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一种由可可毛色二孢引起的春芋新病害
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作者 张茜 郝媛媛 +4 位作者 吴雪雍 许俊杰 龙慧 张燕 王勇 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期276-280,共5页
可可毛色二孢(Lasiodiplodia theobromae(Pat.) Griffon&Maubl.)是由Griffon和Maublanc[1]在对Botryodiplodia theobromae进行订正的基础上而确立,Alves等[2]于2008年对这个种又进行了研究并补充了DNA序列信息。可可毛色二孢是一种... 可可毛色二孢(Lasiodiplodia theobromae(Pat.) Griffon&Maubl.)是由Griffon和Maublanc[1]在对Botryodiplodia theobromae进行订正的基础上而确立,Alves等[2]于2008年对这个种又进行了研究并补充了DNA序列信息。可可毛色二孢是一种重要的病原菌,可引起多种植物的枯萎、根腐及焦枯等病害症状[3,4]。 展开更多
关键词 LASIODIPLODIA pseudotheobromae PHYLOGENY MORPHOLOGY ornamented PLANTS
10种昆虫过氧化氢酶基因的全基因组鉴定与特征预测
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作者 张莉娟 尹华春 +1 位作者 李勃 陈斌 《重庆师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第3期36-43,F0002共9页
【目的】在全基因组水平上鉴定10种具有代表性昆虫的过氧化氢酶(CAT)基因,并对鉴定所得CAT基因的基本特征和系统发育关系分别进行预测和分析。【方法】在NCBI数据库中下载CAT氨基酸序列作为询问序列,通过本地Blast方法在10种昆虫全基因... 【目的】在全基因组水平上鉴定10种具有代表性昆虫的过氧化氢酶(CAT)基因,并对鉴定所得CAT基因的基本特征和系统发育关系分别进行预测和分析。【方法】在NCBI数据库中下载CAT氨基酸序列作为询问序列,通过本地Blast方法在10种昆虫全基因组水平搜索和鉴定CAT基因并命名。通过生物信息学方法预测10种昆虫CAT家族基因的特征、氨基酸同源序列一致率、保守结构域等。通过MEGA-X软件用最大似然法推断10种昆虫的CAT基因的系统发育。【结果】共鉴定得到23个CAT基因,内华达古白蚁(Zootermopsis nevadensis)、东亚飞蝗(Locusta migratoria)、人虱(Pediculus humanus)、苜蓿蓟马(Frankliniella occidentalis)、茶翅蝽(Halyomorpha halys)、赤拟谷盗(Tribolium castaneum)、黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)、冈比亚按蚊(Anopheles gambiae)、家蚕(Bombyx mori)和意大利蜜蜂(Apis mellifera)基因组上分别有3,1,1,1,4,3,2,1,6和1个CAT基因,均具有全长的转录组序列,编码406~553个氨基酸,氨基酸分子量为46.0~63.7kDa,等电点为5.21~9.19。鉴定得到的CAT基因共有122个外显子,99个内含子,且外显子与内含子分布模式在物种间差异较大而种内的CAT基因结构相似。有7个CAT基因编码有信号肽,信号肽包含17~22个氨基酸残基。所有CAT基因编码的氨基酸序列的N端具有1个由17个氨基酸组成的CAT近端活性区域,而C端由9个氨基酸组成的CAT血红素配体区域所组成;其中家蚕的BmCat2基因中单独含有1个细菌胞外溶质结合区域。10种昆虫的CAT1基因具有1∶1的直系同源关系,家蚕出现特异性扩增独立形成支系,与CAT1支系互为姐妹群。【结论】研究结果提供了10个代表性昆虫CAT基因的基础信息,为进一步开展该基因的功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 昆虫 过氧化氢酶 全基因组鉴定 特征 系统发育
分子生物学鉴定印度进口花生中的花生豆象的探究
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作者 伦才智 陈伟 +3 位作者 张京宣 杨娟 王勇 叶保华 《食品安全质量检测学报》 CAS 2019年第5期1197-1200,共4页
目的探究以分子生物学技术和系统进化学手段鉴定具有完整生命周期的花生豆象(印度)的方法。方法对花生豆象线粒体细胞色素C氧化酶亚基I (COI)基因进行PCR扩增,获得COI基因序列,再利用最大简约法(maximum parsimony, MP)构建花生豆象与其... 目的探究以分子生物学技术和系统进化学手段鉴定具有完整生命周期的花生豆象(印度)的方法。方法对花生豆象线粒体细胞色素C氧化酶亚基I (COI)基因进行PCR扩增,获得COI基因序列,再利用最大简约法(maximum parsimony, MP)构建花生豆象与其他14种豆象基于COI基因片段序列的分子系统进化树,分析亲缘进化关系。结果通过GenBank BLAST证明所得序列为花生豆象的COI基因序列,由GenBank获得登录号。根据系统进化树得出同一地区的四纹豆象和花生豆象亲缘关系较近。结论本研究为采用分子生物学检疫鉴定进境花生豆象奠定了基础。 展开更多
