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分子对接与分子动力学计算模拟概论 预览
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作者 李博 刘书霞 +2 位作者 房森彪 陈禹 胡文祥 《比较化学》 2019年第1期1-10,共10页
随着现代生命科学的快速发展,计算生物学已逐步成为现代生命科学研究的核心学科和方法之一。计算生物学从蛋白质序列预测蛋白质三维结构以及动力学特征,到研究生物大分子结构与功能的关系、生物大分子之间相互作用以及生物大分子与配体... 随着现代生命科学的快速发展,计算生物学已逐步成为现代生命科学研究的核心学科和方法之一。计算生物学从蛋白质序列预测蛋白质三维结构以及动力学特征,到研究生物大分子结构与功能的关系、生物大分子之间相互作用以及生物大分子与配体的相互作用,促进了蛋白质工程、蛋白质设计和计算机辅助药物设计的发展。 展开更多
关键词 计算生物学 分子对接 分子动力学 受体 配体 分子设计
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基于高通量测序的2型糖尿病易感基因靶向测序panel设计及临床应用
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作者 李春瑞 邢玉华 +2 位作者 裴智勇 刘满姣 陈禹 《中国糖尿病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期91-97,共7页
目的利用高通量测序(NGS)和多重PCR技术设计基于扩增子的靶向测序panel,对T2DM易感基因进行测序,并评估其与T2DM患者临床特征的关系。方法通过Illumina测序平台,设计多重PCR扩增的靶向测序panel,对16个T2DM易感基因21个SNP位点进行测序... 目的利用高通量测序(NGS)和多重PCR技术设计基于扩增子的靶向测序panel,对T2DM易感基因进行测序,并评估其与T2DM患者临床特征的关系。方法通过Illumina测序平台,设计多重PCR扩增的靶向测序panel,对16个T2DM易感基因21个SNP位点进行测序。收集1043份确诊T2DM患者的外周血DNA样本进行检测。结果 PCR扩增子在不同样本之间的测序深度具有良好的可重复性,且不同扩增子测序数据分布具有高度一致性,除rs864745和rs712523外,测序深度达到1000×以上。18个SNP位点差异均有统计学意义(P<0. 05)。结论通过NGS技术,利用基于扩增子的靶向测序panel进行T2DM易感基因检测的可行性和实用性,验证了KCNQ1、CDKAL1、CDKN2B是T2DM发病的风险基因。 展开更多
关键词 糖尿病 2型 易感基因 多重PCR 二代测序 靶向测序panel 全基因组关联研究
不同垫料对SPF级KM小鼠学习记忆能力的影响
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作者 胡建武 李树梅 +4 位作者 梁俊仕 余光祯 李亮 武会娟 陈禹 《实验动物科学》 2019年第3期13-17,共5页
目的探讨非专业加工制作的麦秸垫料、玉米芯垫料、刨花垫料和纸质垫料对SPF级昆明小鼠(KM)学习记忆能力的影响差异,以及不同垫料对小鼠行为学的影响。方法选用SPF级KM小鼠24只,分别使用麦秸垫料、刨花、玉米芯和纸质垫料饲养8周后,开展M... 目的探讨非专业加工制作的麦秸垫料、玉米芯垫料、刨花垫料和纸质垫料对SPF级昆明小鼠(KM)学习记忆能力的影响差异,以及不同垫料对小鼠行为学的影响。方法选用SPF级KM小鼠24只,分别使用麦秸垫料、刨花、玉米芯和纸质垫料饲养8周后,开展MORRIS水迷宫行为学实验,考察其行为学的变化和学习记忆能力的差异。结果麦秸组学习记忆能力增加明显高于刨花组(P<0.05);水迷宫实验期间,各组增重差异不显著。定位航行实验结果显示,麦秸组第5 d的逃避潜伏期显著低于其余三组(P<0.05),其余时间段差异无显著性;空间探索实验结果显示麦秸组小鼠穿过原平台位置的次数、游泳时间均多于其余三组。结论不同垫料对水迷宫实验中KM小鼠的体质量影响较小,麦秸垫料对KM小鼠学习记忆能力的影响优于刨花垫料和玉米芯垫料,建议将麦秸垫料作为实验动物接触性垫料推广使用。 展开更多
