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基因芯片法在食源性疾病中诊断效果及影响多因素Logistic分析研究 认领
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作者 刘莹 王海霞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2020年第11期3625-3630,共6页
目的对比基因芯片法在食源性疾病诊断中的效果,并对影响多因素进行logistic分析。方法选择180例临床表现符合食源性疾病诊断标准的患者作为研究对象,随机均分为实验组和对照组各90例,对照组采用传统的常规培养检测方法,实验组采用基因... 目的对比基因芯片法在食源性疾病诊断中的效果,并对影响多因素进行logistic分析。方法选择180例临床表现符合食源性疾病诊断标准的患者作为研究对象,随机均分为实验组和对照组各90例,对照组采用传统的常规培养检测方法,实验组采用基因芯片法进行检测,对比2种方法的检出率、检测耗时以及检测灵敏度。结果实验组的检出率和检测灵敏度均高于对照组的检出率和检测灵敏度,对照组的检测耗时大约是实验组检测耗时的8.24倍。结论相比常规方法,应用基因芯片法的诊断速度更快、准确率更高,在诊断食源性疾病中的应用效果更佳。通过对单因素的χ^2和t检验,确定对食源性疾病有直接影响的多个因素。对影响食源性疾病的多个因素进行Logistic分析,分析结果表明在本次研究分析中,影响较大的因素是人们的饮食卫生以及进食规律。 展开更多
关键词 基因芯片 食源性疾病 诊断效果 影响因素 LOGISTIC分析
酒精性脂肪性肝炎差异表达基因的生物信息学分析 认领
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作者 李毅勤 姜瑶 +1 位作者 陶华林 郭永灿 《国际检验医学杂志》 CAS 2020年第15期1839-1843,共5页
目的利用生物信息学方法筛选酒精性脂肪性肝炎(ASH)肝组织与正常肝组织间的差异表达基因,为探索ASH的关键基因和分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库下载ASH基因芯片数据集GSE28619和GSE103580,共包括ASH患者肝组织标本28例... 目的利用生物信息学方法筛选酒精性脂肪性肝炎(ASH)肝组织与正常肝组织间的差异表达基因,为探索ASH的关键基因和分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库下载ASH基因芯片数据集GSE28619和GSE103580,共包括ASH患者肝组织标本28例,正常肝组织标本7例。使用R软件对芯片数据进行整合并筛选出差异表达基因。采用在线DAVID分析软件对差异表达基因进行基因本体论(GO)富集分析,应用R软件中Clusterprofiler包对差异基因进行KEGG信号途径分析,利用STRING及Cytoscape软件进一步构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytoscape软件中的CytoHubba插件,综合12种拓扑分析方法筛选出前3个核心基因。结果共筛选出28个差异表达基因,GO富集分析发现,差异表达基因参与了皮质醇反应、Wnt蛋白活性、细胞对细胞外刺激的反应、转录因子活性、转录激活因子活性及RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区序列特异性结合等功能。KEGG通路分析发现,差异表达基因富集在唯一一个通路——白细胞介素-17(IL-17)信号通路上。PPI分析得到3个核心基因,分别为CCL20、FOS及NR4A2,并且CCL20与FOS均富集在IL-17信号通路上。对PPI网络中的节点进行富集分析发现,其功能主要富集在信号转导上。结论通过生物信息学分析,预测CCL20、FOS及NR4A2可能是介导ASH的核心基因,其中CCL20可能通过作用在IL-17信号通路上,被诱导激活后促进巨噬细胞、中性粒细胞等炎症细胞的募集,从而介导ASH炎症发生。靶向调控IL-17信号通路有望成为ASH治疗的新型疗法。 展开更多
关键词 酒精性脂肪性肝炎 基因芯片 生物信息学 差异表达基因
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胃癌基因芯片测序与异常基因差异表达 认领
3
作者 王一晨 王瑾 +3 位作者 杨文山 刘屏 董宪喆 胡园 《中国普外基础与临床杂志》 CAS 2020年第7期790-800,共11页
