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2018年云南省6地州(市)手足口病病原检测及柯萨奇病毒A6型的基因特征分析 认领
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作者 张勇 伏晓庆 +5 位作者 田炳均 徐闻 姜黎黎 寸建萍 周晓芳 向以斌 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期885-891,共7页
目的对2018年云南省6个地州(市)510份手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例粪便标本进行基因检测并对柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)完整VP1区基因特征进行分析。方法用病毒RNA提取试剂盒从粪便标本中直接提取病毒... 目的对2018年云南省6个地州(市)510份手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例粪便标本进行基因检测并对柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)完整VP1区基因特征进行分析。方法用病毒RNA提取试剂盒从粪便标本中直接提取病毒RNA,用MD91/OL68-1引物对病毒VP4区基因进行RT-PCR和测序,确定病毒型别,再用相关引物扩增肠道病毒VP1区全序并测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒完整VP1区基因参考序列,用MEGA5.2软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果从510份标本中获得57份标本的VP4和VP1区基因,核酸检测阳性率为11.17%(57/510),其中CV-A643份,阳性率为8.43%(43/510),CV-A106份,阳性率为1.17%(6/510),EV-A712份,阳性率为0.39%(2/510),CV-A92份,阳性率为0.39%(2/510),另外检测到CV-A4、CV-A5、CV-B1和E11各1株,阳性率均为0.19%(1/510)。基因进化分析表明,云南43株CV-A6均为基因型D的D3亚型。结论510份标本中,CV-A6的检出率最高(8.43%),占阳性数的75.44%(43/57),CV-A10检出率为1.17%(6/510),EV-A71的检出率为0.39%(2/510),2018年云南省发生了以CV-A6为主的HFMD大暴发。基因特征分析表明,跟往年全国的情况一样,云南省2018年暴发的CV-A6为D3基因亚型。 展开更多
关键词 手足口病 病原体 柯萨奇病毒A6型 VP4基因 VP1基因 基因特征分析
云南省柯萨奇病毒B2型VP1区3′端序列的基因特征分析 认领
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作者 周永明 徐闻 +5 位作者 付晓庆 向以斌 周晓芳 寸建萍 姜黎黎 田炳均 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期492-498,共7页
目的对云南省柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CV-B2)不同时间分离的15株病毒VP1区3′端编码序列基因特征进行分析。方法对云南省2005—2006年从急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、2013年从健康儿童和2014年从手足... 目的对云南省柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CV-B2)不同时间分离的15株病毒VP1区3′端编码序列基因特征进行分析。方法对云南省2005—2006年从急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、2013年从健康儿童和2014年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的15株CV-B2的VP1区3′端进行基因扩增和测序;根据文献从GenBank下载CV-B2VP1编码序列作为参考序列,用MEGA5.2软件计算不同毒株间的核苷酸(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)差异率,并构建系统进化树,进行VP1区3′端编码序列基因特征和分子流行病学分析。结果2005年云南省从232例AFP病例中分离到1株CV-B2,2006年从240例AFP病例中分离到1株CV-B2,2013年从400名健康儿童中分离到12株CV-B2,2014年从500例HFMD病例中分离到1株CV-B2。对15株CV-B2基因特征分析表明,CV-B2可分为5个基因型。基因型1(genotype1)由原型株(prototype)Ohio-1和1988年中国台湾分离株01-1组成;基因型2由2006、2007和2010年法国株组成;基因型3由云南株、山东株、河南株、福建株和中国台湾株组成;基因型4由俄罗斯分离株、云南2005及2006年AFP分离株和印度株组成;基因型5由中国台湾分离株、山东株和澳大利亚新南威尔士株组成。CV-B2的基因型分布具有地理多样性的特点。结论云南省从健康儿童中分离的12株和从HFMD病例中分离到的1株CV-B2为基因型3,从AFP病例中分离到的2株CV-B2为基因型4。健康儿童分离株与HFMD分离株之间的nt差异率仅为0.76%,aa差异率仅为0.03%,它们具有同一进化来源。而健康儿童分离株、HFMD分离株(基因型3)与2005年、2006年两株AFP分离株(基因型4)的nt差异率为15.11%和15.25%,aa差异率为2.76%和2.72%。CV-B2与AFP和HFMD的致病关系值得深入研究。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒B2型 VP1基因 基因特征分析
