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诺如病毒重组株GII.P16-GII.2在广州地区引起暴发的分子流行病学调查
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作者 苏文哲 耿进妹 +7 位作者 赖赛麟 刘静雯 汪慧 陈纯 王大虎 狄飚 张周斌 谢华萍 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期362-368,共7页
目的揭示2016年7月至2017年6月广州市诺如病毒暴发流行的源头及其规律。方法通过哨点医院和各级疾控中心收集病例信息和粪便标本,用荧光定量PCR方法对标本中的诺如病毒核酸进行检测,并对阳性标本核酸进行扩增和测序,通过BLAST比对寻找... 目的揭示2016年7月至2017年6月广州市诺如病毒暴发流行的源头及其规律。方法通过哨点医院和各级疾控中心收集病例信息和粪便标本,用荧光定量PCR方法对标本中的诺如病毒核酸进行检测,并对阳性标本核酸进行扩增和测序,通过BLAST比对寻找同源性最接近的参考序列并构建系统发生树。结果通过广州市感染性腹泻监测网络共收集标本854人份,患者男女性别比为1∶0.67,78.33%的病例为7岁以下学龄前儿童,共检出诺如病毒GII组核酸阳性220份(25.76%,合并GI组核酸阳性5份);2016年下半年流行的主要型别是GII.Pe-GII.4.Sydney_2012型(94.64%),2017年上半年流行的主要型别是GII.P16-GII.2型(67.65%)。2016年9月份开始广州市诺如病毒感染性腹泻疫情的报告数逐渐增多,至2017年2~3月份迎来发病高峰,4月份疫情报告数开始下降,5~6月份之后腹泻疫情报告数下降至2~3起/月。2016年9~11月份的暴发疫情均由GII.Pe-GII.4.Sydney_2012型引起;2016年12月至2017年4月的暴发疫情由GII.P16-GII.2型引起;部分疫点的厨工和保育员标本中有检出诺如病毒GII组阳性,且与病例标本的型别一致。结论2016至2017年冬春季节在广州地区暴发的诺如病毒疫情是诺如病毒重组株GII.P16-GII.2型在本地的首次暴发,各疫点间病毒基因序列同源性较高,提示可能是同一来源;部分疫点的厨工和保育员可能在部分疫情的扩散中扮演了重要的角色。 展开更多
关键词 诺如病毒 感染性腹泻 分子分型 分子流行病学
HIV分子流行病学研究和实践进展 预览
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作者 钟平 《新发传染病电子杂志》 2019年第3期137-144,共8页
本文系统地综述了近年来国内外艾滋病分子流行病学研究和实践方面的进展,主要从三个方面阐述了全球和中国HIV-1基因亚型和新型重组型病毒演变的现状、特点和趋势,以及正在发展的可助力于精准干预艾滋病流行的分子传播网络的最新研究进展... 本文系统地综述了近年来国内外艾滋病分子流行病学研究和实践方面的进展,主要从三个方面阐述了全球和中国HIV-1基因亚型和新型重组型病毒演变的现状、特点和趋势,以及正在发展的可助力于精准干预艾滋病流行的分子传播网络的最新研究进展,包括全球HIV-1亚型多样性和分布地域性、我国HIV-1亚型此消彼长、新型重组病毒频繁发生和HIV分子传播网络研究进入实践阶段。本文明确指出了HIV-1亚型和重组病毒多样性是阻碍遏制HIV流行的关键因素,并强调了基于分子簇的精准干预在助力控制艾滋病流行中的重要意义。本文将为从事艾滋病防治事业的公共卫生专业人员、医生以及实验室工作人员提供较新的信息,供读者进一步学习和参考。 展开更多
关键词 HIV/AIDS 分子流行病学 基因亚型 重组病毒 分子传播网络
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耐醋酸氯己定肺炎克雷伯菌的耐药机制及分子流行病学研究
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作者 张艺之 张秀彩 +4 位作者 张思琴 赵雅洁 董郭枫 周笑珍 周铁丽 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期202-207,共6页