目的通过对胃癌样本基因的富集分析,探索其中RNA可变剪接的变化情况及相关分子机制。方法回顾性收集中国人民解放军总医院的3例胃癌患者的癌组织及其癌旁组织的病理样本,进行蛋白定量标记、基因芯片检测、高通量测序等以获取数据;通过DA... 目的通过对胃癌样本基因的富集分析,探索其中RNA可变剪接的变化情况及相关分子机制。方法回顾性收集中国人民解放军总医院的3例胃癌患者的癌组织及其癌旁组织的病理样本,进行蛋白定量标记、基因芯片检测、高通量测序等以获取数据;通过DAVID等网络软件对样本做GO富集和KEGG通路分析,得出筛选出的基因的差异可变剪接相关信息。结果总共筛查了与ENSEMBL数据库的基因标识一致的具有单独ENSG ID的基因605个,癌组织与癌旁组织基因水平的差异比较结果表明,其中无差异基因411个,差异上调基因119个,差异下调基因75个;从中筛出差异可变剪接基因共69个。GO富集和KEGG通路分析发现,检测基因主要与分子代谢进程、细胞迁移、细胞外基质组织、血液凝固、细胞基质黏附、信号转导、细胞凋亡负性调控、血管再生、血小板激活、补体系统、脂肪因子信号通路、过氧化物酶体、癌症通路、转化生长因子(TGF)信号通路、轴突导向、细胞周期等有关。结论与癌旁组织比较,胃癌组织样本中存在着大量差异可变剪接基因,由于剪接位点改变所导致的表达差异可能在胃癌的发生和发展中起着重要的作用。 展开更多
关键词 胃癌 可变剪接 基因差异表达 基因芯片
血栓形成易感基因芯片的研制及效果评价 认领
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作者 冉楠 马明星 +8 位作者 庞志强 王泽雨 刘月 郑瑞鹏 卢俊英 张超 陈光 章宏 王放 《吉林大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期182-187,I0007共7页
目的:探讨血栓形成易感基因芯片的研制方法及初步临床验证,建立一种快速且高通量检测血栓形成易感基因突变的方法。方法:根据GenBank上已发表的血栓形成易感基因序列,将设计好的参照探针和特异性探针点置于醛基化处理的玻片上,经紫外交... 目的:探讨血栓形成易感基因芯片的研制方法及初步临床验证,建立一种快速且高通量检测血栓形成易感基因突变的方法。方法:根据GenBank上已发表的血栓形成易感基因序列,将设计好的参照探针和特异性探针点置于醛基化处理的玻片上,经紫外交联后固定,制成血栓形成易感基因芯片。以阳性参考品(各检测位点突变型和正常型基因)和阴性参考品(双蒸水)为模板,经PCR反应后与芯片进行杂交,对基因芯片的有效性进行检测。以靶序列经过测序验证的人类基因组DNA为模板,经PCR反应后芯片进行杂交,检测基因芯片的特异度和灵敏度,并对来自吉林、河南和云南3个地区的健康受试者150人和有不明原因血栓性疾病家族史的血栓患者24例进行临床验证。分析指标为检测相应位点的杂交信号强度。结果:以阳性参考品和阴性参考品为模板进行杂交,相应位点出现特异性的杂交信号,说明基因芯片检测位点有效。用于检测选定突变位点的基因芯片均有特异性的杂交信号,说明基因芯片的特异性良好。标准基因组DNA逐级稀释后检测基因芯片的灵敏度为50~100mg·L-1。临床验证结果,在健康受试者150人中8人检出血栓形成易感基因突变,在有不明原因血栓性疾病家族史的血栓患者24例中20例检出血栓形成易感基因突变,该芯片对不明原因血栓性疾病家族史的血栓患者血栓形成易感基因突变检出率明显高于健康受试者(P<0.05)。结论:研制的血栓形成易感基因芯片具有良好的特异度和灵敏度,对血栓形成易感基因有较高的检出率,在血栓性疾病的早期诊断和易感风险评估中具有潜在价值。 展开更多
关键词 血栓形成易感基因 基因芯片 聚合酶链式反应 血栓性疾病
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组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA对食管癌细胞ncRNA/mRNA表达谱的影响 认领
5
作者 王少博 戴礼猛 章波 《现代肿瘤医学》 CAS 2020年第11期1811-1814,共4页
目的:分析组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA处理前后,食管癌细胞株EC109中差异表达的非编码RNA(ncRNA)和mRNA表达谱,初步预测与TSA作用相关的ncRNA和mRNA。方法:采用MTT、细胞周期等方法检测TSA的效应;运用应用芯片技术分别检测TSA处理前后EC... 目的:分析组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA处理前后,食管癌细胞株EC109中差异表达的非编码RNA(ncRNA)和mRNA表达谱,初步预测与TSA作用相关的ncRNA和mRNA。方法:采用MTT、细胞周期等方法检测TSA的效应;运用应用芯片技术分别检测TSA处理前后EC109细胞中ncRNA和mRNA表达谱变化,并对差异ncRNA和mRNA表达谱进行整合分析。结果:TSA以剂量时间依赖方式抑制细胞增殖,细胞周期阻滞和凋亡的发生。芯片检测共发现461个ncRNA和758个mRNA显著性差异表达,生物信息学分析显示差异涉及红比霉素、阿霉素代谢过程、氧化还原、核小体的装配、染色质结构组织和端粒的结构组织等。通过数据库分析预测及整合分析,得到了361个ncRNA-mRNA靶基因对。结论:差异表达的ncRNA和mRNA对TSA的生物学效应密切关联,为进一步研究基因功能及其在肿瘤中的生物学意义奠定基础。 展开更多
