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紫萼玉簪HvGASA、HvFAD基因的克隆及表达分析 预览
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作者 庄倩倩 陈少鹏 刘洪章 《江苏农业科学》 2019年第4期55-60,共6页
利用RACE技术、Genome Walking技术及PCR技术,从紫萼玉簪中克隆得到长度分别为336、1320bp的GASA基因HvGASA和脂肪酸去饱和酶基因HvFAD的cDNA全长序列,分别编码111、399个氨基酸,其中HvFAD基因所编码的蛋白为跨膜蛋白。qRT-PCR分析结果... 利用RACE技术、Genome Walking技术及PCR技术,从紫萼玉簪中克隆得到长度分别为336、1320bp的GASA基因HvGASA和脂肪酸去饱和酶基因HvFAD的cDNA全长序列,分别编码111、399个氨基酸,其中HvFAD基因所编码的蛋白为跨膜蛋白。qRT-PCR分析结果表明,2条基因随自然地温的降低均上调表达,而且在地温降至3℃时发生剧烈的表达量变化,说明HvGASA、HvFAD基因与紫萼玉簪的抗寒性具有密切关系。 展开更多
关键词 紫萼玉簪 HvGASA基因 HvFAD基因 基因克隆 基因表达 抗寒性
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甘蓝型油菜光敏色素互作因子4(BnaPIF4)基因克隆和功能分析 预览
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作者 冯韬 官春云 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期204-213,共10页
光敏色素互作因子4(phytochrome interacting factor 4,PIF4)是光信号途径关键转录因子,PIF4与BZR互作介导光信号与油菜素内酯信号互作,参与植物光响应。本文在甘蓝型油菜湘油15号中克隆到2个PIF4基因,分别定位于A03号染色体和C03号染色... 光敏色素互作因子4(phytochrome interacting factor 4,PIF4)是光信号途径关键转录因子,PIF4与BZR互作介导光信号与油菜素内酯信号互作,参与植物光响应。本文在甘蓝型油菜湘油15号中克隆到2个PIF4基因,分别定位于A03号染色体和C03号染色体,命名为BnaPIF4_A03和BnaPIF4_C03,全长编码序列(coding sequence,CDS)、全长mRNA和全长基因分别为1242 bp和1245 bp、1701 bp和1731 bp、2527 bp和2665 bp,各自编码413和414个氨基酸。BnaPIF4_A03具有7个外显子和6个内含子,BnaPIF4_C03具有8个外显子和7个内含子,与测序品种中双11号相比,BnaPIF4_A03基因第1内含子存在单碱基插入突变,第4和第6内含子存在缺失突变,且具有更长的3'-UTR,两基因其他序列在湘油15号和中双11号之间无差别。BnaPIF4_A03和BnaPIF4_C03基因编码蛋白具有典型的植物bHLH结构域,亚细胞定位于细胞核,是典型的植物PIF4蛋白。多序列比对和进化分析表明,BnaPIF4蛋白与白菜、拟南芥、亚麻芥等PIF4蛋白高度同源。PIF4蛋白进化关系与物种进化关系一致,近缘物种中的PIF4蛋白在进化树中高度聚类,大量植物中可见PIF4蛋白重复且低等植物中分化程度明显低于高等植物中,表明PIF4蛋白是一个晚期进化事件且可能存在功能冗余。酵母杂交实验表明BnaPIF4与BnaBZR蛋白存在互作,但BnaPIF4不能与BnaBZR基因的启动子互作,表明BnaPIF4与BnaBZR在蛋白水平而非转录水平发生互作。湘油15号中BnaPIF4_A03和BnaPIF4_C03基因表达规律一致,BnaPIF4基因主要表达于油菜茎表皮、未成熟角果和叶中,在花和根中表达较低,且其表达随油菜生育进程逐渐降低。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 光敏色素互作因子4 基因克隆 基因互作 基因表达 生物信息学分析
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雷公藤4个环氧角鲨烯环化酶基因克隆与表达分析
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作者 祝传书 刘艳 +4 位作者 蒲时 霍彦波 张斌 冯俊涛 张兴 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期237-247,共11页
