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3株鸭乙型肝炎病毒全基因组克隆与序列分析 预览
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作者 王静 许鑫 +5 位作者 李宛玉 王雪雨 吴倩倩 姚伦广 阚云超 冀君 《动物医学进展》 北大核心 2019年第8期11-17,共7页
对河南南阳、安徽亳州、湖北潜江三地鸭血清样本用PCR进行鸭乙型肝炎病毒(DHBV)检测,并从三地经检测为DHBV阳性的样本中各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江三地的鸭乙型肝炎... 对河南南阳、安徽亳州、湖北潜江三地鸭血清样本用PCR进行鸭乙型肝炎病毒(DHBV)检测,并从三地经检测为DHBV阳性的样本中各挑选1份进行DHBV全基因的扩增、克隆、测序及序列分析。结果显示,河南南阳、安徽亳州、湖北潜江三地的鸭乙型肝炎自然感染率分别为17.6%、13.6%、16.1%,差异不显著(P>0.05)。河南南阳、安徽亳州、湖北潜江3株DHBV基因组全长分别为3024、3027、3024bp,均含有编码P、S和C蛋白的3个开放阅读框。通过各开放阅读框氨基酸同源性比较,发现编码P蛋白的区域差异较大。全基因序列分析显示,3株DHBV核苷酸同源性为95.1%~97.4%,与选取的25株参考株同源性为90.3%~96.2%。遗传进化分析及P蛋白关键位点分析结果表明,3株均为类中国基因型,湖北潜江的DHBV毒株P蛋白3位-345位关键氨基酸残基位点与中国毒株基因型相同,在367位-771位关键氨基酸残基位点与西方毒株基因型相同,推测其产生了重组。结果表明,成功克隆了华中地区的3株鸭DHBV全基因序列,为DHBV的分子流行病学调查提供参考。 展开更多
关键词 鸭乙型肝炎病毒 全基因 序列分析 克隆 同源性
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广东省东莞市2017—2018年登革病毒E基因进化分析
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作者 陈仲威 张莉萍 +2 位作者 方昌勇 黄勇 李艳芬 《中国热带医学》 CAS 2019年第10期963-971,共9页
目的测定广东省东莞市2017—2018年Ⅰ~Ⅳ型登革病毒(DENV-1~DENV-4)的E基因序列,分析其系统进化情况及流行基因亚型,从分子水平探讨病毒来源。方法收集东莞市2017—2018年140例可疑登革热患者急性期血清,用实时荧光PCR方法检测病毒核酸... 目的测定广东省东莞市2017—2018年Ⅰ~Ⅳ型登革病毒(DENV-1~DENV-4)的E基因序列,分析其系统进化情况及流行基因亚型,从分子水平探讨病毒来源。方法收集东莞市2017—2018年140例可疑登革热患者急性期血清,用实时荧光PCR方法检测病毒核酸,阳性血清用C6/36细胞分离培养登革病毒,测定分离株E基因序列,绘制系统进化树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析。结果140份急性期血清中DENV核酸阳性54份,阳性率38.6%,DENV-1阳性占53.7%。分离得到17株毒株。序列比对和系统进化分析显示,10株DENV-1分离株间核苷酸同源性为90.0%~99.9%,氨基酸同源性为96.6%~99.8%,分属基因Ⅰ型和基因Ⅴ型。7株基因Ⅰ型分离株与泰国2015年、缅甸2015年、中山2015年及越南2016年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.9%),其中2018年本地株D2018078与2017年输入株D2017008核苷酸同源性达99.8%;3株基因Ⅴ型分离株与印度2014年、2017年株及新加坡2014年流行株核苷酸同源性较高(97.7%~99.1%)。4株DENV-2分离株间核苷酸同源性为91.0%~98.6%,推导氨基酸同源性为97.6%~99.8%,分属混合型和亚洲Ⅰ型,2株混合型分离株与马来西亚2014年、台湾2015年流行株核苷酸同源性较高(99.6%~99.7%);2株亚洲Ⅰ型分离株分别与越南2015年、泰国2011年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.5%)。2株DENV-3分离株间核苷酸同源性为98.4%,氨基酸同源性为99.4%,均属基因Ⅰ型,与缅甸2017年、马来西亚2015年流行株核苷酸同源性较高(99.3%~99.7%)。1株DENV-4分离株与越南2013、2016年流行株同源性较高(99.3%~99.5%),属基因Ⅰ型。结论2017—2018年东莞市登革热的病原体主要为DENV-1,其次是DENV-2,各至少有2种基因亚型同时在流行;DENV-3和DENV-4各至少有1种基因亚型在流行。流行方式主要为南亚和东南亚国家及我国中山、台湾等地输入病例引起的本地暴发流行,存在输入引起本地感染的风险。 展开更多
关键词 Ⅰ~Ⅳ型登革病毒(DENV-1~DENV-4) E基因 基因亚型 序列同源性 进化分析
MALDI-TOF MS用于碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌同源性分析的初步研究 被引量:2
