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登革病毒逆转录重组酶聚合酶扩增-测流层析试纸条检测方法的建立与评价 预览
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作者 张阳 孙涛 +1 位作者 徐聪林 周冲 《口岸卫生控制》 2019年第3期30-34,共5页
目的建立快速简便的登革病毒检验方法对控制登革热疫情至关重要。方法本研究首次建立了一种登革病毒的RT-RPA-LFD检测技术,结果本研究建立的RT-RPA-LFD检测技术能同时检测四种血清型的登革病毒,具有较好的重复性,特异性高,对乙型脑炎病... 目的建立快速简便的登革病毒检验方法对控制登革热疫情至关重要。方法本研究首次建立了一种登革病毒的RT-RPA-LFD检测技术,结果本研究建立的RT-RPA-LFD检测技术能同时检测四种血清型的登革病毒,具有较好的重复性,特异性高,对乙型脑炎病毒、基孔肯雅热病毒、黄热病毒和塞卡病毒没有交叉检测,并且具有较高的检测灵敏度,对四种血清型的登革病毒检测限都低至10拷贝/反应。结论综合考虑其快速性和操作简便性,RT-RPA-LFD是一种非常有前景的登革病毒一线检测技术。 展开更多
关键词 登革病毒 RT-RPA-LFD RT-LAMP RT-PCR 检测方法
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2016-2017年中国沿海省市虾类偷死野田村病毒(CMNV)分子流行病学调查 预览
2
作者 李小平 万晓媛 +6 位作者 张庆利 黄倢 董宣 王秀华 邱亮 宋增磊 程东远 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第2期65-73,共9页
偷死野田村病毒(CMNV)引起的病毒性偷死病(VCMD)使中国对虾养殖业遭受了严重的经济损失,为查明CMNV及其变异株的分子流行病学特征,本研究采用逆转录套式PCR(RT-nPCR)、逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)和TaqMan实时荧光定量PCR(TaqManRT-q... 偷死野田村病毒(CMNV)引起的病毒性偷死病(VCMD)使中国对虾养殖业遭受了严重的经济损失,为查明CMNV及其变异株的分子流行病学特征,本研究采用逆转录套式PCR(RT-nPCR)、逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)和TaqMan实时荧光定量PCR(TaqManRT-qPCR)3种方法,对2016~2017年中国沿海省市CMNV及一种新型野田村病毒——行动障碍野田村病毒(MDNV)的流行、分布和变异情况进行了分析。结果显示,养殖凡纳滨对虾、中国明对虾、日本囊对虾、斑节对虾和罗氏沼虾等种类中均可检测到CMNV阳性;在河北、山东、浙江、福建、广东和海南等省市采集的患病对虾中均存在CMNV。基于RT-nPCR、RT-LAMP和TaqManRT-qPCR的检测结果显示,2016和2017年样品中CMNV的阳性检出率依次分别为11.8%和7.8%,6.7%和3.9%,17.7%和12.4%;基于上述3种方法检测结果计算得出,2016和2017年样品中CMNV的阳性检出率分别为26.8%和16.3%;基于RT-LAMP的分析显示,2016年样品中MDNV的阳性检出率为9.4%。本研究表明,中国沿海省市养殖虾类中VCMD的流行和危害仍不容忽视,RNA依赖的RNA聚合酶基因不断变异导致前期基于该基因开发的CMNV检测方法可靠性下降,检出假阴性风险升高;同时,发病对虾中出现了新的野田村病毒株系且具有较高的流行率,其传播危害风险值得高度关注。 展开更多
关键词 偷死野田村病毒 分子流行病学调查 逆转录套式PCR 逆转录环介导等温扩增 TaqMan实时荧光定量RT-PCR 行动障碍野田村病毒
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柑橘鳞皮病毒RT-LAMP检测方法的建立与应用
3
作者 李敏 周天宇 +3 位作者 吴佳星 周彦 曹孟籍 李中安 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1409-1416,共8页
