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尖峰岭热带山地雨林根部真菌?植物互作网络结构特征
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作者 杨思琪 张琪 +5 位作者 宋希强 王健 李意德 许涵 郭守玉 丁琼 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期314-326,共13页
不同功能群的根部真菌可能会与植物差异性地互作,并进一步影响地下真菌与植物群落构建。本研究采用Illumina Miseq测序方法检测了海南尖峰岭热带山地雨林中常见植物的根部真菌;采用网络分析法比较了丛枝菌根(AM)真菌、外生菌根(ECM)真菌... 不同功能群的根部真菌可能会与植物差异性地互作,并进一步影响地下真菌与植物群落构建。本研究采用Illumina Miseq测序方法检测了海南尖峰岭热带山地雨林中常见植物的根部真菌;采用网络分析法比较了丛枝菌根(AM)真菌、外生菌根(ECM)真菌,以及所有根部真菌与植物互作的二分网络(bipartite networks)结构特性。从槭树科、番荔枝科、夹竹桃科、冬青科、棕榈科、壳斗科、樟科和木犀科等8科植物的根系中,检测到297,831条真菌ITS1序列,这些序列被划为1,279个真菌分类单元(OTUs),其中子囊菌门748个、担子菌门354个、球囊菌亚门80个,以及未知真菌97个。核心根部真菌群落(420个OTUs)中,至少有三类不同生态功能的真菌常见,即丛枝菌根真菌(40个OTUs,占总序列数23.4%)、外生菌根真菌(48个OTUs, 13.9%)和腐生型真菌(83个OTUs, 19.8%)。尖峰岭山地雨林根部真菌–植物互作网络结构特性的指标普遍显著高于/低于假定物种随机互作的零模型期待值。在群落水平,不同功能型的根部真菌–植物互作网络表现出不同或相反的结构特性,如丛枝菌根互作网络表现为比零模型预测值高的嵌套性和连接性,以及比零模型低的专一性,而外生菌根互作网络呈现出比零模型预测值低的嵌套性和连接性,以及比零模型高的专一性。在功能群水平,植物的生态位重叠度在AM互作网络高,而ECM互作网络低;真菌的生态位宽度在ECM互作网络窄,而在AM互作网络较宽。共现(co-occurrence)网络分析进一步揭示,ECM群落的物种对资源的高度种间竞争(植物、真菌高C-score),以及AM群落的物种无明显种间竞争(低C-score),可能分别是形成反嵌套ECM互作网络及高嵌套AM互作网络结构的原因。上述结果说明,尖峰岭山地雨林中至少有两种及以上的种间互作机制调节群落构建:驱动AM互作网络冗余(nestedness)及ECM互作网络的高生态位分化( 展开更多
关键词 根部真菌 热带山地雨林 网络 嵌套性 专一性
绵、山羊毛囊发育与毛发弯曲机制研究进展 预览 被引量:2
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作者 肖平 仲涛 +3 位作者 刘占发 浦亚斌 马月辉 赵倩君 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第8期1567-1576,共10页
毛囊作为唯一的一个终生呈周期性生长的微器官,其生长、代谢都处于一个相对活跃的状态。毛发是由毛囊生长发育后的终末分化细胞构成,是一个持续不断生长的结构。毛发的生长依赖于毛囊结构干细胞特性的分裂、增殖、分化,因此毛发生长的... 毛囊作为唯一的一个终生呈周期性生长的微器官,其生长、代谢都处于一个相对活跃的状态。毛发是由毛囊生长发育后的终末分化细胞构成,是一个持续不断生长的结构。毛发的生长依赖于毛囊结构干细胞特性的分裂、增殖、分化,因此毛发生长的形态变化取决于毛囊结构生长发育的情况。随着研究方法的不断进步与更新,近年来针对毛发弯曲性状分子遗传学层面的研究进展较迅速,一些影响毛囊形态发育和毛发弯曲过程的基因和调控通路相继被发现和鉴定。本文旨在先通过对毛囊结构及其形态发生特点的剖析,进一步对近年来毛囊各细胞层在毛发弯曲产生的影响和特异性调控基因的相关研究进行归纳,绘制出与毛囊发育相关的经典通路和相关调控基因的互作网络,为今后对羊毛弯曲动态现象的分子机理研究提供参考。 展开更多
关键词 毛囊发育 毛发 弯曲 网络
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小鼠急性未分型流感嗜血杆菌中耳炎差异基因的互作网络特征分析 预览