云南省2010—2013年病毒性脑膜炎病例中埃可病毒30型的VP1基因特征分析 认领
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作者 何丽芳 李徽 +3 位作者 李凯 赵智娴 丁峥嵘 田炳均 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期158-162,共5页
目的对云南省2010—2013年病毒性脑膜炎(viral meningitis,VM)病例中分离到的9株埃可病毒30型(echovirus 30, E-30)VP1编码序列基因特征进行分析。方法对云南省2010—2013年VM病例中分离到的9株E-30病毒的VP1区进行基因扩增和测序;从Gen... 目的对云南省2010—2013年病毒性脑膜炎(viral meningitis,VM)病例中分离到的9株埃可病毒30型(echovirus 30, E-30)VP1编码序列基因特征进行分析。方法对云南省2010—2013年VM病例中分离到的9株E-30病毒的VP1区进行基因扩增和测序;从GenBank下载E-30病毒参考株(reference)和原型株(prototype)VP1编码序列作为参考序列,用MEGA5.1软件计算9株病毒之间及它们与原型株和参考株之间的核苷酸(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)差异率,并构建系统进化树,进行VP1编码序列基因特征和分子流行病学分析。结果2010—2013年云南省从553例VM病例中共分离到79份肠道病毒(enterovirus,EV),其中E-30病毒9株,占11.39%(9/79),E-30的阳性检出率为1.63%(9/553)。基因特征分析表明,E-30病毒可分为A、B、C、D基因型(genotype),D基因型又分为7个亚型,本次云南的E-30病毒分离株均为D7基因亚型(sub-genotype D7), 9株病毒分布在3个不同的进化分支中。其中,5株2010年7月下旬分离到的病毒形成1个单独的进化分支,结合流行病学分析,这些病毒株可确定为引起当年昆明市周边地区一起E-30 VM暴发流行的病因;2011年的1株E-30病毒和2013年分离株与2010年云南省边境健康儿童分离株共同形成了第2个进化分支,3株E-30病毒之间亲缘较近,具有同一进化来源,以上2个分支均为云南省特有的进化分支;2011年的另外2株病毒则和2003年中国山东、江苏、浙江省VM暴发流行时分离到的病毒形成了第3个进化分支,这些病毒株可能具有同一进化来源。结论本次云南的9株E-30病毒分离株均为D7基因亚型,但9株病毒具有不同的进化来源,可见不同时间E-30病毒的同一基因亚型进化分支可在不同地区间流行。 展开更多
关键词 埃可病毒30型 VP1基因 基因特征分析
2013年云南省元江县健康儿童肠道病毒病原学调查及E6病毒VP1区3′端基因特征分析 认领
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作者 周永明 徐闻 +2 位作者 伏晓庆 向以斌 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2019年第5期365-370,共6页
目的对2013年云南省元江县健康儿童肠道病毒(enterovirus,EV)病原谱进行调查,并对埃可病毒6型(echovirus 6,E6)VP1区3′端的基因特征进行分析。方法采集400名≤5岁健康儿童的粪便标本,进行病毒分离和基因测序定型,从GenBank基因库下载E... 目的对2013年云南省元江县健康儿童肠道病毒(enterovirus,EV)病原谱进行调查,并对埃可病毒6型(echovirus 6,E6)VP1区3′端的基因特征进行分析。方法采集400名≤5岁健康儿童的粪便标本,进行病毒分离和基因测序定型,从GenBank基因库下载E6病毒参考株VP1区基因序列,用MEGA 5.2软件构建基因进化树。结果 2013年从元江县400名儿童粪便标本中分离到EV 39株,分离率为9.75%(39/400)。其中,A组病毒(enterovirus A,EV-A)1株,1个血清型(CV-A4);EV-B 36株,5个血清型(CV-B2、CV-B4、CV-B5、E25和E6);EV-C 2株,2个血清型(CV-A13、CV-A24);B组病毒占绝大多数(92.31%,36/39);共分离到E6病毒10株,占EV总分离数的25.64%(10/39),是分离比率较高的病毒。10株E6病毒分属于B和C 2个基因型,其中4株为B2亚型,6株为C5亚型。结论元江县健康儿童EV带毒率较高,分离到EV-A、EV-B和EV-C组病毒,未分离到EV-D组病毒和脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV)。B2和C5亚型共同在元江县健康儿童中传播和流行。今后应加强对E6病毒的实验室和流行病学监测。 展开更多
关键词 健康儿童 肠道病毒 病原学调查 埃可病毒6型 基因特征分析
咸阳市2018年手足口病重症病例病原谱及肠道病毒A71型基因特征分析 认领
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作者 张俊君 陈斌 +3 位作者 王莹莹 杨囡 王丽娟 李玄 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第6期593-597,共5页