目的研究临床分离肺炎克雷伯菌对醋酸氯己定消毒剂的耐药性、耐药机制及分子流行病学情况。方法收集2015年温州医科大学附属第一医院临床分离的肺炎克雷伯菌共332株,琼脂稀释法筛选醋酸氯己定耐药菌株并检测外排泵抑制剂羰基氰氯苯腙(CC... 目的研究临床分离肺炎克雷伯菌对醋酸氯己定消毒剂的耐药性、耐药机制及分子流行病学情况。方法收集2015年温州医科大学附属第一医院临床分离的肺炎克雷伯菌共332株,琼脂稀释法筛选醋酸氯己定耐药菌株并检测外排泵抑制剂羰基氰氯苯腙(CCCP)对醋酸氯己定最小抑菌浓度(MIC)的影响;聚合酶链反应(PCR)和实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分别检测与醋酸氯己定抗性相关的外排泵基因cepA、qacE、qacΔE1的携带情况和表达情况;半定量结晶紫法检测生物膜形成能力;多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析醋酸氯己定耐药菌株间的同源性。结果25株醋酸氯己定耐药肺炎克雷伯菌在加入CCCP后的醋酸氯己定MIC值比加入之前的MIC值均降低4倍及以上;醋酸氯己定抗性基因cepA、qacE和qacΔE1的携带率分别为100%、40%和40%,且醋酸氯己定耐药组的上述基因表达水平均显著高于敏感组;醋酸氯己定耐药菌株的生物膜形成能力显著低于醋酸氯己定敏感菌株,其中,成膜能力阴性4株(16%),弱阳性20株(80%),阳性1株(4%);MLST和PFGE显示25株醋酸氯己定耐药菌株分别属于19种ST型和各种不同PFGE型。结论主动外排是肺炎克雷伯菌对醋酸氯己定消毒剂耐药的主要机制;醋酸氯己定耐药肺炎克雷伯菌具有不同程度的生物膜形成能力;耐药菌株的同源性较低。 展开更多
关键词 醋酸氯己定 肺炎克雷伯菌 耐药机制 流行病学
2017-2018年天津地区腹泻住院患儿腺病毒感染的分子流行病学及基因型分析
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作者 李璇 范超萌 +4 位作者 林书祥 王维 王萍 方玉莲 崔华雷 《国际生物医学工程杂志》 CAS 2019年第2期109-114,共6页
目的了解天津地区腹泻患儿腺病毒的感染状况、流行病学特点和基因遗传进化特征。方法收集2017年7月至2018年7月天津市儿童医院腹泻住院患儿的粪便标本1609例,提取腺病毒核酸,进行六邻体hexon基因片段的扩增。对腺病毒阳性标本进行核酸... 目的了解天津地区腹泻患儿腺病毒的感染状况、流行病学特点和基因遗传进化特征。方法收集2017年7月至2018年7月天津市儿童医院腹泻住院患儿的粪便标本1609例,提取腺病毒核酸,进行六邻体hexon基因片段的扩增。对腺病毒阳性标本进行核酸序列测定,并与GenBank中的已知序列进行序列比对和系统进化树分析。同时采用金标法检测粪便标本中的轮状病毒,乳胶凝集法检测弯曲杆菌,PCR和实时荧光定量PCR检测博卡病毒、诺如病毒和艰难梭菌。结果1609例标本中共检出腺病毒69例,阳性率为4.3%。其中82.6%的腺病毒阳性腹泻患儿年龄在7~48月龄;不同季节腺病毒阳性率差异具有统计学意义(χ^2=11.467,P=0.009),夏秋两季为腺病毒阳性率高峰;腺病毒混合感染率为26.1%(18/69),与诺如病毒或轮状病毒混合感染各7例,艰难梭菌混合感染4例。随机选取39份腺病毒阳性标本PCR产物进行基因序列检测,共检测到7种腺病毒基因型,以肠道腺病毒的腺病毒41型为主(46.1%,18/39),其次为非肠道腺病毒的腺病毒31、3和7型,而1、5和6型较为少见。结论天津地区腹泻患儿的腺病毒基因型多样,各个季节散在流行,夏秋两季高发,以婴幼儿期感染常见。 展开更多
关键词 腹泻 腺病毒感染 分子流行病学 基因分型 婴幼儿
2018年福建省输入性基孔肯雅热的病原学特征
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作者 王金章 阚乃鹏 +5 位作者 张拥军 游丽斌 王宇平 邓艳琴 郑奎城 翁育伟 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第3期253-256,共4页
目的 了解福建省2018年一起输入性基孔肯雅热(chikungunya fever,CHIK)疫情的病原学特征.方法 通过荧光RT-PCR和ELISA方法对两例CHIK患者发病后不同时间采集的血清标本进行检测,RT-PCR方法扩增病毒E1结构蛋白基因并测序,分析核苷酸序列... 目的 了解福建省2018年一起输入性基孔肯雅热(chikungunya fever,CHIK)疫情的病原学特征.方法 通过荧光RT-PCR和ELISA方法对两例CHIK患者发病后不同时间采集的血清标本进行检测,RT-PCR方法扩增病毒E1结构蛋白基因并测序,分析核苷酸序列特征并做系统进化树分析.结果 自两病例发病后5 d内采集的4份标本可检测到基孔肯雅病毒(chikungunya virus,CHIKV)核酸,最早在发病第5 d的标本中检测到IgM抗体阳性,IgG抗体仅在发病10 d的标本中检测阳性;核苷酸序列分析结果显示病毒E1基因编码的氨基酸与S27-非洲原型株比较,发现12个位置的突变;两例病例的E1基因序列两者完全一致,与2014年菲律宾毒株进化关系最为接近,其基因分型为Asian基因型.结论 该起CHIK疫情是由来源于菲律宾的Asian基因型CHIKV感染后输入福建省,提示福建省应当加强疫区入境人员的监测,防止输入病例引起本地暴发流行. 展开更多
关键词 基孔肯雅病毒 分子流行病学 E1基因 序列分析
老年患者多药耐药鲍氏不动杆菌分子流行病学和耐药性研究
