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Effect of diets supplemented with linseed alone or combined with vitamin E and selenium or with plant extracts,on Longissimus thoracis transcriptome in growing-finishing Italian Large White pigs 预览
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作者 Rubina Sirri Marika Vitali +5 位作者 Paolo Zambonelli Giulia Giannini Martina Zappaterra Domenico Pietro Lo Fiego Dalal Sami Roberta Davoli 《畜牧与生物技术杂志:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第1期159-171,共13页
Background: Supplementing farm animals diet with functional ingredients may improve the nutritional quality of meat products.Diet composition has been also demonstrated to influence the gene expression with effect on ... Background: Supplementing farm animals diet with functional ingredients may improve the nutritional quality of meat products.Diet composition has been also demonstrated to influence the gene expression with effect on biological processes and pathways.However,the knowledge on the effect of nutrients at the molecular level is scant.In particular,studies on the effects of antioxidants and polyphenols dietary supplementation have been investigated mainly in rodents,and only scarcely in farm animals so far.RNA-Seq with next-generation sequencing is increasingly the method of choice for studying changes in the transcriptome and it has been recently employed also in pig nutrigenomics studies to identify diet-induced changes in gene expression.The present study aimed to investigate the effect of diets enriched with functional ingredients(linseed,vitamin E and plant extracts) on the transcriptome of pig Longissimus thoracis to elucidate the role of these compounds in influencing genes involved in muscle physiology and metabolism compared to a standard diet.Results: Eight hundred ninety-three significant differentially expressed genes(DEGs)(FDR adjusted P-value ≤ 0.05)were detected by RNA-Seq analysis in the three diet comparisons(D2-D1,D3-D1,D4-D1).The functional analysis of DEGs showed that the diet enriched with n-3 PUFA from linseed(D2) mostly downregulated genes in pathways and biological