雷公藤(Tripterygium wilfordii)作为重要的药用植物,具有抗癌、抗炎和免疫调节等作用,并具有较强的杀虫活性。雷公藤红素(celastrol)是雷公藤最具代表性的三萜物质,药理活性高且作用广泛,极具开发价值。环氧角鲨烯环化酶(oxidosqualene... 雷公藤(Tripterygium wilfordii)作为重要的药用植物,具有抗癌、抗炎和免疫调节等作用,并具有较强的杀虫活性。雷公藤红素(celastrol)是雷公藤最具代表性的三萜物质,药理活性高且作用广泛,极具开发价值。环氧角鲨烯环化酶(oxidosqualene cyclase, OSC)被认为是三萜类次生代谢途径中的关键限速酶,是三萜合成生物学研究的重要元件之一。根据前期对雷公藤根转录组数据的分析设计引物,克隆得到4个雷公藤OSC基因:TwOSC1 (GenBank No. MH412928)、TwOSC2 (GenBank No. MH412929)、TwOSC3(GenBank No. MH412930)和TwOSC4 (GenBank No. MH412931)。TwOSC1~3的ORF均为2 289 bp,编码762个氨基酸;TwOSC4的ORF为2 280 bp,编码759个氨基酸。生物信息学分析表明,4个TwOSC蛋白序列相似性较高,多重序列两两比对相似性在53%~77%之间。分子进化树分析表明,TwOSC1与多个物种的β-香树素合成酶聚为一个分支,TwOSC2、TwOSC4与环阿屯醇合成酶聚为一个分支,TwOSC3与羽扇豆醇合成酶聚为一个分支。以qRT-PCR方法检测上述基因在雷公藤不同组织部位的表达模式,结果显示,TwOSC1基因只在根中表达,TwOSC2、TwOSC3和TwOSC4在不同组织中均有表达。进而以茉莉酸甲酯(methyl jasmonate, MeJA)诱导处理雷公藤发状根,可不同程度地增加TwOSC1、TwOSC2、TwOSC4基因表达,同时抑制TwOSC3基因表达。以高效液相色谱法(high-performance liquid chromatography,HPLC)检测雷公藤发状根中红素的含量变化,经MeJA诱导处理后红素含量有不同程度增加,且MeJA诱导后TwOSC1基因表达量的变化趋势与红素含量的变化趋势一致,推测TwOSC1可能与雷公藤红素的合成有关。本研究为雷公藤三萜活性物质的合成与积累提供了基础资料。 展开更多
关键词 雷公藤 环氧角鲨烯环化酶基因(OSC) 基因克隆 基因表达 雷公藤红素
黄冠梨PbpNCED3基因的克隆与表达 预览
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作者 王华 潘祺 +4 位作者 鞠萌 汪紫萸 汪王微 王瑞生 朱立武 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期82-88,共7页
【目的】克隆黄冠梨Pyrus bretschneideri ‘Xuehuali’× P. pyrifolia ‘Shinsseiki’叶片中的9?顺式?环氧类胡萝卜素裂解双加氧酶(NCED)基因的全长cDNA 序列,研究不同程度干旱条件下该基因的表达及与叶片内源脱落酸(ABA)的动态... 【目的】克隆黄冠梨Pyrus bretschneideri ‘Xuehuali’× P. pyrifolia ‘Shinsseiki’叶片中的9?顺式?环氧类胡萝卜素裂解双加氧酶(NCED)基因的全长cDNA 序列,研究不同程度干旱条件下该基因的表达及与叶片内源脱落酸(ABA)的动态变化关系,为明晰该基因在梨树抗旱中的分子机理提供理论依据。【方法】根据转录组数据得到的PbpNCED3 序列进行同源序列扩增,通过生物信息学分析确定其属于NCED 家族基因。通过酶联免疫吸附法测定不同水分条件下梨叶片内源ABA 的含量,通过实时荧光定量测定PbpNCED3 基因的表达量。【结果】PbpNCED3cDNA 序列全长为1 831bp,编码603 个氨基酸(GeneBank 登录号为:MH749461)。该蛋白具有NCED 发挥功能所依赖的4 个保守的组氨酸,有NCED 家族特有保守结构域序列MIAHPKxDP 和HDFAITE 及RPE65 结构域,N?端含有靶向叶绿体的转运肽。蛋白结构预测发现,该蛋白与玉米vp14(NCED 家族蛋白)比对序列相似性为70%,且具有两亲性的α螺旋结构。PbpNCED3 基因的表达量与梨叶片ABA 的含量成正相关关系(相关系数为0.914),且二者都受到干旱的诱导。【结论】试验所得到的黄冠梨PbpNCED3 属于NCED 家族基因,该基因响应干旱胁迫,其表达量与内源ABA 的含量动态变化趋势一致。 展开更多
关键词 黄冠梨 NCED基因 基因克隆 脱落酸 基因表达 干旱
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山羊CPT1B基因的克隆、表达及其与肌内脂肪含量的相关性分析
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作者 俞雨阳 林亚秋 +2 位作者 梁计峻 王永 朱江江 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期692-702,共11页
肌内脂肪含量是动物育种的关键指标,利用分子生物学手段研究脂代谢调控机制是一项重要工作。本研究旨在克隆山羊(Capra hircus)肉碱脂酰转移酶Ⅰ肌肉亚型基因(carnitine palmityl transferase 1B, CPT1B)序列,并利用qRT-PCR技术检测山... 肌内脂肪含量是动物育种的关键指标,利用分子生物学手段研究脂代谢调控机制是一项重要工作。本研究旨在克隆山羊(Capra hircus)肉碱脂酰转移酶Ⅰ肌肉亚型基因(carnitine palmityl transferase 1B, CPT1B)序列,并利用qRT-PCR技术检测山羊不同组织和肌内前体脂肪细胞中CPT1B基因的表达模式,为深入探讨CPT1B基因在山羊脂肪酸代谢调控中的功能提供实验数据。