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德州驴NCAPG-DCAF16基因区域多态性与生长性状的关联分析 预览
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作者 侯浩宾 李海静 +5 位作者 杨莉 张新浩 石田培 王欣悦 赵志达 张莉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期302-313,共12页
旨在探讨NCAPG-DCAF16基因区域在德州驴群体中的遗传多态性以及与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为德州驴的分子标记辅助选择提供理论基础。本研究采用DNA混池测序技术对NCAPG-DCAF16基因区域的多态性进行检测;基于DNA... 旨在探讨NCAPG-DCAF16基因区域在德州驴群体中的遗传多态性以及与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为德州驴的分子标记辅助选择提供理论基础。本研究采用DNA混池测序技术对NCAPG-DCAF16基因区域的多态性进行检测;基于DNA混池测序结果,运用质谱分型技术对227头德州驴群体中的SNPs位点进行基因型检测,分析基因型与初生、3月龄、6月龄3个时期相关生长性状的关联性。结果表明:1)通过DNA混池测序发现,NCAPG基因上的SNPs位点包括第9内含子上rs1(T﹥C),第11内含子上rs2(A﹥G),第19内含子上rs4(C﹥G),第8内含子上rs5(C﹥G);DCAF16基因第2外显子发现一个同义突变,即位点rs008(A﹥G)。2)初生时期的关联分析显示,rs1位点基因型CC个体的平均尻长显著高于CT型个体(P﹤0.05);3月龄时期各基因型的表型平均值无显著差异(P﹥0.05);在6月龄阶段,基因型为TT个体的平均胸宽与CC个体相比差异极显著(P﹤0.01),TT和CT基因型个体的平均管围均显著高于CC个体(P﹤0.05)。3)rs4位点的关联分析揭示了GG基因型个体在初生时期的平均胸深显著高于GC基因型(P﹤0.05),3月龄时期各基因型之间的平均表型值无显著差异(P﹥0.05);CC基因型个体6月龄时期的平均胸宽和管围显著高于GG基因型(P﹤0.05)。4)rs008位点关联分析结果表明,各基因型之间初生时期的表型值无显著差异(P﹥0.05);AA、GA基因型个体3月龄时期的体重、体高和尻高都显著高于GG基因型(P﹤0.05);AA、GA基因型个体6月龄时期的体高和胸围都极显著高于GG基因型个体(P﹤0.01),GA基因型与GG基因型个体间的胸深、尻高的差异达到极显著水平(P﹤0.01),GA基因型个体的尻宽显著高于GG和AA基因型(P﹤0.05)。5)根据连锁不平衡分析结果,rs1、rs2、rs4和rs5的组合基因型在德州驴群体中有5种。关联分析结果揭示了TTAACCCC组合基因型个体6月龄时期的平均胸宽显著� 展开更多
关键词 德州驴 NCAPG-DCAF16区域 SNPS 生长性状 关联分析
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团头鲂hepcidin基因单核苷酸多态性及与抗病性状的相关性 预览
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作者 孙千惠 田万平 +2 位作者 罗航 王卫民 刘红 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期38-44,共7页
为了解hepcidin(铁调素)基因的多态性及其与抗病性状的相关性,以团头鲂(Megalobrama amblycephala)为研究对象,从公共数据库中获得hepcidin基因序列,对团头鲂进行嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染来区分易感和抗病个体,采用... 为了解hepcidin(铁调素)基因的多态性及其与抗病性状的相关性,以团头鲂(Megalobrama amblycephala)为研究对象,从公共数据库中获得hepcidin基因序列,对团头鲂进行嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)人工感染来区分易感和抗病个体,采用PCR扩增及测序技术筛选hepcidin基因序列中的SNP(单核苷酸多态,single nucleotide polymorphisms)位点,对SNP位点运用高分辨率熔解曲线法(high-resolution melting,HRM)进行分型,分析其多态性及与抗病性状之间的关系。结果在hepcidin基因上共筛选出2个SNP位点,其中1个位点位于内含子部分,1个位于3′非编码区。经过统计分析发现,位于3 371 bp(A/G)的这一SNP位点的基因型频率和等位基因频率在易感和抗病组间差异极显著,位于217 bp(A/G)位点的基因型频率和等位基因频率在易感组和抗病组间差异显著。据此推测hepcidin的这2个SNP位点多态性与团头鲂抗病性状相关。 展开更多
关键词 团头鲂 铁调素基因 SNPS 抗病 嗜水气单胞菌
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不同品种鸡BTN1基因序列差异分析 预览
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作者 陈颖 郑圣晗 +5 位作者 孔令琳 朱鹏飞 吴允 郭其新 陈国宏 常国斌 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期11-15,共5页