关键词 垫料 KM小鼠 水迷宫实验 学习记忆
新形势·新策略——网络药理学与中药新药研发 预览
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作者 韩露 程肖蕊 +31 位作者 伯晓晨 曹亮 陈纯 陈洛南 陈禹 段大跃 方坚松 高丽 高莉 高耀 李美娜 李学军 刘艾林 刘骏 秦雪梅 Bauer RUDOLF 宋文婷 Alastair STEWART 孙蓉 孙妩弋 田俊生 王永华 王忠 魏伟 肖伟 徐峰 徐筱杰 张文娟 张媛媛 赵静 周文霞 张永祥 《中国药理学与毒理学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第11期827-828,共2页
'网络药理学与生物医药发展国际论坛'于2018年8月23-25日在江苏省连云港市召开。本次论坛由中国科协海智办、国际药理学联合会天然药物药理学分会、中国药理学会、中国药学会、江苏省科学技术协会、江苏省食品药品监督管理局和... '网络药理学与生物医药发展国际论坛'于2018年8月23-25日在江苏省连云港市召开。本次论坛由中国科协海智办、国际药理学联合会天然药物药理学分会、中国药理学会、中国药学会、江苏省科学技术协会、江苏省食品药品监督管理局和连云港市人民政府共同主办,中国药理学会网络药理学专业委员会承办,江苏康缘药业股份有限公司协办,中国药理学会网络药理学专业委员会主任委员周文霞教授和常务委员、江苏康缘药业股份有限公司董事长肖伟教授共同担任论坛主席。有来自美国、澳大利亚、奥地利、中国大陆和中国澳门等多个国家和地区的97名代表出席本次论坛。国家卫生健康委员会科技教育司监察刘登峰专员应邀参会。论坛针对国际、国内网络药理学研究的现状、最新进展和发展前沿等有关问题进行了综合讨论,展示了该研究领域的新技术、新进展和新应用。为促进国内外学术交流,本文对部分专家的观点和意见进行了整理,以期为促进我国网络药理学和生物医药研究与发展起到积极的推动作用。 展开更多
关键词 网络药理学 生物医药 中药
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网络药理学对生物医药发展的作用 预览
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作者 陈禹 《中国药理学与毒理学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第11期844-845,共2页
网络药理学是基于系统生物学和多向药理学等多学科理论,运用各种组学、高通量筛选、网络可视化和网络分析等多种技术,揭示'药物-基因-靶点-疾病'之间复杂的网络关系,选取特定信号节点进行多靶点药物分子设计的新学科。
关键词 网络药理学 生物网络 多向药理学 药物重定位
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药用植物保育云服务平台设计与实现 被引量:1
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作者 闫鹏程 张占江 +3 位作者 裴智勇 付延婷 陈禹 刘彤 《中国生物工程杂志》 CSCD 北大核心 2017年第11期37-44,共8页
药用植物资源是中医药事业和生物医药产业赖以生存和发展的重要资源,同时也是我国的中医药文化遗产的载体。而药用植物资源的保育工作是药植资源可持续性开发与应用的基础。随着生物信息学与信息化技术的快速发展,利用包括云计算在内的... 药用植物资源是中医药事业和生物医药产业赖以生存和发展的重要资源,同时也是我国的中医药文化遗产的载体。而药用植物资源的保育工作是药植资源可持续性开发与应用的基础。随着生物信息学与信息化技术的快速发展,利用包括云计算在内的新兴信息化技术,在传统种质资源保护与管理等方面的应用越来越多,然而,在药用植物资源保育方面还有待开发与应用。利用云计算、数据库应用及生物信息学等相关技术,对我国药用植物资源的保育数据进行信息化及平台建设,构建药用植物保育云服务平台系统。该系统通过收集、整理和加工药用植物资源信息,开展药用植物数据信息化与应用开发,完成药用植物保育云服务平台,可提供药用植物保护及新物种培育等方面信息查询服务。该平台对于药用植物研究相关的数据标准化、保育学科研究,以及信息共享与服务,具有较为重要的应用价值与社会意义。 展开更多
