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分子对接与分子动力学计算模拟概论 预览
1
作者 李博 刘书霞 +2 位作者 房森彪 陈禹保 胡文祥 《比较化学》 2019年第1期1-10,共10页
随着现代生命科学的快速发展,计算生物学已逐步成为现代生命科学研究的核心学科和方法之一。计算生物学从蛋白质序列预测蛋白质三维结构以及动力学特征,到研究生物大分子结构与功能的关系、生物大分子之间相互作用以及生物大分子与配体... 随着现代生命科学的快速发展,计算生物学已逐步成为现代生命科学研究的核心学科和方法之一。计算生物学从蛋白质序列预测蛋白质三维结构以及动力学特征,到研究生物大分子结构与功能的关系、生物大分子之间相互作用以及生物大分子与配体的相互作用,促进了蛋白质工程、蛋白质设计和计算机辅助药物设计的发展。 展开更多
关键词 计算生物学 分子对接 分子动力学 受体 配体 分子设计
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国际生物多样性中心专家组到中国热科院访问交流 预览
2
作者 彭军 《世界热带农业信息》 2019年第5期25-26,共2页
近期,受中国热科院环植所邀请,国际生物多样性中心Guy Blomme,Inge Van den Bergh,Nicolas Roux和SijunZheng博士4位专家来中国热科院开展为期一周的学术交流研讨。来访期间,双方对联合主持的国家自然科学基金国际(地区)合作研究项目“... 近期,受中国热科院环植所邀请,国际生物多样性中心Guy Blomme,Inge Van den Bergh,Nicolas Roux和SijunZheng博士4位专家来中国热科院开展为期一周的学术交流研讨。来访期间,双方对联合主持的国家自然科学基金国际(地区)合作研究项目“小RNA调控香蕉-枯萎菌互作的分子机制研究及抗枯育种分子设计”进行了中期总结。 展开更多
关键词 生物多样性中心 专家组 中国 合作研究项目 学术交流 分子设计 分子机制 小RNA
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4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物的3D-QSAR及分子对接研究
3
作者 仝建波 秦尚尚 +1 位作者 雷珊 王洋 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2019年第3期397-405,共9页
采用Topomer CoMFA方法对42个4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析.所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.926、0.638、0.923,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.采用Top... 采用Topomer CoMFA方法对42个4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)分析.所得最优模型的拟合、交互验证、及外部验证的复相关系数分别为0.926、0.638、0.923,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.采用Topomer Search技术在ZINK数据库中进行虚拟筛选,筛选出2个R1基团和16个R2基团,进而设计出32个具有更高活性的新型4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类化合物.采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与蛋白酶的ARG47、ILE368和GLY201位点作用明显,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考. 展开更多
关键词 4-羟氨基-α-吡喃酮甲酰胺类似物 三维定量构效关系(3D-QSAR) Topomer COMFA 分子设计 分子对接
一种环境友好型的PAEs荧光光谱衍生分子修饰方法 预览
4
作者 邱尤丽 李鱼 《光谱学与光谱分析》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1785-1791,共7页
