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甘蓝型油菜光敏色素互作因子4(BnaPIF4)基因克隆和功能分析 预览
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作者 冯韬 官春云 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期204-213,共10页
光敏色素互作因子4(phytochrome interacting factor 4,PIF4)是光信号途径关键转录因子,PIF4与BZR互作介导光信号与油菜素内酯信号互作,参与植物光响应。本文在甘蓝型油菜湘油15号中克隆到2个PIF4基因,分别定位于A03号染色体和C03号染色... 光敏色素互作因子4(phytochrome interacting factor 4,PIF4)是光信号途径关键转录因子,PIF4与BZR互作介导光信号与油菜素内酯信号互作,参与植物光响应。本文在甘蓝型油菜湘油15号中克隆到2个PIF4基因,分别定位于A03号染色体和C03号染色体,命名为BnaPIF4_A03和BnaPIF4_C03,全长编码序列(coding sequence,CDS)、全长mRNA和全长基因分别为1242 bp和1245 bp、1701 bp和1731 bp、2527 bp和2665 bp,各自编码413和414个氨基酸。BnaPIF4_A03具有7个外显子和6个内含子,BnaPIF4_C03具有8个外显子和7个内含子,与测序品种中双11号相比,BnaPIF4_A03基因第1内含子存在单碱基插入突变,第4和第6内含子存在缺失突变,且具有更长的3'-UTR,两基因其他序列在湘油15号和中双11号之间无差别。BnaPIF4_A03和BnaPIF4_C03基因编码蛋白具有典型的植物bHLH结构域,亚细胞定位于细胞核,是典型的植物PIF4蛋白。多序列比对和进化分析表明,BnaPIF4蛋白与白菜、拟南芥、亚麻芥等PIF4蛋白高度同源。PIF4蛋白进化关系与物种进化关系一致,近缘物种中的PIF4蛋白在进化树中高度聚类,大量植物中可见PIF4蛋白重复且低等植物中分化程度明显低于高等植物中,表明PIF4蛋白是一个晚期进化事件且可能存在功能冗余。酵母杂交实验表明BnaPIF4与BnaBZR蛋白存在互作,但BnaPIF4不能与BnaBZR基因的启动子互作,表明BnaPIF4与BnaBZR在蛋白水平而非转录水平发生互作。湘油15号中BnaPIF4_A03和BnaPIF4_C03基因表达规律一致,BnaPIF4基因主要表达于油菜茎表皮、未成熟角果和叶中,在花和根中表达较低,且其表达随油菜生育进程逐渐降低。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 光敏色素互作因子4 基因克隆 基因互作 基因表达 生物信息学分析
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苎麻镉响应基因BnG6PDH1的克隆和表达分析 预览
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作者 朱守晶 史文娟 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期262-270,共9页
葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是磷酸戊糖代谢途径的关键限速酶,为探讨G6PDH基因在苎麻耐镉机制中的作用,本研究在苎麻镉胁迫转录组的基础上,采用RACE方法从苎麻(BoehmerianiveaL.)品种中苎一号中克隆到BnG6PDH1基因(GenBank登录号为MG941... 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是磷酸戊糖代谢途径的关键限速酶,为探讨G6PDH基因在苎麻耐镉机制中的作用,本研究在苎麻镉胁迫转录组的基础上,采用RACE方法从苎麻(BoehmerianiveaL.)品种中苎一号中克隆到BnG6PDH1基因(GenBank登录号为MG941010)的全长cDNA序列,该基因开放读码框为1554bp,编码517个氨基酸,蛋白质分子量为59250,等电点为5.92。BnG6PDH1编码的氨基酸与川桑(XP_010111634.1)、枣(XP_015878928.1)、甜樱桃(XP_021825040.1)、苹果(XP_008362117.1)和梅(XP_008231184.1)的胞质型G6PDH蛋白的相似性较高,相似度分别为92%、91%、89%、88%和88%。组织表达特异性分析结果表明,BnG6PDH1在苎麻叶中的表达量最高,其次为茎,根部的表达量最低。镉胁迫诱导表达分析结果表明,BnG6PDH1的显著表达受镉的诱导,表达量随着镉质量浓度的增加而增加。以上结果表明,BnMYB1是一个镉应答基因,可能在植物对镉胁迫的适应中发挥重要作用。 展开更多
关键词 苎麻 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 镉响应基因BnG6PDH1 基因克隆 表达分析
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葡萄转录因子VpSBP12的克隆及功能分析