关键词 组蛋白去乙酰化酶抑制剂 食管癌细胞 非编码RNA 基因芯片
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CD146阳性亚群有作为软骨组织工程种子细胞的应用潜力 认领
6
作者 眭翔 田广招 +3 位作者 杨振 李旭 刘舒云 郭全义 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2020年第19期2997-3003,共7页
背景:再生医学的发展、组织工程技术的出现为软骨缺损重建提供了新的解决思路。在组织工程中,间充质干细胞是应用广泛的种子细胞,然而干细胞作为一个异质性的细胞群体其不同亚群发挥着不同的功能。因此,应用间充质干细胞关键功能亚群进... 背景:再生医学的发展、组织工程技术的出现为软骨缺损重建提供了新的解决思路。在组织工程中,间充质干细胞是应用广泛的种子细胞,然而干细胞作为一个异质性的细胞群体其不同亚群发挥着不同的功能。因此,应用间充质干细胞关键功能亚群进行软骨修复具有广泛应用前景。目的:从人脂肪间充质干细胞中分离出CD146阳性亚群细胞,验证其生物学特性及其作为软骨组织工程种子细胞的潜力。方法:人脂肪间充质干细胞由浙江金时代生物技术有限公司提供,通过流式细胞术对人脂肪间充质干细胞表面标志物进行鉴定,应用免疫磁珠分选方法从人脂肪间充质干细胞中分选出CD146阳性表达的细胞亚群。通过基因芯片检测技术及生物信息学分析技术揭示2种细胞的分子特性;体外诱导2种细胞成软骨分化并进行鉴定;冻存复苏前后检测2种细胞的细胞活性及凋亡情况。结果与结论:①人脂肪间充质干细胞表达高水平干细胞相关标志物CD73、CD90,不表达造血干细胞相关标志物CD34、CD45、HLA-DR;②生物信息分析结果表明CD146阳性亚群细胞与脂肪间充质干细胞相比在炎症通路及骨骼肌肉系统疾病有不同功能;③CD146阳性亚群细胞能够成球软骨分化,并且其成软骨分化能力要优于人脂肪间充质干细胞;④CD146阳性亚群细胞复苏后凋亡情况和活性均要优于人脂肪间充质干细胞;⑤结果表明,CD146阳性亚群细胞具有良好的成软骨分化潜力,是一种具有前景的软骨组织工程种子细胞。 展开更多
关键词 软骨损伤 脂肪间充质干细胞 CD146阳性亚群细胞 基因芯片 生物信息学 成软骨分化
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肝星状细胞差异表达基因的筛选及生物信息学分析 认领
7
作者 王丽萍 董进中 王志宇 《浙江医学》 CAS 2020年第12期1259-1263,I0003,共6页
目的对肝星状细胞(HSC)差异表达基因进行筛选及功能分析,为肝纤维化发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法从高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE11954,利用GEO2R进行生物信息学分析,筛选差异表达基因,并利用DAVID对差... 目的对肝星状细胞(HSC)差异表达基因进行筛选及功能分析,为肝纤维化发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法从高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE11954,利用GEO2R进行生物信息学分析,筛选差异表达基因,并利用DAVID对差异表达基因进行基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过STRING数据库和Cytos c a p e软件构建差异表达基因对应的蛋白质相互作用网络,利用MCC算法获取具有高度连接性的关键基因。结果对HSC活化组与抑制组数据的差异表达基因进行筛选,共获得1176个差异表达基因,包括上调基因616个、下调基因560个。差异表达基因主要涉及细胞外基质-受体相互作用,细胞周期、p53信号通路及黏着斑等信号通路,通过蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和Cytoscape软件筛选出10个具有高度连接性的关键基因,包括有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶B(BUB1B)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDKl)、细胞周期蛋白A2(CCNA2)、有丝分裂阻滞缺陷2样蛋白1(MAD2L1)、细胞周期蛋白B2(CCNB2)、有丝分裂检查点丝氨酸/苏氨酸激酶(BUB1)、细胞分裂周期蛋白8(CDCA8)、Aurora激酶B(AURKB)、Ndc80复合体(NUF2)、驱动蛋白家族成员2C(KIF2C)。结论HSC差异表达基因可能主要通过ECM受体相互作用通路、黏着斑信号通路、细胞周期通路、p53信号通路来调控肝纤维化的发生、发展。 展开更多