关键词 花生豆象 生命周期 细胞色素C氧化酶亚基I PCR 系统进化
真黏菌生活史研究概述
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作者 戴丹 徐晓琪 +3 位作者 王赛禹 梁逸 李玉 张波 《菌物研究》 CAS 2019年第2期116-124,共9页
真黏菌是世界性普遍分布的一类原生动物,其生活史具有单核黏变形体和游动胞、多核原质团和具孢子的子实体等阶段。掌握真黏菌生活史的全貌是该类群生物学研究的重要方面,同时也为分类学和系统发育学研究提供理论支持。本文回顾了真黏菌... 真黏菌是世界性普遍分布的一类原生动物,其生活史具有单核黏变形体和游动胞、多核原质团和具孢子的子实体等阶段。掌握真黏菌生活史的全貌是该类群生物学研究的重要方面,同时也为分类学和系统发育学研究提供理论支持。本文回顾了真黏菌生活史的研究发展,对已报道生活史的物种进行统计分析,以加深对真黏菌生活史的科学认知,为深入研究真黏菌生活史特征等生物学问题提供理论参考。 展开更多
关键词 个体发育 原质团 系统发育 生活循环
云南中三叠世拱鱼目一新属种及早期铰齿鱼类系统发育关系再评估 预览
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作者 徐光辉 马昕莹 +1 位作者 吴飞翔 任艺 《古脊椎动物学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期181-204,共24页
铰齿鱼类是全骨鱼类中的一支,包括现生的雀鳝及其关系密切的化石类型。产自云贵地区中三叠世安尼期(~244 Ma)地层的拱鱼目(Kyphosichthyiformes)鱼类代表了铰齿鱼类最早的化石记录。根据最近在云南罗平关岭组二段发现的4块保存完好的鱼... 铰齿鱼类是全骨鱼类中的一支,包括现生的雀鳝及其关系密切的化石类型。产自云贵地区中三叠世安尼期(~244 Ma)地层的拱鱼目(Kyphosichthyiformes)鱼类代表了铰齿鱼类最早的化石记录。根据最近在云南罗平关岭组二段发现的4块保存完好的鱼化石,命名了拱鱼目一个新属种,优美玉带鱼(Yudaiichthys eximius gen.et sp.nov.)。新的发现为重新研究拱鱼目和其他早期铰齿鱼类的系统发育关系提供了契机。分支分析结果表明,过去定义的拱鱼科(Kyphosichthyidae)和圣乔治鱼属(Sangiorgioichthys)都是并系类群。重新厘定后的拱鱼目分为拱鱼科和腊山鱼科(Lashanichthyidae fam.nov.);其中,拱鱼科包括拱鱼属(Kyphosichthys)和富源鱼属(Fuyuanichthys);苏氏圣乔治鱼(Sangiorgioichthys sui)和羊圈圣乔治鱼(S.yangjuanensis)归入新建的腊山鱼属(Lashanichthys gen.nov.),和玉带鱼属一起组成腊山鱼科。圣乔治鱼属被移出拱鱼目,限定于产自圣乔治山地区中三叠世拉丁期地层的两个种(Sangiorgioichthys aldae和S.valmarensis);该属和更进步的铰齿鱼类(半椎鱼目和雀鳝目)构成姐妹群关系。修订后的分支图为了解铰齿鱼类解剖特征的早期演化历史提供了新的见解。 展开更多
关键词 云南罗平 三叠纪 拱鱼目 铰齿鱼类 骨骼学 系统发育
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孔子鸟目(鸟类:尾综骨类)的分类厘定 预览
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作者 王敏 邹晶梅 周忠和 《古脊椎动物学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期1-37,共37页
孔子鸟目是早白垩世鸟类中具有角质喙和尾综骨的最原始的鸟类类群之一。在过去近20年的研究历史中,千余件孔子鸟类标本被发现,其数目多过其他中生代鸟类和非鸟类恐龙。目前,共计4个属,10个种被先后归入到孔子鸟目中,然而这些属种的分类... 孔子鸟目是早白垩世鸟类中具有角质喙和尾综骨的最原始的鸟类类群之一。在过去近20年的研究历史中,千余件孔子鸟类标本被发现,其数目多过其他中生代鸟类和非鸟类恐龙。目前,共计4个属,10个种被先后归入到孔子鸟目中,然而这些属种的分类位置是否有效尚不清楚。通过对已发表的所有孔子鸟类属种进行详细的对比研究,证实了其中多数属种的鉴定特征有误,这些特征或受保存的影响,或代表了种内和个体发育的变化,亦或广泛分布在孔子鸟类或基于鸟类中,而并不能成为这些属种建属或建种的依据。认为此前命名的孙氏孔子鸟、费氏孔子鸟、义县锦州鸟、张吉营锦州鸟和建昌孔子鸟均属于圣贤孔子鸟的同物异名;而川州孔子鸟未保存确切的鉴定特征而难以和其他孔子鸟类相区别,暂将其归入孔子鸟科未定种。至此,对所有已报道的孔子鸟目的分类厘定认为,目前孔子鸟目共包括1科、3属、4种,分别是圣贤孔子鸟、杜氏孔子鸟、横道子长城鸟和郑氏始孔子鸟,并对这些属种各自的鉴定特征进行了修正。 展开更多
关键词 白垩纪 鸟类 孔子鸟目 孔子鸟属 分类 系统发育
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山西省蘑菇属物种资源研究
