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人感染H7N9亚型禽流感病毒分子生物学研究进展 预览 被引量:1
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作者 陶玲 李慧君 吴卫东 《新乡医学院学报》 CAS 2017年第9期779-785,共7页
2013年3月至今,我国多个省市地区发生了人感染H7N9禽流感疫情并引起较高的病死率,而从2016年秋季开始的第5波疫情显得尤为严重,这使得人感染H7N9禽流感作为严重危害我国人民健康的重大急性传染性呼吸道疾病而备受关注。本文综述了近年... 2013年3月至今,我国多个省市地区发生了人感染H7N9禽流感疫情并引起较高的病死率,而从2016年秋季开始的第5波疫情显得尤为严重,这使得人感染H7N9禽流感作为严重危害我国人民健康的重大急性传染性呼吸道疾病而备受关注。本文综述了近年来关于人感染H7N9亚型禽流感病毒在基因组进化及哺乳动物适应性突变方面的分子生物学研究进展,以期推动人感染H7N9禽流感防控策略的研究。 展开更多
关键词 H7N9 禽流感病毒 基因组进化 适应性突变
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超嗜热古菌整合性遗传元件的研究进展
2
作者 李臻 宋庆浩 徐俊 《微生物学报》 CSCD 北大核心 2017年第9期1400-1408,共9页
细菌中整合性遗传元件与DNA修饰和防御、毒力因子传播以及次级代谢等生理功能存在关联,而相关研究在超嗜热古菌中尚处于起步阶段。本文综述了超嗜热古菌中整合性病毒、质粒及基因组岛等整合性遗传元件的分类、整合及维持机制。展示了整... 细菌中整合性遗传元件与DNA修饰和防御、毒力因子传播以及次级代谢等生理功能存在关联,而相关研究在超嗜热古菌中尚处于起步阶段。本文综述了超嗜热古菌中整合性病毒、质粒及基因组岛等整合性遗传元件的分类、整合及维持机制。展示了整合性遗传元件参与的水平基因转移过程在超嗜热古菌基因组演化中扮演的重要角色。整合性遗传元件相关功能基因组学研究为理解超嗜热古菌的多样性及其环境适应性机制提供了新的视角。 展开更多
关键词 超嗜热古菌 整合性遗传元件 基因组进化 环境适应
昆虫次生内共生菌Rickettsia研究进展 预览
3
作者 张婧 张毅波 +3 位作者 薛延韬 刘怀 张桂芬 万方浩 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2017年第2期431-443,共13页
Rickettsia隶属于变形菌纲Proteobacteria的d亚群立克次体科Rickettsiaceae革兰氏阴性菌,是形态多样的次生真核细胞内共生菌。Rickettsia的功能是多样的,在一些宿主中为营养共生菌,在另一些宿主中为生殖调控因子,或以昆虫为载体的... Rickettsia隶属于变形菌纲Proteobacteria的d亚群立克次体科Rickettsiaceae革兰氏阴性菌,是形态多样的次生真核细胞内共生菌。Rickettsia的功能是多样的,在一些宿主中为营养共生菌,在另一些宿主中为生殖调控因子,或以昆虫为载体的植物病原菌,此外,Rickettsia还能增强宿主抗药性,提高宿主抵御天敌、高温或者其它致死因素的能力。本综述主要从Rickettsia的起源、分类、在昆虫体内的分布、传播方式、与昆虫生殖调控的关系以及基因组进化等方面,简述Rickettsia的研究进展,重点提出了Rickettsia研究中一些尚未解决的问题,期望通过这些研究进一步明确Rickettsia与昆虫之间的互作关系。 展开更多
关键词 RICKETTSIA 传播 分布 生殖调控 基因组进化
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基因组序列8-mer频次使用规律及与物种进化的关系
4
作者 朱孝先 杨镇 +2 位作者 段成妍 吕文萍 李宏 《生物信息学》 2016年第4期195-202,共8页
基因组序列k-mer的非随机使用规律及包含的生物学意义一直是人们关注的问题,目前还没有根本性进展。本文以七个物种的全部基因序列为样本,得到各物种基因组序列的8-mer频谱分布。发现狗和牛的频谱有三个峰,而斑马鱼、青鳉鱼、秀丽线虫... 基因组序列k-mer的非随机使用规律及包含的生物学意义一直是人们关注的问题,目前还没有根本性进展。本文以七个物种的全部基因序列为样本,得到各物种基因组序列的8-mer频谱分布。发现狗和牛的频谱有三个峰,而斑马鱼、青鳉鱼、秀丽线虫和酿酒酵母的频谱只有一个峰,鸡的频谱分布形状介于两者之间。将8-mer集合按照XY二核苷含量分类,结果显示只有CG二核苷分类下0CG、1CG和2CG三类子集的频谱形成各自独立的单峰分布。对照随机序列,发现0CG模体是随机进化的,1CG和2CG模体是定向进化的,它们的使用频次远小于随机频次,且这种独立进化分离规律具有物种普适性。三个CG子集频谱之间的距离是产生单峰或多峰现象的根本原因。将七个物种基因组序列标准化到109bp,比较发现1CG和2CG子集频谱与物种进化显著相关,0CG子集频谱与物种进化无显著关系。可以认为三种CG模体各自执行着不同的生物学功能。基因组序列8-mer的独立分离规律为揭示基因组结构、基因组进化以及模体的生物功能提供了一种新的思维方式。 展开更多
关键词 基因组序列 8-mer频谱 CG二核苷分类 独立分离规律 基因组进化
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Chaos in DNA evolution
5
作者 Jacques M. Bahi Christophe Guyeux Antoine Perasso 《生物数学学报:英文版》 2016年第5期199-215,共17页
关键词 基因组进化 混沌变异 DNA 基因突变 CM模式 突变发生 混沌模型 L模型
Author Guidelines for Submitting Manuscripts to Zoological Research
6
《动物学研究》 CAS CSCD 2016年第4期259-260,共2页