关键词 肝星状细胞 肝纤维化 基因芯片 生物信息学
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新疆哈萨克族食管鳞癌与长链非编码RNA表达的关系 认领
8
作者 古丽扎热叶·艾库拉 谭遥 帕力达·阿皮孜阿吉 《癌变.畸变.突变》 CAS 2020年第3期194-197,202,共5页
目的:对新疆哈萨克族食管鳞癌组织及癌旁组织长链非编码RNA(lnc RNA)表达谱进行分析,并探讨其与食管癌发生和发展的关系。方法:采用基因芯片技术,对4组食管鳞癌及其癌旁组织中差异表达的lnc RNA进行筛选,通过lnc RNA-m RNA共表达网络对... 目的:对新疆哈萨克族食管鳞癌组织及癌旁组织长链非编码RNA(lnc RNA)表达谱进行分析,并探讨其与食管癌发生和发展的关系。方法:采用基因芯片技术,对4组食管鳞癌及其癌旁组织中差异表达的lnc RNA进行筛选,通过lnc RNA-m RNA共表达网络对靶基因进行预测,利用GO和KEGG数据库进行富集分析和通路分析,明确lnc RNA的功能。结果:癌组织和癌旁组织之间差异表达的lnc RNA共318个,与癌旁组织比较,癌组织中193个lnc RNA表达上调,125个lnc RNA表达下调(P<0.01)。富集分析表明共有5个GO类别,其中细胞成分有3个,生物过程有1个,分子功能有1个,均通过反式调控方式调控靶基因。通路分析表明这些差异表达的基因可能参与轴突导向信号通路和ECM受体相互作用途径信号通路。结论:新疆哈萨克族食管鳞癌组织中lnc RNA的表达水平与癌旁组织有明显差异,差异表达的lnc RNA可能参与食管癌的复杂调控网络,并与肿瘤发生和发展有一定的关系。 展开更多
关键词 哈萨克族食管鳞癌 长链非编码RNA 基因预测 基因芯片
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遗传性耳聋基因携带者筛查及结果分析 认领
9
作者 李瑞雪 张烨 简玉红 《当代医学》 2020年第18期153-154,共2页
目的分析600例新生儿遗传性耳聋基因筛查结果。方法回顾性分析2017年1月至2019年2月本院收治的600例新生儿的遗传性耳聋基因筛查资料,新生儿均接受荧光PCR检测,统计致聋基因检出率以及致聋基因分布情况。结果600例新生儿中28例(4.67%)... 目的分析600例新生儿遗传性耳聋基因筛查结果。方法回顾性分析2017年1月至2019年2月本院收治的600例新生儿的遗传性耳聋基因筛查资料,新生儿均接受荧光PCR检测,统计致聋基因检出率以及致聋基因分布情况。结果600例新生儿中28例(4.67%)携带致聋基因,其中,16例携带GJB2基因,突变以235delC杂合突变型为主,10例携带PDS基因,均为IVS7-2A>G杂合突变型,1例携带线粒体12SrRNA基因,1555A>G杂合突变型,1例携带GJB3基因,538C>T杂合突变型。结论对新生儿开展遗传性耳聋基因筛查可高效检出致聋基因携带者,对症辅以预防性和干预性指导能够预防迟发性耳聋的发生,避免听力受损或永久性缺失,值得临床推广。 展开更多
关键词 遗传性致聋基因 基因芯片 筛查 PCR试验
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人E-钙粘素融合蛋白基质激活脐带间充质干细胞EGF受体及其功能的研究 认领
10
作者 曹磊 张妍 杨军 《南开大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期91-99,共9页
上皮细胞钙粘素(E-cadherin)介导细胞间粘附连接,通过多级信号转导调控细胞粘附、增殖、迁移等多种细胞行为.本实验室前期研究中成功构建了基于E-cadherin胞外域的E-cad-Fc融合蛋白作为人间充质干细胞(hMSCs)的培养基质,其能够激活上皮... 上皮细胞钙粘素(E-cadherin)介导细胞间粘附连接,通过多级信号转导调控细胞粘附、增殖、迁移等多种细胞行为.本实验室前期研究中成功构建了基于E-cadherin胞外域的E-cad-Fc融合蛋白作为人间充质干细胞(hMSCs)的培养基质,其能够激活上皮细胞生长因子受体(Epidermal growth factor receptor,EGFR)信号通路,促进hMSCs增殖,但目前为止尚不明确E-cad-Fc基质能否替代EGF在hMSCs培养过程中发挥特异性功能.因此,本研究首先利用基因芯片技术分析了E-cad-Fc对EGF相关信号通路的影响,并筛选出显著差异表达的基因.利用western blot评价了E-cad-Fc和EGF在短时间内对hMSCs中EGFR的激活,并初步评价了两者对hMSCs定向诱导分化的影响.研究结果表明,E-cad-Fc基质可替代EGF持续性激活EGFR的磷酸化,并在定向诱导分化过程中促进hMSCs的转胚层进程.该研究为探讨钙粘素基质对hMSCs细胞行为的调控作用及其信号转导机制奠定了基础. 展开更多