传统的PAEs荧光检测法主要是借助与具有荧光光谱特征的牛血清蛋白反应而进行的间接荧光检测。以六种被列入环境优先控制污染物的PAEs为例,对其苯环上4号位进行分子修饰,以期获得具有高荧光光谱强度的PAEs衍生物,利于直接荧光检测,同时... 传统的PAEs荧光检测法主要是借助与具有荧光光谱特征的牛血清蛋白反应而进行的间接荧光检测。以六种被列入环境优先控制污染物的PAEs为例,对其苯环上4号位进行分子修饰,以期获得具有高荧光光谱强度的PAEs衍生物,利于直接荧光检测,同时利用分子对接的方法模拟PAEs分子与牛血清蛋白的结合,计算与牛血清蛋白结合后的PAEs分子荧光光谱强度,并将其与PAEs衍生物的荧光光谱强度进行比较,筛选荧光光谱显著增强的PAEs衍生物,为PAEs衍生物的检测提供理论支持。研究结果显示:共设计出30种PAEs衍生物,其中18种PAEs衍生物的荧光光谱强度增强显著(100%~1850%),说明PAEs衍生物直接荧光检测的强度相较于PAEs分子间接荧光检测的强度具有显著增强作用;18种PAEs衍生物的功能特性(以稳定性、绝缘性作为代表)受到的影响较小,且PAEs衍生物的环境持久性均有所降低,生物富集性无明显变化,迁移性和毒性有不同程度的降低。此外,PAEs衍生物之间、与其他具有荧光特性的物质(多环芳烃)之间不存在干扰(最小波数差大于荧光光谱检测分辨率0.30nm),占用轨道能量及最正密立根氢原子电荷数是导致PAEs衍生物具有荧光光谱特性的主要控制因素。 展开更多
关键词 邻苯二甲酸酯 荧光光谱 分子设计 分子对接
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基于Topomer CoMFA方法对芳基硫代吲哚衍生物的分子建模与设计
5
作者 仝建波 吴鲁阳 +2 位作者 曹旭 雷珊 马养民 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2019年第4期541-545,共5页
采用Topomer CoMFA方法对30个芳基硫代吲哚衍生物进行三维定量关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得模型的交叉验证相关系数q2,非交叉验证相关系数r2,外部验证的复相关系数Qext2分别为0.562,0.878,0.985,结果表明该模型具有较好的稳定性和... 采用Topomer CoMFA方法对30个芳基硫代吲哚衍生物进行三维定量关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得模型的交叉验证相关系数q2,非交叉验证相关系数r2,外部验证的复相关系数Qext2分别为0.562,0.878,0.985,结果表明该模型具有较好的稳定性和预测能力.Topomer CoMFA模型等势面提供的立体场与静电场可视化图像,直观的揭示了这一系列化合物中不同取代基结构对其生物活性的影响,运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了5个具有较高活性的新化合物,该QSAR的实验结果可为合成新药提供理论参考. 展开更多
关键词 易位体比较分子场分析 芳基硫代吲哚衍生物 三维定量构效关系 分子设计
酰亚胺基N-型高分子半导体研究进展
6
作者 史永强 王英锋 郭旭岗 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第9期873-889,I0002共18页
近年来,高分子半导体材料由于其可溶液化加工及柔性等特点,引起了学术界以及工业界的广泛关注.然而,相比于P-型高分子半导体,由于缺电子结构单元的缺乏、空间位阻效应及合成上的挑战,N-型高分子半导体材料的研究仍然相对较少,开发高性能... 近年来,高分子半导体材料由于其可溶液化加工及柔性等特点,引起了学术界以及工业界的广泛关注.然而,相比于P-型高分子半导体,由于缺电子结构单元的缺乏、空间位阻效应及合成上的挑战,N-型高分子半导体材料的研究仍然相对较少,开发高性能的N-型高分子半导体仍然是有机电子领域面临的巨大挑战.本专论回顾了N-型高分子半导体材料的最新研究进展,重点介绍了我们课题组开发的酰亚胺基高分子半导体及其在有机场效应晶体管(OFETs)和有机太阳能电池(OPVs)中的应用.通过对分子结构设计以及相应的器件性能的总结,以期为高性能N-型高分子半导体材料的设计和开发提供进一步的指导和借鉴. 展开更多
关键词 酰亚胺 N-型高分子半导体 分子设计 有机场效应晶体管 全聚合物太阳能电池
基于靶标结构设计的帕那替尼
7
作者 郭宗儒 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期954-962,共9页
