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基于Ⅱ型毒素–抗毒素系统构建ε–聚赖氨酸合成酶的链霉菌稳定表达载体 预览
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作者 周奕阳 李鹏 +3 位作者 谭之磊 邓子新 贾士儒 《湖南农业大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期149-153,共5页
鉴于ε-聚赖氨酸发酵过程对抗生素压力条件的依赖,尝试基于Ⅱ型毒素-抗毒素系统(relBE2sca)构建无选择压力下稳定表达ε-聚赖氨酸的淀粉酶产色链霉菌表达系统:将抗毒素基因 relB2sca与ε-聚赖氨酸合成酶基因pls克隆至表达载体,并导入淀... 鉴于ε-聚赖氨酸发酵过程对抗生素压力条件的依赖,尝试基于Ⅱ型毒素-抗毒素系统(relBE2sca)构建无选择压力下稳定表达ε-聚赖氨酸的淀粉酶产色链霉菌表达系统:将抗毒素基因 relB2sca与ε-聚赖氨酸合成酶基因pls克隆至表达载体,并导入淀粉酶产色链霉菌pls缺失突变株,将毒素基因relE2sca整合至淀粉酶产色链霉菌的染色体(突变株YY3),获得包含ε-聚赖氨酸稳定表达的突变株YY1。经过多次传代,相比对照组,在不含抗生素压力条件下,突变株YY1依然能够稳定地合成ε-聚赖氨酸。毒素蛋白RelE2sca的表达会导致变铅青链霉菌、阿维链霉菌和链霉菌FR-008等常用链霉菌异源表达宿主的死亡,提示基于Ⅱ型毒素-抗毒素系统(relBE2sca)可作为一种通用的遗传标记。 展开更多
关键词 链霉菌 表达载体 Ⅱ型毒素–抗毒素系统 ε–聚赖氨酸合成酶 质粒稳定性
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一株含有5个原噬菌体的单增李斯特菌比较基因组分析 被引量:1
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作者 王旭 李骏 +3 位作者 张昭寰 潘迎捷 赵勇 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期670-685,共16页
单增李斯特菌是一种重要的人畜共患病原菌,对食品安全和人类健康造成了严重威胁,但现阶段对其进化规律的研究仍相对较少。本研究运用Illumina测序技术对一株中国单增李斯特菌WAX12的基因组进行了测定,并通过比较基因组学分析了该菌... 单增李斯特菌是一种重要的人畜共患病原菌,对食品安全和人类健康造成了严重威胁,但现阶段对其进化规律的研究仍相对较少。本研究运用Illumina测序技术对一株中国单增李斯特菌WAX12的基因组进行了测定,并通过比较基因组学分析了该菌的微进化规律。结果表明:WAX12的基因组与Finland1998相似度最高,但两者基因组间存在135个基因的差异,主要集中在WAX12的原噬菌体上。进一步分析可知,WAX12的基因组携带5个原噬菌体,除原噬菌体1外,其余4个原噬菌体均未存在于Finland 1998中。原噬菌体3和原噬菌体5来源于其他单增李斯特菌的基因组,而原噬菌体2和原噬菌体4则分别来自于大肠杆菌和粪球菌。由此可见,原噬菌体是该单增李斯特菌微进化的主要原因,而这种微进化的发生不仅限于同一种属的细菌之间,还可能源于不同种属细菌间的基因转移。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 比较基因组学 微进化 原噬菌体
细菌基因组序列中ε-聚赖氨酸合成酶的生物信息学识别与分析 被引量:3
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作者 王静 谭之磊 +2 位作者 毕德玺 贾士儒 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2495-2504,共10页
【目的】ε-聚赖氨酸的合成由ε-聚赖氨酸合成酶(Pls)所控制,考察Pls在细菌中的分布和保守的序列特征。【方法】基于Pls的作用机制,在蛋白序列中识别与底物结合和缩合相关的结构域,以及决定底物特异性的氨基酸残基,进而在已测序... 【目的】ε-聚赖氨酸的合成由ε-聚赖氨酸合成酶(Pls)所控制,考察Pls在细菌中的分布和保守的序列特征。【方法】基于Pls的作用机制,在蛋白序列中识别与底物结合和缩合相关的结构域,以及决定底物特异性的氨基酸残基,进而在已测序基因组中预测Pls。【结果】发现110个已测序的基因组中编码113个预测的Pls,主要分布在放线菌中,也在两株革兰氏阴性菌中被发现,一些亲缘性较高菌株的Pls一致性较高。【结论lPls在放线菌中可能广泛分布。Pls的腺苷化、巯基化和底物缩合结构域有相对较高的序列保守性,而跨膜结构域和Linker区相对不保守。 展开更多
关键词 Ε-聚赖氨酸 ε-聚赖氨酸合成酶 生物信息学识别
利用不同G+C含量细菌基因组评估细菌ncRNA基因预测工具 被引量:1
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作者 刘林梦 温权 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2583-2592,共10页
