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我国不同地区熊蜂短膜虫的感染情况及亲缘关系 预览
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作者 唐裕杰 王刘豪 +1 位作者 李凯 李继莲 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1110-1118,共9页
【目的】探明熊蜂肠道寄生虫——短膜虫(Crithidia bombi)的流行规律以及不同蜂种、不同地区间寄生的熊蜂短膜虫的亲缘关系。【方法】调查内蒙古、甘肃、青海、四川4个省(自治区)的25种1 007只熊蜂的短膜虫感染情况,对不同蜂种、不同地... 【目的】探明熊蜂肠道寄生虫——短膜虫(Crithidia bombi)的流行规律以及不同蜂种、不同地区间寄生的熊蜂短膜虫的亲缘关系。【方法】调查内蒙古、甘肃、青海、四川4个省(自治区)的25种1 007只熊蜂的短膜虫感染情况,对不同蜂种、不同地区间熊蜂短膜虫的感染率进行卡方检验(SPSS 22.0),并对熊蜂短膜虫的内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增、克隆、测序。利用特异的ITS引物扩增待检测的熊蜂肠道总DNA,之后进行凝胶电泳检测,通过是否扩增出675 bp的熊蜂短膜虫ITS基因片段来判断待检测的蜂群是否感染了熊蜂短膜虫,再进一步测序,分析不同蜂种、不同地区寄生的熊蜂短膜虫之间的亲缘关系。【结果】在调查的所有样品中,有20种262只熊蜂被短膜虫感染,感染率为26.0%。感染率最高的两种熊蜂是白背熊蜂(Bombus festivus)和火红熊蜂(B. pyrosoma),而西伯熊蜂(B. sibiricus)的短膜虫感染率最低;青海省熊蜂的短膜虫感染率最高,而内蒙古熊蜂的短膜虫感染率最低;雄蜂的感染率极显著高于工蜂和蜂王。另外,除了甘肃省的黑尾熊蜂(B.melanurus)和猛熊蜂(B. difficillimus),四川省的疏熊蜂(B. remotus)、兴熊蜂(B. impetuosus)和弗里熊蜂(B. friseanus)所感染的短膜虫与其他短膜虫亲缘关系较远之外,其余大部分的熊蜂短膜虫的亲缘关系较近。【结论】熊蜂短膜虫对我国熊蜂的感染广泛,且不同蜂种、不同地理环境和不同级型间熊蜂短膜虫的感染率均有差别。熊蜂经过长期群体进化演变,不同地区形成相对固定的优势种类,因此各地区所捕捉到的熊蜂种类不同。对我国不同地区熊蜂短膜虫感染情况的统计分析侧重于样本量≥30的种类,这些种类是各地区的优势种类,另外一些熊蜂虽未能采集足够的样本,但根据已采集的样本量分析得出的感染率较高。熊蜂短膜虫存在寄主专一性,且对熊蜂宿主的感染 展开更多
关键词 熊蜂 熊蜂短膜虫 内转录间隔区 感染率 亲缘关系
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ITS高通量测序研究黄海微型真核浮游生物多样性及分布特征 被引量:3
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作者 张莉 林佳宁 +2 位作者 张远 王书平 张晓娇 《环境科学》 CSCD 北大核心 2018年第5期2368-2379,共12页
微型真核浮游生物是海洋生物群落的重要组成部分,对维持海洋生态系统的稳定发挥着重要的作用.本研究对黄海水环境样本的标记基因ITS进行Illumina高通量测序,探讨了黄海微型真核浮游生物的多样性及群落结构特征,并分析了其与环境因子之... 微型真核浮游生物是海洋生物群落的重要组成部分,对维持海洋生态系统的稳定发挥着重要的作用.本研究对黄海水环境样本的标记基因ITS进行Illumina高通量测序,探讨了黄海微型真核浮游生物的多样性及群落结构特征,并分析了其与环境因子之间的关系.结果表明:(1)基于标记基因ITS的高通量测序技术可获得较丰富的真菌、浮游植物、浮游动物种类,其中真菌OTUs〉浮游植物OTUs〉浮游动物OTUs,真菌reads数〉浮游动物reads数〉浮游植物reads数.(2)不同水域微型浮游生物的物种丰度及多样性程度不同,Ace指数及Chao1指数表现为南黄海〉北黄海〉东海北部〉冷水团,Simpson指数及Shannon-Wiener指数表现为东海北部〉北黄海〉南黄海〉冷水团,冷水团水域的物种丰度及多样性最低.(3)随着温度的升高,真菌、浮游植物、浮游动物reads数、OTUs均呈现出上升的趋势;随着盐度的增加,真菌的reads数、OTUs升高,而浮游植物、浮游动物的reads数、OTUs下降,其中浮游植物的reads数、OTUs显著下降(P〈0.05);在北纬30°~40°范围内,随着纬度的升高,真菌、浮游动物的Shannon-Wiener指数上升,而浮游植物Shannon-Wiener指数下降;与海岸线的距离越大,真菌、浮游植物、浮游动物Shannon-Wiener指数越低.本研究首次以ITS为扩增子高通量测序研究海洋微型真核浮游生物,丰富了微型真核浮游生物的认识,揭示了高通量测序技术在该海域研究的可行性,为其他海域微型真核浮游生物的研究提供了借鉴. 展开更多
关键词 黄海 微型浮游生物 高通量测序技术 内转录间隔区(ITS) 多样性
应用PCR技术快速检测熊蜂短膜虫
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作者 张体银 刘蓓 +5 位作者 郑腾 白泉阳 田国宁 王武军 张志灯 于师宇 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期692-698,共7页
【目的】近年来,熊蜂作为温室作物的理想授粉者在国外已被广泛利用,并且获得很好的经济效益和生态效益,所以国外熊蜂经常被进口用于设施农业。熊蜂短膜虫Crithidia bombi是熊蜂的一种重要寄生虫病,一旦随进口熊蜂传入,将给国内熊蜂蜂群... 【目的】近年来,熊蜂作为温室作物的理想授粉者在国外已被广泛利用,并且获得很好的经济效益和生态效益,所以国外熊蜂经常被进口用于设施农业。熊蜂短膜虫Crithidia bombi是熊蜂的一种重要寄生虫病,一旦随进口熊蜂传入,将给国内熊蜂蜂群带来严重危害,因此迫切需要建立一种熊蜂短膜虫检测方法。【方法】基于熊蜂短膜虫基因内转录间隔区(internal transcribed space,ITS)基因序列设计了一对引物(Cri-F/R),建立了熊蜂短膜虫的PCR检测方法,并对退火温度、引物浓度和循环个数等反应条件进行了优化,同时验证了该PCR方法的灵敏性、特异性和稳定性。【结果】以熊蜂短膜虫ITS基因保守区设计特异性引物建立的熊蜂短膜虫PCR检测方法是可行的。优化的PCR反应条件为:退火温度59℃,引物浓度0.5μmol/L,扩增循环数35次。对感染熊蜂短膜虫的熊蜂总DNA的灵敏度达到13.24×10-5ng/μL,并具有良好的特异性和稳定性。将该方法应用于熊蜂短膜虫的检测,整个检测过程不超过4 h,具有良好的适用性。【结论】研究建立了熊蜂短膜虫检测方法,能用于疫情监测和进境熊蜂的检验检疫。 展开更多