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作者 周娇娇 朱惠莉 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1786-1790,共5页
目的 分析多药耐药鲍氏不动杆菌(MDRAB)的分子流行病学特征和耐药机制。方法 收集2011-2017年老年患者痰标本43株MDRAB。应用多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)对MDRAB进行分子分型。PCR和测序方法检测MDRAB的耐药基因。结果 ... 目的 分析多药耐药鲍氏不动杆菌(MDRAB)的分子流行病学特征和耐药机制。方法 收集2011-2017年老年患者痰标本43株MDRAB。应用多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)对MDRAB进行分子分型。PCR和测序方法检测MDRAB的耐药基因。结果 MLST将43株MDRAB分为ST208、ST191和ST195、STn1(1-3-G1-2-2-94-3)。PFGE将43株MDRAB分为四个克隆型。ST208、ST191、ST195、STn1组成了克隆复合体92(CC92)。痰标本MDRAB中携带blaOXA-23-like基因阳性率为95.3%,ISAba1-blaOXA-23基因81.4%,blaOXA-66 100%,aac(6’)-Ib基因51.2%,aph(3’)-Ia基因83.7%,aac(3)-Ia基因65.1%,所有MDRAB的gyrA基因83位丝氨酸均突变为亮氨酸。结论 ST208和ST191是医院痰标本MDRAB主要的ST分型,克隆复合体CC92为医院最主要的MDRAB流行克隆,blaOXA-23、blaOXA-66是鲍氏不动杆菌对碳青霉烯类抗菌药物耐药的主要机制,AAC(6’)-Ib、APH(3’)-I磷酸转移酶、AAC(3)-II氨基糖苷乙酰转移酶的产生为多药耐药鲍氏不动杆菌对氨基糖苷类抗菌药物耐药的主要机制。喹诺酮耐药决定区域的'热点'突变为鲍氏不动杆菌介导喹诺酮类抗菌药物的关键机制。 展开更多
关键词 鲍氏不动杆菌 多位点序列分析 脉冲场凝胶电泳 分子流行病 克隆复合体92
2017年江西部分地区PEDV分子流行病学调查 预览
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作者 蒋新华 周荷田 +4 位作者 罗锋 杨丹凤 张志庆 陈松昌 邓舜洲 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期1474-1482,共9页
为了解江西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况,本研究利用RT-PCR方法对2017年采自江西省部分地区规模化猪场182份腹泻仔猪小肠组织和粪便样品进行检测,并设计了2对引物对37份阳性病料的S基因进行扩增、克隆及序列测定,以及与G... 为了解江西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行和变异情况,本研究利用RT-PCR方法对2017年采自江西省部分地区规模化猪场182份腹泻仔猪小肠组织和粪便样品进行检测,并设计了2对引物对37份阳性病料的S基因进行扩增、克隆及序列测定,以及与GenBank中登录的22株PEDVS基因参考序列进行遗传进化分析。结果显示,37株PEDV江西流行株的S基因序列长为4158或4161bp,编码1385或1386个氨基酸,全部为Group1型,与美国流行毒株较为接近,而与欧洲毒株(Br1/87)及疫苗株(CV777)亲缘关系较远;37株PEDV中有36株为G1-1亚群,1株为G1-2亚群;37株PEDV江西毒株间的S基因核苷酸序列同源性为96.9%~100.0%,氨基酸序列同源性为96.1%~100.0%,与22株参考毒株的核苷酸、氨基酸序列同源性分别为92.7%~100.0%和91.5%~100.0%;相较于CV777疫苗株,PEDV江西流行毒株的S基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了2017年江西部分地区PEDV的流行与变异情况,为指导江西省PEDV的科学防控提供了参考依据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒(PEDV) 分子流行病学 S基因 遗传变异
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吉林省猪圆环病毒3型的分子流行病学调查及遗传演化分析 预览 被引量:1
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作者 郭影成 付守鹏 +1 位作者 高学勇 李旭东 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期1483-1490,共8页
