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6种药用植物的2个组织的内生细菌多样性初步分析 预览
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作者 宋庭宁 洪宗国 +3 位作者 曹夕 朱薪颖 麻晓宇 袁琳 《绿色科技》 2019年第1期1-4,8共5页
为了解白英、巴天酸模、葎草、泽漆、商陆、野老鹳草6种植物不同采集地点不同器官中内生细菌的群落分布及其规律,分别提取植物根和叶的总DNA,应用PCR-DGGE技术对6种植物3处地点的根叶共36个样本的细菌群落进行了研究,根据DGGE图谱,对它... 为了解白英、巴天酸模、葎草、泽漆、商陆、野老鹳草6种植物不同采集地点不同器官中内生细菌的群落分布及其规律,分别提取植物根和叶的总DNA,应用PCR-DGGE技术对6种植物3处地点的根叶共36个样本的细菌群落进行了研究,根据DGGE图谱,对它们的菌落多样性进行了分析。结果表明:不同植物的内生细菌群落在种类和含量上均有差异;同种植物不同器官的内生细菌在种类上无明显差异,含量上有差异;不同地点的同种植物内生菌相似性较高,差别不明显。可见生长环境以及植物不同部位对于内生菌群落分布具有一定的影响。 展开更多
关键词 植物 内生菌 多样性 变性梯度凝胶电泳
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肠易激综合征各亚型与肠道菌群关系的初步研究 预览
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作者 胡勤 刘苗 韦懿 《检验医学与临床》 CAS 2019年第7期926-930,共5页
目的筛选研究肠道菌群的最佳标本类型,初步分析肠易激综合征(IBS)患者各亚型肠道菌群多样性变化及特异性菌群结构。方法根据罗马Ⅲ诊断标准,严格选择腹泻型IBS(IBS-D)患者51例,便秘型IBS(IBS-C)患者29例,混合型IBS(IBS-A)患者22例,以及... 目的筛选研究肠道菌群的最佳标本类型,初步分析肠易激综合征(IBS)患者各亚型肠道菌群多样性变化及特异性菌群结构。方法根据罗马Ⅲ诊断标准,严格选择腹泻型IBS(IBS-D)患者51例,便秘型IBS(IBS-C)患者29例,混合型IBS(IBS-A)患者22例,以及健康对照者(对照组)40例;选择肠腔内液、组织、粪便作为标本进行优越性筛选;提取基因组DNA,巢式聚合酶链反应扩增细菌16srDNA及V1~V3区,采用变性梯度凝胶电泳等技术分析菌群多样性。结果同一患者不同标本中菌群多样性和结构组成比较显示,肠腔内液和组织标本相似,粪便标本与其他两种标本有明显差异;与对照组比较,IBS患者组菌群多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);测序结果共鉴定出10条序列,于美国国家生物技术信息中心数据库blast后显示为:Bacteroides、Lachnospira、Enterobacter、Lactobacillus、Butyrivibrio、Enterococcus、Pseudobutyrivibrio、Bifidobacterium、Dorea、Tender fusobacterium,其中Enterobacter在所有IBS亚型中均明显增高(P<0.01);Bacteroides主要在IBS-A患者肠道定植增多(P<0.05);Lactobacillus和Bifidobacterium在IBS-D、IBS-C患者肠道定植明显多于对照组(P<0.01);Enterococcus只在IBS-A患者肠道定植增多(P<0.01);Tender fusobacterium只在IBS-D患者中减少(P<0.05);Dorea在IBS-D和IBS-A患者中出现频率增高(P<0.01)。结论肠腔内液标本可代替组织标本研究IBS患者肠道定植菌群结构和组成;IBS患者肠道菌群多样性明显降低,且各亚型肠道菌群组成和数量也有明显差异。 展开更多
关键词 肠易激综合征 巢氏聚合酶链反应 变性梯度凝胶电泳 肠道菌群 肠腔内液
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恩施地区酸萝卜中细菌多样性研究 预览
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作者 颜娜 王玉荣 +3 位作者 廖华 赵慧君 张振东 郭壮 《中国食品添加剂》 CAS 2019年第1期69-76,共8页
