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乳腺癌增强子-miRNA调控网络识别与分析 认领
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作者 钱明明 谭政堂 +3 位作者 王文著 李昶蓥 邱正良 郭志云 《生命科学研究》 CAS 2021年第1期64-69,共6页
乳腺癌发病率位列女性恶性肿瘤之首。先前研究表明增强子可通过调控miRNA影响肿瘤的发生发展。然而,增强子与miRNA在乳腺癌中形成何种调控网络目前尚不清楚。为了探究乳腺癌中增强子与miRNA形成的调控网络,通过分析112个乳腺浸润癌样本... 乳腺癌发病率位列女性恶性肿瘤之首。先前研究表明增强子可通过调控miRNA影响肿瘤的发生发展。然而,增强子与miRNA在乳腺癌中形成何种调控网络目前尚不清楚。为了探究乳腺癌中增强子与miRNA形成的调控网络,通过分析112个乳腺浸润癌样本和104个正常组织样本,共识别了220对增强子-miRNA调控关系,其中包括220个增强子、56个乳腺癌失调miRNAs。生存分析表明, 6个miRNAs (hsa-mir-195、hsa-mir-671、hsa-mir-3619、hsa-mir-4664、hsa-mir-5003、hsa-mir-5691)的表达水平显著与乳腺浸润癌患者的生存时间相关。进一步的GO/KEGG功能富集分析显示,这6个miRNAs的靶基因显著富集在癌症相关生物学进程与信号通路上。对这6个miRNAs的靶基因进行驱动基因与网络分析,共识别了6个网络关键节点,其中TP53、CCNE2的基因显著与乳腺浸润癌患者的生存时间相关。以上结果为探索增强子与miRNA在乳腺癌中的调控机制提供了理论与方法基础。 展开更多
关键词 癌症基因组图谱(TCGA) 乳腺癌 增强子 微RNA(miRNA)
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增强子的鉴定及其在肿瘤研究中的应用 认领
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作者 刘倩 李春燕 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期817-831,共15页
增强子是一类增强靶基因转录活性的DNA顺式作用元件。但是增强子与靶基因的方向和距离不确定,大大增加了研究增强子调控的靶基因及其作用机制的困难。已有大量研究显示,增强子的突变或功能异常与疾病发生发展相关;仅有少量研究报道增强... 增强子是一类增强靶基因转录活性的DNA顺式作用元件。但是增强子与靶基因的方向和距离不确定,大大增加了研究增强子调控的靶基因及其作用机制的困难。已有大量研究显示,增强子的突变或功能异常与疾病发生发展相关;仅有少量研究报道增强子通过促进靶基因的表达,引发癌症或产生抗药性。目前与癌症发生发展和在癌症治疗过程中抗药性产生相关的增强子尚未得到充分鉴定,这些增强子的调控机制也未得到充分解析。本文对目前可在全基因组水平上预测和鉴定增强子以及解析增强子调控机制的方法进行总结和对比,并对近几年增强子在肿瘤诊断、治疗和发生发展机制中的研究进展进行综述。期望本文为筛选与癌症发生发展相关的增强子和解析这些增强子的调控机制提供参考,为提高癌症的诊断和制定癌症的治疗策略提供新的视角。 展开更多
关键词 增强子 超级增强子 鉴定 肿瘤
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乳腺癌中p53调控增强子的特征与功能分析 认领
3
作者 张茵 王文著 +3 位作者 谭政堂 李昶蓥 岳俊杰 郭志云 《生命科学研究》 CAS CSCD 2020年第6期476-483,共8页
先前研究表明p53可参与增强子调控并影响染色体可及性。然而,在乳腺癌中结合p53的增强子特征以及p53与增强子形成的调控网络尚不清楚。为此,通过整合多组学数据,共识别MCF-7细胞中459个p53调控的增强子(Enhp53)。通过比较发现,Enhp53的... 先前研究表明p53可参与增强子调控并影响染色体可及性。然而,在乳腺癌中结合p53的增强子特征以及p53与增强子形成的调控网络尚不清楚。为此,通过整合多组学数据,共识别MCF-7细胞中459个p53调控的增强子(Enhp53)。通过比较发现,Enhp53的表达量以及组蛋白修饰信号H3K4me1、H3K4me2、H3K4me3、H3K9ac、H3K27ac均显著高于未结合p53的增强子(Enhno-p53)。通过分析76种转录因子的ChIP-seq数据,共发现了36个与p53协同调控增强子的转录因子,如GATA3、FOXA1以及DPF2。通过分析MCF-7细胞在Nutlin处理前后的RNA-seq数据,在近端调控和远端调控两个层面上共识别了148对Enhp53-mRNAs,其中FOS基因受两个增强子调控并显著影响乳腺癌患者的总生存时间。功能富集分析发现,Enhp53靶基因在DNA损伤、细胞凋亡以及p53介导的肿瘤信号通路中显著富集。上述结果表明Enhp53与Enhno-p53的特征具有显著差异,且p53通过协同其他转录因子共同结合在Enhp53上从而参与乳腺癌的生物进程与信号通路。 展开更多