目的 确定咸阳市2018年重症手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的病原谱构成,对引起重症HFMD的肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type, EV-A71)的基因进行分析。方法 收集67例咸阳市2018年重症HFMD患者标本,采用实时... 目的 确定咸阳市2018年重症手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的病原谱构成,对引起重症HFMD的肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type, EV-A71)的基因进行分析。方法 收集67例咸阳市2018年重症HFMD患者标本,采用实时定量RT-PCR进行HFMD病原体检测,根据VP4区对肠道病毒(enterovirus, EV)进行型别确定;扩增EV-A71的VP1区并进行核苷酸和氨基酸序列分析。结果 67例重症病例中EV核酸检测阳性为30例,其中EV-A71型9例,柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A group 6 type, CV-A6)11例,柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A group 16 type, CV-A16)5例,柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A group 10 type, CV-A10)2例,柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A group 4 type, CV-A4)2例,柯萨奇病毒B组(coxsackievirus B group, CV-B)1例。4株EV-A71型的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.7%~99.9%和99.3%~100%。系统进化分析显示4株EV-A71与C4a亚型处于同一分支;4株EV-A71共变异区的6个氨基酸组合模式均为KADSTV;4株EV-A71的抗原决定簇的EF区、GH区与部分代表株一致,但毒株SZK222、SZK497株EV-A71在BC loop区的93位(I93V)发生突变。结论 咸阳市2018年重症HFMD病原主要为EV-A71和CV-A6,其中EV-A71均属于C4a亚型且VP1未发生较大的突变。 展开更多
关键词 手足口病 重症 EV-A71 基因特征分析
辽宁省2016—2017年H3N2亚型流感病毒HA1基因特征分析 认领 被引量:2
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作者 孙海波 刘双 +4 位作者 宋亦春 孙柏红 宋歌 王璐璐 孙英伟 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2018年第1期35-38,50共5页
目的了解2016-2017年辽宁省H3N2亚型流感病毒基因变异情况及流行株与疫苗株的匹配情况。方法采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对分离得到的H3N2亚型流感毒株的HA1基因进行扩增,扩增片段经测序与近年来WHO推荐的北半球疫苗株进行比对和... 目的了解2016-2017年辽宁省H3N2亚型流感病毒基因变异情况及流行株与疫苗株的匹配情况。方法采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对分离得到的H3N2亚型流感毒株的HA1基因进行扩增,扩增片段经测序与近年来WHO推荐的北半球疫苗株进行比对和基因特征分析。结果进化分析表明,2016-2017年H3N2亚型流感病毒与近三年的疫苗株均不在同一分支上;基因特性分析中,所有病毒均在A、B抗原决定簇上发生了两处以上的变异;19株病毒的受体结合位点131位氨基酸发生了新的变异;20株病毒中有1株突变产生了新的半胱氨酸,提示可能有新的二硫键产生;糖基化位点并未检测到新的突变。结论 2016-2017年辽宁省H3N2亚型流感病毒的抗原性及基因特性均发生了一定的变化,但变异程度不大,应密切关注疫苗株对流感病毒的免疫效果及流感毒株的变异情况。 展开更多
关键词 H3N2亚型流感病毒 HA基因 基因特征分析
2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒带毒调查研究 认领
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作者 熊庆 胡筱莛 +4 位作者 樊帆 张杰 丁峥嵘 文卫华 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2018年第4期268-274,共7页