采用Miseq高通量测序技术、变性梯度凝胶电泳技术以及传统微生物学手段对恩施地区酸萝卜中细菌和乳酸菌多样性进行了解析。结果发现酸萝卜中的优势菌主要为隶属于Firmicutes的Lactobacillus和Pediococcus构成,其平均相对含量分别为55.76... 采用Miseq高通量测序技术、变性梯度凝胶电泳技术以及传统微生物学手段对恩施地区酸萝卜中细菌和乳酸菌多样性进行了解析。结果发现酸萝卜中的优势菌主要为隶属于Firmicutes的Lactobacillus和Pediococcus构成,其平均相对含量分别为55.76%和34.50%。经DGGE分析发现,酸萝卜中乳酸菌主要包括L. kefiri、P. tuberculata、L. senmaizukei、L. acetotolerans、L. acetotolerans和L. kefiri。从3个样品中共分离出14株乳酸菌,其中L.plantarum subsp. plantarum 5株,E.faecium、L.paracasei subsp. paracasei、L.fermentum和L.alimentarius各2株以及L.brevis 1株。由此可见,Lactobacillus是恩施酸萝卜中的优势细菌且多样性较高。 展开更多
关键词 酸萝卜 细菌 乳酸菌 高通量测序 变性梯度凝胶电泳
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结直肠癌患者腹腔镜根治术前后肠道菌群的变化研究 预览
4
作者 苏超云 施奕君 魏庆忠 《中华普外科手术学杂志(电子版)》 2018年第6期481-484,共4页
目的 研究结直肠癌患者腹腔镜根治术前后肠道菌群的变化。方法 选择2016年6月到2017年12月收治的结直肠癌患者46例作为结直肠癌组,选择同期健康体检者46例为健康体检组。纳入患者均行腹腔镜根治术,在术前、术后分别采集一次新鲜粪便,测... 目的 研究结直肠癌患者腹腔镜根治术前后肠道菌群的变化。方法 选择2016年6月到2017年12月收治的结直肠癌患者46例作为结直肠癌组,选择同期健康体检者46例为健康体检组。纳入患者均行腹腔镜根治术,在术前、术后分别采集一次新鲜粪便,测定采集粪便中肠道菌群DNA情况,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳测定患者手术前、后肠道菌群情况,根据测定结果绘制相应的图谱,分析手术前、后肠道菌群的变化情况。采用SPSS18. 0软件处理,肠道菌群的多样性及丰富度采用(x珋±s)表示,采用配对t检验或F检验,P 〈0. 05差异有统计学意义。结果 对粪便进行PCR扩增,获得的肠道菌群各带均处于200 b P左右,与预期的DNA片段长度相吻合;健康体检者粪便标本多样性指数(H)为(5. 6±0. 2),丰富度(E)为(77. 1±0. 4)条;结直肠癌患者术前粪便标本多样性指数(H)为(3. 8±0. 1)、术后为(4. 1±0. 1),术前丰富度(E)为(45. 3±0. 9)条、术后为(50. 6±0. 6)条,术后肠道菌群多样性及丰富度比术前增加(P 〈0. 05),但仍低于健康体检组(P 〈0. 05)。肠道菌群的多样性及丰富度与患者的年龄、临床分期有关(P 〈0. 05),与性别、病程、肿瘤类型无关(P〉 0. 05)。结论 正常人肠道菌群的多样性及丰富度较结直肠癌患者高,其与患者的年龄、临床分期有关。临床通过肠道菌群变化分析有助于指导临床治疗。 展开更多
关键词 结直肠肿瘤 腹腔镜检查 肠杆菌科 变性梯度凝胶电泳
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白酒窖泥微生物多样性研究方法及进展 预览
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作者 郭壮 赵慧君 +3 位作者 雷敏 沈馨 蔡宏宇 张振东 《食品研究与开发》 北大核心 2018年第22期200-207,共8页
浓香型白酒通常采用固态发酵法,使用泥窖发酵,因此在发酵过程中窖泥中部分微生物进入到白酒糟醅中,在白酒的香型形成中发挥着重要的作用,对窖泥微生物多样性的解析就显得极为重要。由于传统的微生物群落分析方法依赖于纯培养技术,对于... 浓香型白酒通常采用固态发酵法,使用泥窖发酵,因此在发酵过程中窖泥中部分微生物进入到白酒糟醅中,在白酒的香型形成中发挥着重要的作用,对窖泥微生物多样性的解析就显得极为重要。由于传统的微生物群落分析方法依赖于纯培养技术,对于多数营养要求苛刻、严格厌氧的微生物分离较为困难,难以获取窖泥中微生物群落多样性更为完整全面的信息。概述常用的传统纯培养方法及克隆文库、磷脂脂肪酸(phospholipid fatty acid,PLFA)、变形梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)、第二代测序技术、宏基因组技术等不依赖于纯培养技术的窖泥微生物多样性研究的技术方法,并简要介绍了将来可能在窖泥微生物研究中得到广泛应用的三代测序技术。 展开更多
关键词 磷脂脂肪酸 变性梯度凝胶电泳 第二代测序技术 窖泥 传统培养方法
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恩施地区腊肠的细菌多样性 预览
6