关键词 P53 增强子 乳腺癌 转录因子
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组织特异性增强子调控SOX9基因表达的研究进展 认领
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作者 陈启铭 代杰文 卞迁 《口腔颌面外科杂志》 CAS 2020年第6期405-408,共4页
SOX9(SRY-related high-mobility-group-box gene 9)作为在软骨、颅颌面及性腺发育中的重要基因,在不同组织中的表达受到精细的调控。既往研究揭示了SOX9非编码区域的染色体结构异常同软骨发育障碍、颅颌面畸形、性别反转等表型相关,且S... SOX9(SRY-related high-mobility-group-box gene 9)作为在软骨、颅颌面及性腺发育中的重要基因,在不同组织中的表达受到精细的调控。既往研究揭示了SOX9非编码区域的染色体结构异常同软骨发育障碍、颅颌面畸形、性别反转等表型相关,且SOX9基因上游不同区段内包含组织特异性调控其表达的增强子元件,如E84、E195、E250、RCSE等与SOX9在软骨组织的表达相关。E3、F2等增强子负责调控SOX9在颅颌面组织中的表达,而Enh13、TES等则为SOX9的性腺特异性增强子。通过染色质构象捕获、染色质开放性分析、种属间保守性分析等方法,可发掘更多调控SOX9在不同组织中表达的增强子。结合功能研究,有望进一步深入阐明组织特异性增强子在调控SOX9基因表达和疾病发生中的作用机制。 展开更多
关键词 SOX9 增强子 软骨发育 颅颌面发育 性别决定
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细胞凋亡反应中NOXA基因启动子发挥增强子功能调节BCL2基因表达 认领
5
作者 秦中勇 石晓 +5 位作者 曹平平 褚鹰 管蔚 杨楠 程禾 孙玉洁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期1110-1121,共12页
真核生物基因的转录受到近端启动子和远端增强子的共同调控,部分基因的启动子可兼具有增强子的活性。NOXA与BCL2分别是BCL2蛋白家族促凋亡和抗凋亡成员。本课题组前期研究发现,NOXA基因启动子与BCL2基因启动子在染色质三维空间结构上存... 真核生物基因的转录受到近端启动子和远端增强子的共同调控,部分基因的启动子可兼具有增强子的活性。NOXA与BCL2分别是BCL2蛋白家族促凋亡和抗凋亡成员。本课题组前期研究发现,NOXA基因启动子与BCL2基因启动子在染色质三维空间结构上存在相互作用,且NOXA基因启动子区兼有启动子和增强子特征性的组蛋白修饰标记。为进一步探究NOXA启动子是否具有增强子活性、能否在细胞凋亡过程中作为增强子调控BCL2基因表达,本研究利用染色质构象捕获(chromosome conformation capture,3C)、实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)和荧光素酶报告基因等检测技术在喜树碱诱导的MCF-7细胞凋亡模型中证实,NOXA启动子兼具增强子活性,并可通过形成染色质环结构远程调控BCL2基因表达。NOXA启动子的调控属性与凋亡信号强弱密切相关,在较弱凋亡信号刺激下(1μmol/L喜树碱处理),NOXA启动子主要发挥增强子功能;随着凋亡刺激信号的加强(10μmol/L喜树碱处理),NOXA启动子活性增强,主要调控其基因自身的表达,促进细胞凋亡。染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)证实NOXA启动子区启动子活性和增强子活性的动态变化与其组蛋白修饰标志一致。本研究为进一步探讨BCL2家族成员对细胞凋亡刺激做出协同反应的机制提供了新的线索。 展开更多
关键词 NOXA启动子 增强子 双重调控功能 BCL2基因 细胞凋亡
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肝癌增强子-miRNA调控作用对的识别与特征分析 认领