目的了解2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒(enterovirus,EV)带毒情况及病毒型别,为今后预防和控制EV提供实验室基础。方法于2016年采集云南省10个边境县(市)〈15岁健康儿童粪便标本500份(均为单份便),进行病毒分离和基因测... 目的了解2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒(enterovirus,EV)带毒情况及病毒型别,为今后预防和控制EV提供实验室基础。方法于2016年采集云南省10个边境县(市)〈15岁健康儿童粪便标本500份(均为单份便),进行病毒分离和基因测序定型。结果 500份便标本中共检测到EV 41株(带毒率为8.20%,41/500)。41株EV中,EV-A病毒3株(阳性率0.60%,3/500);EV-B病毒35株(阳性率7.00%,35/500),其中新型病毒EV-B73 1株(阳性率0.20%),EV-B80 1株(阳性率0.20%);EV-C病毒3株(阳性率0.60%),EV-C病毒中脊髓灰质炎(简称脊灰)病毒(poliovirus,PV)1株(阳性率0.20%),为疫苗株,未发现脊灰野病毒,EV-C99病毒1株(阳性率0.20%)。结论 2016年云南省边境地区健康儿童粪便标本EV病毒检测结果以EV-B组病毒为主,并分离到新型病毒EV-B73、EV-B80和EV-C99各1株。云南省维持无脊髓灰质炎状态良好。对E-30和E-3病毒的基因进化特征分析表明这两种病毒具有基因多样性特点。 展开更多
关键词 肠道病毒 健康儿童 边境地区 测序定型 EV-B73 EV-B80 EV-C99 基因特征分析
上海市长宁区2015-2016年冬春季甲型H1N1流感病毒基因特征分析 认领 被引量:1
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作者 徐阳 卜方 +3 位作者 郭家胤 张岭 林征 黄峥 《国际病毒学杂志》 2018年第6期419-422,共4页
目的对2015-2016年冬春季甲型H1N1流感病毒基因特征进行分析。方法选取上海市长宁区流感网络实验室于2015-2016年流感冬春季流行高峰期分离的甲型H1N1毒株35株,采用RT-PCR扩增其血凝素基因(hemagglutinin,HA)及神经氨酸酶基因(neuramini... 目的对2015-2016年冬春季甲型H1N1流感病毒基因特征进行分析。方法选取上海市长宁区流感网络实验室于2015-2016年流感冬春季流行高峰期分离的甲型H1N1毒株35株,采用RT-PCR扩增其血凝素基因(hemagglutinin,HA)及神经氨酸酶基因(neuraminidase,NA)全长,并对扩增产物进行序列测定。使用MEGA软件计算基因同源性,使用MegAlign软件分析相关抗原和耐药位点,使用NetNGlyc1.0软件在线预测糖基化位点。结果35株甲型H1N1流感病毒HA基因分布在Clade6B.1、6B.2和6C分支上,以Clade6B.1为主。与2015-2016、2016-2017年北半球推荐的疫苗株A/California/07/2009的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.7%~99.0%和96.7%~98.2%。与2017-2018年疫苗株A/Michigan/45/2015的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.2%~99.3%和97.5%~99.5%;与疫苗株A/California/07/2009相比,35株分离株的HA都发生了抗原位点Sb区S185T位点和Cb区S203T位点突变,33株发生了Sa区K163Q位点突变,7株发生了Cb区Q223R位点突变。受体结合位点和糖基化位点的氨基酸序列均未发生变异。对35株病毒NA基因上9个与耐药有关的基因位点进行分析,1株发生了H274Y位点的改变。结论2015-2016年冬春季流行的甲型H1N1病毒的HA和NA基因序列改变可能是造成流行高峰的主要原因。 展开更多
关键词 流感病毒A型 H1N1亚型 血凝素类 神经氨酸酶 基因特征分析
昆明市病毒性脑炎病例中埃可病毒6型分离株的VP1编码序列基因特征分析 认领
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作者 何丽芳 李徽 +2 位作者 李凯 赵智娴 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2017年第6期420-424,共5页
目的对2010-2014年昆明市病毒性脑炎病例中分离的4株埃可病毒6型(echovirus 6,E6)VP1编码序列特征进行分子流行病学分析。方法对昆明市2010-2014年传染病重大专项脑炎综合征实验室监测系统分离到的4株E6病毒的VP1区基因进行基因扩增... 目的对2010-2014年昆明市病毒性脑炎病例中分离的4株埃可病毒6型(echovirus 6,E6)VP1编码序列特征进行分子流行病学分析。方法对昆明市2010-2014年传染病重大专项脑炎综合征实验室监测系统分离到的4株E6病毒的VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中E6病毒VP1编码序列参考序列,用MEGA5.1软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行VP1编码序列特征和分子流行病学分析。结果 2010-2014年云南省病毒性脑炎病例中分离到的103份肠道病毒中共检出E6病毒4株,占3.88%(4/103),E6病毒的阳性总检出率为0.29%(4/1 376)。VP1编码序列特征分析表明,云南4株E6毒株均为C2基因亚型(genotype C2)。结论除原型株为A基因型外,其他E6毒株可分为3个基因型(基因型B、C和D),C基因型又分为4个亚型,云南分离株分布在C2基因亚型,且2010年和2011年的云南分离株与部分山东地区的分离株较为接近,而2013年和2014年的云南分离株自成一簇,为云南省特有的亚型,该病毒可能在昆明地区存在小范围流行。 展开更多
关键词 埃可病毒6型 VP1编码序列 基因特征分析
柯萨奇病毒A组4型云南分离株的基因特征分析 认领 被引量:2