根据NCBI数据库柑橘鳞皮病毒(Citrus psorosis virus,CPsV)的外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列设计了4组特异性引物,通过一系列优化,筛选并获得1组特异性引物。以感染CPsV的柑橘叶片总RNA为模板,采用一步法RT-LAMP(One-step reverse t... 根据NCBI数据库柑橘鳞皮病毒(Citrus psorosis virus,CPsV)的外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列设计了4组特异性引物,通过一系列优化,筛选并获得1组特异性引物。以感染CPsV的柑橘叶片总RNA为模板,采用一步法RT-LAMP(One-step reverse transcription loop-mediated isothermal amplification),在60℃下反应60 min,对扩增产物进行琼脂糖电泳分析,同时测定其特异性和灵敏度。结果表明,建立的RT-LAMP检测方法能特异性扩增CPsV,灵敏度为RT-PCR的10倍。用RT-LAMP方法对87个田间样品进行检测,发现有5个样品感染了CPsV,其检测结果与RT-PCR法一致。RT-LAMP法具有特异性强、灵敏度高、操作简单、快速等特点,适合对CPsV样品的快速检测与鉴定。 展开更多
关键词 柑橘 柑橘鳞皮病毒 RT-LAMP 检测
猪流行性腹泻病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立 预览 被引量:1
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作者 高志强 汪琳 +4 位作者 姜焱 蒲静 赵相鹏 尹羿 张伟 《中国动物检疫》 CAS 2019年第1期58-64,共7页
为建立一种适用于现场快速检测的猪流行性腹泻病毒(PEDV)LAMP技术,基于羟基萘酚蓝(HNB)的可视化显色特点,根据PEDVM基因编码区序列,设计合成1套引物,通过反应物浓度和反应条件优化,建立了可闭管检测的PEDVRT-LAMP检测方法。特异性和灵... 为建立一种适用于现场快速检测的猪流行性腹泻病毒(PEDV)LAMP技术,基于羟基萘酚蓝(HNB)的可视化显色特点,根据PEDVM基因编码区序列,设计合成1套引物,通过反应物浓度和反应条件优化,建立了可闭管检测的PEDVRT-LAMP检测方法。特异性和灵敏度试验结果显示,建立的RT-LAMP检测技术快速、灵敏、特异,可于1h内检出0.2mL0.1TCID50/mL的病毒RNA,与实时荧光RT-PCR检测方法灵敏度一致,与猪瘟病毒、猪伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型以及猪链球菌2型核酸不发生交叉反应。利用该方法对187份送检的粪拭子及病死猪组织样品进行应用检测,检出阳性样品9份,与荧光定量RT-PCR方法检测结果一致。试验结果表明,所建立的方法快速、特异,重复性满足要求,适用于送检样品的PEDV快速检测。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 HNB显色 RT-LAMP
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建兰花叶病毒RT-LAMP检测方法的建立 预览
5
作者 樊荣辉 黄敏玲 +2 位作者 钟淮钦 罗远华 叶秀仙 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期541-545,共5页
建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)是侵染兰花的主要病毒,严重影响其观赏价值,建立快速、灵敏的检测方法显得尤为重要。根据CyMV的外壳蛋白基因序列设计4对特异性引物,经过优化反应条件,建立该病毒的RT-LAMP检测方法,并进行LAM... 建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)是侵染兰花的主要病毒,严重影响其观赏价值,建立快速、灵敏的检测方法显得尤为重要。根据CyMV的外壳蛋白基因序列设计4对特异性引物,经过优化反应条件,建立该病毒的RT-LAMP检测方法,并进行LAMP检测的特异性、敏感性检测。该方法能特异扩增CyMV,与其他4种病毒(齿兰环斑病毒、菜豆黄花叶病毒、黄瓜花叶病毒和小苍兰花叶病毒)不发生反应;灵敏度为RT-PCR的10倍。田间检测20份样品中,RT-LAMP和RT-PCR检测结果一致,检出率为60%。在产物中加入荧光染料SYBR GreenⅠ,直接用肉眼观察就可判断样品是否感染CyMV,可省去电泳分析的时间。针对CyMV建立的RT-LAMP方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单、快速等特点,适用于在进境检疫及种苗繁育过程中的检测鉴定。 展开更多
关键词 建兰花叶病毒 RT-LAMP 检测
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环介导等温扩增技术检测小苍兰花叶病毒 预览
6
作者 樊荣辉 黄敏玲 +2 位作者 钟淮钦 叶秀仙 罗远华 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期153-156,共4页
