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Target binding and residence:a new determinant of DNA double-strand break repair pathway choice in CRISPR/Cas9 genome editing 认领
1
作者 Yili FENG Sicheng LIU +1 位作者 Ruodan CHEN Anyong XIE 《浙江大学学报:B卷英文版》 SCIE CAS 2021年第1期73-86,共14页
The clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR)/CRISPR-associated protein 9(Cas9)is widely used for targeted genomic and epigenomic modifications and imaging in cells and organisms,and holds trem... The clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR)/CRISPR-associated protein 9(Cas9)is widely used for targeted genomic and epigenomic modifications and imaging in cells and organisms,and holds tremendous promise in clinical applications.The efficiency and accuracy of the technology are partly determined by the target binding affinity and residence time of Cas9-single-guide RNA(sgRNA)at a given site.However,little attention has been paid to the effect of target binding affinity and residence duration on the repair of Cas9-induced DNA double-strand breaks(DSBs).We propose that the choice of DSB repair pathway may be altered by variation in the binding affinity and residence duration of Cas9-sgRNA at the cleaved target,contributing to significantly heterogeneous mutations in CRISPR/Cas9 genome editing.Here,we discuss the effect of Cas9-sgRNA target binding and residence on the choice of DSB repair pathway in CRISPR/Cas9 genome editing,and the opportunity this presents to optimize Cas9-based technology. 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9 genome editing Double-strand break(DSB)repair pathway choice Target binding affinity Target residence
口腔鳞状细胞癌干细胞的治疗靶点及应用前景 认领
2
作者 廖成成 安家兴 +2 位作者 谭张雪 王倩 刘建国 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第7期1096-1103,共8页
背景:肿瘤干细胞是肿瘤细胞中数量较少的一类细胞,具有自我更新和分化为不同类型肿瘤细胞的能力。口腔鳞状细胞癌干细胞具有高度的致瘤性,并在肿瘤分化、治疗抵抗、复发和转移中发挥作用,同时肿瘤干细胞与正常干细胞具有极大的相似性,... 背景:肿瘤干细胞是肿瘤细胞中数量较少的一类细胞,具有自我更新和分化为不同类型肿瘤细胞的能力。口腔鳞状细胞癌干细胞具有高度的致瘤性,并在肿瘤分化、治疗抵抗、复发和转移中发挥作用,同时肿瘤干细胞与正常干细胞具有极大的相似性,因此有必要建立有效、准确的肿瘤干细胞鉴定方法,设计对应的靶向治疗策略,这有助于口腔鳞状细胞癌患者的预后。目的:总结目前文献中用于鉴定、分离口腔鳞状细胞癌干细胞的方法,分析针对口腔鳞状细胞癌干细胞进行治疗的潜在靶点,并总结这些潜在靶点的研究进展。方法:运用计算机检索中国期刊全文数据库和PubMed数据库,纳入建库以来至2020年发表的相关文献。检索英文关键词为“oral squamous cell carcinoma,OSCC,cancer stem cells,HNSCC,head and neck squamous carcinoma cell”,中文检索词为“口腔鳞状细胞癌干细胞,口腔鳞状细胞癌,肿瘤干细胞,头颈部鳞状细胞癌”。对检索结果进行系统的归纳、总结和分析,并排除相关性低、重复文献和陈旧文献。结果与结论:靶向干预口腔鳞状细胞癌干细胞具有重要的临床意义。CD44、CD133和ALDH是目前最合适的鉴别、分离口腔鳞状细胞癌干细胞的生物标记物,与Oct3/4、Nanog、Sox2、Bmi1、EGFR信号通路、SHH信号通路、Notch信号通路、Wnt信号通路、Let-7家族、MicroRNA-200家族和天然化合物一起作为靶向治疗口腔鳞状细胞癌的潜在靶点。 展开更多
关键词 干细胞 口腔 鳞状细胞癌干细胞 标记物 通路 RNA 靶点 综述
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黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎网络药理学及分子对接技术分析 认领
3
作者 韩杰 章晓云 +5 位作者 陈日兰 张驰 廖子龙 陈跃平 陈锋 廖建钊 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第14期2224-2230,共7页
