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宜昌地区结核分枝杆菌基因分型与成簇特征分析
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作者 刘晓俊 余枫华 +3 位作者 余云芳 纪律 周攀 赵雁林 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第3期308-314,共7页
目的描述宜昌地区结核分枝杆菌的基因分型及成簇特征,为宜昌地区的结核病防治提供依据。方法搜集宜昌地区2016年12月至2017年5月经基因芯片检测阳性的结核病患者痰标本,接种罗氏培养基进行培养后,得到的367株结核分枝杆菌临床分离株选... 目的描述宜昌地区结核分枝杆菌的基因分型及成簇特征,为宜昌地区的结核病防治提供依据。方法搜集宜昌地区2016年12月至2017年5月经基因芯片检测阳性的结核病患者痰标本,接种罗氏培养基进行培养后,得到的367株结核分枝杆菌临床分离株选择国际通用的24位点结核分枝杆菌散在分布重复单位及可变数目串联重复序列(MIRU-VNTR)进行分子分型,用Hunter-Gaston指数(HGI)和遗传差异值(h)对MIRU位点的分辨率和差异性进行评价;运用BioNumerics5.0软件对VNTR-MIRU结果进行成簇性分析,根据近期传播率公式计算其近期传播率;367株菌株分离来自367例患者,细分为初治患者321例、复治患者46例后分别进行成簇率统计,初复治患者的成簇率比较采用χ2检验,P<0.05为差异有统计学意义。结果367株结核分枝杆菌24位点VNTR-MIRU分型结果显示,其总的分辨率HGI值为0.999,其中遗传多样性最高的位点为QUB11b,其h值为0.79;遗传多样性最低的位点为MIRU24,其h值为0.03。分析时发现基因型呈明显的多态性,总共有324个基因型。成簇性分析发现,其中90株菌株形成39个簇,成簇率为24.52%(90/367),近期传播率为13.90%(51/367);复治患者菌株成簇率为21.74%(10/46),初治患者菌株成簇率为24.92%(80/321),两者成簇率比较,差异无统计学意义(χ2=0.220,P=0.639)。结论宜昌地区的结核分枝杆菌呈现出较高的遗传多样性,近期传播率较低,且成簇率与初复治无关,提示宜昌地区结核分枝杆菌以内燃复发为主,也存在小范围内的流行,在结核防控方面要加以重视。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 基因型 串联重复序列 序列标记位点 聚类分析
黑龙江省五常市结核分枝杆菌基因型及传播特征
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作者 彭英 唐鹭 +5 位作者 裴新发 张学志 林百丰 陈丽 于艳玲 李发滨 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第3期315-321,共7页
目的根据黑龙江省结核分枝杆菌差异区域105(RD105)缺失基因检测与北京基因型菌株的相关性分析,了解黑龙江省五常市结核分枝杆菌基因型特征及传播特征,为该地区控制结核病提供有效的工具。方法对黑龙江省五常市结核病防治(简称“结防”)... 目的根据黑龙江省结核分枝杆菌差异区域105(RD105)缺失基因检测与北京基因型菌株的相关性分析,了解黑龙江省五常市结核分枝杆菌基因型特征及传播特征,为该地区控制结核病提供有效的工具。方法对黑龙江省五常市结核病防治(简称“结防”)所登记并培养阳性的121例肺结核患者的结核分枝杆菌分离株,采用比例法药敏试验检测其耐药性,用RD105缺失基因检测和7个位点可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)进行分子分型,计算耐药率、Hunter-Gaston指数(Hunter-Gaston Index,HGI)、成簇率,分析结核分枝杆菌DNA多态性及北京基因型菌株与耐药的相关性。结果在黑龙江省五常市121株结核分枝杆菌菌株中,通过RD105缺失基因检测,其结果显示有101株为北京基因型菌株,占83.5%.(101/121),其余20株为非北京基因型菌株,占16.5%(20/121)。121株菌株对异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素的耐药率分别为5.8%(7/121)、3.3%(4/121)、5.0%(6/121)、15.7%(19/121);其中北京基因型菌株对上述药物的耐药率分别为5.0%(5/101)、3.0%(3/101)、5.9%(6/101)、17.8%(18/101),非北京基因型菌株对上述药物的耐药率分别为10.0%(2/20)、5.0%(1/20)、5.0%(1/20)、未检出对乙胺丁醇耐药0.0%(0/20)。两者比较差异无统计学意义(χ2=1.090,P=0.296)。121株菌株中耐多药率为2.5%(3/121),其中2株为北京家族基因型,1株为非北京基因型;北京基因型和非北京基因型耐多药率分别为2.0%(2/101)和5.0%(1/20),两者比较差异无统计学意义(χ2=0.531,P=0.460)。进一步使用7位点VNTR分型技术检测,结果显示121株菌株可分为17个基因簇和64个独立的基因型;每个簇包括2~14株临床分离株,最大的簇由14株结核分枝杆菌菌株构成,所占比较高为11.6%(14/121);121株结核分枝杆菌菌株中成簇菌株57株,成簇率为47.1%(57/121)。近期感染率最小估计值为33.1%(40/121)。7位点VNTR检测结果表� 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 序列标记位点 串联重复序列 结核 抗多种药物性 基因型 流行病学研究特征(主题)
