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基因芯片技术在慢性乙型肝炎患者中耐药基因检测的应用情况
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作者 刘艳枚 杨梦 +6 位作者 刘倩 周鹏 周美芳 尹卫国 黄振勇 禤淑霞 李介华 《中国现代药物应用》 2019年第1期237-238,共2页
目的 评价基因芯片技术在乙型肝炎病毒(HBV)基因突变检测中的应用价值。方法 收集210例慢性乙型肝炎(CHB)患者的血清样本,采用一代测序方法筛选出HBV基因rt204、rt180、rt236位点发生突变的患者,然后用基因芯片技术分别检测突变者和未... 目的 评价基因芯片技术在乙型肝炎病毒(HBV)基因突变检测中的应用价值。方法 收集210例慢性乙型肝炎(CHB)患者的血清样本,采用一代测序方法筛选出HBV基因rt204、rt180、rt236位点发生突变的患者,然后用基因芯片技术分别检测突变者和未突变者的血清样本,分析基因芯片技术在HBV耐药基因检测中的灵敏度和特异性。结果 210例CHB患者中,测序法检测出rt204位点突变者42例、检出率为20.00%,rt181位点突变者24例、检出率为11.43%,rt236位点突变者18例、检出率为8.57%,未发生突变者为126例。虽然CHB患者主要以拉米夫定(LAM)耐药基因rt204位点突变为主,但是阿德福韦酯(ADV)耐药基因rt181、rt236也发生了一定程度上的突变。210例CHB患者中,基因芯片检测发现204位点突变者44例,181位点突变者25例,236位点突变者21例。基因芯片技术检测HBV基因rt204位点突变的灵敏度为95.24%,特异性为97.62%;rt181位点突变的灵敏度为91.67%,特异性为98.39%;rt236位点突变的灵敏度为94.44%,特异性为97.92%,均达到高的灵敏度和特异性。结论 基因芯片技术在不同突变位点均具有很高的敏感度和特异度,有望在临床HBV耐药基因监测中发挥重要的作用。 展开更多
关键词 慢性乙型肝炎 乙型肝炎病毒 耐药 基因芯片 测序
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寻找牙周膜干细胞特异性标志物的现状与展望 预览
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作者 丰奇昊 沈梦杰 +1 位作者 杨琨 刘琪 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2019年第13期2113-2120,共8页
背景:牙周膜干细胞是牙周组织工程中重要的种子细胞,然而干细胞的异质性决定了其在移植治疗中的复杂性和效果的不确定性,寻找特异性表型标志物纯化牙周膜干细胞,发挥其最大的治疗效果是现今科研人员不断尝试的方向。目的:旨在总结牙周... 背景:牙周膜干细胞是牙周组织工程中重要的种子细胞,然而干细胞的异质性决定了其在移植治疗中的复杂性和效果的不确定性,寻找特异性表型标志物纯化牙周膜干细胞,发挥其最大的治疗效果是现今科研人员不断尝试的方向。目的:旨在总结牙周膜干细胞异质性的来源和亚群的甄别,指导合适的方法寻找特异性标志物。方法:由第一作者检索中国知网、中国生物医学文献数据库、爱思唯尔数据库、PubMed数据库2013至2018年相关文献。在标题、摘要、关键词中以"periodontal ligament stem cells,heterogeneous,surface marker,subsets,differentiation,isolation,characteristics,extracellular microenvironment"为关键词检索英文数据库;以"牙周膜干细胞,异质性,表面标志物,子集,分化,分离,特征,细胞外微环境"为关键词检索中文数据库。结果与结论:牙周膜干细胞是具有不同间充质细胞来源的异质性群体,现有的基于细胞表面标志物分选牙周膜干细胞的方法,因为抗体的不稳定性以及重叠表达等问题,无法真正准确地鉴别细胞亚群,牙周膜干细胞因为缺少特异性标志物,无法做到真正的识别和分离干性细胞群,未来需要利用蛋白质组学和基因芯片等新技术进一步寻找特异性标志物。 展开更多
关键词 牙周膜干细胞 异质性 表面标志物 干性细胞群 牙周膜 细胞外微环境 基因芯片 国家自然科学基金 干细胞 组织工程
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基于基因芯片技术探究柴朴汤对哮喘大鼠差异表达基因的调控 预览