关键词 药用植物 保育 云平台 WEB应用 生物信息学
2型糖尿病口服降糖药药物基因组学研究进展 被引量:3
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作者 邢玉华 裴智勇 陈禹 《中国糖尿病杂志》 CSCD 北大核心 2017年第8期748-755,共8页
T2DM是一种常见的慢性代谢疾病,其病因复杂,由环境因素和遗传因素共同作用引起。目前,治疗T2DM的口服降糖药主要有双胍类,磺脲类,TZDs,氯茴苯酸类等几大类。已经确定一些基因与T2DM的发展和治疗效果有关。人类基因组中个体间的差... T2DM是一种常见的慢性代谢疾病,其病因复杂,由环境因素和遗传因素共同作用引起。目前,治疗T2DM的口服降糖药主要有双胍类,磺脲类,TZDs,氯茴苯酸类等几大类。已经确定一些基因与T2DM的发展和治疗效果有关。人类基因组中个体间的差异会影响T2DM发展趋势和同一药物疗法的个性化反应。药物基因组学研究的重点是基因单核苷酸多态性及其对药物疗效和毒性的个性化反应的影响。T2DM的药物基因组学研究对于精准医学以及个性化用药的应用具有重要的意义,改善糖尿病治疗效果。本文对糖尿病治疗药物及其相关的基因多态性信息进行综述。 展开更多
关键词 糖尿病 2型 药物基因组学 基因多态性 抗糖尿病药物 精准医学
Syntaxin8蛋白在胃癌组织中的表达及临床意义 预览 被引量:1
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作者 马丽 陈禹 +3 位作者 薛建波 徐涛 仝建军 安云鹤 《中国现代普通外科进展》 CAS 2017年第7期535-538,共4页
目的:探讨突触融合蛋白8(STX8)在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法:收集62例胃癌患者术后胃癌及癌旁组织,采用免疫组织化学染色和Western blot方法检测STX8的蛋白表达,并分析STX8表达与胃癌临床病理的关系。结果:免疫组织化... 目的:探讨突触融合蛋白8(STX8)在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法:收集62例胃癌患者术后胃癌及癌旁组织,采用免疫组织化学染色和Western blot方法检测STX8的蛋白表达,并分析STX8表达与胃癌临床病理的关系。结果:免疫组织化学结果显示,STX8在胃癌组织中阳性表达,在大部分癌旁胃组织中为阴性表达,差异有统计学意义(P〈0.05);Westernblot检测发现胃癌组织中STX8蛋白表达水平明显高于癌旁组织。相关分析发现syntaxin8在胃癌组织中的高表达与患者性别、年龄、肿瘤大小、TNM分期及胃癌侵袭转移无关,但与发生远处转移相关。结论:STX8在胃癌组织中异常高表达,可能与胃癌的发生发展相关,也可能是潜在的胃癌分子诊疗靶点。 展开更多
关键词 胃癌 突触融合蛋白8
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生物信息学技术及其在肾脏病研究中的应用 预览 被引量:2
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作者 陈禹 闫鹏程 《中华肾病研究电子杂志》 2017年第1期14-19,共6页
高通量组学技术的快速发展获得了海量不同类型的生物分子数据。生物信息学技术的快速发展则帮助我们可以深入解读如此庞大的数据,理解生命或疾病发生过程中潜在的分子机制。高通量组学技术与生物信息学技术已经在肾脏病研究中得到了广... 高通量组学技术的快速发展获得了海量不同类型的生物分子数据。生物信息学技术的快速发展则帮助我们可以深入解读如此庞大的数据,理解生命或疾病发生过程中潜在的分子机制。高通量组学技术与生物信息学技术已经在肾脏病研究中得到了广泛应用,帮助我们更好地理解肾脏病发生的遗传基础和背后的生物学过程。随着高通量组学技术和生物信息学技术的快速发展,多种组学数据的整合生物信息学分析将为肾脏病的病理过程、早期诊断及治疗决策研究提供帮助。本文中,主要讨论生物信息学技术与高通量组学技术应用的进展,并以多种肾脏病研究为例介绍了相关方法的应用。 展开更多