低能离子注入介导的异常汉逊酵母菌基因组重复序列的突变研究 预览
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作者 张寒玉 王婷 +4 位作者 唐朝 冯光文 钱卫东 蔡长龙 毛培宏 《新疆大学学报:自然科学版》 2018年第4期479-486,共8页
重复序列是真核生物基因组的重要组成部分,对生物的系统发育与进化、基因表达与调控有重要作用.为了进一步认识低能离子注入对酵母菌基因组结构的辐射效应,在全基因组de novo测序的基础上,本研究利用生物信息学方法,对低能离子注入前后... 重复序列是真核生物基因组的重要组成部分,对生物的系统发育与进化、基因表达与调控有重要作用.为了进一步认识低能离子注入对酵母菌基因组结构的辐射效应,在全基因组de novo测序的基础上,本研究利用生物信息学方法,对低能离子注入前后异常汉逊酵母菌基因组中重复序列的突变特征进行了研究.在串联重复序列方面,离子注入导致异常汉逊酵母菌基因组中微卫星DNA序列和小卫星DNA序列的总长度分别缺失了147bp和5 487bp;多种类型的SSR的重复基序不仅发生了单碱基和多碱基突变,其数量和拷贝数也发生了不同程度的变化,其中优势三碱基重复基序AAC增加了2条,GAG和ATC分别突变为AGG和ATG,四碱基重复基序的GAAT和GTTG分别突变为GTTA和TTCA,五碱基和六碱基重复基序中分别有9种和28种发生了碱基突变;离子注入使高拷贝区的SSR数目增加了1倍,并导致重复单元为47bp和56bp的小卫星DNA序列缺失,同时新增了重复单元为35bp、58bp和59bp的三种小卫星DNA序列.在散在重复序列方面,离子注入导致LTR缺失5条、DNA转座子缺失19个、RC缺失1个,而LINE新增加12条,新增LINE总长度达1 568bp.研究结果为低能离子注入介导的酵母菌基因组突变与进化提供了分子证据,为异常汉逊酵母菌的分子育种和SSR分子标记的开发提供理论基础. 展开更多
关键词 离子注入 异常汉逊酵母菌 基因组 串联重复序列 散在重复序列
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常染色体短串联重复序列基因座复合扩增等位基因丢失现象的研究
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作者 高素青 金士正 +3 位作者 何柳媚 李桢 邓志辉 洪文旭 《国际输血及血液学杂志》 CAS 2018年第5期397-405,共9页
目的探讨常染色体短串联重复序列(STR)基因座复合扩增等位基因丢失现象的特征和原因,以及亲子鉴定中STR基因座等位基因疑似突变的确认策略。方法选择2017年1月至6月,于深圳市血液中心接受三联体亲子鉴定的3个家庭的9例家庭成员为研... 目的探讨常染色体短串联重复序列(STR)基因座复合扩增等位基因丢失现象的特征和原因,以及亲子鉴定中STR基因座等位基因疑似突变的确认策略。方法选择2017年1月至6月,于深圳市血液中心接受三联体亲子鉴定的3个家庭的9例家庭成员为研究对象。研究对象纳入标准:STR基因座等位基因初检结果不符合孟德尔遗传规律,疑为STR基因座等位基因丢失者。采用美国ABI公司生产的GlobalFiler Express试剂盒对受试者血斑片样本的21个常染色体STR基因座等位基因进行分型。采用美国Promega公司生产的PowerPlex 21复合扩增系统对受试者血斑片样本的STR等位基因分型结果进行验证。采用PCR-直接测序(SBT)法,检测受试者DNA样本人类白细胞抗原(HLA) -A/-B/-C/-DR/-DQB1基因座等位基因,并且对受试者HLA基因座单倍型进行分型,作为个体识别的补充验证。本研究所遵循的程序符合2013年修订的《世界医学协会赫尔辛基宣言》,并且与受试者或其监护人签订知情同意书。结果①本研究3个家庭的三联体亲子鉴定中,6例受试者丢失的等位基因分别发生在STR的3个基因座CSF1PO、D1S165和TH01,并且突变步数均不相同。上述丢失的等位基因,既可能为父源性,亦可能为母源性。②家庭1中,对母亲和孩子的CSF1PO基因座等位基因分型的初检结果显示,等位基因均为纯合子;验证结果显示,等位基因均为杂合子;二者的CSF1PO基因座等位基因初检结果均丢失等位基因10。③家庭2中,对父亲和孩子的D1S1656基因座等位基因分型的初检结果显示,等位基因均为纯合子;验证结果显示,等位基因均为杂合子;二者的D1S1656基因座等位基因初检结果均丢失等位基因16。④家庭3中,对母亲和孩子的TH01基因座等位基因分型的初检结果显示,等位基因均为纯合子;验证结果显示,等位基因均为杂 展开更多
关键词 杂合子丢失 等位基因 串联重复序列 HLA抗原 亲子鉴定
微量生物检材定量及分型 预览
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作者 宋立 刘松 +2 位作者 吴卉 方少平 傅燕芳 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第6期656-658,共3页