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作者 张丹 刘鑫 +3 位作者 肖琳琳 张韶泽 刘巍 杨苏琴 《中南医学科学杂志》 CAS 2019年第1期12-14,共3页
柴朴汤治疗哮喘的作用已经得到充分验证,但其作用机理尚不明确。既往研究表明,柴朴汤主要通过改善哮喘的气道炎症发挥其药理作用。本实验通过对哮喘模型大鼠及柴朴汤干预后的哮喘模型大鼠进行基因芯片分析,探测柴朴汤对炎性基因表达的... 柴朴汤治疗哮喘的作用已经得到充分验证,但其作用机理尚不明确。既往研究表明,柴朴汤主要通过改善哮喘的气道炎症发挥其药理作用。本实验通过对哮喘模型大鼠及柴朴汤干预后的哮喘模型大鼠进行基因芯片分析,探测柴朴汤对炎性基因表达的影响。结果提示,T-淋巴细胞相关蛋白(MAL)及肿瘤蛋白D52L(TPD52L)基因与哮喘的发病呈显著相关性,柴朴汤则可以通过调节这两种差异性基因的表达参与哮喘的气道炎症及气道重塑。 展开更多
关键词 哮喘 柴朴汤 T-淋巴细胞相关蛋白 肿瘤蛋白D52L 基因芯片
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孕妇耳聋基因筛查与出生缺陷干预
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作者 郭崟 訾龙 +1 位作者 谷泉 徐振明 《中国优生与遗传杂志》 2019年第1期80-81,68共3页
目的研究孕妇中筛查耳聋在临床中的应用价值,为早期预防提供依据。方法选取2015年1月至2018年3月在我院孕期体检接受耳聋基因筛查的1482例听力正常的孕期女性,采用微阵列芯片法筛查耳聋基因,夫妻携带相同耳聋基因突变者进行产前诊断及... 目的研究孕妇中筛查耳聋在临床中的应用价值,为早期预防提供依据。方法选取2015年1月至2018年3月在我院孕期体检接受耳聋基因筛查的1482例听力正常的孕期女性,采用微阵列芯片法筛查耳聋基因,夫妻携带相同耳聋基因突变者进行产前诊断及遗传咨询。结果 1482例孕妇筛查出耳聋基因突变携带者76例,检出率5.13%,其中GJB2突变检出42例,阳性率2.83%,SLC26A4基因突变检出22例,阳性率1.48%,GJB3基因突变检出8例,阳性率0.54%,12SrRNA基因突变检出4例,阳性率0.27%。76例携带耳聋基因突变的孕妇,其配偶进行相同的遗传性耳聋基因筛查,检测出一对夫妇同时携带耳聋致病基因GJB2-235delC杂合突变,另一对携带不同耳聋致病基因GJB2-235delC杂合突变和SLC26A4-IVS7-2A>G杂合突变。结论听力正常孕妇存在耳聋基因突变携带者,进行产前耳聋基因筛查可以预防缺陷儿的出生。 展开更多
关键词 耳聋基因 基因芯片 听力损失 产前诊断 遗传咨询
蛇床子素上调miRNA-9抑制BACE-1表达治疗阿尔茨海默病 预览
5
作者 蔺莹 姚璎珈 +4 位作者 梁喜才 时悦 倪颖男 吴雨桐 杨静娴 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期524-529,共6页
目的 探讨蛇床子素上调miRNA-9治疗AD的作用机制。方法 基因芯片技术筛选蛇床子素治疗后差异表达的microRNAs;数据库和Cytoscape预测miRNA-9调控的靶基因;脂质体2000建立APP高表达的SH-SY5Y细胞模型,MTT法检测蛇床子素对细胞活力的影响;... 目的 探讨蛇床子素上调miRNA-9治疗AD的作用机制。方法 基因芯片技术筛选蛇床子素治疗后差异表达的microRNAs;数据库和Cytoscape预测miRNA-9调控的靶基因;脂质体2000建立APP高表达的SH-SY5Y细胞模型,MTT法检测蛇床子素对细胞活力的影响;将miRNA-9抑制剂转入到APP高表达的SH-SY5Y细胞中,RT-PCR法检测各组miR-9、BACE-1mRNA的表达情况;Western blot方法检测细胞中BACE-1蛋白的表达情况。结果 数据库结果显示,蛇床子素调控的miRNA-9可以与BACE-1靶向结合。本实验成功建立APP高表达的SH-SY5Y细胞模型。MTT结果显示,50μmol·L^-1蛇床子素对细胞有较好的保护作用。RT-PCR结果显示,蛇床子素可以上调miR-9的表达,抑制剂组miRNA-9表达最低。与模型组相比,蛇床子素可以抑制BACE-1mRNA和蛋白的表达,且抑制剂组的BACE-1mRNA和蛋白表达最多。结论 蛇床子素治疗阿尔茨海默病可能与上调miRNA-9,从而抑制BACE-1表达有关。 展开更多
关键词 蛇床子素 基因芯片 miRNA-9 生物信息学分析 Β-分泌酶 阿尔茨海默病
