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高通量测序在重症肺部感染患者中的应用效果 预览
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作者 任迪 李颖 +1 位作者 曾晶晶 谭婷婷 《中国医药导报》 CAS 2020年第7期94-97,共4页
目的探讨高通量测序技术在重症肺部感染患者中的应用效果。方法回顾性分析2018年1~12月广东省深圳市第二人民医院重症医学科收治的87例重症肺部感染患者的临床资料。采用数字随机表法分为应用高通量测序患者下一代测序技术(NGS)组43例,... 目的探讨高通量测序技术在重症肺部感染患者中的应用效果。方法回顾性分析2018年1~12月广东省深圳市第二人民医院重症医学科收治的87例重症肺部感染患者的临床资料。采用数字随机表法分为应用高通量测序患者下一代测序技术(NGS)组43例,对照组44例。比较NGS组病原体检出率,两组患者抗生素使用强度,重症监护病房(ICU)住院天数及28 d病死率。结果两组患者治疗前基线资料比较,差异无统计学意义(P>0.05)。NGS组中高通量肺泡灌洗液标本中病原体检出率明显高于常规培养,NGS组抗生素使用强度低于对照组,ICU住院时间短于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。两组患者28 d病死率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论高通量测序技术的应用能提高重症肺部感染患者肺泡灌洗液病原体的检出率,降低抗生素使用强度及缩短住院时间。 展开更多
关键词 高通量测序 重症肺部感染 抗生素使用强度 宏基因组学 下一代测序技术
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基于高通量测序的OMS-2对序批式反应器系统微生物群落的影响
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作者 陈鑫宇 王道雄 +2 位作者 潘飞 徐少伟 冉懋君 《环境工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期244-252,共9页
随着纳米材料的广泛应用,越来越多的纳米材料随着废水进入污水处理厂,纳米材料对污水生物处理系统的潜在影响越来越受到重视。探讨了氧化锰八面体分子筛(manganese oxide octahedral molecular sieve,OMS-2)纳米颗粒对序批式反应器(sequ... 随着纳米材料的广泛应用,越来越多的纳米材料随着废水进入污水处理厂,纳米材料对污水生物处理系统的潜在影响越来越受到重视。探讨了氧化锰八面体分子筛(manganese oxide octahedral molecular sieve,OMS-2)纳米颗粒对序批式反应器(sequencing batch reactor,SBR)中活性污泥微生物群落结构的影响;以活性艳红X-3B溶液模拟印染废水,将不同浓度的OMS-2混入稳定运行的SBR中,采用Illumina MiSeq高通量测序分析技术,对不同SBR中微生物分布规律进行了研究。结果表明:SBR添加0.25 g·L^-1的OMS-2后,其COD去除率和脱色率分别提升了6%和13.6%;Illumina MiSeq高通量测序显示,在混入0.25 g·L^-1的OMS-2后,SBR内污泥菌群中拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)的微生物DNA序列操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)分别增加了16.8%和96.4%,这2类菌种可能提升了SBR降解有机污染物的能力;不同浓度的OMS-2改变了菌群的多样性和结构,低浓度的OMS-2可以提升微生物菌群的多样性和改变菌群的结构。X射线光电子能谱(XPS)分析表明,OMS-2在SBR中存在锰(Ⅳ)/锰(Ⅲ)转变为锰(Ⅱ)的氧化还原反应,该过程可能影响了菌群的组成。研究为纳米材料的实际应用和环境风险提供了参考。 展开更多
关键词 序批式反应器 氧化锰八面体分子筛 X-3B 微生物群落分析 高通量测序
高通量测序分析原香型白酒高温大曲的细菌群落 预览
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作者 杨旭 马歌丽 +5 位作者 王光路 胡晓龙 宋丽丽 张志平 张治刚 王永亮 《酿酒科技》 2020年第3期24-27,共4页
本研究采用高通量测序技术,采集贾湖酒业集团有限责任公司原香型白酒高温大曲(简写JH)为研究对象,以南方高温大曲(简写MT)为对照,对比分析大曲理化性质和细菌群落结构组成的差异。结果表明,大曲JH和MT都是合格大曲,大曲JH酸度低于MT,但... 本研究采用高通量测序技术,采集贾湖酒业集团有限责任公司原香型白酒高温大曲(简写JH)为研究对象,以南方高温大曲(简写MT)为对照,对比分析大曲理化性质和细菌群落结构组成的差异。结果表明,大曲JH和MT都是合格大曲,大曲JH酸度低于MT,但是蛋白酶活力较高。高通量测序结果表明,大曲JH优势细菌为蛋白酶产生菌Virgibacillus,相对丰度达到61.01%,高于大曲MT的17.44%;高温放线菌属Kroppenstedtia在大曲JH中相对丰度达到17.66%,高于大曲MT的1.08%。大曲JH细菌多样性低于大曲MT,如大曲MT中不动细菌属Acinetobacter、酵母属Saccharopolyspora、芽孢杆菌属Scopulibacillus、链霉菌属Streptomyces、魏斯氏菌属Weissella和乳杆菌属Lactobacillus在大曲JH中均未检测到。细菌组成差异是造成大曲理化指标不同和白酒品质差异的主要原因之一。 展开更多
