性繁殖的这种普遍存在时却遇到了许多的困难,包括雄性的双重损失和重组负荷等.那么,有性繁殖是如何起源和维持的?人们提出了许多可能解释的假说,但是到目前为止还没有一个明确... 有性繁殖是真核生物生命周期的一个普遍特征.然而,在解释有性繁殖的这种普遍存在时却遇到了许多的困难,包括雄性的双重损失和重组负荷等.那么,有性繁殖是如何起源和维持的?人们提出了许多可能解释的假说,但是到目前为止还没有一个明确的答案.作者就众多的理论做一个简明综述. 展开更多
关键词 有性繁殖 重组 进化优势
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黄鳝性别决定与SRY基因不相关 预览 被引量:12
9
作者 张勇 陈淳 +1 位作者 顾建新 《自然科学进展:国家重点实验室通讯》 北大核心 2001年第4期 365-367,共3页
以人和鼠的SRY片断为探针与黄鳝基因组DNA进行杂交,发现雌雄黄鳝中均有相同的杂交带.用一对SRY基因保守区HMG box的引物,在雌雄黄鳝的基因组DNA中均扩增出约200bp片段.将此片断克隆测序后发现雌雄个体中此片断仅相差1个bp,且与人的SRY基... 以人和鼠的SRY片断为探针与黄鳝基因组DNA进行杂交,发现雌雄黄鳝中均有相同的杂交带.用一对SRY基因保守区HMG box的引物,在雌雄黄鳝的基因组DNA中均扩增出约200bp片段.将此片断克隆测序后发现雌雄个体中此片断仅相差1个bp,且与人的SRY基因HMG盒基因极相似.以该片段与雌雄个体的RNA进行Northern杂交未能检测到杂交带,RT-PCR反应扩增出一条微弱的200 bp片段.以上结果表明:在雌雄黄鳝的基因组DNA中均存在SRY同源片断;黄鳝中的SRY同源片断可能与其性别无直接关系,而是具备其他功能,由此推测低等脊椎动物的性别决定可能由其他基因控制. 展开更多
关键词 黄鳝 性别决定 SRY基因 杂交带 分子生物学方法 RT-PCR反应 SRY同源片断
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轴突导向分子及受体结构与功能进展 预览 被引量:3
10
作者 张勇 陈淳 +1 位作者 顾建新 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS 北大核心 2001年第3期 318-321,共4页
在神经发育过程中,轴突导向分子引导轴突选择正确途径,从而成功到达靶区.近年有关轴突导向分子及其受体的研究进展迅速,主要介绍了Netrin-DCC和UNC5,semaphorin-neuropilins和plexins,Slit-robo,Eph受体酪氨酸激酶及其配体的结构和功能.
关键词 轴突导向分子 Netrin-DCC UNC5 受体 神经元
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哺乳动物性别决定的研究进展 预览 被引量:3
11
作者 张勇 陈淳 +1 位作者 顾建新 《生物工程进展》 2001年第3期 26-29,共4页
近年来,人们对与哺乳动物性别决定相关的SRY、SOX 9、SF-1、WT1和DAX-1基因的结构、功能和产物之间的相互作用进行了一系列的研究,使人们对哺乳动物的性别决定分子机制的探索又向前推进了一步,这将对发育生物学和性别决定的进化研究起... 近年来,人们对与哺乳动物性别决定相关的SRY、SOX 9、SF-1、WT1和DAX-1基因的结构、功能和产物之间的相互作用进行了一系列的研究,使人们对哺乳动物的性别决定分子机制的探索又向前推进了一步,这将对发育生物学和性别决定的进化研究起到推动作用. 展开更多
关键词 性别决定 哺乳动物 SRY SOX9 SF-1 WT1 DAX-1 基因表达
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哺乳动物性别决定和性反转 预览 被引量:12
12
作者 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS 北大核心 1998年第1期 30-36,共7页
目前已知SRY仅是涉及性别决定过程的基因之一。近年来又发现和克隆了许多可能参与性腺分化与发育的基因,如副中肾抑制基因MIS,也称抗副中肾激素基因,AMH;SRY相关基因SOX9;编码甾类因子的基因SF1;X连锁泊DA... 目前已知SRY仅是涉及性别决定过程的基因之一。近年来又发现和克隆了许多可能参与性腺分化与发育的基因,如副中肾抑制基因MIS,也称抗副中肾激素基因,AMH;SRY相关基因SOX9;编码甾类因子的基因SF1;X连锁泊DAX基因;Wilm′s肿瘤抑制基因WT1;以及X-连锁的剂量敏感基因DSS等,并建立了性别决定的Z-基因模型,DSS基因模型和Jimenez等的模型,较合理地解释了哺乳动物性别决定的分子 展开更多
关键词 性别决定 性反转 哺乳动物 基因模型
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金黄色葡萄球菌核酸酶及其突变体酶动力学性质的比较 预览
13
作者 蔡勤 《上海交通大学学报》 EI CAS 北大核心 1997年第4期 93-97,共5页
将金黄色葡萄球菌核酸酶的类似物及其不同点突变体的基因进行表达,经Bio-Rex70柱层析及尿处理进行分离纯化,在SDS-PAGE上显示一条蛋白带,相对分子质量约为17kD。测试了它们的比活力,Km,Vmax,Ki等酶... 将金黄色葡萄球菌核酸酶的类似物及其不同点突变体的基因进行表达,经Bio-Rex70柱层析及尿处理进行分离纯化,在SDS-PAGE上显示一条蛋白带,相对分子质量约为17kD。测试了它们的比活力,Km,Vmax,Ki等酶动力学参数。结果表明,SNaseR与SNase的催化活性无显著差异,但SNaseR对底物的亲和力明显增加。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 核酸酶 突变体 酶动力学