小苍兰花叶病毒Freesia mosaic virus(FreMV)是侵染兰花的主要病毒,严重影响其观赏价值。本研究根据FreMV的外壳蛋白基因序列设计了一组特异性引物,经过一系列条件优化,建立了该病毒的RT-LAMP检测方法。结果显示设计引物能特异扩增FreMV... 小苍兰花叶病毒Freesia mosaic virus(FreMV)是侵染兰花的主要病毒,严重影响其观赏价值。本研究根据FreMV的外壳蛋白基因序列设计了一组特异性引物,经过一系列条件优化,建立了该病毒的RT-LAMP检测方法。结果显示设计引物能特异扩增FreMV,与其他4种病毒(菜豆黄花叶病毒Bean yellow mosaic virus、黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus、建兰花叶病毒Cymbidium mosaic virus和齿兰环斑病毒Odontoglossum ringspot virus)不发生反应;该方法灵敏度为RT-PCR的10倍。田间检测20份样品中,RT-LAMP和RT-PCR检测结果一致,检出率为60%。在产物中加入荧光染料SYBR GreenⅠ直接用肉眼观察就可判断样品是否感染FreMV,可省去电泳分析的时间。该方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单、快速等特点。 展开更多
关键词 小苍兰花叶病毒 RT-LAMP 检测
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Development of a reverse-transcription loop-mediated isothermal amplification assay to detect avian influenza viruses in clinical specimens 预览
7
作者 SHI Lin YU Xue-wu +7 位作者 YAO Wei YU Ben-liang HE Li-kun GAO Yuan ZHANG Yun-xian TIAN Guo-bin PING Ji-hui WANG Xiu-rong 《农业科学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第7期1428-1435,共8页
In recent years,the avian influenza has brought not only serious economic loss to the poultry industry in China but also a serious threat to human health because of the avian influenza virus(AIV) gene recombination an... In recent years,the avian influenza has brought not only serious economic loss to the poultry industry in China but also a serious threat to human health because of the avian influenza virus(AIV) gene recombination and reassortment.Until now,traditional RT-PCR,fluorescence RT-PCR and virus isolation identification have been developed and utilized to detect AIV,but these methods require high-level instruments and experimental conditions,not suitable for the rapid detection in field and farms.In order to develop a rapid,sensitive and practical method to detect and identify AIV subtypes,4 specific primers to the conserved region of AIV M gene were designed and a loop-mediated isothermal amplification(RT-LAMP) method was established.Using this method,the M gene of H1–H16 subtypes of AIV were amplified in 30 min with a water bath and all 16 H subtypes of AIV were able to be visually identified in presence of fluorescein,without cross reaction with other susceptible avian viruses.In