【目的】为识别已完成全测序细菌基因组中的ncRNA基因,对3个常用ncRNA预测工具s RNAPredict、PORTRAIT和s RNAscanner进行评估。【方法】选择了细菌ncRNA数据库BSRD收录的含有已知ncRNA基因数目大于30的9个细菌基因组,并按基因组G+C含... 【目的】为识别已完成全测序细菌基因组中的ncRNA基因,对3个常用ncRNA预测工具s RNAPredict、PORTRAIT和s RNAscanner进行评估。【方法】选择了细菌ncRNA数据库BSRD收录的含有已知ncRNA基因数目大于30的9个细菌基因组,并按基因组G+C含量进行分类,比较s RNAPredict和PORTRAIT工具的预测准确性。提取不同G+C含量基因组中ncRNA基因转录起始和终止区的序列特征,对s RNAscanner预测结果进行评估。【结果】s RNAPredict对细菌ncRNA基因的预测特异性和阳性检出率均高于PORTRAIT,而敏感性则较差;两种工具预测效果均随基因组G+C含量不同而产生明显变化。在不同G+C含量的细菌基因组中,ncRNA基因启动子和终止子区域的序列特征有明显差异。利用这些序列特征能提高s RNAscanner预测ncRNA基因的平均水平。【结论】3种ncRNA基因工具预测效果随基因组G+C含量变化而不同。不同G+C含量基因组中ncRNA基因的转录起始和终止区特征可作为ncRNA基因预测的重要参数之一。 展开更多
关键词 细菌ncRNA基因 基因组G+C含量 转录起始区域 转录终止区域 预测
链霉菌基因组中放线菌型整合性接合元件的识别 被引量:1
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作者 徐珍 毕德玺 +4 位作者 李鹏 谭之磊 邓子新 贾士儒 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期2259-2270,共12页
【目的】链霉菌染色体重组和外源DNA片段插入是影响其遗传多样性的主要因素。旨在考察放线菌型整合性接合元件(AICE)在链霉菌遗传多样性中所发挥的作用。【方法】基于AICE的特征性模块, 采用隐马尔科夫模型预测链霉菌基因组序列中的AI... 【目的】链霉菌染色体重组和外源DNA片段插入是影响其遗传多样性的主要因素。旨在考察放线菌型整合性接合元件(AICE)在链霉菌遗传多样性中所发挥的作用。【方法】基于AICE的特征性模块, 采用隐马尔科夫模型预测链霉菌基因组序列中的AICEs。【结果】在已全测序的12条链霉菌染色体和35个质粒中, 共识别出29个AICEs, 其中12个为首次报道。Streptomyces coelicolor基因组中发现了4个AICEs, 而其近缘的Streptomyces lividans却没有。【结论】AICEs都整合在链霉菌染色体的核心区, 且都具有典型的整合环出、复制和接合转移等核心模块, 这些可自行转移的元件在链霉菌基因组可塑性中扮演了重要角色。 展开更多
关键词 链霉菌基因组 放线菌型整合性接合元件 隐马尔科夫模型
链霉菌基因组岛和次生代谢物合成相关的生物信息学工具及数据库 被引量:4
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作者 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1909-1919,共11页
随着DNA测序技术的进步,迄今为止已有12个链霉菌基因组被测序。面对海量组学的数据,急需采用生物信息学方法来大规模深度挖掘这些重要微生物资源,进而实现链霉菌资源挖掘和代谢潜力释放的深度互动。围绕链霉菌基因组比较分析中菌株... 随着DNA测序技术的进步,迄今为止已有12个链霉菌基因组被测序。面对海量组学的数据,急需采用生物信息学方法来大规模深度挖掘这些重要微生物资源,进而实现链霉菌资源挖掘和代谢潜力释放的深度互动。围绕链霉菌基因组比较分析中菌株特有的基因组岛和次生代谢物生物合成基因簇的识别及功能解析等两个常见问题,本文收集了近期开发的一些常用生物信息学工具和二级数据库。以链霉菌染色体核心区和两臂的划分、天蓝色链霉菌和变铅青链霉菌基因组岛的识别、卡特利链霉菌巨型质粒的鉴别为例,简介了这些生物信息学资源的使用方法。此外,还简述了我们课题组进行放线菌型整合性接合元件识别和开发硫肽生物合成基因簇预测新工具的一些尝试。生物信息学工具和二级数据库在链霉菌基因组比较分析中有重要作用,可将研究重点迅速地聚焦在某株菌的可移动遗传元件和次生代谢物生成基因簇上,确定其对应的菌株特有表型,及解析新型化合物生物合成和调控机理。 展开更多
关键词 生物信息学 链霉菌基因组岛 整合性接合元件 次生代谢物生物合成 硫肽基因簇
利用酵母同源重组系统克隆肺炎克雷伯菌基因组岛
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作者 易梅 陈楠 +6 位作者 张杰 贺新义 蒋晓飞 贾士儒 邓子新 秦广雍 《上海交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第1期9-14,共6页