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作者 张仁峰 张炳昌 +3 位作者 邵春红 范会 王丽萍 金炎 《中华检验医学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第8期589-595,共7页
目的 评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术对碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKPN)同源性分析的能力.方法 收集山东大学附属省立医院儿科病房及心外科病房2011年4月至2013年10月分离的21株CRKPN菌株,分别采用脉冲... 目的 评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术对碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKPN)同源性分析的能力.方法 收集山东大学附属省立医院儿科病房及心外科病房2011年4月至2013年10月分离的21株CRKPN菌株,分别采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)及MALDI-TOF MS技术进行回顾性同源性分析.结果 MALDI-TOF MS将21株CRKPN菌株根据亲缘关系远近分为三群,其中17例菌株为II群,同源性高于75%,从获得的17株菌的蛋白质谱图结果分析,其蛋白峰大致一致,由此推断其亲缘关系比较接近,与PFGE和MLST结果基本一致.而同源性较低(〈60%)的H13与上述菌株存在差异,尤其在分子量4365、5381及6289处蛋白峰有显著差异,PFGE分析显示H13与其他菌株的同源性为61.0%,MLST分型为ST54.结论 MALDI-TOF MS技术能够准确对碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌进行同源性分析,较之其他同源性分析方法,快速方便,可满足医院感染工作的需求,及时防止耐药菌株在医院感染的爆发与流行. 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 碳青霉烯类 抗药性 细菌 序列同源性 光谱法 质量 基质辅助激光解吸电离
东莞市2014—2017年Ⅰ型登革病毒流行情况及E基因序列分析 被引量:2
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作者 陈仲威 张莉萍 +3 位作者 方昌勇 黄勇 李艳芬 张欣 《中国热带医学》 CAS 2018年第10期1016-1020,共5页
目的研究2014—2017年东莞市Ⅰ型登革病毒(DENV-1)流行情况,分析其可能的地域来源及基因特征。方法采用实时荧光PCR方法对2014—2017年东莞市疾病预防控制中心收到的登革热疫情样本进行核酸检测分型,阳性标本进行病毒分离及鉴定,扩增... 目的研究2014—2017年东莞市Ⅰ型登革病毒(DENV-1)流行情况,分析其可能的地域来源及基因特征。方法采用实时荧光PCR方法对2014—2017年东莞市疾病预防控制中心收到的登革热疫情样本进行核酸检测分型,阳性标本进行病毒分离及鉴定,扩增并测定部分分离株E基因序列,共得到8株DENV-1及其E基因序列,与Genebank中选取的世界各地DENV-1流行株及原型株进行参考对比,用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,用Mega4.0.2软件进行分子分型和系统进化树构建。结果 665份标本中DENV阳性251份,其中DENV-1阳性占90.0%。以9月、10月为发病高峰期,占86.7%;男女比例为0.92∶1,20~〈70岁年龄组发病例数最多,占75.1%;DENV-1阳性本地病例以虎门、麻涌、南城、厚街和莞城五个镇街最多,占76.4%。序列比对显示,8株DENV-1的E基因序列核苷酸同源性为90.2%~99.6%,氨基酸同源性为96.4%~100.0%,与选取的近年世界各地流行株的核苷酸与氨基酸同源性分别为89.2%~100.0%和90.2%~100.0%。系统进化树分析显示,2014—2017年东莞8株DENV-1分离株与我国广州、深圳及新加坡、马来西亚等东南亚国家当年或往年DENV-1流行株同源性较高,分属基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅴ型,但以基因Ⅰ、Ⅴ型为主。所有8株分离株与原型株进化距离较远。结论 2014—2017年东莞市登革病毒流行以DENV-1为主,流行基因亚型主要为基因Ⅰ型和基因Ⅴ型,流行方式为广深等周边地市及新加坡、马来西亚等东南亚各国输入病例引起的本地暴发流行。 展开更多
关键词 Ⅰ型登革病毒(DENV-1) E基因 基因亚型 序列同源性 进化分析
紫丁香查尔酮异构酶基因SoCHI的克隆及表达分析 预览
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作者 王蕊 李彦慧 郑健 《植物资源与环境学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期11-17,共7页