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作者 侯鸿敏 王亚萍 林延翔 《北方园艺》 CAS 北大核心 2019年第3期35-43,共9页
以华东葡萄‘白河-35-1’为试材,依据葡萄全基因组数据库(http://www.genoscope.cns.fr),利用同源序列比对结果设计引物,克隆获得VpSBP12基因的DNA和cDNA序列,并分析其序列特征和表达特性,以期阐明其在葡萄抗盐胁迫中的作用,为葡萄抗逆... 以华东葡萄‘白河-35-1’为试材,依据葡萄全基因组数据库(http://www.genoscope.cns.fr),利用同源序列比对结果设计引物,克隆获得VpSBP12基因的DNA和cDNA序列,并分析其序列特征和表达特性,以期阐明其在葡萄抗盐胁迫中的作用,为葡萄抗逆育种提供参考依据。结果表明:VpSBP12基因DNA全长2 907bp,其中含有3个外显子和2个内含子;该基因的完整开放阅读框序列全长1 137bp,编码379个氨基酸,其中包括一个含有双向核定位信号的高度保守SBP结构域。经过亚细胞定位和转录活性分析表明,该基因可以定位到核里,且具有转录激活活性。构建过量表达载体将VpSBP12转化拟南芥后发现,转基因株系在盐胁迫培养基上的萌发率及根长显著高于野生对照。表明VpSBP12基因在拟南芥中的过量表达提高了植株的抗盐胁迫的能力。 展开更多
关键词 SBP基因 盐胁迫 基因克隆 过量表达
安徽省部分地区2016–2018年猪圆环病毒2型遗传进化分析
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作者 俞赵荣 张达 +7 位作者 白彩霞 王小朋 杨侃侃 孙裴 李传峰 彭开松 李永东 王勇 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1796-1802,共7页
【背景】猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(Postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)。【目的】了解安徽省部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况。【方法】采用PCR技术,对2016-201... 【背景】猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(Postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)。【目的】了解安徽省部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况。【方法】采用PCR技术,对2016-2018年间安徽省部分地区猪场疑似PMWS感染的组织样品共计31份进行PCV2检测和全基因扩增,并通过DNAStar等生物信息学软件对所得到的PCV2毒株基因序列进行遗传进化分析。【结果】所得的8株PCV2安徽株与GenBank上已发表的国内外参考毒株相比较,核苷酸相似性为92.8%-99.0%,ORF2及其推导的氨基酸序列相似性分别为85.8%-99.6%和82.5%-100%。遗传进化树分析结果显示8株安徽株中有1株PCV2a,2株PCV2b,5株PCV2d,未发现PCV2c、PCV2e和PCV2f基因型。此外,通过对ORF2基因编码的氨基酸序列分析,发现各基因型Cap蛋白氨基酸序列上的位点具有其独特性。【结论】近年来PCV2在安徽地区的猪群中感染较为普遍,其中PCV2d基因型的感染病例增多,逐渐成为安徽地区的优势流行株。本研究为安徽地区的PCV2防控提供了一定的参考依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型(PCV2) 基因克隆 ORF2基因 遗传进化分析
甘蓝型油菜BnEOD3基因克隆与比较测序分析 预览
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作者 俎峰 李霞 +6 位作者 何晓莹 张国建 张建昆 董云松 王敬乔 束正齐 陈苇 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期20-24,共5页
【目的】克隆拟南芥籽粒大小发育母体效应基因EOD3在甘蓝型油菜籽粒中表达的同源基因拷贝,并在大、小籽粒材料间开展序列比较分析。【方法】以1份大籽粒与1份小籽粒种质发育中的籽粒为研究材料,利用RT-PCR克隆发育中籽粒表达的BnEOD3基... 【目的】克隆拟南芥籽粒大小发育母体效应基因EOD3在甘蓝型油菜籽粒中表达的同源基因拷贝,并在大、小籽粒材料间开展序列比较分析。【方法】以1份大籽粒与1份小籽粒种质发育中的籽粒为研究材料,利用RT-PCR克隆发育中籽粒表达的BnEOD3基因拷贝,结合生物信息学手段在大、小籽粒材料间进行差异比较分析。【结果】生物信息学分析发现BnEOD3基因在甘蓝型油菜中有4个同源拷贝(BnaC04g00760D,BnaA05g01200D,BnaC04g50960D,BnaA04g27100D)。其中BnaA04g27100D在大、小籽粒材料发育籽粒中均有表达,且在第114碱基处存在SNP变异(大籽粒为C,小籽粒为G),BnaC04g50960D则仅在小籽粒材料中检测到表达,BnaC04g00760D与BnaA05g01200D基因则在大、小籽粒中均未检测到表达。【结论】BnEOD3基因仅有2个拷贝(BnaA04g27100D和BnaC04g50960D)在发育籽粒中检测到表达,其中BnaA04g27100D在第114碱基处的SNP变异导致氨基酸序列甘氨酸(G)与丙氨酸(A)的氨基酸的差异,可能与大、小籽粒性状有关。 展开更多