addition,the detection limit of the common H1,H5,H7,and H9 AIV subtypes with the RT-LAMP method was 0.1 PFU(plaque-forming unit),which was 10 times more sensitive than that using the routine RT-PCR.Further comparative tests found that the positivity rate of RT-LAMP on detecting clinical samples was 4.18%(14/335) comparing with 3.58%(12/335) from real-time RT-PCR.All these results suggested that the RT-LAMP method can specifically detect and identify AIV with high sensitivity and can be considered as a fast,convenient and practical method for the clinic test and epidemiological investigation of AIV. 展开更多
关键词 AVIAN INFLUENZA virus(AIV) RT-LAMP diagnostic method clinical specimens
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桑脉带相关病毒RT-LAMP检测方法的建立 预览
8
作者 吴凡 李杨秀 +2 位作者 黄海娟 陈保善 蒙姣荣 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期116-120,共5页
桑脉带相关病毒Mulberry vein banding-associated virus (MVBaV)是广西桑树病毒病的主要病原病毒。本研究根据MVBaV基因组的核外壳蛋白(nucleocapsid protein, N)基因序列设计了5组引物,筛选获得了1组有效引物,建立了该病毒的反转录环... 桑脉带相关病毒Mulberry vein banding-associated virus (MVBaV)是广西桑树病毒病的主要病原病毒。本研究根据MVBaV基因组的核外壳蛋白(nucleocapsid protein, N)基因序列设计了5组引物,筛选获得了1组有效引物,建立了该病毒的反转录环介导等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification, RT-LAMP)检测方法。该方法能在恒温条件(63℃)下1 h内检测MVBaV,其灵敏度是RT-PCR检测方法的10倍。对6个田间样品进行RT-LAMP检测,其结果与RT-PCR的结果一致。该方法可直接在反应管中加入SYBR GreenⅠ,通过颜色变化即可判定结果,无需经过琼脂糖电泳或专门仪器,具有灵敏、快速和特异性好的优点,可应用于MVBaV 的快速诊断及其田间监测。 展开更多
关键词 桑脉带相关病毒 反转录环介导等温扩增技术 检测方法
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传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法的建立及其应用 被引量:1
9
作者 陈艳艳 陈盛峰 +3 位作者 陈果 陈博文 何秀苗 韦平 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期169-175,共7页
为建立一种用于快速检测鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)的逆转录环介导等温扩增技术(RTLAMP)方法,设计了针对VP1基因保守序列的5组引物,采用荧光检测试剂通过实时浊度仪监测阳性扩增结果。结果显示,从5组引物中筛选出了1组对IBDV有效扩增... 为建立一种用于快速检测鸡传染性法氏囊病病毒(IBDV)的逆转录环介导等温扩增技术(RTLAMP)方法,设计了针对VP1基因保守序列的5组引物,采用荧光检测试剂通过实时浊度仪监测阳性扩增结果。结果显示,从5组引物中筛选出了1组对IBDV有效扩增的引物,利用该引物能够在63℃、1 h条件下实现IBDV VP1基因片段的特异性扩增,与其他病毒的核酸无扩增反应;样品RNA的最低检出量为5×10^-5ng/L;利用建立的检测方法对14份临床样品进行检测,其阳性检出率为100%。结果表明,建立的IBDV RT-LAMP检测方法具有快速、准确、特异性强、灵敏度高和便捷的特点,可用于IBD临床样品的检测。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 RTLAMP 实时浊度仪 检测