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作者 郭富宽 原渊 +1 位作者 王术荣 常明昌 《北方园艺》 CAS 北大核心 2019年第11期117-122,共6页
对山西省大部分地区蘑菇属物种资源进行较为系统的采集调查工作,并对采集的物种进行标本鉴定,共获得蘑菇属真菌标本70余份,鉴定出10种,其中7种为常见种,3种为山西省新记录种,其中2种首次在华北地区发现。该研究对3个新记录种进行了详细... 对山西省大部分地区蘑菇属物种资源进行较为系统的采集调查工作,并对采集的物种进行标本鉴定,共获得蘑菇属真菌标本70余份,鉴定出10种,其中7种为常见种,3种为山西省新记录种,其中2种首次在华北地区发现。该研究对3个新记录种进行了详细的形态学描述,可知山西省蘑菇属物种资源具有重要的研究与开发价值。 展开更多
关键词 大型真菌 担子菌门 蘑菇属 分类学 系统发育
基于线粒体COI和16SrRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究 预览
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作者 徐岩 潘红平 +3 位作者 阎冰 高霆炜 吴斌 杨明柳 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期63-71,共9页
相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16SrRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16SrRNA基因序列之间差异分别为5.7%~14.5%和1.5%~12.1%,均... 相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16SrRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16SrRNA基因序列之间差异分别为5.7%~14.5%和1.5%~12.1%,均达到了种间差异水平。构建的系统发育树显示,14种相手蟹分别为独立有效物种,但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹,没有分别形成2个独立的支系,而是混合聚成一大支系。而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支,再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支,表现出与形态分类的不一致。错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源,也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。 展开更多
关键词 相手蟹 线粒体DNA COI基因 16SRRNA基因 系统发育
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分离自土壤的裸囊菌科真菌中国及大陆新记录种 预览
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作者 邵秋雨 张芝元 +3 位作者 董醇波 邹晓 韩燕峰 梁宗琦 《山地农业生物学报》 2019年第3期16-21,32共7页
裸囊菌科类群是一类重要的人和动物皮肤病原真菌,尤其是小孢子菌属,目前对其报道主要以临床病例为主,对环境中如土壤和水源中的菌研究较少,为及早预防真菌感染的发生,对我国山西省和甘肃省土壤中的裸囊菌科真菌资源进行调查。采集不同... 裸囊菌科类群是一类重要的人和动物皮肤病原真菌,尤其是小孢子菌属,目前对其报道主要以临床病例为主,对环境中如土壤和水源中的菌研究较少,为及早预防真菌感染的发生,对我国山西省和甘肃省土壤中的裸囊菌科真菌资源进行调查。采集不同环境中的土壤样品,利用鸡毛和头发对土壤样品中的这类资源进行诱集,分离目标菌株;基于形态特征和ITS rDNA序列进行系统发育分析相结合的方法进行菌株的鉴定。从土壤中分离发现3个裸囊菌科菌株:经鉴定为布拉尔小孢子菌 Microsporum boullardii,奇妙帕拉癣菌 Paraphyton mirabile和弯奈尼兹皮菌 Nannazzia incurvata。前两个种为中国新记录种,后一个为大陆新记录种;这些存在于土壤中的裸囊菌科真菌为潜在人和动物的致病菌,值得引起重视。 展开更多
关键词 分类学 系统发育 新记录种
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马铃薯甲虫气味结合蛋白的序列和基因表达谱分析 预览
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作者 张方梅 刘杨 +4 位作者 李祥瑞 张云慧 程登发 郭文超 吐尔逊·阿合买提 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期428-441,共14页