关键词 油菜 基因克隆 大籽粒 比较测序 EOD3基因
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猪Nrf2基因克隆、生物信息学分析及启动子区转录活性分析 预览
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作者 刘宗立 陈涛 +4 位作者 杨丹丹 崔景香 李川皓 曾勇庆 陈伟 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1328-1339,共12页
旨在了解猪Nrf2基因的结构和功能,研究Nrf2基因的转录调控机制。本研究选取6头90 kg左右的健康大蒲莲猪为试验动物,采用cDNA末端快速克隆技术(RACE)和染色体步移技术获得大蒲莲猪Nrf2基因完整的cDNA序列和启动子区域,利用生物信息学软... 旨在了解猪Nrf2基因的结构和功能,研究Nrf2基因的转录调控机制。本研究选取6头90 kg左右的健康大蒲莲猪为试验动物,采用cDNA末端快速克隆技术(RACE)和染色体步移技术获得大蒲莲猪Nrf2基因完整的cDNA序列和启动子区域,利用生物信息学软件分析Nrf2基因及其启动子区域的生物学特征。结果,Nrf2基因cDNA全长2 358 bp,包括87 bp的5′UTR,495 bp的3′UTR序列,CDS区大小为1 776 bp,编码591个氨基酸。对预测蛋白质序列进行生物信息学分析,蛋白分子量为66.402 7 ku,理论等电点(pI)为4.66,大部分二级结构为α-螺旋。采用染色体步移技术扩增得到5′侧翼序列2 091 bp的片段。Nrf2基因5′侧翼区经预测含有典型的TATA-box,不含CpG岛。构建不同长度启动子片段的pGL3-Basic表达载体,转染293T细胞后经双荧光素酶活性检测,提示在-903~-710 bp区域内可能存在正调控区或增强子,生物信息学预测其中含有多个转录因子结合位点,可能参与Nrf2基因转录调控。本研究成功获得了Nrf2基因完整的cDNA序列和启动子区域,并且发现-903~-710 bp为核心启动子,本研究为猪抗氧化应激的遗传改良提供一定理论基础。 展开更多
关键词 Nrf2基因 基因克隆 启动子 双荧光素酶
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苹果成花抑制蛋白SVP基因的克隆、表达及启动子活性分析
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作者 王世祥 左希亚 +4 位作者 邢利博 樊胜 张东 韩明玉 张林森 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1445-1457,共13页
以‘长富2号’苹果短枝顶芽为材料,采用同源重组法克隆得到成花抑制蛋白SHORT VEGETATIVE PHASE(SVP)家族的1个关键基因MdMADS50,开放阅读框(ORF)长度为675 bp,编码224个氨基酸。序列分析发现,该基因含有1个保守的MADS-box结构域和1个K-... 以‘长富2号’苹果短枝顶芽为材料,采用同源重组法克隆得到成花抑制蛋白SHORT VEGETATIVE PHASE(SVP)家族的1个关键基因MdMADS50,开放阅读框(ORF)长度为675 bp,编码224个氨基酸。序列分析发现,该基因含有1个保守的MADS-box结构域和1个K-box结构域,属于MIKC型。氨基酸多重序列比对和系统进化分析表明,MdMADS50蛋白序列与苹果MdSVP具有较高的同源性。qRT-PCR分析结果表明,MdMADS50具有组织表达特异性,在苹果芽和叶中表达量较高。外源GA3处理促进了MdMADS50的表达,且在难成花品种‘长富2号’苹果芽中的表达量显著高于其他苹果品种。另外,GUS活性检测结果表明MdMADS50基因启动子具有启动活性,且受外源GA3诱导后活性增强。综上,研究表明MdMADS50可能响应GA3处理对苹果成花诱导发挥抑制作用,并介导赤霉素信号参与苹果花芽孕育的调控。 展开更多
关键词 苹果 成花诱导 SVP GA 基因克隆 基因表达 GUS
紫花苜蓿F-box蛋白基因MsFTL的克隆及功能分析 被引量:1
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作者 陈秀秀 张彤 +4 位作者 余倩文 周薇 安逸民 杜秉昊 郭长虹 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期750-759,共10页