作者 邓风 王玉荣 +4 位作者 尚雪娇 折米娜 葛东颖 赵慧君 郭壮 《肉类研究》 北大核心 2018年第9期18-22,共5页
为解析恩施地区腊肠中细菌的多样性,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)和MiSeq高通量测序技术相结合的方法对采集自该地区的5个腊肠样品中的细菌进... 为解析恩施地区腊肠中细菌的多样性,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)和MiSeq高通量测序技术相结合的方法对采集自该地区的5个腊肠样品中的细菌进行测定。结果表明:恩施腊肠样品中含有大量的共有细菌类群,其优势细菌主要隶属于硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),二者的平均相对含量分别为57.01%和30.43%;优势细菌属中平均相对含量最高的为环丝菌属(Brochothrix)。 展开更多
关键词 恩施地区腊肠 细菌 变性梯度凝胶电泳 MiSeq高通量测序技术
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微压气升循环流反应器与完全混合式反应器运行效果及微生物种群结构比较 预览
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作者 万立国 边德军 +3 位作者 卢文喜 肖艳波 任庆凯 林巧 《环境污染与防治》 CSCD 北大核心 2018年第1期11-14,18共5页
微压气升循环流反应器(MP-ALR)是在完全混合式反应器(CMR)基础上开发的一种新型污水处理装置。对比研究了MP-ALR和CMR对COD和氨氮的去除效果,并分析了微生物的种群变化和相似性。结果表明,MP-ALR对COD与氨氮的去除效果比CMR更强,抗... 微压气升循环流反应器(MP-ALR)是在完全混合式反应器(CMR)基础上开发的一种新型污水处理装置。对比研究了MP-ALR和CMR对COD和氨氮的去除效果,并分析了微生物的种群变化和相似性。结果表明,MP-ALR对COD与氨氮的去除效果比CMR更强,抗有机负荷冲击的能力也更强,更适合高浓度有机工业废水的处理。变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析表明,MP-ALR和CMR微生物种群结构差异较大,第91、103、116、124个周期末,MP-ALR内的微生物种群数均小于CMR。进一步聚类分析表明,MP-ALR和CMR内的种群均呈现出了逐渐演替的过程,且MP-ALR的演替程度大于CMR。 展开更多
关键词 微压气升循环流反应器 完全混合式反应器 COD 氨氮 微生物种群 变性梯度凝胶电泳
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变性梯度凝胶电泳技术在食源性沙门氏菌分子分型中的应用研究
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作者 杨向莹 高静 +5 位作者 畅晓晖 石嵩 张惠媛 李小林 谢雪钦 张捷 《食品安全质量检测学报》 CAS 2018年第19期5044-5049,共6页
目的建立基于变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术的沙门氏菌分型方法。方法以5株代表性沙门氏菌为供试菌,用引物对GC-rpoB1/ropB3R扩增获得目的片段后,经变性凝胶电... 目的建立基于变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术的沙门氏菌分型方法。方法以5株代表性沙门氏菌为供试菌,用引物对GC-rpoB1/ropB3R扩增获得目的片段后,经变性凝胶电泳分离获得谱图,量化分析谱带多样性及均一性,依据菌株谱图量化相似性构建聚类分析图,分析该技术用于沙门氏菌分型的可行性。结果 5个供试菌的PCR-DGGE谱图差异大,其中以标准菌株肠炎沙门氏菌(ATCC9184)的多样性及丰富度最高,标准菌株鼠伤寒沙门氏菌的最低;就谱带相似性而言,分离自鸭腿样品的2株沙门氏菌的相似性最高,戴斯系数高达85.7%,而分属于不同血清型的两个标准菌株则相似度指数为0%;基于谱带相似性建立的聚类树可将供试菌株很好地分为不同簇。结论本研究所建立的基于PCR-DGGE技术的沙门氏菌分型方法准确度和分辨力均较理想,具有一定的理论及实际意义。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 食源性沙门氏菌 分子分型
大鼠死后肠道菌群演替规律 预览
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作者 李欢 刘睿娜 +2 位作者 张思若 袁璐 徐纪茹 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期482-486,共5页