关键词 高温大曲 原香型 细菌群落 高通量测序
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不同高阻隔包装材料对烤鸭微生物及菌群多样性的影响 预览
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作者 穆罡 罗欣 +5 位作者 梁荣蓉 董鹏程 毛衍伟 朱立贤 张一敏 杨啸吟 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第3期171-177,共7页
为研究不同阻隔性包装材料对烤鸭品质影响的差异性,本研究采用3种不同类型高阻隔包装材料(镀氧化硅类、乙烯醇聚合物、聚偏二氯乙烯)对烤鸭进行真空包装,以聚乙烯/尼龙包装为对照,然后在4℃下分别贮藏21 d,检测此期间烤鸭的挥发性盐基氮... 为研究不同阻隔性包装材料对烤鸭品质影响的差异性,本研究采用3种不同类型高阻隔包装材料(镀氧化硅类、乙烯醇聚合物、聚偏二氯乙烯)对烤鸭进行真空包装,以聚乙烯/尼龙包装为对照,然后在4℃下分别贮藏21 d,检测此期间烤鸭的挥发性盐基氮(total volatile basic nitrogen,TVB-N)含量、肉色、微生物(菌落总数、乳酸菌和肠杆菌数),并用高通量测序技术观察了不同样品的微生物多样性变化。结果表明:镀氧化硅包装可以有效抑制TVB-N的产生,在贮藏第21天时其含量最低,且低于20 mg/kg,并可抑制微生物的生长;通过高通量测序技术观察了不同样品的微生物多样性变化,贮藏时间和包装材料对烤鸭的微生物菌落结构有明显影响,在贮藏过程中,乳酸菌菌属与魏斯氏菌属是镀氧化硅材料包装烤鸭样品的优势菌群;乳酸菌属、魏斯氏菌属、假单胞菌属、类香味菌属、肉食杆菌属是乙烯醇聚合物材料包装烤鸭的优势菌群;乳酸菌属、魏斯氏菌属、热杀索丝菌属、弧菌属是聚偏二氯乙烯材料包装烤鸭的优势菌群。对比发现,镀氧化硅类材料对假单胞菌、类香味菌属、热杀索丝菌等的抑制是其有效保持烤鸭的品质、延长其货架期的主要原因。综上,镀氧化硅类高阻隔真空包装材料可有效抑制微生物生长、保持烤鸭的品质。 展开更多
关键词 烤鸭 高阻隔包装材料 微生物多样性 高通量测序
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Inhibition effect of magnetic field on nitrous oxide emission from sequencing batch reactor treating domestic wastewater at low temperature
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作者 Dan Xu Hongmin Ji +3 位作者 Hongqiang Ren Jinju Geng Kan Li Ke Xu 《环境科学学报:英文版》 SCIE EI CAS CSCD 2020年第1期205-212,共8页
This study aims to investigate the effect of a magnetic field on nitrous oxide(N2O)emission from a sequencing batch reactor treating low-strength domestic wastewater at low temperature(10℃).After running for 124 days... This study aims to investigate the effect of a magnetic field on nitrous oxide(N2O)emission from a sequencing batch reactor treating low-strength domestic wastewater at low temperature(10℃).After running for 124 days in parallel,results indicated that the conversion rate of N2O for a magnetic field-sequencing batch reactor(MF-SBR)decreased by34.3%compared to that of a conventional SBR(C-SBR).Meanwhile,the removal efficiencies for total nitrogen(TN)and ammonia nitrogen(NH4-N)of the MF-SBR were 22.4%and 39.5%higher than those of the C-SBR.High-throughput sequencing revealed that the abundances of AOB(Nitrosomonas),NOB(Nitrospira)and denitrifiers(Zoogloea),which could reduce N2O to N2,were promoted significantly in the MF-SBR.Enzyme activities(Nir)and gene abundances(nos Z nir S and nir K)for denitrification in the MF-SBR were also notably higher compared to C-SBR.Our study shows that application of a magnetic field is a useful approach for inhibiting the generation of N2O and promoting the nitrogen removal efficiency by affecting the microbial characteristics of sludge in an SBR treating domestic wastewater at low temperature. 展开更多