【目的】BTN1基因位于MHC家族的BF/BL核心区域,研究其SNPs和InDels对提高鸡抗病性有重要意义.【方法】以NCBI中Gallus gallus BTN1基因序列为参照,利用MEGA6.06软件对26个品种鸡的BTN1基因序列比较分析,筛选出与抗病性有关的InDels、SNP... 【目的】BTN1基因位于MHC家族的BF/BL核心区域,研究其SNPs和InDels对提高鸡抗病性有重要意义.【方法】以NCBI中Gallus gallus BTN1基因序列为参照,利用MEGA6.06软件对26个品种鸡的BTN1基因序列比较分析,筛选出与抗病性有关的InDels、SNPs和氨基酸变化,并对26个品种鸡的BTN1基因序列进行聚类分析.【结果】在Exon5和Exon17上各有1个SNPs位点,且为错义突变.SNPs位点主要发生在Intron10、Intron13、Intron18、Intron22和Intron23上.‘雪山草鸡’和‘安卡红鸡’等抗病性强、适应性强的品种鸡在Exon17上发生错义突变;与抗病性较强的‘安卡红鸡’相比,‘来航鸡’在Exon5上存在一个错义突变.【结论】BTN1的Exon5和Exon17上SNPs位点对抗病性具有一定的影响,为家禽的抗病育种研究提供参考依据. 展开更多
关键词 BTN1基因 抗病性 SNPS INDELS
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样本数量和终质量浓度对DNA混合池PCR扩增质量和测序效果的影响 预览
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作者 徐建峰 容维中 +5 位作者 石福岳 王燕燕 董和 高博 张艳丽 李振明 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期681-685,共5页
为筛选适宜的DNA混合池法,采用两因素交叉分组设计,以混合样本数量(20、60和150个)和终质量浓度(50、100和150ng/μL)为组合因子,分析不同混合池对PCR扩增质量及SNPs检出率的影响。结果表明:在同一混合样本数量下,以终质量浓度100ng/μ... 为筛选适宜的DNA混合池法,采用两因素交叉分组设计,以混合样本数量(20、60和150个)和终质量浓度(50、100和150ng/μL)为组合因子,分析不同混合池对PCR扩增质量及SNPs检出率的影响。结果表明:在同一混合样本数量下,以终质量浓度100ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物纯度和OD260/OD280均优于50ng/μL,但对测序结果无显著影响;以终质量浓度150ng/μL建立的DNA混合池扩增的PCR产物杂带较多,不符合测序要求。在同一混合样本终质量浓度下,混合样本数越多,SNPs检出率越高。综上,从PCR扩增质量、SNPs检出率和试验成本来分析,以混合样本150个、终质量浓度100ng/μL组合建立的DNA混合池效果最好。 展开更多
关键词 DNA混合池 样本数量 终质量浓度 早胜牛 PCR扩增 SNPS
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基于27-plex SNPs的四川地区四个族群遗传推断研究
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作者 王敬方 江丽 +7 位作者 江继平 李飞 赫金 马泉 王玲 李传伟 柳雅玲 赵蕾 《中国法医学杂志》 CSCD 2019年第2期120-124,共5页
目的基于27-plex SNPs族群推断体系对四川地区汉族、藏族、羌族及彝族四个族群遗传结构及成分进行研究。方法使用27-plex SNPs试剂检验四个族群1054份样本并获取SNPs位点分型,利用主成分分析、聚类分析及系统发育树综合分析族群间遗传关... 目的基于27-plex SNPs族群推断体系对四川地区汉族、藏族、羌族及彝族四个族群遗传结构及成分进行研究。方法使用27-plex SNPs试剂检验四个族群1054份样本并获取SNPs位点分型,利用主成分分析、聚类分析及系统发育树综合分析族群间遗传关系,使用族群推断软件(DNA Ancestry Analyzer,DAA)推断样本的族群来源并统计推断结果的准确性。结果系统发育树显示四川汉族、藏族、羌族、彝族和其他东亚族群共同聚为一支;主成分分析和聚类分析结果显示四川汉族、藏族、羌族及彝族主要祖先成分均为东亚。除1例样本祖先来源不排除东亚或混合族群外,其余1053份样本均来源于东亚。结论四川地区汉族、藏族、羌族和彝族均为典型的东亚族群,藏族、彝族和羌族的遗传关系较近。使用27-plex SNPs族群推断系统对四川汉族、藏族、羌族和彝族进行遗传推断,结果可靠。 展开更多
关键词 四川 SNPS 族群来源推断 DAA族群推断软件
SlGLK2转录因子在番茄品种Heirloom果实中的功能及变异分析
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作者 唐亚萍 杨涛 +3 位作者 帕提古丽 王柏柯 杨生保 余庆辉 《北方园艺》 CAS 北大核心 2019年第11期24-32,共9页