慢性粒细胞白血病(CML)是由于细胞核中第9号和第22号染色体的相互易位,使后者变短,被称作费城短染色体,它携带有Bcr-Abl癌基因,表达产物为嵌合的Bcr-Abl融合蛋白,这个融合蛋白含有激活的Abl酪氨酸激酶结构域,导致细胞内信号转导的失控,... 慢性粒细胞白血病(CML)是由于细胞核中第9号和第22号染色体的相互易位,使后者变短,被称作费城短染色体,它携带有Bcr-Abl癌基因,表达产物为嵌合的Bcr-Abl融合蛋白,这个融合蛋白含有激活的Abl酪氨酸激酶结构域,导致细胞内信号转导的失控,引起CML的发生。 展开更多
关键词 化合物 疏水腔 氢键网络 伊马替尼 慢性粒细胞白血病 分子对接 DFG 骨质疏松 乙烯基 乙炔基 细胞活性 分子设计 连接基 抑制剂 尼洛替尼 CML
分子模拟技术在柴油抗磨剂相关研究中的应用
8
作者 夏鑫 李妍 蔺建民 《现代化工》 CAS CSCD 北大核心 2019年第S1期38-44,共7页
回顾了分子模拟技术在柴油抗磨剂作用机理研究以及分子设计方面的应用,着重介绍了柴油抗磨剂分子结构参数以及抗磨剂分子在金属表面的吸附能力与抗磨性能间的关系研究。通过对比传统柴油抗磨剂的开发过程与分子模拟技术参与的抗磨剂开... 回顾了分子模拟技术在柴油抗磨剂作用机理研究以及分子设计方面的应用,着重介绍了柴油抗磨剂分子结构参数以及抗磨剂分子在金属表面的吸附能力与抗磨性能间的关系研究。通过对比传统柴油抗磨剂的开发过程与分子模拟技术参与的抗磨剂开发过程,总结了在分子模拟技术支持下的抗磨剂开发过程的独特优势,提出了分子模拟技术支持的抗磨剂分子设计流程和设计思路,并对今后分子模拟技术在柴油抗磨剂有关研究中的应用做出展望。 展开更多
关键词 分子模拟 抗磨剂 低硫柴油 分子设计 机理
突破固有模式的氨氯地平的研制
9
作者 郭宗儒 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1141-1144,共4页
新药创制是复杂的智力活动,涉及科学研究、技术创造、产品开发和医疗效果等多维科技活动.每个药物都有自身的研发轨迹,而构建化学结构是最重要的环节,因为它涵盖了药效、药代、安全性和生物药削学等多维性质本栏目以药物化学视角,对有... 新药创制是复杂的智力活动,涉及科学研究、技术创造、产品开发和医疗效果等多维科技活动.每个药物都有自身的研发轨迹,而构建化学结构是最重要的环节,因为它涵盖了药效、药代、安全性和生物药削学等多维性质本栏目以药物化学视角,对有代表性的药物的成功构建,加以剖析和解读氨氣地平是跟随性研制的钙通道阻断剂,却由于突破了2,5位必须是二甲基的固有观念,用胺烷基链替换其中一个甲基,获得了良好的结构,不仅改善了物化和药代性质,还由于长链的末端氨基增添了与靶标的有益结合,赋予分子以独特的性质,例如增加了新的结合位点和在靶标处较长的驻留时间分子设计的突破在药效、药代和物化性质等多方面取得了收获. 展开更多
关键词 氨氯地平 研制 药物化学 物化性质 钙通道阻断剂 化学结构 分子设计 新药创制
雪花形抗泥聚羧酸减水剂设计及性能试验 预览
10
作者 陈建国 张世诚 +2 位作者 张思佳 蒋涛 周脉席 《建筑材料学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期54-59,共6页
采用由分子结构优化设计的酯化和聚合反应方法,合成具有雪花形侧链的新型抗泥聚羧酸减水剂(PCA-SF).利用傅里叶红外光谱(FTIR)、X射线衍射(XRD)和扫描电镜(SEM)分析了蒙脱土(MMT)对PCA-SF层间吸附和表面吸附的影响;研究了PCA-SF对含MMT... 采用由分子结构优化设计的酯化和聚合反应方法,合成具有雪花形侧链的新型抗泥聚羧酸减水剂(PCA-SF).利用傅里叶红外光谱(FTIR)、X射线衍射(XRD)和扫描电镜(SEM)分析了蒙脱土(MMT)对PCA-SF层间吸附和表面吸附的影响;研究了PCA-SF对含MMT水泥净浆流动度及混凝土抗压强度、干缩率的影响.结果表明:MMT层间及表面均吸附了PCA-SF分子,与普通聚羧酸减水剂(PCA-1)相比,PCA-SF扩大了MMT的层间距,缩小了MMT与水泥石的界面过渡区,增加了与MMT的相容性,提高了掺MMT混凝土的强度并降低了其收缩率. 展开更多
关键词 聚羧酸减水剂 含泥混凝土 插层 分子设计
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含能双环HMX衍生物分子设计的密度泛函研究
11
作者 赵国政 范建敏 +2 位作者 杨东芳 范荣荣 陆明 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2019年第3期391-396,共6页