为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAS... 为了解猪圆环病毒3型(porcine circovirus type3,PCV3)在吉林省的流行情况和分子生物学特性,本研究通过PCR方法对吉林省2015-2017年的484份血清样品进行PCV3检测,将PCV3检测阳性的样品进行ORF2基因扩增和测序,并利用生物信息学软件DNAStar和Mega6.06对ORF2基因的分子生物学特性进行分析。结果显示,吉林省2015-2017年PCV3样品总感染率和猪场感染率分别为28.1%(136/484)和65.8%(25/38),且呈逐年上升趋势。同源性分析结果表明,本研究获得的4株PCV3ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.3%~98.9%和97.7%~99.5%,4株PCV3ORF2基因与国内外参考毒株ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.7%~99.7%和96.7%~100%。遗传进化分析表明,PCV3存在2个亚群:PCV3a和PCV3b。本试验分离的PCV3毒株分别位于2个亚群上,1株属于PCV3a亚群,3株属于PCV3b亚群。PCV3毒株Cap蛋白第24(A、V)和27位(R、K)氨基酸的不同可能与PCV3毒株的进化相关。本试验结果表明,PCV3在吉林省猪群和猪场中存在很高的感染率,PCV3毒株之间高度保守,本研究结果为PCV3的分子特性研究提供了参考依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 ORF2基因 分子流行病学 遗传特性
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轮状病毒感染致腹泻患儿的分子流行病学及预后相关因素分析 预览
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作者 佘文 唐书生 《现代消化及介入诊疗》 2019年第8期855-860,共6页
目的研究我院2013~2018年轮状病毒(RV)感染致腹泻患儿分子流行病学特征及预后相关因素。方法纳入2013年1月至2018年12月我院收治的210例腹泻患儿为对象,均应用免疫层析胶体金法行RV检测。分析RV感染情况,收集RV分子流行病学特征,分析患... 目的研究我院2013~2018年轮状病毒(RV)感染致腹泻患儿分子流行病学特征及预后相关因素。方法纳入2013年1月至2018年12月我院收治的210例腹泻患儿为对象,均应用免疫层析胶体金法行RV检测。分析RV感染情况,收集RV分子流行病学特征,分析患儿临床转归,并采用多因素Logistic回归分析法分析RV感染致腹泻患儿临床转归的独立影响因素。结果210例腹泻患儿共检出54例(25.71%)RV。不同性别腹泻患儿RV检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。不同月龄、季节、大便性状腹泻患儿RV检出率比较,差异均有统计学意义(P<0.05),其中6~12月龄、冬季、蛋花汤样大便腹泻患儿RV检出率最高,分别为72.97%、46.51%、48.00%。选择RV抗原阳性的54份标本进行G分型,未发现G4型,G分型以G1型为主,占62.96%;P分型结果显示,未发现P6、P9、P10型,P分型以P8型为主,占59.26%;组合型中以G1P8型最多,占40.74%。54例RV感染致腹泻患儿治疗3~7 d后,治愈26例(48.15%),显效13例(24.07%),纳入愈显组;有效10例(18.52%),无效5例(9.26%),归入非愈显组。多因素Logistic回归分析显示,月龄、心肌损害、肝损害是RV感染致腹泻患儿预后的独立影响因素(P<0.05)。结论急性腹泻患儿粪便中RV检出率较高,冬季、月龄6~12个月、大便性状为蛋花汤样检出率最高,主要基因型为G1型;月龄、心肌损害、肝损害与RV感染致腹泻患儿预后有关。 展开更多
关键词 轮状病毒 腹泻 婴幼儿 分子流行病学 临床转归
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贵州省猪伪狂犬病的分子流行病学调查及变异分析
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作者 胡玲玲 汤德元 +9 位作者 曾智勇 王彬 黄涛 龙冬梅 石远菊 杨伟 叶丽 郭倩妤 廖少山 刘巧玲 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1448-1452,共5页