FTL(F-box Triple LRR protein)是F-box蛋白家族的成员,具有F-box保守结构域,在植物抵御逆境胁迫过程中起重要作用。本研究参考低温胁迫下紫花苜蓿转录组数据设计引物,通过RT-PCR克隆获得紫花苜蓿MsFTL基因,该基因的全长1422 bp,编码47... FTL(F-box Triple LRR protein)是F-box蛋白家族的成员,具有F-box保守结构域,在植物抵御逆境胁迫过程中起重要作用。本研究参考低温胁迫下紫花苜蓿转录组数据设计引物,通过RT-PCR克隆获得紫花苜蓿MsFTL基因,该基因的全长1422 bp,编码473个氨基酸。该蛋白含有1个F-box结构域及3个LRR重复。系统进化分析表明,MsFTL与蒺藜苜蓿XP003626345.1 F-box/FBD/LRR-repeat protein亲缘关系最近。两者蛋白序列比对发现共有11个差异位点。在低温、盐、干旱以及外源ABA处理下,MsFTL基因受到诱导,表达量上调。构建植物过表达载体pCBM-MsFTL,通过农杆菌介导法转化烟草。对经过抗性筛选、PCR和Real-time PCR验证的转基因植株进行低温抗性鉴定。在-4℃低温胁迫下,野生型烟草叶片出现了明显的萎蔫失水现象,而转基因烟草萎蔫程度相对较轻。生理检测结果表明,4℃处理24 h之后,转基因烟草的可溶性蛋白含量、可溶性糖含量、SOD活性,CAT活性高于野生型,MDA含量低于野生型。本研究表明,MsFTL基因在提高植物对低温胁迫的抗性方面具有重要的作用。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 MsFTL基因 低温 基因克隆 功能分析
中间锦鸡儿CiUPF0114克隆与表达及豆科UPF0114基因家族成员分析
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作者 杨杞 牛肖翠 +1 位作者 王瑞刚 李国婧 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期760-768,共9页
本研究克隆了中间锦鸡儿一个CiUPF0114基因,该基因编码框长876 bp,编码291个氨基酸的蛋白质,预测等电点9.83,分子量32.13 kD。利用荧光定量PCR检测发现,在干旱、脱水和冷处理后,CiUPF0114基因转录水平的表达量均明显上调。通过全基因组... 本研究克隆了中间锦鸡儿一个CiUPF0114基因,该基因编码框长876 bp,编码291个氨基酸的蛋白质,预测等电点9.83,分子量32.13 kD。利用荧光定量PCR检测发现,在干旱、脱水和冷处理后,CiUPF0114基因转录水平的表达量均明显上调。通过全基因组筛选,获得了29个来自于8种豆科植物以及模式植物拟南芥和水稻中的UPF0114基因家族成员,并对其进行了系统进化分析、基因结构和保守基序分析。系统进化分析将UPF0114基因分成A和B两个亚家族,A亚家族又分成A1和A2两个组,本研究中克隆的中间锦鸡儿CiUPF0114属于B亚家族成员。通过对蛋白长度、结构域数量、分子量、等电点、基因结构和保守基序的分析发现,29个UPF0114基因差异不大,说明该基因家族成员在进化上相对保守。该研究为进一步验证CiUPF0114基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 CiUPF0114 基因克隆 中间锦鸡儿 基因家族 进化分析
花椰菜BobACT基因的克隆及其作为内参基因的研究
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作者 林珲 朱海生 +1 位作者 温庆放 黄丽芳 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期781-789,共9页
实时荧光定量PCR技术是探索植物基因功能和调节机理的有效手段。选择合适的内参基因是获得实时荧光定量PCR准确性数据的必备条件。ACT基因高度保守且表达稳定,常作为内参基因被广泛应用。为了获得花椰菜ACT基因,以转录组测序和RT-PCR方... 实时荧光定量PCR技术是探索植物基因功能和调节机理的有效手段。选择合适的内参基因是获得实时荧光定量PCR准确性数据的必备条件。ACT基因高度保守且表达稳定,常作为内参基因被广泛应用。为了获得花椰菜ACT基因,以转录组测序和RT-PCR方法为手段克隆得到花椰菜肌动蛋白基因Actin。该基因等电点为5.395,理论分子量为41.77 kD;其cDNA开放阅读框长1134 bp,编码氨基酸377个,GenBank登录号为MG598643。Wolf Psort分析发现,BobActin蛋白亚细胞定位于细胞质基质中。Motif Scan分析显示,BobActin蛋白质的氨基酸序列4~377位为Actin保守结构域。进化分析表明,同源序列基因编码的蛋白质与同为十字花科的甘蓝、芜菁和油菜同源蛋白的相似性达到90%以上,具有高度的保守性。在此基础上,设计了1对荧光定量PCR引物,分析显示,该引物具有较高的特异性和扩增效率,在花椰菜根、茎、花、花球、叶片等不同组织和低温、高温、盐处理、干旱处理、ABA处理等胁迫处理下均能稳定表达,适合在花椰菜基因表达研究中作为内参基因,为开展花椰菜重要功能基因的挖掘、表达模式以及调控机理的研究提供参考。花椰菜在内参基因方面的研究还处于初步阶段,今后可继续克隆其他内参基因,丰富花椰菜的内参基因库,从而进一步提高花椰菜基因表达分析研究的稳定性、重复性和准确性。 展开更多