【目的】昆虫气味结合蛋白(OBPs)在昆虫嗅觉行为中发挥着重要作用。马铃薯甲虫 Leptinotarsa decemlineata 是马铃薯上一种最主要的毁灭性害虫。为阐明该虫嗅觉识别分子机制,本研究对马铃薯甲虫26个OBP基因序列特征及组织表达谱进行研... 【目的】昆虫气味结合蛋白(OBPs)在昆虫嗅觉行为中发挥着重要作用。马铃薯甲虫 Leptinotarsa decemlineata 是马铃薯上一种最主要的毁灭性害虫。为阐明该虫嗅觉识别分子机制,本研究对马铃薯甲虫26个OBP基因序列特征及组织表达谱进行研究。【方法】基于马铃薯甲虫触角转录组测序数据,利用生物信息学方法及qRT-PCR技术,分别对马铃薯甲虫26个LdecOBPs (LdecOBP1-LdecOBP26)的系统进化及基因的组织表达谱进行分析。【结果】除LdecOBP26基因外,其余25个LdecOBPs基因序列均具有完整的开放阅读框,编码120~255个氨基酸残基,预测的蛋白分子量为13.66~29.38 kD,等电点为4.12~8.42,它们属于两个亚家族,其中13个为Classical-C OBPs, 12个为Minus-C OBPs。除LdecOBP3和LdecOBP26外,其他24个LdecOBPs的N端均由16~23个氨基酸组成的信号肽序列。不同的OBPs亚家族均具有各自典型保守的Cys残基。LdecOBPs之间高度分化,氨基酸序列一致性在3.20%~41.91%。系统进化树分析表明,LdecOBPs与沙葱萤叶甲 Galeruca daurica 的GdauOBPs亲缘关系最近。基因表达谱分析显示,26个LdecOBPs基因在马铃薯甲虫的不同组织中表达,其中有12个LdecOBPs基因( LdecOBP2, LdecOBP4, LdecOBP6, LdecOBP9, LdecOBP10, LdecOBP12, LdecOBP13, LdecOBP16, LdecOBP 20-22和 LdecOBP 24)在触角中高表达,2个LdecOBPs基因( LdecOBP5和LdecOBP17)在足中高表达,其他12个LdecOBPs基因( LdecOBP1, LdecOBP3, LdecOBP7, LdecOBP8, LdecOBP11, LdecOBP14, LdecOBP15, LdecOBP18, LdecOBP19, LdecOBP23, LdecOBP25和 LdecOBP26)在触角、头(去除触角)、胸、腹、足和翅这些组织中均表达。【结论】本研究结果为进一步研究马铃薯甲虫嗅觉识别分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 马铃薯甲虫 气味结合蛋白 序列分析 组织表达谱 系统发育
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豆科植物ARF基因家族的比较基因组学分析
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作者 刘润燕 聂仁清 +1 位作者 孙仔妹 张岚 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第14期4529-4536,共8页
生长素反应因子(auxin response factors,ARF)是一类重要的调控植物生长发育的转录因子,参与生长素响应基因的表达和生长素信号转导途径等多种发育过程。本研究采用比较基因组学方法对大豆、百脉根、蒺藜苜蓿的生长素反应因子(ARF)家族... 生长素反应因子(auxin response factors,ARF)是一类重要的调控植物生长发育的转录因子,参与生长素响应基因的表达和生长素信号转导途径等多种发育过程。本研究采用比较基因组学方法对大豆、百脉根、蒺藜苜蓿的生长素反应因子(ARF)家族的理化性质、系统发育关系、结构特性、多倍化与基因家族的关联性,以及重复基因进行分析。3个物种中共鉴定出129个ARF家族基因,理化性质差异较大;系统发育分析显示全部基因被分为4个亚族,亲缘关系较近的基因表现出相似的结构和基序组成,选择压力分析发现有26个位点受到正选择;另外,大豆基因组内ARF同源基因对的数量大于其它物种,表明全基因组加倍导致产生大量的重复基因,百脉根ARF同源基因对数量少于蒺藜苜蓿,证明了加倍事件伴随着重复基因的差异性丢失。这些结果将为豆科或其它物种ARF基因的深入研究提供一定的参考依据。 展开更多
关键词 ARF 豆科 系统发育 多倍化
基于核基因的黄绿卷毛菇系统发育与谱系地理学分析
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作者 邢睿 徐明行 +1 位作者 王久利 陈世龙 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期3057-3064,共8页
黄绿卷毛菇(Floccularia luteovirens)隶属于伞菌目(Agaricales)口蘑科(Tricholomataceae)是一种主要分布在青藏高原的产子实体的外生菌根真菌。本研究以青藏高原黄绿卷毛菇(F.luteovirens)的23个野生居群,404个个体为研究对象,利用rDN... 黄绿卷毛菇(Floccularia luteovirens)隶属于伞菌目(Agaricales)口蘑科(Tricholomataceae)是一种主要分布在青藏高原的产子实体的外生菌根真菌。本研究以青藏高原黄绿卷毛菇(F.luteovirens)的23个野生居群,404个个体为研究对象,利用rDNA三个片段(ITS+5.8 s,IGS-1以及LSU)研究了青藏高原黄绿卷毛菇种內的系统发育关系。研究表明:联合序列共获得15种基因型,基因型多样性(h)的范围从0.374 3(MD)到1.000 0(DR),平均值为0.723 3。歧点分布分析走势呈现单峰曲线,表明黄绿卷毛菇居群近期经历过扩张过程。对黄绿卷毛菇基因型变异的分布模式进行验证,得到NST>GST(p<0.05),表明黄绿卷毛菇基因型之间具有显著地分子系统地理结构。分子变异分析(AMOVA)表明,黄绿卷毛菇的遗传变异主要存在于居群内部(79.17%)。基于MP树和ML树的研究发现基因型H3、H4、H5、H15首先和其他基因型分开,而在贝叶斯分析中则不存在这一分支。没有一个居群拥有特有的基因型,但是就基因型多样性地域分布格局来看,各个基因型的多样性由北向南呈明显的减少趋势。结合软件NETWORK的分析可以知道,几种主要分布在阿尼玛卿山以南的基因型都位于网路结构的边缘,说明这几种基因型是较晚形成的。本研究是对之前利用蛋白质编码基因研究的很好地补充。 展开更多