<正>Published bimonthly,Zoological Research is an interdisciplinary,peer-reviewed,open-access journal publishing original articles,review articles,research reports,letter to the editor,editorial and notes focusi... <正>Published bimonthly,Zoological Research is an interdisciplinary,peer-reviewed,open-access journal publishing original articles,review articles,research reports,letter to the editor,editorial and notes focusing on Genome Evolution and Genetic Diversity,Animal Ecology and Ethology,Primates and Animal Models of Human Diseases.The journal also publishes high quality papers related to taxonomy and DNA 展开更多
关键词 作者指南 动物学 投稿 遗传多样性 基因组进化 动物生态学 动物行为学 发育生物学
进化生物学基因组进化、物种形态、共同进化及生命起源
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作者 Pierre Pontarotti 马雪征 《国外科技新书评介》 2015年第9期17-18,共2页
本书反映2013年第17届进化生物学大会中的最具代表性的报告内容,给读者提供了一个进化生物学领域的概述。书中共分为三大部分:分子与基因组进化;系统生物地理、物种形态、共同进化;以及宇宙生物与生命起源。本书不仅整合了进化生物... 本书反映2013年第17届进化生物学大会中的最具代表性的报告内容,给读者提供了一个进化生物学领域的概述。书中共分为三大部分:分子与基因组进化;系统生物地理、物种形态、共同进化;以及宇宙生物与生命起源。本书不仅整合了进化生物学家提出的一些概念,也广泛采纳其他领域科学家对进化生物学的新概念,促进了跨学科的交流及合作,同时也为进化生物学领域提供了最新的调查结果。 展开更多
关键词 基因组进化 进化生物学 生命起源 共同进化 形态 物种 生物学领域 生物地理
Author Guidelines for Submitting Manuscripts to Zoological Research
8
《动物学研究》 CAS CSCD 2015年第1期I0003-I0004,共2页
关键词 动物学 作者 期刊出版 遗传多样性 基因组进化 动物行为学 灵长类动物 发育生物学
Growing and evolving: remarks for the 35^th anniversary of the founding of Zoological Research
9
作者 Yong-Gang YAO Yun ZHANG 《动物学研究》 CAS CSCD 2015年第1期I0001-I0002,共2页
<正>The beginning of a new year is always a time for reflection,contemplation and optimism.For the past thirty-five years,since its founding in 1980,Zoological Research(ZR)has experienced many highs and lows,see... <正>The beginning of a new year is always a time for reflection,contemplation and optimism.For the past thirty-five years,since its founding in 1980,Zoological Research(ZR)has experienced many highs and lows,seeing great advances but also overcoming numerous hurdles.Zoological Research has made many valuable contributions to the progress of biological sciences in China and won prestige both at home and abroad.Currently,it serves as a key journal focusing on 展开更多
关键词 动物学 备注 遗传多样性 基因组进化 动物行为学 灵长类动物 发育生物学 生物科学
Identifying PCR primers to facilitate molecular phylogenetics in Caddisflies (Trichoptera)
10
作者 Bonnie S. McCullagh Scott A. Wissinger Jeffrey M. Marcus 《动物分类学报:英文版》 CSCD 2015年第4期459-469,共11页
The molecular phylogenetics of the Lepidoptera(butterflies and moths) is well studied, but that of Trichoptera(caddisflies), the sister clade of Lepidoptera, is less studied. The PCR primer libraries developed for lep... The molecular phylogenetics of the Lepidoptera(butterflies and moths) is well studied, but that of Trichoptera(caddisflies), the sister clade of Lepidoptera, is less studied. The PCR primer libraries developed for lepidopteran phylogenetics might work in Trichoptera. DNA from 8 caddisfly species(Asynarchus nigriculus(Banks, 1908), Grammotaulius lorettae Denning, 1941, Hesperophylax occidentalis(Banks, 1908), Limnephilus externus Hagen, 1861, Limnephilus picturatus Mc Lachlan, 1875, Limnephilus secludens Banks, 1914, Limnephilus sublunatus Provancher, 1877 and Agrypnia deflata(Milne, 1931)) was used to screen for amplification. 