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冠状病毒的研究进展 认领
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作者 李向茸 李倩 冯若飞 《中国人兽共患病学报》 CAS 北大核心 2021年第1期22-38,共17页
冠状病毒是一类在自然界广泛存在的,可引起跨种间传播并对人兽健康构成严重威胁的传染病病原体。由于宿主谱广泛和选择压力大,冠状病毒会发生变异以逃避宿主免疫反应,从而变得更具致病性。在不到20年的时间里,冠状病毒已经导致了3次令... 冠状病毒是一类在自然界广泛存在的,可引起跨种间传播并对人兽健康构成严重威胁的传染病病原体。由于宿主谱广泛和选择压力大,冠状病毒会发生变异以逃避宿主免疫反应,从而变得更具致病性。在不到20年的时间里,冠状病毒已经导致了3次令全球恐慌的重大疫情,包括目前的新冠疫情。基于此,有必要对冠状病毒进行重新审视。因此,本文从冠状病毒的分类、基因与蛋白结构、编码蛋白功能、复制周期与致病机制、免疫应答、检测与防治等方面对冠状病毒进行了全面系统的概括和分析,以期深入了解冠状病毒的特性,为预防和控制新发冠状病毒的发生和传播提供参考。 展开更多
关键词 冠状病毒 基因组结构 致病机制 细胞因子风暴
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甘薯病毒G CH株系和CH2株系中国分离物基因组全序列克隆及结构特征分析 认领
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作者 秦艳红 王爽 +3 位作者 乔奇 王永江 张德胜 张振臣 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期601-608,共8页
为明确甘薯病毒G(sweet potato virus G,SPVG)CH株系中国分离物SPVG-CH-Ch1和CH2株系中国分离物SPVG-CH2-Ch1的基因组结构特征及遗传变异情况,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组全序列,应用DNAMAN... 为明确甘薯病毒G(sweet potato virus G,SPVG)CH株系中国分离物SPVG-CH-Ch1和CH2株系中国分离物SPVG-CH2-Ch1的基因组结构特征及遗传变异情况,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组全序列,应用DNAMAN软件对基因组全序列及不同编码区序列进行分子变异分析,并基于多聚蛋白基因序列利用MEGA 7软件进行系统进化分析。结果表明,分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组分别包含10 813个和10 834个核苷酸,均包含1个开放阅读框,由10 467个核苷酸组成,编码含有3 488个氨基酸残基的多聚蛋白。分离物SPVG-CH-Ch1与SPVG-CH2-Ch1之间的基因组全序列核苷酸一致性为78.6%,二者与GenBank中登录的其它SPVG分离物基因组全序列核苷酸一致性分别为78.6%~99.1%和77.9%~98.6%,其中SPVG-CH-Ch1与IS103分离物(KM014815)的核苷酸一致性最高,为99.1%,与WT325分离物(KF790759)的核苷酸一致性最低,为78.6%;SPVG-CH2-Ch1与WT325分离物的核苷酸一致性最高,为98.6%,与66Al分离(KX279878)的核苷酸一致性最低,为77.9%。系统进化树显示,SPVG-CH-Ch1与CH株系的7个分离物形成1个分支,SPVG-CH2-Ch1与CH2株系的WT325分离物形成1个分支。表明SPVG的CH株系和CH2株系之间的变异较大,株系内较保守。 展开更多
关键词 甘薯病毒G 全序列 基因组结构 系统进化
新型冠状病毒SARS-CoV-2基因组结构与特征 认领
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作者 程婷婷 洪如会 +1 位作者 王和林 吴海涛 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期3899-3903,共5页