背景:研究证明,黄芪桂枝五物汤可通过抑制血管新生减少软骨损伤,促进软骨修复,延缓病情发展,但其作用机制尚不明确。目的:采用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的分子机制。方法:通过TCMSP数据库筛选黄芪桂... 背景:研究证明,黄芪桂枝五物汤可通过抑制血管新生减少软骨损伤,促进软骨修复,延缓病情发展,但其作用机制尚不明确。目的:采用网络药理学方法及分子对接技术探讨黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的分子机制。方法:通过TCMSP数据库筛选黄芪桂枝五物汤的活性成分及对应靶点,同时检索OMIM、GeneCards、TTD数据库获取治疗骨关节炎的相关靶点,然后将药物预测靶点与疾病靶点进行交集得到黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的靶点。接着,利用STRING数据库结合Cytoscape软件构建黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的"单味药-活性成分-作用靶点"网络和蛋白质相互作用网络,并使用David数据库对黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,最后运用PyMOL等软件对黄芪桂枝五物汤的关键活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果与结论:①筛选得到63个黄芪桂枝五物汤的化合物和217个相关靶点,与治疗骨关节炎的靶点取交集后得到130个黄芪桂枝五物汤治疗骨关节炎的靶点,主要涉及AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路、核因子κB信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素17信号通路等,可能通过对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应、对营养水平的反应、氧化应激反应等功能发挥治疗骨关节炎的作用;②蛋白互作分析提示JUN、AKT1、HSP90AA1、血管内皮生长因子A、白细胞介素6为蛋白互作网络中的核心靶点,共实现了5个关键活性成分与5个关键靶点的分子对接;③结果说明,黄芪桂枝五物汤通过多成分、多靶点、多通路调控的特点发挥治疗骨关节炎的作用。 展开更多
关键词 骨关节炎 网络药理学 靶点 分子对接 黄芪 桂枝 蛋白 因子
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补肾活血汤治疗股骨头坏死的分子靶点及机制:网络药理学及蛋白模块分析 认领
4
作者 刘源 刘金豹 +2 位作者 许波 张敬周 李刚 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第17期2703-2710,共8页
背景:有研究表明补肾活血汤在治疗股骨头坏死方面有着非常积极的作用,但复方中所含化学成分较为复杂,且在分子水平上治疗股骨头坏死的作用机制及其药理机制尚不明确,因此借助网络药理学和蛋白模块分析从分子靶点水平来阐释补肾活血汤治... 背景:有研究表明补肾活血汤在治疗股骨头坏死方面有着非常积极的作用,但复方中所含化学成分较为复杂,且在分子水平上治疗股骨头坏死的作用机制及其药理机制尚不明确,因此借助网络药理学和蛋白模块分析从分子靶点水平来阐释补肾活血汤治疗股骨头坏死的潜在活性成分及作用机制,为后期新药研发及更好应用于临床提供一定理论依据。目的:通过网络药理学及蛋白模块分析探究补肾活血汤治疗股骨头坏死的分子靶点及机制。方法:借助TCMSP和TCMID数据库检索补肾活血汤中红花、当归、肉苁蓉、山茱萸、枸杞子、菟丝子、熟地黄、杜仲、没药、独活和补骨脂中含有的化合物及其作用靶点;通过GeneCards和CTD数据库预测股骨头坏死的相关靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-归经-化合物-靶点网路,STRING数据库进行蛋白互作网络的构建与分析,Metascape数据库分析关键蛋白模块;利用DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果与结论:①筛选得到补肾活血汤共167个药效成分和151个作用靶点,关键靶点包括过氧化物酶体增殖物激活受体、血管内皮生长因子A、肿瘤坏死因子和表皮生长因子受体等;②股骨头坏死相关靶点8817个;③蛋白互作核心网络共128个蛋白,分析得到5个蛋白模块;④获得289个GO生物过程,KEGG通路富集筛选得到110条相关信号通路,通路类型包括雌激素、磷酸肌醇-3激酶/蛋白激酶、环磷酸腺苷、Wnt信号、肿瘤坏死因子和丝裂原活化蛋白激酶等,这些通路均与股骨头坏死的发生发展相关;⑤结果证实,补肾活血汤可能通过调节细胞代谢、增殖与凋亡、脂代谢及促进血管生成等多种途径达到治疗股骨头坏死的目的,是多成分、多靶点和多通路相互作用的结果。 展开更多
关键词 骨 股骨 中医药 网络药理学 蛋白 因子 靶点 通路 机制
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牛膝治疗腰椎间盘突出症潜在作用机制的网络药理学分析 认领
5
作者 侯宇龙 王晶石 王旭凯 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第17期2734-2739,共6页
背景:现代药理学研究表明牛膝在治疗腰椎间盘突出症中发挥着良好作用。由于牛膝所含化学成分复杂,并且在分子层面上治疗腰椎间盘突出症的机制尚不明确。网络药理学作为新兴科学,能够直观地阐明中药对疾病多分子、多靶点、多通路的分子机... 背景:现代药理学研究表明牛膝在治疗腰椎间盘突出症中发挥着良好作用。由于牛膝所含化学成分复杂,并且在分子层面上治疗腰椎间盘突出症的机制尚不明确。网络药理学作为新兴科学,能够直观地阐明中药对疾病多分子、多靶点、多通路的分子机制,可为后期药物研发及疾病治疗提供一定理论依据。目的:运用网络药理学预测牛膝治疗腰椎间盘突出症的有效成分及作用靶点,探讨其"多成分、多靶点、多途径"的潜在作用机制。方法:从TCMSP数据库中筛选出牛膝的有效成分及作用靶点,通过GeneCard数据库和OMIM数据库筛选LDH的预测靶点,并取中药与疾病的交集靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建"中药-成分-疾病-靶点"的调控网络,通过STRING数据库构建蛋白质相互作用网络(PPI),筛选核心靶点;利用Bioconductor中的R包对中药与疾病交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路注释分析。结果与结论:预测得到牛膝治疗腰椎间盘突出症的有效成分11个和有效靶点21个,其中IL-6、EGFR、VEGFA、CCND1、MAPK8等靶点基因可能起着关键性的作用,并推断其作用机制可能与KSHN信号通路、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、胰腺癌信号通路、TNF信号通路等有关。通过预测结果认为,牛膝对腰椎间盘突出症的作用机制可能是槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等活性成分通过PI3K/Akt、TNF、JAKSTAT和VEGF等信号通路对IL-6、EGFR、VEGFA、CCND1、MAPK8等相关靶点发挥抗细胞分化和凋亡、抗氧化应激、减少炎症反应和促进代谢等作用。研究可为后续的相关临床试验提供理论依据和方向。 展开更多
关键词 牛膝 骨 腰椎间盘 椎间盘突出 网络药理学 有效成分 靶点
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基于生物信息学构建骨肉瘤miRNA-mRNA的调控网络 认领
6
作者 袁长深 容伟明 +3 位作者 卢智贤 段戡 郭锦荣 梅其杰 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第17期2740-2746,共7页