107 primer pairs for 45 nuclear and 3 mitochondrial genes were tested. Primers for 1 new gene(40S ribosomal protein S2(RPS2)) and 8 genes previously used in Trichopteran phylogenetics were recovered(16S rRNA, 18S rRNA, carbamoyl-phosphate synthetase(CAD), cytochrome oxidase I(COI), cytochrome oxidase II(COII), elongation factor-1 alpha(EF-1 alpha), isocitrate dehydrogenase(IDH), and RNA polymerase-II(POL-II)). New primer pairs extended the genomic region sampled for many genes. Evolution rates among loci varied by 2 orders of magnitude. Differences among evolution rates and modes of inheritance offer flexible tools for resolving phylogenetic questions and examining genome evolution in the Trichoptera. Screening libraries of PCR primers is a useful approach for identifying PCR primers in related taxa with limited molecular genetic resources. 展开更多
关键词 PCR引物 分子系统学 蚕蛾 细胞色素氧化酶 鳞翅目昆虫 线粒体基因 基因组进化 识别
稻属植物的基因组进化 被引量:3
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作者 刘铁燕 陈明生 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期51-65,共15页
水稻所在的稻属(Oryza)共有24个左右的物种。由于野生稻含有大量的优良农艺性状基因,在水稻遗传学研究中日益受到重视。随着国际稻属基因组计划的开展,越来越多的稻属基因组序列被测定,稻属成为进行比较、功能和进化基因组学研究... 水稻所在的稻属(Oryza)共有24个左右的物种。由于野生稻含有大量的优良农艺性状基因,在水稻遗传学研究中日益受到重视。随着国际稻属基因组计划的开展,越来越多的稻属基因组序列被测定,稻属成为进行比较、功能和进化基因组学研究的模式系统。近期开展的一系列研究对稻属不同基因组区段以及全基因组序列的比较分析,揭示了稻属在基因组大小、基因移动、多倍体进化、常染色质到异染色质的转化以及着丝粒区域的进化等方面的分子机制。转座子的活性以及转座子因非均等重组或非法重组而造成的删除,对稻属基因组的扩增和收缩具有重要作用。DNA双链断裂修复介导的基因移动,特别是非同源末端连接,是稻属基因组非共线性基因形成的主要来源。稻属基因组从常染色质到异染色质的转换过程,伴随着转座子的大量扩增、基因片段的区段性和串联重复以及从基因组其他位置不断捕获异染色质基因。对稻属不同物种间基因拷贝数、特异基因和重要农艺性状基因的进化等研究,可揭示稻属不同物种问表型和适应性差异的分子基础,将加速水稻的育种和改良。 展开更多
关键词 稻属 比较基因组 基因组进化 功能基因组
Author Guidelines for Submitting Manuscripts to Zoological Research
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《动物学研究》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期75-77,共3页
<正>Published bimonthly,Zoological Research is an interdisciplinary,peer-reviewed journal publishing original articles,review articles,research reports,and notes dealing with all aspects of zoology,with special ... <正>Published bimonthly,Zoological Research is an interdisciplinary,peer-reviewed journal publishing original articles,review articles,research reports,and notes dealing with all aspects of zoology,with special interest in papers focusing on Genome Evolution and Genetic Diversity,DNA Barcoding,Developmental Biology,Physiology,Biochemistry,Immunology,Neuroscience,Animal Ecology and Ethology,and especially Animal Models of Human Diseases.Starting with Volume 35,Zoological Research will be publishing scientific articles and reviews exclusively in English.To assist you in formatting your articles correctly for submission to ZR,please use this attached guide. 展开更多