6
作者 唐飞 王文著 +1 位作者 郎梅 郭志云 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期781-786,共6页
目的:探讨肝癌和正常肝组织中增强子与miRNA形成的调控关系及调控miRNA的增强子的特征,筛选出由增强子调控的差异表达miRNA并探讨其与肝癌治疗靶点的相关性。方法:基于TCGA与FANTOM5数据库,对肝癌和正常肝组织中共417个样本的增强子与mi... 目的:探讨肝癌和正常肝组织中增强子与miRNA形成的调控关系及调控miRNA的增强子的特征,筛选出由增强子调控的差异表达miRNA并探讨其与肝癌治疗靶点的相关性。方法:基于TCGA与FANTOM5数据库,对肝癌和正常肝组织中共417个样本的增强子与miRNA进行共表达与3D基因组分析得到调控关系。通过ENCODE数据库中肝癌与正常肝组织的组蛋白修饰与转录因子的ChIP-seq数据分析调控miRNA的增强子上信号值的差异。筛选由增强子调控的差异表达的miRNA,并对患者的生存期与治疗靶点进行相关性分析。结果:在肝癌与正常肝组织中分别识别增强子-miRNA作用对93对和40对。ChIP-seq数据比对分析发现,肝癌中组蛋白修饰H3K27ac、H3K4me1和H3K4me3信号在调控miRNA增强子区域显著高于不调控miRNA的增强子区域(|rho|>0.3,P<0.05);多种转录因子在肝癌相关增强子中的富集显著低于正常肝组织(|rho|>0.3,P<0.05)。对增强子调控的miRNA进行差异表达分析,识别了6个与肝癌患者生存相关miRNA(hsa-miR-4664、hsa-miR-5003、hsa-miR-1915、hsa-miR-3619、hsa-miR-4745、hsa-miR-6728),发现这些miRNA与87个用于靶向治疗的基因以及8个免疫检查点基因显著相关(|rho|>0.1,FDR<0.05)。结论:成功在肝癌中识别出增强子-miRNA调控作用对与调控miRNA的增强子的特征,并筛选出由增强子调控的与肝癌患者生存和治疗靶点相关的miRNA,为后续深入开展肝癌的基础与临床研究提供了参考依据。 展开更多
关键词 增强子 微小RNA 转录因子 肝癌
生物信息学方法预测增强子及其作用位点综述 认领
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作者 章天骄 王亚东 《智能计算机与应用》 2020年第3期1-6,13,共7页
对于多细胞真核生物来说,细胞的特异性功能是十分重要的。这就要求在相同遗传物质的基础上,细胞能够通过不同的基因表达模式来适应环境的变化。基因表达调控的因素有很多,近年来随着对基因组非编码区的研究,发现了一些非编码的DNA序列... 对于多细胞真核生物来说,细胞的特异性功能是十分重要的。这就要求在相同遗传物质的基础上,细胞能够通过不同的基因表达模式来适应环境的变化。基因表达调控的因素有很多,近年来随着对基因组非编码区的研究,发现了一些非编码的DNA序列对于基因表达调控具有重要意义。增强子是对基因表达调控具有重要作用的非编码序列元件之一。一些增强子能够通过转录产生具有调控功能的RNA,也被称为增强子RNA(enhancer RNA,eRNA)。因此对于增强子的序列特征、作用位点以及在特定时间和特定组织中表达模式的研究成为了基因表达调控领域的一个重要问题。 展开更多
关键词 增强子 eRNA 基因表达调控
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超声处理对PRC2相关蛋白染色质免疫共沉淀测序结果的影响 认领
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作者 杨根生 焦芳芳 +1 位作者 吕瑞途 郭睿 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期341-352,共12页