关键词 E-cad-Fc融合蛋白 EGFR信号通路 间充质干细胞 基因芯片
与Graves’Disease发病机制相关的基因研究 认领
11
作者 赵得发 滕卫平 滕晓春 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2020年第8期935-941,共7页
背景Graves’Disease(GD)是一种常见的自身免疫性疾病,但其发病机制尚不明确。目的通过对公共基因芯片数据的分析,找出与GD发病可能相关的基因。方法在GEO数据库和ArrayExpress数据库中检索“Graves’Disease”,得到GSE71956和E-MEXP-26... 背景Graves’Disease(GD)是一种常见的自身免疫性疾病,但其发病机制尚不明确。目的通过对公共基因芯片数据的分析,找出与GD发病可能相关的基因。方法在GEO数据库和ArrayExpress数据库中检索“Graves’Disease”,得到GSE71956和E-MEXP-2612(截至2019-04-02)。利用R语言的“Limma”包对基因芯片的原始数据进行标准化处理并找出差异基因。差异基因共包括对照CD4细胞与GD患者CD4细胞的对比(C-GD CD4)、对照CD8细胞与GD患者CD8细胞的对比(C-GD CD8)、对照者甲状腺组织与短病程GD患者甲状腺组织的对比(C-S)、对照者甲状腺组织与长病程GD患者甲状腺组织的对比(C-L)、短病程GD患者甲状腺组织与长病程GD患者甲状腺组织的对比(S-L)。再对差异基因进行多重比较及功能注释分析。结果维恩图显示,KLF9、RGS1基因同时存在于C-GD CD4、C-GD CD8与C-L差异基因中。氨基酸和类固醇代谢基因可能与GD的发病相关。FMO2、CALHM6和C7基因同时存在于C-S、C-L、S-L差异基因中。长病程和短病程GD患者甲状腺组织CALHM6基因表达水平高于对照者,长病程GD患者CALHM6基因表达水平高于短病程GD患者;长病程和短病程GD患者甲状腺组织FMO2和C7基因表达水平低于对照者,长病程GD患者FMO2和C7基因表达水平低于短病程GD患者(P<0.05)。结论GD的发病可能与KLF9、RGS1的异常表达及氨基酸和类固醇代谢有关,FMO2、CALHM6、C7基因可能与GD的病程相关。 展开更多
关键词 格雷夫斯病 甲状腺 基因芯片 免疫系统 类固醇激素
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应用基因芯片技术检测食源性腹泻致病大肠杆菌 认领
12
作者 刘莹 《食品安全质量检测学报》 CAS 2020年第3期915-919,共5页
目的基因芯片技术在食源性致病大肠杆菌检测中的建立与应用。方法对菌株进行预处理,通过溴化十六烷基三甲铵(cetyltrime thylammonium ammonium bromide,CTAB)方法提取细菌中的基因组DNA并去除其中的杂质,利用提取的基因组设计引物序列... 目的基因芯片技术在食源性致病大肠杆菌检测中的建立与应用。方法对菌株进行预处理,通过溴化十六烷基三甲铵(cetyltrime thylammonium ammonium bromide,CTAB)方法提取细菌中的基因组DNA并去除其中的杂质,利用提取的基因组设计引物序列和探针序列,设计完成后对致病大肠杆菌致病大肠杆就基因芯片进行杂交与洗涤,使用扫描仪对处理过的基因芯片进行扫描实现食源性致病大肠杆菌的检测。结果在病原菌按不同程度稀释的情况下,与传统的病原分离鉴定检测方法相比,将基因芯片技术应用在食源性致病大肠杆菌致检测中,能够明显的检测出荧光标记的病原菌。结论该方法的灵敏度更高,可以解决传统的致病大肠杆菌检测方法灵敏度较低,病原处于较低的感染状态时难以检出的问题。 展开更多
关键词 基因芯片 食源性病原菌 大肠杆菌 病菌检测
发生盆腔淋巴结转移的宫颈鳞癌组织微小RNA表达谱分析 认领
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作者 段永恒 范涛 +3 位作者 江曼茹 王恺 方丽珊 沈琪 《深圳中西医结合杂志》 2020年第8期1-4,F0003,共5页