首先选取1周岁的健康简州大耳羊(Jianzhou Big-eared goat) 7只,采集心、肝、脾、肺、肾、背最长肌、股二头肌、臂三头肌、皮下脂肪和腹间脂肪并保存于液氮中,以索氏提取法检测背最长肌、股二头肌、臂三头肌的肌内脂肪含量;利用Trizol试剂提取上述保存的组织样品总RNA,利用反转录PCR方法克隆CPT1B序列并进行生物信息学分析;利用qRT-PCR方法检测CPT1B基因在山羊各组织的表达,分析其表达水平与肌内脂肪含量的相关性。结果显示,克隆得到山羊CPT1B基因序列2 619 bp (GenBank No. MH340532),包含完整的CDS区2 313 bp、5’UTR序列52 bp、3’UTR序列254 bp,编码771个氨基酸。各组织qRT-PCR结果显示,CPT1B在简州大耳羊心脏、背最长肌、股二头肌和臂三头肌有较高水平的基因表达,在肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、皮下脂肪和腹间脂肪的表达水平较低;肌内前体脂肪细胞的检测结果显示,前体脂肪细胞分化期间的CPT1B表达量均极显著高于分化前和分化后(P<0.01);相关性分析显示,CPT1B基因表达量与各肌肉组织肌内脂肪含量均显著正相关(P<0.05)。综上所述,CPT1B可能在山羊肌内脂肪沉积过程中具有调控作用,上述结果为CPT1B基因在肉用山羊育种中的应用提供了基础资料。 展开更多
关键词 山羊 肉碱脂酰转移酶Ⅰ肌肉亚型基因(CPT1B) 基因克隆 肌内脂肪(IMF) 基因表达
电子克隆获取甜菜富亮氨酸类受体蛋白激酶基因BvLRR-RPK2;1完整编码区 预览
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作者 王希 陈丽 赵春雷 《中国糖料》 2019年第3期12-18,共7页
针对前期获得的甜菜分子标记位点进行分析,以获得甜菜中该位点相关的基因。结合电子克隆与常规克隆,获取并验证目的基因片段,最后预测基因产物结构与功能。结果获得了一段长3467bp的片段,其中包含一个长3141bp的完整编码区,编码一个长10... 针对前期获得的甜菜分子标记位点进行分析,以获得甜菜中该位点相关的基因。结合电子克隆与常规克隆,获取并验证目的基因片段,最后预测基因产物结构与功能。结果获得了一段长3467bp的片段,其中包含一个长3141bp的完整编码区,编码一个长1046aa的富亮氨酸类受体蛋白激酶。将基因命名为BvLRR-RPK2;1。基因编码区在基因组中连续存在,无内含子区域。基因翻译产物BvLRR-RPK2;1具有一个跨膜结构域,具有LRR-RPK家族的特征性结构域,与已知的LRR-RPK/RLK类蛋白序列相似性在85%以下,与甜菜本身的预测序列在编码区内部有5个碱基、2个氨基酸的差异。本文获得了一个甜菜中未经克隆的LRR-RPK2编码区,并预测了其产物功能。 展开更多
关键词 甜菜 富亮氨酸类受体蛋白激酶(LRR-RPK) 基因克隆 电子克隆 完整编码区
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沙葱萤叶甲热激蛋白基因GdHsp10a的克隆、分子特征与表达分析
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作者 陈龙 谭瑶 +3 位作者 周晓榕 庞保平 单艳敏 张卓然 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期417-424,共8页
为明确热激蛋白HSP10在沙葱萤叶甲Galeruca daurica生长发育过程中的作用,采用RTPCR及RACE技术克隆沙葱萤叶甲Hsp10基因cDNA的全长序列,采用生物信息学方法分析其序列特征,并利用qPCR技术对该基因在沙葱萤叶甲不同发育阶段、成虫羽化后... 为明确热激蛋白HSP10在沙葱萤叶甲Galeruca daurica生长发育过程中的作用,采用RTPCR及RACE技术克隆沙葱萤叶甲Hsp10基因cDNA的全长序列,采用生物信息学方法分析其序列特征,并利用qPCR技术对该基因在沙葱萤叶甲不同发育阶段、成虫羽化后不同时期以及不同温度下的表达谱进行分析。结果表明,克隆获得1条新的沙葱萤叶甲Hsp10基因,命名为GdHsp10a,GenBank登录号为MG460308,cDNA序列全长为526bp,开放阅读框为333bp,编码蛋白含110个氨基酸,预测分子量为11.97kD,等电点为9.74;无信号肽及跨膜结构。同源比对及系统进化分析表明,GdHSP10a与光肩星天牛Anoplophora glabripennis HSP10亲缘关系最近,氨基酸序列一致性为53.15%。qPCR结果表明,GdHsp10a在沙葱萤叶甲各发育阶段均有表达,其中在卵期和成虫期的表达量显著高于幼虫期、预蛹期及蛹期;成虫羽化后不同时期表达量差异显著,25d时表达量最高,其次为100、10和7 d时的表达量;温度对GdHsp10a表达量有显著影响,30℃下表达量最高,35℃下表达量次之,15、20、25及40℃下表达量最低且无显著差异。表明GdHsp10a可能在沙葱萤叶甲生长发育及成虫越夏中起着多重作用。 展开更多
关键词 沙葱萤叶甲 热激蛋白HSP10 基因克隆 分子特性 基因表达 温度胁迫
光皮桦BlCCoAOMT基因的克隆、表达及单核苷酸变异分析 预览
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作者 俞子承 倪飞 +3 位作者 江成 黄华宏 林二培 童再康 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期870-879,共10页
咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(CCoAOMT)是植物木质素合成过程中的一个关键酶,对木质素组成和结构有重要的作用。为探究BlCCoAOMT基因在木质素合成中的作用,本研究从光皮桦中克隆了该基因,并分析其基因结构和表达模式,以及在73个基因型中的... 咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(CCoAOMT)是植物木质素合成过程中的一个关键酶,对木质素组成和结构有重要的作用。为探究BlCCoAOMT基因在木质素合成中的作用,本研究从光皮桦中克隆了该基因,并分析其基因结构和表达模式,以及在73个基因型中的单核苷酸多态性(SNP)。结果表明,BlCCoAOMT基因cDNA全长1 114 bp,含有一个744 bp的完整ORF,编码一个由247个氨基酸残基组成的蛋白;该编码蛋白包含高等植物CCoAOMT所有的8个典型保守基序。BlCCoAOMT在木质化茎段中优势表达,且随着木质化程度提高而逐渐增强,表明BlCCoAOMT可能参与光皮桦木质素的生物合成;在拉弯处理的6 h到7 d间,该基因在应拉区发育木质部中的表达显著下调,与应拉木木质素含量的下降相符。共检测到BlCCoAOMT基因有119个SNP位点,平均每14 bp就有1个SNP位点,其中在外显子区域存在26个SNP位点,表明不同基因型中存在丰富SNP变异;在不同群体间BlCCoAOMT基因的分化程度无显著差异,且非同义突变和同义突变的位点的比值均小于1,表明在演化进程中主要受到了纯化选择压力。本研究结果为深入解析光皮桦木质素合成分子机制及后续分子标记辅助育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 光皮桦 CCoAOMT基因 基因克隆 表达模式 单核苷酸多态性
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珠美海棠MzDREB2A基因的克隆与表达分析
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作者 曹贝贝 李爱 +3 位作者 舒李祥 李慧 高英 冯涛 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期260-268,共9页
AP2/ERF (APETALA2/ethylene-responsive factor)家族是植物中特有的转录因子家族,其中干旱响应元件结合蛋白(dehydration-responsive element binding protein, DREB)亚家族成员参与调节干旱、高盐、高温和低温等非生物胁迫。为明确珠... AP2/ERF (APETALA2/ethylene-responsive factor)家族是植物中特有的转录因子家族,其中干旱响应元件结合蛋白(dehydration-responsive element binding protein, DREB)亚家族成员参与调节干旱、高盐、高温和低温等非生物胁迫。为明确珠美海棠(Malus zumi)中DREB基因表达状况,本研究利用cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends, RACE)技术,从珠美海棠中分离克隆得到1个新基因,命名为MzDREB2A (GenBank No. MH992511)。该基因开放阅读框为1 197 bp,无内含子结构,编码398个氨基酸,蛋白质分子量为43.9 kD,等电点为4.93,具有1个AP2结构域。生物信息学分析显示,该基因编码蛋白质为亲水性蛋白,无跨膜区域,具有α-螺旋(7.54%)、β-折叠(4.52%)和无规卷曲(87.94%),具有核定位序列。同源性和系统进化分析结果表明,MzDREB2A与塞威氏苹果(Malus sieversii)的亲缘关系最近,同源性为99%。qRT-PCR检测结果显示,该基因在根器官中表达量最高,其次为叶片,茎中表达量最低;在NaCl和PEG-6000诱导下,MzDREB2A表达量均明显升高;当NaCl浓度为150 mmol/L时,MzDREB2A表达量趋于饱和;当PEG-6000含量为20%时,MzDREB2A表达量达到最大值。本研究成功克隆了珠美海棠AP2/ERF家族MzDREB2A基因,为深入探究MzDREB2A基因功能及珠美海棠抗逆分子机理提供了参考依据。 展开更多
关键词 珠美海棠 干旱响应元件结合蛋白基因(MzDREB2A) 基因克隆 AP2/ERF家族
烟蚜热激蛋白基因MpHsp70的克隆及在UV-B胁迫下的表达分析 预览
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作者 杨昌利 孟建玉 +1 位作者 苏丽 张长禹 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期133-140,共8页