超声处理是染色质免疫共沉淀(Chromatin immunoprecipitation,Ch IP)实验过程中染色质片段化的重要手段之一。选用多梳抑制复合物2 (Polycomb repressive complex 2,PRC2)相关蛋白组蛋白甲基转移酶EZH2及其催化产物H3K27me3为代表,研究... 超声处理是染色质免疫共沉淀(Chromatin immunoprecipitation,Ch IP)实验过程中染色质片段化的重要手段之一。选用多梳抑制复合物2 (Polycomb repressive complex 2,PRC2)相关蛋白组蛋白甲基转移酶EZH2及其催化产物H3K27me3为代表,研究不同分子量大小的蛋白在不同超声处理时间下对染色质免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation sequencing,Ch IP-seq)实验的影响,结果表明在启动子区或非启动子区,不同超声时间下小分子量组蛋白H3K27me3结合位点的注释基因均无明显差异,说明超声时间对组蛋白Ch IP-seq数据影响不大。与组蛋白不同,超声时间从10 min延长至20 min后启动子区EZH2新增结合位点的注释基因能够显著聚类在与肌动蛋白丝组装等相关通路上。超声20min相比10min,非启动子区EZH2新增基因的GO(Gene ontology)聚类通路要远多于丢失基因,且超声30 min相比20 min,非启动子区丢失基因的GO聚类通路要远多于新增基因,这些通路大多与RNA聚合酶Ⅱ(RNApolymeraseⅡ,RNAPII)、器官发育、细胞形态发生相关。这表明超声时间不足或过长均会导致EZH2的基因组定位信息的不全。另外,超声主要影响启动子区中的PRC2非结合区域及二价启动子区域的EZH2结合位点,还影响非启动子区中PRC2结合区域、PRC2不结合区域以及活化态增强子区域的EZH2结合位点。综上,建议对大分子量的染色质修饰相关蛋白优化超声处理时间,使形成的染色质片段聚集在100–500 bp可获得比较全面的基因组信息。对小分子量的组蛋白来说,超声时间对Ch IP-seq结果影响不大。 展开更多
关键词 超声时间 染色质片段化 EZH2 PRC2 启动子 增强子
超级增强子在肿瘤研究中的进展 认领 被引量:3
9
作者 吴志强 米泽云 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期41-51,共11页
超级增强子是由多个相邻近的普通增强子组成的、驱动调控细胞身份基因表达的一个大簇,该区域富集高密度的转录因子、辅因子及增强子相关表观修饰。超级增强子所驱动的异常转录基因对维持肿瘤细胞特性至关重要。肿瘤细胞通过组装自身超... 超级增强子是由多个相邻近的普通增强子组成的、驱动调控细胞身份基因表达的一个大簇,该区域富集高密度的转录因子、辅因子及增强子相关表观修饰。超级增强子所驱动的异常转录基因对维持肿瘤细胞特性至关重要。肿瘤细胞通过组装自身超级增强子,显著促进多种癌基因表达,从而增强肿瘤细胞的增殖、侵袭和转移的能力;抑制超级增强子的活性,则显著抑制肿瘤细胞的生长和存活。本文对目前报道的肿瘤细胞中超级增强子的结构特征和功能调控,以及靶向超级增强子药物研发现状进行了总结,旨在为研发新的针对超级增强子为靶点的抗肿瘤药物提供理论基础和借鉴。 展开更多
关键词 增强子 超级增强子 转录 癌症
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增强子预测及靶向测序技术研究进展 认领 被引量:1
10
作者 王锦 赵正伟 +1 位作者 马丽娜 马青 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期1308-1315,共8页
增强子在传统上被定义为不依赖转录方向及与目标启动子的相对位置来调控一个或多个基因转录的基因组顺式调控序列,其活性对生长发育、基因表达多样性、进化及人类疾病发生起到关键的调控作用,因此,了解增强子的功能特性不仅有利于理解... 增强子在传统上被定义为不依赖转录方向及与目标启动子的相对位置来调控一个或多个基因转录的基因组顺式调控序列,其活性对生长发育、基因表达多样性、进化及人类疾病发生起到关键的调控作用,因此,了解增强子的功能特性不仅有利于理解基因表达的时空特异性,也有助于最终揭示细胞分化、物种进化及非编码区域变异导致疾病等关键的生物学问题。随着高通量测序技术的快速发展,增强子的预测鉴定、识别及功能注释的方法和工具也呈现出多样性,包括序列基序分析、转录因子和辅因子的体内结合位点、特征染色质和组蛋白修饰、大规模并行增强子分析,以及CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)相关技术。文章就高通量测序技术在全基因组水平上利用调节因子结合位点、染色质可接近性、组蛋白修饰、增强子与启动子的相互作用、增强子RNAs(eRNAs)和体外荧光素酶等技术对增强子鉴定、识别、预测的6种方法进行了综述,并就如何利用基因编辑技术靶向研究增强子进行了详细阐述,最后展望了全基因组水平上的增强子研究和个体研究增强子的作用,并详细描述了靶向预测增强子的方法,比较了每种方法的优势和局限性,为深入开展该领域的研究工作提供参考。 展开更多
关键词 增强子 高通量测序 靶向测序 CRISPR