关键词 作者指南 动物学 遗传多样性 基因组进化 发育生物学 动物生态学 同行评审 生物化学
Hybridization and genome evolution I: The role of contingency during hybrid speciation
13
作者 Fabrice EROUKHMANOFF Richard I. BAILEY Glenn-PETER SaeTRE 《动物学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2013年第5期667-674,共8页
关键词 基因组进化 杂交种 混合 形态 基因 突发事件 染色体数目 HHS
Hybridization and genome evolution II: Mechanisms of species divergence and their effects on evolution in hybrids
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作者 Richard I. BAILEY Fabrice EROUKHMANOFF Glenn-PETER SaeTRE 《动物学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2013年第5期675-685,共11页
关键词 基因组进化 杂交种 物种分化 混合动力车 机制 不兼容性 相关性状 常染色体
拽线法:一个构建系统发育树的新算法
15
作者 陈兆斌 《生物信息学》 2013年第4期317-320,共4页
这篇文章要讨论的拽线法(DL)是贪婪算法的一种。和Fitch—Margoliash(FM)一样,DL也是基于距离矩阵构建系统发育树,但是和FM算法相比,DL具有低复杂度、较高的容错性和准确度高的优点。当存在误差时,DL算法只是加大了不在同一个... 这篇文章要讨论的拽线法(DL)是贪婪算法的一种。和Fitch—Margoliash(FM)一样,DL也是基于距离矩阵构建系统发育树,但是和FM算法相比,DL具有低复杂度、较高的容错性和准确度高的优点。当存在误差时,DL算法只是加大了不在同一个父节点下的基因序列的距离,但能够准确的判断序列的亲缘关系,进而得到完美的进化树拓扑结构;相比之下,FM算法让各个基因序列间的距离均摊了这种误差,从而有可能将本应该具有相同父节点的基因序列分到不同的分支。 展开更多
关键词 系统发育树 基因组进化 序列分析 算法
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探索达尔文的新秘境——家养动植物起源进化的遗传机制 预览
16
作者 董扬 王文 《科学》 北大核心 2012年第3期 21-23,共3页
1859年11月,50岁的达尔文小心翼翼地出版了那部足以改变人类世界观的伟大巨著-《物种起源》。在这部巨著中,达尔文开篇即基于他对动植物在人工选择下的显著变异的观察,推测自然选择是生物进化的主要动力。在那个神学高于一切的时代... 1859年11月,50岁的达尔文小心翼翼地出版了那部足以改变人类世界观的伟大巨著-《物种起源》。在这部巨著中,达尔文开篇即基于他对动植物在人工选择下的显著变异的观察,推测自然选择是生物进化的主要动力。在那个神学高于一切的时代,《物种起源》仿佛一道闪电划破漆黑的夜空。从那时起,上帝造物论动摇了,人类开始重新思考自己和周围生物的由来。 展开更多
关键词 家养生物 人工选择 基因组进化 遗传机制
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Learn from Ants 预览
17
作者 TANG YUANKAI 《今日中国:英文版》 2012年第6期66-67,共2页
<正>THERE are children who can spend many contented hours watching lines of industrious ants go back and forth on their urgent mission of collecting food. Some scientists, however, make these children’s fascina... <正>THERE are children who can spend many contented hours watching lines of industrious ants go back and forth on their urgent mission of collecting food. Some scientists, however, make these children’s fascination seem insignificant, and spend years studying ants as part of their research. Among them is Dr. Zhang Guojie at Shenzhen BGI, China’s largest genome and bioinformatics analysis center, where he is associate director of its Science Department and head of its Genomic Evolution and Comparison Center. 展开更多
关键词 蚂蚁 基因组进化 生物信息 科学家 副主任 负责人
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Hox Gene Clusters of Early Vertebrates: Do They Serve as Reliable Markers for Genome Evolution?