为了解贵州省猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)的分子流行病学状况,本试验对贵州省16个规模化猪场2016-2017年间采集的1430份血液样品进行PRV gE/gB抗体ELISA和PCR检测,并对PCR检测呈阳性的部分样品进行gE基因的克隆、测序及分... 为了解贵州省猪伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)的分子流行病学状况,本试验对贵州省16个规模化猪场2016-2017年间采集的1430份血液样品进行PRV gE/gB抗体ELISA和PCR检测,并对PCR检测呈阳性的部分样品进行gE基因的克隆、测序及分析。结果表明,共检出PRV gE抗体阳性样品27份,其中PRV在保育猪中的gB抗体阳性率为90.35%,相对保护力较为薄弱,野毒检出率最高;克隆测序得到的4株PRV gE基因序列中,株间核苷酸同源性为99.6%~99.9%,氨基酸同源性为99.1%~99.8%;遗传进化树分析得出检测毒株与GenBank上已公布的变异毒株序列同属一个较大而独立的分支。试验为了解和研究PRV贵州流行株的分子流行状况及变异特征提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 贵州省 PRV gE/gB ELISA 序列分析 分子流行病学
淋病分子流行病学研究进展
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作者 杨韵青 朱慧兰 +7 位作者 罗权 汤少开 何婉苹 梁容娇 钟雪莲 彭嘉俊 王建琴 陈祥生 《国际流行病学传染病学杂志》 CAS 2019年第4期322-326,共5页
淋病是由淋病奈瑟球菌(淋球菌)感染人体生殖道所致的性传播疾病。由于疫情攀升和淋球菌耐药问题的发展,淋病已成为全球性公共卫生问题。近年来,基于核酸检测的淋球菌分型技术日渐成熟,已逐渐成为淋病分子流行病学研究中的重要工具。此... 淋病是由淋病奈瑟球菌(淋球菌)感染人体生殖道所致的性传播疾病。由于疫情攀升和淋球菌耐药问题的发展,淋病已成为全球性公共卫生问题。近年来,基于核酸检测的淋球菌分型技术日渐成熟,已逐渐成为淋病分子流行病学研究中的重要工具。此文综述了淋病分子流行病学研究的最新进展,分别阐述基于DNA凝胶电泳和序列测序的常见分型方法,以及该类方法在淋球菌耐药性检测和传播网络等方面的应用,从而促进淋病治疗用药方案和防控措施的探索。 展开更多
关键词 奈瑟球菌 淋病 分子流行病学 分型 传播网络
耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌分子流行病学研究 预览
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作者 龚林 刘小丽 +1 位作者 许慧琼 梁建生 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期643-647,共5页
目的分析武汉两所医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)临床分离株产碳青霉烯酶的情况,以及分子流行病学特征。方法收集武汉两所医院2018年1-10月临床分离的42株非重复CRKP,采用CarbaNP试验方法对菌株产碳青霉烯酶情况进行初筛,聚合酶链... 目的分析武汉两所医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)临床分离株产碳青霉烯酶的情况,以及分子流行病学特征。方法收集武汉两所医院2018年1-10月临床分离的42株非重复CRKP,采用CarbaNP试验方法对菌株产碳青霉烯酶情况进行初筛,聚合酶链反应(PCR)检测碳青霉烯酶基因携带情况,采用质粒接合试验分析耐药基因的水平转移情况,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行亲缘关系分析。结果42株CRKP菌株中14株CarbaNP试验阳性,其中有10株扩增出NDM-1基因,3株扩增出KPC-2基因。共13株CRKP碳青霉烯基因检测阳性,其中12株质粒接合试验成功。PFGE分析结果显示,携带NDM-1基因的CRKP菌株共分成6型,无明显优势型;携带KPC-2基因的CRKP菌株为同一型别。结论检出产NDM-1和KPC-2的CRKP菌株,质粒接合试验提示质粒介导的水平传播在碳青霉烯酶基因的播散过程中可能起重要作用。 展开更多
关键词 碳青霉烯酶 肺炎克雷伯菌 CarbaNP试验 PFGE 分子流行病学
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2017年南京市部分沙门菌感染特征及菌株脉冲场电泳鉴定 预览
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作者 葛藤 程婷婷 +4 位作者 张韶华 江晓 叶艳华 史小超 张洪英 《江苏预防医学》 CAS 2019年第1期19-22,86共5页