目的在传统微量生物检材提取方法中,引入荧光定量流程对样品进行初筛,以提高其有效检验。方法将DNA标准品9947A梯度稀释,使用Rotor-Gene Q实时荧光定量分析仪定量,用AmpFlSTR^TM Identifiler^TM Plus PCR扩增试剂盒检测基因型,构建微量... 目的在传统微量生物检材提取方法中,引入荧光定量流程对样品进行初筛,以提高其有效检验。方法将DNA标准品9947A梯度稀释,使用Rotor-Gene Q实时荧光定量分析仪定量,用AmpFlSTR^TM Identifiler^TM Plus PCR扩增试剂盒检测基因型,构建微量生物检材可获得完整STR分型结果的定量阈值模型,并使用903个微量检材验证其可靠性。结果检材质量浓度>0.03 ng/μL可直接获得有效的分型;检材质量浓度>0.01~0.03 ng/μL,可通过优化增加PCR热循环参数(30个循环)获得有效分型;检材质量浓度≤0.01 ng/μL时,即使优化PCR也无法得到有效图谱。结论该实时荧光定量阈值模型可有效对微量生物检材进行初筛。 展开更多
关键词 法医遗传学 串联重复序列 实时荧光定量 微量检材
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串联重复序列在玉米基因组中的特征及分布
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作者 赵志新 高利敏 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第18期5876-5883,共8页
串联重复序列(tandem repeats, TRs)在玉米基因组中广泛存在,对维持染色体结构和调节基因表达起到重要作用。从Phytozome (http://www.phytozome.net/)下载玉米全基因组序列和基因注解(Gene annotation)数据,然后使用串联重复序... 串联重复序列(tandem repeats, TRs)在玉米基因组中广泛存在,对维持染色体结构和调节基因表达起到重要作用。从Phytozome (http://www.phytozome.net/)下载玉米全基因组序列和基因注解(Gene annotation)数据,然后使用串联重复序列分析工具(Phobos)检测TRs的密度变化、模体类型及其在基因内与基因间的位置分布情况。研究表明,5'UTR和启动子中的TRs密度最高,内含子(Intron)和编码区(CDS)中TRs密度相对较低。同时TRs主要分布于CDS两端,这可能与内含子剪接有关;在基因间隔区,串联重复序列的分布明显偏向于靠近基因。本研究对串联重复序列在植物基因组中的特征及作用及有借鉴作用。 展开更多
关键词 串联重复序列 玉米 密度 分布
串联重复序列在高粱基因组中的特征及分布 预览 被引量:1
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作者 赵志新 李春鑫 李雨娇 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第7期33-42,共10页
以高粱全基因组及基因中不同结构区域为研究对象,从Phytozome数据库中下载高粱基因组数据及基因注解数据,利用重复序列分析工具(Phobos v3.3.12),检测串联重复序列在不同区域的密度变化、模体类型及其在基因内与基因间的位置分布情况... 以高粱全基因组及基因中不同结构区域为研究对象,从Phytozome数据库中下载高粱基因组数据及基因注解数据,利用重复序列分析工具(Phobos v3.3.12),检测串联重复序列在不同区域的密度变化、模体类型及其在基因内与基因间的位置分布情况。结果表明,在高粱基因组中5'UTR、UI200、UI500中重复序列密度较高,分别为25 655 bp/Mb、16 761 bp/Mb、10 718 bp/Mb,其余区域密度差别不大,约为6 000 bp/Mb。在基因内及基因间区域中,重复序列模体主要为二碱基和三碱基重复,占到总密度的30%以上;特别在基因编码区(CDS),重复序列模体主要为3的倍数(如三碱基、六碱基等)。并且串联重复序列在基因组中并非随机分布,在基因间隔区,串联重复序列的分布明显靠近基因,这样的分布特征可能与其基因转录调控有关;在内含子(Intron)区域,更多的重复序列分布偏向于内含子两端,这可能与内含子剪切有关。 展开更多
关键词 高粱 基因组 串联重复序列 密度 分布
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STR基因分型在葡萄胎及非葡萄胎妊娠流产诊断中的应用 被引量:2
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作者 郑兴征 秦旭颖 +8 位作者 王鹏 徐飞 马建慧 王喜立 陈素文 冯旺琴 朱力 阴赖宏 吴秉铨 《中华病理学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第8期609-615,共7页
