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甘蔗组培苗2种污染细菌的分离与鉴定 认领
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作者 刘红坚 李松 +6 位作者 何为中 刘俊仙 刘丽敏 卢曼曼 游建华 黄诚华 林善海 《热带作物学报》 北大核心 2021年第2期519-526,共8页
细菌污染是甘蔗组培苗生产上的一个主要问题。为明确甘蔗组培中常出现的污染细菌的种类,本研究通过梯度稀释的方法分离污染细菌,结合生化特性、16S rRNA和phaC基因序列比对及系统发育分析鉴定其分类地位。结果表明,共分离获得2种不同类... 细菌污染是甘蔗组培苗生产上的一个主要问题。为明确甘蔗组培中常出现的污染细菌的种类,本研究通过梯度稀释的方法分离污染细菌,结合生化特性、16S rRNA和phaC基因序列比对及系统发育分析鉴定其分类地位。结果表明,共分离获得2种不同类型污染细菌,除了甘露醇,其余9个生化指标完全一致。基因序列比对发现,2种类型分离物的种内2个基因序列完全一致,而种间16S rRNA序列只有2个碱基差异,种间phaC序列有23个碱基差异。2个基因序列构建的系统发育树显示,2种细菌遗传距离较近,并均能形成独立的2个分支。结合生化特征、序列比对及系统发育树,将2种污染细菌分别鉴定为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)和阿氏芽孢杆菌(B.aryabhattai),且首次报道阿氏芽孢杆菌为甘蔗组织培养中的污染细菌。本研究揭示了巨大芽孢杆菌可能来源于甘蔗的内生菌,而阿氏芽孢杆菌来源于环境。 展开更多
关键词 甘蔗 组培苗 污染细菌 芽孢杆菌 系统发育树
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基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图制作方法 认领
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作者 丁可 阎星羽 +3 位作者 廉振颖 成丽娟 刁玉涛 王家林 《医学信息》 2021年第1期67-74,共8页
目的通过QIIME系统和R语言的“ggtree”包绘制基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图,并构建系统发生树图操作流程。方法通过QIIME将16S rRNA基因测序数据转化为OTUs表,对OTUs表数据进行筛选和转换,用相关命令生成Newick格... 目的通过QIIME系统和R语言的“ggtree”包绘制基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图,并构建系统发生树图操作流程。方法通过QIIME将16S rRNA基因测序数据转化为OTUs表,对OTUs表数据进行筛选和转换,用相关命令生成Newick格式的系统发生树文件,以此文件为输入,用R语言“ggtree”包的相关函数和代码绘制不同类型的系统发生树图。结果成功开发了绘制系统发生树图的工作流程,使用该流程对公开发表的细菌16S rRNA基因扩增子测序数据进行处理,生成了包含物种丰度和分类信息的OTUs表,以该表为输入数据,绘制了物种相对丰度累积条图和多种形式的系统发生树图。结论使用本流程绘制的图形更准确和美观,最大的优点是能通过各种附加信息对树形图进行多方面的注释,还可以针对系统发生与微生物丰度联合作图。 展开更多
关键词 16S rRNA基因 QIIME系统 R语言“ggtree”包 系统发生树 操作流程
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东阳江麝鼩与黄山小麝鼩分类地位商榷 认领
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作者 陈顺德 陈丹 +5 位作者 唐刻意 秦伯鑫 谢菲 付长坤 刘洋 刘少英 《兽类学报》 CAS 北大核心 2021年第1期108-114,共7页