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作者 刘佳丽 王维 +4 位作者 王子萌 范芳梅 马毓蓉 余林 何於娟 《中华耳科学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第1期94-98,共5页
目的利用基因表达数据库(GEO)查找小鼠中耳炎表达谱基因芯片原始数据,建立中耳炎基因互作网络图。方法从公共数据库GEO中下载小鼠中耳炎相关数据集,采用AffymetrixExpressionConsole软件和Tran?scriptomeAnalysisConsole(TAC)软... 目的利用基因表达数据库(GEO)查找小鼠中耳炎表达谱基因芯片原始数据,建立中耳炎基因互作网络图。方法从公共数据库GEO中下载小鼠中耳炎相关数据集,采用AffymetrixExpressionConsole软件和Tran?scriptomeAnalysisConsole(TAC)软件筛选差异表达基因,将差异基因导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导入Cytoscape3.4.0软件中,筛选网络中心节点,并取其中相对独立、作用较为集中且与炎症基因相关子网络,采用David在线工具对其进行功能注释富集分析。结果共筛选出1166个差异表达基因,其中表达上调793个,表达下调373个,经STRING在线工具筛选后共有459个小鼠中耳炎差异基因编码的蛋白存在相互作用,并得到相应蛋白互作网络,分析其中与炎症相关子网络。结论本研究利用生物信息学技术构建了中耳炎差异基因互作网络,其中的网络中心节点基因,对于中耳炎分子机制研究及靶向治疗具有指导作用。 展开更多
关键词 未分型流感嗜血杆菌 中耳炎 基因芯片 网络
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森林破碎化对鼠类—种子互作网络的影响 被引量:3
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作者 赵清建 顾海峰 +2 位作者 严川 曹科 张知彬 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期15-23,共9页
森林碎片化严重威胁生态系统的健康,导致物种多样性、生态系统稳定性的降低。鼠类和森林种子是一类重要的互作网络,在生物多样性维持和生态系统服务功能上发挥着重要作用,有关森林斑块大小及演替阶段对鼠类—种子互作网络的影响的报道... 森林碎片化严重威胁生态系统的健康,导致物种多样性、生态系统稳定性的降低。鼠类和森林种子是一类重要的互作网络,在生物多样性维持和生态系统服务功能上发挥着重要作用,有关森林斑块大小及演替阶段对鼠类—种子互作网络的影响的报道较少。本研究以都江堰地区亚热带森林鼠类—种子互作系统为例,选取15个不同大小和演替阶段的森林斑块,结合红外相机监测和种子标记,通过监测鼠类与种子的互作过程,分析了斑块大小和演替阶段对鼠类—种子互作关系的影响,并绘制了各斑块鼠类—种子互作网络图谱,发现:中斑块(2-4 hm^2)森林中鼠类的物种数最多,大斑块(9-30 hm^2)最少;演替后期(20-40 yrs)次生林的加权嵌套度(Weighted-Interaction Nestedness Estimator,WINE)显著地高于演替早期(10-20 yrs)次生林;原始林网络内相关植物的植株总数和胸径(DBH)总和都要显著大于次生林。我们的结果说明森林破碎化对鼠类—种子互作网络的加权嵌套度有一定影响,对其他网络参数影响不大,可能与其种间关系泛化度较大有关。该结果对进一步研究种间互作关系及生态网络结构与功能具有一定的参考意义。 展开更多
关键词 森林破碎化 斑块大小 演替 鼠类 种子 网络
大骨节病和骨性关节炎差异基因的互作网络分析研究 被引量:1
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作者 段琛 李萌 +3 位作者 张晓东 魏艳玲 贺小玉 郭雄 《中华地方病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期472-476,共5页