关键词 青藏高原 黄绿卷毛菇 系统发育 谱系地理学 菌根真菌
Molecular phylogeny and ultrastructure of a new population of Urostyla grandis(Ciliophora,Hypotrichida)from Harbin,China 预览
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作者 CAI Xinglong CHEN Ying +5 位作者 ZHAO Xiaolu GAO Jing Saleh A.AL-FARRAJ YU Lijie PAN Xuming QIU Zijian 《海洋湖沼学报(英文)》 SCIE CAS CSCD 2019年第1期256-265,共10页
A new population of Urostyla grandis,collected from a freshwater pond of northeastern China was investigated by living observation,silver impregnation,and molecular phylogeny based on small subunit ribosomal rRNA(SSU ... A new population of Urostyla grandis,collected from a freshwater pond of northeastern China was investigated by living observation,silver impregnation,and molecular phylogeny based on small subunit ribosomal rRNA(SSU rRNA).Besides,its ultrastructural characteristics were investigated carefully by scanning electron microscopy(SEM)and transmission electron microscopy(TEM)methods.Complementary descriptions of some inner ultrastructures were provided and some new organelles were also found.Especially,the oral inner microtubule system was illustrated by SEM and TEM for the fi rst time and a new type extrusome was reported.These results may supply complement taxonomic data and ingestion mechanism on ciliates in genus Urostyla. 展开更多
关键词 Urostyla grandis phylogeny ULTRASTRUCTURE NEW POPULATION
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隆头鱼科分类学研究进展 预览
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作者 刘东 黄新春 唐文乔 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2019年第1期107-117,共11页
隆头鱼科是体形最为分化、体色最为多变的一个类群,其所包含的种类数位居海洋鱼类第2位。尽管经历了260多年的分类研究,隆头鱼科在分类单元和物种鉴定方面仍存在许多争论和疑问。回顾了隆头鱼科分类学发展史,总结了系统发育学的研究成果... 隆头鱼科是体形最为分化、体色最为多变的一个类群,其所包含的种类数位居海洋鱼类第2位。尽管经历了260多年的分类研究,隆头鱼科在分类单元和物种鉴定方面仍存在许多争论和疑问。回顾了隆头鱼科分类学发展史,总结了系统发育学的研究成果,描述了隆头鱼科关键分类特征和基础生物学,概述了几个分类较为复杂的主要属的研究进展,根据分子系统发育,推测几个主要属为复系群,是颌骨摄食功能进化导致种间显著遗传分化的结果。同时,参考1750—2017年期间的文献资料,考证和修订了中国隆头鱼的同物异名和错误命名,厘定中国隆头鱼科有38属150种,并提出我国需要广泛深入的开展隆头鱼科物种的普查和鉴定研究工作及利用分子生物学技术开展隆头鱼亲缘地理学的研究建议,为隆头鱼的起源、物种多样性、分布格局成因以及在海洋生态系统中的功能研究提供基础数据及理论研究参考。 展开更多
关键词 隆头鱼 分类 系统发育 物种鉴定
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我国北方岩溶泉域刚毛藻的系统发育及形态学研究 预览
