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银屑病皮损mRNA与miRNA表达谱及网络调控分析
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作者 张静 徐丽敏 +1 位作者 张红宇 邢卫斌 《中国皮肤性病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期990-995,共6页
目的探讨银屑病患者皮损与正常皮肤组织mRNA和miRNA表达谱差异。方法利用人类基因组表达谱芯片和miRNA表达谱芯片结合基因组学和生物信息学分析银屑病皮损和正常皮肤组织差异表达的mRNA和miRNA,建立两者之间调控网络,筛选可能的核心基... 目的探讨银屑病患者皮损与正常皮肤组织mRNA和miRNA表达谱差异。方法利用人类基因组表达谱芯片和miRNA表达谱芯片结合基因组学和生物信息学分析银屑病皮损和正常皮肤组织差异表达的mRNA和miRNA,建立两者之间调控网络,筛选可能的核心基因。结果差异表达的mRNA 1 139个,miRNA 16个,其中3个miRNA 匹配入数据库并调节168个mRNA,筛选的核心基因为IGF1、IRF1、MCL1、SERPINA1和NEK2。结论差异的miRNA调控多个mRNA参与多种生物学过程和信号通路可能促使银屑病的发生和发展。 展开更多
关键词 银屑病 基因表达芯片 MRNA MIRNA
应用Robust rank aggregation法筛选肝癌的差异表达关键基因 预览
2
作者 范振海 邢时云 冯源 《现代养生》 2018年第18期66-68,共3页
目的:采用生物信息学方法筛选出肝癌的关键差异表达基因.方法:对GEO公共数据库中获取的四组肝癌和癌旁组织基因表达芯片数据进行生物信息学分析,首先用R数据包中的limma程序分别对各数据集的差异表达基因进行初筛,再进一步应用Robust ... 目的:采用生物信息学方法筛选出肝癌的关键差异表达基因.方法:对GEO公共数据库中获取的四组肝癌和癌旁组织基因表达芯片数据进行生物信息学分析,首先用R数据包中的limma程序分别对各数据集的差异表达基因进行初筛,再进一步应用Robust rank aggregation(RRA)法筛选出四组数据集共同差异表达的关键基因.结果:通过筛选共获得269个差异表达基因,其中上调基因76个,下调基因193个,筛选出的差异表达基因与现有文献报道一致.结论:RRA法是一种对多组基因表达数据进行差异表达基因筛选的可靠方法.本研究筛选出的差异表达基因,有望对肝癌发生的机制研究、肿瘤标志物的筛选以及治疗靶点的选择提供参考. 展开更多
关键词 肝癌 差异表达基因 稳健排序整合 基因表达芯片
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基于基因表达谱芯片杂交分析Lamprey-PHB2转染前后Chang liver细胞的基因表达差异 预览
3
作者 时颖 李晴 +2 位作者 郭思呈 李庆伟 李铁松 《上海师范大学学报:自然科学版》 2018年第5期558-564,共7页
选取了10个物种与本课题组前期克隆得到的东北七鳃鳗抗增殖蛋白2(Lm-PHB2)进行氨基酸序列相似性对比,检测PHB2基因进化水平,结果表明各物种的PHB2氨基酸序列在PHB结构域处高度保守,但在N-端和C-端氨基酸序列保守性较低.将重组质粒pEGFP-... 选取了10个物种与本课题组前期克隆得到的东北七鳃鳗抗增殖蛋白2(Lm-PHB2)进行氨基酸序列相似性对比,检测PHB2基因进化水平,结果表明各物种的PHB2氨基酸序列在PHB结构域处高度保守,但在N-端和C-端氨基酸序列保守性较低.将重组质粒pEGFP-N1-Lm-PHB2瞬时转染入张氏肝(CHL)细胞后,利用基因表达谱芯片技术分析基因的表达差异.结果显示CHL细胞中共有270条显著差异表达基因,其中显著上调基因共141条,显著下调基因共129条,涉及细胞信号转导、细胞周期调节、细胞增殖、细胞代谢和细胞凋亡等多个方面.通过实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)对基因表达谱芯片分析结果进行验证,结果显示转染pEGFP-N1-Lm-PHB2质粒后,细胞周期基因CDC25C、氧化应激相关基因(CAT,SOD,GST)和抗细胞凋亡基因HAX1均有显著性差异. 展开更多
关键词 七鳃鳗 抗增殖蛋白2(PHB2) 基因表达芯片 基因表达