关键词 Magnetic field Low temperature N2O emission Biological nitrogen removal High-throughput 16S rRNA gene SEQUENCING
利玛原甲藻PL11共附生菌多样性研究 预览
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作者 李月月 田晓清 +3 位作者 韩清华 樊成奇 马丽艳 陆亚男 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2020年第1期73-81,共9页
为揭示产腹泻性贝类毒素(diarrheic shellfish poisoning,DSP)典型赤潮甲藻-利玛原甲藻(Prorocentrum lima)PL11的共附生菌群多样性信息,通过Illumina MiSeq高通量测序分析了PL11的共附生菌群种类及相对丰度,并且对其可培养共附生菌株... 为揭示产腹泻性贝类毒素(diarrheic shellfish poisoning,DSP)典型赤潮甲藻-利玛原甲藻(Prorocentrum lima)PL11的共附生菌群多样性信息,通过Illumina MiSeq高通量测序分析了PL11的共附生菌群种类及相对丰度,并且对其可培养共附生菌株进行了选择性分离及其16S rRNA基因序列扩增与系统发育的分析。利玛原甲藻PL11高通量测序结果显示:样品共附生细菌包括5门,14纲,26目,38科及54属。其中优势门(>5%)为3个,包括变形菌门(Proteobacteria,75.5%)、拟杆菌门(Bacteriodetes,11.5%)以及浮霉菌门(Planctomycetex,8.5%);优势纲(>5%)为4个,包括α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,51.7%)、δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria,31.8%)、鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria,9.9%)以及OM190纲(8.9%);优势属(>5%)为6个,侏囊菌科下未知属(norank Nannocystaceae,21.8%)、Pyruvatibacte属(11.6%)、Phaeodactylibacter属(9.4%)、生丝单胞菌科下未知属(norank Hyphomonadaceae,8.5%)、OM190纲下未知属(8.1%)以及Roseovarius属(7.9%)。从利玛原甲藻PL11培养物中分离获得可培养微生物菌株9株,分属于8个属,包括Ochrobactrum sp.(2株)及Microbacterium sp.、Algoriphagus sp.、Ponticoccus sp.、Hoeflea sp.、Labrenzia sp.、Sphingopyxis sp.、Erythrobacter sp.各1株。其中PL11-1为Ponticoccus属潜在新种。 展开更多
关键词 利玛原甲藻 腹泻性贝毒 共附生菌 高通量测序
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基于16SrRNA基因高通量测序聚类算法综述 预览
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作者 李莉 《长春师范大学学报》 2020年第2期87-92,共6页
基于微生物16SrRNA基因的高通量测序技术发展迅速,对该基因序列数据进行微生物操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTU)聚类的研究,产生了大量的微生物群落聚类算法和软件分析工具。为了更精确地识别微生物物种,从聚类方法、算... 基于微生物16SrRNA基因的高通量测序技术发展迅速,对该基因序列数据进行微生物操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTU)聚类的研究,产生了大量的微生物群落聚类算法和软件分析工具。为了更精确地识别微生物物种,从聚类方法、算法应用和当前存在的问题三个方面详细阐述目前的OTU聚类情况,OTU聚类算法应用主要体现在软件包工具和生物研究领域中,并综合最新的研究成果提出目前未解决的问题。 展开更多
关键词 16SRRNA基因 高通量测序 OTU聚类 微生物 聚类算法
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BCR-ABL阴性骨髓增殖性肿瘤的基因特征研究
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作者 吕晓东 李扬威 +4 位作者 郭珍 辛雅萍 胡杰英 范瑞华 宋永平 《中华内科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期35-39,共5页