目的采用蛋白互作网络分析研究基因芯片数据,构建大骨节病(Kashin—Beck disease,KBD)和骨性关节炎(osteoarthritis,OA)差异基因互作网络图并对筛选的网络进行分析。方法依据《大骨节病诊断》标准,选择Ⅱ和Ⅲ度KBD患者8例,WOMA... 目的采用蛋白互作网络分析研究基因芯片数据,构建大骨节病(Kashin—Beck disease,KBD)和骨性关节炎(osteoarthritis,OA)差异基因互作网络图并对筛选的网络进行分析。方法依据《大骨节病诊断》标准,选择Ⅱ和Ⅲ度KBD患者8例,WOMAC诊断OA7例,经关节清理术和关节置换术收集关节软骨,采用美国安捷伦4×44K基因芯片进行差异基因筛选;将筛选出差异表达〈或〉2倍的1055个差异基因的表达数据导入STRING9.1在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导出到Cytoscape3.2.1软件中,筛选出网络中心节点。采用KEGG等数据库进行信号通路分类及基因功能研究,并用实时荧光定量PCR(RT—PCR)进行验证。结果①334个KBD和OA差异基因编码的蛋白经STRING9.1筛选存在相互关系,并构成互作网络图;(2)Cytoscape3.2.1对网络的中心节点进行分析,筛选出10条以上通路的中心节点基因约150个,主要涉及线粒体功能、骨代谢及炎性因子等多条信号通路。结论本研究构建出KBD与OA的差异基因互作网络,尤以网络中心节点差异基因为特点,对KBD与OA发病机制的异同、早期诊断及靶向治疗均具有重要意义。 展开更多
关键词 大骨节病 骨性关节炎 网络 中心节点
ALV-J感染鸡骨髓细胞瘤中差异基因编码蛋白的互作网络分析 预览
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作者 杭柏林 李杰 +3 位作者 张慧辉 王倩倩 徐彦召 胡建和 《河南科技学院学报:自然科学版》 2016年第3期39-42,共4页
禽白血病病毒感染后可以引起宿主发生肿瘤.研究肿瘤组织中差异表达基因编码蛋白的相互作用,对理解禽白血病病毒的致病机制具有重要意义.基于文献中J亚群禽白血病病毒感染鸡骨髓瘤组织中差异表达基因编码蛋白进行了网络互作在线分析.结... 禽白血病病毒感染后可以引起宿主发生肿瘤.研究肿瘤组织中差异表达基因编码蛋白的相互作用,对理解禽白血病病毒的致病机制具有重要意义.基于文献中J亚群禽白血病病毒感染鸡骨髓瘤组织中差异表达基因编码蛋白进行了网络互作在线分析.结果表明:差异表达基因编码蛋白之间存在着复杂的相互作用,其中SRC网络、FYN网络、MYC网络和ERBB4网络对J亚群禽白血病病毒的致瘤机制可能具有重要作用. 展开更多
关键词 J亚群禽白血病病毒 致瘤机制 差异基因编码蛋白 网络
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牛支原体蛋白-蛋白相互作用网络的构建 预览
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作者 刘威 袁芳艳 +6 位作者 周丹娜 刘泽文 杨克礼 段正赢 郭锐 肖少波 田永祥 《动物医学进展》 北大核心 2015年第11期20-24,共5页
病原菌的相互作用组学研究是揭示潜在信号转导通路和新型药物靶标的有力工具。通过同源蛋白映射的方法构建了牛支原体的蛋白-蛋白相互作用网络,所构建的互作网络包含138个蛋白和693个相互作用关系。通过蛋白的互作频率分析,确定了在牛... 病原菌的相互作用组学研究是揭示潜在信号转导通路和新型药物靶标的有力工具。通过同源蛋白映射的方法构建了牛支原体的蛋白-蛋白相互作用网络,所构建的互作网络包含138个蛋白和693个相互作用关系。通过蛋白的互作频率分析,确定了在牛支原体中互作频率最高的20个蛋白,这些蛋白主要与转录、翻译、分子伴侣等功能相关。进一步分析发现,伴侣蛋白DnaK和ClpB发生互作的频率较高,能与核糖体蛋白、代谢相关蛋白等多种功能蛋白发生相互作用。结果提示,若DnaK和ClpB的功能受到抑制,将会对牛支原体的正常生命活动造成较大的影响。 展开更多
关键词 牛支原体 蛋白相 网络
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动脉粥样硬化分子互作网络的构建及生物学通路分析 被引量:1
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作者 李趣欢 顾珊珊 +3 位作者 李娜 李圳阳 赖文龙 曾杨 《生物医学工程学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1255-1260,共6页