采用RACE技术从紫丁香(Syringa oblata Lindl.)花中克隆获得查尔酮异构酶基因(CHI)的cDNA全长序列,命名为SoCHI,其编码的蛋白质为SoCHI蛋白。序列分析结果表明:SoCHI基因的开放阅读框(ORF)长度为684bp,编码227个氨基酸残基,并且... 采用RACE技术从紫丁香(Syringa oblata Lindl.)花中克隆获得查尔酮异构酶基因(CHI)的cDNA全长序列,命名为SoCHI,其编码的蛋白质为SoCHI蛋白。序列分析结果表明:SoCHI基因的开放阅读框(ORF)长度为684bp,编码227个氨基酸残基,并且,该基因全部由外显子构成,无内含子。SoCHI蛋白理论相对分子质量24 988,理论等电点p I 5.53,不稳定系数为47.58,平均亲水指数为-0.096,并包含2个氢键结合位点、2个活性催化位点和7个底物结合位点;在该蛋白质的二级结构中,α-螺旋、延伸链和无规则卷曲分别占该蛋白质氨基酸残基总数的31.7%、20.3%和48.0%。同源性比对结果表明:紫丁香与其他9种植物CHI蛋白的同源性很高(均在76%以上),与同科[木犀科(Oleaceae)]植物桂花(Osmanthus fragrans Lour.)和油橄榄(Olea europaea Linn.)CHI蛋白的同源性更高(达88%)。实时荧光定量PCR扩增结果表明:SoCHI基因的相对表达量在紫丁香的嫩叶中最高,在成熟叶中次之;该基因的相对表达量在紫丁香花发育过程中先上升后下降,并在花蕾期达到最高。研究结果显示:SoCHI基因编码的氨基酸序列相对保守,且其表达与紫丁香花呈色关系密切。 展开更多
关键词 紫丁香 查尔酮异构酶基因 基因克隆 序列分析 同源性分析 表达特性
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羊口疮病毒单抗可变区氨基酸序列及同源建模分析
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作者 张雪 谭强 +5 位作者 赵文博 段旭阳 冯振月 马金柱 崔玉东 于永忠 《中国兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期863-870,共8页
为了解羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)单克隆抗体2E4的抗体可变区的分子特征,选择其轻链和重链可变区基因分别进行体外扩增和测序,并通过IgBLAST程序分析(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/),确定了2E4抗体可变区的互... 为了解羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)单克隆抗体2E4的抗体可变区的分子特征,选择其轻链和重链可变区基因分别进行体外扩增和测序,并通过IgBLAST程序分析(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/),确定了2E4抗体可变区的互补决定区(complementarity determining regions,CDRs)和骨架区(framework regions,FRs)氨基酸结构。继而,采用SWISS-MODEL同源建模方法,展示抗体分子轻、重链可变区的三维空间构型,并推测出可能的OR—FVB细胞抗原表位多肽结合部位(pocket)。目的基因测序结果显示:2E4轻链可变区(V L)基因扩增全长为324bp,编码108个氨基酸;2E4重链可变区(VH)基因扩增全长为345bp,编码115个氨基酸。IgBLAST结果显示:轻链与GenBank公布的GHP53(GI:197494)单抗轻链可变区序列基因序列一致性达到97.6%;重链与vHsAF34(GI:215263227)单抗重链可变区基因序列一致性达到98.6%。并且,2E4轻链CDRs(CDR1-CDR3)分别位于25~348a、52~54aa和91~98aa的序列位置;重链CDRs(CDR1-CDR3)分别位于25~32a8、50~57aa和96~104aa的序列位置。同源建模分析结果显示:这些CDRs区域共同形成的“pocket”极可能作为抗原表位多肽结合的位点。最终成功克隆2E4单抗可变区基因,分析了抗体轻、重链可变区CDRs构成形式,模拟了其空间构型,为进一步了解和验证“CDRs-表位”特异性结合的分子机制,并在Orf免疫保护中加以应用提供了可能。 展开更多
关键词 羊口疮病毒 单克隆抗体 可变区 基因克隆 序列分析 同源建模
2017年黑龙江省禽腺病毒4型分离株Hexon基因的遗传特征分析
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作者 王天 步梦娇 +5 位作者 刘增禄 周金玲 刘宇 刘通 岳山 朱战波 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2018年第9期965-968,973共5页