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小檗碱干预食管癌细胞基因表达及剪切作用研究
4
作者 刘学俊 马俊华 +4 位作者 吴耀松 尹素改 周凌 陈玉龙 任闪闪 《中国中西医结合杂志》 CSCD 北大核心 2018年第8期969-973,共5页
目的观察小檗碱对食管癌细胞生长影响,探讨其作用机制。方法于37℃,5%CO2培养箱常规培养食管癌细胞株EC-9706和ECa-109,设对照组、小檗碱组(12.5、25、50、100、200mg/L),MTT法检测小檗碱对细胞生长的抑制作用;Trizol法抽提总RNA,基... 目的观察小檗碱对食管癌细胞生长影响,探讨其作用机制。方法于37℃,5%CO2培养箱常规培养食管癌细胞株EC-9706和ECa-109,设对照组、小檗碱组(12.5、25、50、100、200mg/L),MTT法检测小檗碱对细胞生长的抑制作用;Trizol法抽提总RNA,基因表达谱芯片检测细胞基因表达,RT-qPCR检测部分差异基因及包含内含子的β-tubulin和Actin表达片段。结果小檗碱可抑制管癌细胞株EC-9706和ECa-109生长,IC50值分别为12.33、49.63mg/L;小檗碱干预后得到差异基因1 782个,下调基因数占差异基因比率为78.84%。这些基因主要参与剪切子、癌通路、核糖体等信号通路。与对照组比较,小檗碱组SF3B3、SNRPD1、NCBP1mRNA表达降低(P〈0.01),包含内含子的β-tubulin和Actin mRNA表达片段增加(P〈0.01)。结论小檗碱可抑制食管癌细胞生长,干预多个肿瘤相关基因表达,可通过干预剪切体相关基因影响RNA成熟。 展开更多
关键词 小檗碱 食管癌细胞 基因表达芯片 差异基因 剪切体
应用基因表达谱芯片分析初步探讨全真一气汤抑制COPD大鼠肺损伤的作用机制 预览
5
作者 李大治 王春娥 +3 位作者 陈志斌 陈可强 林凤耀 朱烨芳 《中医临床研究》 2018年第35期5-9,共5页
目的:通过对COPD大鼠基因表达谱芯片的分析,探讨全真一气汤抑制COPD大鼠肺损伤的作用机制。方法:用气管注入内毒素LPS+烟熏法制造COPD大鼠模型,分为模型组9只、中药组9只,中药组予中药全真一气汤浓缩液灌胃治疗,60d后随机各组取3只大鼠... 目的:通过对COPD大鼠基因表达谱芯片的分析,探讨全真一气汤抑制COPD大鼠肺损伤的作用机制。方法:用气管注入内毒素LPS+烟熏法制造COPD大鼠模型,分为模型组9只、中药组9只,中药组予中药全真一气汤浓缩液灌胃治疗,60d后随机各组取3只大鼠取材,应用大鼠基因表达谱芯片分析两组大鼠肺组织基因差异,并利用IPA整合分析系统分析差异基因与copd的关系。结果:全真一气汤干预的中药组大鼠IL-8信号通路被显著抑制,Z-score为-2.333,其中下调基因PIK3R3(FC=-2.1091385,logFC=-1.0766538)、HMOX1(FC=-2.1376743,logFC=-1.096042)、GNAS(FC=-2.4846587,logFC=-1.3130478)、PLD3(FC=-2.4485795,logFC=-1.2919451)、ITGAM(FC=-2.500478,logFC=-1.322204)、CXCR1(FC=-2.5748348,logFC=-1.3644799)、LASP1(FC=-2.2364473,logFC=-1.1612087)、CR2(FC=-4.4339395,logFC=-2.1485891)。结论:全真一气汤可能通过调控IL-8信号通路中相关基因表达,从而抑制了COPD大鼠的肺损伤,为中医中药治疗慢性肺部疾病提供理论依据。 展开更多
关键词 慢性阻塞性肺疾病 基因表达芯片 IL-8通路
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膀胱癌相关基因的筛选及初步验证 预览 被引量:2
6
作者 韩冬 刘成华 +3 位作者 高亚萍 张旭 杨光 宋涛 《解放军医学院学报》 CAS 2017年第4期323-327,341共6页