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作者 胡变芳 吉莉 +2 位作者 陈乐 冯佳 史胜利 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期53-61,共9页
脆弱刚毛藻(Cladophora fracta)是一种大型丝状绿藻,生境分布广泛。然而,对于岩溶泉域分布的刚毛藻研究较少,它们的遗传多样性、生物地理亲缘性和生理特性都有待于深入研究。该研究对我国北方地区五个典型岩溶泉域的50个脆弱刚毛藻样本... 脆弱刚毛藻(Cladophora fracta)是一种大型丝状绿藻,生境分布广泛。然而,对于岩溶泉域分布的刚毛藻研究较少,它们的遗传多样性、生物地理亲缘性和生理特性都有待于深入研究。该研究对我国北方地区五个典型岩溶泉域的50个脆弱刚毛藻样本进行了形态学和分子系统学描述。主要研究目标:(1)对我国北方地区五个典型岩溶泉的刚毛藻生境进行描述;(2)根据形态学特征和分子序列对藻体进行鉴定;(3)探究生境对藻体生理特性的影响。结果表明:基于SSU和LSU序列的结果,发现所分析的50株刚毛藻个体为同一种,同时还发现了13个不同的核糖体基因型。基于SSU和LSU的系统发育树,刚毛藻属均未能形成单系分支,分布在三个不同的分支上。13个样本基因型在SSU和LSU树中的位置相似,与Cladophora vagabunda有很高的序列同源性,但是形态特征却差异很大。从显微结构结果来看,五个岩溶泉域采集到的刚毛藻在细胞直径上无显著差异,藻体的形态特征与脆弱刚毛藻相一致。但是,岩溶泉域采集的藻体细胞直径比文献报道中在湖泊和河流中采集的脆弱刚毛藻直径要大。另外,仅在两个地点(XA和ST)采集的标本中发现有假根状分枝。因此,基于形态学和分子序列的结果,将这五个泉域的刚毛藻鉴定为脆弱刚毛藻(Cladophora fracta)。 展开更多
关键词 刚毛藻属 岩溶泉 系统发育 绿藻 RDNA 刚毛藻科
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Molecular test shows the color pattern is not so reliable in diagnostic of genus Dysphaea Selys(Odonata:Euphaeidae)
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作者 Yao Ji Xin Yu 《动物分类学报:英文版》 CSCD 2019年第2期91-99,共9页
A molecular study based on COI, 16S and 28S genes reveals that a batch of specimens(7 males and 4 females) of Dysphaea Selys, 1853 collected from central Vietnam,which include different color patterns of wings and bod... A molecular study based on COI, 16S and 28S genes reveals that a batch of specimens(7 males and 4 females) of Dysphaea Selys, 1853 collected from central Vietnam,which include different color patterns of wings and body, and were originally identified as three different species, are all the same species. This study implies that, in some group of Odonata,identification only depending on color pattern may be unreliable, no matter what huge variations there are. 展开更多
关键词 ODONATA DRAGONFLY WING color pattern variation MOLECULAR PHYLOGENY
豆科抗病基因NBS-LRR进化的多基因组比对分析
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作者 段雪倩 沈艳爽 +4 位作者 申少奇 孟繁博 刘颖 张岚 王金朋 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期3145-3156,共12页
NBS-LRR是植物抗病基因家族中一类重要的基因,根据编码的蛋白质氨基端的保守结构域不同,可分为CC-NBS-LRR和TIR-NBS-LRR两类基因。本研究在10个已测序豆科植物中对NBS-LRR进行序列比对,鉴定了各基因组中两类结构域基因的同源拷贝,发现... NBS-LRR是植物抗病基因家族中一类重要的基因,根据编码的蛋白质氨基端的保守结构域不同,可分为CC-NBS-LRR和TIR-NBS-LRR两类基因。本研究在10个已测序豆科植物中对NBS-LRR进行序列比对,鉴定了各基因组中两类结构域基因的同源拷贝,发现在蒺藜苜蓿中包含1 207个NBS-LRR基因的同源拷贝,在10个基因组中同源拷贝数最多;并且其中88.2%的NBS-LRR基因是具有CC结构域。基因组同源共线分析,发现全基因组加倍有利于抗病基因拷贝数的扩增,为家族基因序列和功能多样化提供了创新资源。基于NBS-LRR基因系统发育分析,发现抗病基因存在大量串联重复,并基于进化树拓扑结构的变迁揭示抗病基因在不同的基因组中进化速率不同;另外,通过对旁系同源基因对间的核苷酸同义替换率(Ks)比较,进一步证实不同结构的抗病基因进化速率不同;同一结构的抗病基因在不同基因组中进化速率也表现有明显差异,与其他豆科物种相比,大豆抗病基因进化速率一直处于较低水平。研究结果为揭示抗病基因在豆科植物中的进化过程提供了重要的基因组信息学基础,对于在全基因组范围认识泛豆科抗病基因进化具有重要的意义。 展开更多