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基因芯片法在遗传性耳聋孕妇基因突变位点检测中的应用效果
6
作者 杜一娜 付雪梅 赵楠 《临床合理用药杂志》 2019年第3期46-48,共3页
目的 探讨基因芯片法在遗传性耳聋孕妇基因突变位点检测中的应用效果。方法 选取2016年12月—2017年12月吉林省妇幼保健院进行产检的孕妇3 014例,采用基因芯片法检测孕妇耳聋基因突变情况,并记录结果。结果 3 014例孕妇中,151例发现耳... 目的 探讨基因芯片法在遗传性耳聋孕妇基因突变位点检测中的应用效果。方法 选取2016年12月—2017年12月吉林省妇幼保健院进行产检的孕妇3 014例,采用基因芯片法检测孕妇耳聋基因突变情况,并记录结果。结果 3 014例孕妇中,151例发现耳聋基因突变,检出率为5.009%,其中GJB2突变率为3.251%(98/3 014),GJB3突变率为0.699%(21/3 014),SLC26A4突变率为0.863%(26/3 014),mtDNA 12S rRNA突变率为0.199%(6/3 014)。GJB2 235 del C、GJB2 299 del AT双重突变检出1例,患者临床表现为听力异常,80分贝以下声音听力缺失;GJB2 299 del AT、GJB3 538 C>T双重突变1例;GJB2 235 del C、SLC26A4 IVS 7-2 A>G双重突变1例。结论 基因芯片法在遗传性耳聋孕妇基因突变位点检测中的应用效果确切,能够有效提高耳聋诊断率,为降低耳聋婴儿出生率提供了数据支持和方法参考。 展开更多
关键词 孕妇 基因突变 耳聋 基因芯片
结直肠癌患者肝转移差异表达基因的筛选及验证 预览
7
作者 陈剑明 陈国平 《福建医药杂志》 CAS 2019年第1期28-30,共3页
目的对结直肠癌肝转移基因表达的差异性基因进行筛选和验证。方法通过激光捕获显微切割技术对结直肠癌肝脏转移患者的原发和转移病灶的新鲜组织标本进行切割后获取相对"纯化"的肿瘤细胞,提取总RNA后合成带有标记的cRNA,与基... 目的对结直肠癌肝转移基因表达的差异性基因进行筛选和验证。方法通过激光捕获显微切割技术对结直肠癌肝脏转移患者的原发和转移病灶的新鲜组织标本进行切割后获取相对"纯化"的肿瘤细胞,提取总RNA后合成带有标记的cRNA,与基因芯片进行杂交来筛选差异表达基因,并从中挑选10种分别设计引物,用实时RT-PCR法进行验证。结果在差异性表达基因中,筛选出共同上调基因105个,共同下调基因94个,从中挑选10个差异表达基因进行实时RTPCR验证,结果与芯片结果完全相符。结论结直肠癌发生肝转移存在着众多的差异表达基因,应用基因芯片技术有助于肝转移差异表达基因的发现,为筛选新的肿瘤标记物和治疗靶点奠定理论基础。 展开更多
关键词 结直肠癌 肝转移 差异性基因 激光捕获显微切割 基因芯片
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应用基因芯片筛选HBV对肝癌细胞耐药相关基因影响的初步研究
8
作者 余小花 占静 +1 位作者 马瑞 魏柏 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2019年第2期137-140,共4页
目的通过基因芯片技术探测HBV感染对肝癌细胞耐药相关基因表达的影响,为深入研究HBV在肝癌多药耐药中的作用及机制提供新的依据。方法以HepG2细胞作为对照,用稳定表达HBV的肝癌细胞HepG2.2.15模拟HBV感染的肝癌细胞,利用基因芯片筛选出... 目的通过基因芯片技术探测HBV感染对肝癌细胞耐药相关基因表达的影响,为深入研究HBV在肝癌多药耐药中的作用及机制提供新的依据。方法以HepG2细胞作为对照,用稳定表达HBV的肝癌细胞HepG2.2.15模拟HBV感染的肝癌细胞,利用基因芯片筛选出耐药相关差异表达基因。Real-timePCR检测部分耐药基因表达以验证芯片筛选结果的准确性。结果肝癌细胞HepG2和HepG2.2.15中差异表达基因共1263个,与药物相关基因58个,其中上调基因数31个,下调基因数27个,涉及药物转运相关基因、药物代谢相关基因、细胞增殖相关基因、细胞周期调控基因等。Real-timePCR检测MDR1、MRP2、LRP和GST结果与芯片结果一致,确定芯片检测结果可靠。结论HBV感染影响肝癌细胞耐药相关基因表达,为进一步研究HBV感染在肝癌多药耐药中的作用提供线索。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 肝癌 耐药基因 基因芯片
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骨关节炎基因差异谱的生物信息学分析 预览