目的探讨JAK2、MPL和CALR驱动基因突变情况与BCR-ABL阴性骨髓增殖性肿瘤(MPN)的3种疾病类型[原发性骨髓纤维化(PMF)、真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)]选择间的关系。方法采用高通量测序靶向检测156例BCR-ABL阴性MPN患者... 目的探讨JAK2、MPL和CALR驱动基因突变情况与BCR-ABL阴性骨髓增殖性肿瘤(MPN)的3种疾病类型[原发性骨髓纤维化(PMF)、真性红细胞增多症(PV)、原发性血小板增多症(ET)]选择间的关系。方法采用高通量测序靶向检测156例BCR-ABL阴性MPN患者的32种MPN相关基因,分析患者一般情况、驱动基因及伴随基因突变特点等因素与MPN疾病类型的关系。结果患者疾病类型与年龄关系的分析显示,在JAK2 V617F阳性状态下,PMF患者中60岁以上者的比例较高。通过高通量测序检测,在46例JAK2、MPL或CALR突变患者中检出22种伴随异常基因,其中PV 4例(8.3%),ET 20例(29.4%),PMF 22例(55.0%)。PV仅检出DNMT3A突变,而剪接因子相关基因SF3B1、SRSF2和U2AF1突变仅出现在PMF患者。根据JAK2 V617F突变的变异等位基因频率(VAF值)进行对比分析,结果显示,PV相关的VAF值最高(68.15%),其次为PMF(37.7%)和ET(23.0%),而MPN的3种疾病类型间JAK2 V617F纯合状态比例的差异有统计学意义。且在JAK2突变阳性状态下,PV和ET患者基因突变个数均明显低于PMF。结论MPN患者的年龄、驱动基因(JAK2、MPL和CALR)的突变特点(VAF值、纯合状态)以及伴随异常基因的种类和突变个数等因素,与驱动基因突变状态下MPN疾病类型的选择密切相关,其相关性有助于我们进一步认识MPN和早期评估疾病风险。 展开更多
关键词 骨髓增殖性肿瘤 临床表型 高通量测序 基因突变
Spatial distribution characteristics of bacterial community structure and gene abundance in sediments of the Bohai Sea 预览
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作者 Quanrui Chen Jingfeng Fan +10 位作者 Jie Su Hongxia Ming Zhihao Sun Mengfei Li Xiaohui Zhao Yantao Wang Yingxue Zhang Huizhen Zhang Yuan Jin Xiaowan Ma Bin Wang 《海洋学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2020年第2期69-78,共10页
This study investigated differences in the community structure and environmental responses of the bacterial community in sediments of the Bohai Sea.Illumina high-throughput sequencing technology and real-time PCR were... This study investigated differences in the community structure and environmental responses of the bacterial community in sediments of the Bohai Sea.Illumina high-throughput sequencing technology and real-time PCR were used to assay the bacterial 16S rRNA genes in the surface sediments of 13 sampling stations in the Bohai Sea.The results showed that sediments at the majority of the 13 sampling stations were contaminated by heavy metal mercury.The main phyla of bacteria recorded included Proteobacteria(52.92%),Bacteroidetes(11.76%),Planctomycetes(7.39%),Acidobacteria(6.53%)and Chloroflexi(4.97%).The genus with the highest relative abundance was Desulfobulbus(4.99%),which was the dominant genus at most sampling stations,followed by Lutimonas and Halioglobus.The main factors influencing bacterial community structure were total organic carbon,followed by depth and total phosphorus.The content of lead,cadmium,chromium,copper and zinc had a consistent effect on community structure.Arsenic showed a negative correlation with bacterial community structure in most samples,while the impact of mercury on community structure was not significant.The bacterial community in sediment samples from the Bohai Sea was rich in diversity and displayed an increase in diversity from high to low latitudes.The data indicated that the Bohai Sea had abundant microbial resources and was rich in bacteria with the potential to metabolize many types of pollutants. 展开更多