东阳江麝鼩和黄山小麝鼩是最近分别依据地理位置相近的两地点采集标本描记的新物种,从形态学和分子生物学方面对这两个麝鼩新物种进行比较后,发现这两个物种形态描述上多处相似,外形和头骨测量数据多处重叠;线粒体和核基因分析表明两个... 东阳江麝鼩和黄山小麝鼩是最近分别依据地理位置相近的两地点采集标本描记的新物种,从形态学和分子生物学方面对这两个麝鼩新物种进行比较后,发现这两个物种形态描述上多处相似,外形和头骨测量数据多处重叠;线粒体和核基因分析表明两个物种在分子系统树上混杂在一起,没有相互呈现单系;两模式标本Cyt b的遗传距离仅为1.1%;在GenBank中BLAST两个物种模式标本的Cyt b序列相似度达99.56%。因此确定两个物种是同一物种。由于东阳江麝鼩正式发表时间早于黄山小麝鼩,因此,黄山小麝鼩是东阳江麝鼩的次定同物异名。 展开更多
关键词 形态特征 线粒体 核基因 系统树
碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌ST11菌株的基因组学特点分析 认领
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作者 曹小利 程莉 +3 位作者 周万青 张之烽 张葵 沈瀚 《临床检验杂志》 CAS 2021年第2期99-104,共6页
目的分析碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)ST11菌株的基因组学特点。方法挑取南京地区流行的3株CRKP-ST11菌株,提取基因组DNA,进行全基因组学测序,获得拼接后的全基因组。同时,从NCBI数据库中下载HS11286(中国上海)、JM45(中国杭州)、ATC... 目的分析碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)ST11菌株的基因组学特点。方法挑取南京地区流行的3株CRKP-ST11菌株,提取基因组DNA,进行全基因组学测序,获得拼接后的全基因组。同时,从NCBI数据库中下载HS11286(中国上海)、JM45(中国杭州)、ATCC BAA-2146(美国/印度)的基因组为对照菌株,进行基因组GC碱基含量、单核苷酸多态性、亲缘关系及荚膜多糖(CPS)基因簇结构分析。结果CPS基因簇的G+C含量大多<50%,不同于染色体其他部分,是CRKP-ST11的主要单核苷酸多态性位点;进化树分析显示南京地区分离的3株CRKP-ST11菌株与上海、杭州的CRKP-ST11亲缘关系相近,与美国/印度的CRKP-ST11较远。这3株CRKP-ST11的CPS基因簇一致,与杭州、上海及美国/印度的3株CRKP-ST11菌株的差异主要在CPS可变区。结论CPS是CRKP-ST11的主要单核苷酸多态性位点,可能是CRKP-ST11菌株的主要进化区,CRKP-ST11的流行可能与CPS基因簇可变区有关,具有地域特点。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 ST11 全基因组测序 荚膜多糖 进化树 单核苷酸多态性
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滇朴丛芽病植原体的分子鉴定 认领
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作者 陈健鑫 张宏雁 +3 位作者 魏玉倩 洪英娣 马焕成 伍建榕 《植物保护》 CAS 北大核心 2021年第2期70-77,共8页
滇朴Celtis kunmingensis Cheng et Hong是云南的乡土树种,适宜全国大部分地区种植,极具观赏价值,是近年来最热门的绿化首选树种―绿化行道树,云南部分地区滇朴近年常表现丛芽的症状。本研究采用形态学与分子生物学结合的方法,对染病的... 滇朴Celtis kunmingensis Cheng et Hong是云南的乡土树种,适宜全国大部分地区种植,极具观赏价值,是近年来最热门的绿化首选树种―绿化行道树,云南部分地区滇朴近年常表现丛芽的症状。本研究采用形态学与分子生物学结合的方法,对染病的幼嫩枝条进行扫描电镜(SEM)观察;利用16S rDNA植原体通用引物P1/P7和R16F2/R16R2进行常规PCR和巢式PCR,分别获得1.8 kb和1.2 kb的特异性基因片段,将该特异性片段与其他已知分类地位的植原体16S rDNA片段进行同源性比对分析,同时利用邻接法(NJ)构建系统发育树。结果表明在染病的滇朴韧皮部组织中可见植原体存在,滇朴丛芽病植原体与芝麻叶状植原体同源性高达99.40%,通过系统发育树可进一步推测滇朴丛芽病植原体是属于16SrⅠ-B亚组成员,本研究结果为该病害的诊断与防治提供了理论依据。 展开更多
关键词 滇朴丛芽病 植原体 扫描电镜(SEM) PCR 系统发育树
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羊瘤胃乳酸菌的分离鉴定及抗逆性筛选 认领