目的分析2017年黑龙江省禽腺病毒4型(fowl adenovirus-4,FAd V-4)分离株Hexon基因的遗传特征。方法提取疑似心包积液综合征(hydropericardium syndrome,HPS)的病鸡肝脏DNA,以其为模板,经PCR扩增Hexon基因,并进行测序。采用BLAST软件... 目的分析2017年黑龙江省禽腺病毒4型(fowl adenovirus-4,FAd V-4)分离株Hexon基因的遗传特征。方法提取疑似心包积液综合征(hydropericardium syndrome,HPS)的病鸡肝脏DNA,以其为模板,经PCR扩增Hexon基因,并进行测序。采用BLAST软件对Hexon基因序列进行数据库比对;采用Meg Align软件进行核苷酸和氨基酸同源性比对;采用Mega 6软件将分离获得的FAd V-4菌株及35个参考FAd V菌株的全长Hexon基因构建系统进化树。结果 Hexon基因PCR产物长度为1 204 bp,将分离株命名为FAd V-4-DQ。与其他8个FAd V分离株核苷酸和氨基酸的同源性分别为34.6%~98.7%和22.0%~95.7%,其中与中国2015年FAd V-4 HNHB分离株及2016年FAd V-4 HN151025分离株的核苷酸和氨基酸的同源性较高,分别为98.7%、95.7%和98.6%、95.2%;其次是与印度2008年的FAd V-4 PJ-06分离株的核苷酸和氨基酸的同源性较高,分别为98.2%和94.4%。基因进化树分析显示,FAd V-4-DQ株与中国2015及2016年的15个分离株基因型属于同一个进化分枝,并由同一祖先进化。结论本研究获得的FAd V分离株属血清型FAd V-4型,FAd V-C种,与中国2015及2016年流行毒株同属一个基因簇,并推测该分离株起源于印度早期菌株。 展开更多
关键词 禽腺病毒4型 Hexon基因 序列分析 同源性
Microsphaeropsis arundinis引起面部皮肤暗色丝孢霉病一例
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作者 冯雨苗 吴丽娟 +5 位作者 王森淼 孙澜 曾学思 沈永年 吕桂霞 刘雏达 《中华皮肤科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第5期382-384,共3页
患者男,55岁,面部斑块20余年,未发现合并免疫缺陷疾病。皮肤科检查:鼻部、双面颊、口唇上方大片淡红色斑块,少量脱屑,鼻背部疣状增生,鼻尖1个黄豆大小的疣状突起物。皮损组织病理检查:表皮假上皮瘤样增生,角质层中可见菌丝样... 患者男,55岁,面部斑块20余年,未发现合并免疫缺陷疾病。皮肤科检查:鼻部、双面颊、口唇上方大片淡红色斑块,少量脱屑,鼻背部疣状增生,鼻尖1个黄豆大小的疣状突起物。皮损组织病理检查:表皮假上皮瘤样增生,角质层中可见菌丝样结构。真皮内弥漫炎症细胞浸润,主要有中性粒细胞、淋巴细胞、组织细胞以及多核巨细胞。在多核巨细胞内见孢子样结构,过碘酸-雪夫染色阳性。皮损组织沙氏葡萄糖琼脂培养基培养出灰褐色绒毛状菌落。玻片小培养(马铃薯葡萄糖琼脂培养基)见内含大量孢子的分生孢子器及分隔分支的暗色菌丝。真菌分子生物学鉴定为Microsphaeropsis arundinis。诊断为Microsphaeropsis arundinis所致皮肤暗色丝孢霉病。治疗:CO2激光去除鼻尖部位疣状突起,口服伊曲康唑胶囊200 mg,每天2次,3个月后皮损消退停药,随访6个月无复发。 展开更多
关键词 着色真菌病 序列同源性 核酸 面部 感染 Microsphaeropsis arundinis
中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型的分子流行病学特征分析 被引量:2
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作者 姚学君 管书慧 +1 位作者 刘秀兰 姜仁杰 《中华疾病控制杂志》 CSCD 北大核心 2017年第11期1111-1114,1127共5页
目的分析中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus group A type 10,CA10)流行毒株基因型分布概况和进化规律,为手足口病防控提供数据支撑。方法利用MEGA 6.0软件对GenBank核酸数据库收录的流行于中国大陆地区的CA1... 目的分析中国大陆地区2004-2016年柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus group A type 10,CA10)流行毒株基因型分布概况和进化规律,为手足口病防控提供数据支撑。方法利用MEGA 6.0软件对GenBank核酸数据库收录的流行于中国大陆地区的CA10毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并对毒株彼此间的核苷酸和氨基酸同源性进行计算。结果纳入本研究的中国大陆地区CA10毒株共计218株,中国大陆地区CA10流行毒株的基因型以C型为主。与原型株CA10-Kowalik相比,中国大陆地区CA10毒株核苷酸和氨基酸的同源性分别为69.4%~73.9%和90.6%~93.6%;中国大陆地区CA10毒株内部的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.4%~100.0%和92.9%~100.0%。结论本研究提示应针对CA10毒株流行趋势和基因型分布情况,采取有效措施防控手足口病。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒感染 序列分析 流行病学 分子 序列同源性