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作者 田子颖 寸建萍 +4 位作者 李琼芬 丁峥嵘 赵智娴 张杰 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2016年第1期12-16,共5页
目的对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(... 目的对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)监测系统中分离到的6株CV-A4病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A4病毒VP1区基因参考序列和其他省CV-A4基因序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果云南6株CV-A4均为基因1型的B亚型(genotype1,subtype B)。与国内其他省毒株比较,除1998年2株山东省和2006年1株吉林省AFP分离株为基因1型的A亚型(genotype 1,subtype A),台湾省4株(AB571583、AB571584、AB571586、AB571587)为基因2型的B亚型(genotype 2,subtype B)外,其他中国分离株均为基因1型的B亚型。结论除CVA4病毒的原型株High Point(AY421762)外,国内外CV-A4病毒存在两个基因型,两个基因型又分为两个亚型,即A和B亚型;中国分离株大都为基因1型,其中又以B亚型为主。不同于EV-A71和CV-A16,CV-A4的基因型分布不是很广。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组4型 VP1基因 基因特征分析
云南省2013年柯萨奇病毒A6型基因特征分析 认领 被引量:6
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作者 寸建萍 田子颖 +4 位作者 徐闻 尹洁 姜黎黎 周晓芳 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2016年第4期265-269,共5页
目的对2013年云南省22株柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2013年手足口病实验室监测系统分离到的22株CV-A6病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒VP1区基因... 目的对2013年云南省22株柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CV-A6)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2013年手足口病实验室监测系统分离到的22株CV-A6病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒VP1区基因参考序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果 2013年云南省在711份非肠道病毒71型(EV-A71)、非柯萨奇病毒A16型(CV-A16)肠道病毒中共检出CV-A6病毒22份,占3.09%(22/711),CV-A6的阳性总检出率为0.32%(22/6 912)。基因特征分析表明,云南22株CV-A6均为基因1型(Genotype 1)。它们分为3个不同的进化分支,1株为China cluster,6株为Yunnan cluster 1,15株为Yunnan cluster 2。结论除原型株Gdula(AF081297)外,国内外CV-A6病毒存在两个基因型,基因型2又分为8个进化分支,云南分离株分布在3个不同的进化分支,2013年云南省CV-A6的流行存在3个传播链。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A6型 VP1基因 基因特征分析
2007-2014年柯萨奇病毒B5四川分离株的基因特征分析 认领 被引量:2
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作者 马小珍 童文彬 +2 位作者 刘李 曹冉冉 陈娜 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2016年第2期157-160,共4页
目的 了解2007-2014年四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中柯萨奇病毒B组5型(Coxsackie virus B5,CVB5)的基因特征.方法 对四川省2007 ~2014年AFP病例中分离到的10株CVB5进行全VP1区逆转录-聚合酶链(RT-PCR... 目的 了解2007-2014年四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中柯萨奇病毒B组5型(Coxsackie virus B5,CVB5)的基因特征.方法 对四川省2007 ~2014年AFP病例中分离到的10株CVB5进行全VP1区逆转录-聚合酶链(RT-PCR)反应扩增和核苷酸序列测定,构建遗传进化树进行基因特征分析.结果 10株分离株均为D基因型,与CVB5原型株(Faulkner株)之间的核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为80.4% ~ 81.9%和95% ~97.1%.2014年1株资阳分离株和1株成都分离株VP1区氨基酸序列完全一致,1株南充分离株和1株宜宾分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性均为100%.结论 2007-2014年四川地区AFP病例中分离到的CVB5为D基因型,且遗传特性较为稳定. 展开更多