关键词 NBS-LRR 豆科植物 基因加倍 系统发育 比对分析
林氏按蚊线粒体全基因组序列的测定及基于线粒体基因组的按蚊属系统发育分析 预览
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作者 毛启萌 李廷景 +2 位作者 付文博 闫振天 陈斌 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期101-116,共16页
【目的】对林氏按蚊Anopheles lindesayi完整的线粒体基因组进行测序及分析,依据已知的线粒体基因组构建并讨论按蚊属蚊虫的分子系统发育关系。【方法】对林氏按蚊线粒体基因组进行测序、注释,并对其基本特征和基本组成进行分析。基于... 【目的】对林氏按蚊Anopheles lindesayi完整的线粒体基因组进行测序及分析,依据已知的线粒体基因组构建并讨论按蚊属蚊虫的分子系统发育关系。【方法】对林氏按蚊线粒体基因组进行测序、注释,并对其基本特征和基本组成进行分析。基于串联的13个蛋白质编码基因的核苷酸序列和氨基酸序列,用ML法和贝叶斯法构建林氏按蚊和按蚊属其他32种蚊虫的系统发育树,据此探讨按蚊属蚊虫的系统发育关系和系统分类。【结果】林氏按蚊线粒体基因组全长为15 366 bp,包含13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段控制区。林氏按蚊线粒体基因组呈现明显的AT偏斜和GC偏斜,AT偏斜为正,GC偏斜为负。除了COX 1使用TCG和ND 5使用GTG作为起始密码子以外,其他蛋白质编码基因的起始密码子均遵循ATN原则;终止密码子为TAA或者T。除了tRNA Ser(AGN)以外,其他的tRNA基因均呈现典型的三叶草二级结构。控制区AT含量最高,为94.54%。滑窗分析显示蛋白质编码基因是用于构建亚属或属水平系统发育关系的最佳分子标记。系统发育树强烈支持塞蚊亚属Cellia、按蚊亚属Anopheles、徕蚊亚属Nyssorhynchus和柯特蚊亚属Kerteszia均为单系群。小五斑按蚊An.atroparvus和四斑按蚊An.quadrimaculatus A这两个种聚到一起,从传统的形态分类上讲,它们和林氏按蚊均属于按蚊亚属按蚊系蚊虫。但本研究构建的4个系统发育树均显示,(小五斑按蚊An.atroparvus+四斑按蚊An.quadrimaculatus A)和林氏按蚊被属于迈蚊系的中华按蚊分开,这为两个系的分类提供了新的论点。【结论】本研究获得了林氏按蚊的完整的线粒体基因组,探析了按蚊属的线粒体基因组特征和系统发育关系,为进一步研究蚊科线粒体基因组和系统发育关系提供了依据。 展开更多
关键词 蚊科 按蚊属 林氏按蚊 线粒体基因组 核苷酸组成 系统发育
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Risk assessment and genomic characterization of Zika virus in China and its surrounding areas
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作者 Rong-Fei Liu Zhen-Jian He +4 位作者 Peng Mei Jia-Cheng Xi Xu-Dong Cao Li-Hong Yuan Jia-Hai Lu 《中华医学杂志:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第14期1645-1653,共9页
Background:Zika virus (ZIKV) has emerged as a global pathogen causing significant public health concerns.China has reported several imported cases where ZIKV were carried by travelers who frequently travel between Chi... Background:Zika virus (ZIKV) has emerged as a global pathogen causing significant public health concerns.China has reported several imported cases where ZIKV were carried by travelers who frequently travel between China and ZIKV-endemic regions.To fully characterize the ZIKV strains isolated from the cases reported in