9
作者 董政权 魏垒 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2019年第3期335-340,共6页
背景:骨关节炎对中老年人群的健康具有重要的威胁,其疾病发生发展受到多个基因的调控,但其具体机制尚未明确。目的:应用生物信息学方法研究骨关节炎的差异基因表达。方法:从GEO在线数据库中下载并分析获得在骨关节炎发生时关节滑膜组织... 背景:骨关节炎对中老年人群的健康具有重要的威胁,其疾病发生发展受到多个基因的调控,但其具体机制尚未明确。目的:应用生物信息学方法研究骨关节炎的差异基因表达。方法:从GEO在线数据库中下载并分析获得在骨关节炎发生时关节滑膜组织中明显表达差异的158个基因。通过DAVID数据库对基因进行功能富集。通过STRING数据库分析蛋白质与蛋白质间相互作用关系。结果与结论:共筛选出158个差异基因,其中上调12个,下调146个。利用DAVID数据库对差异基因进行GO和KEGGPathway分析显示,差异基因主要富集在破骨细胞分化的正性调节、细胞连接等功能以及MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路及ECM受体相互作用等信号通路。将差异基因进行蛋白质相互作用分析后筛选出网络的核心基因为VEGFA,JUN,PRKACA,PXN,SPTAN1,核心基因之间存在复杂的相互作用。结果证实,差异基因的相互作用可能与骨关节炎的发生有关,可为骨关节炎的诊疗提供新的靶点。 展开更多
关键词 骨关节炎 生物信息学分析 差异基因 基因芯片 生物功能 组织工程 破骨细胞分化 细胞连接 MAKP信号通路 P13K-Akt信号通路 蛋白质相互作用 组织工程 基因调节网络 计算生物学
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基因芯片技术在分枝杆菌菌种鉴定和耐药性分析中的应用 预览
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作者 李丹 杜德兵 +1 位作者 吴文燕 王德成 《检验医学》 CAS 2019年第2期165-168,共4页
目的探讨基因芯片技术在分枝杆菌菌种鉴定和耐药性分析中的应用价值。方法收集2014年1月—2016年12月宜昌市第三人民医院抗酸染色镜检阳性的肺结核患者痰样本680例,同时采用基因芯片法和培养法进行菌种鉴定,对被鉴定为结核分枝杆菌(MTB... 目的探讨基因芯片技术在分枝杆菌菌种鉴定和耐药性分析中的应用价值。方法收集2014年1月—2016年12月宜昌市第三人民医院抗酸染色镜检阳性的肺结核患者痰样本680例,同时采用基因芯片法和培养法进行菌种鉴定,对被鉴定为结核分枝杆菌(MTB)复合群的样本分别再采用以上2种方法检测MTB对利福平和异烟肼的耐药性。以培养法作为参考方法,评价基因芯片法菌种鉴定的符合率。以药物敏感性试验结果为金标准,计算基因芯片法MTB耐药检测的敏感性、特异性和符合率,并比较其与金标准的一致性。结果基因芯片法检出31例非结核分枝杆菌(NTM),培养法检出32例NTM,符合率为96.88%。与药物敏感性试验相比,基因芯片法检测MTB对利福平耐药性的敏感性为89.81%,特异性为93.55%,符合率为92.80%,Kappa值为0.82,P >0.05;检测MTB对异烟肼耐药性的敏感性为83.06%,特异性为91.39%,符合率为89.48%,Kappa值为0.73,P >0.05。结论基因芯片法能够准确地筛选出NTM,在结核病诊断和耐药监测中敏感性和特异性较高,与传统培养法及药物敏感性试验有很好的一致性,且更高效、快捷、安全,具有较大的应用价值。 展开更多
关键词 基因芯片 结核分枝杆菌 非结核分枝杆菌 利福平 异烟肼 耐药
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《黄帝内经》“治未病”理论指导下现代技术防治RA的应用探讨
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作者 田照 袁德培 +3 位作者 庞宇舟 曾楚华 方刚 王文晟 《湖北民族学院学报:医学版》 2019年第1期59-61,共3页
本文通过概述《黄帝内经》'治未病'理论,介绍在此理论指导下基因芯片技术与纳米技术在类风湿关节炎(RA)诊断和治疗中的应用,强调RA患病过程中的'三早'原则及固志防残的重要性,同时积极倡导'古法今用'与现代医... 本文通过概述《黄帝内经》'治未病'理论,介绍在此理论指导下基因芯片技术与纳米技术在类风湿关节炎(RA)诊断和治疗中的应用,强调RA患病过程中的'三早'原则及固志防残的重要性,同时积极倡导'古法今用'与现代医学技术融合发展,以期在RA疾病的治疗方面取得更好的疗效。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 基因芯片 纳米技术 治未病
