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大豆高密度SNP标记遗传图谱构建方法的比较 预览 被引量:2
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作者 谭瑞娟 文自翔 +5 位作者 顾翠华 王德春 宋启建 PERRY Cregan 邢小萍 李洪连 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期671-676,共6页
以对大豆猝死病抗性不同的大豆品系U01-390489×E07080所衍生的F4:5代96个家系的C2连锁群上50个多态性SNP标记位点为基础数据,对比分析了利用Joinmap4.0及Icimapping2个软件不同计算方法所构建的遗传图谱的异同及优劣.结果表明... 以对大豆猝死病抗性不同的大豆品系U01-390489×E07080所衍生的F4:5代96个家系的C2连锁群上50个多态性SNP标记位点为基础数据,对比分析了利用Joinmap4.0及Icimapping2个软件不同计算方法所构建的遗传图谱的异同及优劣.结果表明,Icimapping构建的图谱长度较Joinmap4.0所建图谱短,Ieimapping包含的几种算法构建的图谱长度相近,Joinmap中Regression的计算方法所构建的遗传图谱与soybase上的一致图谱长度最为接近,Maximum Likelihood算法得出的图谱长度与Fixed Order算法图谱长度相近.Icimapping的构建的图谱中,较多的标记聚集于同一位点,其中的几种算法相近.Joinmap中regression算法的图谱结果乱序标记较多,Maximum Likelihood构建的图谱乱序标记较少,与Fixed Order的结果更为接近.研究结果表明,Joinmap的Maxi-mum Likelihood算法更适合于高密度的SNP标记的图谱构建. 展开更多
关键词 大豆 单核苷酸多态性 大豆遗传连锁图谱 算法
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