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增强子功能鉴定及其在农业动物中的研究进展 认领 被引量:1
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作者 谢骏辉 孙艳 +2 位作者 王昇 田小欢 曹建华 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2019年第7期1395-1400,共6页
真核生物的基因转录受多种元件共同调控,其中增强子是重要的顺式作用元件,能够极大促进基因的转录。增强子的功能与细胞、组织、个体的特异性功能或表型密切相关,其异常功能往往导致性状改变和疾病发生。因此,研究增强子的功能对于揭示... 真核生物的基因转录受多种元件共同调控,其中增强子是重要的顺式作用元件,能够极大促进基因的转录。增强子的功能与细胞、组织、个体的特异性功能或表型密切相关,其异常功能往往导致性状改变和疾病发生。因此,研究增强子的功能对于揭示表型背后的分子机理具有十分重要的生物学意义,对于农业动物科学显得尤为重要。本文就增强子的特性、鉴定方法、活性检测以及在农业动物研究中的进展进行综述,以期能够对增强子的相关研究提供依据和参考。 展开更多
关键词 增强子 功能鉴定 农业动物
斜纹夜蛾核型多角体病毒Ⅱ型同源重复区的增强子功能分析 认领 被引量:1
12
作者 刘惠芬 刘文光 +3 位作者 衣葵花 张志芳 李云芝 郭光 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期537-541,共5页
斜纹夜蛾核型多角体病毒Ⅱ型(SpltNPVⅡ)基因组DNA含有7个同源重复区(hr)。采用脂质体介导转染法和瞬时表达实验对7个hr在异源病毒感染的BmN和Sf21细胞中增强异源ie1启动子转录活性的功能进行分析。结果表明,除hr5外,SpltNPVⅡhr均能增... 斜纹夜蛾核型多角体病毒Ⅱ型(SpltNPVⅡ)基因组DNA含有7个同源重复区(hr)。采用脂质体介导转染法和瞬时表达实验对7个hr在异源病毒感染的BmN和Sf21细胞中增强异源ie1启动子转录活性的功能进行分析。结果表明,除hr5外,SpltNPVⅡhr均能增强BmNPV ie1启动子的转录活性,其中hr1、hr4和hr7增强效率较高,为对照的30~40倍;7个hr均能显著增强AcMNPV ie1启动子的转录活性,其中hr7增强效率高达1 246倍,其余增强效率在17~538倍之间。另外,SpltNPVⅡhr增强异源ie1启动子转录活性的效率与其所含的正反向重复序列、回文序列以及与复制相关的基序等特征结构的数目存在显著的正相关。 展开更多
关键词 斜纹夜蛾核型多角体病毒 同源重复区 增强子
CaMV35S启动子及其在转基因作物中的应用和检测 认领 被引量:5
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作者 汤婷 谢实龙 +3 位作者 祝旋 徐俊锋 唐俊 汪小福 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期161-170,共10页
花椰菜花叶病毒35S启动子(CaMV35S)是植物基因工程中应用最广泛的启动子之一,它在转基因植物的安全评价及检测研究中具有重要意义。了解CaMV35S启动子的起源及其发展情况,是开展转基因安全评价和检测的前提。文章对CaMV35S启动子的发展... 花椰菜花叶病毒35S启动子(CaMV35S)是植物基因工程中应用最广泛的启动子之一,它在转基因植物的安全评价及检测研究中具有重要意义。了解CaMV35S启动子的起源及其发展情况,是开展转基因安全评价和检测的前提。文章对CaMV35S启动子的发展历史及其结构、功能作了简要描述,分析总结了CaMV35S启动子在转基因作物中的应用情况和目前对其相应的检测方法。针对目前在转基因作物中检测CaMV35S启动子存在的问题,认为今后转基因相关作物的序列信息及检测数据需要交流和共享,同时各个检测机构或实验室之间需要展开数据共享与共同验证,从而建立针对CaMV35S启动子的相对统一的标准检测方法。 展开更多
关键词 CaMV35S启动子 转基因作物 增强子 PCR
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斜纹夜蛾气味结合蛋白基因GOBP2转录调控区的克隆及活性分析 认领
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作者 韩琪 胡波 +1 位作者 李升云 董双林 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1059-1066,共8页