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基于基因芯片技术研究定痫丸对氯化锂-匹罗卡品致痫小鼠海马组织miRNA-187表达的影响
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作者 吴琼 汪顺贵 +4 位作者 郭雪峰 李华琼 陈爱玲 刁丽梅 仇小强 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2019年第1期116-120,I0007共6页
目的:研究定痫丸对氯化锂-匹罗卡品致痫小鼠海马组织miRNA-187表达的影响。方法:采用基因芯片技术筛选出氯化锂-匹罗卡品致痫小鼠海马组织差异表达基因,并运用q-PCR技术验证其差异性表达。予定痫丸悬混液灌胃,运用q-PCR技术检测定痫丸... 目的:研究定痫丸对氯化锂-匹罗卡品致痫小鼠海马组织miRNA-187表达的影响。方法:采用基因芯片技术筛选出氯化锂-匹罗卡品致痫小鼠海马组织差异表达基因,并运用q-PCR技术验证其差异性表达。予定痫丸悬混液灌胃,运用q-PCR技术检测定痫丸悬混液对癫痫小鼠海马组织差异基因的表达。结果:通过基因芯片筛选出癫痫小鼠海马组织中差异表达miRNA下调18个,上调10个。筛选出miRNA-187,运用q-PCR技术验证了其表达下调(P<0.05)。经定痫丸悬混液干预后,发现癫痫小鼠海马组织miRNA-187表达上调(P<0.05)。结论:定痫丸可能通过上调miRNA-187对癫痫起到治疗作用,初步揭示定痫丸治疗癫痫的分子机制。 展开更多
关键词 定痫丸 基因芯片 癫痫 miRNA-187
胰腺癌转移相关基因的生物信息学分析 预览
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作者 曹俊宇 肖莹 +5 位作者 秦涛 孙联康 段万星 徐勤鸿 马清涌 马振华 《西安交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期235-242,共8页
目的 通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法 从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析... 目的 通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法 从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析软件、STRING在线数据库、Cytoscape软件和GEPIA在线分析工具进行差异表达基因的功能注释、通路分析、蛋白互作网络分析及预后分析。结果 共筛选出109个胰腺癌转移差异表达基因,其中上调49个,下调60个;功能注释和通路分析发现,这些基因主要集中在急性炎症反应、蛋白质活化级联、细胞外基质构建、细胞外基质分解等生物学过程,以及补体和凝血级联、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用等通路。蛋白互作网络分析获得2个关键模块和10个关键基因,分别为ORM1、IGFBP1、HPX、F2、APOA1、ALB、PLG、SERPINC1、KNG1和INS。预后分析得到4个基因的表达水平与胰腺癌患者总生存时间显著相关,分别是SCG5、CRYBA2、CPE和CHGB。结论 通过生物信息学的方法对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行数据挖掘,为深入研究胰腺癌转移的相关分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 胰腺癌 转移 生物信息学 基因芯片 差异表达基因
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幽门螺杆菌感染胃组织基因芯片生物信息学分析
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作者 付伟 谢东 +4 位作者 班春梅 邓亚婕 代芳 王松 曹洁 《生物信息学》 2019年第1期45-52,共8页