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作者 郝贺 朱原 +4 位作者 阿合玛尔列·海依拉提 周双 张立伟 石玉祥 张永英 《中国草食动物科学》 CAS 2021年第2期44-48,54,共6页
为开发羊源乳酸菌菌种资源,从健康成年散养山羊瘤胃内容物中分离乳酸菌,经生化试验、基因测序以及同源性分析、构建遗传进化树等方法对分离出的乳酸菌进行鉴定,并通过耐酸和耐胆盐试验筛选抗逆性良好的乳酸菌。结果表明:从散养山羊瘤胃... 为开发羊源乳酸菌菌种资源,从健康成年散养山羊瘤胃内容物中分离乳酸菌,经生化试验、基因测序以及同源性分析、构建遗传进化树等方法对分离出的乳酸菌进行鉴定,并通过耐酸和耐胆盐试验筛选抗逆性良好的乳酸菌。结果表明:从散养山羊瘤胃内容物中分离出11株乳酸菌,将其编号为R1~R9、R11和R12;其中R1、R2为杜氏肠球菌,R3、R7为乳酸肠球菌,R4、R5、R6、R8、R9为屎肠球菌,R11为鼠李糖乳杆菌,R12为莱菲氏肠球菌;R4(屎肠球菌JQ067694.1)在pH值为2时存活率超过80%,在0.9%浓度胆盐下,存活率超过30%,抗逆性优于其他菌株,生产应用潜力较好。 展开更多
关键词 山羊 乳酸菌 抗逆性 16S rDNA 系统发育树
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应用系统进化方法评估徐海鸡遗传资源 认领
7
作者 郭军 曲亮 +6 位作者 窦套存 王星果 胡玉萍 马猛 韩威 束婧婷 王克华 《中国家禽》 北大核心 2021年第1期18-23,共6页
利用简化基因组SNPs数据分析徐海鸡及周边地方鸡种遗传多样性,为徐海鸡的保护和利用提供支持。收集徐海鸡等13个地方鸡种血液样品,提取基因组DNA,应用简化基因组测序技术进行SNP分型,获取群体遗传学参数,并以邻接法、最大似然法、贝叶... 利用简化基因组SNPs数据分析徐海鸡及周边地方鸡种遗传多样性,为徐海鸡的保护和利用提供支持。收集徐海鸡等13个地方鸡种血液样品,提取基因组DNA,应用简化基因组测序技术进行SNP分型,获取群体遗传学参数,并以邻接法、最大似然法、贝叶斯法构建系统进化树。结果显示:徐海鸡基因组SNPs观测杂合度为0.18,期望杂合度为0.28,在受试地方鸡种中品种内遗传多样性属于中等程度。Mantel测试表明遗传距离与地理距离呈现正相关(P<0.05)。系统进化树显示多数地方鸡种间存在明显界限。研究表明:徐海鸡独立成枝,与其它地方鸡种存在遗传上差别;地方鸡种之间存在有限的基因流;与最大似然法、贝叶斯法相比,邻接法更适合利用简化基因组数据构建系统进化树。 展开更多
关键词 地方鸡 遗传多样性 GBS测序 Mantel测试 系统进化树
1株重组型番鸭细小病毒的分子特征解析 认领
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作者 鲍芳 秘清灵 +5 位作者 徐静雯 王昱 吴剑梅 王志仙 王建业 朱国强 《中国兽医学报》 CAS 北大核心 2021年第1期33-37,共5页
为了对1株番鸭细小病毒(MDPV)分离株NY18株的分子特征予以准确揭示,通过设计重叠PCR引物,扩增NY18株的完整基因组并进行了测序。结果显示,NY18株基因组由5071个碱基组成,5′和3′端末端倒置重复序列(inverted terminal repeats,ITR)均由... 为了对1株番鸭细小病毒(MDPV)分离株NY18株的分子特征予以准确揭示,通过设计重叠PCR引物,扩增NY18株的完整基因组并进行了测序。结果显示,NY18株基因组由5071个碱基组成,5′和3′端末端倒置重复序列(inverted terminal repeats,ITR)均由424个碱基组成,其外侧385个碱基形成回文发夹结构。Simplot 3.5.1和RDP4软件分析表明,NY18株经历了2次重组事件,第1次重组产生在VP3基因的1.1 kb区域,第2次重组事件产生在P9启动子至Rep基因上游约100 bp区域内。2次重组均以经典型MDPV YY株作为主要亲本,而经典型鹅细小病毒(GPV)强毒株DY16和鹅胚化的弱毒疫苗株SYG61v作为次要亲本参与了重组。NY18株的ITR与经典型MDPV FM和YY株的同源性为97.9%和99.1%,而与GPV强毒株YZ99-6的同源性仅有86.0%,表明NY18株ITR仍来自于经典型MDPV。以VP1基因1.1 kb重组区片段构建遗传进化树,NY18株与经典型GPV处于同一分支,而以非重组区的Rep1基因1774 bp和VP1基因氨基端694 bp、羧基端405 bp片段分别构建遗传进化树,NY18株则与经典型MDPV处于同一分支。结果表明,NY18株既不同于经典型MDPV也不同于GPV,其本质是1株重组型的MDPV。 展开更多