新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在2019年底爆发,是由SARS-CoV-2病毒引起的,由于其超强的传染性,导致全球大流行。该病毒的基因组长度约3万个核苷酸左右,现有的参考病毒基因组为NC045512。SARS-CoV-2病毒粒子被宿主细胞提供的脂质双层所包裹... 新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在2019年底爆发,是由SARS-CoV-2病毒引起的,由于其超强的传染性,导致全球大流行。该病毒的基因组长度约3万个核苷酸左右,现有的参考病毒基因组为NC045512。SARS-CoV-2病毒粒子被宿主细胞提供的脂质双层所包裹,其中含有核酸及核衣壳蛋白,有3种主要蛋白:包膜蛋白(E蛋白)、膜蛋白(M蛋白)和刺突蛋白(S蛋白)。本研究系统阐述了SARS-CoV-2病毒的基因组结构及受体蛋白的结构和功能,以期为由SARS-CoV-2病毒引起的新冠肺炎(COVID-19)的临床治疗和疫苗研发提供理论基础。 展开更多
关键词 新冠病毒(SARS-CoV-2) 新冠肺炎(Covid-19) 基因组结构 受体蛋白特征
复合侵染水茄的两种菜豆金色花叶病毒属病毒基因组结构特征分析 认领
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作者 赵丽玲 钟静 +3 位作者 施章吉 李婷婷 丁铭 张仲凯 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期355-364,共10页
为明确水茄Solanum torvum植株叶片邹缩、褪绿是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,从云南省西双版纳傣族自治州田间采集具有疑似感染症状的水茄植株叶片样品,应用菜豆金色花叶病毒属病毒简并引物和特异性引物进行PCR扩增、克隆和测序... 为明确水茄Solanum torvum植株叶片邹缩、褪绿是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,从云南省西双版纳傣族自治州田间采集具有疑似感染症状的水茄植株叶片样品,应用菜豆金色花叶病毒属病毒简并引物和特异性引物进行PCR扩增、克隆和测序,通过生物信息软件分析比较其核苷酸序列特征,并对其进行系统发育分析。结果显示,从采集的疑似病叶中共克隆获得了5条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和3条DNA-B全序列,经全序列分析发现,侵染水茄的2种菜豆金色花叶病毒属病毒分离物分别属于中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus,SLCCNV)和野茼蒿黄脉病毒(Crassocephalum yellow vein virus,CraYVV)。SLCCNV水茄分离物的基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒双组分结构特征,与来自泰国的SLCCNV分离物(AB330078)亲缘关系最近,相似性最高达到99.0%;CraYVV水茄分离物的基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒单组分结构特征,与来自云南省景洪市的CraYVV分离物(EF165536)亲缘关系最近,相似性最高达到97.6%。表明水茄是这2种菜豆金色花叶病毒属病毒的新寄主,并首次发现双组分和单组分菜豆金色花叶病毒属病毒可复合侵染水茄。 展开更多
关键词 中国南瓜曲叶病毒 野茼蒿黄脉病毒 复合侵染 水茄 基因组结构
冠状病毒基因组特征及感染特点比较 认领
5
作者 程子昭 陈楚楚 +2 位作者 应磊 李校堃 黄志锋 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期56-66,共11页
冠状病毒是一种可以引起人呼吸系统、消化系统等疾病的病原体。目前,对冠状病毒的了解还不够深入,尚不清楚新型冠状病毒(SARS-CoV-2)与其他人冠状病毒在生物学特点和感染机制、流行病学与临床特点等方面的异同,通过概括包括SARS-CoV-2... 冠状病毒是一种可以引起人呼吸系统、消化系统等疾病的病原体。目前,对冠状病毒的了解还不够深入,尚不清楚新型冠状病毒(SARS-CoV-2)与其他人冠状病毒在生物学特点和感染机制、流行病学与临床特点等方面的异同,通过概括包括SARS-CoV-2在内的几种冠状病毒的特点,并分析SARS-CoV-2在特殊人群中的易感性及预后等特点,为临床研究和鉴别诊断提供参考和依据。 展开更多
关键词 冠状病毒 基因组结构 感染机制 流行病学 临床特点
流行性腹泻病毒分子生物学研究进展 认领 被引量:1