背景:骨肉瘤是常见的原发性恶性肿瘤,其极易转移及预后较差;miRNA调控基因的表达参与骨肉瘤的发生与发展,但其潜在的miRNA-mRNA调控网络尚未全面建立。目的:通过生物学分析方法,构建骨肉瘤发病机制中潜在miRNA-mRNA调控网络,以便更全面... 背景:骨肉瘤是常见的原发性恶性肿瘤,其极易转移及预后较差;miRNA调控基因的表达参与骨肉瘤的发生与发展,但其潜在的miRNA-mRNA调控网络尚未全面建立。目的:通过生物学分析方法,构建骨肉瘤发病机制中潜在miRNA-mRNA调控网络,以便更全面地阐明骨肉瘤的发病机制。方法:从GEO数据库获取miRNA微阵列数据集(GSE65071),利用GEO2R对20个骨肉瘤血浆样本和15个健康者血浆样本的数据进行差异表达分析,筛选出在骨中有靶向基因的差异表达miRNA,并预测差异表达miRNA潜在转录因子。同时,从GEO数据库获得GSE16088数据集并在线分析获取差异表达基因,将靶基因与差异表达基因交集获得目标基因。最后,对目标基因进行GO注释和KEGG通路富集分析,构建PPI网络和筛选出关键基因,进一步评估关键基因的表达。结果与结论:共筛选出8个上调差异表达miRNA和14个下调差异表达miRNA,其主要转录因子有EGR1、POU2F1、SP1、SP4、NFIC、LHX3。22个差异表达miRNA靶基因与差异表达基因交集共获得110个目标基因。KEGG途径分析显示目标基因主要涉及细胞衰老、Apelin信号通路和癌症中的蛋白聚糖等途径。PPI网络分析显示CCNB1、AURKA、CD44较为重要。结果显示,通过构建骨肉瘤发病相关潜在miRNA-mRNA调控网络,为深入研究骨肉瘤分子机制提供理论基础,也为开发新的治疗靶标提供科学依据。 展开更多
关键词 骨 骨肉瘤 生物学分析 RNA MIRNA MRNA 基因 蛋白 靶向
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金属铋靶件制备研究 认领
7
作者 杨红伟 向学琴 +2 位作者 胡连生 马俊平 刘路 《同位素》 CAS 2021年第1期66-70,I0005,共6页
采用高温化学萃取法可以从反应堆辐照后的金属铋(^209Bi)中分离^210Po。设计了两种规格的金属铋靶件,用MCNP程序模拟靶件在中国先进研究堆(CARR)中的中子注量率及核发热情况,对两种靶件的传热进行计算。用氩弧焊对金属铋靶件进行焊接,... 采用高温化学萃取法可以从反应堆辐照后的金属铋(^209Bi)中分离^210Po。设计了两种规格的金属铋靶件,用MCNP程序模拟靶件在中国先进研究堆(CARR)中的中子注量率及核发热情况,对两种靶件的传热进行计算。用氩弧焊对金属铋靶件进行焊接,对焊接后的靶件进行密封性检查。结果表明:两种靶件在CARR反应堆中满功率60 MW运行时中子注量率最大为5.21×10^14 n/cm^2·s,靶件总发热量分别为1707 W和2220 W,经传热计算后靶件中心温度分别为163.5℃和191.8℃,低于金属铋的熔点(271.3℃)。焊接后的靶件经密封性检查,泄漏率小于3.2×10^-9 Pa·m^3/s,金属铋靶件可用于CARR反应堆辐照制备^210Po核素。 展开更多
关键词 铋 ^210PO 靶件 制备
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The role of peptidase neurolysin in neuroprotection and neural repair after stroke 认领 被引量：1
8
作者 Vardan T.Karamyan 《中国神经再生研究:英文版》 SCIE CAS 2021年第1期21-25,共5页
Current experimental stroke research has evolved to focus on detailed understanding of the brain’s self-protective and restorative mechanisms,and harness this knowledge for development of new therapies.In this contex... Current experimental stroke research has evolved to focus on detailed understanding of the brain’s self-protective and restorative mechanisms,and harness this knowledge for development of new therapies.In this context,the role of peptidases and neuropeptides is of growing interest.In this focused review,peptidase neurolysin(Nln)and its extracellular peptide substrates are briefly discussed in relation to pathophysiology of ischemic stroke.Upregulation of Nln following stroke is viewed as a compensatory cerebroprotective mechanism in the acute phase of stroke,because the main neuropeptides inactivated by Nln are neuro/cerebrotoxic(bradykinin,substance P,neurotensin,angiotensin II,hemopressin),whereas the peptides generated by Nln are neuro/cerebroprotective(angiotensin-(1–7),Leu-/Met-enkephalins).This notion is confirmed by experimental studies documenting aggravation of stroke outcomes in mice after inhibition of Nln following stroke,and dramatic improvement of stroke outcomes in mice overexpressing Nln in the brain.The role of Nln in the(sub)chronic phase of stroke is less clear and it is likely,that this peptidase does not have a major role in neural repair mechanisms.This is because,the substrates of Nln are less uniform in modulating neurorestorative mechanisms in one direction,some appearing to have neural repair enhancing/stimulating potential,whereas others doing the opposite.Future studies focusing on the role of Nln in pathophysiology of stroke should determine its potential as a cerebroprotective target for stroke therapy,because its unique ability to modulate multiple neuropeptide systems critically involved in brain injury mechanisms is likely advantageous over modulation of one pathogenic pathway for stroke pharmacotherapy. 展开更多