[目的]本文旨在鉴定重要农业害虫斜纹夜蛾(Spodoptera litura)气味结合蛋白基因GOBP2的顺式作用元件,为揭示GOBP2的转录调控机制和开发基于嗅觉干扰的害虫防治技术奠定基础。[方法]利用5′RACE技术克隆GOBP2的5′UTR,确定转录起始位点;... [目的]本文旨在鉴定重要农业害虫斜纹夜蛾(Spodoptera litura)气味结合蛋白基因GOBP2的顺式作用元件,为揭示GOBP2的转录调控机制和开发基于嗅觉干扰的害虫防治技术奠定基础。[方法]利用5′RACE技术克隆GOBP2的5′UTR,确定转录起始位点;利用染色体步移技术(chromosome walking)克隆GOBP2的5′侧翼区,并利用在线网站预测转录因子结合位点;利用PCR克隆GOBP2的5′侧翼区逐步缺失片段,并构建到pGL3-Basic载体上;将各重组载体分别转染Sf9细胞,48 h后收获细胞并利用双荧光素酶报告系统检测转录活性。[结果]获得斜纹夜蛾GOBP2长23 bp的5′UTR,由此确定GOBP2的转录起始位点。通过染色体步移获得斜纹夜蛾GOBP2的5′端调控区2 025 bp的序列,发现启动子的典型TATA框;针对-1 000 bp序列的转录活性分析表明,最强转录活性区域位于-243~-207 bp,具有1个增强子;此外,在-971~-891 bp及-890~-811 bp各有1个增强子,在-244~-315 bp存在1个沉默子。[结论]获得斜纹夜蛾GOBP2的转录起始位点及顺式作用元件,为进一步研究GOBP2的转录调控机制奠定了基础。 展开更多
关键词 斜纹夜蛾 气味结合蛋白 双荧光素酶报告基因检测 启动子 增强子 沉默子
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肝癌中增强子调控miRNA前馈环路的识别与功能分析 认领 被引量:1
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作者 常允建 康冉 +3 位作者 薛璇 王韶畅 赵庆文 郭志云 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期140-145,共6页
先前研究表明前馈环路(Feed-forward loops,FFLs)作为重要的网络单元在肿瘤疾病的发生发展中起着重要作用。microRNA(miRNA)、增强子、转录因子三类调控元件已被文献证实与肝肿瘤密切相关,然而三者形成何种FFL以及在肝癌中的特征目前并... 先前研究表明前馈环路(Feed-forward loops,FFLs)作为重要的网络单元在肿瘤疾病的发生发展中起着重要作用。microRNA(miRNA)、增强子、转录因子三类调控元件已被文献证实与肝肿瘤密切相关,然而三者形成何种FFL以及在肝癌中的特征目前并不清楚。基于肝癌细胞HepG2的DNase高敏位点以及H3K4me1、H3K27ac、H3K4me3三类组蛋白修饰信息的ChIP-seq数据识别了5 055个肝癌特异的增强子。此外,基于超几何检验及元件调控关系识别了2 070个TF-enhancer-miRNA FFL并对其中miRNA的靶基因进行了GO与KEGG功能富集分析。富集结果显示FFL中miRNA的靶基因显著富集于肿瘤或肝癌相关信号通路与生物进程。其中hsa-miR-574参与了99个FFL且在HepG2细胞中高表达,显著富集于已知的与抑制肝癌细胞增殖相关的cAMP信号通路。初步探讨了以增强子-miRNA为核心的FFL在肝细胞癌中的特征与功能,有望为基于网络模体为单位的肝肿瘤标志物识别奠定理论与数据基础。 展开更多
关键词 增强子 MIRNA 前馈环路 肝癌 转录因子
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肺腺癌增强子调控miRNA前馈环路的识别与功能分析 认领
16
作者 李志学 梁子涵 +3 位作者 贾承霖 漆宇骋 岳俊杰 郭志云 《生物技术通讯》 CAS 2019年第6期740-745,共6页
