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类乌齐牦牛EGLN1基因克隆、生物信息学分析及差异表达
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作者 管春燕 王吉坤 +4 位作者 柴志欣 王会 信金伟 姬秋梅 钟金城 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第7期6-12,17,163共9页
为了对牦牛 egl-9 家族缺氧诱导因子 1 ( EGLN1)基因的 CDS 区核苷酸序列进行克隆,预测其编码的蛋白结构和功能,并分析其在牦牛和黄牛心脏、肺脏、肝脏及大脑等器官中的表达差异,试验根据 GenBank 中公布的黄牛 EGLN1 基因 mRNA 序列设... 为了对牦牛 egl-9 家族缺氧诱导因子 1 ( EGLN1)基因的 CDS 区核苷酸序列进行克隆,预测其编码的蛋白结构和功能,并分析其在牦牛和黄牛心脏、肺脏、肝脏及大脑等器官中的表达差异,试验根据 GenBank 中公布的黄牛 EGLN1 基因 mRNA 序列设计特异性引物,运用RT-PCR技术获取牦牛EGLN1 基因的 cDNA 序列,对牦牛 EGLN1 基因 CDS 区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统进化树,利用荧光定量 PCR技术检测黄牛和牦牛心脏、肺脏、肝脏、大脑中 EGLN1 基因的相对表达水平。结果表明:牦牛 EGLN1 基因 CDS 区序列长度为 1 263 bp,编码 420 个氨基酸;EGLN1 的半衰期为 30 h,属于碱性蛋白,表现为亲水性,无信号肽及跨膜结构;磷酸化位点共 30 个,存在 3 个低复杂区域和 1 个 P4Hc 结构功能域;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角构成。牦牛和其他 9 种动物 EGLN1 基因序列构建系统进化树中,牦牛与水牛亲缘关系最近,同源性高达 99. 3%,与褐家鼠亲缘关系较远。EGLN1 基因在黄牛和牦牛肝脏、大脑、心脏、肺脏 4 个器官中均有表达,表达量依次递减;EGLN1 基因在牦牛各器官中的相对表达量均显著高于黄牛( P<0. 05),其中牦牛肝脏中的相对表达量约为黄牛的 5. 5 倍。说明 EGLN1 基因可作为牦牛低氧适应性研究的重要基因之一。 展开更多
关键词 牦牛 黄牛 egl-9 家族缺氧诱导因子 1 基因 基因克隆 组织表达 生物信息学分析 荧光定量 PCR
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