目的 了解2017年南京市沙门菌感染及分子流行病学特征。方法2017年4—10月收集南京市各哨点医院送检疑似细菌性感染的分离菌株,以常规方法鉴定,挑取单克隆菌落,进行脉冲场电泳分析,采用PulseNetChina系统聚类分析软件进行图谱分析;并结... 目的 了解2017年南京市沙门菌感染及分子流行病学特征。方法2017年4—10月收集南京市各哨点医院送检疑似细菌性感染的分离菌株,以常规方法鉴定,挑取单克隆菌落,进行脉冲场电泳分析,采用PulseNetChina系统聚类分析软件进行图谱分析;并结合临床指标进行描述性分析。结果分离、鉴定84株沙门菌,共计32种血清型,主要为鼠伤寒沙门菌(23株,占27.38%)。94.0%菌株分离自粪便标本,病例年龄1个月~95岁,主要为≤1岁(29.76%)、≥60岁组(17.86%);7月为感染高峰(占25.00%);临床诊断主要为感染性腹泻/急性胃肠炎(占72.62%)。不同年龄感染谱不同:鼠伤寒沙门菌感染者多为≤10岁组(95.65%),肠炎沙门菌感染者多为50~60岁组(62.50%),乙型副伤寒沙门菌感染以及斯坦利沙门菌感染者均≤1组岁,都柏林沙门菌感染者均为40~50岁组。经XbaⅠ酶切、电泳片段为30~700kD,PFGE指纹图谱带型相似度为0.35%~100.00%,同血清型相同菌株的PFGE指纹图谱带型均不同,鼠伤寒沙门菌S1相似群相似度最高为92.59%,其余种属相似群相似度均<80%。结论南京市2017年沙门菌感染多以鼠伤寒沙门菌为主,婴幼儿和老年人为高危人群,夏季为感染高峰。沙门菌血清型与PFGE指纹图谱未发现直接关联,应进一步加强监测及PFGE数据库建设。 展开更多
关键词 沙门菌 鼠伤寒沙门菌 脉冲场电泳 分子流行病学
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胃癌分子流行病学研究进展 预览 被引量:1
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作者 黄莎 戴瑨 +3 位作者 高娟娟 游伟程 潘凯枫 李文庆 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期16-21,共6页
胃癌是发病率和死亡率较高的恶性肿瘤。近年来,随着分子生物学技术的发展和各种新兴组学检测技术的涌现,胃癌分子流行病学工作者广泛探讨人群危险因素暴露、癌前病变、胃癌形成等过程中的相关遗传和宿主因素以及环境-遗传交互作用,探索... 胃癌是发病率和死亡率较高的恶性肿瘤。近年来,随着分子生物学技术的发展和各种新兴组学检测技术的涌现,胃癌分子流行病学工作者广泛探讨人群危险因素暴露、癌前病变、胃癌形成等过程中的相关遗传和宿主因素以及环境-遗传交互作用,探索相关的生物学标志物,为胃癌的预防和控制提供了重要证据。本文综述了近年来胃癌分子流行病学最新研究进展,分别阐述基于候选策略下的血清和血浆标志物研究、全基因组关联研究、全外显子组测序研究、基于组织芯片技术的研究以及代谢组学和微生物组学等方面的现有研究证据,为未来胃癌分子流行病学研究工作提供借鉴和参考,促进胃癌的病因学研究和精准防控。 展开更多
关键词 胃癌 生物标志物 分子流行病学
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应对日益严峻的挑战:中国禽传染性支气管炎研究
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作者 黄梦姣 张芸 +1 位作者 薛春宜 曹永长 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1837-1849,共13页
自1937年禽传染性支气管炎病毒在美国被首次分离以来,该病毒的传播给世界养禽业带来了严重的经济损失。中国地域辽阔、气候多样,国内该病毒的流行情况十分复杂。本文就传染性支气管炎在国内的病原分离、分子流行病学、检测技术、疫苗及... 自1937年禽传染性支气管炎病毒在美国被首次分离以来,该病毒的传播给世界养禽业带来了严重的经济损失。中国地域辽阔、气候多样,国内该病毒的流行情况十分复杂。本文就传染性支气管炎在国内的病原分离、分子流行病学、检测技术、疫苗及综合防控技术等方面的研究与实践进行总结。目前,该病毒在中国多种类型毒株并存,优势流行毒株为QX基因型毒株。除广泛使用的H120等Mass血清型疫苗外,4/91血清型疫苗和LDT3-A株疫苗也被逐步使用,多采用弱毒疫苗和灭活疫苗联合免疫的方法有效控制了其对养禽业造成的经济损失。 展开更多
关键词 禽传染性支气管炎 中国 分子流行病学 免疫程序 中药治疗
在急诊重症监护室患者中感染碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌分子流行病学的研究
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作者 李秀清 高磊 +3 位作者 崔兰卿 孙立颖 汪波 熊辉 《中国临床药理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第15期1588-1591,共4页
