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The difference of morphological characteristics and population structure in PAO and DPAOgranular sludges
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作者 Geumhee Yun Hansaem Lee +3 位作者 Yongsuk Hong Sungpyo Kim Glen T.Daiqqer Zuwhan Yun 《环境科学学报:英文版》 SCIE EI CAS CSCD 2019年第2期388-402,共15页
We examined how long-term operation of anaerobic–oxic and anaerobic–anoxic sequencing batch reactors (SBRs) affects the enhanced biological phosphorus removal (EBPR) performance and sludge characteristics. The micro... We examined how long-term operation of anaerobic–oxic and anaerobic–anoxic sequencing batch reactors (SBRs) affects the enhanced biological phosphorus removal (EBPR) performance and sludge characteristics. The microbial characteristics of phosphorus accumulating organism (PAO) and denitrifying PAO (DPAO) sludge were also analyzed through a quantitative analysis of microbial community structure. Compared with the initial stage of operation characterized by unstable EBPR, both PAO and DPAO SBR produced a stable EBPR performance after about 100-day operation. From day 200days (DPAO SBR) and 250days (PAO SBR) onward, sludge granulation was observed, and the average granule size of DPAO SBR was approximately 5 times larger than that of PAO SBR. The DPAO granular sludge contained mainly rod-type microbes, whereas the PAO granular sludge contained coccus-type microbes. Fluorescence in situ hybridization analysis revealed that a high ratio of Accumulibacter clade I was found only in DPAO SBR, revealing the important role of this organism in the denitrifying EBPR system. A pyrosequencing analysis showed that Accumulibacter phosphatis was present in PAO sludge at a high proportion of 6%, whereas it rarely observed in DPAO sludge. Dechloromonas was observed in both PAO sludge (3.3%) and DPAO sludge (3.2%), confirming that this organism can use both O2 and NO3 as electron acceptors. Further, Thauera spp. was identified to have a new possibility as denitrifier capable of phosphorous uptake under anoxic condition. 展开更多