关键词 重组型番鸭细小病毒 鹅细小病毒 末端倒置重复 分子特征 遗传进化树
基于叶绿体基因组序列对50种菊科植物亲缘关系分析 认领
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作者 朱斌 胡利娟 +1 位作者 田忠静 彭涛 《贵州师范大学学报:自然科学版》 CAS 2021年第2期15-25,共11页
菊科为双子叶植物纲的第一大科,其科内等级划分和系统学研究存在巨大挑战。叶绿体基因组具有高度的保守性和较慢的进化速率,其在植物系统发育和物种进化研究中应用广泛。对菊科20个属50种植物叶绿体基因组序列进行亲缘关系分析,基于叶... 菊科为双子叶植物纲的第一大科,其科内等级划分和系统学研究存在巨大挑战。叶绿体基因组具有高度的保守性和较慢的进化速率,其在植物系统发育和物种进化研究中应用广泛。对菊科20个属50种植物叶绿体基因组序列进行亲缘关系分析,基于叶绿体基因组编码序列(coding sequence,CDS)、rbcL基因序列、rbcL+matK基因序列分别构建系统发育树,并对其中8个物种进行密码子偏好性分析和IR(Inverted Repeat)边界分析。比较3种方法构建的系统发育树,发现利用单个基因序列或两个基因序列构建的系统发育树与CDS序列构建的系统发育树在属间结果不一致,且CDS构建的系统发育树自展支持率高于其余两种,表明基于单基因序列或基因串联序列适用于属内物种的研究,而CDS序列适用于属间物种的研究。密码子偏好性研究显示选取的8个物种都对A/U结尾的密码子有偏好性。边界序列分析结果显示4个物种菊科植物的IR边界序列ycfI基因有缺失。研究结果为菊科植物的遗传进化和系统发育研究提供了理论支撑。 展开更多
关键词 菊科 叶绿体基因组 系统发育树 IR边界分析 密码子偏好性
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2018-2019北京市门头沟区甲型H3N2流感疫情病毒HA基因分析 认领
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作者 何川 刘海涛 +1 位作者 宋景红 张博文 《预防医学情报杂志》 CAS 2021年第1期142-148,共7页
目的分析2018-2019北京市门头沟区流感疫情中甲型H3N2流感病毒的HA基因特性,了解其与WHO推荐的疫苗株和同时期北京其他地区的毒株匹配情况。方法选取门头沟区2018-11/2019-01多起流感疫情中的13株甲型H3N2流感病毒,进行HA基因扩增和测序... 目的分析2018-2019北京市门头沟区流感疫情中甲型H3N2流感病毒的HA基因特性,了解其与WHO推荐的疫苗株和同时期北京其他地区的毒株匹配情况。方法选取门头沟区2018-11/2019-01多起流感疫情中的13株甲型H3N2流感病毒,进行HA基因扩增和测序,并从全球共享禽流感数据库(GISAID)上下载北京其他地区同时间段H3N2流感病毒HA基因序列,运用MEGA-X软件分析HA的分子特征,并构建系统进化树。结果2018-11/2019-01北京市门头沟区和北京市其他地区的数据显示,H3N2流行株以3C.2a.1b和3C.3a两个亚分支为主。系统进化树分析显示3C.2a.1b亚分支同WHO2018-2019推荐疫苗株3C.2a.1进化距离比较近,但与3C.3a进化距离较远。分子特征显示,没有发现氨基酸序列的丢失与插入。在抗原决定簇区域,3C.2a.1b亚分支和3C.2a.1比对有3处氨基酸位点发生变异;3C.3a亚分支和3C.2a.1比对有10处氨基酸位点发生变异。结论引起流感疫情的毒株3C.2a.1b与2018-2019 WHO推荐疫苗株匹配,3C.3a与2019-2020WHO推荐疫苗株匹配。应加强开展流感分子生物学监测力度。分析病毒基因特性和构建进化树,对流感的防控有重要意义。 展开更多
关键词 甲型H3N2流感病毒 血凝素 分子特征 进化树 亚分支
基于转录组学的管纹艳虎天牛表皮蛋白基因家族的鉴定及特征分析 认领
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作者 李根层 赵昱杰 +1 位作者 赵宁 刘乃勇 《环境昆虫学报》 北大核心 2021年第1期1-14,共14页