processes(BPs) related to muscle development,contraction,and glycogen metabolism compared to the standard diet.The diet supplemented with linseed and vitamin E/Selenium(D3) showed to mostly downregulate genes linked to oxidative phosphorylation.Only few genes involved in extracellular matrix(ECM)organization were upregulated by the D3.Finally,the comparison D4-D1 showed that the diet supplemented with linseed and plant extracts(D4) upregulated the majority of genes compared to D1 that were involved in a complex network of pathways and BPs all connected by hub genes.In particular,IGF2 was a hub gene connecting protein metabolism,ECM 展开更多
关键词 Diet supplementation Functional analysis Gene expression LINSEED Muscle TRANSCRIPTOME n-3 PUFA Pigs Plant extracts POLYPHENOLS Vitamin E
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关联分析及其在果树育种研究中的应用
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作者 赵惠 房玉林 +4 位作者 张颖 樊秀彩 孙海生 姜建福 刘崇怀 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第7期2291-2299,共9页
果树在中国农业发展中具有重要作用,而且其经济性状大多属于数量性状。基于连锁分析的QTL作图是研究这些复杂性状的有效手段,但尚存在一定的局限性。随着分子生物学的发展,关联分析已然成为发掘性状控制基因的重要手段之一,它以连锁不... 果树在中国农业发展中具有重要作用,而且其经济性状大多属于数量性状。基于连锁分析的QTL作图是研究这些复杂性状的有效手段,但尚存在一定的局限性。随着分子生物学的发展,关联分析已然成为发掘性状控制基因的重要手段之一,它以连锁不平衡为基础,发掘生物性状与遗传标记之间的对应关系,寻找控制性状的关键候选基因。本研究全面论述了关联分析的基本概念、原理、方法及其优越性。并综述了关联分析在果树数量性状、标记开发及功能基因挖掘方面的最新研究进展,进而,探讨关联分析在果树种质资源中的发展方向,并对其应用前景提出展望。 展开更多
关键词 关联分析 连锁不平衡 数量性状 功能标记 功能基因
Fe(Ⅱ)对反硝化过程及其功能微生物群落的影响 预览 被引量:1
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作者 李爽 李晓敏 李芳柏 《中国环境科学》 CSSCI CSCD 北大核心 2018年第1期263-274,共12页
以华南稻田土壤为研究对象,通过室内模拟控制实验,研究了Fe(Ⅱ)对厌氧稻田土壤中反硝化过程及其功能微生物群落结构组成与相对丰度的影响.结果表明,加入Fe(Ⅱ)减缓了土壤中NO3-的还原,但促进了NO2-的还原和N2O的生成;同时Fe(Ⅱ)只... 以华南稻田土壤为研究对象,通过室内模拟控制实验,研究了Fe(Ⅱ)对厌氧稻田土壤中反硝化过程及其功能微生物群落结构组成与相对丰度的影响.结果表明,加入Fe(Ⅱ)减缓了土壤中NO3-的还原,但促进了NO2-的还原和N2O的生成;同时Fe(Ⅱ)只在Soil+Fe(Ⅱ)+NO-3^-处理中发生氧化.通过定量PCR结果发现,Fe(Ⅱ)的加入提高了亚硝酸盐还原基因nir S和N2O还原基因nos Z的拷贝数;但降低了细胞膜硝酸盐还原基因nar G的拷贝数.通过高通量和克隆文库分析发现,Fe(Ⅱ)的加入主要对nap A-周质硝酸盐还原微生物群落结构有明显影响,Soil+NO3^-处理中优势菌是Dechloromonas,而Soil+Fe(Ⅱ)+NO3^-处理中为Azonexus、Dechloromonas和Azospira.Fe(Ⅱ)对厌氧稻田中的反硝化过程及其功能微生物群落具有显著影响,这对了解华南红壤地区稻田体系中的氮元素循环与铁元素转化的关系具有重要意义. 展开更多
关键词 Fe(Ⅱ) 反硝化过程 功能基因 功能微生物 稻田土壤