动脉粥样硬化是由脂质在血管壁积累造成的一种复杂疾病,受多种遗传因素和环境因素影响。本文为了更好地理解动脉粥样硬化的分子调控机制,构建了与动脉粥样硬化相关的蛋白质互作网络。首先从核酸数据库和生物分子对象网络数据库(BOND... 动脉粥样硬化是由脂质在血管壁积累造成的一种复杂疾病,受多种遗传因素和环境因素影响。本文为了更好地理解动脉粥样硬化的分子调控机制,构建了与动脉粥样硬化相关的蛋白质互作网络。首先从核酸数据库和生物分子对象网络数据库(BOND)中下载相关的基因数据以及互作信息,将数据导人Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,利用度分布挖掘Hub蛋白,借助KOBAs2.0在线服务器来识别显著相关的通路和疾病,最后构建出与疾病相关的生物学通路网络。总之,本文挖掘出了一系列与动脉粥样硬化相关的关键分子,这些关键分子有可能成为有效预防动脉粥样硬化或相关治疗药物的新靶标。 展开更多
关键词 动脉粥样硬化 网络 Hub蛋白 生物学通路
浸润性膀胱癌差异基因的互作网络分析及验证研究 预览 被引量:2
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作者 石嵘 赵镇 +5 位作者 高洋 吴清华 宋艳斌 姜立 郑文岭 马文丽 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期1771-1774,共4页
目的采用蛋白互作网络分析研究表达谱基因芯片数据.构建浸润性膀胱癌基因互作网络图并对筛选出的网络中心节点进行实验验证。方法将表达谱芯片筛选到的浸润性膀胱癌152个共同差异表达基因,导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基... 目的采用蛋白互作网络分析研究表达谱基因芯片数据.构建浸润性膀胱癌基因互作网络图并对筛选出的网络中心节点进行实验验证。方法将表达谱芯片筛选到的浸润性膀胱癌152个共同差异表达基因,导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导出到Cytoscape2.6.2软件中,筛选出网络中心节点。采用KEGG数据库等进行信号通路分类及基因功能研究,进而采用实时定量RT-PCR对其基因表达进行验证.筛选出基因表达在膀胱癌组与正常膀胱粘膜组差异最大的基因,并对浸润性膀胱癌发生的分子机制进行初步探讨。结果共有103个膀胱癌共同差异表达基因编码的蛋白经STRING筛选存在相互作用,并构成一个复杂的互作网络图;Cytoscape共筛选出26个网络中心节点,广泛参与肿瘤发生的多条信号通路;实时定量RT-PCR结果表明UBE2C、VEGF、TGFBR2、CAV1四个基因表达量在膀胱癌组与正常膀胱粘膜组的差异最大.分别为9.45、4.17、0.13、0.18倍(以GAPHD作为内参.计算2-△△△α),与芯片检测结果的趋势一致。结论本研究构建出的浸润性膀胱癌差异基因互作网络图,尤其是其中的网络中心节点基因,对于浸润性膀胱癌发生分子机制的研究、早期诊断及分子靶向治疗研究具有较好的提示作用。 展开更多
关键词 膀胱癌 网络 中心节点 实时定量逆转录PCR
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与阿片成瘾相关分子互作网络的构建及生物学通路预测 预览
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作者 邹莎莎 于丽丽 +1 位作者 胡雯 许艳 《中国组织工程研究与临床康复》 CAS CSCD 北大核心 2008年第44期 8681-8684,共4页
目的:探索与阿片成瘾相关的分子互作关系及遗传因素在阿片类药物成瘾过程中的角色。 方法:提取与阿片成瘾相关的基因构建分子互作网络,寻找在成瘾过程中起关键作用的hub结点,将其映射到代谢通路上,筛选出与成瘾相关的具有生物学... 目的:探索与阿片成瘾相关的分子互作关系及遗传因素在阿片类药物成瘾过程中的角色。 方法:提取与阿片成瘾相关的基因构建分子互作网络,寻找在成瘾过程中起关键作用的hub结点,将其映射到代谢通路上,筛选出与成瘾相关的具有生物学和统计学意义的通路,并以此为依据从整体上预测并构建了与阿片成瘾相关的生物学通路网络。 结果:构建了与阿片成瘾相关的分子互作网络,找出了一些在网络中可能与成瘾发生过程密切相关的包括已知阿片类受体在内的46个hub结点及其关联蛋白,代谢通路中的成瘾相关的调控组分等。另外还挖掘出与阿片成瘾相关的包含多个信号转导通路在内的20个生物学通路,进而构建了通路网络并找出其中的共有模块,为进一步挖掘与成瘾相关的信号转导信息提供依据。 结论:阿片成瘾过程是多种遗传因子在多水平上共同发生适应性变化引起的一种综合效应,并涉及了多个代谢及信号通路。 展开更多