目的筛选膀胱癌相关基因并分析其与膀胱癌患者临床指标之间的关联,以鉴定膀胱癌相关功能基因。方法利用基因表达谱芯片对比分析膀胱癌患者癌及癌旁组织,筛选差异表达基因,选取表达水平差异较大的基因,利用实时定量PCR技术,在34例膀胱癌... 目的筛选膀胱癌相关基因并分析其与膀胱癌患者临床指标之间的关联,以鉴定膀胱癌相关功能基因。方法利用基因表达谱芯片对比分析膀胱癌患者癌及癌旁组织,筛选差异表达基因,选取表达水平差异较大的基因,利用实时定量PCR技术,在34例膀胱癌患者中检测其表达水平,分析差异基因与膀胱癌患者多种临床指标之间的关联。结果利用基因表达谱芯片初步筛选出多个差异表达基因(6 526个),进一步选取其中12个差异较大的基因,在多样本中的验证结果表明,其中4个基因:CEACAM5、LY6D、MYH11及CNN1的表达水平与芯片检测结果一致。随后将这4个基因表达水平与临床指标(年龄、性别、吸烟史和肿瘤侵袭程度)进行关联性分析,结果显示肌层浸润性膀胱癌与非肌层浸润性膀胱癌CEACAM5、MYH11及CNN1的表达水平有统计学差异,而LY6D则无统计学差异。这4个基因表达水平与其他临床指标无明显关联。结论 CEACAM5、LY6D、MYH11及CNN1表达水平与膀胱癌相关,其中CEACAM5、MYH11及CNN1可能参与了膀胱癌肿瘤侵袭过程。 展开更多
关键词 基因表达芯片 膀胱癌 CEACAM5基因 MYH11基因 CNN1基因
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绿原酸抑制结肠癌HCT116细胞的机制研究 被引量:1
7
作者 向舒 唐宏伟 +3 位作者 周军 张胜 李湘洲 黄丹 《中草药》 CSCD 北大核心 2017年第23期4952-4957,共6页
目的探讨绿原酸对结肠癌HCT116细胞抑制作用的机制。方法以绿原酸处理HCT116细胞,未处理组为对照组,通过基因表达谱芯片筛选出处理前后的差异表达基因,应用Real-time PCR技术对胰岛素样生长因子结合蛋白3(IGFBP3)、肺腺癌转移相关转录... 目的探讨绿原酸对结肠癌HCT116细胞抑制作用的机制。方法以绿原酸处理HCT116细胞,未处理组为对照组,通过基因表达谱芯片筛选出处理前后的差异表达基因,应用Real-time PCR技术对胰岛素样生长因子结合蛋白3(IGFBP3)、肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)、雄性性别决定基因相关高迁移率族盒基因(SOX4)、N-myc下游调节基因1(NDRG1)4个基因进行验证,Western blotting法检测上调基因中NDRG1的蛋白表达水平。结果基因表达谱芯片检测表明,经绿原酸处理后的结肠癌细胞中表达上调的基因为161个(差异倍数大于2),表达下调的基因为64个(差异倍数小于0.5)。这些基因主要涉及细胞信号转导、生物过程、细胞组分等功能。Real-time PCR检测证实IGFBP3、NDRG1基因经绿原酸处理后表达明显上调(P〈0.05)。Western blotting检测表明,经绿原酸处理后NDRG1基因的蛋白表达水平上调。结论基因表达谱芯片结合Real-time PCR技术筛选出绿原酸处理后的差异表达基因,为揭示绿原酸抑制结肠癌细胞的作用机制提供依据。 展开更多
关键词 绿原酸 结肠癌 HCT116细胞 基因表达芯片 N-myc下游调节基因1
慢性应激损伤大鼠海马组织全基因组表达谱芯片分析 预览
8
作者 孙琪 郭维 江东 《广东医学》 北大核心 2017年第19期2919-2924,共6页
目的 基于基因表达谱芯片探讨慢性应激引起的基因表达变化,并分析差异基因集合的生物功能及信号通路。方法 以Agilent表达谱芯片为载体,检测慢性不可预知性应激大鼠模型及正常对照组的基因表达谱,筛选差异基因,并做基因本体分析和信号... 目的 基于基因表达谱芯片探讨慢性应激引起的基因表达变化,并分析差异基因集合的生物功能及信号通路。方法 以Agilent表达谱芯片为载体,检测慢性不可预知性应激大鼠模型及正常对照组的基因表达谱,筛选差异基因,并做基因本体分析和信号通路分析。结果 正常对照组与慢性应激模型组相比,已知功能的差异表达基因共106个,其中有56个基因表达上调,涉及视黄醇代谢过程及视觉、氧化还原、ATP结合、辅酶结合等生物过程和分子功能;50个基因表达下调,涉及离子通道合成及活性、细胞-细胞信号、突触传递、脂质合成、γ-氨基丁酸信号通路、γ-氨基丁酸受体活性、细胞膜组成等生物过程和分子功能;KEGG通路分析注释到1个信号通路,即丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路。结论 慢性不可预知性应激刺激导致海马神经元处于应激状态,神经细胞膜的完整性及其周围和内部微环境稳定性发生改变,细胞内各种物质及能量动态平衡可能处于适应性调整状态或已遭到破坏。 展开更多