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小麦基因组学研究进展 预览
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作者 刘淑娟 朱艳 +4 位作者 张晓军 李欣 郭慧娟 畅志坚 乔麟轶 《山西农业科学》 2018年第3期458-460,482共4页
由于小麦基因组庞大而且高度重复,其基因组学相关研究一度落后于水稻和玉米等二倍体作物。随着近年来测序组装、基因编辑等技术的快速发展,小麦正式步入了以基因组功能表征为中心的新时期,这将有力促进小麦功能基因的克隆,并揭示其在不... 由于小麦基因组庞大而且高度重复,其基因组学相关研究一度落后于水稻和玉米等二倍体作物。随着近年来测序组装、基因编辑等技术的快速发展,小麦正式步入了以基因组功能表征为中心的新时期,这将有力促进小麦功能基因的克隆,并揭示其在不同材料间的变异类型。阐述了小麦基因组测序、功能注释、基于NGS的遗传学和功能基因组学4个方向的研究进展,以期为小麦基础研究和分子育种提供参考信息。 展开更多
关键词 小麦 功能基因组学 功能注释 基因编辑
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宁夏主要水稻品种(系)Rf-1基因位点多态性分析 预览
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作者 王坚 刘炜 《西北植物学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期456-464,共9页
以宁夏49份主要水稻品种(系)为实验材料,对各材料在Rf-1基因位点的功能标记进行分析和基因序列对比,并对各材料在不同位点的差异进行聚类分析,以明确Rf-1位点的规律和特证,为不育系或恢复系的转育及其分子标记选用、杂交组合配置和杂种... 以宁夏49份主要水稻品种(系)为实验材料,对各材料在Rf-1基因位点的功能标记进行分析和基因序列对比,并对各材料在不同位点的差异进行聚类分析,以明确Rf-1位点的规律和特证,为不育系或恢复系的转育及其分子标记选用、杂交组合配置和杂种优势的利用提供理论参考。结果表明:(1)有11个品种(系)为Rf1a/Rf1a基因型,占宁夏主要水稻品种(系)的22%。(2)Rf1b基因位点检测结果有17个点的碱基发生突变,其中2459、2283、2059、1694、2205、1784、2315位点在各品种(系)中突变的频率较高,1576、1881、1970(1985)位点突变的频率低。(3)突变主要是碱基的替换,其位点多,品种(系)间变化大;插入突变位点相对少,只有极少数品种(系)发生插入突变;各品种(系)平均有8个突变位点。(4)聚类分析发现,宁夏主要水稻品种(系)可以划分为三类,每类对应了不同时期的主要品种(系),从第一类群体到第三类群体品种(系)间的差异增加,多样性更丰富,但平均每个品种突变点由9个下降到7个。 展开更多
关键词 宁夏水稻 雄性不育恢复基因 功能标记 基因序列
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基于amoA基因扩增子高通量测序的氨氧化古菌多样性分析方法
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作者 何翔 吴佳鹏 +4 位作者 焦黎静 温晓梅 王岩 欧林坚 洪义国 《微生物学通报》 CSCD 北大核心 2018年第9期1861-1870,共10页
【背景】对于环境样品中氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea,AOA)多样性的研究,利用amoA功能基因作为分子标记会比16SrRNA基因有更强的特异性和更高的分辨率,能更准确地反映环境样品中氨氧化古菌的种群结构和分布特征。然而,目前对... 【背景】对于环境样品中氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea,AOA)多样性的研究,利用amoA功能基因作为分子标记会比16SrRNA基因有更强的特异性和更高的分辨率,能更准确地反映环境样品中氨氧化古菌的种群结构和分布特征。然而,目前对amoA基因扩增子高通量测序的分析存在两大限制因素:一是缺乏相应的amoA基因参考数据库;二是AOA amoA基因在种水平上的相似性阈值未知,分析过程中没有明确的划分种水平操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU)的阈值。【目的】构建基于amoA功能基因序列分析氨氧化古菌多样性的方法,为基于高通量测序的功能微生物多样性分析提供参考。【方法】基于目前已通过分离纯化或富集培养获得的34株氨氧化古菌及功能基因数据库中收录的环境样品amoA基因序列,构建氨氧化古菌amoA基因参考数据库。