中山市2007—2014年1型登革病毒E基因分子特征分析 预览 被引量:1
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作者 师舞阳 林金思 +2 位作者 谢颖 吴衍恒 余昆英 《南昌大学学报:医学版》 CAS 2017年第1期79-83,87共6页
目的 分离、鉴定中山市2007—2014年1型登革病毒并获得E基因序列,从分子水平分析其系统进化和地域来源情况,了解该病毒各年份的流行性质。方法收集中山市2007—2014年登革热患者急性期血清,接种C6/36细胞分离登革病毒,应用RT-PCR技术扩... 目的 分离、鉴定中山市2007—2014年1型登革病毒并获得E基因序列,从分子水平分析其系统进化和地域来源情况,了解该病毒各年份的流行性质。方法收集中山市2007—2014年登革热患者急性期血清,接种C6/36细胞分离登革病毒,应用RT-PCR技术扩增病毒的包膜蛋白E基因全长,并对序列进行系统进化和同源性分析。结果 共分离到登革1型病毒流行株25株,参考国际标准株E基因序列将其分为GⅠ型和GⅤ型2个基因型。其中2007年3株,2012年3株,2013年3株,2014年7株聚集在GⅠ型中,2014年9株聚集在GⅤ型中。中山2014年登革病毒GⅠ型流行株与中山市2007年、2012年、2013年流行株E基因核苷酸(氨基酸)序列相似度分别为98.25%(99.40%)、98.18%(99.80%)、99.73%(100.00%),与珠三角2014年广州、珠海输入中山株的氨基酸序列相似度为100.00%;中山市2013年登革病毒GⅠ型流行株与广州、佛山的2013年流行株E基因核苷酸(氨基酸)序列相似度分别为99.67%(100.00%)、99.74%(100.00%)。结论 2007—2014年中山市流行的登革1型病毒有2个基因型(GⅠ型和GⅤ型)。2014年GⅤ型可能由国外输入,GⅠ型中2007年和2012年为国外输入株,2013年及2014年流行株E基因序列相似度高,2014年的登革流行可能与2013年流行株本地化有关。 展开更多
关键词 1型登革病毒 E基因 序列同源性 系统进化 广东 中山
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和田羊卵巢中MTNR1a基因的表达及序列分析
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作者 蒋维东 穆拉提·阿不都米吉提 +3 位作者 张晶 宋显明 李莲瑞 石长青 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2017年第12期106-109,共4页
为了研究和田羊MTNR1a基因结构、多态性及与其他物种的同源性,根据GenBank中绵羊的MTNR1a(登录号为NM001009725)基因序列,以Primer5.0和DNAMan软件设计引物后,通过提取和田羊卵巢总RNA,并将其反转成cDNA,采用qRT—PCR技术,以c... 为了研究和田羊MTNR1a基因结构、多态性及与其他物种的同源性,根据GenBank中绵羊的MTNR1a(登录号为NM001009725)基因序列,以Primer5.0和DNAMan软件设计引物后,通过提取和田羊卵巢总RNA,并将其反转成cDNA,采用qRT—PCR技术,以cDNA为模板,利用PCR扩增得到350bp的基因片段。将扩增产物进行纯化和测序分析后,与GenBank数据库中其他物种的MTNR1a基因序列进行同源性比较。结果表明:和田羊MTNR1a基因与已发表的绵羊属Chok1a、Musimon和Patanwadi(登录号分别为KC727711、FJ801038、KJ865682)三个品种羊的同源性均高于98%;与牦牛、野牛、牛、山羊和藏羚羊(登录号分别为KF569810、XM010835821、U73327、KC865680、KJ005972610)的同源性为96%~98%。 展开更多
关键词 和田羊 卵巢 进化树 序列分析 MTNR1a 同源性
鹅Caspase-1基因的克隆与序列分析 预览 被引量:1
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作者 刘文俊 邱金辉 +3 位作者 阳佑天 黄运茂 许丹宁 田允波 《广东农业科学》 CAS 2017年第12期144-150,共7页
为系统了解鹅炎症系统,用Trizol法提取马岗鹅脾脏总RNA,采用兼并引物RT-PCR方法克隆了马岗鹅Caspase-1基因并进行了系统的生物信息学分析。测序结果显示,go-Caspase-1基因完整ORF区长813bp,编码270个氨基酸(GenBank序列号为MG463109)。... 为系统了解鹅炎症系统,用Trizol法提取马岗鹅脾脏总RNA,采用兼并引物RT-PCR方法克隆了马岗鹅Caspase-1基因并进行了系统的生物信息学分析。测序结果显示,go-Caspase-1基因完整ORF区长813bp,编码270个氨基酸(GenBank序列号为MG463109)。同源性分析显示,go-Caspase-1基因序列与鸭、鸡等禽类的同源性较高,与其他物种的差异较大。蛋白质功能结构域分析显示,不同物种间Caspase-1蛋白的Caspase结构域高度相似。蛋白三维结构预测比较显示,go-Caspase-1蛋白空间结构与鸡和人的Caspase-1主体结构相似。 展开更多