表皮蛋白(cuticular protein,CP)在昆虫生长发育、抵御外界不良环境等方面具有重要作用,但在管纹艳虎天牛Rhaphuma horsfieldi中关于CP基因的研究尚属空白。本研究基于已测序的转录组,通过生物信息学技术从管纹艳虎天牛中一共鉴定到108... 表皮蛋白(cuticular protein,CP)在昆虫生长发育、抵御外界不良环境等方面具有重要作用,但在管纹艳虎天牛Rhaphuma horsfieldi中关于CP基因的研究尚属空白。本研究基于已测序的转录组,通过生物信息学技术从管纹艳虎天牛中一共鉴定到108个CP基因,包括41个CP-RR1、30个CP-RR2、8个CPAP1、7个CPAP3、3个CPCFC、14个CPU和5个TWDL基因,其中39个基因具有全长序列。结构域及保守基序分析表明,管纹艳虎天牛的CP-RR1和CP-RR2家族均具有1个保守的Chitin_bind_4结构域,其中CP-RR1家族完全符合昆虫经典的R&R基序(G-X(8)-G-X(6)-Y),而CP-RR2家族的保守基序(G-X-Y-X(5)-D-G-X(6)-Y)出现了变化。进化分析表明,管纹艳虎天牛RhorCPs可划分为7个家族:CP-RR1、CP-RR2、CPAP1、CPAP3、CPCFC、CPU和TWDL。表达谱结果表明,RhorCPs基因的表达谱具有多样性,部分基因在检测的组织中表达量均较低;部分基因在触角和跗节中特异或高表达,可能具有化学感受功能;部分基因在不含触角和跗节的身体中有表达,可能与成虫表皮的发育和形成有关。研究结果不仅可为后续管纹艳虎天牛RhorCPs基因的功能研究奠定基础,还可筛选到害虫防治的潜在分子靶标。 展开更多
关键词 管纹艳虎天牛 表皮蛋白 结构域 保守基序 进化树 表达谱
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牦牛FSHB基因的克隆及生物信息学分析 认领
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作者 胡双阁 王琴 +1 位作者 李恒 字向东 《中国草食动物科学》 CAS 2021年第1期1-7,共7页
通过PCR技术以及生物信息学软件,对牦牛FSHB基因进行克隆和生物信息学分析。结果表明:牦牛FSHB基因的c DNA序列区长645 bp,编码的氨基酸129个;同源性和分子进化树分析结果显示,其CDS区碱基序列与普通牛的关系最近,然后依次是水牛、山羊... 通过PCR技术以及生物信息学软件,对牦牛FSHB基因进行克隆和生物信息学分析。结果表明:牦牛FSHB基因的c DNA序列区长645 bp,编码的氨基酸129个;同源性和分子进化树分析结果显示,其CDS区碱基序列与普通牛的关系最近,然后依次是水牛、山羊、绵羊、梅花鹿、马、人和小家鼠。牦牛FSHB蛋白的分子量14683,分子式C637H978N170O193S18,等电点6.27,总原子数1996,半衰期估计30 h,不稳定指数45.8,脂肪指数61.9;该蛋白属于非跨膜蛋白,α螺旋、延伸链、β转角和无规卷曲分别为30、29、6和64个,所占的比例分别为23.26%、22.48%、4.65%和49.61%。该基因编码的氨基酸在第18位点和第19位点可能存在信号肽。该研究探明牦牛FSHB基因与其他种属的差异,为进一步研究牦牛FSHB基因结构、功能及其与繁殖功能的关系提供了理论基础。 展开更多
关键词 牦牛 FSHB 克隆 序列分析 进化树
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1例输入性HIV-1G亚型毒株的检出及基因组序列分析 认领
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作者 杜波 李贺 +6 位作者 罗周正 马玉霞 刘文新 赵地 吴莹 郭勇 田晓东 《传染病信息》 2021年第1期50-55,共6页
目的对1例输入性HIV-1G亚型感染者病毒基因组进行序列测定,并进行系统进化分析。方法采集在本地区艾滋病监测中发现的1例HIV-1G亚型感染者的血清,提取病毒RNA,利用反转录巢式-PCR技术扩增并测定病毒近似全长基因序列。结果获得此毒株近... 目的对1例输入性HIV-1G亚型感染者病毒基因组进行序列测定,并进行系统进化分析。方法采集在本地区艾滋病监测中发现的1例HIV-1G亚型感染者的血清,提取病毒RNA,利用反转录巢式-PCR技术扩增并测定病毒近似全长基因序列。结果获得此毒株近似全长基因组序列,长度为8695 bp。重组分析结果显示,此毒株序列中无其他亚型的基因型片段插入,为HIV-1G亚型毒株;系统进化树显示,此毒株与尼日利亚流行株G.NG.1995.NG1937.AF069937亲缘关系最近,基因离散率为8.95%。此G亚型毒株以趋化性细胞因子受体5作为辅助受体,V3区有1个氨基酸缺失,糖蛋白GP120中有8个位点因多糖空洞而导致糖基化位点缺失。结论本研究从分子流行病学角度证实该毒株为境外输入性毒株,此毒株序列的测定和分析对于本地区HIV流行趋势和HIV毒株多样性研究均具有重要意义,提示我们需加强艾滋病监测,防止境外毒株与本地毒株发生重组和流行。 展开更多