Goldern2-Like(SlGLK2)基因是调控未成熟果实叶绿体发育重要的转录因子。番茄(Solanum lycopersicum)未成熟果实中叶绿体对成熟果实的糖类、风味物质积累和提高番茄品质具有一定的作用。Heirloom品系作为优异的种质资源,在果实颜色、大... Goldern2-Like(SlGLK2)基因是调控未成熟果实叶绿体发育重要的转录因子。番茄(Solanum lycopersicum)未成熟果实中叶绿体对成熟果实的糖类、风味物质积累和提高番茄品质具有一定的作用。Heirloom品系作为优异的种质资源,在果实颜色、大小、形状和风味等方面有很大差异。以32个Heirloom品种为研究材料,通过表型调查研究果实表型性状,检测果实不同部位和不同发育时期叶绿素含量,筛选20个Heirloom品种克隆SlGLK2基因和启动子序列,运用荧光定量PCR分析调控果实叶绿体发育的相关基因,从而分析基因间的调控关系,以期研究SlGLK2转录因子对Heirloom品种叶绿体发育的影响。结果表明:含有SlGLK2基因的品种,未成熟果实拥有深绿色果肩,其不同发育时期绿色果实果肩的叶绿素含量明显高于果实底部。在SlGLK2基因上游非编码区和编码区共发现21个单核苷酸多态性(SNPs),经聚类分析发现,部分SNPs与未成熟果实的表型相关。果实叶绿体发育相关基因的表达分析表明TKN2、TKN4和在番茄果实的果肩部表达量明显高于果实底部,且TKN2、TKN4位于SlGLK2上游并调控SlGLK2基因的表达。 展开更多
关键词 Heirlooms SlGLK2 叶绿素 单核苷酸多态性(SNPs)
HMGB1基因多态性与豫北地区肺结核易感性的相关性 预览
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作者 乔瑞娟 程睿 +3 位作者 李威 彭火英 赵桂增 张晨光 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期289-294,共6页
目的探讨高迁移率族蛋白1(HMGB1)单核苷酸多态性与豫北地区肺结核患者易感性的相关性.方法选取2017年1-12月新乡医学院第一附属医院被确诊为肺结核的320例患者为结核组,该院同时期300名健康体检者为对照组.采用PCR技术和Sanger测序对结... 目的探讨高迁移率族蛋白1(HMGB1)单核苷酸多态性与豫北地区肺结核患者易感性的相关性.方法选取2017年1-12月新乡医学院第一附属医院被确诊为肺结核的320例患者为结核组,该院同时期300名健康体检者为对照组.采用PCR技术和Sanger测序对结核组和对照组的HMGB1rs1412125(-1615A/G)、rs1045411(+1177G/A)、rs2249825(+3814C/G)位点进行基因分型,通过对两组等位基因频率、基因型频率及四种遗传模型(共显性、显性、隐性和超显性)分析,研究HMGB1基因多态性与肺结核的易感性.结果所有位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡.两组间+1177G/A位点等位基因频率差异具有统计学意义(OR=1.485,95%CI:1.110~1.986,P=0.007),其基因型分布差异也具有统计学意义(P<0.05);+1177G/A位点的共显性模型中,与GG基因型相比,AG基因型(OR=1.447,95%CI:1.025~2.041,P=0.035)和AA基因型(OR=2.812,95%CI:0.985~8.033,P=0.045)与肺结核的易感性相关;+1177G/A位点的显性模型[(AG+AA)vsGG,OR=1.524,95%CI:1.090~2.131,P=0.014]也与肺结核的易感性相关;在+1177G/A位点的隐性模型和超显性模型中,两组间差异无统计学意义(P>0.05).在-1615A/G和+3814C/G位点两组间等位基因及基因型分布差异均无统计学意(P>0.05).结论HMGB1基因rs1045411(+1177G/A)位点多态性可能与肺结核的易感性相关,其等位基因A可能是肺结核的易感基因,携带rs1045411(+1177G/A)A等位基因可能增加患肺结核的风险. 展开更多
关键词 肺结核 HMGB1 SNPS 易感性 豫北地区
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SFRP5基因遗传变异对长顺绿壳蛋鸡胸肌肌肉品质的影响
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作者 覃媛钰 张依裕 +1 位作者 罗华伦 吴磊 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期703-711,共9页
分泌型卷曲相关蛋白5(secreted frizzled related protein 5, SFRP5)通过Wnt信号通路调节脂质代谢,改善胰岛素抵抗,维持炎症平衡,是白色脂肪组织分泌的抗炎症脂肪因子之一。为了探讨SFRP5基因多态性与长顺绿壳蛋鸡(Gallus gallus domest... 分泌型卷曲相关蛋白5(secreted frizzled related protein 5, SFRP5)通过Wnt信号通路调节脂质代谢,改善胰岛素抵抗,维持炎症平衡,是白色脂肪组织分泌的抗炎症脂肪因子之一。为了探讨SFRP5基因多态性与长顺绿壳蛋鸡(Gallus gallus domesticus)肌肉品质的关系、寻找与蛋鸡肌肉品质的相关分子标记、本研究采用直接测序法检测SFRP5基因外显子的单核苷酸多态,分析其对长顺绿壳蛋鸡胸肌肌肉品质的遗传效应。结果表明:在SFRP5基因外显子3上共检测到2个突变位点,g.23253254 G>A的优势基因型和优势等位基因为GG基因型和G等位基因,频率分别为0.569和0.756;g.23253269 T>G的优势基因型和优势等位基因为TT基因型和T等位基因,频率分别为0.681和0.812,且2个位点的突变并未引起氨基酸的变化,为同义突变。2个多态位点的多态信息含量(PIC)均处于0.25~0.5之间,属于中度多态位点,卡方(χ2)检测显示:2个突变位点的基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡。连锁不平衡分析发现,SFRP5基因的2个突变位点间均不存在强连锁不平衡。2个SNPs位点在长顺绿壳蛋鸡群体中发现了3种单倍型H1、H2和H3,其频率分别为0.569、0.187和0.244;6种双倍型H1H1、H1H2、H1H3、H2H2、H2H3和H3H3,频率分别为0.313、0.200、0.313、0.056、0.063和0.056。关联分析表明,SFRP5基因的g.23253254 G>A位点对胸肌粗脂肪含量有显著影响(P<0.05);2个SNPs位点组成的双倍型中,双倍型H3H3(AATT)对胸肌粗脂肪含量的影响达到显著水平(P<0.05),显著高于其他5种双倍型(P<0.05),揭示SFRP5基因的遗传变异能影响长顺绿壳蛋鸡胸肌脂肪沉积,g.23253254 G>A和g.23253269 T>G变异位点可能作为提高长顺绿壳蛋鸡胸肌脂肪的分子标记。本研究为进一步探明SFRP5基因变异调控家禽肌肉品质的分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 长顺绿壳蛋鸡 分泌型卷曲相关蛋白5基因(SFRP5) SNPS 肌肉品质 遗传相关
缢蛏α-淀粉酶基因外显子区域SNPs筛选及其与生长性状关联性 预览
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作者 李浩 孟德龙 +3 位作者 薛宝宝 牛东红 李家乐 沈和定 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2019年第2期214-223,共10页
α-淀粉酶是广泛存在于生物体内的消化酶,主要参与生物体内碳水化合物的代谢,为生物体提供维持生命、生长发育和繁殖所需的能量。为研究α-淀粉酶基因外显子与缢蛏(Sinonovacula constricta)生长性状的相关性,实验采用PCR产物直接测序... α-淀粉酶是广泛存在于生物体内的消化酶,主要参与生物体内碳水化合物的代谢,为生物体提供维持生命、生长发育和繁殖所需的能量。为研究α-淀粉酶基因外显子与缢蛏(Sinonovacula constricta)生长性状的相关性,实验采用PCR产物直接测序法对其进行筛选比对,共获得18个候选SNPs位点,分别为:Rs-1:48G/C、Rs-2:247 C/A、Rs-3:420 A/G、Rs-4:441C/T、Rs-5:537 G/T、Rs-6:837 G/T、Rs-7:936 A/G、Rs-8:952A/C、Rs-9:1047 T/G、Rs-10:1062 C/T、Rs-11:1287C/T、Rs-12:1350 A/C、Rs-13:1362 C/T、Rs-14:1371 C/T、Rs-15:1503T/C、Rs-16:1536 T/C、Rs-17:1737T/C、Rs-18:1788 C/T。随机选取同批繁殖、同塘养殖的缢蛏快长新品种"申浙1号"群体,运用MassARRAY质谱检测方法进行SNPs位点的分型,结果显示:除Rs-13位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡(P> 0.05),Hardy-Weinberg平均值为0.581;多态信息含量平均值为0.237。基因型与生长性状的关联性分析结果表明:Rs-5:537 G/T与Rs-10:1062 C/T位点基因型个体之间部分性状存在显著性差异(P <0.05)。13个位点组成的双倍型与生长性状的关联性分析显示:双倍型S6的壳高高于S3、S5、S7(P <0.05),S6的总重大于S7(P <0.05);另外,S6各个生长性状值在所有双倍型中最高。获得的缢蛏α-淀粉酶编码区外显子与生长性状相关的SNPs标记,可为缢蛏遗传改良特征标记筛选及定制培育提供有益参考。 展开更多
关键词 缢蛏 Α-淀粉酶基因 SNPS 双倍型 生长
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基于DNA条形码psbA-trnH, matK, trnL对不同地理居群野菊和药用菊的鉴定研究
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作者 陈芙蓉 汪涛 +4 位作者 郭巧生 朱再标 杨锋 邹庆军 张亚静 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期660-665,共6页
利用DNA条形码技术通过psbA-trnH,mat K,trn L序列分析,建立一种快速鉴定野菊和药用菊的方法。提取21份样品的基因组DNA,对psbA-trnH,mat K,trn L片段进行PCR扩增,双向测序,获得其psbA-trnH,mat K,trn L序列信息;运用MEGA 7. 0对所有样... 利用DNA条形码技术通过psbA-trnH,mat K,trn L序列分析,建立一种快速鉴定野菊和药用菊的方法。提取21份样品的基因组DNA,对psbA-trnH,mat K,trn L片段进行PCR扩增,双向测序,获得其psbA-trnH,mat K,trn L序列信息;运用MEGA 7. 0对所有样品的psbA-trnH,mat K,trn L序列共63条进行比对、计算种内种间遗传距离,分析psbA-trnH+mat K+trn L组合序列SNPs分布,构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。结果显示,野菊,野菊(菊花脑)和药用菊的种内种间遗传距离重合;psbA-trnH+mat K+trn L组合序列的SNPs分析显示其组合序列共有19个核苷酸多态性位点(SNPs),野菊较野菊(菊花脑)、药用菊呈现更为明显的序列多态性,psbA-trnH序列表现出较为明显的长度变异;NJ树显示药用菊与野菊、野菊(菊花脑)区别开来,其中编号为C2~C5的药用菊单独聚为一亚支,置信度为62%,编号为Z9,Z10的野菊均采自甘肃省,单独聚为一支,置信度为77%;同时也发现来自西北地域的野菊样品,其psbA-trnH和trn L序列信息变化与地域和环境之间有明显的相关,野菊与野菊(菊花脑)具有明显的分化,同时还是药用菊的进化来源。因此,将psbA-trnH+mat K+trn L组合序列作为DNA条形码能准确、快速的鉴别野菊和药用菊,为其种质资源鉴定及物种鉴别提供了重要依据。 展开更多