关键词 慢性应激 大鼠 基因表达芯片
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新疆地区维吾尔族与汉族强直性脊柱炎患者的差异性基因表达 预览 被引量:1
9
作者 刘振峰 梁治权 +3 位作者 洪汉刚 方锐 艾力江·阿斯拉 赵疆 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2016年第15期2233-2240,共8页
背景:目前强直性脊柱炎的发病机制尚不清楚,其发生可能与遗传因素、环境因素、慢性感染和自身免疫功能紊乱等因素有关。目前普遍认为遗传学因素在发病机制中起着重要作用,而且强直性脊柱炎的发病具有明显的家族聚集以及民族间的差异现... 背景:目前强直性脊柱炎的发病机制尚不清楚,其发生可能与遗传因素、环境因素、慢性感染和自身免疫功能紊乱等因素有关。目前普遍认为遗传学因素在发病机制中起着重要作用,而且强直性脊柱炎的发病具有明显的家族聚集以及民族间的差异现象,目前寻找不同地区、不同民族之间强直性脊柱炎的差异性基因成为研究热点之一。目的:应用基因表达谱芯片技术筛选出当地维吾尔族与汉族强直性脊柱炎患者差异性基因,并对这些差异性基因进行比较分析。方法:随机采集新疆维吾尔自治区中医医院风湿科处于活动期的维吾尔族、汉族强直性脊柱炎患者各5例,另外分别选取各3例健康志愿者为对照,提取外周血中的RNA,制备探针后用于表达谱芯片杂交,筛选强直性脊柱炎组织差异表达基因,并采用半定量RT-PCR法验证芯片结果。结果与结论:通过对维吾尔族强直性脊柱炎与汉族强直性脊柱炎患者差异性基因表达研究发现,两组之间筛选出差异有显著性意义的miRNA 20个(P〈0.05);通过对维吾尔族强直性脊柱炎与汉族强直性脊柱炎患者靶基因与miRNA对应关系分析发现,相关的靶基因共有15个,这些靶基因相对应并存在一定的调控关系的miRNA有79个,这些基因主要为白细胞抗原类和白细胞介素类,均与人体免疫相关。结果证实,在中国新疆地区维吾尔族与汉族强直性脊柱炎患者之间,可筛选出与强直性脊柱炎相关多个差异表达基因。 展开更多
关键词 组织工程 遗传 基因 基因表达芯片 维吾尔族 强直性脊柱炎 差异表达基因 芯片 基因 新疆维吾尔自治区自然科学基金
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富含亮氨酸重复序列和免疫球蛋白样结构域基因1过表达对膀胱癌细胞免疫相关基因的影响
10
作者 周治军 严泽军 +3 位作者 卢童 徐康 龚娟 章尹岗 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期2666-2668,共3页
目的利用基因表达谱芯片技术筛选过表达富含亮氨酸重复序列和免疫球蛋白样结构域基因1(LRIG1)的膀胱癌细胞与对照组膀胱癌细胞间差异表达的免疫相关基因,探讨LRIG1对膀胱癌细胞免疫功能影响的机制。方法分别提取转染LRIG1基因的膀胱... 目的利用基因表达谱芯片技术筛选过表达富含亮氨酸重复序列和免疫球蛋白样结构域基因1(LRIG1)的膀胱癌细胞与对照组膀胱癌细胞间差异表达的免疫相关基因,探讨LRIG1对膀胱癌细胞免疫功能影响的机制。方法分别提取转染LRIG1基因的膀胱癌细胞BIU87-LRIG1和未转染LRIG1基因的膀胱癌细胞BIU87的总核糖核酸(RNA),反转录成cDNA并标记后,同22K人类基因表达谱芯片杂交后筛选出与免疫相关的差异表达基因,并进一步使用反转录-聚合酶链反应(RT—PCR)验证。结果在21522条基因中,两组细胞间差异表达的免疫相关基因有9条,其中BIU87-LRIG1细胞中上调基因4条,下调基因5条。RT-PCR提示BIU87-LRIG1组的程序化死亡基因5(PDCD5)表达水平(1.22±0.04)较BIU87组(0.43±0.06)明显增高。结论使用基因芯片技术筛选出了LRIG1过表达可影响膀胱癌免疫功能的9种相关基因。 展开更多
关键词 膀胱癌 富含亮氨酸重复序列和免疫球蛋白样结构域基因1 基因表达芯片
口腔鳞状细胞癌及癌旁正常组织基因表达谱芯片检测 预览 被引量:1
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作者 郑建伟 杨淑娟 +7 位作者 利小平 韦从云 李婷 莫文娟 蔡秋云 杨德群 周磊 罗刚 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2015年第27期4365-4370,共6页
