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常染色体STR分型鉴定半同胞关系的亲缘关系指数计算
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作者 肖超 陈胜杰 +4 位作者 潘超 刘春凤 黄钰洁 易少华 黄代新 《中国法医学杂志》 CSCD 2019年第1期30-35,共6页
目的获得双方生母均参与情形下计算两个或三个孩子间半同胞关系指数(half-sib index, HSI)的简化公式。方法在给定的前提假设下,根据HSI值的定义,首先推导出单基因座上HSI值的统一表达式,再获得不同基因型组合下的计算公式,最后归纳出... 目的获得双方生母均参与情形下计算两个或三个孩子间半同胞关系指数(half-sib index, HSI)的简化公式。方法在给定的前提假设下,根据HSI值的定义,首先推导出单基因座上HSI值的统一表达式,再获得不同基因型组合下的计算公式,最后归纳出两种鉴定情形下的简化公式。将简化公式应用于1例典型的半同胞关系鉴定,根据39个常染色体STR位点的分型计算不同鉴定情形下的累积HSI值。结果成功地推导和归纳出双方生母均参与情形下计算两个或三个孩子间HSI值的简化公式。实际案例的计算结果显示,当双方生母均参与时,任意两个孩子间的累积HSI值与生母均不参与时相比均发生了数量级的改变,即在半同胞关系情形下大约为104~106倍,在无关个体情形下大约为10-4~10-3倍。结论所推导出的简化公式可用于计算双方生母均参与情形下两个或三个孩子间的HSI值。 展开更多
关键词 法医遗传学 亲缘关系指数 半同胞 计算
常染色体遗传标记直系亲缘关系指数的统一算法 被引量:1
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作者 马冠车 李淑瑾 丛斌 《中国法医学杂志》 CSCD 2018年第3期248-252,247共6页
目的通过理论推导的方法,对应用常染色体遗传标记进行的直系亲缘关系鉴定中亲缘关系指数(kinship index,KI),尤其是亲子鉴定中父权指数(Paternity index,PI)的统一算法进行探索。方法根据亲缘关系指数的似然率(Likelihood Rati... 目的通过理论推导的方法,对应用常染色体遗传标记进行的直系亲缘关系鉴定中亲缘关系指数(kinship index,KI),尤其是亲子鉴定中父权指数(Paternity index,PI)的统一算法进行探索。方法根据亲缘关系指数的似然率(Likelihood Ratio,LR)属性,应用概率论与遗传学方法,对不同情况下亲缘关系指数的统一计算公式进行推导与总结,然后通过特殊代人的方法,推导二联体和三联体父权指数的统一计算公式。结果发现相同鉴定条件下,不论参与鉴定的个体的基因型组合如何变化,他们之间的亲缘关系指数均可代入统一的公式进行计算。在无亲代参考的直系亲缘关系鉴定中,KID=1/2G+1(di/pi+di/pi)+2G-1-1/2G-1,其中二联体父权指数PID=1/4(di/pi+di/pi);而在有亲代参考的直系亲缘关系鉴定中,KIT=djdi+didj/2G(djpi+dipj)+2G-1-1/2G-1,其中三联体父权指数PIT=didj+didj/2(djpi+dipj)(公式中各变量定义见正文)。结论上述公式在二联体、三联体亲子鉴定及两个体间祖孙关系鉴定的指数计算中,所得结果与当前公认的计算结果相同,且在计算中,不需要考虑状态一致性(identity by state,IBS)因素,为编程批量计算提供了更加简便的思路。 展开更多
关键词 亲缘关系鉴定 亲缘关系指数 父权指数 直系亲缘关系 常染色体
基于不同尺度和模型的小秦岭谱系结构研究 预览
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作者 牛帅 毕帅帅 +4 位作者 王雪颖 韩军旺 贾宏汝 叶永忠 袁志良 《河南农业大学学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期495-502,共8页