通过菌株间两两比对获得的amoA基因相似度与16SrRNA基因相似度的相关性分析,确定amoA基因在种水平上的相似性阈值。基于MOTHUR软件平台,利用建立的参考数据库和确定的阈值对南海一个垂直水体剖面样品的amoA基因序列进行多样性分析。【结果】构建了含有26 091条序列信息的古菌amoA基因参考数据库,确定了89%作为分析过程中古菌amoA基因划分种水平OTU的阈值,对南海水体样品氨氧化古菌的多样性分析结果很好地显示了南海不同深度水层水体中氨氧化古菌的种群结构和系统发育关系,有效揭示了南海氨氧化古菌的垂直分布差异。【结论】建立了基于amoA基因高通量测序的氨氧化古菌多样性分析方法,此方法可以有效分析环境样品中氨氧化古菌的多样性。 展开更多
关键词 功能基因 参考数据库 相似性阈值 AMOA基因 氨氧化古菌
基于RNA-seq的银线草转录组分析
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作者 李依民 胡本祥 +5 位作者 彭亮 沈霞 高静 王昌利 颜永刚 张岗 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第21期4967-4974,共8页
目的 获得银线草Chloranthus japonicus根茎转录组信息特征。方法用高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行银线草根茎转录组测序分析。结果 转录组测序共获得68458750条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得56096... 目的 获得银线草Chloranthus japonicus根茎转录组信息特征。方法用高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行银线草根茎转录组测序分析。结果 转录组测序共获得68458750条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得56096个unigenes,平均长度801nt。BLAST分析显示分别有25773(45.94%)、17801(31.73%)、16082(28.67%)、9649(17.20%)个unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类40分支,涉及131个KEGG标准代谢通路,其中包括16个次生代谢标准通路。进一步分析获得170个基因参与单萜、二萜、倍半萜、三萜等萜类化合物生物合成通路。同时,转录组预测编码蛋白框序列1887个;高等植物转录因子54个家族。借助MISA软件发现8987个简单重复序列(SSRs),二碱基重复SSRs数量最丰富,有5948个,出现频率为66.2‰五碱基重复SSRs相对较少,占1.3%。结论 基于RNA-seq分析获得银线草根茎转录组信息特征及萜类合成代谢通路关键基因,为后期银线草活性成分次生代谢途径解析及调控研究奠定基础。 展开更多
关键词 银线草 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列 RNA-SEQ
基于高通量测序技术的黄三七根茎转录组数据分析
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作者 李依民 彭亮 +5 位作者 杨冰月 张明英 任瀛 程虎印 吴海峰 张岗 《中草药》 CSCD 北大核心 2018年第21期4983-4990,共8页
目的 获得黄三七Souliea vaginata根茎转录组信息特征。方法 以黄三七根茎为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果 转录组测序分析共获得63322086条高质量序列(clea... 目的 获得黄三七Souliea vaginata根茎转录组信息特征。方法 以黄三七根茎为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq^TM 2000 150PE进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果 转录组测序分析共获得63322086条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得52575个unigenes,平均长度909nt。BLAST分析显示分别有28842(54.86%)、10712(20.37%)、9245(17.58%)、11559(21.99%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类45分支,涉及126个KEGG标准代谢通路,其中包括17个次生代谢标准通路。蛋白编码框序列2215个,包含高等植物转录因子55个家族;借助MISA软件发现4609个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有2106个;出现频率为45.7%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.9%。结论 利用高通量测序技术和生物信息分析获得黄三七根茎转录组信息特征,为后期黄三七功能基因鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 黄三七 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列