目的:探讨发生盆腔淋巴结转移的宫颈鳞癌组织微小RNA(miRNA)表达谱特征。方法:采用miRNA 4.0芯片检测宫颈鳞癌淋巴结转移(n=8)和未转移患者(n=16)组织中表达的miRNAs。结果:两组间有5个miRNAs差异表达具有统计学意义(P<0.05),且均表... 目的:探讨发生盆腔淋巴结转移的宫颈鳞癌组织微小RNA(miRNA)表达谱特征。方法:采用miRNA 4.0芯片检测宫颈鳞癌淋巴结转移(n=8)和未转移患者(n=16)组织中表达的miRNAs。结果:两组间有5个miRNAs差异表达具有统计学意义(P<0.05),且均表现为上调,其中miRNA-8073和miRNA-5585-3p在以往宫颈癌相关miRNA研究中未见报道。结论:本研究结果显示miRNA-8073和miRNA-5585-3p与宫颈鳞癌盆腔淋巴结的转移有关,可能成为宫颈癌淋巴结转移的标志物或治疗靶点。 展开更多
关键词 宫颈鳞癌 淋巴结转移 微小RNA 基因芯片
基于基因芯片研究萝卜硫素对大鼠胃癌组织基因表达的影响 认领
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作者 赵丽 华夏 谭晔 《西部中医药》 2020年第5期23-27,共5页
目的:研究萝卜硫素对大鼠胃癌组织中相关基因表达的影响。方法:对萝卜硫素组大鼠灌胃50 mg/kg萝卜硫素,胃癌组大鼠腹腔注射同体积生理盐水,采用基因芯片筛选出萝卜硫素诱导表达差异的基因,利用Real-time PCR方法检测胰岛素样生长因子结... 目的:研究萝卜硫素对大鼠胃癌组织中相关基因表达的影响。方法:对萝卜硫素组大鼠灌胃50 mg/kg萝卜硫素,胃癌组大鼠腹腔注射同体积生理盐水,采用基因芯片筛选出萝卜硫素诱导表达差异的基因,利用Real-time PCR方法检测胰岛素样生长因子结合蛋白3(insulin-like growth factor binding protein 3,IGFBP3)、神经纤维蛋白1(Neuropilin-1)、雄性性别决定基因相关高迁移率族盒基因(sex-determining regio of Y chromosome related high-mobility-group box 4,SOX4)、N-myc下游调节基因1(NDRG1)4个基因水平;Western Blot方法检测IGFBP3、NDRG1、SOX4和Neuropilin-1蛋白表达水平。结果:经萝卜硫素治疗后大鼠胃癌组织表达上升的基因为159个(差异倍数>2.0),表达下降的基因有67个(差异倍数<0.5)。这些基因主要参与免疫调节、抗氧化、抗炎、介导细胞增殖及凋亡等生物过程。Real-time PCR发现IGFBP3和NDRG1基因表达明显上调,SOX4和Neuropilin-1基因表达明显下调(P<0.05),结果与基因芯片一致。Western Blot实验证实萝卜硫素治疗后仅IGFBP3蛋白表达升高(P<0.05),其他3种蛋白表达没有显著差异(P>0.05)。结论:基因芯片与Real-time PCR技术相结合可找出萝卜硫素处理后的差异表达基因,可为探讨萝卜硫素抑制胃癌的作用机制提供依据。 展开更多
关键词 胃癌 基因芯片 胰岛素样生长因子结合蛋白3 萝卜硫素 实验研究
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星型胶质细胞瘤预后生物标志物的筛选 认领
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作者 王圆圆 义勇军 《广州医药》 2020年第4期5-12,共8页
目的应用生物信息学的方法筛选参与星型胶质细胞瘤的预后生物标志物。方法首先,下载GEO(gene expression omnibus,GEO)数据库中星型胶质细胞瘤的基因芯片数据,通过R语言将来自4个数据集的基因芯片数据进行合并,将合并后的194人来源的脑... 目的应用生物信息学的方法筛选参与星型胶质细胞瘤的预后生物标志物。方法首先,下载GEO(gene expression omnibus,GEO)数据库中星型胶质细胞瘤的基因芯片数据,通过R语言将来自4个数据集的基因芯片数据进行合并,将合并后的194人来源的脑组织样本分为:星型胶质细胞瘤组和正常组。然后对原始基因芯片数据进行批次效应去除和标准化处理,并使用密度图和主成分分析监测处理前后的效果。利用R语言中的limma包对处理后的基因芯片数据进行差异表达分析,从而筛选得到星型胶质细胞瘤组和正常组中之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。接着对差异表达基因进行GO(gene ontology,GO)分析和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,并对所有基因的表达矩阵进行GSEA(gene set enrichment analysis,GSEA)分析。通过STRING数据库构建差异表达基因的蛋白—蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),通过Cytoscape中的cytoHubba插件筛选Hub基因。