目的初步探索尸体肠道菌群的时序性变化用于死亡时间推断。方法利用棉签擦拭颈椎脱臼处死大鼠肠道取样,通过提取肠道菌群DNA,选取16SrRNAV3区通用引物进行PCR,PCR产物进行变性梯度凝胶电泳,对得到的图谱进行组间菌群多样性与相似性分析... 目的初步探索尸体肠道菌群的时序性变化用于死亡时间推断。方法利用棉签擦拭颈椎脱臼处死大鼠肠道取样,通过提取肠道菌群DNA,选取16SrRNAV3区通用引物进行PCR,PCR产物进行变性梯度凝胶电泳,对得到的图谱进行组间菌群多样性与相似性分析,并对从变性梯度凝胶电泳切下的条带进行纯化、PCR、测序后获得各组厚壁菌门的主要菌群所占百分比。结果处死后大鼠第1~30天的菌群多样性呈现减少趋势(P<0.05),组内相似性呈现下降趋势(P<0.05),第1天指纹图谱条带数、组内相似性系数(similaritycoefficient,Cs)高于其他组(P<0.05),第5天与第25、30天组内Cs比较差异有统计学意义(P<0.05)。在属水平,处死后第1、5天肠道菌群以肠球菌属(Enterococcussp.)为主,第10、15、20天以苏云金芽孢杆菌(Bacillusthuringienssis)为主,第25、30天以粪肠球菌(Enterococcusfaecalis)为主。结论肠道菌群随大鼠处死后时间的延续,其组成、结构都出现了明显的变化,肠道菌群的演替与死亡时间相关。 展开更多
关键词 法医病理学 DNA指纹法 变性梯度凝胶电泳 大肠菌群 死亡时间 大鼠
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滴水湖表层水体细菌多样性特点初步探究
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作者 黎谢飞 王永杰 《上海海洋大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期728-738,共11页
上海市浦东新区滴水湖自建成后,围绕滴水湖水体质量的研究很多,但是滴水湖水体总体细菌多样性特点的研究尚未见报道。本研究结合16S rRNA基因变性梯度凝胶电泳、16S rRNA基因宏基因组学分析的方法来初步探究滴水湖表层水体细菌的多样性... 上海市浦东新区滴水湖自建成后,围绕滴水湖水体质量的研究很多,但是滴水湖水体总体细菌多样性特点的研究尚未见报道。本研究结合16S rRNA基因变性梯度凝胶电泳、16S rRNA基因宏基因组学分析的方法来初步探究滴水湖表层水体细菌的多样性特点,以及滴水湖中粪便污染指示菌、致病菌、条件致病菌和水体富营养化典型菌等的存在性和分布情况。研究结果可以说明滴水湖表层水体在采样期内的细菌多样性:(1) 5个水体样品共获得428个OTU,属于17个细菌门,39个纲,81个目,130个科,191个属,282个种。(2)湖水中以放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、浮霉菌门(Planctomycetes)为优势门,占总序列数的97%。(3)在宏基因组中没有检测到水体粪便污染指示菌等相关的序列,在属的水平没有发现沙门氏菌属(Salmonella)、链球菌属(Streptococcus)等致病菌或条件致病菌,只有极少量的序列属于志贺氏菌属(Shigella,0. 1%)。滴水湖表层水体中蓝藻主要为聚球藻属(Synechococcus),没有发现富营养化水体中容易出现的水华蓝藻的序列。可知滴水湖表层水体的细菌多样性特点与淡水湖泊典型细菌多样性特点类似,湖水中没有检出水体污染菌,目前也没有证据表明有蓝藻暴发导致水华的倾向。 展开更多
关键词 16S RRNA基因 变性梯度凝胶电泳 宏基因组 滴水湖表层水体 细菌多样性 水体污染菌
出土竹简饱水期间放线菌群落结构与功能
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作者 张潇月 杨弢 +5 位作者 吴昊 黄鑫 李静 周潇 肖嶙 赵珂 《微生物学通报》 CSCD 北大核心 2018年第6期1200-1209,共10页
【背景】出土竹简需经历一个较长时间的饱水保存后才进行脱水处理,在此期间微生物的滋生和蔓延威胁竹简的安全保存。【目的】研究分析成都老官山汉墓出土竹简浸泡液中的放线菌群落结构与功能,为科学有效保存竹简提供理论依据。【方法】... 【背景】出土竹简需经历一个较长时间的饱水保存后才进行脱水处理,在此期间微生物的滋生和蔓延威胁竹简的安全保存。【目的】研究分析成都老官山汉墓出土竹简浸泡液中的放线菌群落结构与功能,为科学有效保存竹简提供理论依据。【方法】采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术与传统可培养方法相结合的方式对成都老官山汉墓出土竹简夏季浸泡液中的放线菌群落结构和功能进行了初探。