云南干热河谷地区余甘子转录组分析 预览
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作者 刘雄芳 李太强 +5 位作者 李正红 万友名 刘秀贤 张序 安静 马宏 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2018年第5期1-8,共8页
[目的]对云南干热河谷地区余甘子转录组特征进行描述,旨在为余甘子微卫星标记的开发和功能基因的挖掘提供较全面的背景信息。[方法]采用Illumina Hiseq 4000测序平台对余甘子叶片进行转录组测序,对原始数据进行过滤、de novo组装及聚类... [目的]对云南干热河谷地区余甘子转录组特征进行描述,旨在为余甘子微卫星标记的开发和功能基因的挖掘提供较全面的背景信息。[方法]采用Illumina Hiseq 4000测序平台对余甘子叶片进行转录组测序,对原始数据进行过滤、de novo组装及聚类去冗余等处理后,再与公共数据库进行比对,对Unigenes进行基本功能注释、CDS预测、TF编码能力预测及R-Gene预测等分析。[结果]本研究共获得10. 52 Gb的Clean reads,Q20、Q30分别为98. 47%、95. 28%。组装并去冗余后获得76 881条Unigenes,平均长度、N50分别为713、1 257 nt。通过与NR、COG、KEGG和Swiss Prot数据库进行比对,44 768条Unigenes获得功能注释。余甘子转录组Unigenes根据COG功能注释信息大致分为25类;按GO功能注释信息划分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类47亚类;参考KEGG注释信息,可归为6大代谢通路、21类代谢途径,其中约3/5为代谢相关通路。根据以上注释结果共检测出42 953个CDS,其余未比对上的Unigenes用ESTScan预测后得到2 058个CDS。同时,预测到56个TF家族以及18种RGene。[结论]本研究获得的余甘子转录组Unigenes序列的组装质量较高、完整性较好、基因丰富、功能多样,极大地扩充了余甘子基因信息库,为今后余甘子乃至叶下珠属植物功能基因挖掘、抗性机理分析、分子标记开发、分子辅助育种等研究提供了重要的基础数据。 展开更多
关键词 余甘子 转录组 UNIGENE 功能注释 编码序列 转录因子 抗性基因
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玉米秸秆厌氧发酵过程中添加氮素对微生物群落和沼气产量的影响 预览
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作者 赵一全 马茹霞 +4 位作者 李家威 晏磊 罗涛 梅自力 王伟东 《中国沼气》 2018年第5期66-72,共7页
厌氧发酵是在多种微生物共同作用下完成的,发酵体系中氮浓度对微生物群落和沼气产量有重要的影响,为明确沼气发酵过程中氮素添加对微生物和产气量的作用,文章以玉米秸秆为原料,发酵体系20 L,TS为8%,添加1 g·L^(-1)尿素作为处理... 厌氧发酵是在多种微生物共同作用下完成的,发酵体系中氮浓度对微生物群落和沼气产量有重要的影响,为明确沼气发酵过程中氮素添加对微生物和产气量的作用,文章以玉米秸秆为原料,发酵体系20 L,TS为8%,添加1 g·L^(-1)尿素作为处理、不添加氮素作为对照,进行半连续进料的沼气发酵试验。利用16SrRNAgene测序和宏基因组学分析发酵料液中微生物多样性和关键功能基因丰度的变化。结果显示,处理的产气高峰提前,发酵周期缩短,发酵前10 d,20 d,30 d甲烷累积产量分别为64943 mL,137048 mL和199459 mL,显著高于对照。处理体系中梭菌属(Clostridium),甲烷袋状菌属(Methanoculleus),Sphaerochaeta和Ruminofilibacter等菌属丰度在产气高峰时期提升,在能量代谢中与甲烷代谢相关的基因的丰度提升。在玉米秸秆沼气发酵体系中,添加氮素通过提高沼气发酵功能菌株和甲烷代谢相关基因的丰度从而缩短发酵周期并提高沼气产量。 展开更多
关键词 玉米秸秆 沼气发酵 氮素 微生物多样性 功能基因