关键词 熊蜂短膜虫 PCR技术 内转录间隔区 熊蜂 检疫
米氏凯伦藻18SrDNA和转录间隔区序列分析 预览 被引量:9
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作者 郑俊斌 张凤英 +1 位作者 马凌波 陆亚男 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期 680-685,共6页
对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18SrDNA及其转录间隔(ITS)区序列PCR扩增并测序,获得18SrDNA和ITS基因序列长度分别为1690bp和654bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计... 对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18SrDNA及其转录间隔(ITS)区序列PCR扩增并测序,获得18SrDNA和ITS基因序列长度分别为1690bp和654bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum)等分类学上较近的藻种18SrDNA序列相似度为97%~99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、海洋原甲藻(P.micans)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)等在分类学上相距较远的藻种,各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18SrDNA序列。以18SrDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致,18SrDNA序列相对保守,适合进行属以上关系的系统进化分析,而ITS序列变异较大,适合种属间鉴别分析,且ITS1和ITS2是变异很大的区域,适合种间的分子特异性鉴定,这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据,进而为治理赤潮提供帮助。 展开更多
关键词 米氏凯伦藻 核糖体18S RDNA 转录间隔区 系统进化 分子鉴定
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基于rDNA-ITS序列的天门冬拟茎点霉与相似种的系统发育关系 预览 被引量:4
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作者 卢松茂 陈振东 +2 位作者 林秀香 郑少缘 余智城 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第1期62-67,共6页
芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从Gen Bank下载的相关菌株的35条ITS序列... 芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从Gen Bank下载的相关菌株的35条ITS序列进行多序列比对分析,并用Neighbor-Joining法构建系统发育树。系统发育分析结果显示:35个菌株被划分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组群;P.asparagi与葡萄拟茎点霉(P.viticola)、叶下朱生拟茎点霉(P.phyllanthicola)、杨桃拟茎点霉(P.averrhoae)、大豆茎溃疡病菌(Diaporthe phaseolorum)聚在I组群的A亚群,它们的系统学关系最近;大豆拟茎点霉(P.longicolla)、大豆间座壳菌(Diaporthe sojae)、褐纹拟茎点霉(P.vexans)、光叶子花拟茎点霉(P.glabrae)、柑橘间座壳菌(Diaporthe citri)、黄瓜间座壳菌(Diaporthe sclerotioides)聚在Ⅱ组群,它们与P.asparagi的系统学关系较远;昏暗拟茎点霉(P.obscurans)单独聚在最远的分支上(Ⅲ组群),其与P.asparagi的系统学关系最远。 展开更多
关键词 天门冬拟茎点霉 拟茎点霉属 核糖体DNA内转录间隔区 分子系统学
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两种常见外来入侵赤潮藻的PCR鉴定 预览 被引量:3
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作者 郑俊斌 张凤英 +2 位作者 马凌波 陆亚男 马春艳 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2009年第3期 325-329,共5页
米氏凯伦藻与环状异帽藻为日本海域流入我国的两种外来入侵赤潮藻。利用核糖体ITS区分别设计出针对该两种藻的特异性PCR引物。通过prmier5.0软件设计多对引物,经PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测、以筛选目标藻的特异性引物,并以链状亚... 米氏凯伦藻与环状异帽藻为日本海域流入我国的两种外来入侵赤潮藻。利用核糖体ITS区分别设计出针对该两种藻的特异性PCR引物。通过prmier5.0软件设计多对引物,经PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测、以筛选目标藻的特异性引物,并以链状亚历山大藻、立玛原甲藻、牟氏角毛藻、赤潮异弯藻作为阴性对照,做进一步PCR验证。筛选到米氏凯伦藻最佳引物Ki1F3/Ki1B3和环状异帽藻最佳引物YiF3a/YiB3a。两对特异性引物成功鉴定了两种外来入侵藻,而对其它藻种则是阴性反应,可为赤潮的预测预报提供分子鉴定基础。 展开更多
关键词 米氏凯伦藻 环状异帽藻 核糖体ITS 特异性引物 PCR鉴定
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