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作者 崔小荣 陈志林 +3 位作者 陈斌灿 陈兴荣 梁振华 严广宽 《中国猪业》 2020年第1期62-67,共6页
猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起猪的高度接触性肠道传染病,感染PEDV的猪群主要表现为腹泻、呕吐、厌食、脱水等临床症状。PEDV可感染各个阶段的猪群,临床... 猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起猪的高度接触性肠道传染病,感染PEDV的猪群主要表现为腹泻、呕吐、厌食、脱水等临床症状。PEDV可感染各个阶段的猪群,临床上PEDV主要造成7日龄以内的仔猪高发病率及高死亡率(可达100%)。PEDV的迅速传播给养猪行业造成了巨大的经济损失。本文针对PEDV的病原学、病毒编码蛋白及其生物学功能、感染细胞机制进行综述,以期为深入研究PEDV的致病机制提供参考。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻 猪流行性腹泻病毒 基因组结构 分子生物学 感染机制
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猪繁殖与呼吸综合征病毒及其检测方法概述 认领
7
作者 李华玮 黄岚 +4 位作者 赵孟孟 赵绪永 乔宏兴 郭宏伟 边传周 《动物医学进展》 北大核心 2020年第7期120-124,共5页
猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的一种影响母猪繁殖与仔猪呼吸系统的疾病,给全球养猪业造成了巨大经济损失。目前常用的病毒检测方法有血清中和试验(SN)、免疫过氧化酶单层细胞试验(IPMA)、胶体金免疫... 猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的一种影响母猪繁殖与仔猪呼吸系统的疾病,给全球养猪业造成了巨大经济损失。目前常用的病毒检测方法有血清中和试验(SN)、免疫过氧化酶单层细胞试验(IPMA)、胶体金免疫层析试纸法、反转录PCR(RT-PCR)、荧光定量PCR(qPCR)、反转录-环介导等温扩增(RT-LAMP)、间接免疫荧光试验(IFA)、酶联免疫吸附试验(ELISA)、原位杂交技术(ISH)、基因芯片技术和环介导间接PCR等。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 基因组结构 检测方法
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氧气对基因组的结构与化学影响 认领
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作者 侯春英 卢多 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1744-1753,共10页
氧气是生命活动的必要元素,主要在线粒体参与能量代谢过程。对于包裹在细胞核里的基因组,氧气可以通过许多渠道对其结构和化学性质进行调控,其中活性氧是一类重要的信使分子,对基因组进行种类繁多的修饰,而铁离子提供了多方面的辅助作... 氧气是生命活动的必要元素,主要在线粒体参与能量代谢过程。对于包裹在细胞核里的基因组,氧气可以通过许多渠道对其结构和化学性质进行调控,其中活性氧是一类重要的信使分子,对基因组进行种类繁多的修饰,而铁离子提供了多方面的辅助作用。它们的共同作用影响到基因组复制、转录和损伤修复等几乎所有的生化功能。在此基础上,环境氧浓度的变化,特别是多种主要疾病和重要生理过程相关的低氧环境,可以引起基因组层面的响应。鉴于引起这一系列基因组上变化的因子有可能成为药物靶标,值得系统深入地研究。在此,作者汇总了活性氧、铁离子和细胞低氧对基因组的影响,并简单讨论相关的药物分子。 展开更多
关键词 基因组结构 活性氧 细胞低氧
冠状病毒生物学特性、基因组结构及其诱导的免疫应答研究进展 认领 被引量:2
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作者 汪婷 项前 +4 位作者 金培培 卢文斌 林省伟 郭品豪 卞金俊 《山东医药》 CAS 2020年第11期102-105,共4页