关键词 生物信息分析 基因组学 转录组学 代谢组学 肾脏病
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不同人群2型糖尿病的易感基因分析研究进展 预览 被引量:3
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作者 裴智勇 刘满姣 陈禹 《国际检验医学杂志》 CAS 2017年第24期3434-3439,共6页
随着现代生物医学研究与技术的发展,尤其是基因组学与生物信息学的进展,使得人们对人类疾病的成因及相关因素的研究越来越明晰。2型糖尿病(T2DM)是一种多基因遗传异质性疾病,病因复杂,发病率高,知晓率低,严重者伴有动脉粥样硬化、肾衰... 随着现代生物医学研究与技术的发展,尤其是基因组学与生物信息学的进展,使得人们对人类疾病的成因及相关因素的研究越来越明晰。2型糖尿病(T2DM)是一种多基因遗传异质性疾病,病因复杂,发病率高,知晓率低,严重者伴有动脉粥样硬化、肾衰竭、失明、神经病变等并发症,已经成为影响人们健康状况和生活质量的主要疾病之一。T2DM占糖尿病90%以上,在我国发病率接近10%,从特征上看,属于典型的复杂疾病[1-2]。研究表明,疾病的发生与遗传因素有关,大多数疾病是多种环境因素和遗传体质共同作用的结果。基因与疾病的发生有着重要关系,根据易感基因的基因频率与影响效应的大小,可以大体上把遗传疾病分为两大类,一类为孟德尔遗传病,特点是基因频率低,有时低于1%,而影响效应大,如乳腺癌、阿尔茨海默症等[3-4]。另一类疾病一般统称为复杂疾病,其特点是相关基因数量多,且有基因频率并不低,多不是极稀有变异,从单个基因看,影响效应大小不一,情况复杂,大体上呈现多基因微效,大多数慢性病属于这一类,如糖尿病、高血压、心血管疾病等[5-6]。从基因组的角度考虑,有一些基因型与疾病发生相关,携带这些基因型将不利于人体健康,这些基因型,称之为疾病易感基因[7-8]。本文针对T2DM的易感基因的相关研究进展、应用进行了总结及展望。 展开更多
关键词 2型糖尿病 易感基因 KCNQ1 复杂疾病
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2型糖尿病易感基因代谢通路生物信息学研究 预览
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作者 张丽杰 裴智勇 +1 位作者 马跃 陈禹 《国际检验医学杂志》 CAS 2016年第21期2996-2998,3001共4页
目的构建中国人群中2型糖尿病易感基因的代谢通路。方法采用2型糖尿病的易感基因集合,基于商用数据库Ingenutiy Pathway Analysis(后简称IPA)中的Right-Tailed Fisher′s Exact Test算法进行统计分析,找到与糖尿病相关的代谢通路,并... 目的构建中国人群中2型糖尿病易感基因的代谢通路。方法采用2型糖尿病的易感基因集合,基于商用数据库Ingenutiy Pathway Analysis(后简称IPA)中的Right-Tailed Fisher′s Exact Test算法进行统计分析,找到与糖尿病相关的代谢通路,并从中筛选出15个与中国人群糖尿病相关的易感基因,根据易感基因建立代谢通路,探讨中国人群易感基因之间在生物学上的关联关系。结果 KCNQ1、PPARG、IRS1、ADIPOQ等基因位于多条代谢通路的节点位置,与多条代谢通路相关。结论 KCNQ1、PPARG、IRS1、ADIPOQ等基因在中国人群2型糖尿病的发生过程中起到了关键作用。该研究结果对基于代谢通路研究复杂性疾病具有很好的借鉴意义。 展开更多
关键词 2型糖尿病 易感基因 代谢通路
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细胞色素P450基因多态性与药物代谢研究进展 被引量:6
12