背景:近年在整体水平上以高通量分子扫描手段为基础的基因组学、蛋白质组学以及计算机辅助设计等技术的整合及相互关联的"技术链"的应用已在乳腺癌、肺癌、胃癌、结肠癌、卵巢癌、黑色素瘤等的研究中取得了丰硕的成果,但关于口腔鳞... 背景:近年在整体水平上以高通量分子扫描手段为基础的基因组学、蛋白质组学以及计算机辅助设计等技术的整合及相互关联的"技术链"的应用已在乳腺癌、肺癌、胃癌、结肠癌、卵巢癌、黑色素瘤等的研究中取得了丰硕的成果,但关于口腔鳞状细胞癌的研究较少。目的:实验通过基因表达谱芯片检测口腔鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织的基因表达谱。方法:收集广东省口腔医院2013年手术切除的口腔鳞癌及癌旁正常组织各2例,采用Roche Nimble Gen全基因组表达谱芯片进行口腔鳞癌及癌旁正常组织的基因表达谱检测。结果与结论:按差异基因筛选标准,从32 448条检测基因中筛选出口腔鳞癌肿瘤组织的差异基因共有7 872条,占筛选基因总数的24%;其中上调表达的基因有3 800条,下调表达的有4 072条。结果证实,通过基因表达谱芯片检测并根据表达差异1倍以上的筛选标准得到了7 872个表达差异的基因。由此可见肿瘤的发生发展不是单个或几个基因的作用结果,以往实验往往针对某个或某几个基因的研究有很大的局限性。同时也说明了肿瘤的产生是多基因成网络相互调节作用的结果,而且这个网络的作用关系是非常复杂的。 展开更多
关键词 组织工程 芯片分析技术 口腔鳞状细胞癌 肿瘤 实验动物 基因芯片 基因表达芯片 ROCHE Nimble Gen全基因表达芯片 差异基因 生物信息学分析 DNA 质量评价 国家自然科学基金
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利用表达谱基因芯片筛选溃疡性结肠炎差异表达基因 被引量:4
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作者 魏妮 郭长存 +4 位作者 沙素梅 徐斌 白槟 余鹏飞 吴开春 《现代生物医学进展》 CAS 2015年第1期53-57,共5页
目的:利用人类全基因组表达谱芯片技术,分析溃疡性结肠炎患者和健康者基因表达谱差异,筛选出溃疡性结肠炎相关基因。方法:采用Trizol法提取8例溃疡性结肠炎患者和8例健康对照者结肠粘膜组织总RNA并纯化,逆转录合成c DNA,利用荧光染料... 目的:利用人类全基因组表达谱芯片技术,分析溃疡性结肠炎患者和健康者基因表达谱差异,筛选出溃疡性结肠炎相关基因。方法:采用Trizol法提取8例溃疡性结肠炎患者和8例健康对照者结肠粘膜组织总RNA并纯化,逆转录合成c DNA,利用荧光染料Cy3标记aa UTP,转录合成标记的c RNA,并与Agilent人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据进行归一化处理,利用倍数差异和t检验计算筛选出相关差异表达基因,采用DAVID在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能,并对部分差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。结果:筛查出溃疡性结肠炎结肠粘膜组织差异表达基因4132个,其中上调基因2004个,下调基因2128个。选取6条差异表达基因进行PCR验证,结果有3条基因表达上调,3条基因表达下调,表达趋势与芯片结果一致。结论:溃疡性结肠炎患者与健康对照者基因表达存在明显差异,分析这些差异表达基因有助于我们探索溃疡性结肠炎的发病机制,为疾病的治疗提供理论依据。 展开更多
关键词 溃疡性结肠炎 基因表达芯片 差异表达基因
基于基因表达谱芯片杂交分析免疫前后七鳃鳗白细胞的基因表达差异 预览
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作者 赵春晖 史金杰 +3 位作者 王丹 王浩 刘欣 李庆伟 《辽宁师范大学学报:自然科学版》 CAS 2015年第4期507-516,共10页