关键词 HIV-1 G亚型 进化树 基因测序
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曲霉来源的α-L-鼠李糖苷酶结构特征规律分析 认领
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作者 蔡雨晨 李孟泽 +1 位作者 李利君 倪辉 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2021年第1期38-46,100,共10页
为了研究所有曲霉来源的α-L-鼠李糖苷酶的结构特征,利用NCBI数据库收集到291条无重复的曲霉来源α-L-鼠李糖苷酶核酸序列并通过进化树筛选得到21条具有代表性的蛋白序列,通过序列比对分析得到这21条序列相互独立具有可靠的代表性,并利... 为了研究所有曲霉来源的α-L-鼠李糖苷酶的结构特征,利用NCBI数据库收集到291条无重复的曲霉来源α-L-鼠李糖苷酶核酸序列并通过进化树筛选得到21条具有代表性的蛋白序列,通过序列比对分析得到这21条序列相互独立具有可靠的代表性,并利用生物信息学工具对其理化性质、跨膜区、信号肽进行分析发现,曲霉来源α-L-鼠李糖苷酶的等电点(p I)范围为4.66~7.17,在氨基酸数量、分子量、原子总数上波动较大,其中有10条序列拥有信号肽,1条序列为两次跨膜蛋白,21条序列都为亲水性蛋白;对其进行进化树构建、三级结构建模及结构叠合发现,这21条代表性序列的蛋白结构可以被分成两大类型,第一大类型含有1个(α/α)6桶状结构和在桶底的1个β片层结构,并根据额外含有的β片层数量的不同再被分成4个小类;第二大类型拥有1个(α/β)8结构和环绕在桶装结构域周围的β片层结构,阐明了曲霉来源的α-L-鼠李糖苷酶的蛋白结构特征,这有助于更好的明确α-L-鼠李糖苷酶的共性规律,为改造该酶提供理论指导。 展开更多
关键词 α-L-鼠李糖苷酶 进化树 代表性序列 结构特征
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文章速递不同生境滇重楼根际解磷菌的筛选与鉴定 认领
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作者 杜慧慧 朱芙蓉 +4 位作者 杨敏 郭冬琴 赵顺鑫 李庆天 周浓 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期915-922,共8页
二级濒危药用植物滇重楼Paris polyphylla var.yunnanensis野生资源严重匮乏,引种栽培可缓解市场需求,筛选滇重楼根际土壤解磷菌,为开发高效微生物菌肥提供数据支撑。该研究从云南、四川和贵州3个地区10个不同地点的野生和移栽品种的滇... 二级濒危药用植物滇重楼Paris polyphylla var.yunnanensis野生资源严重匮乏,引种栽培可缓解市场需求,筛选滇重楼根际土壤解磷菌,为开发高效微生物菌肥提供数据支撑。该研究从云南、四川和贵州3个地区10个不同地点的野生和移栽品种的滇重楼根际土壤中分离筛选具有矿化有机磷能力的根际解磷菌,经分离纯化后定性定量分析解磷能力,结合生理生化实验,运用16S rDNA测序分析进行菌株鉴定。从10个不同生境滇重楼根际土壤中筛选41株解有机磷菌株,其中野生品种滇重楼根际土壤中获得21株,移栽品种根际土壤中获得20株。显著性分析发现,41株解有机磷菌株的解磷能力存在明显差异,溶磷量为0.08~67.61 mg·L^(-1),pH 4.27~6.82。其中菌株Y3-5的溶磷量为67.61 mg·L^(-1),增磷量为57.57 mg·L^(-1)。经鉴定41株均为革兰阳性芽孢杆菌。结合生理生化和系统进化树,最终筛选运动芽孢杆菌Y3-5为候选滇重楼根际解磷菌。不同生境滇重楼根际土中解磷菌的分布不同,解磷能力存在差异,解有机磷菌株Y3-5可望作为滇重楼微生物菌肥的候选菌种。 展开更多
关键词 滇重楼 分离鉴定 解磷细菌 系统发育树 微生物菌肥
2017年上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒全基因进化分析 认领 被引量:1