作者 刘文波 陈禹 邢玉华 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期104-110,共7页
细胞色素P450(cytochrome P450,CYP450)在人体药物代谢过程中起着非常重要的作用并参与代谢80%以上的临床药物。由于CYP450在不同种族和不同人群中存在基因多态性,从而造成药物反应的个体差异,一度成为药物基因组学研究的热点。通过... 细胞色素P450(cytochrome P450,CYP450)在人体药物代谢过程中起着非常重要的作用并参与代谢80%以上的临床药物。由于CYP450在不同种族和不同人群中存在基因多态性,从而造成药物反应的个体差异,一度成为药物基因组学研究的热点。通过查阅国外相关文献,综述了近年来关于CYP1A2、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6和CYP3A4五种主要的药物代谢酶的基因多态性和药物代谢的研究进展,为临床指导个体化用药、避免药物不良反应和新药研发提供科学参考依据。 展开更多
关键词 细胞色素P450 基因多态性 药物代谢
基于宏基因组技术的聚磷菌研究进展 预览
13
作者 徐媛 陈禹 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2016年第2期104-108,共5页
聚磷菌是一类非常重要的工程菌,广泛应用于污水处理厂生物除磷过程。聚磷菌可以吸收超过自身所能利用的数倍的磷,在体内合成聚磷化合物从而达到生物除磷的目的。在过去的几年里,宏基因组学以及测序技术的发展大大推动了对聚磷菌物种组... 聚磷菌是一类非常重要的工程菌,广泛应用于污水处理厂生物除磷过程。聚磷菌可以吸收超过自身所能利用的数倍的磷,在体内合成聚磷化合物从而达到生物除磷的目的。在过去的几年里,宏基因组学以及测序技术的发展大大推动了对聚磷菌物种组成及其磷代谢过程的认识。本文主要对宏基因组技术进行介绍并对近几年基于宏基因组技术深入研究聚磷菌的文章进行综述,以期对这类重要的微生物的生理功能、代谢途径和物种多样性进行全面的了解。 展开更多
关键词 聚磷菌 宏基因组 代谢途径
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Primer Spanner:一个高效的定点突变PCR引物设计在线工具 被引量:1
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作者 裴智勇 侯仙慧 +1 位作者 桂小柯 陈禹 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期53-58,共6页
基于PCR的实验策略在生物工程研究中具有广泛应用,如定点突变(site-directed mutagenesis,SDM),DNA拼接和载体构建。引物设计是这类实验技术中的关键一环,因其直接影响扩增效率和PCR产物的拼合。在嵌合式引物设计方法(一对突变... 基于PCR的实验策略在生物工程研究中具有广泛应用,如定点突变(site-directed mutagenesis,SDM),DNA拼接和载体构建。引物设计是这类实验技术中的关键一环,因其直接影响扩增效率和PCR产物的拼合。在嵌合式引物设计方法(一对突变引物在5’端具有互补序列)的基础上,开发了一个在线工具PrimerSpanner(PS),可简单高效获得设计定点突变引物。PS可应用于单碱基或连续多碱基替换、插入、敲除等突变形式。通过大量突变实验与测序验证,结果表明该工具设计的引物进行的定点突变效果良好。 展开更多
关键词 PCR 定点突变 引物设计 在线工具
我国生物技术服务外包产业发展浅析
15
作者 黄劲松 陈禹 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期128-131,共4页
现今,人们对IT、医药技术服务外包已经非常熟悉了,但对生物技术行业的研发外包服务产业尚不太了解,对其的认知可能仅局限于生物技术科研服务。近年来,生物技术服务外包产业发展迅速,目前已有很多生物技术服务公司。而且,我国政府也对其... 现今,人们对IT、医药技术服务外包已经非常熟悉了,但对生物技术行业的研发外包服务产业尚不太了解,对其的认知可能仅局限于生物技术科研服务。近年来,生物技术服务外包产业发展迅速,目前已有很多生物技术服务公司。而且,我国政府也对其高度重视,先后在上海、北京、广州和无锡等地成立了生物技术服务外包联盟。基于此,我们对我国生物技术服务外包产业的现状及发展对策进行分析,以期助力我国生物技术服务外包产业的健康快速发展。 展开更多