关键词 compensatory cerebroprotection drug target endogenous neuroprotective mechanism NEUROPEPTIDE neurorestoration PEPTIDASE
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基于网络药理学探讨龟鹿二仙胶治疗骨关节炎的作用及机制 认领
9
作者 耿秋东 葛海雅 +1 位作者 王和鸣 李楠 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第8期1229-1236,共8页
背景:临床研究表明龟鹿二仙胶治疗骨关节炎效果显著,但其药理机制尚不明确。目的:文章运用网络药理学研究方法,分析龟鹿二仙胶治疗骨关节炎的潜在靶点、作用网络及潜在机制。方法:文章借助TCMSP,BATMAN-TCM和TCMID数据库获取龟鹿二仙胶... 背景:临床研究表明龟鹿二仙胶治疗骨关节炎效果显著,但其药理机制尚不明确。目的:文章运用网络药理学研究方法,分析龟鹿二仙胶治疗骨关节炎的潜在靶点、作用网络及潜在机制。方法:文章借助TCMSP,BATMAN-TCM和TCMID数据库获取龟鹿二仙胶的化学成分及对应靶点,OMIM,Gene Cards和Drug Bank数据库检索骨关节炎的已知疾病靶点;运用Perl语言将药物活性成分靶点与疾病靶点相映射得到龟鹿二仙胶治疗骨关节炎的作用靶点,运用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-化合物-靶点”作用网络,运用STRING软件构建蛋白相互作用(PPI)网络,对所得PPI网络进行拓扑分析,筛选发挥治疗作用的关键成分与关键靶点;运用R语言对关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析获知其潜在作用机制,构建龟鹿二仙胶“通路-靶点”,获知主要作用通路与靶点之间的关系。结果与结论:①文章预测得到龟鹿二仙胶治疗骨关节炎的有效成分69个,靶点201个,关键成分有槲皮素、山奈酚及β-谷甾醇等6个,关键靶点有白细胞介素6、丝裂原活化蛋白激酶1和含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3等20个;②GO和KEGG分析结果显示,龟鹿二仙胶通过以上关键靶点,影响丝裂原活化蛋白激酶信号通路、白细胞介素17信号通路和肿瘤坏死因子信号通路等13个主要通路,集中于调控炎症、软骨代谢、细胞凋亡与增殖等功能来发挥防治骨关节炎的作用;③结果证实,以上关键靶点和通路构建了龟鹿二仙胶防治骨关节炎的作用网络,其多成分-多靶点-多途径的治疗特点为龟鹿二仙胶进一步的基础研究以及临床应用提供了新的思路与线索。 展开更多
关键词 骨 关节 软骨 网络药理学 生物信息学 靶点 成分 途径 代谢 细胞凋亡 炎症 中医药
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肾移植患者血清中长链非编码RNA PGM5-AS1表达及调控人肾小球内皮细胞的作用 认领
10
作者 蒋欣 乔良伟 +3 位作者 孙东 李明 房军 曲青山 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第5期741-745,共5页
背景:lnc RNA PGM5-AS1在肾移植急性免疫排斥患者外周血清中表达降低,其表达对肾小球内皮细胞存活和巨噬细胞趋化性的影响还有待研究。目的:探究lnc RNA PGM5-AS1在肾移植急性排斥反应患者和非急性排斥反应患者血清中的表达及其对肾小... 背景:lnc RNA PGM5-AS1在肾移植急性免疫排斥患者外周血清中表达降低,其表达对肾小球内皮细胞存活和巨噬细胞趋化性的影响还有待研究。目的:探究lnc RNA PGM5-AS1在肾移植急性排斥反应患者和非急性排斥反应患者血清中的表达及其对肾小球内皮细胞(HRGEC)增殖、细胞周期、细胞凋亡及巨噬细胞趋化性的影响。方法:①肾移植患者46例,根据术后1个月内发生急性排斥反应与否分为急性排斥反应组(17例)和非急性排斥反应组(29例),术前1 d及术后第1,2,3,4周各抽取外周血,qRT-PCR检测患者血清中PGM5-AS1表达;②将si-control和沉默PGM5-AS1(si-PGM5-AS1)转染至人肾小球内皮细胞(HRGEC细胞),以空白组为对照;qPCR检测转染后细胞中PGM5-AS1表达;MTT检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞凋亡和细胞周期,ELISA检测细胞炎症因子分泌,Transwell检测巨噬细胞趋化性。研究方案经郑州人民医院伦理学委员会批准,所有患者签署知情同意书。结果与结论:①与非急性排斥反应患者相比,肾移植急性排斥反应患者移植后1,2,3,4周血清中PGM5-AS1表达降低(P<0.05);②沉默PGM5-AS1后HRGEC细胞中PGM5-AS1表达低于抑制si-control组和空白组(F=379.658,P<0.05);③MTT结果显示,沉默PGM5-AS1可显著抑制HRGEC细胞增殖(P<0.05);④流式细胞术检测显示,沉默PGM5-AS1诱导HRGEC细胞阻滞在G0/G1期和增加细胞凋亡(P<0.05);⑤ELISA结果显示,沉默PGM5-AS1抑制白细胞介素13表达,增加白细胞介素6、γ干扰素和肿瘤坏死因子α表达(P<0.05);⑥Transwell检测显示,沉默PGM5-AS1的HRGEC细胞增加巨噬细胞的趋化性(P<0.05);⑦结果说明,PGM5-AS1在肾移植急性排斥反应患者血清中低表达,抑制PGM5-AS1能够促进HRGEC细胞损伤,可作为早期急性排斥反应的外周血诊断标志物,并可能成为治疗急性排斥反应的分子靶点。 展开更多
关键词 肾 肾移植 急性排斥反应 长链非编码RNA 肾小球内皮细胞 细胞周期 靶点 标志物
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Network pharmacology-based analysis of effective components and mechanism of Rhizoma coptidis in treating diabetes 认领
11
作者 Qian-Qian Zeng Jia-Wei Cai +3 位作者 Yue Xu Lin Li Qiu Chen Ren-Song Yue 《亚太热带生物医学杂志:英文版》 SCIE CAS 2021年第1期29-39,共11页