目的基于短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因分型技术在葡萄胎与非葡萄胎妊娠鉴别诊断中的应用,侧重探讨其在非葡萄胎妊娠诊断中的应用价值及非葡萄胎妊娠的组织学特征。方法收集北京妇产医院病理科2015年7月至2017年9月... 目的基于短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因分型技术在葡萄胎与非葡萄胎妊娠鉴别诊断中的应用,侧重探讨其在非葡萄胎妊娠诊断中的应用价值及非葡萄胎妊娠的组织学特征。方法收集北京妇产医院病理科2015年7月至2017年9月临床水肿性流产和/或葡萄胎可疑的流产组织样本656例。应用Simplex OUPTM FFPE DNA组织提取试剂盒提取核酸DNA。基因分型选用PowerPlex 16 HS试剂盒。结果本研究中成功进行STR分析的有649例,包括葡萄胎妊娠215例和非葡萄胎妊娠434例。非葡萄胎妊娠中二倍体流产占大多数(375例,86.4%),各类三体共计53例(12.2%;包括2-、3-、4-、7-、8-、13-、16-、18-和21-三体),双雌单雄三倍体2例(0.5%),包括4例(0.9%)罕见的单亲同二倍体和单亲异二倍体。对组织形态学疑似葡萄胎的196例样本,经过STR分析得以精确诊断并分型。其中,59例葡萄胎低诊断为二倍体流产,28例二倍体流产过诊断为葡萄胎。将各种类型非葡萄胎妊娠的组织形态学特征与部分性葡萄胎对比分析,发现组织学特征基本无差异;此外,p57 kip2蛋白表达在部分性葡萄胎组、三体组及二倍体水肿性流产组中差异无统计学意义(P=0.247)。结论STR分子分型技术解决了非葡萄胎妊娠与早期葡萄胎的鉴别难题,纠正了形态组织学的错误诊断,避免了非葡萄胎妊娠的过诊断问题,并通过分子分型为指导患者的个体化处置方案提供帮助。 展开更多
关键词 串联重复序列 葡萄胎 分子分型 三体性 周期素依赖激酶抑制剂p57
串联重复序列在克莱门柚基因组中的特征研究 预览
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作者 赵志新 张蒙 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第8期1571-1577,共7页
【目的】串联重复序列存在于大多数真核生物基因组中,对于生物基因表达调控具有重要意义。本研究从基因组角度探究串联重复序列在克莱门柚基因不同区域的模体特征,为重复序列在基因调控中的作用提供提供参考。【方法】从Phytozome数据... 【目的】串联重复序列存在于大多数真核生物基因组中,对于生物基因表达调控具有重要意义。本研究从基因组角度探究串联重复序列在克莱门柚基因不同区域的模体特征,为重复序列在基因调控中的作用提供提供参考。【方法】从Phytozome数据库下载克莱门柚全基因组序列和基因注解(geneannotation)数据,然后使用Phobosversion3.3.12软件抓取1~50bp的重复单元,检测分析串联重复序列在基因内和基因间的密度及模体类型特征。【结果】克莱门柚基因组串联重复序列高密度的主要为短序列重复单元(1~7bp),主要重复类别是单碱基、二碱基、六碱基、三碱基、七碱基、四碱基和22碱基等,且以A和T重复为主。克莱门柚基因组中最高和次高的串联重复序列密度在5′UTR和它的直接上游区域,即UI500和UI200;CDS中密度最低,且以3n模体(如3、9、12bp等)为主要的重复单元。【结论】串联重复序列在克莱门柚基因组中的特征,与基因转录、翻译等功能有密切的关系,本研究对串联重复序列在植物基因组中的特征及作用有借鉴作用。 展开更多
关键词 克莱门柚 串联重复序列 密度 基因组
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延边地区朝鲜族15个常染色体STR基因座的遗传多态性 预览
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作者 文香云 徐强 张永吉 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第6期689-691,共3页
短串联重复(short tandem repeat,STR)序列是继限制性片段长度多态性(restriction fragment lengthpolymorphism,RFLP)之后的第二代遗传标记,广泛存在于人类基因组中[1],目前已广泛应用于法医遗传学、法医物证学、人类学等各个领域。本... 短串联重复(short tandem repeat,STR)序列是继限制性片段长度多态性(restriction fragment lengthpolymorphism,RFLP)之后的第二代遗传标记,广泛存在于人类基因组中[1],目前已广泛应用于法医遗传学、法医物证学、人类学等各个领域。本研究采用AmpFlSTR■Identifiler■Plus荧光标记复合扩增系统对吉林省延边地区朝鲜族人群的15个常染色体STR基因座进行多态性检测和基因频率调查,获得的群体遗传学数据可为法医学个体识别、亲子鉴定和遗传学研究提供依据。 展开更多
关键词 法医遗传学 多态现象 遗传 串联重复序列 常染色体 朝鲜族 延边地区
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慢性粒细胞白血病急变前后STR的比较分析
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作者 姚丽娜 顾建文 姚玉华 《医学检验与临床》 2017年第9期44-46,共3页
短串联重复(short tandem repeat,STR)是一类寡核苷酸串联重复序列,由2-6 bp重复单位构成的微卫星DNA, 分布在所有的染色体,对基因的表达调控,维持基因组稳定等方面有重要作用. STR被应用于法医学分析和个体识别、 疾病机理的连锁分... 短串联重复(short tandem repeat,STR)是一类寡核苷酸串联重复序列,由2-6 bp重复单位构成的微卫星DNA, 分布在所有的染色体,对基因的表达调控,维持基因组稳定等方面有重要作用. STR被应用于法医学分析和个体识别、 疾病机理的连锁分析以及肿瘤生物学的研究[1]. 展开更多