关键词 生物技术 技术服务公司 测序技术 医药技术 产业生态 华大基因 抗体制备 基因合成 生物制药 寡核苷酸合成
不同样本前处理方法对高通量测序检测HBV、HCV、TTV结果的影响 预览 被引量:1
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作者 王伟 安小平 +3 位作者 裴广倩 陈禹 史套兴 童贻刚 《生物技术通讯》 CAS 2015年第2期236-240,共5页
目的:探索不同样品前处理方法对于不同类型病毒检测的效果。方法:分别将携带乙肝病毒(双链环状DNA病毒)、丙肝病毒(单正链RNA病毒)、TTV(Torque teno virus)(单链环状DNA病毒)的血清等比例混合,模拟混合感染,然后分别采用... 目的:探索不同样品前处理方法对于不同类型病毒检测的效果。方法:分别将携带乙肝病毒(双链环状DNA病毒)、丙肝病毒(单正链RNA病毒)、TTV(Torque teno virus)(单链环状DNA病毒)的血清等比例混合,模拟混合感染,然后分别采用多重置换扩增(MDA)和随机锚定PCR扩增并进行高通量测序,同时以原始样品(未扩增)直接高通量测序作为对照。结果:原始样品(未扩增)直接测序,产出的数据大部分为人类的序列;MDA方法中绝大部分数据为TTV、乙肝病毒;随机锚定PCR扩增方法中绝大部分数据为乙肝病毒。结论:MDA方法适合扩增环状病毒,随机锚定PCR扩增适合含量高的病毒,不做任何处理直接高通量测序检测病毒效果最差。本研究可为指导不同类型病原体如何选择扩增方案提供借鉴。 展开更多
关键词 多重置换扩增 随机锚定PCR 高通量测序
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miRDOA:集数据存储与在线分析于一体的综合型microRNA数据库
17
作者 李俊娥 贾利鹃 +3 位作者 闫鹏程 闫学青 谢国云 陈禹 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1-8,共8页
miRNA(microRNA)是一类小的非编码RNA,普遍存在于动物、植物等多个物种中,研究表明在原生生物以及病毒中也有miRNA。miRNA在生物的成长、发育、细胞凋亡、神经紊乱、癌症等多个方面都起到至关重要的作用,miRNA还可作为Biomarker应... miRNA(microRNA)是一类小的非编码RNA,普遍存在于动物、植物等多个物种中,研究表明在原生生物以及病毒中也有miRNA。miRNA在生物的成长、发育、细胞凋亡、神经紊乱、癌症等多个方面都起到至关重要的作用,miRNA还可作为Biomarker应用于癌症等疾病的诊断和治疗。miRDOA(miRNA Database and OnlineAnalysis)数据库存储了二百多个物种的miRNA相关信息,提供了基本的浏览和搜索功能。用户可以通过物种来浏览miRNA相关数据,也可以通过miRNA、靶基因或者序列进行检索。除此之外,miRDOA还提供了在线分析模块,主要对高通量测序数据进行初步分析,在此基础上,添加了靶基因预测、表达谱数据差异分析,以及在线BLAST功能。miRDOA是一个完全免费的开源的数据库网站,并实时更新。 展开更多
关键词 miRNA高通量测序靶基因 在线分析
高血压早期预警和健康管理平台的构建 预览 被引量:11
18
作者 桂小柯 张丽杰 +5 位作者 陈禹 周家蓬 王丽娟 刘洁琳 温绍君 刘康 《中国卫生标准管理》 2014年第21期1-3,共3页
为了控制和降低高血压的病死率、致残率,提高患者知晓率、治疗率,减轻高血压以及其他慢性疾病对个人和社会造成的负担,我们开发了高血压早期预警和健康管理平台。该平台基于云计算和大数据挖掘技术,包括数据收集与档案的建立、风险评估... 为了控制和降低高血压的病死率、致残率,提高患者知晓率、治疗率,减轻高血压以及其他慢性疾病对个人和社会造成的负担,我们开发了高血压早期预警和健康管理平台。该平台基于云计算和大数据挖掘技术,包括数据收集与档案的建立、风险评估与重点人群分类、健康指导、效果评价等四个部分,平台界面简洁、使用简便,可面向普通个人用户,也可本地化到社区使用。 展开更多