目的对急诊科重症监护室(ICU)患者分离出的碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌(CRAB)进行流行病学调查。方法收集2015年12月至2016年5月北京大学第一医院急诊科ICU 23名患者的呼吸道分泌物标本,对分离到的CRAB进行纸片法抗菌药物敏感实验,并通过... 目的对急诊科重症监护室(ICU)患者分离出的碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌(CRAB)进行流行病学调查。方法收集2015年12月至2016年5月北京大学第一医院急诊科ICU 23名患者的呼吸道分泌物标本,对分离到的CRAB进行纸片法抗菌药物敏感实验,并通过脉冲场凝胶电泳技术对菌株进行比对,确定菌株的同源性,同时结合临床资料进行分析。结果在23株CRAB中,14株来自同一克隆,提示该菌株为主要的流行株,其余均为散发菌株。在感染CRAB的23例患者中,有9例死亡。结论 CRAB感染多见于危重症患者,在急诊ICU呈现暴发流行,治疗困难,死亡风险高。 展开更多
关键词 碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌 流行病学 脉冲场凝胶电泳
2018年江西及福建省新现猪急性腹泻冠状病毒的分子流行病学调查 预览
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作者 张誉瀚 袁为锋 +4 位作者 张帆帆 李凯 李指全 宋德平 唐玉新 《养猪》 2019年第4期113-117,共5页
猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine Acute Diarrhea Syndrome Coronavirus,SADS-CoV)是2017年在我国广东首次发现的一种可导致新生仔猪急性水样腹泻及死亡的新型冠状病毒。为调查2018年江西及福建猪群中该病毒的感染情况,试验建立了一种SA... 猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine Acute Diarrhea Syndrome Coronavirus,SADS-CoV)是2017年在我国广东首次发现的一种可导致新生仔猪急性水样腹泻及死亡的新型冠状病毒。为调查2018年江西及福建猪群中该病毒的感染情况,试验建立了一种SADS-CoV套式RT-PCR检测方法,并调查2018年江西及福建腹泻猪只样本中SADS-CoV的流行情况。根据GenBank数据库中SADS-CoV GDS04毒株(登录号MF167434)的核衣壳蛋白(N)基因核酸序列,设计了两对特异性套式引物。以猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒等病毒的基因组为模板检测引物的特异性。通过优化反应条件建立了检测SADS-CoV的套式PCR方法,用建立的套式PCR方法对2018年从江西和福建两省8个猪场采集的492份腹泻样品进行检测。应用设计的两对套式引物扩增出了650 bp和291 bp两个特异性片段。试验建立的套式PCR检测方法特异性好,只能扩增SADS-CoV,其最低检测限度为102拷贝/μL。利用所建立的方法对来自江西和福建省的492份腹泻猪临床样品进行检测,从福建猪群样品中检出了2份SADS-CoV感染,未从江西临床样品中检出SADS-CoV。试验将为SADS-CoV的临床检测提供一种套式PCR检测方法,结果表明该病毒在福建猪群而未在江西腹泻猪群中流行,将对SADS-CoV的临床诊断等具有应用价值。 展开更多
关键词 猪急性腹泻综合征冠状病毒 套式PCR 腹泻 分子流行病学
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利用MALDI-TOF MS特异质量峰对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌同源性的快速分型 预览
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作者 余佳佳 刘婧娴 +1 位作者 李媛睿 刘瑛 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期206-212,共7页
目的利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的特异质量峰,并根据特异质量峰对CRKP进行快速同源性分析。方法选取某院微生物实验室已进行多位点序列分型(MLST)的CRKP76株,52株用于方法... 目的利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)筛选耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的特异质量峰,并根据特异质量峰对CRKP进行快速同源性分析。方法选取某院微生物实验室已进行多位点序列分型(MLST)的CRKP76株,52株用于方法的建立,24株用于方法的验证。