关键词 Accumulibacter phosphatis Dechloromonas GRANULATION PYROSEQUENCING THAUERA
基于焦磷酸测序研究雪豹肠道微生物多样性 预览
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作者 刘咪 朱静 +6 位作者 陈佳欣 丁慧霞 高迎 姜文君 袁坤 董欣 陈磊 《野生动物学报》 北大核心 2019年第4期873-881,共9页
通过采集健康成年雪豹的新鲜粪便样品,借助高通量焦磷酸测序技术对雪豹肠道微生物多样性进行研究,并进行个体间差异的比较,为雪豹的救护饲养和营养生态学研究提供资料。研究结果表明,雪豹粪便微生物共包括9个细菌门,18个纲,31个目,64个... 通过采集健康成年雪豹的新鲜粪便样品,借助高通量焦磷酸测序技术对雪豹肠道微生物多样性进行研究,并进行个体间差异的比较,为雪豹的救护饲养和营养生态学研究提供资料。研究结果表明,雪豹粪便微生物共包括9个细菌门,18个纲,31个目,64个科,82个属。其中丰度最高的5个细菌门分别是厚壁菌门(Firmicutes)(26.58%—46.59%),放线菌门(Actinobacteria)(29.21%—46.59%),拟杆菌门(Bacteroidetes)(1.61%—16.26%),梭杆菌门(Fusobacteria)(2.03%—24.78%)和变形菌门(Proteobacteria)(3.10%—5.79%)。放线菌门的红蝽菌科(Coriobacteriaceae)是雪豹粪便微生物中丰度最高的科。除样品5之外,红蝽菌科(Coriobacteriaceae)的丰度在其他样品中均占OTU总数的40%以上。柯林斯氏菌属(Collinsella)是雪豹粪便微生物中丰度最高的属。多样性分析表明雪豹肠道微生物群落具有较大的个体差异。 展开更多
关键词 肠道微生物 雪豹 16S RRNA基因 焦磷酸测序
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焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677基因多态性的性能验证 预览
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作者 张婕妤 封利颖 +1 位作者 吴燕子 初亚男 《检验医学与临床》 CAS 2019年第20期2948-2951,共4页
目的对实验室自建焦磷酸测序法检测乙醛脱氢酶2(ALDH2)*2和亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)677基因多态性的方法进行性能评价。方法对不同浓度(10.0、2.0、0.4、0.0ng/μL)的杂合型DNA标本进行检测,评价方法的检出限;采用经焦磷酸测序法验... 目的对实验室自建焦磷酸测序法检测乙醛脱氢酶2(ALDH2)*2和亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)677基因多态性的方法进行性能评价。方法对不同浓度(10.0、2.0、0.4、0.0ng/μL)的杂合型DNA标本进行检测,评价方法的检出限;采用经焦磷酸测序法验证的DNA标本的PCR产物各20例,与Sanger测序法进行比较,评价方法的准确度;对3种(野生、杂合和突变型)基因型标本重复检测4次,评价方法的重复性。结果焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677多态性的检出限为2ng/μL基因组DNA;焦磷酸测序法的分型结果与Sanger测序法一致,准确度为100%;批内重复4次检测结果完全一致。结论焦磷酸测序法检测ALDH2*2和MTHFR 677基因多态性稳定可靠,满足江苏省临床检验中心的要求,可用于临床检测。 展开更多
关键词 性能验证 焦磷酸测序法 基因多态性 乙醛脱氢酶2*2 亚甲基四氢叶酸还原酶677
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膀胱尿路上皮癌中候选生物标志物转录因子21的甲基化机制及意义
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作者 丁小明 许嵘 +1 位作者 张文州 谢志新 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期608-612,共5页