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葡萄SAUR基因家族鉴定与生物信息学分析 被引量:1
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作者 李傲 崔梦杰 +3 位作者 陈珂 许瀛之 贾海峰 房经贵 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期326-337,共12页
为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡... 为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡萄全基因组上64个SAUR家族成员在19条染色体中的8条染色体上呈现簇状分布,主要分布在3、4号染色体上,其中3号染色体上数量最多为37个;葡萄SAUR家族基因长度较短,有59个基因是无内含子基因;蛋白理化特征分析显示。多数SAUR蛋白呈碱性,结构稳定性较差,蛋白脂溶指数高,呈亲水性;基因功能预测结果表明,葡萄SAUR基因主要担"-3生长因子、结构蛋白、转录、转录调控以及响应胁迫应答和免疫应答6种功能,其中更多参与生长调节功能:根据系统进化分析将其分为10个分支,另外不同组织表达谱的分析结果表明SAUR基因家族成员具有不同的组织表达模式,对于非生物胁迫具有一定的调节作用。这些信息为葡萄SAUR基因家族功能分析奠定了一定的工作基础。 展开更多
关键词 葡萄 SAUR基因家族 系统进化 功能预测 基因表达 定量PCR
兰科植物分子生物学研究进展
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作者 景袭俊 胡凤荣 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第17期5835-5848,共14页
近年来,随着分子生物学技术的不断进步,兰科植物在分子方面的研究也得到迅速发展。分子标记不仅为快速鉴别兰花提供新依据,而且在研究兰花的遗传多样性、亲缘关系及种质资源等方面发挥着重要作用。兰花的花型奇特且高度特化,花色丰富,... 近年来,随着分子生物学技术的不断进步,兰科植物在分子方面的研究也得到迅速发展。分子标记不仅为快速鉴别兰花提供新依据,而且在研究兰花的遗传多样性、亲缘关系及种质资源等方面发挥着重要作用。兰花的花型奇特且高度特化,花色丰富,是研究基因遗传调控与花形态建成的理想材料。鉴于此,本综述主要从分子标记和功能基因两个方面,对兰花的分子生物学研究进展进行综述,并对目前该领域需解决的问题进行探讨,以期为加快分子生物学技术在兰花研究中的应用提供理论依据。 展开更多
关键词 兰科 分子标记 遗传多样性 功能基因
不同营养刺激下油藏注水井近井地带内源微生物激活规律
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作者 李彦 陈瑜 +4 位作者 刘美辰 景宏 支博 李国强 马挺 《地球科学》 CSCD 北大核心 2018年第A01期97-105,共9页
拟探究油藏注水井近井地带的微生物群落组成及不同营养刺激对微生物代谢和驱油过程的影响.利用高通量测序和荧光定量PCR技术考察不同时期水井返排液中微生物群落的组成与演替规律;探究不同时期返排液、不同营养类型和空气供给量对内源... 拟探究油藏注水井近井地带的微生物群落组成及不同营养刺激对微生物代谢和驱油过程的影响.利用高通量测序和荧光定量PCR技术考察不同时期水井返排液中微生物群落的组成与演替规律;探究不同时期返排液、不同营养类型和空气供给量对内源微生物激活效果的影响.表明:不同时期返排液的初始微生物群落组成存在较大差异,用同一种营养剂刺激后的核心微生物具有相似性,其中迪茨氏菌属、放线菌属等烃降解菌的激活程度与原油乳化效果密切相关;向注水近井地带补充空气能提高原油乳化效率,可作为激活内源微生物以提高原油采收率的重要措施;相对于16S rRNA、rhl AB、alk B基因的转录量, cyp153基因和pH更适合作为衡量内源微生物激活效果的指标. 展开更多
关键词 微生物提高原油采收率 油藏 近井地带 内源微生物 激活 功能基因
结膜吸吮线虫基因组序列特征研究
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作者 张露菲 王灵军 +2 位作者 郑明辉 曹建平 刘晖 《中国血吸虫病防治杂志》 CSCD 北大核心 2018年第3期312-316,共5页