【结果】DGGE图谱显示,各样品间放线菌多样性指数(H′)、优势度指数(C)、辛普森指数(D)和均匀度指数(J)均有所不同,主成分分析结果反映出竹简浸泡液中放线菌种群结构存在较大差异;DGGE条带回收测序显示15条序列归于10个属,其中检出率较高的有原小单孢菌属(Promicromonospora)、纤维微菌属(Cellulosimicrobium)、芽球菌属(Blastococcus)、链霉菌属(Streptomyces),而原小单胞属(Promicromonospora)在各个样品中均有检出;可培养方法获得12株放线菌,分属于链霉菌属(Streptomyces)和原小单胞属(Promicromonospora);通过刚果红实验对分离获得的菌株进行初步筛选,得到5株具有纤维素降解能力的菌株。【结论】竹简浸泡液中的放线菌不仅种群丰富,而且存在降解竹简的潜在可能。 展开更多
关键词 竹简浸泡液 变性梯度凝胶电泳 可培养方法 放线菌群落结构 纤维素降解
PCR-DGGE技术及其在猪肠道微生物菌群变化的研究进展 预览 被引量:1
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作者 侯美如 尹珺伊 +6 位作者 王岩 刘宇 陈楠楠 秦平伟 冯万宇 张艳 史同瑞 《中国猪业》 2018年第4期54-56,共3页
变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)能够分析样品中无法经实验室培养的微生物菌群的多样性,还可对优势条带进行测序比对分析,进而了解菌群组成及变化,同时也增加了发现新微生物的机会。本文对PCR-DGGE的原理、特点进行了介绍,阐述了该技术在... 变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)能够分析样品中无法经实验室培养的微生物菌群的多样性,还可对优势条带进行测序比对分析,进而了解菌群组成及变化,同时也增加了发现新微生物的机会。本文对PCR-DGGE的原理、特点进行了介绍,阐述了该技术在猪肠道微生态研究中的应用,并对其应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 猪肠道微生物菌群 多样性
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基于16S rRNA的高通量测序和DGGE法对比新鲜与4℃贮藏腐败的凡纳滨对虾微生物菌群变化
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作者 杨胜平 谢晶 钱韻芳 《中国食品学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期280-287,共8页
以新鲜和4℃条件下贮藏4 d腐败后的凡纳滨对虾为研究对象,分别采用高通量测序和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱技术研究对虾微生物菌群组成。结果显示:微生物在门、纲、目、科和属的分类水平上,高通量测序技术检测出新鲜对虾和腐败... 以新鲜和4℃条件下贮藏4 d腐败后的凡纳滨对虾为研究对象,分别采用高通量测序和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱技术研究对虾微生物菌群组成。结果显示:微生物在门、纲、目、科和属的分类水平上,高通量测序技术检测出新鲜对虾和腐败对虾分别有18和19门、33和46纲、60和89目、93和150科、191和304属;而DGGE法对新鲜对虾和腐败对虾均仅检测到1门、1纲,分别检测到4和5目,3和4科,6和7属。高通量测序检测到新鲜和腐败凡纳滨对虾微生物的4个优势门类群分别为变形菌门(87.54%和91.17%)、拟杆菌门(8.93%和1.05%)、厚壁菌门(1.01%和4.54%)和梭杆菌门(1.01%和0.2%),而DGGE法检测到的门水平优势类群仅变形菌门,表明高通量测序法与DGGE法在反映样本微生物群落规模上具有较大差异。通过DGGE法和高通量测序法发现贮藏期间腐败凡纳滨对虾中弧菌属微生物的相对丰度较新鲜对虾明显降低,而以腐败希瓦氏菌和波罗的海希瓦氏菌为主的希瓦氏菌属微生物相对丰度上升,说明这两种方法在反映优势菌群演替变化规律上结果一致,其中,高通量测序法检测灵敏度和精度更高。 展开更多
关键词 高通量测序 变性梯度凝胶电泳 凡纳滨对虾 微生物菌群
重症急性胰腺炎病人外周血细菌DNA分子谱图
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作者 唐春 赵晓璠 +4 位作者 何琴 童智慧 王晨阳 李秋荣 黎介寿 《肠外与肠内营养》 北大核心 2018年第1期46-51,共6页