冠状病毒是人类及动物常见的病原体,具有独特的生物学特性及基因组结构,其传染性及致病性极强,对全球经济及公共卫生构成重大威胁。中国武汉出现的新型冠状病毒导致病毒性肺炎爆发,国际病毒分类委员会将新病毒命名为严重急性呼吸综合征... 冠状病毒是人类及动物常见的病原体,具有独特的生物学特性及基因组结构,其传染性及致病性极强,对全球经济及公共卫生构成重大威胁。中国武汉出现的新型冠状病毒导致病毒性肺炎爆发,国际病毒分类委员会将新病毒命名为严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)。现有关于SARS-CoV-2的研究基本以新病毒的基因结构、流行病学、临床特征为主,涉及其免疫反应的研究较少。SARS-CoV-2与严重急性呼吸综合征(SARS)-CoV具有遗传相似性,因此SARS-CoV、中东呼吸综合征(MERS)-CoV相关的免疫应答也是研究SARS-CoV-2免疫应答的基础。研究表明,冠状病毒感染后可诱导宿主产生特定的免疫反应,如介导先天性免疫系统中的干扰素应答、视黄酸诱导基因样受体表达以及激活适应性免疫系统中相应的T细胞、B细胞等。冠状病毒与宿主免疫系统间的相互作用是病毒感染的基本发病机制,而机体的免疫应答对于控制和消除冠状病毒感染至关重要。深入了解近年来冠状病毒的生物学特性、基因组结构及其诱导的免疫应答,可为SARS-CoV-2的科学性防治提供理论依据。 展开更多
关键词 冠状病毒 基因组结构 免疫应答 干扰素 单克隆抗体
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动物冠状病毒的研究进展 认领
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作者 曾思莹 曹永长 《广东畜牧兽医科技》 2020年第2期9-16,共8页
冠状病毒(Coronavirus)在自然界中普遍存在,其宿主广泛,可感染哺乳动物和鸟类,是一种严重危害人类健康和畜牧业发展的病原微生物。本文主要介绍了已知动物冠状病毒的分类、基因组结构、常见的几种动物冠状病毒及其诊断与防治技术,并对... 冠状病毒(Coronavirus)在自然界中普遍存在,其宿主广泛,可感染哺乳动物和鸟类,是一种严重危害人类健康和畜牧业发展的病原微生物。本文主要介绍了已知动物冠状病毒的分类、基因组结构、常见的几种动物冠状病毒及其诊断与防治技术,并对动物冠状病毒与最新发现的新型冠状病毒SARS-CoV-2进行了比较,旨在更好的了解和认识冠状病毒及其危害,为防控冠状病毒引起的相关感染提供借鉴。 展开更多
关键词 动物冠状病毒 SARS-CoV-2 基因组结构 防治
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山羊基因组研究进展 认领 被引量:1
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作者 王凤红 张磊 +14 位作者 李晓凯 范一星 乔贤 龚高 严晓春 张令天 王志英 王瑞军 刘志红 王志新 何利兵 张燕军 李金泉 赵艳红 苏蕊 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期928-938,共11页
山羊基因组是山羊品种资源保护和利用的研究依据,对培育和改良山羊品种具有重要意义。目前,随着山羊参考基因组的不断完善,在山羊起源、进化和适应性等方面的研究取得了诸多重要成果。本文详细综述了山羊基因组研究进展,主要包括山羊基... 山羊基因组是山羊品种资源保护和利用的研究依据,对培育和改良山羊品种具有重要意义。目前,随着山羊参考基因组的不断完善,在山羊起源、进化和适应性等方面的研究取得了诸多重要成果。本文详细综述了山羊基因组研究进展,主要包括山羊基因组结构、山羊基因组图谱(遗传图谱、物理图谱和比较图谱)、山羊高通量测序和山羊SNP芯片的开发及利用,以期为开展山羊基因组选择(genome selection,GS)奠定理论基础。 展开更多
关键词 山羊 基因组结构 基因图谱 芯片 基因组选择
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牛病毒性腹泻病毒分子机制的研究进展 认领
12
作者 刘泽余 刘占悝 +3 位作者 李智杰 孙飞雁 张加力 郭利 《当代畜牧》 2019年第11期17-21,共5页