关键词 花椰菜 ACTIN 基因克隆 表达分析 内参基因
野生番茄SpIDD1基因的表达分析及其VIGS载体构建
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作者 章月琴 凌巧 +4 位作者 钟桂娴 梁引娣 李进良 胡汉桥 杨荣超 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期2193-2199,共7页
为鉴定野生番茄的SpIDD1基因并探究其功能,以野生醋栗番茄‘PI365967’为试验材料,利用RT-PCR克隆得到SpIDD1基因的CDS序列,全长1 020 bp,编码339个氨基酸,与普通番茄参考基因组序列相比,SpIDD1只存在一个核苷酸位点的差异。蛋白序列比... 为鉴定野生番茄的SpIDD1基因并探究其功能,以野生醋栗番茄‘PI365967’为试验材料,利用RT-PCR克隆得到SpIDD1基因的CDS序列,全长1 020 bp,编码339个氨基酸,与普通番茄参考基因组序列相比,SpIDD1只存在一个核苷酸位点的差异。蛋白序列比对和结构分析表明,Sp IDD1含有1个核定位信号和4个保守锌指结构域(C2H2·C2H2·C2HC·C2HC),是一个典型的IDD蛋白。系统进化分析表明,SpIDD1与马铃薯和辣椒的IDD蛋白亲缘关系最近。荧光定量PCR显示,SpIDD1在叶、顶芽和果实中的表达较高,并受干旱胁迫的显著诱导。利用TRV-VIGS系统构建了Sp IDD1的基因沉默载体,并成功侵染番茄。研究结果表明,SpIDD1作为一个典型的IDD基因,很可能参与了番茄的干旱胁迫。本研究为进一步研究该基因的功能及作用机理提供理论依据。 展开更多
关键词 醋栗番茄 SpIDD1基因 表达分析 基因克隆 VIGS
黄瓜单链DNA结合蛋白基因CsWHY1的克隆及表达分析 预览
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作者 袁高雅 沈佳 +4 位作者 赵宇 王星 张璐 李季 陈劲枫 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期246-252,共7页
[目的]单链DNA结合蛋白Whirly(WHY)是植物体内广泛存在的一类转录因子,在植物叶片衰老等方面具有重要作用。本文旨在克隆黄瓜单链DNA结合蛋白基因CsWHY1,初步分析其表达特征,为黄瓜叶片衰老的功能研究提供参考。[方法]以华北型黄瓜‘993... [目的]单链DNA结合蛋白Whirly(WHY)是植物体内广泛存在的一类转录因子,在植物叶片衰老等方面具有重要作用。本文旨在克隆黄瓜单链DNA结合蛋白基因CsWHY1,初步分析其表达特征,为黄瓜叶片衰老的功能研究提供参考。[方法]以华北型黄瓜‘9930’‘长春密刺’和‘新泰密刺’为试验材料,克隆CsWHY1的cDNA全长,应用生物信息学方法对该基因进行生物信息学分析,并利用洋葱表皮细胞瞬时表达系统对CsWHY1蛋白进行亚细胞定位,同时通过RT-qPCR技术分析CsWHY1基因在3个黄瓜品种不同组织中的表达模式。[结果]CsWHY1基因包含1个长度为831bp的开放阅读框(ORF),共编码276个氨基酸,蛋白理论相对分子质量为30.729×10^3,理论等电点(pI)为9.00,属于亲水蛋白。氨基酸序列分析表明,CsWHY1蛋白具有保守的Whirly结构域,在双子叶植物和单子叶植物中高度同源,且与甜瓜亲缘关系最近。亚细胞定位发现CsWHY1蛋白在洋葱表皮的质体上表达。荧光定量PCR分析其表达模式,发现CsWHY1在不同黄瓜品种不同组织中均有表达,叶片中表达量最高,根和茎中表达量较低,其中衰老叶片中的表达量显著高于成熟叶片。[结论]CsWHY1基因的表达具有组织特异性,在衰老叶片高表达,参与了黄瓜叶片衰老进程。 展开更多
关键词 黄瓜 CsWHY1基因 叶片衰老 基因克隆 表达分析
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Molecular cloning and expression under abiotic stresses and hormones of the ethylene response factorⅦgene FmRAP2.12 from Fraxinus mandshurica 预览
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作者 Nansong Liang Lei Yu +3 位作者 Chunhao Liu Ziqing Wang Xingtang Zhao Yaguang Zhan 《林业研究:英文版》 CAS CSCD 2019年第4期1289-1300,共12页