七鳃鳗作为现存的圆口纲无颌类脊椎动物的代表,已成为研究脊椎动物适应性免疫系统起源和进化的新型模式生物.为筛选七鳃鳗白细胞中免疫防卫相关基因,利用人基因芯片分析脂多糖(LPS)免疫七鳃鳗前后白细胞中基因的差异表达.研究结果表... 七鳃鳗作为现存的圆口纲无颌类脊椎动物的代表,已成为研究脊椎动物适应性免疫系统起源和进化的新型模式生物.为筛选七鳃鳗白细胞中免疫防卫相关基因,利用人基因芯片分析脂多糖(LPS)免疫七鳃鳗前后白细胞中基因的差异表达.研究结果表明:免疫后七鳃鳗白细胞中共有155条差异表达基因,其中,上调的基因共92条,下调的基因共63条,涉及细胞生长分化、信号转导、细胞代谢、免疫防卫、细胞凋亡、增殖等多个方面.本研究首次应用人基因表达谱芯片杂交分析免疫前后七鳃鳗白细胞的基因表达差异,为探索无颌类免疫应答机制提供新的有价值的线索. 展开更多
关键词 七鳃鳗 基因表达芯片 免疫防卫 基因表达
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非肥胖性糖尿病小鼠在1型糖尿病发病过程中的基因表达谱改变 预览
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作者 李敏 宋陆军 +3 位作者 高晓东 常文举 付亮 秦新裕 《中国临床医学》 2015年第1期15-18,共4页
目的:用基因表达谱芯片检测非肥胖性糖尿病(non-obese diabetic,NOD)小鼠在1型糖尿病(T1DM)发病过程中的基因表达。方法:分离T1DM未发病及发病NOD小鼠的胰岛细胞,提取其总RNA后,与瑞士Roche NimbleGen公司的12×135K基因表达... 目的:用基因表达谱芯片检测非肥胖性糖尿病(non-obese diabetic,NOD)小鼠在1型糖尿病(T1DM)发病过程中的基因表达。方法:分离T1DM未发病及发病NOD小鼠的胰岛细胞,提取其总RNA后,与瑞士Roche NimbleGen公司的12×135K基因表达谱芯片杂交。采用NimbleScan软件分析表达数据。结果:未发病NOD小鼠组和发病NOD小鼠组共有1007个差异表达基因。基因本体(gene ontology,GO)分析显示,在生物学过程方面,上调基因中87.7%与代谢相关,下调基因中18.97%与代谢相关;在细胞组分方面,29.20%的上调基因与细胞及细胞成分相关,78.08%的下调基因与细胞骨架、微管细胞骨架相关;在分子功能方面,84.07%的上调基因与结合有关,30.77%下调基因与水解酶活性相关。Pathway分析显示,上调的信号通路主要为黏蛋白型O聚糖合成信号通路,下调的信号通路主要为血管加压素信号通路。结论:T1DM发病NOD小鼠和未发病NOD小鼠的胰岛细胞的基因表达水平有明显差异。 展开更多
关键词 小鼠 1型糖尿病 基因表达芯片
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3-'大豆苷元磺酸钠对脑缺血/再灌注损伤基因表达谱的影响 预览 被引量:2
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作者 曾靖 袁娲 +5 位作者 肖海 黄志华 胡晓鹏 黎晓 李洪亮 李良东 《赣南医学院学报》 2015年第1期9-13,共5页
目的:应用基因表达谱芯片技术筛查3'-大豆苷元磺酸钠干预下脑缺血/再灌注损伤的大鼠大脑组织的差异表达基因,对3'-大豆苷元磺酸钠的脑缺血再灌注损伤保护作用的分子机制的探讨。方法:健康雄性SD大鼠9只,随机分成3组,(A)假手... 目的:应用基因表达谱芯片技术筛查3'-大豆苷元磺酸钠干预下脑缺血/再灌注损伤的大鼠大脑组织的差异表达基因,对3'-大豆苷元磺酸钠的脑缺血再灌注损伤保护作用的分子机制的探讨。方法:健康雄性SD大鼠9只,随机分成3组,(A)假手术对照组,(B)脑缺血再灌注损伤模型组,(C)脑缺血再灌注损伤模型+2 mg·kg-13'-大豆苷元磺酸钠组。每组3只,各组于缺血后10 min,A、B组按0.1 mL·100 g-1体重于舌下静脉注射生理盐水,C组从舌下静脉注射2 mg·kg-13'-大豆苷元磺酸钠。缺血90 min,再灌注24 h后,迅速取损伤侧脑组织于液氮中保存。按试剂盒说明,提取样品总RN A。部分总RN A送上海博星基因芯片有限责任公司进行基因芯片检测。