目的阐明结膜吸吮线虫(Thelazia callipaeda)基因组的序列特征。方法采用GeneMark、GeneID和GeMoMa软件对结膜吸吮线虫基因组组装数据进行从头预测及同源预测,利用EVM软件对预测结果进行整合,以预测其基因组全部基因;将得到的基因... 目的阐明结膜吸吮线虫(Thelazia callipaeda)基因组的序列特征。方法采用GeneMark、GeneID和GeMoMa软件对结膜吸吮线虫基因组组装数据进行从头预测及同源预测,利用EVM软件对预测结果进行整合,以预测其基因组全部基因;将得到的基因序列分别在公共数据库及3个专有数据库(CAZyme、TCDB和PHI)中进行注释。结果对结膜吸吮线虫基因组(79.34Mb)的Scaffolds和Contigs基因结构进行分析,共得到了6333个基因;通过公共数据库中BLAST比对,发现97.85%的基因可以得到注释,其中NR数据库中注释的基因最多(98.69%),可以富集到KEGG途径的基因最少(50.50%)。通过KOG数据库分析功能基因,共发现4517个功能基因。在3个专有数据库(CAZyme、TCDB和PHI)中比对,分别注释得到136、139个和1498个基因,其中PHI数据库中注释基因数目最多(1498)。此外,还通过细胞色素酶的专有数据库预测到了238个细胞色素P450基因。结论本研究初步揭示了结膜吸吮线虫基因组结构特征和注释信息,共得到了6333个基因。 展开更多
关键词 结膜吸吮线虫 基因组 序列分析 功能基因 细胞色素P450
Altered leukocyte gene expression after traumatic spinal cord injury: clinical implications 预览
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作者 Paige E. Herman Ona Bloom 《中国神经再生研究:英文版》 SCIE CAS CSCD 2018年第9期1524-1529,共6页
关键词 白血球 损害 临床 基因 绳索 创伤 SCI 感觉功能
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基于功能基因芯片技术的高寒草甸土壤微生物功能基因研究
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作者 卢慧 赵珩 +4 位作者 盛玉钰 丛微 王秀磊 李迪强 张于光 《生态学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第10期3031-3037,共7页
土壤微生物是陆地生态系统的重要组成部分,在生物地球化学循环和维持生态系统功能等方面发挥着极其重要的作用。研究青藏高原高寒草甸的土壤微生物功能基因及其主要影响因子,对了解青藏高原微生物的功能代谢潜力和预测青藏高原受全球变... 土壤微生物是陆地生态系统的重要组成部分,在生物地球化学循环和维持生态系统功能等方面发挥着极其重要的作用。研究青藏高原高寒草甸的土壤微生物功能基因及其主要影响因子,对了解青藏高原微生物的功能代谢潜力和预测青藏高原受全球变化的影响具有重要意义。本研究选择三江源地区高寒沼泽化草甸和高寒草甸这两种草甸类型土壤微生物为对象,利用微生物功能基因芯片(GeoChip4.0)技术开展微生物功能基因多样性研究。结果表明:两种草甸样地共检测到各类型功能基因45818个,涉及到16类微生物介导的关键生物过程;除趋势对应分析和不相似性检验结果均表明,不同草甸类型的微生物功能基因结构有明显差异;检测到土壤微生物参与的所有碳代谢过程和关键的氮循环过程,高寒沼泽化草甸比高寒草甸具有较高的碳降解相关功能基因和氮素基因丰度和代谢潜力,但两种草甸类型的土壤有机碳和全氮含量相对稳定;典范对应分析结果表明,土壤p H值和土壤含水量是影响微生物功能基因结构的主要因素。综上,本研究结果有助于了解环境变化对高寒草地生态系统结构和功能的影响,可为高寒草地生态系统的保护和管理提供科学依据。 展开更多
关键词 土壤微生物群落 功能基因芯片 功能基因 高寒草甸
全基因组测序在重要家畜上的研究进展
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作者 李晓凯 王贵 +7 位作者 乔贤 范一星 张磊 马宇浩 聂瑞雪 王瑞军 何利兵 苏蕊 《生物技术通报》 CSCD 北大核心 2018年第6期11-21,共11页
全基因组测序研究主要包括通过不同测序技术和组装比对方法,获得某物种的全基因组序列图谱,及在此基础上构建物种全基因组遗传变异图谱进行个体或群体遗传多样性、选择信号或起源进化等方面的研究。利用单核苷酸多态性(SNP)、插入和... 全基因组测序研究主要包括通过不同测序技术和组装比对方法,获得某物种的全基因组序列图谱,及在此基础上构建物种全基因组遗传变异图谱进行个体或群体遗传多样性、选择信号或起源进化等方面的研究。利用单核苷酸多态性(SNP)、插入和缺失(Indel)和拷贝数变异(CNV)等遗传变异作为分子标记,全基因组测序研究已经在家畜起源进化、驯化、适应性机制、重要经济性状候选基因、群体历史动态等方面取得了许多重要的研究成果。本文主要对近几年全基因组测序在常见家畜(猪、马、牛、羊等及其近缘物种)的取得的重要研究成果进行了综述,并讨论了全基因组测序的优势、缺点及在生产中意义。此外,对基因组测序研究的未来发展进行了归纳及展望,以期为今后家畜重要经济性状的功能基因定位和物种起源、驯化研究提供参考。 展开更多