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作者 葛杰 葛菲菲 +1 位作者 吴杰 周锦萍 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2020年第3期86-90,共5页
为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2017年分离的6株H9N2 AIV的8个基因片段进行RT-PCR扩增、克隆和测序,并对获得的HA基因序列进行同源性和关键位点分析.结果显示:6个分离株的HA裂解位点均为RSS... 为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2017年分离的6株H9N2 AIV的8个基因片段进行RT-PCR扩增、克隆和测序,并对获得的HA基因序列进行同源性和关键位点分析.结果显示:6个分离株的HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;6株分离株均有8处糖基化位点;受体结合位点除198位和202位有变异外,其它位点均保守,226位氨基酸均为L,228位氨基酸均为G,因此具有与哺乳动物唾液酸α2-6受体结合的特征;所有分离株HA基因核苷酸同源性为93.4%~99.9%,氨基酸同源性为93.8%~99.5%,HA基因进化树显示上述6株分离株均属于近几年在中国鸡群中流行的h9.4.2.5分支;从8个基因片段组成方式分析这6个毒株属于G57基因型.本研究结果为H9N2亚型AIV的防控和疫苗研制提供了科学参考. 展开更多
关键词 H9N2亚型 禽流感病毒 HA基因 同源性 进化树
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天津周边地区烟粉虱隐种鉴定及其系统发育分析 认领
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作者 张邓壮 张艳玲 +2 位作者 胡明鑫 刘佰明 谷希树 《天津农业科学》 CAS 2020年第3期21-26,共6页
烟粉虱是一种世界性害虫,入侵世界许多地区,其携带的番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)给番茄生产造成了严重的损失。烟粉虱的种类繁多,给绿色防控带来许多困难。为了明确烟粉虱的种类,本试验主要对天津周边,还有... 烟粉虱是一种世界性害虫,入侵世界许多地区,其携带的番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)给番茄生产造成了严重的损失。烟粉虱的种类繁多,给绿色防控带来许多困难。为了明确烟粉虱的种类,本试验主要对天津周边,还有山东、山西和湖北等省市10个地区不同寄主共16个烟粉虱种群进行了隐种鉴定及系统发育分析。结果表明,其中13个烟粉虱种群只有MED隐种,3个烟粉虱种群中MEAM1和MED隐种共存。MEAM1隐种烟粉虱的同源性高达100%,MED隐种烟粉虱的同源性为99.6%~100%,入侵我国的MED隐种可能起源于地中海西部地区。本研究明确了监测地区烟粉虱隐种及其进化关系,为当地烟粉虱的防控提供了科学依据。 展开更多
关键词 烟粉虱 系统树 隐种 系统发育
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三裂叶薯NBS-LRR类抗病基因的筛选鉴定与结构分析 认领
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作者 胡韵卓 石媛媛 +7 位作者 黄小芳 毕楚韵 周丽香 梁才晓 黄碧芳 许明 林世强 陈选阳 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期495-504,共10页
为发掘甘薯近缘野生种三裂叶薯(Ipomoea triloba)的NBS-LRR类抗病基因,从基因数据库中对三裂叶薯基因组序列进行了筛选、鉴定和分析。结果表明,从三裂叶薯的98025个基因中,筛选到282个编码NBS-LRR类蛋白的基因,其中N型80个,NL型83个,CN... 为发掘甘薯近缘野生种三裂叶薯(Ipomoea triloba)的NBS-LRR类抗病基因,从基因数据库中对三裂叶薯基因组序列进行了筛选、鉴定和分析。结果表明,从三裂叶薯的98025个基因中,筛选到282个编码NBS-LRR类蛋白的基因,其中N型80个,NL型83个,CN型28个,CNL型57个,TN型10个,TNL型23个,RN型1个。三裂叶薯的16条染色体上均含有NBS-LRR家族基因,数量最多的染色体含有65个,最少的只有1个。三裂叶薯基因组共有55个基因簇,包含了63.5%的NBS-LRR家族基因。在NBS-LRR抗病基因家族中,CNL和TNL亚家族分别对应到7和11个保守结构域。这为三裂叶薯抗性资源的利用提供了科学参考。 展开更多