关键词 Bohai Sea SEDIMENTS bacterial community structure HIGH-THROUGHPUT SEQUENCING 16S rRNA GENE
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光合细菌强化SBR系统处理垃圾渗滤液及生物群落结构分析
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作者 徐芯渝 李伟民 叶姜瑜 《环境工程》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期99-104,共6页
从垃圾渗滤液中分离得到一株具有脱氮除磷能力的光合细菌R1,经鉴定为沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris),将其投加到SBR系统中,研究对其强化处理垃圾渗滤液的效果,并解析反应器中的菌群构成。结果表明:添加了光合细菌的实验组... 从垃圾渗滤液中分离得到一株具有脱氮除磷能力的光合细菌R1,经鉴定为沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris),将其投加到SBR系统中,研究对其强化处理垃圾渗滤液的效果,并解析反应器中的菌群构成。结果表明:添加了光合细菌的实验组SBR反应器对COD、NH+4-N和TP去除率分别达到76.895%、65.964%和94.036%,且污泥产量明显少于对照组。高通量测序结果表明:变形菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、酸杆菌门和拟杆菌门为主要优势菌门。在Caldilineaceae、Acinetobacter、Pseudomonas等共同作用下,R1不仅能够稳定存在于活性污泥中,还能够有效改善活性污泥中微生物群落结构,提升其脱氮除磷的性能。 展开更多
关键词 活性污泥法 垃圾渗滤液 光合细菌 高通量测序 群落结构
基于高通量测序的山羊卵巢基质、卵泡转录组分析 预览
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作者 陆婷婷 邹娴 +6 位作者 杨镇玮 雷放 陈奕业 柳广斌 孙宝丽 刘德武 李耀坤 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期23-32,共10页
【目的】比较山羊Capra hircus卵巢基质、大卵泡和小卵泡间的mRNA表达图谱,为探究卵泡发育机制提供一定的研究基础。【方法】采用高通量测序技术对发情期川中黑山羊的卵巢基质、大卵泡和小卵泡进行转录组测序,利用生物信息学方法检测mRN... 【目的】比较山羊Capra hircus卵巢基质、大卵泡和小卵泡间的mRNA表达图谱,为探究卵泡发育机制提供一定的研究基础。【方法】采用高通量测序技术对发情期川中黑山羊的卵巢基质、大卵泡和小卵泡进行转录组测序,利用生物信息学方法检测mRNA表达谱,筛选差异基因,对其进行GO和KEGG通路分析,最后随机抽取5个差异基因进行荧光定量PCR验证。【结果】卵巢基质vs大卵泡、卵巢基质vs小卵泡和小卵泡vs大卵泡的差异表达基因分别为524、180和403个。筛选出INHA、TNFRSF19等15个与卵泡发育相关的基因,其主要富集在内质网蛋白质加工、类固醇生物合成、卵母细胞减数分裂等信号通路。通过qRT-PCR验证,定量结果与测序结果基本一致。【结论】川中黑山羊卵巢基质、大卵泡和小卵泡的基因表达模式不同,小卵泡与卵巢基质的基因表达模式更相近。 展开更多
关键词 山羊 卵巢基质 卵泡 转录组 高通量测序
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酱香型白酒机械化酿造不同轮次堆积发酵细菌菌群结构多样性分析 预览
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作者 王欢 席德州 +4 位作者 黄永光 曹文涛 尤小龙 程平言 胡峰 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第2期188-195,共8页