关键词 全基因组测序 遗传变异 功能基因 单核苷酸多态性
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艾草可燃性特征的转录组学研究
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作者 刘苗苗 吴家文 +1 位作者 吴生兵 周美启 《安徽中医药大学学报》 2018年第3期79-84,共6页
目的 探讨艾草可燃性特征的转录组学基础。方法 采摘新鲜艾草后分别提取叶、根、茎组织的总RNA并建立3个组织的cDNA文库,进行高通量测序。对测序后的原始读段进行过滤得到高质量读段,使用Trinity软件对高质量读段进行de novo组装得到... 目的 探讨艾草可燃性特征的转录组学基础。方法 采摘新鲜艾草后分别提取叶、根、茎组织的总RNA并建立3个组织的cDNA文库,进行高通量测序。对测序后的原始读段进行过滤得到高质量读段,使用Trinity软件对高质量读段进行de novo组装得到功能基因,再对功能基因进行京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)注释和表达量的计算。结果 艾草高通量测序获得99 807个功能基因,与KEGG数据库比对后得到萜类和纤维素合成的代谢通路,发现参与萜类物质合成的相关基因有116个,编码16种关键酶;参与纤维素合成相关基因有119个,编码5种关键酶。在萜类物质合成的关键酶基因中,叶、根、茎组织中都仅存在1个MVD基因和2个CMS基因,并且这3种关键酶基因均在叶中的表达水平最高。结论 艾草中存在许多参与萜类和纤维素合成的关键酶基因,但其最关键的限速酶在艾叶中的表达量比根、茎高,这可能是艾叶作为灸材的关键因素之一。 展开更多
关键词 艾草 可燃性 萜类物质 纤维素 功能基因
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Effects of 1-octyl-3-methylimidazolium nitrate on the microbes in brown soil
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作者 Cheng Zhang Jun Wang +4 位作者 Lusheng Zhu Zhongkun Du Jinhua Wang Xi Sun Tongtong Zhou 《环境科学学报:英文版》 SCIE EI CAS CSCD 2018年第5期249-259,共11页
关键词 土壤酶 微生物 硝酸盐 棕色 毒性评估 氧化氨 脱氢酶 磷酸酶
中国被毛孢分离鉴定及其PKS、NRPS功能基因的多样性 预览
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作者 任朝辉 牛晓娟 +1 位作者 杜静 张传博 《食品工业科技》 CSCD 北大核心 2018年第18期117-123,130共8页
探究中国被毛孢(Ophiocordyceps sinensis)遗传、聚酮合成酶(Polyketide synthase,PKS)、非核糖体多肽合成酶(Non-ribosomal peptide synthase,NRPS)的多样性,为寻找合成生物活性物质的潜在菌株奠定基础。采用组织分离法从冬虫夏... 探究中国被毛孢(Ophiocordyceps sinensis)遗传、聚酮合成酶(Polyketide synthase,PKS)、非核糖体多肽合成酶(Non-ribosomal peptide synthase,NRPS)的多样性,为寻找合成生物活性物质的潜在菌株奠定基础。采用组织分离法从冬虫夏草中分离获得一株具有较强抑菌活性的真菌ZG4-23,采用多基因系统分析的方法对该菌株进行鉴定;利用兼并性引物对菌株ZG4-23的PKS基因和NRPS基因进行PCR扩增及序列测定分析,构建系统发育树,明确菌株ZG4-23的PKS基因序列和NRPS基因序列的系统进化地位。结果表明,多基因序列分析显示,菌株ZG4-23与多个中国被毛孢菌株同源性高达99%,因此确定该菌株为中国被毛孢(O.sinensis)。菌株基因组含有PKS I、NRPS基因,经比对,PKS I片段与已知Ophiocordyceps sinensis PKS序列相似度为99%,NRPS片段与Trichophyton rubrum NRPS序列相似度为76%。中国被毛孢具有较强合成生物活性次生代谢产物的潜在能力,值得进一步开发研究和应用。 展开更多
关键词 冬虫夏草 系统发育 功能基因 聚酮合酶 非核糖体多肽合成酶
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