牛病毒性腹泻是阻碍养牛业发展的一种重大疾病。患病动物以发热、腹泻、流产、产乳量下降、产出死胎或畸形胎为主要症状。其病原体(BVDV)除感染牛外,也能感染猪、骆驼、羊驼及其他反刍动物。该病呈世界性流行分布,国际病毒分类委员会(In... 牛病毒性腹泻是阻碍养牛业发展的一种重大疾病。患病动物以发热、腹泻、流产、产乳量下降、产出死胎或畸形胎为主要症状。其病原体(BVDV)除感染牛外,也能感染猪、骆驼、羊驼及其他反刍动物。该病呈世界性流行分布,国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses,ICTV)已将BVDV分为BVDV-1与BVDV-22个型。2种基因型的BVDV均能造成牛群的大范围发病,但临床症状稍有不同。本文从流行特点与致病机制、最新检测方法及病毒基因组结构几个方面介绍了当下牛病毒性腹泻分子机制的研究进展。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻 流行特点 分型 基因组结构
植物弹状病毒研究进展 认领
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作者 张守杰 耿军 +3 位作者 纪国才 王黎 宋春燕 李松坚 《河北农业科学》 2019年第2期72-75,78共5页
弹状病毒是一类负义单链RNA病毒,寄主范围很广,根据侵染寄主的不同分为植物弹状病毒和动物弹状病毒两大类。其中,植物弹状病毒可以侵染小麦、马铃薯、大麦、莴苣和兰花等多种植物,为害宿主健康,给农业生产造成经济损失。综述了植物弹状... 弹状病毒是一类负义单链RNA病毒,寄主范围很广,根据侵染寄主的不同分为植物弹状病毒和动物弹状病毒两大类。其中,植物弹状病毒可以侵染小麦、马铃薯、大麦、莴苣和兰花等多种植物,为害宿主健康,给农业生产造成经济损失。综述了植物弹状病毒的分类、基因组结构、蛋白功能、生物学特性等方面的最新研究进展。认为加强N蛋白和G蛋白研究,对阻断昆虫介体的传毒途径,进而防治植物弹状病毒病具有重要意义。 展开更多
关键词 植物弹状病毒 基因组结构 蛋白功能 生物学特性 病毒病
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甘蔗基因组研究进展 认领 被引量:1
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作者 董广蕊 石佳仙 +1 位作者 侯藹玲 张积森 《生物技术》 CAS 2018年第3期296-301,共6页
甘蔗基因组庞大(10 Gb)且为高倍体(5x~16x),甘蔗基因组的研究相对滞后。随着生物技术发展,如测序组装(Pacbio、Hi-C)、分子标记以及荧光原位杂交(FISH)技术,实现了对高粱、水稻以及小麦等多种禾本科植物有关的基因组研究工作... 甘蔗基因组庞大(10 Gb)且为高倍体(5x~16x),甘蔗基因组的研究相对滞后。随着生物技术发展,如测序组装(Pacbio、Hi-C)、分子标记以及荧光原位杂交(FISH)技术,实现了对高粱、水稻以及小麦等多种禾本科植物有关的基因组研究工作。这些重要技术为研究甘蔗基因组提供了新手段。该文综述了甘蔗的起源、分类、图谱的构建,与近缘种的共线性,基因组结构以及核型演化等甘蔗的基因组学特征,以期为甘蔗基因组深入研究提供参考。 展开更多
关键词 甘蔗 基因组 共线性 基因组结构 核型
三维基因组数据分析方法进展 认领 被引量:3
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作者 张祥林 方欢 汪小我 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1093-1105,共13页
对染色质三维结构的探究逐渐成为了解基因组功能与基因调控关系的必要手段.近年来,随着高通量染色体构象捕获(Hi—C)等技术的发展和高通量测序成本的降低,全基因组交互作用的数据量快速增长,交互作用图谱分辨率不断提高.这给三... 对染色质三维结构的探究逐渐成为了解基因组功能与基因调控关系的必要手段.近年来,随着高通量染色体构象捕获(Hi—C)等技术的发展和高通量测序成本的降低,全基因组交互作用的数据量快速增长,交互作用图谱分辨率不断提高.这给三维基因组学发展带来机遇的同时,也给计算建模带来了挑战.当前,三维基因组数据的分析方法覆盖面广,包括了数据前期处理、标准化、可视化、特征提取、三维建模等环节,但是如何从中选择高效、准确的方法却成为制约研究者们开展研究的一项关键因素.本文根据这些方法的适用场景、原理及特点进行系统地归纳,并重点关注了针对新技术或新需求的分析方法,以期促进这一领域中信息学方法的应用和开发,助力三维基因组学的研究. 展开更多
关键词 Hi-C 三维基因组 基因组结构 生物信息学
猪传染性胃肠炎病毒分子生物学研究进展 认领
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作者 陈海明 《甘肃畜牧兽医》 2018年第7期41-43,共3页