关键词 阿片成瘾 通路 网络 HUB
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根据蛋白质互作网络预测乳腺癌相关蛋白质的细致功能 预览 被引量:2
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作者 王靖 李彦辉 +4 位作者 郭政 朱晶 马文财 彭春方 刘庆 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期 1061-1066,共6页
乳腺癌是最为常见的恶性肿瘤之一。已有的关于乳腺癌相关蛋白质的功能注释比较宽泛,制约了乳腺癌的后续研究工作。对于已知部分功能的乳腺癌相关蛋白质,提出了一种结合Gene Ontology功能先验知识和蛋白质互作的方法,通过构建功能特... 乳腺癌是最为常见的恶性肿瘤之一。已有的关于乳腺癌相关蛋白质的功能注释比较宽泛,制约了乳腺癌的后续研究工作。对于已知部分功能的乳腺癌相关蛋白质,提出了一种结合Gene Ontology功能先验知识和蛋白质互作的方法,通过构建功能特异的局部相互作用网络来预测乳腺癌相关蛋白质的细致功能。结果显示该方法能够以很高的精确率为乳腺癌相关蛋白质预测更为精细的功能。预测的相关蛋白质的功能对于指导实验研究乳腺癌的分子机制具有重要的价值。 展开更多
关键词 乳腺癌 蛋白质功能 预测 网络 基因本体
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第二代测序技术用于前列腺癌转录组数据的分析
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作者 张碧亮 杨泽禹 《生物技术世界》 2014年第5期46-46,共1页
利用生物信息学方法,从前列腺癌RNA-seq数据中找出前列腺癌与正常前列腺组织细胞的差异基因,对差异基因进行pathway富集分析,最后做基因互作网络分析,发现IL8在前列腺肿瘤细胞中的对抑制肿瘤细胞生长有着重要的调控作用。
关键词 前列腺癌 RAN-seq IL8 网络 差异表达基因
基于生物信息学考察骨髓干细胞治疗缺血性脑卒中的潜在机制 预览
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作者 安太健 张威 +1 位作者 杨红 王庆峰 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2019年第33期5249-5255,共7页
背景:在治疗缺血性脑卒中过程中,干细胞疗法已经获得了广泛的关注,然而对于其所涉及到的复杂调控机制,相关研究较少。目的:应用生物信息学方法研究骨髓干细胞治疗缺血性脑卒中的分子调控机制。方法:应用DisGeNET数据库调取缺血性脑卒中... 背景:在治疗缺血性脑卒中过程中,干细胞疗法已经获得了广泛的关注,然而对于其所涉及到的复杂调控机制,相关研究较少。目的:应用生物信息学方法研究骨髓干细胞治疗缺血性脑卒中的分子调控机制。方法:应用DisGeNET数据库调取缺血性脑卒中的背景网络,再通过GEO在线数据库获得骨髓干细胞治疗前后差异表达明显的基因;再将这些基因对上述背景网络进行打靶处理,最终获得与缺血性脑卒中相关的靶点,应用DAVID和String数据库分析这些靶标基因之间的关系。结果与结论:(1)DisGeNET数据库可调取的缺血性脑卒中的调控分子靶标共计393个;GEO数据库获得的骨髓干细胞治疗缺血性脑卒中的数据集内,与缺血性脑卒中发病密切相关的分子靶点共计39个,其中下调的分子靶点包含FBN1,NPY,MMP10,ITGB3,GLA等30个,上调的分子靶点包含EZH2,ESR1,IL16,LGALS2等9个;(2)由String数据库获得其对应的互作关系后,可获得上述39个靶点的互作关系,共有10个节点大于平均节点度,分别为TP53,SPP1,VCAM1,PTGS2,ESR1,F3,TIMP2,CD40,EZH2,ITGB3,除了ESR1和EZH2是上调基因外,其余均为下调基因;(3)在该过程中,主要调控的通路有血管剪切力调节及松弛素信号通路;IL-7、NFKB等炎症相关的信号通路;神经活性配体-受体、同种异体排斥反应等信号通路。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 干细胞疗法 骨髓间充质干细胞 分子网络 生物信息学分析 蛋白网络 发育 分子网络