目的探讨膀胱尿路上皮癌中候选生物标志物转录因子21(TCF21)甲基化的意义。方法选择2016年10月~2017年10月间疑似膀胱癌患者142例,其中经病理学检测确诊为膀胱癌80例为研究组,经病理学检测确诊为非膀胱癌共62例为对照组。另选择同期进... 目的探讨膀胱尿路上皮癌中候选生物标志物转录因子21(TCF21)甲基化的意义。方法选择2016年10月~2017年10月间疑似膀胱癌患者142例,其中经病理学检测确诊为膀胱癌80例为研究组,经病理学检测确诊为非膀胱癌共62例为对照组。另选择同期进行体检的健康者尿标本40例作为健康组。检测研究组膀胱癌组织、癌旁组织、对照组病灶组织中TCF21甲基化水平,并检测研究组、对照组和健康组尿液中TCF21甲基化水平,分别比较膀胱癌组织、尿液中TCF21甲基化水平与临床病理特点间的关系,并分析两者对于膀胱癌的诊断效能。结果膀胱癌组织TCF21甲基化水平显著高于癌旁组织和对照组(P<0.05),研究组尿液TCF21甲基化水平显著高于对照组和健康组(P<0.05)。男性、年龄>60岁、高的TNM分期和高分级的膀胱癌患者膀胱癌组织和尿液中TCF21甲基化水平更高(P<0.05)。膀胱癌组织与尿液中TCF21甲基化水平对膀胱癌均有较高的诊断意义,且两者的诊断意义差异无显著性(P>0.05)。结论 TCF21基因在膀胱癌组织和膀胱癌患者尿液中均具有较高的甲基化水平,并且与病理特点相关,膀胱癌组织和膀胱癌患者尿液对于膀胱癌均具有较高的诊断意义。 展开更多
关键词 膀胱癌 表观遗传 转录因子21 焦磷酸测序技术
流行性造血器官坏死病毒焦磷酸测序方法研究 预览
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作者 王娜 张旻 +4 位作者 张舟 景宏丽 任彤 张利峰 吴绍强 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期721-725,共5页
为建立流行性造血器官坏死病毒的焦磷酸测序检测方法,本研究针对流行性造血器官坏死病毒ORF65基因的保守区域进行分析,设计扩增引物及测序引物,经PCR扩增后对PCR产物进行焦磷酸测序,通过对反应条件和反应体系的优化,成功建立了该检测方... 为建立流行性造血器官坏死病毒的焦磷酸测序检测方法,本研究针对流行性造血器官坏死病毒ORF65基因的保守区域进行分析,设计扩增引物及测序引物,经PCR扩增后对PCR产物进行焦磷酸测序,通过对反应条件和反应体系的优化,成功建立了该检测方法。试验结果显示,该方法扩增基因片段长度为137 bp,焦磷酸测序长度为38 bp,能够特异性检测出流行性造血器官坏死病毒,最低核酸检测限为0.5 pg/μL,与常规PCR检测方法的符合率达100%。本研究建立的流行性造血器官坏死病毒焦磷酸测序检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,为流行性造血器官坏死病毒的快速检测提供了一种可行方法。 展开更多
关键词 流行性造血器官坏死病毒 焦磷酸测序 PCR 检测
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焦磷酸测序检测载脂蛋白E基因多态性方法的建立 预览
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作者 初亚男 封利颖 +1 位作者 吴燕子 张婕妤 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2019年第5期490-494,共5页
目的载脂蛋白E主要参与脂类代谢和胆固醇转运,对维持身体健康有重要意义。建立载脂蛋白E基因112T>C和158C>T单核苷酸多态性的焦磷酸测序方法。方法选择T、L、TT3种扩增体系分别用60℃退火程序和62 -68℃梯度升温退火程序,进行PCR... 目的载脂蛋白E主要参与脂类代谢和胆固醇转运,对维持身体健康有重要意义。建立载脂蛋白E基因112T>C和158C>T单核苷酸多态性的焦磷酸测序方法。方法选择T、L、TT3种扩增体系分别用60℃退火程序和62 -68℃梯度升温退火程序,进行PCR体系和温度的优化考察。将焦磷酸测序结果与Sanger测序结果比较,考察方法的特异性,通过梯度稀释人基因组核酸作为检测模板,考察方法的灵敏度。结果根据产物浓度和特异性确定60℃循环程序和L体系为最优条件。20份标本的焦磷酸测序结果与Sanger测序完全一致。灵敏度可达0.16ng基因组DNA。结论建立了ApoE基因中112和158位点的焦测序检测方法,可用于临床个体化用药指导。 展开更多
关键词 焦磷酸测序 载脂蛋白E rs7412 rs429358
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涎腺导管菌群和口腔菌群多样性与涎石病的相关性研究 预览
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作者 陈慧娟 曾飞跃 胡凤玲 《口腔医学》 CAS 2019年第6期505-509,共5页