RELATED TO AP2.12(RAP2.12)is one of the Ethylene Response Factors(ERF)transcription factor and plays a key role in controlling plant root bending and responding to multiple abiotic stresses including hypoxia stress.In... RELATED TO AP2.12(RAP2.12)is one of the Ethylene Response Factors(ERF)transcription factor and plays a key role in controlling plant root bending and responding to multiple abiotic stresses including hypoxia stress.In this study,FmRAP2.12 gene was isolated and characterized from Fraxinus mandshurica Rupr.The open reading frame(ORF)of FmRAP2.12 was 1170 bp and encoded a protein of 389 amino acids.The conserved domains,three-dimensional phylogenetic relationship of FmRAP2.12 was also investigated.Quantitative real-time(qRT-PCR)analyzed the expression of FmRAP2.12 in different tissues.The expression level of FmRAP2.12 was highest in roots followed by leaves,and lowest in male flowers.Abiotic stress and hormone signal-induced expression was established using qRT-PCR.Salt stress induced FmRAP2.12 to a double peak pattern:the first peak value was at 6 h and the second at 72 h.Drought stress also induced FmRAP2.12 to a double peak pattern:the first at6 h and the second at 48 h.FmRAP2.12 was up-regulated after initiation of gibberellic acid(GA3)treatment,with a one peak pattern at 24 h.FmRAP2.12 may not respond to cold stress and Abscisic acid(ABA)treatment.The transient overexpression of FmRAP2.12 caused the up-expression of downstream key genes of abiotic stress response and gibberellin pathway.Our research reveals the molecular characteristic and expression patterns under abiotic stress and hormone condition of FmRAP2.12,providing support for the genetic improvement of F.mandshurica at a molecular level. 展开更多
关键词 ERF RAP2.12 GENE CLONE GENE expression FRAXINUS mandshurica
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甜橙成花关键基因CsFT的克隆分析与表达载体构建
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作者 郭鑫跃 陈伟 +2 位作者 杨小慧 刘勇 杨莉 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期478-486,共9页
FT被认为是汇集各个开花途径的关键因子,其超量表达可促进植物提早开花。本研究通过RT-PCR方法,以纽荷尔脐橙(Citrus sinensis (L.) Osbeck)叶片为材料,成功地克隆到了2个FT基因的cDNA序列,分别为534 bp和537 bp,各自编码177个和178个... FT被认为是汇集各个开花途径的关键因子,其超量表达可促进植物提早开花。本研究通过RT-PCR方法,以纽荷尔脐橙(Citrus sinensis (L.) Osbeck)叶片为材料,成功地克隆到了2个FT基因的cDNA序列,分别为534 bp和537 bp,各自编码177个和178个氨基酸,并对其进行了生物信息学相关分析。荧光定量分析了2个CsFT基因在脐橙不同器官的表达情况,结果表明二者在果皮、果肉、茎、叶、花中均有表达,但CsFT1基因在果肉中的表达量最高,CsFT2基因在叶中的表达量最高;这2个基因在不同花器官中均有表达,CsFT1基因在花瓣中表达最高,CsFT2基因雌蕊中表达最高,并都在开花后第7天的花器官中达到最大,随后下降。将2个基因连接到植物表达载体pCAMBIA1301上,得到了过量表达载体pCAMBIA1301-35S-CsFT1和pCAMBIA1301-35S-CsFT2,并成功转化农杆菌,为下一步转化柑橘获得转基因植株提供了技术参考。 展开更多