关键词 急性驰缓性麻痹 柯萨奇病毒B组5型 基因特征分析
埃可病毒7型云南分离株VP1编码序列基因特征分析 认领
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作者 何丽芳 李徽 +3 位作者 丁峥嵘 张杰 赵智娴 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2016年第4期261-264,共4页
目的对从云南省病毒性脑炎监测平台中分离到的3株埃可病毒7型(echovirus 7,E7)VP1编码序列进行扩增和测序,并与E7病毒原型株(Wallace)及以前云南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、健康人群和环境污水中分离的E... 目的对从云南省病毒性脑炎监测平台中分离到的3株埃可病毒7型(echovirus 7,E7)VP1编码序列进行扩增和测序,并与E7病毒原型株(Wallace)及以前云南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、健康人群和环境污水中分离的E7病毒一起进行VP1编码序列基因特征分析。方法用RT-PCR方法扩增3株病毒VP1编码序列并进行序列测定。用MEGA 5.0软件构建3株病毒、E7病毒原型株及云南省以前分离的E7病毒的VP1编码序列进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果 E7病毒原型株(Wallace)为基因型A,云南分离株为基因型B,基因型B又可分为两个亚型,即亚型1(subtype 1)和亚型2(subtype 2),每个亚型又可分为两个不同的进化分支(lineage)。3株病毒性脑炎分离株属于亚型1的进化分支2(lineage 2)。结论 E7是一个重要的病毒,在基因进化树中云南省脑炎监测平台分离的E7自成一簇,单独构成一个进化分支,加强E7病毒的研究具有重要意义。 展开更多
关键词 埃可病毒7型 病毒性脑炎 VP1编码序列 基因特征分析
RNA与前病毒DNA进化分析技术在判定HIV-1传播关系中的作用比较 认领 被引量:1
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作者 董哲 熊润松 +5 位作者 梁富雄 胡婧 潘冬 廖玲洁 冯毅 邵一鸣 《中国病毒病杂志》 CAS 2015年第4期269-276,共8页
目的分别以HIV-1RNA和前病毒DNA为模板进行扩增实验,比较不同实验方法对判断HIV-1阳转家庭基因关联性的效率。方法对国家分析库中确认的阳转家庭,分别提取HIV-1RNA和前病毒DNA,用巢式PCR扩增pol区基因,通过系统进化树和基因距离分析配... 目的分别以HIV-1RNA和前病毒DNA为模板进行扩增实验,比较不同实验方法对判断HIV-1阳转家庭基因关联性的效率。方法对国家分析库中确认的阳转家庭,分别提取HIV-1RNA和前病毒DNA,用巢式PCR扩增pol区基因,通过系统进化树和基因距离分析配对家庭基因关联性。结果以RNA为模板扩增211份HIV-1阳性血浆,获得42份(42/211,19.91%)基因序列。其中共有12对配对家庭,确定有传播关系10对(10/12,83.33%),确定无传播关系1对(1/12,8.33%),不确定是否有传播关系1对(1/12,8.33%);以前病毒DNA为模板扩增270份HIV-1阳性全血,获得232份(232/270,85.93%)基因序列。其中共有97对配对家庭,确定有传播关系86对(86/97,88.66%),确定无传播关系7对(7/97,7.22%),不确定是否有传播关系4对(4/97,4.12%)。以RNA和前病毒DNA为模板扩增的序列系统进化树Bootstrap值高度相关(r=0.86,P=0.001),基因距离差异无统计学意义(Z=-8.10,P=0.443)。结论以前病毒DNA为模板能显著提高扩增阳性率,特别是在抗病毒治疗家庭中。前病毒DNA在一定程度上可以代替RNA为模板进行扩增,判断家庭内传播的关系。 展开更多
关键词 HIV-1 单阳家庭 基因特征分析 基因距离
云南省2007-2010年急性迟缓性麻痹病例和健康儿童中非脊灰肠道病毒的比较研究 认领 被引量:2
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作者 张杰 丁峥嵘 +2 位作者 田炳均 赵智娴 汤晶晶 《中国病毒病杂志》 CAS 2015年第4期287-292,共6页
目的对2007-2010年云南省急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和健康儿童中非脊灰肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的分离情况进行比较,分析引起AFP的主要病原并对分离到的病毒基因特征进行分析。方法对云南省2007-2... 目的对2007-2010年云南省急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和健康儿童中非脊灰肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的分离情况进行比较,分析引起AFP的主要病原并对分离到的病毒基因特征进行分析。方法对云南省2007-2010年AFP病例粪便样本和<15岁健康儿童粪便样本进行病毒分离和基因测序定型,对两类人群中的病毒分离状况进行比较。