利用高通量测序及其相关数理分析技术,对酱香型白酒机械化酿造7个轮次堆积发酵酒醅的细菌16S rDNA片段进行分析,结果表明,7个轮次中共检测出14个门,456个属。优势细菌门为Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes,核心细菌属为Acine... 利用高通量测序及其相关数理分析技术,对酱香型白酒机械化酿造7个轮次堆积发酵酒醅的细菌16S rDNA片段进行分析,结果表明,7个轮次中共检测出14个门,456个属。优势细菌门为Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes,核心细菌属为Acinetobacter、Bacillus、Caulobacter、Kroppenstedtia、Lactobacillus、Lentibacillus、Oceanobacillus、Pediococcus、Rhodococcus、Sphingomonas、Thermoactinomyces和Weissella。其中,Caulobacter和Rhodococcus为机械化酿造过程中的特有菌属,可能来源于机械设备和环境。核心微生物菌属之间存在明显的生物学关系,Bacillus、Lactobacillus、Thermoactinomyces、Lentibacillus、Kroppenstedtia、Weissella、Pediococcus和Oceanobacillus之间呈现共生关系,而Acinetobacter、Caulobacter、Sphingomonas和其他9个属呈负相关。发酵环境因子中,水分、酸度、淀粉含量对微生物群落结构影响较大,其中Bacillus、Thermoactinomyces、Pediococcus与淀粉含量显著正相关,与水分、酸度显著负相关;Caulobacter和Sphingomonas与淀粉含量显著负相关而与水分显著正相关,Sphingomonas与酸度显著正相关。本研究结果揭示了酱香型白酒机械化酿造堆积发酵过程中的核心细菌菌群结构,为酱香型白酒机械化酿造的理论研究和工程应用提供了理论支持。 展开更多
关键词 酱香型白酒 机械化酿造 高通量测序 微生物菌群结构 堆积发酵 核心细菌群
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珠江下游浮游细菌群落结构的时空分布特征 预览
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作者 杜宛璘 孙金辉 +4 位作者 麦永湛 赖子尼 贾慧娟 葛大艳 王超 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第2期380-394,共15页
浮游细菌群落对河流变化具有高度响应性,并可能影响河流生境的生物地球化学过程.因此,了解浮游细菌群落的时空特征,阐明其在河流生态系统中的生态功能具有重要科学意义.于2016年6月和12月对珠江下游浮游细菌群落结构的时空特征进行调查... 浮游细菌群落对河流变化具有高度响应性,并可能影响河流生境的生物地球化学过程.因此,了解浮游细菌群落的时空特征,阐明其在河流生态系统中的生态功能具有重要科学意义.于2016年6月和12月对珠江下游浮游细菌群落结构的时空特征进行调查研究,并采用16S rRNA高通量测序技术对样品组分进行分析.结果表明细菌群落主要由变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和蓝细菌门(Cyanobacteria)组成.其中变形菌门相对丰度最高,主要包括β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria).季节上,丰水期Shannon-Wiener和Chao 1多样性指数高于枯水期,其中芽孢杆菌纲(Bacilli)和黄杆菌纲(Flavobacteriia)差异显著;空间上,珠江下游可分为西江沿线、珠三角河网中部和广州市周边3个区域.采用RDA分析表明,水温(WT)、溶解氧(DO)、磷酸盐(PO4^3--P)、硅酸盐(SiO4^2--Si)、总磷(TP)和透明度(SD)是驱动细菌群落变化最显著的环境因子,可影响细菌的增殖代谢.其中WT和SD是影响季节差异的重要因素,将丰水期和枯水期区分开;而DO、化学需氧量(COD)和营养盐(PO4^3--P、SiO4^2--Si、TP)是影响空间差异的重要因素,将西江沿线、珠三角河网中部和广州市周边区分开.PICRUSt功能预测分析表明,转运体(Transporters)、ABC转运体(ABC transporters)、DNA修复和重组蛋白(DNA repair and recombination proteins)等是珠江下游浮游细菌群落所表达的主要功能,其中转运体和ABC转运体功能丰水期明显高于枯水期.研究结果可为珠江下游生态环境保护提供科学参考依据. 展开更多
关键词 浮游细菌 珠江下游 高通量测序 时空分布 群落结构
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固定化耐低温混合菌对焦化土壤多环芳烃的降解研究 预览
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作者 普聿 苏丹 +3 位作者 王鑫 王天杰 巩春娟 刘伟 《环境污染与防治》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期280-286,共7页
研究了固定化耐低温真菌-细菌混合菌在低温环境下,对焦化厂污染土壤中的菲(Phe)和苯并[b]荧蒽(BbF)降解的动态变化,利用高通量测序技术分析了降解过程中微生物群落多样性变化。结果表明:在低温条件下固定化混合菌对土壤中Phe、BbF的去... 研究了固定化耐低温真菌-细菌混合菌在低温环境下,对焦化厂污染土壤中的菲(Phe)和苯并[b]荧蒽(BbF)降解的动态变化,利用高通量测序技术分析了降解过程中微生物群落多样性变化。结果表明:在低温条件下固定化混合菌对土壤中Phe、BbF的去除率远高于游离混合菌与固定化单菌,在60 d的降解周期下,固定化混合菌对土壤中Phe和BbF的降解率分别可达59.61%和45.24%。处理前,土壤中细菌与真菌初始Shannon多样性指数分别为2.79和0.33,细菌远高于真菌,土壤中土著微生物以细菌为主,高丰度的细菌抑制了真菌的生长代谢。处理后,细菌的Shannon多样性指数下降至1.33,真菌的Shannon多样性指数增加至1.01,Phe和BbF的降解与细菌多样性呈负相关,且细菌多样性的降低减少了其对真菌的抑制作用。对比分析了处理前后土壤中微生物群落组成的变化,结果表明:投加固定化混合菌后,固定化混合菌中的假单胞菌(Pseudomonas sp.)SDR4和高山被孢霉(Mortierella alpina)JDR7在低温下生长代谢良好,并成为降解过程中的优势菌,其物种相对丰度分别提高至79.84%与58.63%。固定化混合菌对低温环境有良好的耐性,固定化混合菌的投加提高了菌株对多环芳烃(PAHs)的生物利用有效性,改变了土壤中微生物群落的结构和丰度,可应用于低温土壤PAHs的原位修复。 展开更多