关键词 柑橘 FT基因 基因克隆 表达 载体构建
响应地黄连作障碍LncRNA-RgAGT2的克隆及表达分析
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作者 王潇然 王玉红 +4 位作者 李炜玺 李振 刘方明 张重义 陈新建 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期703-711,共9页
连作障碍严重影响地黄的产量和品质,对其分子机制的探寻是地黄研究领域的重要问题之一。该研究基于前期数字表达谱(DGE)分析筛选到的特异响应连作障碍转录本Unigene29334_All,利用hi TAIL-PCR和RACE技术克隆到长度为1 573 bp的完整转录... 连作障碍严重影响地黄的产量和品质,对其分子机制的探寻是地黄研究领域的重要问题之一。该研究基于前期数字表达谱(DGE)分析筛选到的特异响应连作障碍转录本Unigene29334_All,利用hi TAIL-PCR和RACE技术克隆到长度为1 573 bp的完整转录产物。借助ORF Finder预测发现,克隆产物所有ORF均小于300 nt,证实此转录产物为长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)。与地黄转录组数据库比对发现,此LncRNA与丙氨酸-乙醛酸转氨酶2基因(Rg AGT2)部分区域同源,因此命名为LncRNA-RgATG2。为进一步研究LncRNA-RgAGT2的功能,该研究检测了LncRNA-RgAGT2与Rg AGT2基因在头茬和连作地黄生长发育5个关键时期(苗期,拉线期,膨大前期,膨大中期,膨大后期)的表达模式,结果暗示,LncRNA-Rg AGT2可能与地黄Rg AGT2基因存在调控关系。同时,连作地黄LncRNA-RgAGT2表达水平在各个时期均发生不同程度的变化,可以作为地黄连作障碍的“诊断标签”。该研究首次证实LncRNA-RgAGT2参与地黄连作障碍应答及调控过程,是对地黄连作障碍分子机制的有力补充。 展开更多
关键词 地黄 连作障碍 LncRNA 基因克隆 基因表达 RACE
枝状枝孢霉MD2的候选基因A00981的克隆及转基因菌株的构建 预览
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作者 张鹏 刘盼 +4 位作者 周兰 裴婷 甘喆 李浩东 宋发军 《中南民族大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第1期45-49,共5页
目的:为揭示真菌紫杉醇合成分子机制.方法:克隆了产紫杉醇内生真菌枝状枝孢霉MD2的候选基因A00981,该基因DNA和cDNA序列分别为969 bp和894 bp;其编码蛋白含有298个氨基酸、无跨膜结构和信号肽,与酰基辅酶A脱氢酶(ACAD)具有73%的一致性.... 目的:为揭示真菌紫杉醇合成分子机制.方法:克隆了产紫杉醇内生真菌枝状枝孢霉MD2的候选基因A00981,该基因DNA和cDNA序列分别为969 bp和894 bp;其编码蛋白含有298个氨基酸、无跨膜结构和信号肽,与酰基辅酶A脱氢酶(ACAD)具有73%的一致性.进一步构建该基因的超表达载体pTFC-A00981,并转化枝状枝孢霉MD2,共获得9株转基因菌株.结果:Southern blot分析证明其中5株转基因菌株的外源基因是以单拷贝方式插入.结论:该结果为深入分析超表达候选基因A00981对枝状枝孢霉MD2紫杉烷类合成的影响奠定了基础. 展开更多
关键词 枝状枝孢霉MD2 紫杉醇 基因克隆 转基因菌株
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软枣猕猴ICE1基因克隆与生物信息学分析
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作者 张庆田 范书田 +2 位作者 李昌禹 艾军 秦红艳 《生物技术》 CAS 2019年第3期210-214,230共6页
[目的]为研究软枣猕猴桃ICE1基因的生物学功能及抗寒分子机制奠定基础。[方法]以4℃低温处理24 h的软枣猕猴桃(Actinidia arguta Planch) c DNA为模板,通过反转录PCR技术克隆ICE1基因。[结果]该基因c DNA长1524 bp,可编码507个氨基酸。... [目的]为研究软枣猕猴桃ICE1基因的生物学功能及抗寒分子机制奠定基础。[方法]以4℃低温处理24 h的软枣猕猴桃(Actinidia arguta Planch) c DNA为模板,通过反转录PCR技术克隆ICE1基因。[结果]该基因c DNA长1524 bp,可编码507个氨基酸。生物信息学分析显示ICE1基因是编码MYC2型的b HLH转录因子,编码蛋白是定位于细胞核的非跨膜亲水蛋白。推导的氨基酸序列与中华猕猴桃(Actinidia chinensis var. chinensis)和山葡萄(Vitis amurensis) ICE1存在着较高的同源性。[结论]成功克隆到软枣猕猴桃抗寒转录因子命名为AaICE1。 展开更多