关键词 野菊 药用菊 DNA条形码 SNPs 鉴定
固原鸡PRL基因部分SNP位点检测及分布规律分析
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作者 额尔和花 岳彩娟 +3 位作者 马小明 安克龙 王秉龙 丁伟 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第8期51-54,共4页
为了研究固原鸡群体中催乳素(PRL)基因的多态性,试验采用PCR-RFLP技术对PRL基因5′调控区插入/缺失变异以及启动子区域2个SNP位点、内含子2区域1个SNP位点、外显子5片段1个SNP位点进行检测,并分析以上位点在固原鸡群体中的基因型频率、... 为了研究固原鸡群体中催乳素(PRL)基因的多态性,试验采用PCR-RFLP技术对PRL基因5′调控区插入/缺失变异以及启动子区域2个SNP位点、内含子2区域1个SNP位点、外显子5片段1个SNP位点进行检测,并分析以上位点在固原鸡群体中的基因型频率、等位基因频率、多态信息含量。结果表明:PRL基因启动子在-2 402 bp处C/T突变检测到3种基因型,其中AA基因型为优势基因型(T/T);在-2 161 bp处C/G突变也检测到3种基因型,固原鸡群体中碱基G占优势;5′调控区24 bp插入/缺失PCR扩增得到了130 bp和154 bp 2个片段、3种基因型;内含子2区域SNP位点酶切检测到3种基因型,该位点处碱基T在固原鸡群体中占优势;外显子5片段SNP位点TagⅠ酶切只检测到一种基因型,碱基为CC;启动子-2 402 bp位点在固原鸡群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,为中度多态,具有一定的选择潜力;启动子区域C-2 161G SNP位点以及5′调控区24 bp插入/缺失变异在固原鸡群体中偏离Hardy-Weinberg平衡状态,均为中度多态。说明这些位点具有进一步作为分子标记选择利用的价值。 展开更多
关键词 催乳素基因 SNPS 固原鸡 就巢性 产蛋
基于DNA池重测序技术的肉兔HSFs基因多态性分析 预览
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作者 李丛艳 梅秀丽 +5 位作者 邝良德 李娟 雷岷 郭志强 张翠霞 谢晓红 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2019年第5期41-45,共5页
实验旨在研究肉兔热休克因子(HSFs)基因的遗传多态性并寻找耐热性相关分子标记。基于DNA池重测序技术获得SNPs数据,筛选HSF1(SNP1~SNP3)及HSF4(SNP4)上所有的错义突变,利用直接测序法对齐卡巨型兔、齐兴肉兔、加利福尼亚兔、四川白兔以... 实验旨在研究肉兔热休克因子(HSFs)基因的遗传多态性并寻找耐热性相关分子标记。基于DNA池重测序技术获得SNPs数据,筛选HSF1(SNP1~SNP3)及HSF4(SNP4)上所有的错义突变,利用直接测序法对齐卡巨型兔、齐兴肉兔、加利福尼亚兔、四川白兔以及闽西南黑兔5个肉兔品种(系)共150个个体进行基因分型。结果发现:SNP1和SNP2完全连锁,SNP3呈假阳性,SNP1、SNP2及SNP4的遗传变异处于中等水平,且在群体间分布差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01);SNP1的GG型与单倍型H3的分布与群体间耐热性能的高低一致,其中耐热性最好的四川白兔和闽西南黑兔在SNP1上为GG纯合体、优势单倍型为H3,耐热性次之的齐兴肉兔和加利福尼亚兔的优势基因型和单倍型分别为GG和H3,而耐热性最差的齐卡巨型兔则分别为GA和H2。以上结果表明,HSF1基因SNP1上的GG型及单倍型H3可能是肉兔重要的耐热分子标记。 展开更多
关键词 肉兔 热休克因子 耐热性 SNPS DNA池重测序
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不同鸡品种BLEC1基因序列比较分析 预览
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作者 张莘 常国斌 +5 位作者 郑圣晗 王统苗 陈博雯 张扬 王志秀 陈国宏 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期61-66,共6页