目的:构建重症急性胰腺炎(SAP)病人外周血细菌DNA分子谱图,探讨细菌易位与SAP感染并发症形成的潜在联系。方法:30例SAP病人纳入本研究,依据病情分为脓毒症组、脓毒症休克组和感染组,每组10例。收集病人外周血,提取DNA,PCR扩增后行... 目的:构建重症急性胰腺炎(SAP)病人外周血细菌DNA分子谱图,探讨细菌易位与SAP感染并发症形成的潜在联系。方法:30例SAP病人纳入本研究,依据病情分为脓毒症组、脓毒症休克组和感染组,每组10例。收集病人外周血,提取DNA,PCR扩增后行变性梯度凝胶电泳,对明显条带进行切胶回收和测序,确定细菌种属。结果:脓毒症休克病人外周血细菌DNA阳性率为100%,均由3种以上细菌组成,超过一半病人细菌达5~8种,最常见细菌为大肠杆菌、凝结芽孢杆菌、恶臭假单胞菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌,阳性率均超过40%。脓毒症病人外周血细菌DNA阳性率为90%,由2~4种细菌构成,常见细菌为恶臭假单胞菌、福氏志贺菌、金黄色葡萄球菌和屎肠球菌,阳性率为20%~60%。感染组病人外周血细菌DNA阳性率为70%,多为单一种类细菌。结论:不同病情SAP病人外周血细菌谱图有显著差异,多细菌易位可能在全身性感染形成起重要作用,加深了我们对SAP脓毒症发生机制的理解,为临床感染预防和治疗提供参考。 展开更多
关键词 重症急性胰腺炎 脓毒症 细菌易位 变性梯度凝胶电泳 DNA测序
腌菜中细菌多样性研究及乳酸菌分离鉴定 预览
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作者 尚雪娇 代程洋 +3 位作者 王玉荣 廖华 张振东 郭壮 《中国酿造》 北大核心 2018年第11期40-44,共5页
以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术(HTS)与变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术相结合的方法对其中所含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门为硬... 以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术(HTS)与变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术相结合的方法对其中所含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门(Firmicutes),其平均相对含量高达97.09%。优势细菌属为Lactobacillus、Weissella、Leuconostoc、Vibrio、Pseudomonas、Psychrobacter和Flavobacterium,其中Lactobacillus的平均相对含量高达82.37%;通过变性梯度凝胶电泳技术从样品中检测出的乳酸菌有Lactobacillus sakei、Lactobacillus insicii、Lactobacillus plantarum subsp.argentoratensis、Lactobacillus plantarum subsp.plantarum和Lactobacillus acetotolerans;分离鉴定及保藏的乳酸菌中有L.plantarum 7株,L.alimentarius 2株,L.curvatus和L.brevis各1株以及L.sakei 4株。由此可见,虽然Lactobacillus为腌菜样品中的优势菌,但乳酸杆菌的构成在样品间存在一定的差异。 展开更多
关键词 腌菜 细菌 乳酸菌 变性梯度凝胶电泳 高通量测序
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基于变性梯度凝胶电泳和MiSeq高通量测序技术分析恩施地区腊肉的细菌多样性 预览
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作者 董蕴 王玉荣 +3 位作者 王尧 廖华 赵慧君 郭壮 《肉类研究》 北大核心 2018年第10期37-42,共6页
以采集自湖北省恩施地区的5 个腊肉样品为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其中所含微生物的多样性进... 以采集自湖北省恩施地区的5 个腊肉样品为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其中所含微生物的多样性进行解析。PCR-DGGE结果表明,腊肉样品中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas);MiSeq高通量测序结果表明,腊肉中的细菌门主要为硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其平均相对含量分别为54.05%和44.28%,细菌属主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、环丝菌属(Brochothrix)、科贝特氏菌属(Cobetia)和不动细菌属(Acinetobacter),其平均相对含量分别为40.18%、24.02%、9.37%、8.53%、4.71%和2.31%;在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)水平上,发现252 个核心OTU,累计平均相对含量高达74.22%。由此可见,PCR-DGGE和MiSeq高通量测序的结果综合分析得出恩施地区腊肉中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)。 展开更多