目的探究涎腺导管结石患者是否存在导管内或口腔菌群失调,探讨细菌与涎石病发生的相关性。方法收集20例涎腺导管结石(1例腮腺结石,19例下颌下腺结石)患者的导管结石样本、导管内唾液及口腔内唾液样本作为实验组,收集20例健康志愿者导管... 目的探究涎腺导管结石患者是否存在导管内或口腔菌群失调,探讨细菌与涎石病发生的相关性。方法收集20例涎腺导管结石(1例腮腺结石,19例下颌下腺结石)患者的导管结石样本、导管内唾液及口腔内唾液样本作为实验组,收集20例健康志愿者导管内唾液及口腔内唾液样本作为对照组。提取样品的细菌DNA采用酶链聚合反应进行扩增。采用Roche高通量454焦磷酸测序技术对细菌16S rRNA V1~V3可变区的PCR扩增子进行测序,进一步利用生物信息学分析方法对测序数据进行挖掘,明确样本中细菌组分、群落结构,比较实验组与对照组间差异性。结果成功对唾液及结石样本进行了DNA测序分析,样本稀疏曲线显示测序深度充分,测序覆盖深度(Coverage指数)满足实验要求。实验组与对照组的导管内唾液及口腔内菌群的生物多样性无差异,结石样本与导管内菌群生物多样性无差异(P>0.05)。唾液腺导管内菌群的生物多样性指标香农指数、Chao指数、ACE指数均大于口腔内菌群(P<0.05)。导管内菌群结构比较显示:细菌门水平,梭杆菌门在实验组中显著高于对照组(P<0.05);细菌属水平,普氏菌属、卟啉单胞菌属及奈瑟氏菌属在实验组中均显著减少(P<0.05)。口腔内菌群结构比较显示:在细菌门水平,变形菌门在实验组中显著高于对照组(P<0.05);细菌属水平,普氏菌属、链球菌属及韦永氏球菌属在实验组中均显著低于对照组(P<0.05)。结论结石样本中的微生物菌群结构及多样性与唾液腺导管内相似,唾液腺导管内微生物多样性显著高于口腔内。涎石病患者与健康对照人群的口腔及唾液腺导管微生物群落结构存在显著差异。涎石病患者的口腔及唾液腺导管内存在菌群失调情况。 展开更多
关键词 涎石病 菌群 16s RRNA 焦磷酸测序
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婴儿与母亲皮肤细菌群落结构的比较分析 预览
8
作者 朱婷 曾丹宁 全哲学 《微生物与感染》 2019年第2期89-98,共10页
为探索母婴皮肤细菌群落特征,本研究对8对母婴7个不同皮肤部位的细菌群落进行焦磷酸测序分析。结果显示,皮肤细菌主要属于放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。总体而... 为探索母婴皮肤细菌群落特征,本研究对8对母婴7个不同皮肤部位的细菌群落进行焦磷酸测序分析。结果显示,皮肤细菌主要属于放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。总体而言,母婴皮肤细菌群落的组成相似,但丰度存在差异。母亲皮肤表面的丙酸杆菌属(Propionibacterium)丰度显著高于婴儿(P<0.05)。在婴儿皮肤表面,链球菌属(Streptococcus)和葡萄球菌属(Staphylococcus)最丰富;剖宫产出生的婴儿额头表面葡萄球菌属的丰度显著高于自然分娩出生的婴儿(P<0.05)。婴儿皮肤表面特有的常驻菌属包括孪生球菌属(Gemella)、普雷沃菌属(Prevotella)、罗思菌属(Rothia)和韦荣球菌属(Veillonella)与成人常见的口腔细菌一致,表明母亲的口腔细菌对婴儿早期皮肤微生态有一定的塑造作用。婴儿皮肤表面的细菌种类与自己母亲相近,各细菌的含量则与其他婴儿相近。母亲皮脂溢出部位(额头和背部)的细菌多样性较其他部位低,且皮肤潮湿、干燥、脂溢部位之间细菌群落差异较大;而婴儿背部细菌群落与肘窝相似,额头与手背相似。 展开更多
关键词 焦磷酸测序 皮肤细菌 母婴 细菌群落多样性
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基于焦磷酸测序技术的基因编辑位点检测方法的建立
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作者 李葱葱 高越 +6 位作者 沈晓玲 李飞武 赵新 龙丽坤 李亮 王永 兰青阔 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期10-16,共7页
为探索建立基因编辑农产品的检测方法,本研究以猪MSTN基因定点编辑位点为靶标,通过设计PCR-焦磷酸测序引物、优化测序碱基次序、构建标准曲线等步骤,建立基于焦磷酸测序技术的基因编辑产品定性和定量检测方法。结果表明,该方法能够准确... 为探索建立基因编辑农产品的检测方法,本研究以猪MSTN基因定点编辑位点为靶标,通过设计PCR-焦磷酸测序引物、优化测序碱基次序、构建标准曲线等步骤,建立基于焦磷酸测序技术的基因编辑产品定性和定量检测方法。结果表明,该方法能够准确检测出MSTN基因第3外显子的AG缺失位点,具备基因分型定性判定和等位基因频率定量检测的功能,从而准确检测样品是否为MSTN基因编辑猪产品,以及样品基因编辑产品的含量。 展开更多