Objective:To identify the active ingredients,potential targets,and mechanism of Rhizoma coptidis by bioinformatics method,and to explore the hypoglycemic effect of Rhizoma coptidis by in vitro experiments.Methods:The ... Objective:To identify the active ingredients,potential targets,and mechanism of Rhizoma coptidis by bioinformatics method,and to explore the hypoglycemic effect of Rhizoma coptidis by in vitro experiments.Methods:The chemical components of Rhizoma coptidis were collected through database search,and oral bioavailability and drug-likeness were used for preliminary screening.The targets of Rhizoma coptidis and diabetes-related targets were collected by database retrieval and reverse docking techniques,and the biological process of cross-set proteins was analyzed.The inhibitory effects of Rhizoma coptidis onα-glucosidase,α-amylase activity,and advanced glycation end products(AGEs)were determined via in vitro experiments.In addition,the effects of Rhizoma coptidis on preadipocyte differentiation,absorption of glucose by adipocytes,and the level of intracellular triglyceride were investigated using the adipocyte differentiation model.Results:There were 11 potentially active ingredients in Rhizoma coptidis.IL-6,caspase-3,epidermal growth factor receptor(EGFR),MYC,and estrogen receptor 1 were considered as the key genes.The bioinformatics analysis showed that Rhizoma coptidis played an antidiabetic role mainly via biological processes and signaling pathways including hormone receptor activity,glutathione binding,steroid binding,etc.In vitro experiments showed that the extract of Rhizoma coptidis inhibited the activities ofα-glucosidase andα-amylase,and the generation of AGEs;meanwhile,the extract promoted the absorption of glucose by adipocytes.In addition,the extract of Rhizoma coptidis decreased triglyceride level.Conclusions:Our network pharmacology and in vitro experiments demonstrate the anti-diabetic effects and possible underlying mechanisms of Rhizoma coptidis extract. 展开更多
关键词 Rhizoma coptidis DIABETES Network pharmacology TARGET Traditional Chinese medicine
黄精干预2型糖尿病的网络药理学研究 认领
12
作者 王颖 张愿 +3 位作者 袁海泼 刘娟 彭腾 龚光明 《河南中医》 2021年第1期127-130,共4页
目的:利用网络药理学的方法探讨黄精对2型糖尿病干预的潜在靶点。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出黄精活性成分及潜在靶点,然后通过Gene Gards、OMIM两大数据库筛选与2型糖尿病有关的基因靶点,运用软件Cytoscape... 目的:利用网络药理学的方法探讨黄精对2型糖尿病干预的潜在靶点。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出黄精活性成分及潜在靶点,然后通过Gene Gards、OMIM两大数据库筛选与2型糖尿病有关的基因靶点,运用软件Cytoscape和String绘制药物-成分-靶点疾病及蛋白互相作用的网络图,利用网络拓扑分析黄精干预2型糖尿病的作用靶点,采用GO功能富集分析及KEGG通路富集分析黄精治疗2型糖尿病可能起效应的通路。结果:筛选出黄精12个药效活性成分和515个潜在作用的靶点。两大疾病基因库筛选出与2型糖尿病相关的靶点共13181个。利用网络拓扑分析最终筛选出药物和疾病共有64个靶点。GO功能富集分析得出黄精干预2型糖尿病的核心靶点主要被富集在87个信号通路,参与了细胞的代谢、增殖、信号转导、氧化应激、蛋白水解、受体激活等生物学过程;KEGG通路富集分析显示共富集在105条通路,参与癌症通路、细胞凋亡、糖尿病及并发症的AGE-RAGE信号通路、胰岛素抵抗等多种信号通路。结论:黄精干预2型糖尿病可能是AKT1、MAPK14、JUN、MTOR等多靶点效应的结果,这为临床使用黄精治疗2型糖尿提供了理论依据,同时为进一步研究作用机制提供了新的方向。 展开更多
关键词 黄精 2型糖尿病 网络药理学 靶点
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淫羊藿治疗类风湿关节炎作用机制的网络药理学分析 认领
13
作者 李倩 吴雍真 +3 位作者 柴艺汇 高洁 管连城 陈云志 《中药新药与临床药理》 CAS 北大核心 2021年第1期79-86,共8页