为探索研究尺度、零模型与群落谱系结构的关系,在小秦岭自然保护区建立1 hm~2样地,运用约束型、非约束型零模型分别从10、20、25 m 3个研究尺度上分析群落谱系结构,结果表明:(1)非约束型模型下,谱系结构聚集;约束型模型下,10、20 m... 为探索研究尺度、零模型与群落谱系结构的关系,在小秦岭自然保护区建立1 hm~2样地,运用约束型、非约束型零模型分别从10、20、25 m 3个研究尺度上分析群落谱系结构,结果表明:(1)非约束型模型下,谱系结构聚集;约束型模型下,10、20 m尺度上,谱系聚集,25 m尺度上谱系分散。对比发现,随研究尺度增大,谱系聚集程度降低,趋于分散,可能是由于环境异质性对物种分布的影响程度降低,密度制约作用增强所致。(2)空间因子对谱系结构的影响远远大于地形因子,随研究尺度增加,空间因子及地形因子的解释量逐渐增大。地形的不同营造了不同的空间差异,二者密切相关。因此,空间因子是影响谱系结构形成的直接因素,而地形因子是间接因素。 展开更多
关键词 谱系结构 地形因子 空间因子 净谱系亲缘关系指数 最近种间亲缘关系指数
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不同采伐干扰方式对热带山地雨林谱系结构的影响 预览 被引量:6
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作者 卜文圣 许涵 +3 位作者 臧润国 丁易 张俊艳 林明献 《林业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期15-21,共7页
以海南岛热带山地雨林老龄林及经过择伐和皆伐后自然恢复约40年的次生林为研究对象,通过群落学调查和样地环境因子测定,分析不同干扰方式对群落组成及谱系结构的影响,探讨不同干扰方式下环境因素对群落谱系结构的影响。结果表明:历经4... 以海南岛热带山地雨林老龄林及经过择伐和皆伐后自然恢复约40年的次生林为研究对象,通过群落学调查和样地环境因子测定,分析不同干扰方式对群落组成及谱系结构的影响,探讨不同干扰方式下环境因素对群落谱系结构的影响。结果表明:历经40年的恢复,2种方式干扰后自然恢复次生林不同径级(1≤DBH〈5 cm为幼树、5≤DBH〈10 cm为小树、DBH≥10 cm为成年树)树种的丰富度已接近老龄林水平,其幼树、小树的多度显著高于老龄林,但其胸高断面积依旧显著低于老龄林;从老龄林、择伐后恢复的次生林到皆伐后恢复的次生林,群落幼树和总体的谱系结构由聚集转向发散,而成年树的谱系结构则恰好相反,小树的谱系结构基本上是随机的;在老龄林中,群落各个径级的谱系结构均随着海拔的升高由发散转向聚集;在择伐后恢复的次生林中,除成年树外,群落的谱系结构随土壤含水量的增加由聚集转向发散;在皆伐后恢复的次生林中,幼树的谱系结构随土壤有机质含量的增加由发散转向聚集,而小树和成年树的谱系结构则由聚集转向发散。 展开更多
关键词 群落组配 干扰体系 环境筛 采伐方式 净谱系亲缘关系指数 径级结构
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常绿阔叶林谱系多样性对幼苗存活率的影响 预览 被引量:2
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作者 陈英 《植物生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期 1084-1089,共6页
密度制约机制对于维护生物多样性有非常重要的作用。随着对密度制约机制的深入研究,人们逐渐认识到:不仅在种内存在密度制约效应,亲缘关系相近的物种之间也可能表现出密度制约效应。Webb在2000年提出的NRI(净种间亲缘关系指数)、NTI... 密度制约机制对于维护生物多样性有非常重要的作用。随着对密度制约机制的深入研究,人们逐渐认识到:不仅在种内存在密度制约效应,亲缘关系相近的物种之间也可能表现出密度制约效应。Webb在2000年提出的NRI(净种间亲缘关系指数)、NTI(净最近种间亲缘关系指数)考虑了比较全面的谱系信息,获得了广泛的应用。该文采用NRI、NTI来代表种间关系,并用Logistic回归模型来分析了谱系因子对浙江省开化县古田山自然保护区24hm2永久监测样地中501个幼苗样方死亡率的影响。通过对6次幼苗调查数据的分析表明:不仅相同物种密度对于幼苗的死亡率有显著影响,当密度达到一定水平时,谱系因子同样也对幼苗的死亡率有显著影响——苗区中个体间的亲缘关系越近,幼苗个体的死亡率越高。 展开更多
关键词 密度制约 谱系多样性 净种间亲缘关系指数 LOGISTIC回归 幼苗死亡率
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