诺如病毒检测技术研究 预览
10
作者 潘卫兵 许韡 《医学信息》 2018年第2期51-53,共3页
诺如病毒是非细菌性腹泻暴发的主要病原之一,对相关检测技术的研究十分必要。本文通过引物、探针、染料的选择,结合适用范围、灵敏度、特异性、重复性的评估对常规反转录-聚合酶链反应、荧光定量RT-PCR、反转录-环介导等温扩增、基因芯... 诺如病毒是非细菌性腹泻暴发的主要病原之一,对相关检测技术的研究十分必要。本文通过引物、探针、染料的选择,结合适用范围、灵敏度、特异性、重复性的评估对常规反转录-聚合酶链反应、荧光定量RT-PCR、反转录-环介导等温扩增、基因芯片、酶联免疫吸附测定和荧光微球检测条快速检测诺如病毒的技术进行了综述。着重关注了食品和水中诺如病毒检测的病毒富集技术,并提出平衡准确灵敏与简便高效对诺如病毒检测技术的研究具有重要意义。 展开更多
关键词 诺如病毒 聚合酶链反应 荧光定量 反转录 RT-PCR RT-LAMP
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禽白血病病毒K亚群RT-LAMP检测方法的建立 被引量:1
11
作者 黄海超 陈轩 +6 位作者 杨素 赵海燕 曹伟胜 邵建宏 赵福振 沙才华 李忠 《中国兽医科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期161-166,共6页
根据Gen Bank数据库中禽白血病病毒(ALV)K亚群特异性的gp85基因序列,设计了特异性检测ALV K亚群(ALV-K)的RT-LAMP引物。对内、外引物浓度组合和反应温度进行优化,建立了ALV-K的RT-LAMP检测方法。特异性试验结果显示,本方法只对ALV-... 根据Gen Bank数据库中禽白血病病毒(ALV)K亚群特异性的gp85基因序列,设计了特异性检测ALV K亚群(ALV-K)的RT-LAMP引物。对内、外引物浓度组合和反应温度进行优化,建立了ALV-K的RT-LAMP检测方法。特异性试验结果显示,本方法只对ALV-K进行特异性扩增,而对禽白血病的其他亚群以及NDV、REV、AIV、MDV、IBV等常见禽病病原未见扩增。敏感性试验表明,本方法最低能够检测到3.4×104copies/L的质粒。 展开更多
关键词 禽白血病病毒 K亚群 RT-LAMP 检测方法
哈维氏弧菌RT-LAMP检测方法建立与应用 预览
12
作者 涂志刚 杨海朋 +4 位作者 崔婧 严耿杰 李丹萍 周永灿 邱名毅 《中国水产科学》 CSCD 北大核心 2018年第6期1325-1334,共10页
哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是引起海南省后水湾深水网箱养殖卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)“烂身病”的主要病原菌.为了能够快速诊断该病原菌, 急需建立一种耗时短、准确以及便捷的检测方法.本研究利用分离到的致病菌株 QT520 的 ... 哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是引起海南省后水湾深水网箱养殖卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)“烂身病”的主要病原菌.为了能够快速诊断该病原菌, 急需建立一种耗时短、准确以及便捷的检测方法.本研究利用分离到的致病菌株 QT520 的 ToxR 基因序列设计特异性引物和加入 SYTO-9 特异荧光染料, 建立了一种可以实时、快速检测哈维氏弧菌的LAMP法(RT-LAMP). 该方法对哈维氏弧菌的基因组DNA及菌液灵敏度分别为100 fg/μL和103 cfu/mL, 与 Real-time PCR法检测灵敏度相当, 比普通 PCR的检测灵敏度要分别高 1000倍和 10倍, 能有效区分哈维氏弧菌与坎氏弧菌(Vibrio campbellii); 可以实时观察检测结果, 且检测时间只需要 40 min; 具有耗时短、特异性和灵敏度高、仪器便携、操作简单且能实时观察检测结果等优点, 非常适合在生产现场进行哈维氏弧菌的检测. 展开更多
关键词 RT-LAMP 哈维氏弧菌 卵形鲳鲹 烂身病 快速检测
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基于PEDV M基因RT-LAMP快速检测方法的建立与应用
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作者 陈希文 尹苗 +7 位作者 汪谦 杨勤 杨凤 李莲 罗文涛 周杰珑 马缨 赵洪 《中国兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期1641-1647,共7页