关键词 固定化 土壤 多环芳烃 耐低温混合菌 高通量测序
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四川传统腊肉中微生物群落结构研究 预览
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作者 文开勇 汪月 +4 位作者 文鹏程 朱艳 杨敏 张忠明 张卫兵 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期36-42,共7页
为了揭示四川腊肉的微生物多样性和群落结构,基于Illumina Mesiq高通量平台,对腊肉样品中细菌16S rRNA的V3-V4区和真菌的ITS区进行测序。结果表明:不同腊肉样品的Shannon指数、Chao1指数和ACE指数存在差异,并且细菌的多样性指数高于真菌... 为了揭示四川腊肉的微生物多样性和群落结构,基于Illumina Mesiq高通量平台,对腊肉样品中细菌16S rRNA的V3-V4区和真菌的ITS区进行测序。结果表明:不同腊肉样品的Shannon指数、Chao1指数和ACE指数存在差异,并且细菌的多样性指数高于真菌;在腊肉样品中共检测出5个细菌门,共有优势门为厚壁菌门(Firmicutes),62个细菌属,共有优势属为葡萄球菌属(Staphylococcus);4个真菌门,共有优势门为子囊菌门(Ascomycota),70个真菌属,共有优势属为曲霉属(Aspergillus)。主成分分析结果表明,不同来源的样品间微生物组成有一定差异,为四川传统腊肉的品质控制提供参考依据。 展开更多
关键词 四川腊肉 高通量测序 微生物多样性
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酱香型郎酒高温大曲、酒醅和窖泥中细菌群落结构分析 预览
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作者 沈毅 陈波 +2 位作者 王西 甘浪飞 张亚东 《中国酿造》 CAS 北大核心 2020年第2期89-93,共5页
该研究利用高通量测序技术对酱香型郎酒大曲、酒醅和窖泥的细菌菌群进行多样性解析和比较分析。结果表明,郎酒窖泥中细菌菌群的丰富度和多样性最高,大曲中细菌菌群的多样性远高于酒醅。窖泥中主要优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)(2... 该研究利用高通量测序技术对酱香型郎酒大曲、酒醅和窖泥的细菌菌群进行多样性解析和比较分析。结果表明,郎酒窖泥中细菌菌群的丰富度和多样性最高,大曲中细菌菌群的多样性远高于酒醅。窖泥中主要优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)(26.1%)、埃希氏菌-志贺氏菌属(Escherichia-Shigella)(12%)、梭菌属(Clostridium)(7.9%)等,嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans)作为主体菌,同时存在多种未培养菌种;大曲中的主要优势菌群包括泛菌属(Pantoea)(21.9%)、高温放线菌属(Thermoactinomyces)(21.4%)、克罗彭施泰特氏菌属(Kroppenstedtia)(19.4%)和乳球菌属(Lactococcus)(9.4%)等;酒醅中主要优势细菌属为片球菌属(Pediococcus)(42.7%)、魏斯氏菌属(Weissella)(32.1%)、芽孢杆菌属(Bacillus)(14.2%)和乳杆菌属(Lactobacillus)(8.3%),乳酸菌占据优势地位。 展开更多
关键词 高通量测序 细菌 郎酒 大曲 酒醅 窖泥
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高通量检测在水厂处理工艺中的应用
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作者 吴伟健 孔义军 +1 位作者 马薇 赵倩宁 《中国卫生检验杂志》 CAS 2020年第4期399-401,共3页
目的探讨高通量检测在水厂处理工艺中的应用。方法本文尝试利用高通量分析从源头水(西江末端磨刀门地表水),各个水处理工艺出水,出厂处理水以及城市内的管网水,希望利用实验结果,分析从源头至用户端水体内微生物种类、族群组成及变化情... 目的探讨高通量检测在水厂处理工艺中的应用。方法本文尝试利用高通量分析从源头水(西江末端磨刀门地表水),各个水处理工艺出水,出厂处理水以及城市内的管网水,希望利用实验结果,分析从源头至用户端水体内微生物种类、族群组成及变化情况。结果分析相似度97%OTU种类结果显示,水厂具有良好的微生物去除效果,以前加氯结合混凝效果最为显著,最高去除物种数目可达到91. 03%,符合预期。另一方面,水厂内部由于长期运行,过往无法去除的微生物可能由内部运行后产生二次污染。结论最后检测每个样品的DNA序列结果,经过水厂整个处理工序后,出厂水没有找到具高危性的致病菌,可以确保饮用水的安全性。 展开更多
关键词 高通量 操作分类单元 DNA序列检测 致病菌