为探讨幽门螺杆菌感染胃组织后差异基因变化,深入分析参与疾病发生、发展的分子机制。从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载幽门螺杆菌感染胃组织基因芯片数据(GSE5081),根据胃粘膜组织是否受损分组,分别比较幽门螺杆菌感染者与阴... 为探讨幽门螺杆菌感染胃组织后差异基因变化,深入分析参与疾病发生、发展的分子机制。从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载幽门螺杆菌感染胃组织基因芯片数据(GSE5081),根据胃粘膜组织是否受损分组,分别比较幽门螺杆菌感染者与阴性对照组,获得差异基因并进行功能分析包括GO分析、信号通路分析,基因相互作用及基因共表达,得到重要核心基因,并通过实时定量PCR方法进行验证。结果表明:得到参与幽门螺杆菌感染后上调的44个主要基因,主要涉及的GO分析及信号通路包括免疫反应、炎症反应、抗原提呈、细胞因子通路、因子受体关联,细胞粘附分子等。研究发现核心基因CXCR4,CCL20,JAK3,TNFAIP2,PLEK,HLA-DMA,PTPRC,CXCL13,BCL2A1,并通过实时定量PCR的方法进行部分验证,CXCR4,CXCL5,CXCL2在幽门螺杆菌感染后的胃黏膜组织表达高于对照组。幽门螺杆菌感染后胃粘膜组织引起免疫反应,炎症反应,抗原提呈,因子受体关联,细胞粘附分子通路的激活。同时发现一些主要的趋化因子相关基因CXCR4,CXCL5,CXCL2,CCL20,CXCL1等,涉及增殖,炎症,免疫,凋亡基因JAK3,TNFAIP2,PLEK,HLA-DMA,PTPRC,BCL2A1等的表达上调,并实时定量PCR验证部分相关基因的表达。这些结果为从分子网络机制层面上认识幽门螺杆菌感染提供分析思路及基础。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 基因芯片 生物信息学分析 胃黏膜组织
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锌对胎儿生长受限孕鼠胎盘基因表达谱的影响 预览
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作者 宗璐 苟文丽 +2 位作者 黄谱 薛茜 吕晔 《西安交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期60-64,共5页
目的探讨孕期补锌对胎儿生长受限(fetal growth restriction,FGR)孕鼠胎盘基因表达谱的影响。方法建立SD孕鼠FGR模型,36只孕鼠随机分为2组(补锌组和对照组),每组18只。补锌组从妊娠第1天开始喂养添锌饲料,对照组喂养普通饲料。仔鼠于生... 目的探讨孕期补锌对胎儿生长受限(fetal growth restriction,FGR)孕鼠胎盘基因表达谱的影响。方法建立SD孕鼠FGR模型,36只孕鼠随机分为2组(补锌组和对照组),每组18只。补锌组从妊娠第1天开始喂养添锌饲料,对照组喂养普通饲料。仔鼠于生后1月进行Morris水迷宫实验和避暗实验;基因芯片技术检测各组胎盘基因表达谱,筛选差异基因;Western blot方法验证差异基因对应蛋白在胎盘组织的表达。结果Morris水迷宫、避暗实验中2组仔鼠经训练后测试成绩均有好转趋势,从第3天开始,补锌组成绩均显著优于对照组(Morris水迷宫中潜伏期t值分别为8.35、7.28、8.06,P分别为0.013、0.024、0.017;避暗实验成绩t值分别为5.78、9.65、9.12,P分别为0.0190、0.0037、0.0043)。基因芯片在胎盘组织中共检测出346个差异mRNA(P<0.01;1<logFC<-1),上述差异mRNA中表现最为明显的是细胞迁徙相关基因。经基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)及蛋白-蛋白交互作用软件(protein-protein interaction,PPI)分析,显示信号转导与转录活化因子3(signal transducers and activators of transcription 3,STAT3)信号通路在蛋白-蛋白交互作用网络中发挥核心作用,MMP-2/9与STAT3表达呈正相关。Western blot检测胎盘组织中磷酸化STAT3、STAT3、MMP-2及MMP-9表达,结果显示,补锌组上述蛋白表达高于对照组。结论孕期补锌可能通过活化胎盘滋养细胞STAT3信号通路,进一步激活STAT3信号通路中下游的MMP-2、MMP-9表达,最终导致滋养细胞侵袭能力改变,改善FGR胎盘功能不足,保护子代学习记忆能力。 展开更多