关键词 半胱氨酸蛋白酶-1 基因克隆 序列分析 同源性分析 分子进化
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不同代次缺失meq基因的重组马立克病毒SC9-1株主要基因序列同源性分析
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作者 陈俊霞 韩妮 +4 位作者 张言坤 孙鹏 周忠文 苏帅 崔治中 《中国兽医学报》 CSCD 北大核心 2017年第5期804-810,共7页
分析缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1原代、10代及40代主要基因序列的同源性。提取缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1原代、10代及40代DNA,设计引物PCR扩增其与致瘤相关pp38基因、缺失meq基因后残余的FRT位点序列及囊膜蛋白基因gB... 分析缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1原代、10代及40代主要基因序列的同源性。提取缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1原代、10代及40代DNA,设计引物PCR扩增其与致瘤相关pp38基因、缺失meq基因后残余的FRT位点序列及囊膜蛋白基因gB、gC、gD、gE、gH、gI、gK,连接pMD18-T载体,转化DH5α感受态细胞,挑取阳性克隆进行测序,DNAStar软件对3代次各基因片段进行同源性比对。不同代次SC9-1病毒株的致瘤相关pp38基因、残留FRT位点序列及囊膜蛋白基因gB、gC、gD、gE、gH、gI、gK的核苷酸序列同源性均为100%,核苷酸序列差异性分析结果显示序列完全一致,无位点上的变化。缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1在鸡胚成纤维细胞(CEF)上的传代过程中其致瘤相关pp38基因、残留FRT位点序列及囊膜蛋白基因gB、gC、gD、gE、gH、gI、gK没有发生变异,侧面反映了SC9-1在CEF细胞传代过程中具有很好的遗传稳定性。 展开更多
关键词 马立克病毒 SC9-1 不同代次 基因序列 同源性分析
广西地区猪伪狂犬病病毒gE基因的序列分析 预览 被引量:5
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作者 覃雨阳 李雪梅 +4 位作者 马军 吴军 冯淑萍 熊毅 何奇松 《动物医学进展》 北大核心 2016年第1期17-21,共5页
探讨广西地区近期流行猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的变异规律,以及与国内外毒株的基因差异性,为制定有效的猪伪狂犬病防控措施提供科学依据。对广西不同地区流行的PRV gE基因进行克隆和序列测定,并与国内外PRV毒株的gE基因进行同源性... 探讨广西地区近期流行猪伪狂犬病病毒(PRV)gE基因的变异规律,以及与国内外毒株的基因差异性,为制定有效的猪伪狂犬病防控措施提供科学依据。对广西不同地区流行的PRV gE基因进行克隆和序列测定,并与国内外PRV毒株的gE基因进行同源性比对分析,构建遗传进化树。广西地区流行的PRV与广东Fa株、湖北HD株的gE基因核苷酸的同源性与编码氨基酸序列同源性最高,分别为99.8%和99.7%;广西地区流行毒株间gE基因同源性达99.5%~99.8%,推导氨基酸序列同源性为98.8%~99.7%,广西地区近期流行PRV毒株的变异不明显。4株PRV毒株与近年国内分离的毒株ZK、NY、QBA、HNXX、MZ1处于同一分支上,遗传关系较近;而与国内经典株Ea、GDSH遗传关系稍远,与国外分离株Yangsan、NiA3、Becker、Rice处于不同的遗传分支,保持较远的亲缘关系。4株PRV gE基因的48位点氨基酸和其中的GXNN1、GXBH1的496位点氨基酸增加1个天冬氨酸的插入,具有变异株的特征。广西地区流行的PRV毒株属于目前我国主要流行的变异株,其氨基酸的插入将对变异株的分子流行病学调查提供重要的参考。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 GE基因 序列测定 同源性分析
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同一患者不同部位碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的耐药机制和同源性分析 被引量:3
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作者 王菊梅 张洪球 陆军 《中华临床感染病杂志》 2016年第4期369-372,共4页