为建立一种快速、灵敏、方便的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)早期诊断方法,本研究针对PEDV的M基因片段设计了4条引物,对反应体系的时间、温度进行了优化,对试验的特异性和敏感性进行了评估,初步建立了逆转... 为建立一种快速、灵敏、方便的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)早期诊断方法,本研究针对PEDV的M基因片段设计了4条引物,对反应体系的时间、温度进行了优化,对试验的特异性和敏感性进行了评估,初步建立了逆转录环介导恒温扩增技术(RT-LAMP)。结果表明,建立的PEDV RT-LAMP方法在65℃恒温下扩增60min,可通过琼脂糖凝胶电泳或SYBR Green I染料肉眼判断结果,灵敏性较普通RT-PCR高100倍。该方法与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)等无交叉反应,具有良好的特异性。采用该RT-LAMP对100份临床疑似发病粪便拭子、小肠组织、初乳样本进行检测,结果较RT-PCR更灵敏。因此,本研究初步建立了可用于临床PEDV检测的RT-LAMP检测方法,为PEDV的临床快速诊断和综合防控提供了一种新的手段。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒(PEDV) 逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP) 快速检测
基于微流控等温扩增技术的甲型H1N1流感病毒快速检测 预览 被引量:1
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作者 孔文 王瑞丽 +6 位作者 赵荣涛 孙明璇 郭旭东 杨益 刘婉莹 郝荣章 宋宏彬 《广西医科大学学报》 CAS 2018年第4期560-563,共4页
目的:以甲型H1N1流感病毒检测为例,建立一种简便、快速的流感病毒检测方法,为呼吸道传染病疫情防控提供技术支持。方法:整合环介导等温扩增技术(LAMP)和微流控芯片技术,建立微流控实时荧光逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)快速检测方法;... 目的:以甲型H1N1流感病毒检测为例,建立一种简便、快速的流感病毒检测方法,为呼吸道传染病疫情防控提供技术支持。方法:整合环介导等温扩增技术(LAMP)和微流控芯片技术,建立微流控实时荧光逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)快速检测方法;针对甲型H1N1流感病毒的M基因序列中8个不同区段设计LAMP引物,根据扩增效果筛选出1套(6条)引物,并进行临床样本检测验证。结果:所建立的检测方法可实现扩增结果的荧光实时判读,能在恒定温度(65℃)30 min内完成扩增反应,检测限可达10 copies/μL,仅对甲型H1N1流感病毒产生扩增曲线,对甲型H3、H5、H7、H9及乙型流感病毒均无扩增;对70份临床样本的检测结果与荧光定量PCR方法一致,特异性和灵敏度均为100%;该方法具有体系封闭、污染小、试剂用量小的优势。结论:所建立的微流控实时荧光RT-LAMP是一种快速、灵敏、特异、简便的检测甲型H1N1流感病毒的方法,便于开展现场检测。 展开更多
关键词 微流控 RT-LAMP 流感病毒 H1N1 现场检测
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猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立与应用 被引量:5
15
作者 张日腾 张乔亚 +4 位作者 姜辰龙 刘宗霞 杨茂春 姜平 白娟 《中国兽医科学》 CSCD 北大核心 2018年第1期7-12,共6页
本研究为建立一种针对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的快速检测方法,根据PRRSV O RF7基因保守区域序列,设计了三对特异性引物。通过Bst D N A聚合酶、引物、Mg2+、d NT Ps和SY BR G reenⅠ及H NB染料浓度等反应条件优化,建立了PRRS... 本研究为建立一种针对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的快速检测方法,根据PRRSV O RF7基因保守区域序列,设计了三对特异性引物。通过Bst D N A聚合酶、引物、Mg2+、d NT Ps和SY BR G reenⅠ及H NB染料浓度等反应条件优化,建立了PRRSV反转录-环介导等温核酸扩增(RT-L AMP)检测方法 ,62℃条件下反应35 min,肉眼可见白色沉淀,1.5%琼脂糖凝胶电泳出现梯形条带,SYBR GreenⅠ染料显示呈绿色。该方法的最低检测限(TCID50)为1×10^0.5/m L,对猪瘟病毒、伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型和猪流行性腹泻病毒等病原均无交叉反应。110份临床样品检测结果显示,PRRSV阳性率60.0%,与RT-PCR检测结果符合率为85.5%。上述结果说明,该方法操作简便,灵敏特异,可用于PRRSV临床样品的快速诊断。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 反转录-环介导等温核酸扩增(RT-LAMP) ORF7基因