为了探索Hub基因在星型胶质细胞中的诊断价值和预后价值,我们下载TCGA(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中的基因表达数据和临床预后资料,使用ROC曲线评价Hub基因的诊断价值,并对诊断价值较高的Hub基因进行COX回归,筛选HR值最有意义的基因进行总生存分析(overall survival,OS)。结果通过limma包总共分析得到1043个差异表达基因。GO分析结果表明差异表达基因主通过影响神经突触的功能而发挥作用。KEGG分析结果显示钙信号通路、cAMP信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、Rap1信号通路和Ras信号通路等通路等在星型胶质细胞瘤中发挥着重要的作用。GSEA富集分析结果主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、JAK-STAT信号通路、逆行内源性大麻素信号、神经活性配体-受体相互作用、GABA能突触和钙信号通路等通路。通过PPI网络总共分析 展开更多
关键词 星型胶质细胞瘤 生物信息学 差异表达基因 基因芯片
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敲减DDX46后食管鳞癌细胞差异表达基因筛选及相互作用的生物信息学分析 认领
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作者 李斌 李政 +5 位作者 尹泚 蔺军平 杨建宝 朱多杰 冯海明 敬涛 《中国胸心血管外科临床杂志》 CAS CSCD 2020年第1期61-67,共7页
目的探讨DDX46基因对食管鳞癌发生发展的作用机制。方法应用基因芯片技术检测DDX46基因敲减前后食管鳞癌TE-1细胞中全基因mRNA表达丰度,筛选差异表达的基因,并对其进行生物信息学分析。对表达谱筛选的其中6个差异基因进行实时定量聚合... 目的探讨DDX46基因对食管鳞癌发生发展的作用机制。方法应用基因芯片技术检测DDX46基因敲减前后食管鳞癌TE-1细胞中全基因mRNA表达丰度,筛选差异表达的基因,并对其进行生物信息学分析。对表达谱筛选的其中6个差异基因进行实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)定量分析以验证结果的可靠性。结果按照表达差异倍数之绝对值≥2,且P<0.05的筛选条件,筛选出差异基因1006个,其中表达下调基因644个,表达上调基因362个。生物信息分析显示,差异基因主要涉及细胞周期、增殖、凋亡、黏附、能量代谢及免疫应答等生物学过程,磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)为重要节点分子。qRT-PCR检测结果与基因芯片结果的验证符合率为100%。结论利用生物信息学方法能有效挖掘DDX46敲减后食管鳞癌基因芯片数据,为进一步研究DDX46与食管鳞癌发生发展的关系,以及寻找潜在的治疗靶点提供有价值的线索。 展开更多
关键词 DDX46 食管鳞癌 基因芯片 差异基因 生物信息学
利用生物信息学分析花椒改善心血管系统功能的分子机理 认领
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作者 高宁 刘博 +2 位作者 王博 南洋 程玉鹏 《山西农业大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2020年第2期35-41,共7页
[目的]本文旨在从分子水平探讨花椒治疗心血管疾病的作用机理。[方法]本研究采用基因芯片技术比较了喂食花椒前后大鼠肝脏转录组变化,筛选差异表达基因,并分析了差异基因涉及的生物学功能及信号转导途径。[结果]共筛选得到1429条差异基... [目的]本文旨在从分子水平探讨花椒治疗心血管疾病的作用机理。[方法]本研究采用基因芯片技术比较了喂食花椒前后大鼠肝脏转录组变化,筛选差异表达基因,并分析了差异基因涉及的生物学功能及信号转导途径。[结果]共筛选得到1429条差异基因,其中与心血管系统功能相关的基因111条,聚类于37个Bio function。信号通路分析共富集到7条与心血管系统功能相关通路,其中内皮素-1信号与血管内皮生长因子信号受到抑制,而NO信号与多巴胺受体信号受到促进。[结论]花椒能够通过调节多种心血管疾病相关基因及信号通路,发挥其治疗心血管系统疾病的药效作用,研究结果为进一步深入开发花椒的食用与药用价值提供参考。 展开更多
关键词 花椒 基因芯片 信号通路 高血压 动脉粥样硬化
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应用电化学基因芯片鉴别A型流感病毒亚型 认领
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作者 张如英 张险朋 +1 位作者 黄炳炽 吴婷兴 《畜牧兽医科技信息》 2020年第6期34-36,共3页