关键词 软枣猕猴桃 转录因子 基因克隆 生物信息学
龙脑樟Actin基因的克隆与序列分析 预览
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作者 张君诚 许晓颖 +1 位作者 邹函卓 杨琳 《三明学院学报》 2019年第4期13-16,共4页
利用同源克隆的方法设计特异性引物,从龙脑樟中获得一个333bp的基因片段,编码110个氨基酸。该片段的蛋白分子量为12.37ku,理论等电点为5.03,平均疏水性(GRAVY)为-0.312,α螺旋、β片层和无规则卷曲的比例分别为40.04%、10.09%和45.87%... 利用同源克隆的方法设计特异性引物,从龙脑樟中获得一个333bp的基因片段,编码110个氨基酸。该片段的蛋白分子量为12.37ku,理论等电点为5.03,平均疏水性(GRAVY)为-0.312,α螺旋、β片层和无规则卷曲的比例分别为40.04%、10.09%和45.87%。同源比对和进化树分析结果都表明,龙脑樟Actin基因与香樟、山鸡椒的Actin基因具有较高的同源性。龙脑樟Actin基因片段的克隆,为深入研究该基因的表达调控及龙脑樟遗传与进化关系提供理论基础。 展开更多
关键词 龙脑樟 ACTIN基因 克隆 序列分析
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藏药川西獐牙菜中SmMK基因的克隆及生物信息分析
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作者 李晓雪 向蓓蓓 +5 位作者 孙继奇 白艳玲 朱晔荣 马琳 冯林林 王勇 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第13期3169-3177,共9页
目的了解川西獐牙菜Swertia mussotii Franch甲羟戊酸途径中的关键酶甲羟戊酸激酶基因(MK)的功能,并进一步推进川西獐牙菜中的甲羟戊酸途径的研究。方法根据川西獐牙菜的转录组信息,获得了川西獐牙菜MK(SmMK)基因的全长cDNA序列,并且设... 目的了解川西獐牙菜Swertia mussotii Franch甲羟戊酸途径中的关键酶甲羟戊酸激酶基因(MK)的功能,并进一步推进川西獐牙菜中的甲羟戊酸途径的研究。方法根据川西獐牙菜的转录组信息,获得了川西獐牙菜MK(SmMK)基因的全长cDNA序列,并且设计了特异性引物,利用RT-PCR对该基因进行了克隆;利用生物信息学方法,对SmMK基因的序列进行分析;构建原核表达载体MBP-SmMK,转入大肠杆菌Rosetta(DE3)中,然后对Sm MK基因进行了原核表达,并对其进行了纯化。结果SmMK基因cDNA全长为1 164 bp,共编码387个氨基酸。SmMK与其他植物中的MK具有较高相似性。对其信号肽、跨膜区域、蛋白定位及二级结构和三维构象进行了预测分析。SDS-PAGE检测表明所纯化蛋白与预期蛋白的大小相一致,为40970。结论为进一步研究川西獐牙菜中MK的功能奠定了基础,并为进一步研究川西獐牙菜中的甲羟戊酸途径,提高川西獐牙菜中类异戊二烯化合物的产量提供了依据。 展开更多
关键词 川西獐牙菜 甲羟戊酸激酶 基因克隆 生物信息学分析 原核表达
牛角瓜5β黄体酮还原酶基因(Cgp5Br)克隆与序列分析 预览
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作者 严乔顺 王月 +3 位作者 何俊 罗庆辉 李村富 许建初 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2019年第3期53-60,共8页
5β黄体酮还原酶是强心苷合成途径中的第一个关键酶,在强心苷合成中起着重要的调控作用。为了研究牛角瓜中强心苷生物合成途径的关键酶基因,本研究依据牛角瓜转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法从牛角瓜中克隆得到关键酶基因p5Br(... 5β黄体酮还原酶是强心苷合成途径中的第一个关键酶,在强心苷合成中起着重要的调控作用。为了研究牛角瓜中强心苷生物合成途径的关键酶基因,本研究依据牛角瓜转录组数据设计特异性引物,采用RT-PCR方法从牛角瓜中克隆得到关键酶基因p5Br(5β黄体酮还原酶基因)的2个开放阅读框(ORF),分别命名为Cgp5Br1(GeneBank登录号MH094753)和Cgp5Br2(GeneBank登录号MH094754)。序列分析结果表明,Cgp5Br1的序列长1 164bp,编码387个氨基酸,Cgp5Br2的序列长1 158bp,编码385个氨基酸。进化树分析发现,Cgp5Br1和Cgp5Br2在进化上属于旁系同源。qRT-PCR分析表明,Cgp5Br1和Cgp5Br2在牛角瓜的根、茎、叶、花和种子中均有表达。Cgp5Br1在根中相对表达量最高,而Cgp5Br2在根、茎、叶和花中的表达量都相对较高,种子中最低。本研究为今后利用代谢工程提高强心苷含量提供了重要的基因资源。 展开更多
关键词 牛角瓜 5β黄体酮还原酶 强心苷 基因克隆 序列分析
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