目的:先前研究表明前馈环路作为重要的调控模式广泛参与肿瘤调控。通过整合多组学数据,阐明肺腺癌转录因子(TF)-增强子-miRNA这一新的前馈环路模式,以期为肺癌的潜在肿瘤标志物识别与相关研究提供理论与方法依据。方法:基于增强子数据库... 目的:先前研究表明前馈环路作为重要的调控模式广泛参与肿瘤调控。通过整合多组学数据,阐明肺腺癌转录因子(TF)-增强子-miRNA这一新的前馈环路模式,以期为肺癌的潜在肿瘤标志物识别与相关研究提供理论与方法依据。方法:基于增强子数据库HACER,获取肺腺癌组织特异性增强子并识别TF-增强子、增强子-miRNA、TFmiRNA作用关系,利用超几何检验构建TF-增强子-miRNA前馈环路。通过mirTarBase数据库获取前馈环路的靶基因,分别对靶基因进行GO和KEGG功能富集分析,并对前馈环路的关键基因进行生存分析。筛选前馈环路关键miRNA,并对关键miRNA进行基因调控网络分析。结果:共识别了36条TF-增强子-miRNA前馈环路,功能富集结果显示肺腺癌前馈环路涉及的高表达miRNA(hsa-miR-6734、hsa-miR-210、hsa-miR-4677和hsa-let-7i)在细胞周期、细胞分化、能量代谢和糖代谢等方面具有重要功能,并显著富集于细胞增殖相关的糖代谢与氨基酸代谢通路中。生存分析结果表明前馈环路的多效靶基因TP53、CREB1、STAT5B、TPR的表达差异显著影响肺癌患者的生存时间。结论:TF-增强子-miRNA前馈环路靶基因广泛参与肺癌发生发展相关生物学功能和代谢通路,其调控的多效靶基因TP53、CREB1、STAT5B、TPR表达差异对肺癌患者的生存发展有显著影响。 展开更多
关键词 肺腺癌 增强子 转录因子 MICRORNA 前馈环路
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调控民猪Tβ4基因转录因子的筛选与分析 认领
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作者 张冬杰 汪亮 +1 位作者 刘洋 刘娣 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第9期2535-2542,共8页
为了筛选调控民猪胸腺β4(Tβ4)基因转录的增强子,探究该基因的表达调控机制,本研究以民猪基因组DNA为模板,通过PCR扩增Tβ4基因启动子区系列截短片段,与pMD18-T载体连接构建克隆质粒;通过双酶切和连接反应将系列截短片段定向连入pGL3-b... 为了筛选调控民猪胸腺β4(Tβ4)基因转录的增强子,探究该基因的表达调控机制,本研究以民猪基因组DNA为模板,通过PCR扩增Tβ4基因启动子区系列截短片段,与pMD18-T载体连接构建克隆质粒;通过双酶切和连接反应将系列截短片段定向连入pGL3-basic载体构建双荧光素酶重组质粒;将重组质粒转染PK15细胞系,利用双荧光素酶检测系统测定重组质粒的相对荧光素酶活性;根据相对荧光素酶活性的高低进一步筛选Tβ4基因的启动子核心区域;利用3个在线软件预测核心区域内的转录因子结合位点,根据预测结果,使用重叠PCR定点缺失转录因子结合位点构建突变载体,在PK15细胞中以野生型载体为对照检测突变载体的相对荧光素酶活性。结果表明,试验成功构建了6个Tβ4基因系列截短的启动子片段,其中5个片段具有明显的活性。经过两轮的双荧光素酶活性检测发现,-155~-105 bp区域为民猪Tβ4基因的启动子核心区域,经生物信息学分析发现,该区域存在E2F-1、MYBAS1和ELK-1转录因子的结合位点。利用定点缺失构建了3个转录因子缺失的突变载体,经双荧光素酶检测发现仅有ELK-1结合位点的缺失,会造成启动子活性的显著下降(P<0.05)。据此推测ELK-1是民猪Tβ4基因转录的正调控元件。 展开更多
关键词 民猪 Tβ4基因 启动子 荧光素酶活性 增强子
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NR6A1在HepG2细胞中抑制HBV转录与复制的初步研究 认领
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作者 魏强 魏霞飞 +3 位作者 甘春杨 张文露 黄爱龙 胡接力 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期289-295,共7页
目的:筛选核受体家族中对乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)增强子或核心启动子转录活性有影响的基因,初步研究生殖细胞核因子(germ cell nuclear factor,NR6A1)对HBV转录与复制的调控作用。方法:克隆带有核受体家族基因的表达质粒,与海... 目的:筛选核受体家族中对乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)增强子或核心启动子转录活性有影响的基因,初步研究生殖细胞核因子(germ cell nuclear factor,NR6A1)对HBV转录与复制的调控作用。方法:克隆带有核受体家族基因的表达质粒,与海肾荧光素酶报告质粒pcore-Rluc共转染,转染后检测荧光素酶活性,筛选对增强子或核心启动子转录活性有影响的核受体基因。