BLEC1基因(C-type lectin-like receptor 1)编码C型凝集素样受体区域,与CD69家族的激活抗原相关,密切联系于禽类的先天性免疫功能。为了探究BLEC1基因在鸡中的遗传多样性以及不同鸡品种之间的抗病性差异,用苯酚和氯仿法提取26个不同... BLEC1基因(C-type lectin-like receptor 1)编码C型凝集素样受体区域,与CD69家族的激活抗原相关,密切联系于禽类的先天性免疫功能。为了探究BLEC1基因在鸡中的遗传多样性以及不同鸡品种之间的抗病性差异,用苯酚和氯仿法提取26个不同鸡品种的DNA,对其BLEC1基因序列进行目标捕获测序,然后以NCBI上红色原鸡的BLEC1基因序列作为参考序列,序列号为NC_006103. 4,通过MEGA 6软件对26个鸡品种的BLEC1基因序列进行序列比对分析,筛选出不同鸡种BLEC1基因序列上的SNPs位点和Indels位点以及对应氨基酸的变化,并根据基因序列的差异运用邻接法系统聚类分析构建进化树。在26个鸡品种中共检测到14个SNPs位点和12个Indels位点,其中有5个SNPs位点和3个Indels位点在外显子上,外显子上的3个Indels位点在鸡种中广泛存在,且Indel1存在于除黑狼山鸡以外的所有鸡种中,这些SNPs位点和Indels位点导致氨基酸发生极大改变,外显子中氨基酸有3个发生错义突变,其余为同义突变。邻接法系统聚类分析将26个鸡品种分为3大类,其中,安卡鸡、SPF-来航鸡和泰和乌骨鸡聚为一类;萧山鸡单独为一类;其余鸡种聚为一类。综上表明,BLEC1基因在我国地方鸡品种中有着丰富的遗传多样性,且与不同鸡种的先天性免疫功能和抗病性相关。 展开更多
关键词 BLEC1基因 SNPS INDELS 进化树
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尼罗罗非鱼NOD1基因SNP位点和单倍型与抗无乳链球菌感染的关联分析
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作者 高风英 卢迈新 +4 位作者 曹建萌 刘志刚 王淼 可小丽 杨先乐 《农业生物技术学报》 CSCD 北大核心 2018年第11期1949-1961,共13页
核苷酸结合和寡聚化结构域1 (nucleotide binding and oligomerization domain 1, NOD1)基因在鱼类先天免疫中发挥重要作用。为获得与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)抗性性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymo... 核苷酸结合和寡聚化结构域1 (nucleotide binding and oligomerization domain 1, NOD1)基因在鱼类先天免疫中发挥重要作用。为获得与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)抗性性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymophisms, SNPs)标记,本研究克隆了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)NOD1基因组序列(GenBank No. MF479261),并通过克隆测序或PCR产物直接测序法,从20个亲本家系的39尾尼罗罗非鱼的NOD1基因的测序序列中筛选得到44个SNPs位点。通过SNaPshot分型法对子代中的无乳链球菌敏感群体(susceptible group, SG)(83尾)和抗性群体(resistance group, RG)(83尾)进行分型,并利用Popgen 32软件统计分析NOD1基因各SNPs位点在两个群体的多态性和遗传参数。结果显示,对44个SNPs位点中的24个位点进行了成功分型。24个位点的多态信息含量(polymorphism information content, PIC)介于0.09~0.37,所检测SNPs位点呈现出低度或中度多态。通过SNP位点与无乳链球菌抗性/敏感性状之间的关联分析,发现位点SNP5 (G-2284C)与无乳链球菌易感性状显著相关(P<0.05)、SNP13 (G-8956C)与无乳链球菌抗性性状显著相关(P<0.05),SNP12 (G-8955C)与无乳链球菌抗性/敏感性状均显著相关。利用Haploview 4.2软件分析NOD1基因中的24个SNPs位点所形成的单倍块和连锁不平衡情况,结果显示24个位点可构成5个单倍块和16个单倍型,其中单倍块4中的单倍型H4-2(AC)与尼罗罗非鱼无乳链球菌抗性性状显著相关(P<0.05)。上述结果表明,尼罗罗非鱼NOD1基因的3个SNPs位点SNP5、SNP13和SNP12以及单倍型H4-2(AC)可作为分子标记辅助选育的候选分子标记。该研究可为抗链球菌尼罗罗非鱼新品系的选育提供资料基础。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 核苷酸结合和寡聚化结构域1基因(NOD1) SNPs 单倍型 无乳链球菌
黔北麻羊FTO基因SNPs筛选及其生物信息学分析 预览
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作者 翁吉梅 罗铮 +4 位作者 徐伟 封竣琪 蔡惠芬 罗卫星 陈说 《中国畜牧杂志》 北大核心 2018年第9期39-45,共7页
筛选150只黔北麻羊(0.5岁、1岁、1.5岁各50只)FTO基因的SNPs,为进一步开展FTO基因多态性与山羊肉质性状相关性研究提供参考。通过构建DNA混合池结合PCR产物直接测序技术,对黔北麻羊FTO基因外显子区域进行多态性分析,采用生物信息学软件... 筛选150只黔北麻羊(0.5岁、1岁、1.5岁各50只)FTO基因的SNPs,为进一步开展FTO基因多态性与山羊肉质性状相关性研究提供参考。通过构建DNA混合池结合PCR产物直接测序技术,对黔北麻羊FTO基因外显子区域进行多态性分析,采用生物信息学软件对PCR扩增所获序列进行mRNA二级结构分析及对SNPs突变位点峰高进行等位基因频率估算,并应用相应软件对FTO基因编码的蛋白质结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位等结构进行生物信息学分析。