猪传染性胃肠炎是一种高度接触性的传染病,以呕吐、严重腹泻、脱水和致两周龄内仔猪高死亡率为主要特征,该病的预防和控制对养猪业具有重要意义。本文对TGEV的病原分子结构、基因组结构以及主要毒力蛋白及功能进行了较为深入的阐述,以期... 猪传染性胃肠炎是一种高度接触性的传染病,以呕吐、严重腹泻、脱水和致两周龄内仔猪高死亡率为主要特征,该病的预防和控制对养猪业具有重要意义。本文对TGEV的病原分子结构、基因组结构以及主要毒力蛋白及功能进行了较为深入的阐述,以期为TGEV的预防与控制研究提供借鉴。 展开更多
关键词 猪传染性胃肠炎病毒 病原分子结构 基因组结构 毒力蛋白
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甘蔗杆状病毒及其启动子功能的研究进展 认领 被引量:3
17
作者 孙生仁 张慧丽 +1 位作者 吴小斌 高三基 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期943-950,共8页
甘蔗杆状病毒(SCBV)是侵染甘蔗的重要病原物之一,属于花椰菜花叶病毒科(Caulimoviridae)杆状DNA病毒属(Badnavirus)。该病害在多数种植甘蔗的国家和地区普遍发生,可导致甘蔗品质和产量下降,对甘蔗产业构成潜在威胁。SCBV基因组为... 甘蔗杆状病毒(SCBV)是侵染甘蔗的重要病原物之一,属于花椰菜花叶病毒科(Caulimoviridae)杆状DNA病毒属(Badnavirus)。该病害在多数种植甘蔗的国家和地区普遍发生,可导致甘蔗品质和产量下降,对甘蔗产业构成潜在威胁。SCBV基因组为环状双链DNA,长度为7.3-8.0 kb。不同地理来源的SCBV分离物遗传多样性丰富,全球至少存在18种系统进化组群或基因型(SCBV-AR),其中,来自摩洛哥的SCBMOV、澳大利亚的SCBIMV及瓜德罗普岛的SCBGAV和SCBGDV被国际病毒分类委员会(ICTV)认定为杆状DNA病毒属下的4个不同病毒种。SCBV基因组编码3个开放阅读框(ORF),其中ORF3的3′端和ORF1的5′端之间基因间隔区域为病毒启动子区域。本文主要综述了SCBV生物学和基因组特性、遗传多样性、检测方法、病毒启动子的功能及应用等方面的最新研究进展,旨在为SCBV的进一步研究提供参考。 展开更多
关键词 杆状DNA病毒 甘蔗杆状病毒 遗传多样性 基因组结构 病毒启动子
海蜇Frizzled1基因的克隆及在无性繁殖中的表达 认领
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作者 潘滢 朱玲 +2 位作者 周春娅 陈四清 庄志猛 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1335-1346,共12页
采用 RACE技术解析了海蜇(Rhopilema esculentum) Frizzled1基因的 cDNA 和基因组结构: Re-Fzd1基因的全长 cDNA 为 2387 bp, 其中编码区为 1761 bp, 编码 586 个氨基酸的多肽.SMART 分析表明, Re-Fzd1 基因具备 Fzd家族共同的结... 采用 RACE技术解析了海蜇(Rhopilema esculentum) Frizzled1基因的 cDNA 和基因组结构: Re-Fzd1基因的全长 cDNA 为 2387 bp, 其中编码区为 1761 bp, 编码 586 个氨基酸的多肽.SMART 分析表明, Re-Fzd1 基因具备 Fzd家族共同的结构特征, 包括: 一个由 23 个氨基酸组成的信号肽, 一个位于 N-末端富含 10 个保守半胱氨酸残基的半胱氨酸富集域(CRD), 一个含有 7 个跨膜片段的跨膜结构域, 以及一个含有 5 个重要的磷酸化位点的 C 端尾巴.多序列比对表明, Re-Fzd1 基因与刺胞动物贝螅(Hydra echinata)、水螅(Hydra vulgaris)、半球美螅水母(Clytia hemisphaerica)和海葵(Nematostella vectensis) Fzd1 具有高度相似性, 与来自脊椎动物人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)、爪蟾(Xenopus laevis)和斑马鱼(Danio rerio)的 Fzd1、Fzd2 和 Fzd7 家族基因也具有较高的同源性.基于N-J 法, 将人、鼠、爪蟾、斑马鱼和果蝇(Drosophila melanogaster)所有 Fzd 家族基因系统进化分析显示, 除果蝇外, 所有 Fzd 家族成员聚类成 4 个类群, 11 个亚家族, 海蜇 Re-Fzd1 基因首先与刺胞动物门的 Fzd1 聚类在-起, 然后与脊椎动物 Fzd1、Fzd2 和 Fzd7 三个家族聚成一个类群, 表明脊椎动物 Fzd1、Fzd2 和 Fzd7 家族可能与刺胞动物门的 Fzd1 起源于同一个共同祖先.Re-Fzd1 基因组序列中不含有内含子.实时荧光定量 PCR 结果显示, Re-Fzd1基因在海蜇无性繁殖的 4 个发育阶段均有表达, 其中, 表达量最高的横裂体阶段是表达量最低的稚水母阶段的3.67 倍.整体原位杂交显示, 在海蜇横裂体时期, Re-Fzd1 原位表达在触手、基座及发生横裂的部位.这些结果都表明, Re-Fzd1 不但参与了海蜇的早期发育过程, 还调控了海蜇无性繁殖的发生. 展开更多