关键词 慢性粒细胞白血病 STR 急变 串联重复序列 微卫星DNA 串联重复 法医学分析 肿瘤生物学
Self-assembly and morphological characterization of two-component functional amyloid proteins
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作者 Qi Qi Tian-Xin Zhao +2 位作者 Bo-Lin An Xuan-Yong Liu Chao Zhong 《中国化学快报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2017年第5期1062-1068,共7页
功能淀粉逐渐地作为自我装配的 nanostructures 被使用了构造多功能的 biomaterials。然而,很少被知道了不同方面领域,改变的熔化位置和子单元怎么影响自己组装并且淀粉的纤丝的形态学。这里,我们基于 CsgA 构造了三组二部件的淀粉... 功能淀粉逐渐地作为自我装配的 nanostructures 被使用了构造多功能的 biomaterials。然而,很少被知道了不同方面领域,改变的熔化位置和子单元怎么影响自己组装并且淀粉的纤丝的形态学。这里,我们基于 CsgA 构造了三组二部件的淀粉的蛋白质, Escherichia coli biofilms 的主要蛋白质部件,衔接这些差距。我们证明所有熔化蛋白质有淀粉的特征,由刚果红试金显示了。原子力量显微镜学(AFM ) 确实表明这些熔化蛋白质对有能力进纤丝自我装配,与 0.5-2 的一条平均直径 ? 到几测微计的几百纳米的 nm 和长度。纤丝的直径随熔化域的分子的重量的增加增加,当 recombinant 蛋白质的动态汇编由于熔化域的介绍被推迟时。而且,一样的功能的领域,但是在中间的位置的熔化似乎与在 C 或 N 终点熔化,,的那些相比在纤丝汇编上引起大多数干扰主要短、不规则的纤丝被检测。这现象比为僵硬几丁质绑定领域(CBD ) 为随机卷的贻贝脚蛋白质(Mfps ) 显得更显著。最后,在蛋白质单体的双人脚踏车重复的分子的重量的增加似乎增加结果的纤丝的纤丝直径,但是双人脚踏车的任何一个减小从一~四 CsgA 重复到在 CsgAs 的双人脚踏车重复的数字的一个单个belta表环或增加与 CsgA 控制相比生产了更短、断断续续的纤丝蛋白质。这些研究因此提供卓见进二部件的淀粉的蛋白质自己组装并且为多功能的分子的 biomaterials 的合理设计打基础。 展开更多
关键词 淀粉样蛋白 自组装 双组分 形态学 串联重复序列 合成纤维 重组蛋白质 原子力显微镜
大黑毛肩长蝽(半翅目:异翅亚目:地长蝽科)线粒体基因组及地长蝽科系统发育地位探讨 预览 被引量:1
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作者 郭鹏磊 吴燕卓 +5 位作者 王艳会 吴昊阳 李腾 李俊兰 卜文俊 谢强 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2017年第2期314-331,共18页
为了更加深入地了解地长蝽科的基因组水平特征,测序并分析了大黑毛肩长蝽Neolethaeus assamensis(半翅目:异翅亚目:地长蝽科:毛肩族)的线粒体基因组序列。大黑毛肩长蝽线粒体基因组是双链共价环状DNA分子,长度为17097bp,编码13... 为了更加深入地了解地长蝽科的基因组水平特征,测序并分析了大黑毛肩长蝽Neolethaeus assamensis(半翅目:异翅亚目:地长蝽科:毛肩族)的线粒体基因组序列。大黑毛肩长蝽线粒体基因组是双链共价环状DNA分子,长度为17097bp,编码13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因和2个rRNA基因,基因排列方式同果蝇Drosophilayakuba一致。大黑毛肩长蝽线粒体基因组内存在2个大的非编码区。一个是控制区,另一个是位于ND6和CytB之间的串联重复区域,TRR4.4。控制区内包含7类共9个结构显著的区域,如一个茎环结构,3个非串联的重复序列以及其他5个结构区域。TRR4.4长802bp,包括4个184bp的重复单元和1个66bp的部分重复单元。TRR4.4的重复单元与控制区中TRR2.7的重复单元在长度、方向以及核苷酸组成等方面几乎完全一致。22个tRNA全部能够折叠为典型的三叶草二级结构。16SrRNA二级结构包含6个结构域(结构域Ⅲ在节肢动物中缺失)和44个茎环结构,12SrRNA二级结构包含3个结构域和28个茎环结构。基于蝽次目15个线粒体基因组数据分析得到的系统发育结果,支持地长蝽科位于长蝽总科基部分支的观点。 展开更多
关键词 线粒体基因组 大黑毛肩长蝽 串联重复序列 重组 系统发育
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CRISPR-Cas9系统在细菌学领域内的应用研究进展 预览
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作者 肖婧 张宗德 《结核病与胸部肿瘤》 2017年第2期147-153,共7页