然后在Hep G2细胞中共转染HBV1,3倍体质粒与NR6A1表达质粒;通过Southern blot检测细胞内复制的HBV DNA;Northern blot检测HBV RNA的转录情况。结果:筛选出对HBV增强子/核心启动子有明显影响的基因NR6A1,其作用与对照组(空载和pcore-Rluc共转染)相比,Rluc活性下降约80%,对照组为1,000±0.319,NR6A1组为0.198±0.009(P=0.000)。NR6A1过表达时,BCP(核心启动子,PCH9^-1744-Rluc)实验组荧光素酶活性相对值(0.504±0.023)较对照组(空载和PCH9^-1744-Rluc共转染,1.000±0.099)下降约50%(t=6.534,P=0.0226),BCP(核心启动子)+EnhⅡ(PCH9^-1636-Rluc)实验组荧光素酶活性相对值(0.089±0.002)比对照组(空载和PCH9^-1636-Rluc共转染,1.000±0.042)下降约92%(t=31.59,P=0.001)。NR6A1N(NR6A1DBD+Hinge)荧光素酶活性相对值相对于阳性对照组(NR6A1和pcore-Rluc共转染,1.150±0.141)无统计学差异,其荧光素酶活性相对值为(1.000±0.170)(P>0.05)。NR6A1C(NR6A1LBD+Hinge)荧光素酶活性相对值相对于阳性对照组(NR6A1和pcore-Rluc共转染,1.150±0.141)无统计学差异,其荧光素酶活性相对值为(1.160±0.078)(P>0.05)。结论:过表达NR6A1通过抑制核心启动子和增强子II的活性能够显著抑制乙肝病毒的复制。 展开更多
关键词 乙肝病毒 核受体 生殖细胞核因子(NR6A1) 启动子 增强子
组蛋白H3K4甲基转移酶KMT2D研究进展 认领
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作者 阎晗(综述) 于明航(综述) +1 位作者 尹洁(审校) 王玺(审校) 《天津医科大学学报》 2018年第6期562-565,共4页
组蛋白-赖氨酸N-甲基转移酶2D(KMT2D),属于哺乳动物H3K4甲基转移酶家族成员,在成人组织中广泛表达,对于早期胚胎发育有重要作用。C-末端的SET区域负责组蛋白H3K4甲基化,维持KMT2D蛋白的稳定性。KMT2D与WRAD、NCOA6、PTIP、PA1和H3... 组蛋白-赖氨酸N-甲基转移酶2D(KMT2D),属于哺乳动物H3K4甲基转移酶家族成员,在成人组织中广泛表达,对于早期胚胎发育有重要作用。C-末端的SET区域负责组蛋白H3K4甲基化,维持KMT2D蛋白的稳定性。KMT2D与WRAD、NCOA6、PTIP、PA1和H3K27去甲基化酶UTX组成复合物,在其中起到支架蛋白的作用,维持UTX的稳定性。KMT2D主要催化哺乳动物H3K4单甲基化,与转录因子共同作用于增强子区域,从而调控基因表达。KMT2D在调节细胞发育、分化、新陈代谢和肿瘤抑制方面具有重要作用,其突变导致多种疾病发生。进一步研究KMT2D有助于揭示其异常所引发多种疾病的病因,并且对开发临床药物提供有力的帮助。 展开更多
关键词 KMT2D H3K4甲基转移酶 H3K4甲基化 增强子 表观遗传调控
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CRISPR/Cas9全基因组筛选在生命科学中的应用 认领
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作者 荆耀彬 汪伟 +1 位作者 张维绮 刘光慧 《生命科学》 CSCD 北大核心 2018年第9期994-1002,共9页
全基因组筛选是系统性分析基因组的有力工具,可在全基因组范围内发现具有特定生物学功能的基因或DNA元件。基于CRISPR/Cas9基因编辑技术的全基因组筛选具有高通量和高效率的特点,已被广泛应用于疾病机理和药物开发等研究,为临床治疗提... 全基因组筛选是系统性分析基因组的有力工具,可在全基因组范围内发现具有特定生物学功能的基因或DNA元件。基于CRISPR/Cas9基因编辑技术的全基因组筛选具有高通量和高效率的特点,已被广泛应用于疾病机理和药物开发等研究,为临床治疗提供科学用药依据。同时,CRISPR/Cas9筛选可靶向启动子、增强子和长链非编码RNA等序列,解析其调控基因表达的功能。此外,将全基因组筛选与单细胞测序技术结合,可揭示细胞转录组差异,剖析基因功能关系。 展开更多
关键词 全基因组筛选 CRISPR/Cas9技术 疾病机制 非编码序列 增强子 单细胞测序
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