关键词 腊肉 细菌 变性梯度凝胶电泳 MiSeq高通量测序
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PCR-DGGE指纹图谱技术分析发病龙须菜附生菌菌群组成 预览
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作者 裴鹏兵 陈洋 +4 位作者 邓绍鸿 刘晓娟 钟名其 林琪 杜虹 《中国水产科学》 CSCD 北大核心 2018年第5期1040-1050,共11页
本研究以07-2品系龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)为实验材料,提取自然条件下代表不同病变程度的健康、病间、白化藻体的附生菌DNA,经PCR扩增16S rDNA基因的V3可变区并进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分离V3片段,再对目的条带进行克隆鉴... 本研究以07-2品系龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)为实验材料,提取自然条件下代表不同病变程度的健康、病间、白化藻体的附生菌DNA,经PCR扩增16S rDNA基因的V3可变区并进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分离V3片段,再对目的条带进行克隆鉴定。实验结果经数据化后计算龙须菜附生菌数目并比较附生菌菌群多样性,通过非度量多维尺度分析(nMDS)及多元梯度分析(RDA)来比较附生菌菌群组成相似性及优势菌群。实验结果表明,随着龙须菜病变程度的加深,附生菌菌落数及菌群多样性逐渐增加(P<0.05)。nMDS分析结果表明,健康藻体与白化藻体在附生菌菌群组成上存在差异,病间藻体在附生菌菌群组成上与健康藻体更为接近。RDA分析结果表明,龙须菜健康藻体附生菌可能的优势菌群是海洋单胞菌属(Marinomonas),病间藻体附生菌可能的优势菌群是单胞菌属(Alteromonas)、红杆菌科(Rhodobacteraceae)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas),白化藻体附生菌可能的优势菌未能鉴定到,而白化残留藻体附生菌鉴定到的优势菌有Maribacter、红杆菌科、玫瑰变色菌属(Roseovarius)。从上述结果可以看出,龙须菜健康藻体与发病藻体在附生菌菌群组成及优势菌上存在较大差异,而介于两者之间的藻体在菌群组成上更偏向于健康藻体。 展开更多
关键词 龙须菜 白化病 附生菌菌群 变性梯度凝胶电泳 优势菌
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铅锌尾矿砂污染下的岩溶土壤微生物群落碳源代谢特征 被引量:1
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作者 房君佳 李强 +5 位作者 刘畅 靳振江 梁月明 黄炳惠 卢晓漩 彭文杰 《环境科学》 CSCD 北大核心 2018年第5期2420-2430,共11页
以广西阳朔思的村铅锌矿尾砂污染的水稻田、玉米地、柑橘园以及对照(旱地)土壤为研究对象,采用碳素利用法和18S rRNA变性梯度凝胶电泳技术探究岩溶区重金属污染下土壤微生物群落碳源代谢特征以及土壤真菌与土壤有机碳的交互关系.结果... 以广西阳朔思的村铅锌矿尾砂污染的水稻田、玉米地、柑橘园以及对照(旱地)土壤为研究对象,采用碳素利用法和18S rRNA变性梯度凝胶电泳技术探究岩溶区重金属污染下土壤微生物群落碳源代谢特征以及土壤真菌与土壤有机碳的交互关系.结果表明,广西阳朔思的村铅锌矿尾砂污染区土壤重金属总体含量(Pb、Zn、Cu、Cd)依次为:水稻田〉玉米地〉柑橘园〉对照;同时地累积综合指数显示该区重金属污染以Pb、Cd为主,其中Cd带来的环境风险最高.受Pb、Zn、Cu、Cd等重金属复合污染物影响,土壤微生物生物量碳、微生物熵和碳源代谢速率表现出随总体重金属质量分数增加而降低的变化规律,但土壤总有机碳质量分数却表现为:水稻田〉对照〉柑橘园或玉米地.DGGE结果进一步显示对照组土壤存在担子菌门多孔菌目Pycnoporus sp.ZW02.30,柑橘园和玉米地土壤存在镰刀菌属Fusarium solani和Fusarium oxysporum以及柑橘园土壤存在青霉属Penicillium decumbens.然而,上述参与淀粉、纤维素、半纤维素、木质素等糖类降解过程的真菌没有在水稻田土壤检出.加之,水稻田土壤微生物功能多样性指数和微生物熵最低而土壤有机碳质量分数最高,说明铅锌尾矿砂通过影响不同样地土壤微生物糖类代谢过程,进而调节土壤碳在微生物特别是真菌作用下的矿化速率. 展开更多