1987年,Ishino等在大肠杆菌中首次发现了一段独特的被非重复序列所间隔的“串联重复序列”。2002年,Jansen等将此特点的序列命名为成簇规律间隔短回文重复序列(clustered regularlyinterspaced short palindromic repeats,CRISPRs)... 1987年,Ishino等在大肠杆菌中首次发现了一段独特的被非重复序列所间隔的“串联重复序列”。2002年,Jansen等将此特点的序列命名为成簇规律间隔短回文重复序列(clustered regularlyinterspaced short palindromic repeats,CRISPRs).2012年,Jinek等首次体外证实CRISPR相关蛋白9(CRISPR-associated protein 9,Cas9)能够切割DNA,使得CRISPR-Cas9基因编辑技术取得了突破性进展。 展开更多
关键词 串联重复序列 细菌学 PROTEIN 应用 系统 大肠杆菌 相关蛋白 DNA
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The role of galectin-4 in physiology and diseases
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作者 Zhan-Qi Cao Xiu-Li Guo 《蛋白质与细胞:英文版》 SCIE CAS CSCD 2016年第5期314-324,共11页
Galectin-4, -galactoside-binding 蛋白质的一个双人脚踏车重复成员,在单个肽链拥有二个糖类识别领域(CRD ) 。这 lectin 主要在肠的道的上皮的房间被表示并且藏匿了到细胞外。二域在氨基酸顺序有 40% 类似,但是对各种各样的 ligan... Galectin-4, -galactoside-binding 蛋白质的一个双人脚踏车重复成员,在单个肽链拥有二个糖类识别领域(CRD ) 。这 lectin 主要在肠的道的上皮的房间被表示并且藏匿了到细胞外。二域在氨基酸顺序有 40% 类似,但是对各种各样的 ligands 显然有约束力。就因为二个领域同时绑在不同 ligands, galectin-4 能在很多生物过程是 crosslinker 和关键管理者。最近的证据证明 galectin-4 在类脂化合物木排稳定起一个重要作用,蛋白质顶端的 trafficking,房间粘附,愈合弯屈的、肠的发炎,肿瘤前进,等等。这篇文章在如此的过程考察 galectin-4 和它的重要角色的生理、病理学的特征。 展开更多
关键词 凝集素 生理 疾病 串联重复序列 氨基酸序列 结合蛋白 半乳糖苷 细胞表达
单胺氧化酶A基因多态性及儿童期虐待经历对青少年女性攻击及冲动行为的影响分析
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作者 张芸 赵晋 +4 位作者 明庆森 马丽荣 王艳芬 胡霞 水晶晶 《中华精神科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期171-174,共4页
单胺氧化酶A (monoamine oxidase A,MAOA)是一种中枢神经系统内调控单胺类神经递质活性的代谢酶.编码单胺氧化酶的基因其启动子上游存在一个由30个碱基组成的单胺氧化酶A串联重复序列(monoamine oxidase A variable nucleotide tande... 单胺氧化酶A (monoamine oxidase A,MAOA)是一种中枢神经系统内调控单胺类神经递质活性的代谢酶.编码单胺氧化酶的基因其启动子上游存在一个由30个碱基组成的单胺氧化酶A串联重复序列(monoamine oxidase A variable nucleotide tandem repeat,MAOA-VNTR).MAOA-VNTR主要有3和4两种重复序列,其中3倍体可编码翻译出低活性的单胺氧化酶,而4倍体编码翻译出的单胺氧化酶活性较高[1].已有研究显示,MAOA基因在调节个体对创伤的敏感性方面起一定作用[2-4]. 展开更多
关键词 单胺氧化酶A 基因多态性 青少年女性 儿童期虐待 冲动行为 串联重复序列 单胺类神经递质 攻击
STR-PCR检测危重新生儿输血相关性移植物抗宿主病 预览 被引量:2
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作者 杨晓宇 李向红 +3 位作者 姜红 陈少恒 刘冬云 张沂洁 《青岛大学医学院学报》 CAS 2016年第4期439-441,445共4页
目的通过DNA微卫星位点多态性定量分析(STR-PCR)检测危重新生儿输血相关性移植物抗宿主病(TA-GVHD),为规范新生儿输血提供依据。方法根据输注红细胞种类将病儿分为辐照组12例和非辐照组19例,分别于第1次输血前及输血后5、10、15d留... 目的通过DNA微卫星位点多态性定量分析(STR-PCR)检测危重新生儿输血相关性移植物抗宿主病(TA-GVHD),为规范新生儿输血提供依据。方法根据输注红细胞种类将病儿分为辐照组12例和非辐照组19例,分别于第1次输血前及输血后5、10、15d留取病儿足跟血提取DNA,选择D8S1179、D21S11、D7S820等15个基因位点及1个性别位点进行荧光短串联重复序列复合扩增检验,并与供血者基因型进行比对。结果辐照组和非辐照组新生儿输血后各时间点均未检测到供血者基因型。结论 STR-PCR检测未发现TA-GVHD及新生儿输血相关的微嵌合现象,有必要进一步扩大样本检测来指导和规范新生儿输血。 展开更多
关键词 串联重复序列 输血 移植物抗宿主病 贫血 新生儿