关键词 三裂叶薯 NBS-LRR R基因 结构域 染色体定位 进化树
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16S与gyrB基因联合建树快速鉴定一株解淀粉芽胞杆菌 认领
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作者 傅奇 林俊杰 +1 位作者 冯亚栋 肖玉娟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期116-120,共5页
在保守序列高度相似的细菌鉴定中,单独使用16S rDNA/RNA序列进行比对和构建进化树通常无法准确鉴定到种,需要增加测序基因数并对多基因进行分析。为实现快速鉴定,课题组对16S与gyrB基因联合建树的方法进行了研究,将土壤中筛选的1株具有... 在保守序列高度相似的细菌鉴定中,单独使用16S rDNA/RNA序列进行比对和构建进化树通常无法准确鉴定到种,需要增加测序基因数并对多基因进行分析。为实现快速鉴定,课题组对16S与gyrB基因联合建树的方法进行了研究,将土壤中筛选的1株具有淀粉水解酶活性的杆菌HX2016004,分别用通用引物扩增16S和gyrB基因并测序,在Genbank进行序列比对后,选择各菌种保藏中心具有相似16S和gyrB基因的菌株,取其16S和gyrB基因序列,采用Paup~*4. 0构建进化树。使用16S与gyrB拼接序列构建的进化树中属于同一种的菌株聚合在1枝,分类结构准确,其中HX2016004与解淀粉芽胞杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)聚合在1枝,鉴定为解淀粉芽胞杆菌。经生理生化试验验证,该菌株与解淀粉芽胞杆菌特征完全一致,使用16S和gyrB基因联合建树得到的鉴定结果准确且快速简便。通过对Genbank和EZBiocloud已知序列菌株的分析,16S和gyrB基因联合建树的方法普遍适用于解淀粉芽胞杆菌的鉴定。 展开更多
关键词 16S GYRB 进化树 鉴定 解淀粉芽胞杆菌
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产电海洋脂肪酶生产菌的分离筛选鉴定及培养条件研究 认领
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作者 黄阳天 陆育彪 +3 位作者 黄益帖 孟繁龙 徐凯文 李鹏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期91-97,共7页
旨在为研究海洋产脂肪酶细菌的产酶特征,并初步研究其产电性能。从舟山海域潮间带海泥中筛选具有产脂肪酶性能的海洋细菌,以橄榄油为唯一碳源进行平板筛选,采用NaOH滴定分析法测定脂肪酶活性,并初步研究了发酵条件对酶活的影响。为了确... 旨在为研究海洋产脂肪酶细菌的产酶特征,并初步研究其产电性能。从舟山海域潮间带海泥中筛选具有产脂肪酶性能的海洋细菌,以橄榄油为唯一碳源进行平板筛选,采用NaOH滴定分析法测定脂肪酶活性,并初步研究了发酵条件对酶活的影响。为了确定菌株的分类地位,利用16S rRNA基因分析进行鉴定,构建系统发育进化树,并通过单因素实验初步研究了各培养条件对产酶活性的影响,同时初步探究其微生物产电性能。结果显示:从潮间带海泥中筛选到具有产脂肪酶活性的菌株2株,分别标记为S11和S22,分子鉴定结果显示,S11与假单胞属Pseudomonas putida WAB1947,S22与芽孢杆菌属Bacillus substills LSRB在进化地位上最为接近。单因素实验结果显示,培养时间48 h、初始pH值7.0、尿素含量为0.35 g/L时两株菌株对应的产酶活性最好。构建微生物燃料电池(MFC)进行电压采集,结果显示S11、S22的最大输出电压分别为0.055 V和0.031 V。菌株S11和S22分别为假单胞属Pseudomonas putida和芽孢杆菌属Bacillus substills,并表现出一定的产电性能。 展开更多
关键词 脂肪酶 16S rRNA 进化树 微生物燃料电池
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