目的运用网络药理学方法探讨淫羊藿治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库收集淫羊藿的主要活性成分及其作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库获取RA相关疾病靶点。取淫羊藿活性成分靶点与RA... 目的运用网络药理学方法探讨淫羊藿治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库收集淫羊藿的主要活性成分及其作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库获取RA相关疾病靶点。取淫羊藿活性成分靶点与RA疾病靶点的交集基因(共同靶点),作为淫羊藿对RA作用的潜在关键靶点基因。将交集基因上传至String数据库,构建淫羊藿活性成分与RA疾病的共同靶点蛋白互作(PPI)网络,并根据其度值筛选出核心靶点。借助DAVID分析平台对共同靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共获得淫羊藿活性成分23个,共同靶蛋白即关键靶标72个。重要活性成分包括槲皮素(Quercetin)、木犀草素(Luteolin)、山萘酚(Kaempferol)等;核心靶点包括白细胞介素6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)等;KEGG主要通路富集在肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、促乳素(Prolactin)信号通路、甲状腺激素(Thyroid hormone)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。结论淫羊藿可能主要通过多成分、多靶点、多通路,从调节炎症、免疫等多方面发挥对类风湿关节炎的治疗作用。 展开更多
关键词 淫羊藿 类风湿关节炎 网络药理学 信号通路 靶点 炎症 免疫调节
Identification and functional prediction of long intergenic noncoding RNAs in fetal porcine longissimus dorsi muscle 认领
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作者 LI Cen-cen YU Shu-long +6 位作者 REN Hai-feng WU Wei WANG Ya-ling HAN Qiu XU Hai-xia XU Yong-jie ZHANG Peng-peng 《农业科学学报:英文版》 SCIE CAS 2021年第1期201-211,共11页
Pigs are globally farmed animals which provide protein for human consumption in the form of skeletal muscle. To better understand the function of long intergenic noncoding RNAs(linc RNAs) in porcine skeletal muscle gr... Pigs are globally farmed animals which provide protein for human consumption in the form of skeletal muscle. To better understand the function of long intergenic noncoding RNAs(linc RNAs) in porcine skeletal muscle growth and development, we collected RNA-seq data from porcine longissimus dorsi muscle(LDM) during embryonic development. We identified a total of 739 linc RNA transcripts, which were distributed on all chromosomes except the chromosome Y, and analyzed their molecular characteristics. Compared to protein-coding genes, linc RNAs showed shorter transcripts, longer exons, fewer exons and higher tissue specificity. In addition, the abundance of linc RNAs in five embryonic development stages were analyzed and 45 differentially expressed linc RNAs were screened, three of which were highly expressed in LDM during porcine embryonic development. Finally, we predicted the potential target genes and functions of the linc RNAs, and identified 1 537 cis-target genes and 8 571 trans-target genes. Furthermore, we identified two key candidate linc RNAs involved in muscle development, XLOC_024652 and XLOC_001832, for post-trial validation. Our results provide a genome-wide resource of linc RNAs which are potentially involved in porcine embryonic skeletal muscle development and lay a foundation for the further study of their functions. 展开更多
关键词 lincRNAs PIG skeletal muscle EMBRYO potential target genes
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基于网络药理学探讨黄芪-藿香-金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的机制研究 认领
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作者 刘子豪 来晓磊 刘红旭 《环球中医药》 CAS 2021年第2期215-224,共10页