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镉离子污染条件下微生物群落中细菌与藻类的相互作用
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作者 石遵计 曹政 +3 位作者 胡科鑫 彭鑫碧 朱一帆 谢波 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1156-1163,共8页
【背景】水体微生物有着丰富的多样性,不同种类的微生物之间的相互作用对水体生态系统的组成结构与功能具有重要影响。水体内的藻类与某些微生物可以发生多种相互作用,然而人们对逆境条件下的菌藻有益相互作用尚缺乏深入研究。【目的】... 【背景】水体微生物有着丰富的多样性,不同种类的微生物之间的相互作用对水体生态系统的组成结构与功能具有重要影响。水体内的藻类与某些微生物可以发生多种相互作用,然而人们对逆境条件下的菌藻有益相互作用尚缺乏深入研究。【目的】为了研究镉对水体微生物群落的影响以及镉胁迫下菌藻之间可能的相互作用。【方法】本研究运用了基于16S rRNA基因的高通量测序技术,分析在不同Cd^2+条件下微生物群落结构的变化,利用微生物相互作用网络分析菌藻之间可能发生的相互作用。【结果】通过分离培养筛选出了与集胞藻PCC6803互作抗Cd^2+的关键细菌Y9菌株。【结论】研究结果表明Y9菌株属于Phyllobacteriaceae科,与微生物群落组成和微生物互作网络的分析结果相符。本研究为探索水体环境中微生物种间相互作用、菌藻互作抗Cd2+的生态效应提供参考依据。 展开更多
关键词 菌藻 镉离子 高通量测序 微生物网络
基于网络药理学的豨莶通栓胶囊作用机制解析及抗炎作用研究
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作者 陈茜 吴东雪 +1 位作者 赵帅 张燕玲 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1904-1910,共7页
豨莶通栓胶囊活血祛瘀、祛风化痰、舒筋活络、醒脑开窍,对中风病主症、中风病积分等有较好的疗效。该研究通过数据库检索获得豨莶通栓胶囊中药化学成分908个,基于反向找靶技术获得豨莶通栓胶囊潜在作用靶点337个,并利用其蛋白质相互作... 豨莶通栓胶囊活血祛瘀、祛风化痰、舒筋活络、醒脑开窍,对中风病主症、中风病积分等有较好的疗效。该研究通过数据库检索获得豨莶通栓胶囊中药化学成分908个,基于反向找靶技术获得豨莶通栓胶囊潜在作用靶点337个,并利用其蛋白质相互作用信息构建豨莶通栓胶囊蛋白互作网络,对网络进行模块分析及模块功能注释。结果显示,豨莶通栓胶囊通过对体内脂质代谢、血压系统的调节作用对脑卒中发病的最直接的危险因素高血脂、高血压发挥治疗作用;通过对血液循环系统及神经系统的调节作用治疗脑卒中引发的脑血管血栓及脑组织供血、供氧不足引起神经组织的不可逆性死亡;并通过对炎症免疫反应的调节作用治疗脑卒中导致的体内炎症及伴随着炎症发展而产生的免疫学反应。基于网络分析结果,采用脂多糖(LPS)刺激RAW264.7细胞构建体外细胞炎症反应模型,以Griess法检测NO的含量,探讨豨莶通栓胶囊抗炎作用,结果显示豨莶通栓胶囊可抑制炎症细胞对NO的释放能力,具有抗炎作用。该研究通过对豨莶通栓胶囊功能模块的分析,并通过部分实验验证,以期从分子网络水平上探讨豨莶通栓胶囊的作用机制,为其临床应用提供科学依据。 展开更多
关键词 网络药理学 豨莶通栓胶囊 蛋白网络 用机制
基于网络药理学预测北沙参治疗肺癌的作用机制
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作者 曹亚娟 方媛 +4 位作者 吴建春 骆莹滨 陈皖晴 方志红 李雁 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2019年第6期1302-1305,1541-1542共5页