关键词 基因编辑猪 MSTN基因 焦磷酸测序技术 分子检测 基因分型
结核感染相关差异基因的甲基化芯片筛选及验证
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作者 巫丽娟 辛兆丹 +5 位作者 黄燕春 周汶静 张晶雅 胡雪姣 庄杰 应斌武 《四川大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期234-240,共7页
目的应用甲基化芯片筛选活动性结核患者DNA甲基化水平显著变化的基因。方法①甲基化芯片筛选:纳入9例活动性结核患者、3例潜伏性结核患者和3例健康对照(年龄与性别均匹配),分别提取人全血单个核细胞DNA并进行亚硫酸盐转化,与Illumina HD... 目的应用甲基化芯片筛选活动性结核患者DNA甲基化水平显著变化的基因。方法①甲基化芯片筛选:纳入9例活动性结核患者、3例潜伏性结核患者和3例健康对照(年龄与性别均匹配),分别提取人全血单个核细胞DNA并进行亚硫酸盐转化,与Illumina HD 450K Infinium MehtylationBeadChip芯片杂交,比较3组间甲基化差异基因,进行聚类分析,检测甲基化差异片段(DMRs),对差异基因进行GO和KEGG pathway功能富集分析并与表达芯片进行联合分析,筛选结核感染相关差异基因,用于大样本验证。②大样本验证:收集活动性结核患者与健康对照各60例(年龄与性别均匹配),分别提取人全血DNA并进行亚硫酸盐转化,使用焦磷酸测序方法对甲基化芯片预测出的结核病相关基因(IFNGR2、PTPN6、CRK1、ATP6V0B、WIF1、DKK1和SFRP1)进行甲基化程度检测;RT-PCR方法进行上述基因mRNA表达检测。结果活动性结核患者与健康对照相比,呈现低甲基化改变的片段占绝大部分,大部分的DMRs位于基因主体区域,其次为转录起始位点上游区域,DMRs分布最少的区域为3′UTR区。GO与Pathway功能富集结果显示,甲基化差异基因的功能主要富集在白细胞分化、凋亡、细胞因子调节及炎症反应等与结核病密切相关的生物过程中。待后续验证的7个结核病相关甲基化差异基因IFNGR2、PTPN6、CRK-1、ATP6V0B、WIF1、DKK1和SFRP1包含32个CpG位点,其中,16个CpG位点显示出统计学差异(P<0.05),分布于6个基因:PTPN6、WIF1、CRK1、SFRP1、DKK1、IFNGR2。发生高甲基化的基因为PTPN6,发生低甲基化的基因为WIF1、CRK1、SFRP1、DKK1、IFNGR2。SFRP1和CRK-1基因mRNA表达在活动性结核患者中显著升高。结论在结核感染过程中存在基因组DNA的甲基化状态改变,且以低甲基化变化为主。SFRP1基因和CRK-1基因mRNA在结核组中表达上调。SFRP1和CRK-1在结核病发病过程中的作用不可忽视。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 DNA甲基化 甲基化芯片 焦磷酸测序技术 活动性结核病
焦磷酸测序技术快速检测鉴定临床尿液标本中真菌方法学的建立与应用
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作者 吕江峰 周静 +1 位作者 潘彩霞 任绪义 《中华传染病杂志》 CSCD 2018年第11期669-674,共6页
目的建立一种快速检测鉴定临床尿液标本中常见真菌的方法学体系。方法收集临床尿液样本,提取DNA,利用PCR方法结合焦磷酸测序技术检测真菌的rDNA内转录间隔区,通过序列比对鉴定真菌种属。结果通过PCR-焦磷酸测序与常规培养相比较,1320例... 目的建立一种快速检测鉴定临床尿液标本中常见真菌的方法学体系。方法收集临床尿液样本,提取DNA,利用PCR方法结合焦磷酸测序技术检测真菌的rDNA内转录间隔区,通过序列比对鉴定真菌种属。结果通过PCR-焦磷酸测序与常规培养相比较,1320例临床样本培养阳性180例,阳性率为13.6%,焦磷酸测序鉴定阳性192例,阳性率为14.5%。两种方法检测真菌阳性符合率为100.00%,阴性符合率为98.95%,总体符合率为99.09%,Kappa值为0.963,一致性较好。对13株标准菌株鉴定结果与实际结果相符。结论研究所建立的PCR-焦磷酸测序直接检测临床尿液标本真菌的方法,具有快速、准确性高、重复性好、高度自动化、低成本、高灵敏度、高通量(可一次性检测96个样品)等优点,无需常规培养,能在3h内一次性区分临床常见真菌,可作为一种快速检测鉴定临床标本中真菌的方法。 展开更多
关键词 真菌 DNA 核糖体 内转录间隔区 焦磷酸测序
焦磷酸测序技术快速检测青岛地区耐多药结核分枝杆菌embB基因