目的通过网络药理学研究探讨黄芪-藿香-金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制。方法应用中药系统药理学数据库及分析平台对黄芪、藿香、金银花的中药活性化合物进行检索、筛选。使用GeneCards数据库筛选新型冠状病毒肺炎疾病... 目的通过网络药理学研究探讨黄芪-藿香-金银花配伍预防新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制。方法应用中药系统药理学数据库及分析平台对黄芪、藿香、金银花的中药活性化合物进行检索、筛选。使用GeneCards数据库筛选新型冠状病毒肺炎疾病有关靶点,使用Cytoscape软件构建化合物-作用靶点网络关系图,应用STRING数据库构建化合物-作用靶点网络和蛋白互作网络,并通过Cytoscape软件实现可视化。运用Bioconductor软件包对作用靶点进行靶点基因本体和基因组数据库通路分析,通过Cytoscape软件构建作用靶点-信号通路网络图实现可视化。结果筛选后获得黄芪-藿香-金银花活性化合物21个,潜在作用靶点181个,与新型冠状病毒肺炎共同靶点42个。化合物中活性前5位的是:槲皮素、山奈酚、木犀草素、尼泊尔鸢尾异黄酮和芒柄花黄素。获得基因本体论生物功能1470条(P<0.05),基因组数据库通路144条(P<0.05),富集于晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(advanced glycosylation end products-receptor of advanced glycosylation end products,AGEs-RAGE)信号通路、甲型流感通路、白介素-17信号通路、人巨细胞病毒感染、肿瘤坏死因子信号通路、美国锥虫病通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染通路、肺结核通路等。靶点-通路网络前5位的靶点是MAPK1、RELA、MAPK8、PRKCB、PRKCA。结论黄芪-藿香-金银花配伍其主要有效活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、尼泊尔鸢尾异黄酮和芒柄花黄素,可能通过作用于MAPK1、RELA、MAPK8、PRKCB、PRKCA等核心靶点,调控AGEs-RAGE信号通路、甲型流感通路、白介素-17信号通路等预防新型冠状病毒肺炎。本研究为中医药防治新冠肺炎提供了有益的思路。 展开更多
关键词 黄芪-藿香-金银花 新型冠状病毒肺炎 网络药理学 作用机制 靶点 槲皮素 山奈酚
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成纤维样滑膜细胞能量代谢异常关键分子在类风湿关节炎中的研究进展 认领
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作者 贾成艳 常艳 魏伟 《中国药理学通报》 CAS 北大核心 2021年第1期17-21,共5页
代谢组学研究显示类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)患者代谢紊乱。然而,与RA相关单个类型细胞的代谢特征却很少被报道。成纤维样滑膜细胞(fibroblast-like synoviocytes,FLS)是关节滑膜处主要的细胞类型,通过侵袭关节软骨,导致关... 代谢组学研究显示类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)患者代谢紊乱。然而,与RA相关单个类型细胞的代谢特征却很少被报道。成纤维样滑膜细胞(fibroblast-like synoviocytes,FLS)是关节滑膜处主要的细胞类型,通过侵袭关节软骨,导致关节破坏。在炎症组织微环境中,RA-FLS葡萄糖、脂质、氨基酸等关键营养素的代谢发生改变,这些代谢变化参与了FLS异常活化和滑膜炎症。该文总结了近年来关于RA-FLS能量代谢异常关键分子的研究进展,为阐明RA病理机制及发现新的药物靶点提供依据。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 成纤维样滑膜细胞 能量代谢 炎症 靶点 治疗
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Targeting the core of neurodegeneration:FoxO,mTOR,and SIRT1 认领
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作者 Kenneth Maiese 《中国神经再生研究:英文版》 SCIE CAS 2021年第3期448-455,共8页
The global increase in lifespan noted not only in developed nations,but also in large developing countries parallels an observed increase in a significant number of noncommunicable diseases,most notable neurodegenerat... The global increase in lifespan noted not only in developed nations,but also in large developing countries parallels an observed increase in a significant number of noncommunicable diseases,most notable neurodegenerative disorders.Neurodegenerative disorders present a number of challenges for treatment options that do not resolve disease progression.Furthermore,it is believed by the year 2030,the services required to treat cognitive disorders in the United States alone will exceed$2 trillion annually.Mammalian forkhead transcription factors,silent mating type information regulation 2 homolog 1(Saccharomyces cerevisiae),the mechanistic target of rapamycin,and the pathways of autophagy and apoptosis offer exciting avenues to address these challenges by focusing upon core cellular mechanisms that may significantly impact nervous system disease.These pathways are intimately linked such as through cell signaling pathways involving protein kinase B and can foster,sometimes in conjunction with trophic factors,enhanced neuronal survival,reduction in toxic intracellular accumulations,and mitochondrial stability.Feedback mechanisms among these pathways also exist that can oversee reparative processes in the nervous system.However,mammalian forkhead transcription factors,silent mating type information regulation 2 homolog 1,mechanistic target of rapamycin,and autophagy can lead to cellular demise under some scenarios that may be dependent upon the precise cellular environment,warranting future studies to effectively translate these core pathways into successful clinical treatment strategies for neurodegenerative disorders. 展开更多