为了验证电化学基因芯片技术检测A型流感亚型的可行性,应用建立的电化基因芯片方法分别检测了9株不同亚型的A型流感病毒抗原、1株新城疫病毒抗原和10份临床样品。结果为电化学基因芯片均能特异检出相应的A型流感病毒亚型,与新城疫病毒... 为了验证电化学基因芯片技术检测A型流感亚型的可行性,应用建立的电化基因芯片方法分别检测了9株不同亚型的A型流感病毒抗原、1株新城疫病毒抗原和10份临床样品。结果为电化学基因芯片均能特异检出相应的A型流感病毒亚型,与新城疫病毒抗原无交叉反应;临床样品中,检出5份为H6N6亚型流感病毒核酸阳性、2份为H6H2亚型禽流感病毒核酸阳性、3份为H9H2亚型禽流感病毒核酸阳性。结果表明,电化学基因芯片方法适合A型流感病毒各亚型的鉴别,具有快速、特异的特点。 展开更多
关键词 电化学 基因芯片 A型流感 鉴别
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利用马克隆值差异显著的BILs鉴定棉纤维品质相关基因 认领
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作者 吴嫚 李龙云 +2 位作者 裴文锋 Zhang Jinfa 于霁雯 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期52-62,共11页
【目的】马克隆值是衡量棉纤维品质的重要指标之一。利用马克隆值存在显著差异的2个陆海回交近交系材料进行高通量基因芯片分析,旨在筛选和鉴定棉纤维发育相关的关键基因。【方法】从SG747(Gossypium hirsutum L.)和Giza75(Gossypium Ba... 【目的】马克隆值是衡量棉纤维品质的重要指标之一。利用马克隆值存在显著差异的2个陆海回交近交系材料进行高通量基因芯片分析,旨在筛选和鉴定棉纤维发育相关的关键基因。【方法】从SG747(Gossypium hirsutum L.)和Giza75(Gossypium Barbadense L.)高世代回交近交系(Backcross Inbred Lines,BILs)群体中选取NMGA-140(马克隆值6.2)和NMGA-051(马克隆值4.0)为材料,利用Affymetrix公司的棉花寡聚核苷酸基因芯片对其开花后10 DPA(Days after anthesis)的棉纤维进行了表达谱分析。【结果】获得了2655个差异表达基因,包括功能预测基因(15.57%),翻译、核糖体结构与生物合成相关基因(13.54%)和翻译后修饰、蛋白质转换、分子伴侣相关基因(9.31%)等。推测β-tub10正向调控棉纤维发育过程,β-tub1负向调控棉纤维发育过程,Ghi.3578.1.S1_s_at在棉纤维发育早期起到了作用。【结论】为棉花纤维品质的遗传改良提供了丰富的基因资源,为分子标记辅助育种开发更多新的分子标记。 展开更多
关键词 棉纤维品质 马克隆值 基因芯片 差异表达基因
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垂体瘤的基因芯片数据生物信息学分析 认领
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作者 胡昕倩 余雅婕 方明 《医学信息》 2020年第6期90-92,共3页
目的应用生物信息学技术筛选参与垂体瘤发生发展过程中的关键基因及通路,为垂体瘤治疗提供新靶点。方法基于基因表达微阵列芯片数据集GSE51618及GSE26966,使用在线分析工具GEO2R筛选差异表达基因,利用GeneOntology(GO)和Kyoto Encyclope... 目的应用生物信息学技术筛选参与垂体瘤发生发展过程中的关键基因及通路,为垂体瘤治疗提供新靶点。方法基于基因表达微阵列芯片数据集GSE51618及GSE26966,使用在线分析工具GEO2R筛选差异表达基因,利用GeneOntology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)对差异基因的功能进行富集分析,通过STRING及Cytoscape构建蛋白-蛋白相互作用网络并筛选出关键基因及预测关键转录因子。结果共筛选到符合条件的差异表达基因354个,其中共同上调基因296个,共同下调基因58个。GO富集分析显示其主要参与细胞表面受体信号通路、细胞增殖等生物学过程。KEGG富集通路分析发现其富集于PI3K-Akt信号通路、催乳素信号通路、MAPK信号通路、多巴胺能神经突触、细胞周期调控等信号通路上。共筛选出RIPK4、POMC、ESR1、EGR1、GNB3、FOS、TF7个可能为诱导垂体瘤发生发展的关键基因,并预测出SP1、LHX3等调控差异基因的关键转录因子。结论通过生物信息学对差异基因和关键基因进行分析,有助于揭示垂体瘤发生发展的重要分子机制,为其治疗提供新靶点。 展开更多
关键词 垂体瘤 基因芯片 生物信息学
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