在FTO基因外显子区域共筛选出8个SNPs,分别为Exon2-C139T、Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C、Exon9-C1615G、Exon9-G1718A。分析表明,Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C位点的突变在CDS区内,其中Exon3-A242G(Gln-His)、Exon3-G387T引起mRNA二级结构的改变,Exon3-C339T、Exon3-G387T突变导致其mRNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低。对FTO基因序列进行生物信息学分析,得出FTO是一种非分泌型的亲水性蛋白,不存在跨膜区域,发挥生物学作用的主要场所是细胞质,有7个Ser位点,5个Thr位点,5个Tyr位点,二级结构中ɑ螺旋结构数量最多。 展开更多
关键词 黔北麻羊 FTO基因 生物信息学 SNPS
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不同猪种IGF1R基因扩增及SNPs的筛选
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作者 李常红 张明国 +3 位作者 胡玮宜 魏文珍 杨睿 郝林琳 《吉林农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期734-739,共6页
以小型猪(巴马香猪46头)和大型猪(长白猪、大白猪、杜洛克猪,共198头)为试验对象,采用PCR产物直接测序法对胰岛素样生长因子1受体(IGF1R)外显子进行SNPs筛查,根据测序结果确定每个SNP位点的基因型,并通过Haploview软件对筛选到的SNPs进... 以小型猪(巴马香猪46头)和大型猪(长白猪、大白猪、杜洛克猪,共198头)为试验对象,采用PCR产物直接测序法对胰岛素样生长因子1受体(IGF1R)外显子进行SNPs筛查,根据测序结果确定每个SNP位点的基因型,并通过Haploview软件对筛选到的SNPs进行连锁不平衡及单倍型分析。结果表明:在不同体型猪IGF1R基因外显子1~21上共筛选到9处同义SNPs位点,为G263C(rs338724264)、T17G(rs325909655)、C145T (rs337838116)、 T40C (rs326728191)、 C104T (rs319719983)、 C170T (rs338444971)、 C60T(rs327750836)、C126T(rs327750836)和C82T(rs339449791)。这9个SNPs在巴马香猪和大型猪中均为纯合子突变,且呈现完全连锁不平衡。此研究明确了不同体型猪IGF1R基因外显子区SNPs的基因型及由这些SNPs形成的优势单倍型,可为探究不同猪种生长发育过程中体尺存在差异的原因提供新数据。 展开更多
关键词 IGF1R基因 SNPS 基因型 连锁不平衡
不同鸡种TRNAL-AAG基因序列比较分析
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作者 潘睿 郑圣晗 +7 位作者 孔令琳 赵龙 张易 梁文双 杨婷 杨婷铄 陈国宏 常国斌 《中国家禽》 北大核心 2018年第20期14-17,共4页
本研究利用目标区域捕获测序技术对TRNAL-AAG(transfer RNA leucine(anticodon AAG))基因进行序列测定,找出不同鸡种TRNAL-AAG基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料。利用MEGAX软件对25个鸡种和6种其他鸟类的基因序列... 本研究利用目标区域捕获测序技术对TRNAL-AAG(transfer RNA leucine(anticodon AAG))基因进行序列测定,找出不同鸡种TRNAL-AAG基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料。利用MEGAX软件对25个鸡种和6种其他鸟类的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析。结果发现该基因SNP共19个,有义突变16个,均集中在序列第47位和第50位,可作为该基因有关抗病的候选SNPs位点。另外,该基因在25个鸡品种间高度保守,没有碱基插入或缺失且相似性高达98%,仅有雪山草鸡和北京油鸡存在一个有义突变,体现两品种在该基因上的多态性。进化树将31种鸟类分为两类:雪山草鸡和北京油鸡及所选6种鸟类聚为一类,其余鸡种聚为一类。说明鸟类品种间的同源性较小,不同鸟类品种TRNAL-AAG基因具有较为丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 TRNAL-AAG SNPS TRNA基因 进化树
尼罗罗非鱼IPS-1基因SNP位点的筛选及其与链球菌抗性的关联分析 被引量:1
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作者 高风英 卢迈新 +4 位作者 曹建萌 刘志刚 朱华平 可小丽 杨先乐 《农业生物技术学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期20-33,共14页