肺炎克雷伯菌是医院和社区获得性感染的重要肠杆菌科细菌。随着抗菌药物的广泛使用,产超广谱β-内酰胺酶和AmpC 酶等多重耐药肺炎克雷伯菌引起的感染日益增加,而碳青霉烯类抗菌药物是治疗多重耐药菌感染的最有效药物之一。随着此类抗... 肺炎克雷伯菌是医院和社区获得性感染的重要肠杆菌科细菌。随着抗菌药物的广泛使用,产超广谱β-内酰胺酶和AmpC 酶等多重耐药肺炎克雷伯菌引起的感染日益增加,而碳青霉烯类抗菌药物是治疗多重耐药菌感染的最有效药物之一。随着此类抗菌药物的大量和不合理使用,耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(Carbapenem-resistant Klebsilla pneumoniae,CRKP)逐渐出现,近年来呈不断增加的趋势,其耐药机制主要是细菌产生的碳青霉烯酶能水解碳青霉烯类抗菌药物[1]。肺炎克雷伯菌主要产肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(Klebsilla pneumoniae carbapenemase,KPC)[2],KPC 酶是一种质粒介导的Ambler 分类中A 类丝氨酸β-内酰胺酶,能水解几乎所有的β-内酰胺类抗菌药物[3]。本研究针对浙江衢化医院重症监护病房(ICU)1例患者5个部位分离得到的非重复CRKP的耐药机制和同源性进行分析。 展开更多
关键词 克雷伯菌 肺炎 亚胺培南 美罗培南 抗药性 序列同源性
2011—2014年河北省急性弛缓性麻痹病例中脊髓灰质炎病毒同源性分析
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作者 陈玫 崔志强 +5 位作者 李静 赵娜 张俊棉 郭玉 张振国 李琦 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期811-814,共4页
目的检测2011—2014年河北省急性弛缓性麻痹(AFP)病例粪便标本中的脊髓灰质炎(脊灰)病毒,并对其VP1基因核苷酸序列进行同源性分析。方法收集2011—2014年河北省AFP监测系统中登记的15岁以下出现AFP症状的1504例病例的粪便标本,每... 目的检测2011—2014年河北省急性弛缓性麻痹(AFP)病例粪便标本中的脊髓灰质炎(脊灰)病毒,并对其VP1基因核苷酸序列进行同源性分析。方法收集2011—2014年河北省AFP监测系统中登记的15岁以下出现AFP症状的1504例病例的粪便标本,每份5g,共3001份(1497例采集双份标本,7例采集单份标本)。采用Real-time PCR对分离到的脊灰病毒进行核酸提取及RNA检测,采用逆转录PCR扩增脊灰病毒VP1基因片段,并对扩增产物进行核苷酸序列测定,以构建系统进化树,与Sabin疫苗株进行同源性比较。采用χ^2检验比较不同年份脊灰病毒阳性率的差异。结果3001份粪便标本共分离到脊灰病毒50株,阳性率为1.7%,其中Ⅰ型10株,Ⅱ型15株,Ⅲ型16株,混合型9株;2011—2014年脊灰病毒阳性率分别为1.0%(9/890)、1.4%(12/824)、2.2%(17/770)和2.3%(12/517)(χ^2=2.24,P=0.525)。VP1基因核苷酸和氨基酸序列同源性分析显示,脊灰病毒Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型株核苷酸序列与Sabin疫苗株的同源性分别为98.8%-100%、99.1%-100%和99.2%-100%,氨基酸序列同源性分别为98.6%-100%、98.3%-100%和98.6%-100%。VP1基因进化分析显示,脊灰病毒Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型株的变异率分别为0.66%、0.66%和0.55%。结论2011—2014年河北省检测出的脊灰病毒除1份为Ⅱ型疫苗衍生脊灰病毒外,其余均为脊灰疫苗类似株,均与Sabin疫苗株具有较高的同源性。 展开更多
关键词 急性弛缓性麻痹 脊髓灰质炎病毒 脊髓灰质炎病毒疫苗 口服 序列同源性
香鳞毛蕨18S rRNA基因片段的克隆与序列分析
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作者 黄庆阳 樊锐锋 常缨 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期2418-2420,共3页
目的研究药用植物香鳞毛蕨核糖体18SrRNA基因的序列特征。方法以香鳞毛蕨总RNA为模板,根据蕨类植物18SrRNA保守区域设计引物,对香鳞毛蕨18SrRNA基因进行基因克隆、测序、并进行序列比对和同源性分析。结果克隆获得香鳞毛蕨18SrRNA101... 目的研究药用植物香鳞毛蕨核糖体18SrRNA基因的序列特征。方法以香鳞毛蕨总RNA为模板,根据蕨类植物18SrRNA保守区域设计引物,对香鳞毛蕨18SrRNA基因进行基因克隆、测序、并进行序列比对和同源性分析。结果克隆获得香鳞毛蕨18SrRNA1010bp部分片段(GenBank登录号GU385474),进行Blast对比发现其与大羽鳞毛蕨的同源性达到99%。结论DNA测序技术可为香鳞毛蕨的鉴定提供准确而有效的分子鉴定方法,也可为其药用成分相关基因的研究提供基础性资料。 展开更多
关键词 香鳞毛蕨 18SrRNA 克隆 序列分析 同源性分析
山东省环境污水和脑炎病例中埃可病毒6型的监测和关联 被引量:1