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黑爪异鲵LDH同工酶谱系的研究 预览 被引量:11
14
作者 马学海 《动物学报》 SCIE CAS 1996年第2期 182-188,共7页
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳对黑爪异鲵12种组织的LDH同工酶谱系进行了研究,酶谱呈5带型,但在雄性肝中出现了LDH-C带,在精巢中未发现,相对迁移率为B>A>C。 经比较分析,其ldh-C基因表达的组织特异性和性别特异性... 采用聚丙烯酰胺凝胶电泳对黑爪异鲵12种组织的LDH同工酶谱系进行了研究,酶谱呈5带型,但在雄性肝中出现了LDH-C带,在精巢中未发现,相对迁移率为B>A>C。 经比较分析,其ldh-C基因表达的组织特异性和性别特异性不仅证实黑爪异鲵是小鲵科中一个较原始的类群,且表明ldh-C基因这种表达调控方式在进化中为鱼类与鸟类。哺乳类之间的一种过渡类型。 展开更多
关键词 黑爪异鲵 两栖纲 小鲵科 乳酸脱氢酶 同功酶
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中国仓鼠卵细胞二氢叶酸还原酶基因在大肠杆菌中的高效表达 预览
15
作者 蔡勤 《遗传》 CAS 北大核心 1996年第5期 27-30,共4页
本工作采用PCR法将哺乳动物表达载体pSVA75上的中国仓鼠卵细胞二氢叶酸还原酶基因扩寺后插入到原核生物高效表达质粒pBV221中,构建成胞内表达载体pDHFR-1,经转化大肠杆菌后高效表达,表达量占总蛋白量的12.... 本工作采用PCR法将哺乳动物表达载体pSVA75上的中国仓鼠卵细胞二氢叶酸还原酶基因扩寺后插入到原核生物高效表达质粒pBV221中,构建成胞内表达载体pDHFR-1,经转化大肠杆菌后高效表达,表达量占总蛋白量的12.2%。利用这种方法不仅为深入研究该酶的结构和功能的关系及其新生肽链的折叠提供丰富的实验材料,而且也有希望成为较好的外源DNA原核扩增表达系统。 展开更多
关键词 基因表达 二氢叶酸还原酶 中国仓鼠卵细胞
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细胞周期和调控因子 预览 被引量:1
16
作者 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS 北大核心 1995年第2期 102-107,共6页
近期对细胞周期控的研究获得了突破性进展,人们深入地研究了周期蛋白家族和pp^34蛋白家族在周期调控中的作用及二者之间的相互关系,同时还发现了很多与无关的调控因子,它们彼此相互作用,形成了极为复杂的级联调控网络。
关键词 周期蛋白 调控因子 有丝分裂周期
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黄鳝性逆转过程中同工酶的分析研究:I.雌雄个体不同组织的同工酶分析 预览 被引量:15
17
作者 马飞 《遗传学报》 SCIE CAS 1994年第2期 104-111,共8页
作者采用三种垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳对雌雄黄鳝6种组织的乳酸脱氢酶(LDH)、酯酶(EST)进行了研究。结果表明LDH同工酶谱为细带型,可分为3区8条带,其迁移率率为A>B>C,其中C4仅出现在心、脑和肌肉中。LDH... 作者采用三种垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳对雌雄黄鳝6种组织的乳酸脱氢酶(LDH)、酯酶(EST)进行了研究。结果表明LDH同工酶谱为细带型,可分为3区8条带,其迁移率率为A>B>C,其中C4仅出现在心、脑和肌肉中。LDH在肝中表达甚微。EST同工酶显示3区7条带。黄鳝的同工酶有明显的组织较明显。在两性中的表达也存在一定的差异,这种差异EST比LDH明显;肝、肾和性腺比其它组织较明显。这两种同工酶在雌性 展开更多
关键词 黄鳝 性逆转 乳酸脱氢酶 同功酶
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采用分裂阻断法研究黄鳝的核型和减数分裂 预览 被引量:1
18
作者 潘红春 李光敏 《水生生物学报》 CAS 北大核心 1994年第2期 164-169,共6页
本实验采用在黄鳝腹腔内注入秋水仙素,然后取未成熟性腺进行空气干燥法制片,Giemsa染色,获得了较好的性原细胞有丝分裂中期相,同时还观察到减数分裂阻断后的各期分裂相。并发现黄鳝的第九对染色体在后期I提前分离;在减数分... 本实验采用在黄鳝腹腔内注入秋水仙素,然后取未成熟性腺进行空气干燥法制片,Giemsa染色,获得了较好的性原细胞有丝分裂中期相,同时还观察到减数分裂阻断后的各期分裂相。并发现黄鳝的第九对染色体在后期I提前分离;在减数分裂过程中出现多倍性终变期和二倍性不减数细胞,后者为鱼类多倍体育种提出了新的思路。本实验用性原细胞有丝分裂中期相和联合复合进行了核型分析,结果与前人研究结果相符。 展开更多
关键词 黄鳝 减数分裂 染色体组型
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三个芍药品种的核型比较 预览 被引量:4
19
作者 李煜照 《安徽大学学报:自然科学版》 CAS 1990年第2期90-94,共5页
关键词 芍药 核型 品种 随体
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一个腓骨肌萎缩家族 被引量:1
20
作者 《安徽大学学报:自然科学版》 CAS 1989年第3期 59-61,共3页
本文报道一个腓骨肌萎缩家族,调查涉及四代,其中有5人患病(4男,1女)根据家谱分析,本症符合常染色体显性遗传规律。
关键词 腓骨肌 显性遗传 常染色体 萎缩
全文增补中
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