粘质沙雷氏菌对榛实象甲中肠细菌多样性的影响 预览
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作者 张平 马晓乾 马玲 《福建农林大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2020年第2期167-173,共7页
将榛实象甲成虫饲喂含有1.8×108 CFU·mL-1粘质沙雷氏菌的榛叶后取样,使用针对16S rDNA V3-V4区域的Illumina MiSeq平台对样品中肠细菌进行测序,并比较所有样品中肠细菌群落的组成和结构.结果表明:粘质沙雷氏菌改变了榛实象甲... 将榛实象甲成虫饲喂含有1.8×108 CFU·mL-1粘质沙雷氏菌的榛叶后取样,使用针对16S rDNA V3-V4区域的Illumina MiSeq平台对样品中肠细菌进行测序,并比较所有样品中肠细菌群落的组成和结构.结果表明:粘质沙雷氏菌改变了榛实象甲成虫中肠细菌群落结构,变形菌门比例显著上升,放线菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、浮霉菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门比例显著下降;健康雌、雄虫中肠细菌群落结构简单,无明显差异. 展开更多
关键词 粘质沙雷氏菌 榛实象甲 肠道微生物 高通量测序 16S rDNA
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基于高通量测序与培养方法分析新鲜佛手与老香黄中的细菌多样性 预览
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作者 戈子龙 张泽金 +2 位作者 周爱梅 陈松 钟青萍 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期250-256,共7页
老香黄为植物佛手的腌制品。为了解其加工前后微生物组成及其与老香黄品质之间的联系,采用高通量测序技术分析加工前后的样品中的细菌菌群组成,并结合纯培养和16S rRNA基因测序方法对菌株进行分离鉴定。结果显示,在门水平上,佛手鲜果的... 老香黄为植物佛手的腌制品。为了解其加工前后微生物组成及其与老香黄品质之间的联系,采用高通量测序技术分析加工前后的样品中的细菌菌群组成,并结合纯培养和16S rRNA基因测序方法对菌株进行分离鉴定。结果显示,在门水平上,佛手鲜果的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria);老香黄的为变形菌门、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)。属水平上,鲜果的优势菌群为unidentified Cyanobacteria、泛菌属(Pantoea)、肠杆菌属(Enterobacter);老香黄的为Ignatzschineria、漫游球菌属(Vagococcus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、乳杆菌属(Lactobacillus)。采用纯培养方法从鲜果中分离出枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、产气克雷伯氏菌(Klebsiella aerogenes)和粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)等,但未从老香黄中分离出有害细菌。结果显示,佛手经加工制成老香黄后,其中的有益菌双歧杆菌属、乳杆菌属的丰度增加,但其生产和食用的微生物安全需加以重视。 展开更多
关键词 佛手 老香黄 高通量测序 细菌多样性 优势菌群
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不同马铃薯基因型对根际细菌群落结构的影响 预览
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作者 颜朗 张义正 +3 位作者 方志荣 清源 黄莓 赖先军 《四川大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期383-390,共8页
本研究旨在从根际细菌群落结构的角度阐述不同马铃薯基因型对根际细菌菌群的影响,探讨高山地方种根际细菌菌群特性,挖掘可能对地方种定殖起关键作用的细菌类型.本研究通过高通量测序数据对不同马铃薯基因型根际细菌16S rRNA基因进行操... 本研究旨在从根际细菌群落结构的角度阐述不同马铃薯基因型对根际细菌菌群的影响,探讨高山地方种根际细菌菌群特性,挖掘可能对地方种定殖起关键作用的细菌类型.本研究通过高通量测序数据对不同马铃薯基因型根际细菌16S rRNA基因进行操作分类单位(OTU)聚类,分析样品间细菌群落的多样性特征,并通过OTU丰度差异分析揭示引起基因型效应的根际细菌类型.测序结果经质量控制,共获得3097269条高质量序列(Clean tags)并依据97%的序列相似性聚类到1565个有效OTUs,品种间OTU种类相差不大.群落多样性反映高山地方种乌洋芋和牛角洋芋根际细菌群落较其他基因型存在着显著差异.乌洋芋和主栽品种米拉间OTU丰度分析表明乌洋芋中55个OTU丰度上调,143个丰度下调,差异显著.本研究表明,马铃薯根际细菌群落多样性受马铃薯基因型因素的影响,高山地方种相较于自育种和主栽种其根际细菌群落结构表现出显著的差异. 展开更多
关键词 马铃薯 根际微生物 群落多样性 高通量测序 高山地方种
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