结果 2007-2010年共从931例AFP病例粪便样本中检测到NPEV 63株,分离率为6.8%(63/931),其中肠道病毒A组(enterovirus A,EV-A)12株,占19.1%(12/63),肠道病毒B组(EV-B)46株,占73.0%(46/63),肠道病毒C组(EV-C)5株,占7.9%(5/63);从1 256份健康人群粪便样本中分离到NPEV 115株,分离率为9.2%(115/1256),其中EV-A 5株,占4.4%(5/115),EV-B 101株,占87.8%(101/115),EV-C 9株,占7.8%(9/115);在两组人群中均未分离到肠道病毒D组(EV-D)病毒。对两组人群中常见病毒的基因进化分析表明,这些病毒具有基因多样性特点。结论云南省2007-2010年连续4年的监测表明,AFP病例中EV-A组病毒和EV-C的分离率(19.1%和7.9%)均高于健康人群(4.3%和7.8%),而健康人群中EV-B组病毒阳性率(87.8%)高于AFP病人(73.0%),EV-A组病毒和EV-C组病毒可能是引起AFP的主要病原。基因进化分析表明,云南省EV-B组病毒中的某些病毒可分为2~5个不同的进化分支(Cluster),具有基因多样性特点。 展开更多
关键词 非脊灰肠道病毒 急性迟缓性麻痹 健康儿童 基因特征分析
云南省2005年急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒的分子分型 认领 被引量:3
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作者 赵智娴 丁峥嵘 +2 位作者 田炳均 张杰 汤晶晶 《中国病毒病杂志》 2015年第1期33-39,共7页
目的描述云南省2005年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊髓灰质炎肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的带毒情况和新发现的新型肠道病毒90型(newer enterovirus 90,EV90)的基因特征。方法 2005年云南省... 目的描述云南省2005年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊髓灰质炎肠道病毒(non-polio enterovirus,NPEV)的带毒情况和新发现的新型肠道病毒90型(newer enterovirus 90,EV90)的基因特征。方法 2005年云南省共报告232例AFP病例,共采集到〈15岁AFP病例222例的双份便标本。对222例AFP标本进行病毒分离,对分离到的NPEV进行VP1基因序列测定。用MEGA5.0软件进行进化树分析和作图。进化树用临位相接法(neighbor joining method)作成,所用模式为Kimura二参数置换法(Kimura 2-parameter substitution model)。用1 000个pseudoreplicate datasets进行进化树bootstrap统计学分析。结果 222例患者中共检测脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV)10株(10/222,4.5%),均为疫苗株,未发现脊髓灰质炎病毒野病毒(wild poliovirus,WPV);检测到NPEV17株(17/222,7.7%),其中4株为人类肠道病毒A组(4个血清型,其中1株为新型病毒EV90),云南株EV90与山东3株之间的核苷酸(nt)同源性为95.7%~96.5%(差异率为3.5%~4.3%),氨基酸(aa)同源性为98.5%~99.5%(差异率为0.5%~1.5%),说明云南株更接近山东株03446-SD-CHN-2003(GQ253428),两地毒株差异不大。12株为人类肠道病毒B组(9个血清型),1株为人类肠道病毒C组(1个血清型,为新型病毒EV96),未分离到人类肠道病毒D组病毒。结论 2005年云南省AFP病例中NPEV携带率与往年持平。新型病毒EV90基因进化分析结果表明EV90病毒存在基因多样性特点。 展开更多
关键词 急性弛缓性麻痹 非脊髓灰质炎肠道病毒 新型肠道病毒90型 基因特征分析
2012年在上海市发现中国大陆首例输入性D8基因型麻疹病例 认领 被引量:31
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作者 孙晓冬 李崇山 +9 位作者 汤显 李智 张燕 唐伟 王静 王慧玲 杨彦基 李加 袁政安 许文波 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期583-588,共6页
本文对中国首例输人性D8基因型麻疹病毒基因特征进行分析。用ELISA法检测血清麻疹病毒IgM抗体;用Vero/Slam细胞对采集的咽拭子标本进行病毒分离,分离到的麻疹毒株用RT-PCR方法扩增其核蛋白基因3’端的部分序列,并对扩增产物进行核... 本文对中国首例输人性D8基因型麻疹病毒基因特征进行分析。用ELISA法检测血清麻疹病毒IgM抗体;用Vero/Slam细胞对采集的咽拭子标本进行病毒分离,分离到的麻疹毒株用RT-PCR方法扩增其核蛋白基因3’端的部分序列,并对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,以3’端456个核苷酸为目的片段进行基因亲缘性关系分析。结果表明,上海市2012年共报告1105疑似麻疹病例,其中实验室确诊590例,临床符合病例2例,排除513例,报告发病率为2.52/10万;共采集到984份疑似麻疹病例咽拭子标本,分离到247株麻疹病毒,病毒分离阳性率为25.3%;除Shanghail2—239为D8基因型外,其他均为Hla基因亚型。Shanghail2—239与世界卫生组织(WorldHealthOrganization,WH0)参考株(Manchester.UNK30.94(D8)AF280803)核苷酸序列同源性为97.8%,氨基酸序列同源性为98.6%。与WHO其他基因型参考株核苷酸序列同源性为89.6%~94.5%,氨基酸序列同源性为88.7%~95.3%。 展开更多