结果:全基因表达谱芯片技术分析3'-大豆苷元磺酸钠对脑缺血再灌注损伤的保护作用与以下几个通道有关:NGF、Apoptotic execution phase、Exocytosis of Alpha granule、Amino acid and oligopeptide SLC transporters、Class A/1(Rhodopsin-like receptors)、RNA Polymerase I Transcription Initiation、p75 NTR receptor-mediated signalling、Cell death signalling via NRAGE,NRIF and NADE、Apoptotic cleavage of cellular proteins、Signaling by GPCR、Tachykinin receptors bind tachykinins、Metabolism of amino acids、Response to elevated platelet cytosolic Ca^2+、Dissolution of Fibrin Clot、Amino acid transport across the plasma membrane。基因表达谱芯片分析表明3'-大豆苷元磺酸钠能够显著改变1869个基因mRNA的量,其中mRNA的量上调的有1084个基因,下调的有785个基因。这些差异表达基因的功能涉及多个方面,如细胞凋亡调控基因、氧化应激基因、炎症相关基因、神经生长基因等。结论:3'-大豆苷元磺酸钠的保护作用是通过多基因、多通道、多层次来实现的。 展开更多
关键词 3'-大豆苷元磺酸钠 脑缺血/再灌注损伤 基因表达芯片
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应用基因表达谱芯片技术研究Rituximab的耐药机制
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作者 潘梅芳 岑洪 +1 位作者 谭晓虹 王明月 《中国癌症防治杂志》 2015年第3期182-187,共6页
目的:应用基因表达谱芯片技术检测Rituximab耐药细胞株差异表达基因、富集信号通路及相关生物学行为,初步探讨Rituximab的耐药机制。方法成功构建Rituximab耐药B细胞性非霍奇金淋巴瘤细胞株Jeko-1/R和Raji/R,应用基因表达谱芯片技术... 目的:应用基因表达谱芯片技术检测Rituximab耐药细胞株差异表达基因、富集信号通路及相关生物学行为,初步探讨Rituximab的耐药机制。方法成功构建Rituximab耐药B细胞性非霍奇金淋巴瘤细胞株Jeko-1/R和Raji/R,应用基因表达谱芯片技术检测耐药细胞株与亲本细胞株的差异表达基因,用KEGG数据库及DAVID软件进行生物信息学分析。结果在两株Rituximab耐药细胞株中,同为上调和同为下调表达的差异基因分别有70个和42个;KEGG通路分析提示Rituximab耐药细胞与亲本细胞相比,MAPK信号通路呈富集;基因本体论(gene ontology,GO)分析提示耐药细胞生物学行为表现主要集中在抗凋亡、促增殖、促血管发育等方面。结论与Rituximab耐药关系最密切的通路可能为MAPK信号通路,其机制可能是Rituximab激活MAPK信号通路后抑制肿瘤细胞凋亡,促进肿瘤细胞增殖及促进肿瘤血管发育,这为预测Rituximab耐药及逆转耐药提供了理论±据。 展开更多
关键词 淋巴瘤 RITUXIMAB 药物耐药 基因表达芯片 MAPK信号通路 生物信息学
新疆维吾尔族宫颈癌全基因组表达谱分析及与宫颈癌相关的信号通路的筛选 被引量:2
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作者 朱明玥 隋霜 +1 位作者 玛依努尔·尼牙孜 陈帆 《中国妇幼保健》 CAS 北大核心 2014年第32期5233-5238,共6页
目的:探讨宫颈癌分子机制和特定标记物及与宫颈癌相关的信号通路,能有效地预防和治疗宫颈癌并改善预后。方法:本研究采用人寡核苷酸芯片筛选维吾尔族宫颈癌与正常宫颈差异表达基因,并进行基因本体论分析及KEGG信号通路分析。结果:与... 目的:探讨宫颈癌分子机制和特定标记物及与宫颈癌相关的信号通路,能有效地预防和治疗宫颈癌并改善预后。方法:本研究采用人寡核苷酸芯片筛选维吾尔族宫颈癌与正常宫颈差异表达基因,并进行基因本体论分析及KEGG信号通路分析。结果:与正常宫颈相比,共筛选到新疆维吾尔族宫颈癌中差异表达基因2 758个,其中上调基因1326个,下调基因1432个,分属不同的通路。结论:宫颈癌的发生需要多基因的参与,mTOR信号通路、Hedgehog信号通路和Toll样受体信号通路与宫颈癌发生有关。 展开更多
关键词 宫颈癌 基因表达芯片 信号通路
基因表达谱芯片技术进展及其在中药网络药理学研究中的应用 被引量:3