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作者 Shigehiro Kuraku 《基因组蛋白质组与生物信息学报:英文版》 CAS CSCD 2011年第3期97-103,共7页
Hox 基因,为沿着在 embryogenesis 的 anteroposterior 轴的地区性的说明负责,在迄今为止定序的大多数 eumetazoan 染色体作为簇被发现。无脊椎动物与第二等的簇破裂的一些例外拥有单个 Hox 基因簇,当时 osteichthyans (多骨的脊椎动... Hox 基因,为沿着在 embryogenesis 的 anteroposterior 轴的地区性的说明负责,在迄今为止定序的大多数 eumetazoan 染色体作为簇被发现。无脊椎动物与第二等的簇破裂的一些例外拥有单个 Hox 基因簇,当时 osteichthyans (多骨的脊椎动物) 有多重 Hox 簇。在 tetrapods,四 Hox 聚类,源于所谓的二回合的整个染色体复制(2R-WGDs ) ,被观察。总的来说, Hox 基因簇的数字在动物染色体被认为是 ploidy 层次的一个可靠标记。事实上,这个计划也在经历了另外的 WGD 的 teleost 鱼适合状况。在这评论,我作为将充满在无脊椎动物和 osteichthyans 之间的差距的系集中于圆口动物和软骨的鱼。最近的研究在 galeomorph 鲨鱼系加亮 HoxC 簇的可能的损失,当软骨的鱼 Hox 簇的另外的方面通常标记他们的保存性质时。相反,存在资源建议圆口动物展出 Hox 的一个不同模式簇组织。为这组种类,其染色体能不同地从 jawed 脊椎动物对 2R-WGDs 作出回应,因此, Hox 簇的数字不能用作他们的 ploidy 水平的好指示物。 展开更多
关键词 HOX基因 无脊椎动物 基因组进化 基因 标记 早期 软骨鱼类 基因组测序
Genetic and Epigenetic Effects of Plant-Pathogen Interactions: An Evolutionary Perspective
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作者 Alex Boyko Igor Kovalchuk 《分子植物》 SCIE CAS CSCD 2011年第6期 1014-1023,共10页
最近的报告建议到应力的暴露能够在染色体的各种各样的部分影响继承变化的频率和模式。在这评论,我们将讨论病毒的病原体的影响在上体并且 Nicotiana tabacum 和 Arabidopsis thaliana 的 meiotic 染色体稳定性。感染兼容病原体的植物... 最近的报告建议到应力的暴露能够在染色体的各种各样的部分影响继承变化的频率和模式。在这评论,我们将讨论病毒的病原体的影响在上体并且 Nicotiana tabacum 和 Arabidopsis thaliana 的 meiotic 染色体稳定性。感染兼容病原体的植物产生在变化先于病原体和结果的传播在的一个全身的再结合信号体并且 meiotic 再结合频率。在全球、地点特定的 DNA methylation 模式,在转基因的记者 loci 的 genomic 重新整理和抵抗 gene-like-loci 的感染的植物展览变化的子孙,甚至到病原体感染和不能生活的应力的忍耐。这里,我们将讨论环境压力的贡献到染色体进化并且将响应病原体感染集中于可继承的 epigenetic 变化的角色。 展开更多
关键词 病原体感染 基因组进化 遗传效应 相互作用 植物 基因组重排 表观 频率
浓核病毒研究概述
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作者 刘凯于 彭建新 +1 位作者 洪华珠 李毅 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2011年第4期 547-552,共6页
浓核病毒属于细小病毒科浓核病毒亚科,病毒颗粒为二十面体,无包膜,直径在18~30nm左右,基因组为单链DNA,末端具有发卡结构,大小为4~6kb,只感染无脊椎动物细胞。本文介绍了浓核病毒基因组的表达策略、宿主域及其决定因子、昆虫对... 浓核病毒属于细小病毒科浓核病毒亚科,病毒颗粒为二十面体,无包膜,直径在18~30nm左右,基因组为单链DNA,末端具有发卡结构,大小为4~6kb,只感染无脊椎动物细胞。本文介绍了浓核病毒基因组的表达策略、宿主域及其决定因子、昆虫对浓核病毒的抗性机制,以及浓核病毒在卫生和农业领域潜在的应用价值。此外,也概括了浓核病毒对无脊椎动物养殖业潜在的威胁。 展开更多
关键词 浓核病毒 宿主域 抗性 基因组进化 混合感染
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