运用DFT-B3LYP/6-311G(d,p)方法,计算了所设计的三种双环HMX(2,4,6,8-四硝基-2,4,6,8-四氮杂双环[3.3.0]辛烷)衍生物分子.基于理论晶体密度和固态生成热计算衍生物分子的爆轰性能;通过前线轨道能与特征高度(h50)评价衍生物分子的感度.... 运用DFT-B3LYP/6-311G(d,p)方法,计算了所设计的三种双环HMX(2,4,6,8-四硝基-2,4,6,8-四氮杂双环[3.3.0]辛烷)衍生物分子.基于理论晶体密度和固态生成热计算衍生物分子的爆轰性能;通过前线轨道能与特征高度(h50)评价衍生物分子的感度.结果表明,理论晶体密度均高于1.90 g·cm^-3,爆速高于9.0 km·s^-1,爆压约为40 GPa.三种双环HMX衍生物分子是潜在的高能量密度材料. 展开更多
关键词 密度泛函 双环HMX衍生物 分子设计 爆轰性能
热活化延迟荧光聚合物及其电致发光器件
12
作者 蒋云波 李欢欢 +2 位作者 陶冶 陈润锋 黄维 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1116-1128,共13页
热活化延迟荧光(TADF)聚合物,不仅具有小分子TADF材料高的激子利用效率特性,而且还具备分子多样性好、可溶液加工、低成本、以及易实现大面积柔性器件等诸多优势,在近几年受到广泛的关注并展现了良好的应用前景。本文从TADF聚合物分子... 热活化延迟荧光(TADF)聚合物,不仅具有小分子TADF材料高的激子利用效率特性,而且还具备分子多样性好、可溶液加工、低成本、以及易实现大面积柔性器件等诸多优势,在近几年受到广泛的关注并展现了良好的应用前景。本文从TADF聚合物分子设计原理、器件结构及发光机理出发,依据TADF聚合物的构筑方法不同,概括了其结构设计策略,详述了各种类型TADF聚合物的分子结构和光电性能及其在有机电致发光器件领域应用的研究进展,最后探讨了TADF聚合物存在的问题,并展望了其发展前景。 展开更多
关键词 TADF聚合物 分子设计 电致发光 有机发光二极管 溶液加工
大环硫杂冠醚的合成及对Ag(Ⅰ)和Tl(Ⅰ)的选择性萃取 预览
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作者 程衔锟 侯雪 +3 位作者 田欢 张梦龙 魏昊 赵卓 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1881-1887,共7页
基于冠醚配位化学和软硬酸碱理论,设计合成了2种预期对Ag(Ⅰ)和Tl(Ⅰ)具有较强配位能力的超大环冠醚10,19-二硫杂苯并30-冠-10(DHB30C10)和10,13,17,20-四硫杂苯并31-冠-10(THB31C10).采用溶剂萃取法考察了2种冠醚对Ag(Ⅰ)和Tl(Ⅰ)的选... 基于冠醚配位化学和软硬酸碱理论,设计合成了2种预期对Ag(Ⅰ)和Tl(Ⅰ)具有较强配位能力的超大环冠醚10,19-二硫杂苯并30-冠-10(DHB30C10)和10,13,17,20-四硫杂苯并31-冠-10(THB31C10).采用溶剂萃取法考察了2种冠醚对Ag(Ⅰ)和Tl(Ⅰ)的选择萃取性能.结果表明,在单一体系中, DHB30C10和THB31C10对Ag(Ⅰ)的络合常数分别为9.76和13.40,对Tl(Ⅰ)的络合常数分别为4.769和4.325.在多元体系中, 2种冠醚对Ag(Ⅰ)均具有较强选择性,其中DHB30C10对Cu(Ⅱ)和Ni(Ⅱ)的分离系数可达194.68和142.44, THB31C10对Cu(Ⅱ)和Ni(Ⅱ)的分离系数可达172.81和268.53,但对Tl(Ⅰ)几乎不具有选择性.并探讨分析了DHB30C10与THB31C10对Ag(Ⅰ)和Tl(Ⅰ)的萃取机理. 展开更多
关键词 分子设计 硫杂冠醚 选择性识别 萃取 结构模拟
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3,3’-偶氮-1,2,4-三唑含能衍生物的分子设计与性能预测 预览
14
作者 李洋 刘玉存 +2 位作者 吕瑞兵 李晓燕 任鑫峰 《兵器装备工程学报》 CAS 北大核心 2019年第3期177-186,共10页