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作者 刘庆山 陈小玉 庄述娟 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期502-504,共3页
近年来网络药理学为阐明中药复杂化学体系与复杂生物系统的相互作用提供了新的思路,然而由于相关研究所需信息量大,传统的分子生物学技术已难以达到研究需要。全转录组表达谱芯片通过对基因表达进行高通量检测和分析,为中药复杂体系... 近年来网络药理学为阐明中药复杂化学体系与复杂生物系统的相互作用提供了新的思路,然而由于相关研究所需信息量大,传统的分子生物学技术已难以达到研究需要。全转录组表达谱芯片通过对基因表达进行高通量检测和分析,为中药复杂体系的作用机制研究提供重要技术支持。文章介绍了基因芯片技术在网络药理学的最新应用进展,以白脉散有效成分组研究为例,介绍了表达谱芯片技术的基本应用方法,分析了表达谱芯片技术在中药网络药理学研究中应用的前景。 展开更多
关键词 中药 网络药理学 生物网络机制 基因表达芯片
表达芯片筛选类风湿关节炎特异表达基因 被引量:2
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作者 岳龙涛 张伟 +2 位作者 郑亚冰 刘文波 常晓天 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期899-904,共6页
为了寻找类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)新的特异性表达标记物,应用基因芯片对RA、骨关节炎(osteoarthritis,OA)和强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)患者关节滑膜组织的基因表达谱进行比较,并采用实时定量PCR方法... 为了寻找类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)新的特异性表达标记物,应用基因芯片对RA、骨关节炎(osteoarthritis,OA)和强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)患者关节滑膜组织的基因表达谱进行比较,并采用实时定量PCR方法对芯片结果进行验证.全基因组表达芯片的结果显示,与OA滑膜组织及AS滑膜组织相比,在RA患者的滑膜组织中,CD38,ANKRD38,E2F2,CFDP1,CD7,ISG20和IL2RG基因表达异常;实时定量PCR结果证实,RA患者滑膜组织中,CD38、E2F2和IL2RG基因表达明显增高. 展开更多
关键词 类风湿关节炎 基因表达芯片 CD38 IL2RG E2F2
水稻Os09g29390基因冷胁迫表达模式及亚细胞定位分析 预览
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作者 孙中文 贾蓓 +3 位作者 柏锡 才华 纪巍 朱延明 《塔里木大学学报》 2013年第2期14-21,共8页
为了研究水稻Ds猡乒妇鲴基因在冷胁迫条件下的功能,以水稻苗期冷胁迫基因表达谱芯片中编码水稻质体蓝素类蛋白(Plastocyanin like protein)的下调表达基因OsOgg29390为研究对象,对Os09390基因进行冷胁迫下表达特性分析、同源性分析... 为了研究水稻Ds猡乒妇鲴基因在冷胁迫条件下的功能,以水稻苗期冷胁迫基因表达谱芯片中编码水稻质体蓝素类蛋白(Plastocyanin like protein)的下调表达基因OsOgg29390为研究对象,对Os09390基因进行冷胁迫下表达特性分析、同源性分析及亚细胞定位分析。结果表明,OsOgg29390基因在冷胁迫处理下表现为下调表达模式;氨基酸相似性分析与保守结构域分析显示,OsOgg29390基因与其同源基因的氨基酸编码序列具有一个保守的铜结合位点;将osOgg29390基因与增强型绿色荧光蛋白(eGFP)融合,转化烟草原生质体,结果:OsO9929390基因定位于细胞叶绿体中。以上结果初步阐明该基因在冷胁迫下的表达特性及作用位点,为以后更深入的研究该基因的功能提供了指导。 展开更多
关键词 基因表达芯片 亚细胞定位 表达模式 冷胁迫 水稻 增强型绿色荧光蛋白 烟草原生质体 表达特性
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