猪圆环病毒3型LAMP检测方法的建立与应用 预览 被引量:2
16
作者 姜辰龙 严秀文 +3 位作者 张日腾 李勇 姜平 白娟 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期1314-1319,共6页
为快速诊断和检测猪圆环病毒3型(PCV3),本研究根据其ORF2基因保守序列,设计特异性引物,并通过Bst DNA聚合酶、引物最佳浓度比例、Mg^2+、dNTPs和甜菜碱浓度及反应条件优化,建立了环介导等温核酸扩增(LAMP)检测方法。结果显示,59℃... 为快速诊断和检测猪圆环病毒3型(PCV3),本研究根据其ORF2基因保守序列,设计特异性引物,并通过Bst DNA聚合酶、引物最佳浓度比例、Mg^2+、dNTPs和甜菜碱浓度及反应条件优化,建立了环介导等温核酸扩增(LAMP)检测方法。结果显示,59℃恒温扩增36min即可出现梯形条带,且产物亦可通过SYBR GreenⅠ染色进行判断。该方法最低检测限为1.0×10^1copies·μL^-1,与猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)及猪圆环病毒1型和2型(PCV1、PCV2)等均无交叉反应。检测68份呼吸道病猪淋巴结样品,PCV3阳性率占30.9%,与PCR检测结果符合率为95.6%(65/68)。相对传统PCR方法而言,该方法敏感特异,简便快速,可用于PCV3检测和临床诊断。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 RT-LAMP 检测
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口蹄疫病毒RT-LAMP检测方法的建立 预览
17
作者 李井春 《现代畜牧兽医》 2018年第8期1-4,共4页
本研究依据已发表的FMDV保守基因区域RNA设计特异性引物,扩增目的RNA的6个区域,通过体系优化试验、敏感性试验和特异性试验建立了通用型口蹄疫病毒RT-LAMP检测方法。试验结果为:体系优化试验确定最佳反应温度为63℃,最佳反应时间为60 m... 本研究依据已发表的FMDV保守基因区域RNA设计特异性引物,扩增目的RNA的6个区域,通过体系优化试验、敏感性试验和特异性试验建立了通用型口蹄疫病毒RT-LAMP检测方法。试验结果为:体系优化试验确定最佳反应温度为63℃,最佳反应时间为60 min,最佳内、外引物比为1:12;应用本方法只能扩增出口蹄疫病毒,不能扩增出其他相关疫病病原;经测定试验所用FMDV核酸初始浓度为20.082μg/L,本方法可检出的最低浓度为在此基础上稀释2^(-3)×10^(-6)倍;应用所建立的方法检测相关疫苗样品,只有4种亚型口蹄疫疫苗有扩增曲线,其他样品均未扩增出任何曲线。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 RT-LAMP 检测
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水产品中荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens) RT-LAMP可视化检测方法的建立及应用 预览
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作者 魏梦泽 韩姣姣 +6 位作者 芦晨阳 周君 陈炯 曲凌云 樊景凤 陈刚 苏秀榕 《海洋科学》 CSCD 北大核心 2018年第11期91-98,共8页
荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)在低温储存的水产品中仍能存活并繁殖,是导致水产品品质下降和恶化的主要原因。因此开发一种快速高效的检测手段显得尤为迫切。本文将逆转录-环介导等温扩增(Reverse Transcription Loop-mediated... 荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)在低温储存的水产品中仍能存活并繁殖,是导致水产品品质下降和恶化的主要原因。因此开发一种快速高效的检测手段显得尤为迫切。本文将逆转录-环介导等温扩增(Reverse Transcription Loop-mediated Isothermal Amplification,RT-LAMP)技术与可视化检测手段结合,通过条件优化,确定了最佳反应温度(63℃),反应时间(60min)和最适的Mg^2+(2.5mmol/L)添加量,建立了快速、高效、灵敏的RT-LAMP检测方法。灵敏度检测表明:本方法最低检出限为5.4copies/反应,比PCR检测方法高200倍。该方法结合SYBR-GreenI染色,通过目测就可以直接鉴别荧光假单胞菌,使得检测结果更加直观,简便可行。 展开更多