关键词 铅锌尾矿砂 土壤微生物 土地利用类型 碳素利用法 变性梯度凝胶电泳
基于PCR—DGGE与高通量测序技术的恩施地区腊鱼细菌多样性评价 预览
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作者 王玉荣 廖华 +2 位作者 赵慧君 张振东 郭壮 《现代食品科技》 北大核心 2018年第11期208-213,175共7页
作为我国传统的发酵食品,腊鱼因具有独特的滋味和口感而深受人们青睐。以16 s rDNA基因为标靶,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)与Mi Seq高通量测序技术相结合的方法对采集自恩施地区腊鱼样品的细菌多样性进行了研究。PCR... 作为我国传统的发酵食品,腊鱼因具有独特的滋味和口感而深受人们青睐。以16 s rDNA基因为标靶,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)与Mi Seq高通量测序技术相结合的方法对采集自恩施地区腊鱼样品的细菌多样性进行了研究。PCR-DGGE结果表明,腊鱼样品中的细菌以Psychrobacter和Lactobacillus为主。Mi Seq高通量测序结果表明,腊鱼中的优势细菌门主要为变形菌门(Proteobacteria)、硬壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria),其平均相对含量分别为61.29%、30.21%、5.34%和1.74%。腊鱼中的优势细菌主要为Psychrobacter、Brochothrix、Pseudomonas、Staphylococcus、Acinetobacter、Vibrio、Pseudoalteromonas和Chryseobacterium,其平均相对含量为35.70%、19.74%、7.13%、7.12%、4.19%、3.90%、3.09%和1.98%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现了64个核心OTU,累计平均相对含量高达62.67%。由此可见,恩施地区腊鱼中的优势细菌主要由隶属于Proteobacteria的Psychrobacter及隶属于Firmicutes的Brochothrix构成,且不同样品共有大量的核心细菌菌群。 展开更多
关键词 恩施 腊鱼 细菌 变性梯度凝胶电泳 高通量测序技术
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变性梯度凝胶电泳法分析黄柏对大鼠胃肠道菌群的影响
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作者 张柏岳 瞿慧琴 田维毅 《贵阳中医学院学报》 2018年第3期24-28,共5页
目的:应用DGGE技术分析黄柏对大鼠胃、十二指肠、空肠、回肠、结肠部位菌群数量的影响,为探索黄柏的肠菌群调节作用积累数据。方法:饲养大鼠共72只,黄柏水煎液分高、中、低剂量进行灌胃,其中空白对照组18只。分别在第一、二、三周时... 目的:应用DGGE技术分析黄柏对大鼠胃、十二指肠、空肠、回肠、结肠部位菌群数量的影响,为探索黄柏的肠菌群调节作用积累数据。方法:饲养大鼠共72只,黄柏水煎液分高、中、低剂量进行灌胃,其中空白对照组18只。分别在第一、二、三周时采集大鼠胃、十二指肠、空肠、回肠、结肠各段(含内容物),提取细菌基因组DNA,应用DGGE技术分析各样本不同给药时间下菌群数量的变化。结果:在黄柏作用的影响下,胃部低剂量组一周,中剂量组三周及高剂量组二周三周与空白组差异较明显(P〈0.05);十二指肠低剂量组一周,低、中、高剂量组第三周较空白组有明显差异(P〈0.05);空肠部位低、中、高剂量组第三周较空白组有明显差异(P〈0.05);回肠部位低剂量组二、三周,中剂量组一、二、三周及高剂量组一周较空白组有明显差异(P〈0.05);结肠部位中剂量组一、二、三周较空白组有明显差异(P〈0.05)。结论:黄柏长期给药对大鼠十二指肠部位菌群多样性起抑制作用,对胃、空肠、回肠及结肠部位的菌群多样性起到一定促进作用。 展开更多
关键词 黄柏 胃肠道菌群 变性梯度凝胶电泳
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