利用酵母同源重组系统克隆耐药性条件致病菌肺炎克雷伯菌的基因组岛.具体方法为:对20株从临床中分离的肺炎克雷伯菌进行体外tRIP PCR扩增以搜索外源基因组岛;利用酵母同源重组系统构建作用于arg6 tRNA基因位点的酵母捕捉载体YCV6并克... 利用酵母同源重组系统克隆耐药性条件致病菌肺炎克雷伯菌的基因组岛.具体方法为:对20株从临床中分离的肺炎克雷伯菌进行体外tRIP PCR扩增以搜索外源基因组岛;利用酵母同源重组系统构建作用于arg6 tRNA基因位点的酵母捕捉载体YCV6并克隆该位点的基因组岛.结果表明:在该20株肺炎克雷伯菌中,arg6 tRNA基因位点的tRIP PCR结果都是1.2 kb,没有筛选到大基因组岛插入;所构建的酵母捕捉载体YCV6携带了2个1.8 kb的靶序列,分别与肺炎克雷伯菌arg6 tRNA基因位点两侧的保守序列同源;将线性化的载体YCV6与肺炎克雷伯菌临床株HS04044的总DNA一起转入酵母细胞,利用酵母同源重组克隆临床菌株HS04044染色体上插入arg6位点的小基因组岛.该位点特异性的捕捉载体YCV6可用于克隆肺炎克雷伯菌临床株染色体插入arg6位点的外源DNA序列. 展开更多
关键词 基因组岛 酵母捕捉载体 重组克隆 肺炎克雷伯菌
细菌纤维素发酵培养基的优化 预览 被引量:26
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作者 贾士儒 马霞 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期 18-22,共5页
采用Plackett-Burman设计法、响应面分析和最速增长途径法,对Acetobacter xylinum X-2静态发酵培养基进行了优化.在确定初始浓度远离最优水平后,寻求到最优区域.发酵培养基在最优区域时,A.xylinum X-2细菌纤维素的产量达到4.6 g/L,比其... 采用Plackett-Burman设计法、响应面分析和最速增长途径法,对Acetobacter xylinum X-2静态发酵培养基进行了优化.在确定初始浓度远离最优水平后,寻求到最优区域.发酵培养基在最优区域时,A.xylinum X-2细菌纤维素的产量达到4.6 g/L,比其初始区域的结果提高1倍. 展开更多
关键词 细菌纤维素 P1ackett-Burman设计法 发酵培养基 优化 微生物发酵 酒精生产
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丝状菌发酵过程中菌体形态变化 预览 被引量:1
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作者 赵树欣 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2002年第8期 73-77,共5页
借助图像分析系统可以对丝状菌发酵过程中菌丝体面积、菌丝体几何特性、絮状物群体、细胞体积等进行特征化描述,并建立量化菌体形态的方法.文中还介绍了利用计算机识别方法进行菌种的分离筛选,以及操作参数与菌体形态的关系.
关键词 丝状菌 发酵过程 菌体形态变化 计算机识别
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细菌纤维素结构与性质的初步研究 预览 被引量:26
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作者 贾士儒 +2 位作者 马霞 林立 张凯瑞 《纤维素科学与技术》 CAS CSCD 2002年第3期 25-30,共6页
对A. xylinum X-2的发酵产物进行纤维素酶水解液的纸层析实验,发现样品的Rf值与标准葡萄糖液的Rf值相近,水解液主成分为葡萄糖.通过对细菌纤维素的的X-射线衍射图谱和固体CP/MAS 13C-NMR谱分析,表明细菌纤维素结晶度高,Iα/Iβ比例大.... 对A. xylinum X-2的发酵产物进行纤维素酶水解液的纸层析实验,发现样品的Rf值与标准葡萄糖液的Rf值相近,水解液主成分为葡萄糖.通过对细菌纤维素的的X-射线衍射图谱和固体CP/MAS 13C-NMR谱分析,表明细菌纤维素结晶度高,Iα/Iβ比例大.对细菌纤维素干膜进行渗透性实验,发现干膜透气性小,透湿性大,结构致密,含有大量极性基团. 展开更多
关键词 细菌纤维素 结构 性质 制备 纸层析实验
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细菌纤维素在草浆纸中应用的探讨 预览 被引量:10
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作者 贾士儒 张恺瑞 +2 位作者 胡惠仁 谢来苏 《中国造纸学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第2期 74-77,共4页
利用电子显微镜观察了细菌纤维素的微观结构,其为典型的空间网络结构.利用显微镜观测纤维素湿膜打浆分散成单根纤维的横断面形态,末端呈锯齿型,其有利于纤维的分丝帚化.在浆料中加入细菌纤维素能够有效地提高填料的一次留着率.在苇浆中... 利用电子显微镜观察了细菌纤维素的微观结构,其为典型的空间网络结构.利用显微镜观测纤维素湿膜打浆分散成单根纤维的横断面形态,末端呈锯齿型,其有利于纤维的分丝帚化.在浆料中加入细菌纤维素能够有效地提高填料的一次留着率.在苇浆中加入10%(g/g)的细菌纤维素可提高裂断长22%,耐破指数8%,撕裂指数5%. 展开更多
关键词 细菌纤维素 草浆纸 造纸 苇浆 纸张品质
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