运用密度泛函理论B3LYP方法,在6-31G**水平上研究了3,3’-偶氮-1,2,4-三唑衍生物分子的几何结构、密度、生成焓、键离解能、爆轰参数、静电势、撞击感度以及产气性能。结果显示,-NHNO2取代基在增加3,3’-偶氮-1,2,4-三唑衍生物的生成焓... 运用密度泛函理论B3LYP方法,在6-31G**水平上研究了3,3’-偶氮-1,2,4-三唑衍生物分子的几何结构、密度、生成焓、键离解能、爆轰参数、静电势、撞击感度以及产气性能。结果显示,-NHNO2取代基在增加3,3’-偶氮-1,2,4-三唑衍生物的生成焓方面起着重要的作用。分析最弱键离解能发现,-NHNO2取代基会降低衍生物热稳定性,而-NH2和取代基会提高衍生物的热稳定性。计算衍生物爆速和爆压表明,-NO2、-NHNO2和-NF2有利于提高衍生物的爆轰性能。根据计算结果,3种3,3’-偶氮-1,2,4-三唑衍生物可作为潜在的高能量密度含能材料候选物,其中1,1’,5,5’-四氨基-3,3’-偶氮基-1,2,4-三唑可作为新型高能产气药候选物。 展开更多
关键词 密度泛函理论 3 3’-偶氮-1 2 4-三唑 分子设计 性能预测 含能化合物
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苯并噁嗪树脂吸附性能的研究进展 预览
15
作者 刘俊 《现代盐化工》 2019年第2期47-48,共2页
苯并噁嗪功能材料在耐火材料、涂覆材料、黏结剂等工程材料方面应用广泛,而利用其吸附性能在储能、环境、医学等领域的应用相对较少。鉴于此,其发展成为吸附型功能材料的潜力巨大。着眼于苯并噁嗪的研究与应用现状,对苯并噁嗪功能材料... 苯并噁嗪功能材料在耐火材料、涂覆材料、黏结剂等工程材料方面应用广泛,而利用其吸附性能在储能、环境、医学等领域的应用相对较少。鉴于此,其发展成为吸附型功能材料的潜力巨大。着眼于苯并噁嗪的研究与应用现状,对苯并噁嗪功能材料目前存在的问题进行了概述,对其发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 苯并噁嗪树脂 分子设计 功能材料 吸附
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共价连接的二维扩展四苯基卟啉薄膜的设计与合成的研究
16
作者 闫金红 张红霞 《化工新型材料》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期108-111,共4页
以合成四苯基卟啉的经典反应为模板,通过分子设计,在理论计算的指导下,将原料中的苯甲醛替换为具有双齿结构的对苯二甲醛,从而实现在卟啉单体形成的过程中,一步合成共价桥连的对苯二甲醛代替苯甲醛与吡咯反应,成功合成了中位-苯基桥连... 以合成四苯基卟啉的经典反应为模板,通过分子设计,在理论计算的指导下,将原料中的苯甲醛替换为具有双齿结构的对苯二甲醛,从而实现在卟啉单体形成的过程中,一步合成共价桥连的对苯二甲醛代替苯甲醛与吡咯反应,成功合成了中位-苯基桥连二维苯基聚卟啉薄膜,薄膜的厚度为1~3nm,具有高定向度、扩展共轭、可独立存在的特点。 展开更多
关键词 卟啉 薄膜 共价 分子设计
通过调节共轭聚合物侧链实现可绿色溶剂加工的非富勒烯太阳能电池 预览
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作者 吴仪 孔静宜 +3 位作者 秦云朋 姚惠峰 张少青 侯剑辉 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1391-1398,共8页
有机太阳能电池(OSC)经过长期的发展,其能量转换效率(PCE)已快速推进至14%16%,基本接近可商业化应用的范围,但在目前所见报道的高效率OSC器件的制备过程中,活性层薄膜的加工大多采用氯苯、二氯苯、氯仿等毒性较高的含卤/芳香性试剂,此... 有机太阳能电池(OSC)经过长期的发展,其能量转换效率(PCE)已快速推进至14%16%,基本接近可商业化应用的范围,但在目前所见报道的高效率OSC器件的制备过程中,活性层薄膜的加工大多采用氯苯、二氯苯、氯仿等毒性较高的含卤/芳香性试剂,此类试剂对环境及人类健康的危害非常高。在本工作中,我们基于已报道的高效率给体共轭聚合物PBDB-T,通过扩大共轭侧链结构与增长柔性烷基侧链的方式,合成了新型给体聚合物PBDB-DT。PBDB-DT中较长的柔性烷基侧链保证了其在低毒性溶剂四氢呋喃(THF)溶液中良好的溶解度,同时,扩大的共轭侧链也有效增强了其在THF中的溶液聚集作用,这一特性对于在非富勒烯型OSC器件中获得较好的光伏性能尤其重要。当采用非富勒烯小分子IT-M作为电子受体材料时,以THF为主溶剂加工的基于PBDB-DT:IT-M的OSC器件可以获得10.2%的能量转换效率。 展开更多
关键词 共轭聚合物 非富勒烯受体 有机太阳能电池 绿色溶剂 分子设计
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基于非共价相互作用的非富勒烯受体光伏材料研究进展