关键词 Alzheimer's disease apoptosis autophagy ERYTHROPOIETIN FORKHEAD FOXO mechanistic target of rapamycin silent mating type information regulation 2 homolog 1
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橘皮汤降逆止呕作用机制的网络药理学分析 认领
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作者 马颖 陈琛 +3 位作者 郑雅 刘志强 易增兴 王博龙 《中药新药与临床药理》 CAS 北大核心 2021年第2期226-233,共8页
目的基于网络药理学研究橘皮汤治疗呕吐的作用机制。方法利用TCMSP数据库、DTPS靶点预测系统,以及Genecard、DisGeNET、TTD疾病数据库,筛选橘皮汤治疗呕吐的活性成分及其靶点,并借助Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点网络;应用STRIN... 目的基于网络药理学研究橘皮汤治疗呕吐的作用机制。方法利用TCMSP数据库、DTPS靶点预测系统,以及Genecard、DisGeNET、TTD疾病数据库,筛选橘皮汤治疗呕吐的活性成分及其靶点,并借助Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点网络;应用STRING平台构建靶蛋白相互作用(PPI)网络;通过BioGPS数据库对潜在靶点进行组织器官定位分析;利用DAVID平台和Omicshare数据库对潜在靶点进行GO富集分析和KEGG富集分析。结果共获得橙皮素、川陈皮素、柠檬烯、辛弗林、6-姜酚、姜烯、姜酮等24个橘皮汤活性成分,以及5-羟色胺受体、胆碱能受体、组胺受体、多巴胺受体、GABA受体等158个止呕靶点;涉及神经元的组成、神经元投射、原生质膜的组成、突触膜、突触膜固有成分、突触后膜固有成分等生物过程及细胞组成;主要调控多巴胺能神经突触、5-羟色胺能神经突触、胆碱能突触、GABA能神经突触等信号通路。结论橘皮汤能够多成分、多靶点、多器官、多通路降逆止呕,从对症和对因两个方面协同作用。 展开更多
关键词 橘皮汤 降逆止呕 靶点 蛋白互作 信号通路 网络药理学
整合多组微阵列芯片分析骨关节炎患者滑膜中生物标志物和治疗靶点 认领
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作者 刘金富 曾平 +3 位作者 农焦 范思奇 冯程钦 黄佳兴 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第23期3690-3696,共7页
背景:骨关节炎是老年人中常见的慢性疾病之一,目前还没有有效的治疗方法。目的:鉴定骨关节炎滑膜组织中的差异表达基因和相关信号通路,阐明骨关节炎的发病机制并寻找有效的药物靶点。方法:①从GEO数据库中收集10个相关数据集,包括120个... 背景:骨关节炎是老年人中常见的慢性疾病之一,目前还没有有效的治疗方法。目的:鉴定骨关节炎滑膜组织中的差异表达基因和相关信号通路,阐明骨关节炎的发病机制并寻找有效的药物靶点。方法:①从GEO数据库中收集10个相关数据集,包括120个骨关节炎患者滑膜组织样本和85个正常人滑膜组织样本,鉴定出差异表达基因;②对这些差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,使用Cytoscape软件构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并进行了模块分析,筛选关键基因;③通过Drugbank数据库筛选获准的用于治疗骨关节炎的药物,Drug Gene Interaction数据库挖掘这些药物的靶基因。结果与结论:①文章总共鉴定出25个差异表达基因,包括20个上调的差异表达基因(SPP1、基质金属蛋白酶1及基质金属蛋白酶9等)和5个下调的差异表达基因(APOD、FKBP5及ZBTB16等);②GO功能富集分析结果表明,这些差异表达基因主要参与细胞外基质的代谢(例如胶原分解代谢过程、细胞外基质分解、胶原代谢过程、细胞外结构组织和蛋白质代谢过程);③KEGG富集分析结果表明,差异表达基因主要富集在“白细胞介素17信号通路”和“类风湿关节炎”;④通过Drugbank数据库和Drug Gene Interaction数据库共挖掘出50种获得批准的治疗骨关节炎药物及对应的209个靶基因,SPP1、基质金属蛋白酶1和基质金属蛋白酶9是治疗骨关节炎药物硫酸软骨素、曲安西龙、塞来昔布和葡萄糖胺的靶基因和差异表达基因的交集基因;⑤结果证实,骨关节炎发病可能与滑膜内特异表达的基因诱导细胞外基质的降解有关,SPP1、基质金属蛋白酶1和基质金属蛋白酶9可能是用于治疗骨关节炎的有效分子靶标。 展开更多
关键词 软组织 滑膜 骨关节炎 芯片 基因 信号通路 细胞 靶点
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文章速递SNHG6:一种新的肿瘤标志物和治疗靶点 认领
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作者 吕音霄(综述) 王晓飞 朱晔涵(审校) 《海南医学》 CAS 2021年第3期358-363,共6页
长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸的非编码RNA。某些lncRNA的异常表达在肿瘤的增殖、转移和凋亡中起着非常重要的作用。其中核仁小分子RNA宿主基因6(SNHG6)在多种肿瘤组织中都可检测到异常表达。本文就SNHG6对人类多种... 长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸的非编码RNA。某些lncRNA的异常表达在肿瘤的增殖、转移和凋亡中起着非常重要的作用。其中核仁小分子RNA宿主基因6(SNHG6)在多种肿瘤组织中都可检测到异常表达。本文就SNHG6对人类多种肿瘤的调控作用及分子机制做一综述。 展开更多
关键词 长链非编码RNA 核仁小分子RNA宿主基因6 肿瘤 作用机制 靶点
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