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作者 陈晓光 董梅 +4 位作者 滕新栋 姜华 张娟 张瑾 徐颖 《热带医学杂志》 CAS 2018年第3期354-357,361共5页
目的利用焦磷酸测序技术分析青岛地区结核分枝杆菌embB306基因突变规律,评价其作为诊断耐多药结核杆菌分子标记物的临床应用价值。方法随机抽取青岛市疾病预防控制中心提供的结核分枝杆菌临床分离株,包括耐多药株23株,非耐多药株46... 目的利用焦磷酸测序技术分析青岛地区结核分枝杆菌embB306基因突变规律,评价其作为诊断耐多药结核杆菌分子标记物的临床应用价值。方法随机抽取青岛市疾病预防控制中心提供的结核分枝杆菌临床分离株,包括耐多药株23株,非耐多药株46株,对一线4种药(异烟肼、利福平、乙胺丁醇和链霉素)全敏感株20株,共89株组成研究对象,采用焦磷酸测序方法检测结核分枝杆菌embB306基因,以比例法药敏试验为对照方法,对焦磷酸测序方法检测耐多药株进行评价。结果耐多药菌株中embB306突变率为60.9%(14/23),非耐多药组为15.2%(7/46),突变率在耐多药组与非耐多药组间差异有统计学意义(X2=15.09,P〈0.01)(OR=8.67,95%CI:2.38~33.27)。焦磷酸测序技术检测耐多药株与比例法药敏试验检测方法相比,灵敏度为61%,特异度为85%,准确度为77%。将获得焦磷酸测序检测结果的结核分枝杆菌分离株进行DNA直接测序,结果完全一致,符合率达100%。结论青岛地区embB306突变与耐多药具有相关性,在青岛地区焦磷酸测序技术作为结核分枝杆菌耐多药的诊断方法具有较好的临床应用价值。 展开更多
关键词 耐多药结核分枝杆菌 embB306基因突变 焦磷酸测序
Drivers of coastal bacterioplankton community diversity and structure along a nutrient gradient in the East China Sea 预览
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作者 何佳颖 王凯 +4 位作者 熊金波 郭安南 张德民 费岳军 叶仙森 《海洋湖沼学报(英文)》 SCIE CAS CSCD 2018年第2期329-340,共12页
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焦磷酸测序定量检测脑胶质瘤IDHl R132H突变
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作者 柴睿超 刘玉清 +4 位作者 吴凡 曾凡 王军梅 江涛 王永志 《中华神经外科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第7期732-736,共5页
目的建立检测脑胶质瘤患者异柠檬酸脱氢酶1(IDHl)R132H突变的焦磷酸测序方法,并探讨其在临床上的应用性。方法回顾性纳入中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中30例脑胶质瘤患者的临床资料和石蜡包埋样本,其中15例为IDHl R132... 目的建立检测脑胶质瘤患者异柠檬酸脱氢酶1(IDHl)R132H突变的焦磷酸测序方法,并探讨其在临床上的应用性。方法回顾性纳入中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)数据库中30例脑胶质瘤患者的临床资料和石蜡包埋样本,其中15例为IDHl R132H野生型,15例为IDHl R132H突变型。采用焦磷酸测序方法检测样本中IDHlR132H的突变情况,并与免疫组织化学染色结果进行比较分析。结果30例脑胶质瘤患者焦磷酸测序结果显示,IDHI 132位点CAT所占比例为10%~52%,其中15例IDHl R132H野生型样品均〈19%,而其余15例加刖R132H突变型样品均〉27%。免疫组织化学染色结果显示,15例IDHl R132H野生型样品为阴性,其余15例IDHl R132H突变型为阳性,其中8例为阳性,7例为强阳性。相关性分析结果显示,免疫组织化学染色结果为阴性的样本,焦磷酸测序定量检测的IDHl R132H突变比例均〈20%(10%~18%);而免疫组织化学染色结果为阳性的样本,IDHl R132H突变比例均〉20%(28%-52%);两者间的差异有统计学意义(P〈0.05),且不存在重叠区域。结论基于焦磷酸测序平台的检测方法可定量分析脑胶质瘤样本IDHl R132H的突变状态,适合作为临床分子病理学的常规检测。 展开更多
关键词 神经胶质瘤 病理学 分子 突变 异柠檬酸脱氢酶1 焦磷酸测序
挂膜方式对流化床生物滤器启动及细菌群落结构的影响 预览