【目的】为探讨烟蚜Myzus persicae适应UV-B胁迫的分子机制。【方法】采用RT-PCR和RACE技术克隆了烟蚜热激蛋白基因Hsp 70的全长,利用生物信息学方法分析了其特征;采用实时荧光定量PCR检测了不同时长(0,15,30,60,90和120 min)UV-B胁迫... 【目的】为探讨烟蚜Myzus persicae适应UV-B胁迫的分子机制。【方法】采用RT-PCR和RACE技术克隆了烟蚜热激蛋白基因Hsp 70的全长,利用生物信息学方法分析了其特征;采用实时荧光定量PCR检测了不同时长(0,15,30,60,90和120 min)UV-B胁迫下烟蚜成虫中该基因的相对表达量。【结果】克隆获得烟蚜Hsp 70基因并命名为MpHsp 70(GenBank登录号:MF509827),该基因全长为2 221 bp,开放阅读框(ORF)1 965 bp,编码654个氨基酸,蛋白相对分子量为71.41 kD,等电点(pI)为5.34,末端高度保守序列EEVD显示该蛋白属于胞质热激蛋白。系统进化关系分析表明,MpHsp70与多种昆虫的Hsp70的同源性较高,表现出Hsp 70基因的高度保守性。实时荧光定量PCR分析表明,随着UV-B照射时间的延长,烟蚜成虫体内MpHsp 70基因的表达量先上升后下降,当照射时间为30 min时表达量最大。【结论】烟蚜MpHsp 70基因可以响应UV-B的胁迫,它可能在烟蚜适应UV-B胁迫过程中起到重要作用。 展开更多
关键词 烟蚜 HSP70基因 UV-B胁迫 基因克隆 表达分析
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油菜及其近缘植物形态标记性状基因定位与克隆研究进展 预览
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作者 杨柳 康雷 刘忠松 《作物研究》 2019年第1期70-76,共7页
形态标记不仅在品种选育、种子生产和纯度鉴定时作为指示性状,而且与作物的产量、品质和抗性相关。综述了近年在油菜叶色、叶面蜡粉、叶型、矮秆、花色、种子颜色和多室等7 个标记性状上的基因定位和克隆研究进展,发现往往有多个基因通... 形态标记不仅在品种选育、种子生产和纯度鉴定时作为指示性状,而且与作物的产量、品质和抗性相关。综述了近年在油菜叶色、叶面蜡粉、叶型、矮秆、花色、种子颜色和多室等7 个标记性状上的基因定位和克隆研究进展,发现往往有多个基因通过同一代谢途径或不同代谢途径控制同一性状,异源四倍体的油菜、芥菜控制性状的基因数目一般是其祖先亲本种白菜、甘蓝的2倍,在相同的染色体或同源区段能找到同源基因。这些研究成果既为更多性状的基因定位克隆提供了借鉴,也为通过基因编辑等手段创制具有特殊标记性状的新种质提供了可选择的靶标位点。 展开更多
关键词 油菜 近缘种 形态标记 基因定位 基因克隆
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国槐凝集素基因的克隆及其功能 预览
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作者 杨微微 杜娟 +3 位作者 陆晓菡 林忠平 毛自朝 何月秋 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期301-306,共6页
植物凝集素是一类能高度特异可逆结合到单糖或寡糖上的蛋白,含有至少一个非催化结构域,近年来在农作物抗虫工程中得到了广泛关注。本文从豆科植物国槐中克隆得到了一个新的凝集素基因SjLectin并初步研究了其对小菜蛾的抗性功能。从国槐... 植物凝集素是一类能高度特异可逆结合到单糖或寡糖上的蛋白,含有至少一个非催化结构域,近年来在农作物抗虫工程中得到了广泛关注。本文从豆科植物国槐中克隆得到了一个新的凝集素基因SjLectin并初步研究了其对小菜蛾的抗性功能。从国槐幼叶中提取总RNA,采用RT-PCR法分离克隆出SjLectin基因的cDNA片段,该基因在GenBank中登录号为KC140286.1。SjLectin基因全长837 bp,编码279个氨基酸组成的蛋白。该蛋白与其他豆科凝集素的同源性均高达66%以上,属于豆科凝集素家族中的一员。在35S启动子控制下,利用根癌农杆菌介导法转化烟草品种W38,获得了该基因的抗卡那霉素植株。通过PCR和RT-PCR法筛选阳性转基因植株,证明SjLectin基因已经转化到烟草基因组中并在转录水平上得到了有效表达。接虫试验证明,阳性植株对小菜蛾的抑制率平均达62.2%。 展开更多
关键词 国槐 凝集素 基因克隆 基因烟草 抗虫性
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1株猪圆环病毒3型全基因组克隆与序列分析 预览 被引量:1
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作者 胡胜云 刘鑫宇 +3 位作者 柳迦鹏 王阳 石玉佩 周双海 《北京农学院学报》 2019年第1期66-69,共4页
【目的】克隆获得1株猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列并进行序列分析.【方法】以PCV3阳性临床样品为模板,用PCR技术扩增PCV3全基因组片段,随后进行克隆、序列测定与分析.【结果】扩增出1株PCV3全基因组片段,序列测定结果显示,这株PCV3... 【目的】克隆获得1株猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列并进行序列分析.【方法】以PCV3阳性临床样品为模板,用PCR技术扩增PCV3全基因组片段,随后进行克隆、序列测定与分析.【结果】扩增出1株PCV3全基因组片段,序列测定结果显示,这株PCV3全基因组大小为2000bp,与其他国内外14株PCV3的核苷酸同源性均达98.6%以上,表明获得1株PCV3全基因组序列,且不同PCV3之间的全基因组核苷酸有非常高的同源性.PCV3与PCV1、PCV2之间的全基因组核苷酸同源性都低于50%.系统发育显示,3种PCV分别处于明显不同的分支,表明各自属于不同的基因型.【结论】获得1株PCV3全基因组序列,其与其他PCV3毒株之间的核苷酸同源性很高. 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 基因 基因克隆 序列分析