抗病相关SNP标记的筛选是抗病选育的基础与前提。为获得与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)链球菌(Streptococcus agalactiae)抗性性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymophisms, SNPs)标记,本研究通过克隆测序或... 抗病相关SNP标记的筛选是抗病选育的基础与前提。为获得与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)链球菌(Streptococcus agalactiae)抗性性状相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymophisms, SNPs)标记,本研究通过克隆测序或PCR产物直接测序法,从20个亲本家系的39尾尼罗罗非鱼的β干扰素启动子刺激物1(interferon-b promoter stimulator 1, IPS-1)基因的测序序列中筛选得到36个SNPs位点。通过snapshot分型法对子代中的链球菌敏感群体(susceptible group, SG)(82尾)和抗性群体(resistance group, RG)(84尾)进行分型,并利用Popgen32软件统计分析IPS-1基因各SNPs 位点在两个群体的多态性和遗传参数,结果显示,多态信息含量(polymorphism information content, PIC)介于0.02-0.37,所检测SNPs位点呈现出低度或中度多态。通过SNP位点与链球菌抗性/敏感性状之间的关联分析,发现位点S8(T-3059C)与链球菌敏感性状显著相关(P<0.05)。利用Haploview 4.2软件分析IPS-1基因中的36个SNPs位点所形成的单倍块和连锁不平衡情况,结果显示,36个位点可构成6个单倍块和22个单倍型;其中单倍块2中的单倍型H2-3(GTTG)和单倍块3中的H3-4(TTDGTTGAGCGCCA)、H3-2(CCDGTTGAGCGCCA)3个单倍型与尼罗罗非鱼链球菌敏感性状显著相关(P<0.05),单倍块3中的单倍型H3-5(TCDGTTGAGCGCCA)则与尼罗罗非鱼链球菌抗性性状显著相关(P<0.05)。上述结果表明,筛选到的尼罗罗非鱼IPS-1基因的1个SNPs位点和4个单倍型可作为抗链球菌病尼罗罗非鱼选育的候选分子标记。该研究可为抗链球菌病尼罗罗非鱼新品系的选育提供了资料基础。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 IPS-1 SNPS 单倍型 无乳链球菌
京海黄鸡IL-6基因启动子区多态性的生物信息学分析 被引量:1
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作者 辛世杰 安婷婷 +6 位作者 戴国俊 张菁菁 王诗琴 王晓慧 张跟喜 谢凯舟 王金玉 《农业生物技术学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期113-122,共10页
前炎性细胞因子白细胞介素6(interleukin-6, IL-6)在许多慢性炎症和自身免疫性疾病的发病机制中起着至关重要的作用,尤其是炎症性肠病。为了从分子水平上探讨IL-6基因的表达调控,本研究以京海黄鸡(Gallus gallus)为素材,通过基因... 前炎性细胞因子白细胞介素6(interleukin-6, IL-6)在许多慢性炎症和自身免疫性疾病的发病机制中起着至关重要的作用,尤其是炎症性肠病。为了从分子水平上探讨IL-6基因的表达调控,本研究以京海黄鸡(Gallus gallus)为素材,通过基因组DNA测序技术,检测IL-6基因上游-2 200 bp至下游500 bp区域中的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism, SNP),同时运用生物信息学软件预测IL-6基因核心启动子区转录因子以及CpG岛(CpG islands),分析所测SNPs以及该基因启动子区SNP突变前后转录因子和CpG岛的变化。测序结果表明,京海黄鸡中共检测到28个SNPs位点,其中位于5'调控区有19个,外显子区2个(均为同义突变),内含子区2个,3'区5个;在28个突变位点中,发现有4个为GenBank中未标注的SNPs,其中3个(G -357 A、C -447 G和 A -663 G)位于5'调控区,1个位于3'区(C3177T)。生物信息学分析表明,有11个SNPs 位于IL-6基因核心启动子区,并导致转录因子发生了改变;同时由于启动子区C-939G的突变,导致CpG岛区域由原来的3个变为2个,由此推测上述SNPs可能通过影响IL-6基因的启动子区转录因子以及甲基化区域的改变影响IL-6基因的表达调控。研究结果对进一步探讨IL-6基因的功能和作用,以及这些SNPs与鸡肠道炎症的抗性及生产性能的关系具有十分重要的意义。 展开更多
关键词 京海黄鸡 白介素6基因(IL-6) SNPS 转录因子 CPG岛 生物信息学
CAPN1基因多态性与鸡生产性状的相关性研究 预览
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作者 张增荣 蒋小松 +3 位作者 杨朝武 李晴云 邱莫寒 杜华锐 《四川畜牧兽医》 2018年第4期24-26,共3页
本文通过对金阳丝毛鸡的钙蛋白酶Ⅰ(CAPN1)基因的外显子10进行SNPs检测,探讨CAPN1基因作为影响鸡肉嫩度候选基因的可能性。分析结果表明,CAPN1基因可能是影响鸡肉质性状(嫩度)的主效基因或与主效基因连锁,推测可以利用该基因G5432A... 本文通过对金阳丝毛鸡的钙蛋白酶Ⅰ(CAPN1)基因的外显子10进行SNPs检测,探讨CAPN1基因作为影响鸡肉嫩度候选基因的可能性。分析结果表明,CAPN1基因可能是影响鸡肉质性状(嫩度)的主效基因或与主效基因连锁,推测可以利用该基因G5432A位点对鸡的嫩度性状进行标记辅助选择。 展开更多
关键词 钙蛋白酶Ⅰ 生产性状 SNPS
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