关键词 麻疹病毒 D8基因 基因特征分析
2012年大连市流行性角结膜炎疫情的病原鉴定与基因特征分析 认领 被引量:8
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作者 刘大鹏 刘丹红 +6 位作者 孙楠 韩焱 姚伟 历丹 蒋希宏 孙茂利 薄志坚 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2013年第6期715-717,719共4页
目的鉴定一起大连市流行性角结膜炎疫情的病原体及型别。方法采用荧光PCR方法针对30份眼拭标本进行检测,确定病原,并针对特定片段扩增产物测序进行分子定型。结果 21份标本荧光PCR检测结果为腺病毒阳性,核苷酸序列与人腺病毒15、29、56... 目的鉴定一起大连市流行性角结膜炎疫情的病原体及型别。方法采用荧光PCR方法针对30份眼拭标本进行检测,确定病原,并针对特定片段扩增产物测序进行分子定型。结果 21份标本荧光PCR检测结果为腺病毒阳性,核苷酸序列与人腺病毒15、29、56及其重组型高度同源,多重序列比对后构建的系统进化树上与人腺病毒56及其重组型位于同一分支。结论本次疫情的致病病原为D亚属人腺病毒,疑为人腺病毒56型或其重组型。后续需要开展对五邻体(Penton)及纤突(Fi-ber)基因的全核苷酸序列测定及生物信息学分析最终确定型别。 展开更多
关键词 流行性角结膜炎 人腺病毒56型 基因特征分析
2003年云南省AFP病例中非脊灰病毒的测序定型和ECHO7病毒的基因特征分析 认领 被引量:2
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作者 黄国斐 田炳均 +3 位作者 丁峥嵘 汤晶晶 张杰 赵智娴 《预防医学情报杂志》 CAS 2013年第5期386-390,共5页
目的分析云南省2003年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊灰病毒(non-polio,NPV)的带毒状况和埃柯病毒7型(echovirus 7,E7)的基因特征。方法按Obster等介绍的方法,对2003年云南省脊灰实验室分离到的18株NPV... 目的分析云南省2003年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中非脊灰病毒(non-polio,NPV)的带毒状况和埃柯病毒7型(echovirus 7,E7)的基因特征。方法按Obster等介绍的方法,对2003年云南省脊灰实验室分离到的18株NPV进行基因测序定型并对埃柯7病毒的基因特征进行分析。结果 2003年共采集到〈15岁AFP病例粪便标本215份,在34株阳性标本(带毒率为15.8%)中,脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV)16株(阳性率4.7%),均为疫苗株,未发现脊灰野病毒;非脊灰病毒(NPV)18株(阳性率8.4%),其中1株为人类肠道病毒A组(human enterovirus A,HEV-A,1个血清型),14株为人类肠道病毒B组(HEV-B,9个血清型,其中3株为埃柯病毒7型,echovirus7,E7),3株为人类肠道病毒C组(HEV-C,2个血清型),未分离到HEV-D组病毒。结论 2003年云南省AFP病例中非脊灰病毒携带率(8.4%)与往年持平,3株E7病毒存在基因多样性特点(即存在不同的基因型)。 展开更多
关键词 急性弛缓性麻痹 非脊灰病毒 埃柯病毒7型 基因特征分析
人类埃可病毒7型的基因特征分析 认领 被引量:1
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作者 黄国斐 田炳均 +3 位作者 丁峥嵘 汤晶晶 张杰 赵智娴 《中国病毒病杂志》 2012年第5期374-378,共5页
目的对来自11个国家和中国2个省份不同时间分离的60株埃可病毒7型(ECHO virus 7,ECH-O 7)病毒VP1区基因特征进行分析。方法在GenBank中用BLASTN软件搜索不同国家、不同时间发表的ECHO 7VP1区基因序列,共搜索到97个序列,去除相同序列后... 目的对来自11个国家和中国2个省份不同时间分离的60株埃可病毒7型(ECHO virus 7,ECH-O 7)病毒VP1区基因特征进行分析。方法在GenBank中用BLASTN软件搜索不同国家、不同时间发表的ECHO 7VP1区基因序列,共搜索到97个序列,去除相同序列后,共得到60株ECHO 7病毒VP1区序列,用MEGA软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统发生树。结果 60株病毒可分为4个基因型(基因型A~D),A基因型单独由ECHO 7原型株Wallace组成,B、C基因型各由1个亚型组成,D基因型由3个亚型组成,每个亚型又分为不同的组。不同毒株的核苷酸差异率为5.9%~23.2%(氨基酸差异率为1.0%~13.0%),不同基因型之间的核苷酸差异率为15.4%~22.5%(氨基酸差异率为1.7%~7.3%)。结论 ECHO 7病毒存在不同的基因型/亚型,不同基因型/亚型可以在同一个地区流行很长时间,同一时间内不同的基因型/亚型又可在不同的地区流行,具有明显的时间和地域流行特点。 展开更多
关键词 埃可病毒7型 基因特征分析 进化树 VP1区基因序列
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