关键词 高血压 健康管理 早期预警
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ACOT1蛋白突变的分子动力学研究
19
作者 张丽杰 李雪楠 +2 位作者 李昊阳 周家蓬 陈禹 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期727-731,共5页
酰基辅酶硫醣酶(Acyl-CoA thioesterases,ACOTs),也被称作酰基辅酶A水解酶,是一类能够水解酰基辅酶A酯类水解的酶,在脂肪酸的代谢中起着重要的作用.文中通过将序列分析得到的ACOT1的有害突变序列(ACOTl _MULT)和野生型序列利用同源... 酰基辅酶硫醣酶(Acyl-CoA thioesterases,ACOTs),也被称作酰基辅酶A水解酶,是一类能够水解酰基辅酶A酯类水解的酶,在脂肪酸的代谢中起着重要的作用.文中通过将序列分析得到的ACOT1的有害突变序列(ACOTl _MULT)和野生型序列利用同源建模的方法得到了相应的蛋白结构,并利用分子动力学模拟的方法研究了突变氨基酸对蛋白结构造成的影响.研究结果发现:突变蛋白在分子动力学过程中活性中心上面的“盖子”(LEU374-SER380)区域打开,而野生型一直处于关闭状态.通过对氢键和疏水作用的分析发现,突变位置的氨基酸(ALA189THR)与蛋白序列中的GLY169形成了新的氢键,突变残基附近的氢键也发生了很大的变化,导致了α/β水解酶区域的第3个β折叠的末端Loop区(160Loop)朝着外侧的亲水性区域拉伸.160Loop区域的变化使得它与“盖子”区域之间的疏水相互作用消失,“盖子”区域的稳定性下降,并最终导致了“盖子”的打开.该结果对ACOT1蛋白相关的人类免疫病毒缺陷疾病和附睾炎等疾病的发病机理的研究具有很好的借鉴作用,同时也为基于该活性区域的抑制剂筛选工作提供了新的靶点. 展开更多
关键词 ACOT1 ACOT1_MULT 序列突变 氢键 疏水相互作用 分子动力学模拟
基于高通量测序的全基因组关联研究策略 预览 被引量:8
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作者 周家蓬 裴智勇 +1 位作者 陈禹 陈润生 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1099-1111,共13页
全基因组关联研究(Genome-wide association study,GWAS)是人类复杂疾病研究的重要组成部分之一,在群体水平检测全基因组范围的遗传变异与可观测性状间的遗传关联.传统的GWAS是以芯片(Array)技术获得高密度的遗传变异,尽管硕果累累... 全基因组关联研究(Genome-wide association study,GWAS)是人类复杂疾病研究的重要组成部分之一,在群体水平检测全基因组范围的遗传变异与可观测性状间的遗传关联.传统的GWAS是以芯片(Array)技术获得高密度的遗传变异,尽管硕果累累,但也存在不少问题.如:所谓的“缺失的遗传力”,即利用关联分析检测达到全基因组水平显著的遗传变异位点只能解释小部分遗传力;在某些性状上不同研究的结果一致性较弱;显著关联的遗传变异位点的功能较难解释等.高通量测序技术,也称第二代测序(Next-generation sequencing,NGS)技术,可以快速、准确地产出高通量的变异位点数据,为解决以上问题提供了可行的方案.基于NGS技术的GWAS方法(NGS-GWAS)可在一定程度上弥补传统GWAS的不足.文章对NGS-GWAS策略和方法进行了系统性调研,提出了目前较为可行的NGS-GWAS的实施策略和方法,并对NGS-GWAS如何应用于个体化医疗(Personalized medicine,PM)进行了展望. 展开更多
关键词 全基因组关联研究 第二代测序 个体化医疗
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