关键词 胎儿生长受限 胎盘 表达谱 基因芯片
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小鼠后肢特异表达基因的筛选及验证 预览
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作者 王茂春 段维旺 +2 位作者 李凯 周宇荀 肖君华 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期1-6,共6页
目的对比小鼠前后肢基因表达谱的变化,筛选小鼠后肢特异表达的基因。方法通过NCBIGEO数据库查找小鼠前后肢基因表达芯片,使用Transcriptome Analysis Console软件对原始数据(5个前肢E10.5d芯片及4个后肢E10.5d芯片)进行质控,利用差异倍... 目的对比小鼠前后肢基因表达谱的变化,筛选小鼠后肢特异表达的基因。方法通过NCBIGEO数据库查找小鼠前后肢基因表达芯片,使用Transcriptome Analysis Console软件对原始数据(5个前肢E10.5d芯片及4个后肢E10.5d芯片)进行质控,利用差异倍数为2倍以上或0.5倍以下及P值小于0.05进行数据过滤,绘制差异表达基因的火山图,并进行聚类分析,构建后肢特异表达基因的相互作用分子网络图。结果小鼠胚胎E10.5d后肢相较于前肢的差异表达的基因共有275个,其中上调的基因45个,下调的基因230个,构建了后肢特异表达的差异基因分子网络图,找到后肢特异表达核心基因,使用qPCR检测部分后肢特异表达的基因,结果与芯片结果一致。结论应用小鼠表达谱芯片成功筛选出后肢特异表达的基因,为哺乳动物肢体发育的研究提供基础。 展开更多
关键词 基因芯片 肢体发育 后肢特异表达 小鼠
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犬基因组结构和多态性研究进展 预览
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作者 杨前勇 《家畜生态学报》 北大核心 2019年第1期79-84,共6页
家犬是最早被驯化的家养动物,通过选择进化和培育,世界上注册的已有超过400多个犬品种,每个品种都具有独特的生理、行为和形态特征。利用高密度芯片技术进行犬全基因组多态性分析,并通过基因组多态信息扫描定位功能基因成为热点,总结和... 家犬是最早被驯化的家养动物,通过选择进化和培育,世界上注册的已有超过400多个犬品种,每个品种都具有独特的生理、行为和形态特征。利用高密度芯片技术进行犬全基因组多态性分析,并通过基因组多态信息扫描定位功能基因成为热点,总结和综述了犬基因组结构变异和多态信息的研究进展,为开展家犬基因组学研究提供新的方法和思路。 展开更多
关键词 基因 基因芯片 结构变异 选择信号 起源进化
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基于转录组数据的网络分析挖掘鼻咽癌与口腔鳞癌的共享功能模块 预览
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作者 陈应坚 廖苑君 +4 位作者 林帆 孙胜南 赵小蕾 覃继恒 饶绍奇 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期146-157,共12页
鼻咽癌和口腔鳞癌是两种在临床上高度相关的疾病,从分子层面系统性研究这两种疾病的相互关系却鲜见报道。本研究通过大规模的转录组数据分析识别鼻咽癌和口腔鳞癌的共享功能模块及其核心基因(一因多效模块和基因),以期阐明这两种疾病共... 鼻咽癌和口腔鳞癌是两种在临床上高度相关的疾病,从分子层面系统性研究这两种疾病的相互关系却鲜见报道。本研究通过大规模的转录组数据分析识别鼻咽癌和口腔鳞癌的共享功能模块及其核心基因(一因多效模块和基因),以期阐明这两种疾病共享的分子机制。从GEO数据库获取这两种癌症的两套转录组数据,应用倍数法和经验贝叶斯方法筛选出鼻咽癌差异表达基因1279个,口腔鳞癌差异表达基因1293个,其中两者共享基因278个。以共享基因为种子,通过蛋白质?蛋白质互作知识引导构建基因网络,其中最大子网包含1290个基因和1766互作对。应用Newman算法提取了15个共享功能模块。对这些模块进行拓扑学分析,挖掘出58个核心基因,包括已知的与鼻咽癌或口腔鳞癌相关的基因(如PCNA、CDK1、STAT1、CCL5和MMP1等)和鲜有报道的基因(如MELK、NME1、RACGAP1、INHBA和NID1等)。通路富集分析发现鼻咽癌和口腔鳞癌的共享功能模块参与多个生物学通路,包括p53信号通路、ECM受体相互作用、黏着斑、细胞周期等。本研究表明鼻咽癌和口腔鳞癌具有相似的致癌机制,所挖掘的共享模块可能是这两种疾病演化的核心分子相互作用机制。 展开更多