关键词 海蜇 FRIZZLED CDNA 基因组结构 整体原位杂交 无性繁殖
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小麦锈菌蛋白激酶基因家族的鉴定与生物信息学分析 认领 被引量:2
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作者 李闯 许笑蒙 +3 位作者 李博 刘娜 李春奇 郑文明 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期53-59,共7页
为深入分析锈菌结构基因组,阐明锈菌毒性变异的分子机制,本研究通过生物信息分析方法,对3种小麦锈菌蛋白激酶(protein kinases,PKs)超家族预测基因进行了系统分析,利用COG(clusters of orthologous groups of proteins)、KEGG(Kyot... 为深入分析锈菌结构基因组,阐明锈菌毒性变异的分子机制,本研究通过生物信息分析方法,对3种小麦锈菌蛋白激酶(protein kinases,PKs)超家族预测基因进行了系统分析,利用COG(clusters of orthologous groups of proteins)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)、GO(gene ontology)和PHI(pathogen-host interactions)数据库进行注释分析,并对小麦锈菌MAPK基因的蛋白质互作网络进行预测。结果表明,条锈菌Puccinia striiformis、叶锈菌P.triticina和秆锈菌P.graminis的PKs基因数量分别为221、159和159个,不同PKs基因家族类型在3种锈菌中的数量分布上表现出很高的保守性。注释分析表明,PKs家族预测功能涉及病原菌生长发育中的调控作用和病原菌-寄主互作机制,包括信号传导和致病因子等。PKs家族核心基因数目在蛋白激酶基因中占比大于1/3。MAPK基因的催化结构域序列呈现高度相似性。以STRING数据库的酿酒酵母蛋白质互作网络信息为参考,对小麦锈菌MAPK基因的蛋白质互作网络进行预测,共鉴定出25个互作关系,包含29个MAPK基因。研究表明这3种锈菌之间MAPK互作蛋白质分布不均衡,这可能反映了锈菌基因组进化的特殊复杂性。 展开更多
关键词 小麦锈菌 蛋白激酶 进化 基因组结构 蛋白互作
芸薹属及其他异源多倍体植物的基因表达特征研究进展 认领
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作者 张大为 谭晨 李再云 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期438-445,共8页
远缘杂交及异源多倍化导致许多重要作物的起源与进化,而芸薹属栽培异源四倍种是研究作物异源多倍化的模式系统之一。异源多倍体是如何调控及协调来自不同二倍体祖先的不同基因组的遗传行为及基因表达,是过去二十年间的研究热点和重要的... 远缘杂交及异源多倍化导致许多重要作物的起源与进化,而芸薹属栽培异源四倍种是研究作物异源多倍化的模式系统之一。异源多倍体是如何调控及协调来自不同二倍体祖先的不同基因组的遗传行为及基因表达,是过去二十年间的研究热点和重要的生物学问题。利用不断发展的分子生物学技术,一方面揭示出芸薹属及其他多倍体物种基因组表现出动态性质,即在形成初期及长期进化过程中持续发生遗传及表观遗传的变化;另一方面发现异源多倍化过程中伴随着大量的基因表达模式改变,包括非加性表达、超亲表达、表达水平显性、部分同源偏向表达、基因剂量平衡效应等现象。上述基因组结构、表观遗传改变以及基因表达模式的调控,使新产生的多倍体得以成功进化为新物种。 展开更多
关键词 异源多倍体 芸薹属 基因组结构 基因表达模式 剂量效应 进化
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