设置5个不同的特异峰挑选标准,按照不同的标准筛选各ST型特异质量峰,依据筛选的特异质量峰对CRKP进行分型,将与MLST结果符合率最高的标准确定为最佳标准。依据最佳标准筛选出的特异峰对24株CRKP进行分型,验证特异峰质量分型方法的准确性,并与质谱仪软件中的主成分分析(PCA)和核心图谱(MSP)聚类分析进行比较。结果按照标准2[(1)信噪比(S/N)≥4,(2)S/N比值≥1.5,(3)变异系数(CV)≤40%],52株CRKP中共筛选出45个特异质量峰,利用特异质量峰对29株CRKP进行分型,与MLST符合率最高,达82.8%,确定为最佳标准。按照此标准筛选出的特异质量峰对另外24株CRKP进行分型,与MLST符合率达83.3%。而PCA聚类分析与MLST的符合率仅为66.7%,MSP聚类分析与MLST一致性较差,没有明显符合ST型的分组趋势。结论利用MALDI-TOFMS筛选出不同ST型别CRKP的特异质量峰,可用于CRKP的快速同源性分析,为暴发流行的监测和医院感染的控制提供依据。 展开更多
关键词 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 特异质量峰 多位点序列分型 分子流行病学
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应用分子流行病学调查一起HIV-1 CRF02_AG家庭内传播
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作者 辛若雷 刘安 +4 位作者 孙丽君 李佳 张琴 卢红艳 孙伟东 《国际病毒学杂志》 2019年第1期21-25,共5页
目的通过调查一起家庭内HIV-1传播事件,阐明家庭成员HIV-1毒株传播关系。方法通过流行病学调查方法,对1例HIV-1抗体筛查有反应孕产妇及其配偶和所育婴儿进行随访和检测。运用一步法逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HIV-1 gag基因和pol... 目的通过调查一起家庭内HIV-1传播事件,阐明家庭成员HIV-1毒株传播关系。方法通过流行病学调查方法,对1例HIV-1抗体筛查有反应孕产妇及其配偶和所育婴儿进行随访和检测。运用一步法逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HIV-1 gag基因和pol基因片段,构建系统进化树分析其进化传播关系。结果孕产妇(EID1107M)在孕期保健期间存在HIV抗体血清阳转现象。其丈夫(EID1107F)随后确诊为HIV-1抗体阳性;其所育婴儿(EID1107I)在出生后8个月HIV-1核酸检测阳性。3个病例均感染HIV-1 CRF02_AG毒株,进化树上聚集成可靠进化簇,拓扑学结构表明"父-母-子"之间的传播关系。结论加强婚前检查和孕期保健感染性疾病筛查,对阳性孕产妇病例实施及时有效的母婴阻断,避免传染性疾病的家庭内二代传播,提高出生人口质量。 展开更多
关键词 人免疫缺陷病毒1型 家庭内 母婴传播 分子流行病学
河南部分地区猪流行性腹泻病毒流行病学调查 预览
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作者 李凡 赵坤坤 刘守川 《养猪》 2019年第5期113-117,共5页
试验对临床上可引起腹泻的部分病原进行了检测,并对河南部分地区的猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV)进行了分子流行性病学调查。对从河南地区5个规模化猪场获得的10份腹泻病料进行了反转录PCR,并对检出的8份PEDV... 试验对临床上可引起腹泻的部分病原进行了检测,并对河南部分地区的猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV)进行了分子流行性病学调查。对从河南地区5个规模化猪场获得的10份腹泻病料进行了反转录PCR,并对检出的8份PEDV的S基因部分序列进行测序、同源性和遗传进化分析。结果显示,临床的腹泻病例部分为混合感染,作为主要病原的PEDV、猪A群轮状病毒(PoRV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)的检出率有所不同。将8株PEDV的S基因与参考毒株CV777进行比较,S基因存在不同位点和不同程度的氨基酸突变。S基因的同源性比较和遗传进化分析表明:河南地区的8株PEDV毒株属于不同的分支,且181737-1、181737-2和180278-1为流行株,180276-3、180276-6、180435-1和181753-1更接近于经典株,181212-1更接近于疫苗株。结果表明,河南地区现阶段流行的PEDV毒株复杂多样,优势毒株可能发生了变化。 展开更多
关键词 猪腹泻 PEDV 分子流行病学 S基因 遗传进化分析
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