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作者 张海耿 单建军 +3 位作者 顾川川 管崇武 张宇雷 倪琦 《渔业现代化》 2018年第6期1-6,共6页
为探讨挂膜方式对流化床生物滤器的启动时间及其对微生物群落结构的影响,了解流化床生物滤器的净水机制,并将其应用于中华鲟循环水养殖系统中,研究自然挂膜法和接种微生态制剂2种挂膜法工况下滤器的启动时间,并采用焦磷酸测序方法,分析... 为探讨挂膜方式对流化床生物滤器的启动时间及其对微生物群落结构的影响,了解流化床生物滤器的净水机制,并将其应用于中华鲟循环水养殖系统中,研究自然挂膜法和接种微生态制剂2种挂膜法工况下滤器的启动时间,并采用焦磷酸测序方法,分析不同时期滤器中微生物群落结构的变化。结果显示:采用接种微生态制剂挂膜法滤器启动的时间显著短于采用自然挂膜法。挂膜初期,两种挂膜方式下滤料载体表面微生物种类较少,其优势细菌都是厚壁菌门;生物膜成熟后,采用自然挂膜法的滤器中细菌群落的多样性显著高于采用接种微生态制剂培养法,并且群落结构更加稳定,筛选出的功能性细菌的比例也高于采用接种挂膜方式,如黄杆菌属和紫色非硫细菌等,表明采用自然挂膜法更利于流化床生物滤器的稳定运行。 展开更多
关键词 流化床生物滤器 挂膜方式 细菌群落结构 焦磷酸测序 中华鲟
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甲基化芯片筛选结核感染相关基因及后续验证
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作者 陈豪 张晶雅 +5 位作者 胡雪姣 陆小军 王军 周燕虹 应斌武 周静 《四川大学学报:医学版》 CSCD 北大核心 2018年第5期731-736,775共7页
目的 筛选活动性结核患者DNA甲基化水平显著变化的基因并进行验证。方法 (1)纳入年龄与性别匹配的9例活动性结核患者、3例潜伏性结核患者和3例健康对照,将人血中单个核细胞DNA与芯片杂交,比较结核组与健康组的甲基化差异基因,并对差... 目的 筛选活动性结核患者DNA甲基化水平显著变化的基因并进行验证。方法 (1)纳入年龄与性别匹配的9例活动性结核患者、3例潜伏性结核患者和3例健康对照,将人血中单个核细胞DNA与芯片杂交,比较结核组与健康组的甲基化差异基因,并对差异基因进行GO功能和Pathway功能分析,以及与表达芯片进行联合分析;(2)收集年龄与性别匹配的活动性结核与健康对照各60例,分别提取全血DNA,使用焦磷酸测序方法对甲基化芯片预测出的结核病相关基因(TLR1、TLR2、TLR4)进行甲基化程度检测。结果 (1)活动性结核患者与健康对照对比,大部分呈现甲基化下调状态,GO分析和Pathway分析结果显示,甲基化差异基因的功能主要富集在白细胞分化、凋亡、自噬、细胞因子调节及炎症反应等与结核密切相关的生物过程中;(2)待验证的3个基因TLR1、TLR2、TLR4包含10个CpG位点,其中TLR1基因的CpG1位点(P〈0.001)呈现高甲基化状态,TLR4基因的CpG2位点(P=0.012)呈现低甲基化状态。结论 在结核分枝杆菌感染过程中存在基因组DNA的甲基化状态改变,以低甲基化变化为主。其中TLR1基因呈现高甲基化状态,TLR4呈现低甲基化状态,提示上述基因可能在结核病的发生发展过程中具有一定的作用。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 DNA甲基化 甲基化芯片 焦磷酸测序技术 活动性结核病
海洋沉积物氨氧化菌群落结构的测序分析 预览
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作者 贺惠 陈阳阳 +4 位作者 王勋功 甄毓 米铁柱 于志刚 李迎 《海洋科学》 CSCD 北大核心 2018年第8期22-29,共8页
本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(~491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明,45... 本文以氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)特征基因氨单加氧酶(ammonia monooxygenase,AMO)α亚基基因(amoA)为目标基因(~491bp),分别采用克隆文库、454高通量测序和illumina测序技术对其群落结构进行了比较研究。结果表明,454高通量测序和illumina测序技术得到的菌群多样性及丰富度均高于克隆文库技术。在菌群组成方面,虽然3种测序技术检测到的优势类群均为亚硝化螺菌,但在菌群丰度方面存在差异。3种测序技术中,克隆文库技术在很大程度上可能高估物种丰度,且对部分低丰度类群的检测能力有限;illumina单端测序由于其测序片段较短,可能存在物种注释错误、不能准确区分各物种间序列差异等问题;比较而言,454高通量测序技术能较为全面和准确地反映海洋沉积物中AOB的菌群结构特征。 展开更多