China and assess the risk of ZIKV transmission in China,comprehensive phylogenetic and genetic analyses were performed both on all ZIKV sequences of China and on a group of scientifically selected ZIKV sequences reported in some of the top interested destinations for Chinese travelers.Methods:ZIKV genomic sequences were retrieved from the National Center for Biotechnology Information database through stratified sampling.Recombination event detection,maximum likelihood (ML) phylogenetic analysis,molecular clock analysis,selection pressure analysis,and amino acid substitution analysis were used to reconstruct the epidemiology and molecular transmission of ZIKV.Results:The present study investigated 18 ZIKV sequences from China and 70 sequences from 16 selected countries.Recombination events rarely happens in all ZIKV Asian lineage.ZIKV genomes were generally undergone episodic positive selection (17 sites),and only one site was under pervasive positive selection.All ZIKV imported into China were Asian lineage and were assigned into two clusters:Venezuela-origin (cluster A) and Samoa-origin cluster (cluster B) with common ancestor from French Polynesia.The time of most recent common ancestors of Cluster A dated to approximately 2013/11 (95% highest posterior density [HPD] 2013/06,2014/ 03) and cluster B dated to 2014/08 (95% HPD 2014/02,2015/01).Cluster B is more variable than Cluster A in comparison with other clusters,but no varied site of biological significance was revealed.ZIKV strains in Southeast Asia countries are independent from strains in America epidemics.Conclusions:The genetic evolution of ZIKV is conservative.There are two independent introductions of ZIKV into China and China is in dang 展开更多
关键词 Zika VIRUS China PHYLOGENY GENETIC evolution Risk assessment
马铃薯Shaker基因家族全基因组鉴定和分析 预览
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作者 尹欢 卓凤萍 +1 位作者 邓可宣 任茂智 《重庆科技学院学报:自然科学版》 CAS 2019年第3期104-108,116共6页
钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和... 钾素营养在植物的生长发育过程中具有重要作用。Shaker家族基因参与植物对低钾环境胁迫的响应过程,可帮助植物从土壤中吸收钾素。将拟南芥Shaker蛋白质序列作为源序列,在马铃薯数据库PGSC中搜索获得22个StShaker基因;通过多序列比对和保守结构域分析,最终从马铃薯基因组中鉴定出9个StShaker基因。通过分析其外显子内含子结构、系统发育树、染色体分布、蛋白质序列等,发现StShaker基因能够分为5组,有4个保守的结构域,所有的StShaker基因在结构域I中都有一个核心的GYGDE基序。低钾胁迫对大多数StShaker基因在转录水平上没有显著影响,StShaker可能是受转录后水平上的调控来影响马铃薯对钾离子的吸收。 展开更多
关键词 Shaker基因家族 马铃薯 钾离子吸收 表达模式 系统发育
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