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作者 林小娟 王素婷 +3 位作者 陶泽新 刘桂芳 宋立志 徐爱强 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期161-165,共5页
目的 探索山东省2014年急性脑膜炎/脑炎症候群(acute meningitis/encephalitis syn-drome,AMES)病例和2013—2014年环境污水监测中埃可病毒(echovirus,E)6型的基因特征及其关联.方法 对2014年的AMES病例标本和2013—2014年的环境监... 目的 探索山东省2014年急性脑膜炎/脑炎症候群(acute meningitis/encephalitis syn-drome,AMES)病例和2013—2014年环境污水监测中埃可病毒(echovirus,E)6型的基因特征及其关联.方法 对2014年的AMES病例标本和2013—2014年的环境监测标本进行肠道病毒(enterovir-us,EV)分离,阳性分离物采用分子生物学方法鉴定型别,并对E-6 VP1区序列进行同源性和系统进化学分析.结果 2013年AMES病例中未检出E-6,2014年分离到47株E-6,占EV分离株的29.56%.环境污水监测结果显示E-6从2013年夏季开始频繁出现并一直持续到2014年底,2013年分离到40株E-6,占总EV分离株的7.87%;2014年分离到139株E-6,占总分离株的26.18%.系统进化树分析表明本研究分离株属于A、C两个基因簇,各簇之内的环境和AMES分离株之间有密切的亲缘关系.在A基因簇中,2014年AMES分离株之间的核苷酸同源性是98.3%-100%,2013—2014年环境分离株之间的同源性是96.6%-100%,二者之间为97.1%-100%,C基因簇的以上核苷酸同源性分析结果分别是100%、98.7%-100%和99.1%-100%.结论 2014年山东省发生了两条E-6传播链导致的病毒性脑炎的流行;在E-6相关的病毒性脑炎流行之前,通过环境监测敏感地监测到E-6在本地的潜在流行,证明环境监测具有对相关疾病的早期预警能力. 展开更多
关键词 病毒性脑膜炎 病毒性脑炎 环境监测 人埃可病毒6型 序列同源性 种系发生
巴马小型猪TNF-α基因的克隆与相关生物学信息分析 被引量:5
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作者 李龙 司景磊 +4 位作者 吴延军 夏利 龙开旭 郭亚芬 兰干球 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期556-562,共7页
本研究旨在分析巴马小型猪TNF-α(tumor necrosis factor-alpha)基因的遗传变异情况。实验采用RT-PCR和克隆的方法成功扩增TNF-α基因的编码区序列,同时对TNF-α基因和相应的蛋白序列进行生物信息学分析。结果表明,巴马小型猪TNF-α... 本研究旨在分析巴马小型猪TNF-α(tumor necrosis factor-alpha)基因的遗传变异情况。实验采用RT-PCR和克隆的方法成功扩增TNF-α基因的编码区序列,同时对TNF-α基因和相应的蛋白序列进行生物信息学分析。结果表明,巴马小型猪TNF-α基因编码区全长为699 bp,编码232个氨基酸;与Gen Bank中已发表的猪TNF-α基因(登录号:NM_214022.1)序列进行比对,未发现核苷酸碱基突变;编码的232个氨基酸分子量为25 253.9,理论等电点为5.44,不存在信号肽,但存在跨膜螺旋结构。经过序列相似性分析,巴马小型猪的TNF-α基因与猪、人、马、牛、家犬、绵羊同源性比较结果表明其具有较强的保守性。巴马小型猪的TNF-α基因与野猪的亲缘关系一致。 展开更多
关键词 巴马小型猪 TNF-Α基因 基因克隆 序列分析 蛋白结构预测 同源性
大豆贮藏蛋白序列分析与3-D结构同源模建 预览 被引量:2
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作者 邹谋勇 《食品与发酵科技》 CAS 2016年第4期25-32,共8页
分析确定大豆贮藏蛋白的种类、序列同源性、进化关系、理化特征和空间结构。以大豆(Glycine max Wm82.a2.v1)基因组为材料,采用数据库在线工具和生物信息学软件对大豆贮藏蛋白基因的染色体定位,蛋白序列信息进行分析预测,并对其3-D结... 分析确定大豆贮藏蛋白的种类、序列同源性、进化关系、理化特征和空间结构。以大豆(Glycine max Wm82.a2.v1)基因组为材料,采用数据库在线工具和生物信息学软件对大豆贮藏蛋白基因的染色体定位,蛋白序列信息进行分析预测,并对其3-D结构进行同源模建。大豆贮藏蛋白基因具有多拷贝和单基因多种转录拼接方式并存的遗传模式,其蛋白序列相似度较高,系统进化树分析表明其聚为5支,对应5种类型蛋白质。除7S碱性球蛋白外,其他贮藏蛋白的理化性质接近,含有较高比例的鲜味氨基酸。大豆贮藏蛋白空间结构各异,11S球蛋白、7Sβ-伴球蛋白和碱性球蛋白分别以六聚体、三聚体和四聚体形式存在,2S清蛋白表空间结构松散,由α-螺旋和无规卷曲构成。该研究可为大豆贮藏蛋白的深入研究以及大豆加工食品、大豆酿造调味品的开发提供理论参考。 展开更多
关键词 大豆 贮藏蛋白 序列分析 同源模建
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