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Morphological and Genetical Variability among Rhizoctonia solani Isolates Causing Sheath Blight Disease of Rice 预览
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作者 Zakiah Rahman MONI Md Ansar ALI +6 位作者 Md Shahidul ALAM Md Asif RAHMAN Md Rejwan BHUIYAN Md Salim MIAN Khandakar Md IFTEKHARUDDAULA Md Abdul LATIF Mohammad Ashik Iqbal KHAN 《水稻科学:英文版》 CSCD 2016年第1期42-50,共9页
Eighteen isolates of Rhizoctonia solani collected from infected rice plants in four different locations of Bangladesh were studied by using morphological characters and molecular markers. Anastomosis study with a refe... Eighteen isolates of Rhizoctonia solani collected from infected rice plants in four different locations of Bangladesh were studied by using morphological characters and molecular markers. Anastomosis study with a reference isolate confirmed that all the isolates belonged to R. solani. Significant variation was observed in sclerotial size, shape and distribution. Un-weighted pair group method with arithmetic mean dendrogram constructed based on the Gower’s general similarity coefficient showed that these isolates were grouped into four clusters at the 0.68 similarity coefficent according to morphological characters. Cluster I was a major cluster consisting of 13 isolates, while clusters Ⅱ to Ⅳ consisted of 1 or 2 isolates. Analyses by variable number of tandem repeat and amplified fragment length polymorphism markers showed that the isolates were grouped into five and three clusters at a similarity coefficient of 0.64 and 0.69, respectively. Although most of the variability was found between isolates from different regions as expected, significant variation was observed within the isolates collected from similar agro-ecological regions. Our results suggest the presence of different races of R. solani within the same local geographic regions. 展开更多
关键词 水稻纹枯病菌 遗传变异性 立枯丝核菌 形态特征 菌株 扩增片段长度 串联重复序列 相似系数
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常染色体和X染色体STR基因座遗传学应用研究进展 预览 被引量:1
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作者 吴莉莉 宋秀宇 《国际检验医学杂志》 CAS 2016年第14期1979-1981,共3页
基因组DNA中存在一类串联重复序列,其串联重复单位(核心序列)数目在人群中存在较大差异,具有高度多态性,称为可变串联重复序列(VNTR)。其中重复单位长度为2~6bp的重复序列称为微卫星序列,也叫短串联重复序列(STR)~([1])。STR分... 基因组DNA中存在一类串联重复序列,其串联重复单位(核心序列)数目在人群中存在较大差异,具有高度多态性,称为可变串联重复序列(VNTR)。其中重复单位长度为2~6bp的重复序列称为微卫星序列,也叫短串联重复序列(STR)~([1])。STR分型技术简单、快速,结果可靠,灵敏度高,重复性好. 展开更多
关键词 串联重复序列 基因座 个体识别 亲权鉴定 多态性