关键词 氨氧化细菌 454高通量测序技术 illumina测序技术 克隆文库 沉积物
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斑点叉尾鮰病毒焦磷酸测序检测方法的建立
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作者 王娜 张旻 +2 位作者 景宏丽 江育林 吴绍强 《畜牧与兽医》 北大核心 2018年第5期89-92,共4页
旨在建立一种基于PCR的焦磷酸测序检测方法,用于斑点叉尾鮰病毒病的快速检测和确诊。针对斑点叉尾鮰病毒(CCV)蛋白激酶(PK)基因的保守区域设计扩增引物与测序引物,经PCR扩增后对PCR产物进行焦磷酸测序,借助测序结果比对确定是否为CC... 旨在建立一种基于PCR的焦磷酸测序检测方法,用于斑点叉尾鮰病毒病的快速检测和确诊。针对斑点叉尾鮰病毒(CCV)蛋白激酶(PK)基因的保守区域设计扩增引物与测序引物,经PCR扩增后对PCR产物进行焦磷酸测序,借助测序结果比对确定是否为CCV核酸序列。通过对反应条件与体系的优化,成功建立了CCV PK基因焦磷酸测序检测方法。结果表明:建立的斑点叉尾鮰病毒焦磷酸测序检测方法扩增基因片段长度为144 bp,能够特异性检测出目的病毒,最低核酸检测限为5×10-6ng/μL,重复测序3次均能准确测出45 bp核酸序列。本研究建立的斑点叉尾鮰病毒焦磷酸测序检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,适合高通量检测且耗时短仅需4 h,为CCV的快速检测提供了一种可行方法。 展开更多
关键词 斑点叉尾鮰病毒 焦磷酸测序 PCR 蛋白激酶基因 检测
长期施肥对砂姜黑土丛枝菌根真菌群落的影响 被引量:3
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作者 马玉颖 张焕朝 +5 位作者 项兴佳 王道中 郭熙盛 郭志彬 孙瑞波 褚海燕 《应用生态学报》 CSCD 北大核心 2018年第10期3398-3406,共9页
在农业生态系统中,丛枝菌根真菌(AM真菌)与很多作物的根系都存在互惠互利的共生关系,与作物的生长和健康密切相关,同时,这类特殊的真菌群落也会受到施肥等农业措施的影响.本研究依托长期定位试验4个试验处理(不施肥、单施化肥、化肥... 在农业生态系统中,丛枝菌根真菌(AM真菌)与很多作物的根系都存在互惠互利的共生关系,与作物的生长和健康密切相关,同时,这类特殊的真菌群落也会受到施肥等农业措施的影响.本研究依托长期定位试验4个试验处理(不施肥、单施化肥、化肥配施秸秆、化肥配施粪肥),研究砂姜黑土AM真菌群落对不同施肥措施的响应及其影响因素,探索不同处理AM真菌指示种的存在.结果表明:砂姜黑土中的主要AM真菌类群为原囊霉科、多孢囊霉科、巨孢囊霉科、近明球囊霉科、球囊霉科和类球囊霉科;其中类球囊霉属在化肥和有机物料配施中具有显著指示作用.与对照相比,长期单施化肥显著改变AM真菌群落结构并降低其多样性,配施秸秆处理进一步降低AM真菌群落多样性,而配施粪肥明显缓解因施用化肥而造成的多样性减少现象.检验发现,导致AM真菌群落变化最主要的影响因素是土壤pH和可溶性碳.总之,长期不同有机物料和化肥配施对砂姜黑土AM真菌群落结构和多样性会产生不同影响,其中化肥配施粪肥更有利于土壤AM真菌群落多样性的维持. 展开更多
关键词 砂姜黑土 施肥管理 有机物料 丛枝菌根真菌群落 高通量测序
焦磷酸测序鉴定建泽泻方法的建立 预览
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作者 卢雪花 孙凤灵 +4 位作者 李丽莎 徐小妹 张亚敏 徐榕青 林文津 《中国民族民间医药杂志》 2018年第16期26-28,共3页
目的:建立一种基于内部转录间隔区2(ITS2)序列突变位点鉴别建泽泻的焦磷酸测序方法。方法:分别提取建泽泻与川泽泻的须根、叶片、叶柄DNA,采用焦磷酸测序方法进行分析鉴定,并通过毛细管电泳测序验证方法的正确性。结果:建立了一... 目的:建立一种基于内部转录间隔区2(ITS2)序列突变位点鉴别建泽泻的焦磷酸测序方法。方法:分别提取建泽泻与川泽泻的须根、叶片、叶柄DNA,采用焦磷酸测序方法进行分析鉴定,并通过毛细管电泳测序验证方法的正确性。结果:建立了一种基于ITS 2序列焦磷酸测序鉴定方法,经毛细管电泳测序验证结果准确可靠。建泽泻ITS 2序列中的突变位点A—T的突变频率均不小于83%。结论:焦磷酸测序方法可以准确鉴定不同基源的泽泻物种。 展开更多
关键词 焦磷酸测序 建泽泻 鉴定 ITS 2
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