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枝状枝孢霉MD2的候选基因A00981的克隆及转基因菌株的构建 预览
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作者 张鹏 刘盼 +4 位作者 周兰 裴婷 甘喆 李浩东 宋发军 《中南民族大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第1期45-49,共5页
目的:为揭示真菌紫杉醇合成分子机制.方法:克隆了产紫杉醇内生真菌枝状枝孢霉MD2的候选基因A00981,该基因DNA和cDNA序列分别为969 bp和894 bp;其编码蛋白含有298个氨基酸、无跨膜结构和信号肽,与酰基辅酶A脱氢酶(ACAD)具有73%的一致性.... 目的:为揭示真菌紫杉醇合成分子机制.方法:克隆了产紫杉醇内生真菌枝状枝孢霉MD2的候选基因A00981,该基因DNA和cDNA序列分别为969 bp和894 bp;其编码蛋白含有298个氨基酸、无跨膜结构和信号肽,与酰基辅酶A脱氢酶(ACAD)具有73%的一致性.进一步构建该基因的超表达载体pTFC-A00981,并转化枝状枝孢霉MD2,共获得9株转基因菌株.结果:Southern blot分析证明其中5株转基因菌株的外源基因是以单拷贝方式插入.结论:该结果为深入分析超表达候选基因A00981对枝状枝孢霉MD2紫杉烷类合成的影响奠定了基础. 展开更多
关键词 枝状枝孢霉MD2 紫杉醇 基因克隆 基因菌株
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巨龙竹木质素合成关键基因CCoAOMT的克隆及表达分析
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作者 陈凌娜 郭晓娟 杨汉奇 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期476-484,共9页
咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(CCoAOMT,caffeoyl-CoA O-methyltransferase)是木质素合成过程中关键酶之一。研究通过逆转录PCR(RT-PCR)从巨龙竹(Dendrocalamus sinicus L.C.Chia&J.L.Sun)发育早期的竹笋中克隆了CCoAOMT基因(DsCCoAOMT)... 咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(CCoAOMT,caffeoyl-CoA O-methyltransferase)是木质素合成过程中关键酶之一。研究通过逆转录PCR(RT-PCR)从巨龙竹(Dendrocalamus sinicus L.C.Chia&J.L.Sun)发育早期的竹笋中克隆了CCoAOMT基因(DsCCoAOMT),基因全长cDNA序列为777 bp,编码258个氨基酸,理论分子量28.85 kD,等电点为5.35,蛋白质结构预测的结果显示该蛋白含有丰富的α-螺旋和无规则卷曲。系统进化分析表明,巨龙竹CCoAOMT基因与禾本科植物CCoAOMT基因同源性最高,亲缘关系最近;与非禾本科单子叶植物的亲缘关系次之,然后是裸子植物,与双子叶植物的亲缘关系最远,说明CCoAOMT基因在双子叶植物和单子叶植物之间的差异可能在被子植物进化之前就已经存在。DsCCoAOMT基因密码子偏好性分析的结果显示,该基因选择偏性较强且偏好以G/C结尾;密码子使用频率比较结果发现,DsCCoAOMT基因在微生物中异源表达分析时采用酵母表达系统更为合适,而模式植物拟南芥、烟草、番茄与巨龙竹CCoAOMT密码子使用频率差异较小,尤其烟草、番茄可能是该基因进行转基因功能验证时最为理想的受体。实时荧光定量PCR分析巨龙竹不同组织及竹笋发育过程中DsCCoAOMT基因表达水平的结果显示,该基因在巨龙竹不同组织中的表达具有明显差异,竹笋中表达量最高,茎秆中次之,叶片中最少;随着竹笋的发育,DsCCoAOMT基因的表达量上调并在竹笋发育中期维持较高水平,表明DsCCoAOMT基因可能在巨龙竹快速生长中发挥重要调节作用。本研究的结果为进一步阐明DsCCoAOMT基因的功能和作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 巨龙竹 CCOAOMT 基因克隆 生物信息学分析 基因表达
苎麻镉响应基因BnG6PDH1的克隆和表达分析 预览
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作者 朱守晶 史文娟 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期262-270,共9页
葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是磷酸戊糖代谢途径的关键限速酶,为探讨G6PDH基因在苎麻耐镉机制中的作用,本研究在苎麻镉胁迫转录组的基础上,采用RACE方法从苎麻(BoehmerianiveaL.)品种中苎一号中克隆到BnG6PDH1基因(GenBank登录号为MG941... 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)是磷酸戊糖代谢途径的关键限速酶,为探讨G6PDH基因在苎麻耐镉机制中的作用,本研究在苎麻镉胁迫转录组的基础上,采用RACE方法从苎麻(BoehmerianiveaL.)品种中苎一号中克隆到BnG6PDH1基因(GenBank登录号为MG941010)的全长cDNA序列,该基因开放读码框为1554bp,编码517个氨基酸,蛋白质分子量为59250,等电点为5.92。BnG6PDH1编码的氨基酸与川桑(XP_010111634.1)、枣(XP_015878928.1)、甜樱桃(XP_021825040.1)、苹果(XP_008362117.1)和梅(XP_008231184.1)的胞质型G6PDH蛋白的相似性较高,相似度分别为92%、91%、89%、88%和88%。组织表达特异性分析结果表明,BnG6PDH1在苎麻叶中的表达量最高,其次为茎,根部的表达量最低。镉胁迫诱导表达分析结果表明,BnG6PDH1的显著表达受镉的诱导,表达量随着镉质量浓度的增加而增加。以上结果表明,BnMYB1是一个镉应答基因,可能在植物对镉胁迫的适应中发挥重要作用。 展开更多
关键词 苎麻 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 镉响应基因BnG6PDH1 基因克隆 表达分析
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中间球海胆乳酸脱氢酶基因克隆及其对海水酸化的响应 预览
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作者 崔东遥 任丽媛 +4 位作者 邢冬飞 孙景贤 李莹莹 常亚青 湛垚垚 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1423-1437,共15页
为明确中间球海胆乳酸脱氢酶(LDH)基因序列及表达特征,研究其对海水酸化胁迫的响应,实验利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得中间球海胆LDH基因(命名为SiLDH)的全长cDNA,并且比较了海水酸化胁迫下,中间球海胆不同组织SiLDH基因表达及总... 为明确中间球海胆乳酸脱氢酶(LDH)基因序列及表达特征,研究其对海水酸化胁迫的响应,实验利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得中间球海胆LDH基因(命名为SiLDH)的全长cDNA,并且比较了海水酸化胁迫下,中间球海胆不同组织SiLDH基因表达及总LDH活性的变化情况。结果显示:①SiLDH基因的cDNA全长为1 499 bp,包含133 bp的5′非编码区,349 bp的3′非编码区和1 017 bp编码338个氨基酸的开放阅读框(ORF)。SiLDH编码蛋白的相对分子量为36.40 ku,理论等电点为6.55,属于无信号肽的非跨膜、温和疏水蛋白。②生物信息学分析显示,SiLDH蛋白序列与紫球海胆LDH X4蛋白序列一致性最高(90.88%)。③实时荧光定量PCR(qRT-PCR)发现,SiLDH基因在检测的4种组织中均有表达,相对表达量从高到低为性腺>管足>肠>体腔液;总LDH活性检测显示,中间球海胆总LDH活性从高到低为性腺>管足>体腔液>肠;④海水酸化处理60 d后发现,与自然海水组(pH 8.06±0.01)相比,SiLDH基因在中间球海胆性腺、管足和肠道中呈现总体降低趋势,在体腔液中则呈现随海水pH降低先降低后显著升高的趋势;总LDH活性在性腺、管足和体腔液中呈现随海水pH降低而降低的趋势,在肠道中则呈现随海水pH降低先降低后显著升高的趋势。研究表明,中间球海胆面对海水酸化时可能通过调节SiLDH基因的表达和LDH活性来缓解海水酸化带来的负面影响。 展开更多
关键词 中间球海胆 乳酸脱氢酶 海水酸化 基因克隆 基因表达 酶活性
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小麦TaSABP2基因的克隆及表达分析 预览
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作者 李梦达 左宁 +3 位作者 杜红旭 靳海洋 贺德先 牛洪斌 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期140-147,共8页