目的:预测北沙参治疗原发性支气管肺癌的潜在靶点及信号通路。方法:检索北沙参的化学成分及药物作用靶点及原发支气管肺癌的疾病靶基因。构建蛋白互作网络(PPI)。进而行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,构建可视化的'化合物-靶点... 目的:预测北沙参治疗原发性支气管肺癌的潜在靶点及信号通路。方法:检索北沙参的化学成分及药物作用靶点及原发支气管肺癌的疾病靶基因。构建蛋白互作网络(PPI)。进而行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,构建可视化的'化合物-靶点-通路'网络,并对网络进行拓扑分析。结果:获得8个化合物,173个化合物靶点,1885个肺癌相关靶基因。PPI蛋白互作网络共98个节点,11个关键节点。GO功能富集分析得到100个GO条目,KEGG通路富集分析得到68条信号通路。PPI蛋白互作网路中的11个关键靶点有5个富集在前10位信号通路中,依次为:JUN、EGF、TNF、FOS、MYC。结论:初步预测北沙参治疗原发性支气管肺癌之间的作用途径可能通过靶向JUN、EGF、TNF、FOS、MYC五个关键蛋白起作用。 展开更多
关键词 网络药理学 北沙参 肺癌 蛋白网络 机制
基于网络药理学探讨柴胡-黄芩药对治疗功能性消化不良的作用机制
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作者 龙茜 刘乐平 +5 位作者 郭璇 王小娟 胡媚 王润欣 杨竞翔 田雪飞 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期815-819,共5页
通过临床调研,统计出柴胡-黄芩为治疗功能性消化不良最常用药对,在临床结果的基础上,利用网络药理学和文献调研,按照"药物-靶点-疾病"关联性研究,分析功能性消化不良相关蛋白的互作网络,构建药对活性成分-预测靶点网络,进而... 通过临床调研,统计出柴胡-黄芩为治疗功能性消化不良最常用药对,在临床结果的基础上,利用网络药理学和文献调研,按照"药物-靶点-疾病"关联性研究,分析功能性消化不良相关蛋白的互作网络,构建药对活性成分-预测靶点网络,进而对功能性消化不良相关的柴胡-黄芩药对活性成分-潜在靶点网络进行分析。分析出主要的潜在靶点网络包含18个靶点,关键靶点涉及乙酰胆碱酯酶、细胞色素P450、5-羟色胺受体2B、一氧化氮合酶2、b细胞CLL/淋巴瘤2、丝裂原活化蛋白激酶8、溶质载体家族6成员3等。对潜在靶点进行基因本体功能富集分析得出主要的生物过程及分子功能有调节蛋白质定位的建立、调节蛋白质定位、单一生物代谢过程、对化学品的反应、对含氧化合物的反应及酶结合等。进行KEGG富集通路分析主要通路有内分泌抵抗,癌症的途径,GnRH信号通路,5-羟色胺能突触,钙信号通路,cAMP信号通路等。结果表明柴胡-黄芩药对可以通过多成分、多靶点、多途径共同发挥治疗功能性消化不良的作用。 展开更多
关键词 柴胡-黄芩 功能性消化不良 网络药理学 蛋白网络 靶点
基于蛋白互作网络识别非小细胞肺癌相关基因功能模块
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作者 李晴晴 王化琨 +1 位作者 方羽艺 周影 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期3280-3285,共6页
本研究对非小细胞肺癌(non-small cell lung carcinoma,NSCLC)基因表达数据进行差异表达分析,并与蛋白质相互作用网络(PPIN)数据进行整合,进一步利用Heinz搜索算法识别NSCLC相关的基因功能模块,并对模块中的基因进行功能(GO term)和通路... 本研究对非小细胞肺癌(non-small cell lung carcinoma,NSCLC)基因表达数据进行差异表达分析,并与蛋白质相互作用网络(PPIN)数据进行整合,进一步利用Heinz搜索算法识别NSCLC相关的基因功能模块,并对模块中的基因进行功能(GO term)和通路(KEGG)富集分析,旨在探究肺癌发病分子机制。蛋白互作网络分析得到一个包含96个基因和117个相互作用的功能模块,以及8个对NSCLC的发生和发展起到关键作用候选基因标志物。富集分析结果表明,这些基因主要富集于基因转录催化及染色质调控等生物学过程,并在基础转录因子、黏着连接、细胞周期、Wnt信号通路及HTLV-Ⅰ感染等生物学通路中发挥重要作用。本研究对非小细胞肺癌相关的基因和生物学通路进行预测,可用于肺癌的早期诊断和早期治疗,以降低肺癌死亡率。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 蛋白网络 差异表达分析 Heinz算法