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Phenylalanine ammonia-lyase gene families in cucurbit species: Structure, evolution, and expression 预览
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作者 DONG Chun-juan CAO Ning +1 位作者 ZHANG Zhi-gang SHANG Qing-mao 《农业科学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2016年第6期1239-1255,共17页
Phenylalanine ammonia-lyase(PAL), the first enzyme of phenylpropanoid pathway, is always encoded by multigene families in plants. In this study, using genome-wide searches, 13 PAL genes in cucumber(CsPAL1–13) and 13 ... Phenylalanine ammonia-lyase(PAL), the first enzyme of phenylpropanoid pathway, is always encoded by multigene families in plants. In this study, using genome-wide searches, 13 PAL genes in cucumber(CsPAL1–13) and 13 PALs in melon(CmPAL1–13) were identified. In the corresponding genomes, ten of these PAL genes were located in tandem in two clusters, while the others were widely dispersed in different chromosomes as a single copy. The protein sequences of CsPALs and Cm PALs shared an overall high identity to each other. In our previous report, 12 PAL genes were identified in watermelon(ClPAL1–12). Thereby, a total of 38 cucurbit PAL members were included. Here, a comprehensive comparison of PAL gene families was performed among three cucurbit plants. The phylogenetic and syntenic analyses placed the cucurbit PALs as 11 CsPAL-Cm PAL-ClPAL triples, of which ten triples were clustered into the dicot group, and the remaining one, CsPAL1-Cm PAL8-ClPAL2, was grouped with gymnosperm PALs and might serve as an ancestor of cucurbit PALs. By comparing the syntenic relationships and gene structure of these PAL genes, the expansion of cucurbit PAL families might arise from a series of segmental and tandem duplications and intron insertion events. Furthermore, the expression profiling in different tissues suggested that different cucurbit PALs displayed divergent but overlapping expression profiles, and the CsPAL-Cm PAL-ClPAL orthologs showed correlative expression patterns among three cucurbit plants. Taken together, this study provided an extensive description on the evolution and expression of cucurbit PAL gene families and might facilitate the further studies for elucidating the functions of PALs in cucurbit plants. 展开更多
关键词 苯丙氨酸解氨酶 葫芦科植物 多基因家族 基因结构 串联重复序列 品种 进化 基因表达模式
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