关键词 荧光假单胞菌 逆转录-环介导等温扩增 活菌检测 可视化检测
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小反刍兽疫病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立 被引量:1
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作者 李富祥 杨仕标 +1 位作者 赵文华 李华春 《中国兽医科学》 CSCD 北大核心 2018年第12期1482-1488,共7页
为建立小反刍兽疫病毒(PPRV)可视化RT-LAMP检测方法,本研究根据PPRV基质蛋白(M)基因保守序列设计2对种特异性引物,通过反应条件优化和特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了PPRV可视化RT-LAMP检测方法。结果显示,该方法最佳反应条... 为建立小反刍兽疫病毒(PPRV)可视化RT-LAMP检测方法,本研究根据PPRV基质蛋白(M)基因保守序列设计2对种特异性引物,通过反应条件优化和特异性、敏感性和临床样品的检测,建立了PPRV可视化RT-LAMP检测方法。结果显示,该方法最佳反应条件为62℃1 h,与口蹄疫病毒、蓝舌病病毒、鹿流行性出血热病毒、阿卡斑病毒、狂犬病病毒和犬瘟热病毒这5种羊常见病毒无交叉反应,最低可检测到2.4×10~(-9)ng/L的RNA,敏感性是普通RT-PCR检测方法的1 000倍。该方法与普通RT-PCR的总符合率为95.23%。结果表明,该方法具有敏感性高、特异性好、操作简便、快速和可视化的优点,可用于羊PPRV感染的现场可视化快速诊断检测。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 反转录环介等温扩增 现场诊断
传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法的建立 被引量:1
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作者 陆冰洋 刘华栋 +4 位作者 李婷婷 唐娟 丁树荣 王彩先 詹丽娥 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2018年第15期135-139,243共6页
为了建立传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法,用于快速检测传染性法氏囊病,从而评估禽类动物健康情况,试验针对传染性法氏囊病病毒VP3序列设计引物,优化反应时间、温度、体系等获取最佳反应参数,对建立的传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测... 为了建立传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法,用于快速检测传染性法氏囊病,从而评估禽类动物健康情况,试验针对传染性法氏囊病病毒VP3序列设计引物,优化反应时间、温度、体系等获取最佳反应参数,对建立的传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法的灵敏度、颜色变化、特异性进行研究并应用该方法检测临床疑似病料。结果表明:传染性法氏囊病病毒在60℃75 min和80℃10 min条件下目标核酸区段大量扩增,以此条件成功建立针对鸡传染性法氏囊病病毒的RTLAMP检测方法;在模板浓度为994.9 ng/μL并进行10倍稀释的情况下,所建立的RT-LAMP检测方法具有极高的灵敏性,可以检测到99.49 fg/μL的样品,比RT-PCR方法的灵敏度高100倍左右;在RT-LAMP的检测结果中加入Gene Finder可使阳性结果变为绿色;该方法只有鸡传染性法氏囊病病毒发生反应,表现出良好的特异性;在临床疑似病料检测中,RT-LAMP检测方法的检出率高达93.75%,比RT-PCR检测方法高25.00%。说明试验建立的传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法具有简便、灵敏、快速、强异性高等优点,可用于临床鸡传染性法氏囊病病毒的快速检测。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 RT-LAMP 检测 灵敏度 特异性 颜色反应
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