18
作者 刘冬雪 刘永胜 《中国科学:化学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期716-728,共13页
有机太阳能电池由于制备简单、成本低,而且易于制备大面积柔性电池,因而受到了研究人员的广泛关注.非富勒烯受体材料因具有合成相对简单、易于纯化、能级和带隙可调等优点,极大地促进了有机太阳能电池效率的提高.基于非富勒烯受体材料... 有机太阳能电池由于制备简单、成本低,而且易于制备大面积柔性电池,因而受到了研究人员的广泛关注.非富勒烯受体材料因具有合成相对简单、易于纯化、能级和带隙可调等优点,极大地促进了有机太阳能电池效率的提高.基于非富勒烯受体材料的太阳能电池已经成为目前有机太阳能电池的研究热点之一,而具有分子内非共价键相互作用的受体材料是非富勒烯受体体系的重要组成部分.通过引入O、F、N、Se等杂原子,形成分子内非共价键相互作用,可以有效提高非富勒烯受体材料的平面性和电荷迁移率,降低光学带隙并拓宽吸收光谱,从而进一步提高太阳能电池的光伏性能.本文介绍了近几年来基于分子内非共价键相互作用的聚合物和小分子非富勒烯受体材料的研究进展,并展望了其发展趋势和应用前景. 展开更多
关键词 有机太阳能电池 非富勒烯受体 非共价键相互作用 分子设计
基于Topomer CoMFA方法的喹诺酮羧酸类衍生物的QSAR研究及分子设计 预览
19
作者 仝建波 雷珊 +1 位作者 秦尚尚 王洋 《分析测试学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期517-524,共8页
采用基于R基团搜索技术的Topomer CoMFA技术对一系列喹诺酮羧酸类衍生物进行三维定量构效(3D-QSAR)关系研究,所得模型结果的交叉验证相关系数(q2)为0.790,非交互验证系数(r2)为0.890,外部验证的复相关系数(r2pred)为0.878,研究... 采用基于R基团搜索技术的Topomer CoMFA技术对一系列喹诺酮羧酸类衍生物进行三维定量构效(3D-QSAR)关系研究,所得模型结果的交叉验证相关系数(q2)为0.790,非交互验证系数(r2)为0.890,外部验证的复相关系数(r2pred)为0.878,研究结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力。采用Topomer search技术在ZINC数据库中进行虚拟筛选,筛选出6个Ra基团和3个Rb基团,进而设计出12个具有更高活性的新型喹诺酮羧酸类化合物。采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与蛋白酶的ASP 30、ASP 29和ASN 25位点作用明显,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考。 展开更多
关键词 三维定量构效(3D-QSAR) 喹诺酮羧酸类衍生物 Topomer COMFA 分子设计 分子对接
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4-取代喹啉衍生物抗菌活性的定量构效关系研究与分子设计 预览
20
作者 陈艳 王玮 堵锡华 《湖南师范大学自然科学学报》 北大核心 2018年第3期46-51,共6页
为了研究4-取代喹啉衍生物对大肠肝菌的抗菌活性(I.I.)的定量构效关系,基于拓扑理论,计算了36种上述化合物的分子电性距离矢量(Mi).通过最佳变量子集回归的方法建立了其中33种化合物对大肠肝菌抗菌活性的三元(M59,M67,M7)QSAR模型... 为了研究4-取代喹啉衍生物对大肠肝菌的抗菌活性(I.I.)的定量构效关系,基于拓扑理论,计算了36种上述化合物的分子电性距离矢量(Mi).通过最佳变量子集回归的方法建立了其中33种化合物对大肠肝菌抗菌活性的三元(M59,M67,M7)QSAR模型,该模型的相关系数(R)、判断系数(R^2)及逐一剔除法交叉验证系数(RCV2)分别为0.904,0.817和0.761.模型通过不同的方法检验具有良好的稳健性及预测能力.根据进入模型的3个变量可知,影响4-取代喹啉衍生物对大肠肝菌的抗菌活性(I.I.)的主要结构片段是—NH—(或—NH=),=O,N,—O—(或—S—)和CH3—.由该结论设计出4种新化合物,抗菌活性均超过73.04%,有待以后生物实验予以验证. 展开更多
关键词 4-取代喹啉衍生物 抗菌活性 分子电性距离矢量 定量结构活性相关 分子设计
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