基于转录组和蛋白互作网络分析光信号在花药发育过程中的功能和可能机制
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作者 阮林伟 付营 +3 位作者 王梦涵 李梦雨 马红 常芳 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期159-168,共10页
花药是被子植物重要的雄性生殖器官,其正常发育对植物的有性生殖和作物产量至关重要。花药的发育受到外在环境因子和内在信号的共同调控。光是植物生长和发育的重要环境因子之一,影响着植物生长的各个方面,然而对于光是否参与以及如何... 花药是被子植物重要的雄性生殖器官,其正常发育对植物的有性生殖和作物产量至关重要。花药的发育受到外在环境因子和内在信号的共同调控。光是植物生长和发育的重要环境因子之一,影响着植物生长的各个方面,然而对于光是否参与以及如何参与花药发育的调控过程,却鲜有报道。本文研究发现:光相关基因有752个(96.66%)在野生型拟南芥(Arabidopsis thaliana) 4~7期花药中表达,其中246个高表达, 33个极高表达;655个在6~7期绒毡层、633个在8~10期绒毡层高表达,推测这些基因可能在花药发育中发挥功能。进一步分析光相关基因在花药发育重要转录因子突变体dyt1-3、bhlh010 bhlh089 bhlh091、ams中的表达变化,挖掘到一批受这些转录因子调控的光信号基因,暗示这些光相关基因作为DYT1-bHLHs-AMS转录网络的下游元件发挥功能;通过酵母双杂交实验筛选到与bHLH010、bHLH089、bHLH091、DYT1有相互作用的光系统以及光信号转导途径相关的蛋白,绘制了这些蛋白的相互作用网络。本文的研究为深入揭示光信号基因在花药发育中发挥的作用和调控网络提供新的认识和参考。 展开更多
关键词 花药发育 光信号 转录组 蛋白网络 DYT1
基于网络药理学和生物信息学的辛伐他汀分子生物学机制研究
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作者 刘慧 陆嘉骏 +4 位作者 樊璐 雒舒雅 王天宇 肖庆桓 刘美 《中国临床药理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第14期1510-1513,共4页
目的通过生物信息学分析研究辛伐他汀作用前后的差异表达基因,找出参与辛伐他汀体内作用的关键基因,并对其所涉及的功能进行分析预测。方法从美国国立生物技术信息中心公共基因芯片数据平台下载辛伐他汀对人外周血单核细胞-巨噬细胞基... 目的通过生物信息学分析研究辛伐他汀作用前后的差异表达基因,找出参与辛伐他汀体内作用的关键基因,并对其所涉及的功能进行分析预测。方法从美国国立生物技术信息中心公共基因芯片数据平台下载辛伐他汀对人外周血单核细胞-巨噬细胞基因表达谱影响的mRNA基因芯片数据集GSE4883,包含辛伐他汀给药组6个样本及对照组3个样本,用R语言Limma函数包筛选差异表达的mRNA,并用Benjamini&Hochberg错误发现率对原始P值进行多重矫正,并进一步用DAVID数据库对靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,之后用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,同时用Cytoscape对模块中的基因共表达关系进行可视化,筛选关键基因。结果共筛选出214个辛伐他汀作用前后差异表达的基因。GO分析显示,差异表达基因生物学功能主要涉及免疫反应、细胞对白细胞介素-1、干扰素的反应和单核细胞趋化性。KEGG分析显示,差异表达基因主要和细胞因子与细胞因子受体相互作用、类风湿关节炎和趋化因子信号通路等有关。蛋白质相互作用网络筛选出KIF11、CDK1、NDC80、RRM2、NCAPG、NUF2、MAD2L1、KIF15、TOP2A和HELLS 10个关键基因。结论生物信息学能有效筛选和分析辛伐他汀作用后的相关差异表达基因,通过对辛伐他汀作用后的表达谱进行分析,为进一步探讨辛伐他汀作用的分子机制及靶点提供思路,同时为他汀类药物的潜在应用探索提供理论依据。 展开更多
关键词 辛伐他汀 关键基因 蛋白网络 生物信息学
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