为挖掘小麦抗逆基因,进一步解析小麦抗逆机制,采用电子克隆结合RT-PCR的方法,从小麦叶片中分离出TaSABP2基因;利用生物信息学手段分析其序列特征;运用实时荧光定量反转录PCR(qRT-PCR)技术检测其在不同条件下的表达情况。结果表明,小麦Ta... 为挖掘小麦抗逆基因,进一步解析小麦抗逆机制,采用电子克隆结合RT-PCR的方法,从小麦叶片中分离出TaSABP2基因;利用生物信息学手段分析其序列特征;运用实时荧光定量反转录PCR(qRT-PCR)技术检测其在不同条件下的表达情况。结果表明,小麦TaSABP2基因的cDNA全长为878bp,包含一个长度为807bp的开放阅读框,编码268个氨基酸。TaSABP2基因的编码蛋白包含Abhydrolase及PLN02211两个结构域及一个酶活性中心(VVLVGHSLGG),属于Abhydrolase超家族的成员。其蛋白二级结构由四种形式构成,包括40.3%的α-螺旋、16.42%的延伸链、4.48%的β转角、38.81%的无规则卷曲。通过与其他植物的氨基酸序列进行多重序列比对,发现功能区域的氨基酸序列较为保守。qRT-PCR结果表明,TaSABP2基因的表达具有较强的组织特异性,植物激素ABA和BR处理及干旱和盐胁迫处理,均能诱导该基因的表达量迅速增加。以上结果表明,TaSABP2基因在小麦抵抗逆境胁迫过程中起到一定作用。 展开更多
关键词 小麦 TaSABP2 基因 基因克隆 生物信息学 表达分析
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甘薯IbTPS1基因的克隆与活性鉴定 预览
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作者 王文斌 于欢 +1 位作者 杨燕新 邱相坡 《山西农业大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第4期17-23,共7页
[目的]发掘植物海藻糖合成途径关键酶基因,探究其编码蛋白TPS活性,为作物遗传改良抗多种胁迫提供优良的候选基因。[方法]本研究基于干旱条件下从甘薯转录组数据库中得到一条与拟南芥AtTPS1基因高度同源的Unigene序列,通过RT-PCR技术克... [目的]发掘植物海藻糖合成途径关键酶基因,探究其编码蛋白TPS活性,为作物遗传改良抗多种胁迫提供优良的候选基因。[方法]本研究基于干旱条件下从甘薯转录组数据库中得到一条与拟南芥AtTPS1基因高度同源的Unigene序列,通过RT-PCR技术克隆了甘薯TPS基因。利用生物信息学软件分析序列特征,酵母互补试验鉴定编码蛋白TPS活性。[结果]IbTPS1基因cDNA序列全长2811bp,编码936个氨基酸,且具有典型的GT1-TPS和HAD-TPP结构域;生物信息学预测表明IbTPS1编码的蛋白是一个不稳定亲水性蛋白,无信号肽,定位于细胞质中;二级结构元件多以无规则卷曲和α-螺旋为主;酵母互补实验证明表达IbTPS1基因的TPS突变酵母菌株(tps1Δ)和TPS,TPP双突变酵母菌株(tps1Δtps2Δ),以葡萄糖为唯一碳源的尿嘧啶缺失培养基上可恢复生长。[结论]证实甘薯IbTPS1基因的编码蛋白具有生物活性。 展开更多
关键词 甘薯 海藻糖-6-磷酸合成酶基因(TPS1) 基因克隆
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安徽省部分地区2016–2018年猪圆环病毒2型遗传进化分析
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作者 俞赵荣 张达 +7 位作者 白彩霞 王小朋 杨侃侃 孙裴 李传峰 彭开松 李永东 王勇 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1796-1802,共7页
【背景】猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(Postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)。【目的】了解安徽省部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况。【方法】采用PCR技术,对2016-201... 【背景】猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(Postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)。【目的】了解安徽省部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况。【方法】采用PCR技术,对2016-2018年间安徽省部分地区猪场疑似PMWS感染的组织样品共计31份进行PCV2检测和全基因扩增,并通过DNAStar等生物信息学软件对所得到的PCV2毒株基因序列进行遗传进化分析。【结果】所得的8株PCV2安徽株与GenBank上已发表的国内外参考毒株相比较,核苷酸相似性为92.8%-99.0%,ORF2及其推导的氨基酸序列相似性分别为85.8%-99.6%和82.5%-100%。遗传进化树分析结果显示8株安徽株中有1株PCV2a,2株PCV2b,5株PCV2d,未发现PCV2c、PCV2e和PCV2f基因型。此外,通过对ORF2基因编码的氨基酸序列分析,发现各基因型Cap蛋白氨基酸序列上的位点具有其独特性。【结论】近年来PCV2在安徽地区的猪群中感染较为普遍,其中PCV2d基因型的感染病例增多,逐渐成为安徽地区的优势流行株。本研究为安徽地区的PCV2防控提供了一定的参考依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型(PCV2) 基因克隆 ORF2基因 遗传进化分析
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