关键词 鼻咽癌 口腔鳞癌 基因芯片 网络分析 基因多效性
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食管癌放射抵抗相关基因的筛选 预览
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作者 朱青山 李军扩 +5 位作者 刘维鹏 马庭炜 代宁涛 冯连杰 魏涛 周福有 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 2019年第3期227-232,共6页
目的筛选与食管癌放射抵抗相关的基因,为指导临床个体化治疗打下基础。方法采用基因芯片技术检测放疗疗效差异最大的两组患者之间差异明显的CNV片段,筛选出这些CNV片段中的代表性基因。进一步从筛选出的高度相关的代表性基因中,利用qPC... 目的筛选与食管癌放射抵抗相关的基因,为指导临床个体化治疗打下基础。方法采用基因芯片技术检测放疗疗效差异最大的两组患者之间差异明显的CNV片段,筛选出这些CNV片段中的代表性基因。进一步从筛选出的高度相关的代表性基因中,利用qPCR进行验证。结果基因芯片筛查的结果得到显著差异的CNV片段共5个,分别位于3、4、8、11、17号染色体,其中拷贝数缺失的(CNLoss)3个,增加的(CNGain)1个,杂合性缺失的(LOH)1个。代表性基因分别为ROBO1、NSD2、CSMD3、CADM1、NF1。qPCR验证的放射抵抗相关基因为NSD2和CADM1,主要涉及DNA损伤修复通路和细胞黏附。结论基因芯片筛选食管癌放射抵抗相关分子标记具有可行性。NSD2和CADM1可能是与食管癌放射抵抗的相关位点。 展开更多
关键词 食管癌 放射敏感 放射抵抗 基因芯片
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基于高通量芯片对强直性脊柱炎的生物信息学分析
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作者 张东亮 赵舒煊 +4 位作者 向高 刘开鑫 巩朝阳 王拴科 张海鸿 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期63-70,共8页
目的运用生物信息分析工具筛选出强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)相关的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)并进行文献挖掘。方法从GEO数据库中检索获取AS患者的芯片数据,通过GEO2R进行DEGs的筛选,运用DAVID... 目的运用生物信息分析工具筛选出强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)相关的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)并进行文献挖掘。方法从GEO数据库中检索获取AS患者的芯片数据,通过GEO2R进行DEGs的筛选,运用DAVID数据库对筛选获得的DEGs行基因富集和通路分析,通过STRING数据库构建蛋白相互作用(proteinprotein interaction,PPI)网络,并采用Cytoscape软件行进一步分析。结果共筛选出190个差异基因,其中上调的基因75个,下调的基因115个。GO分析显示差异表达基因主要涉及炎症反应、白细胞迁移、胞外区、细胞外结构域、细胞外区域、细胞外基质、脂蛋白颗粒结合和碳水化合物结合等功能簇;KEGG分析提示其在包括类风湿性关节炎和细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路中富集;运用STRING数据库构建蛋白相互作用网络;运用Cytoscape筛选出CXCR4、SELL、CD79A、MMP3、CD68、ADIPOQ、CCL19、IL-7R、IL-1β、MYH14、APOE和FCGR3A等12个连接度最高基因,并运用iRegulon插件挖掘得到ETS1、GATA3和IRF8等41个作用于上述12个核心基因的转录因子。结论 新发现的12个核心基因和41个转录因子可能在AS的致病机制中起重要作用,并可能成为防治AS的新靶点。 展开更多
关键词 强直性脊柱炎 生物信息学 基因芯片 差异基因
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