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顺铂耐药相关基因的筛选、验证及生物信息学分析 预览
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作者 王旦旦 吕琳 +1 位作者 陈智如 饶进军 《重庆医学》 CAS 2019年第1期124-128,共5页
目的筛选并验证卵巢上皮癌和肺腺癌顺铂耐药的共同差异基因并进行生物信息学分析。方法从基因表达数据库GEO中下载卵巢上皮癌和肺腺癌顺铂耐药芯片数据GSE33482和GSE108214,用R语言软件筛选差异基因并分析得到共同差异基因。运用Metasc... 目的筛选并验证卵巢上皮癌和肺腺癌顺铂耐药的共同差异基因并进行生物信息学分析。方法从基因表达数据库GEO中下载卵巢上皮癌和肺腺癌顺铂耐药芯片数据GSE33482和GSE108214,用R语言软件筛选差异基因并分析得到共同差异基因。运用Metascape进行富集,运用STRING构建蛋白互作网络并使用Cytoscape筛选关键基因。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证关键基因的mRNA表达水平。运用Kaplan-Meier Plotter绘制关键基因的生存曲线。结果筛选得到295个表达上调和176个表达下调的共同差异基因。共同差异基因主要富集于细胞损伤修复、辅助性T淋巴细胞17(Th17)细胞分化、磷脂酰肌醇-3-激酶/丝苏氨酸蛋白激酶(PI3K-Akt)信号通路、细胞黏附、轴突导向和细胞因子间受体相互作用。蛋白互作网络筛选得到10个关键差异基因,qRT-PCR结果显示除HSPB1外其余9个关键基因表达情况与芯片结果一致。生存曲线显示GNG4和PRKCA基因的高表达导致卵巢癌和肺腺癌患者的生存率均明显降低。结论GNG4和PRKCA基因的表达与卵巢上皮癌及肺腺癌细胞顺铂耐药及患者的总生存率均密切相关,有望成为逆转顺铂耐药和改善患者预后的生物学新靶标。 展开更多
关键词 顺铂 抗药性 肿瘤 卵巢肿瘤 肺肿瘤 差异基因 计算生物学
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基于高通量芯片对强直性脊柱炎的生物信息学分析
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作者 张东亮 赵舒煊 +4 位作者 向高 刘开鑫 巩朝阳 王拴科 张海鸿 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期63-70,共8页
目的运用生物信息分析工具筛选出强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)相关的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)并进行文献挖掘。方法从GEO数据库中检索获取AS患者的芯片数据,通过GEO2R进行DEGs的筛选,运用DAVID... 目的运用生物信息分析工具筛选出强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)相关的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)并进行文献挖掘。方法从GEO数据库中检索获取AS患者的芯片数据,通过GEO2R进行DEGs的筛选,运用DAVID数据库对筛选获得的DEGs行基因富集和通路分析,通过STRING数据库构建蛋白相互作用(proteinprotein interaction,PPI)网络,并采用Cytoscape软件行进一步分析。结果共筛选出190个差异基因,其中上调的基因75个,下调的基因115个。GO分析显示差异表达基因主要涉及炎症反应、白细胞迁移、胞外区、细胞外结构域、细胞外区域、细胞外基质、脂蛋白颗粒结合和碳水化合物结合等功能簇;KEGG分析提示其在包括类风湿性关节炎和细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路中富集;运用STRING数据库构建蛋白相互作用网络;运用Cytoscape筛选出CXCR4、SELL、CD79A、MMP3、CD68、ADIPOQ、CCL19、IL-7R、IL-1β、MYH14、APOE和FCGR3A等12个连接度最高基因,并运用iRegulon插件挖掘得到ETS1、GATA3和IRF8等41个作用于上述12个核心基因的转录因子。结论 新发现的12个核心基因和41个转录因子可能在AS的致病机制中起重要作用,并可能成为防治AS的新靶点。 展开更多
关键词 强直性脊柱炎 生物信息学 基因芯片 差异基因
骨关节炎基因差异谱的生物信息学分析 预览
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作者 董政权 魏垒 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2019年第3期335-340,共6页
背景:骨关节炎对中老年人群的健康具有重要的威胁,其疾病发生发展受到多个基因的调控,但其具体机制尚未明确。目的:应用生物信息学方法研究骨关节炎的差异基因表达。方法:从GEO在线数据库中下载并分析获得在骨关节炎发生时关节滑膜组织... 背景:骨关节炎对中老年人群的健康具有重要的威胁,其疾病发生发展受到多个基因的调控,但其具体机制尚未明确。目的:应用生物信息学方法研究骨关节炎的差异基因表达。方法:从GEO在线数据库中下载并分析获得在骨关节炎发生时关节滑膜组织中明显表达差异的158个基因。通过DAVID数据库对基因进行功能富集。通过STRING数据库分析蛋白质与蛋白质间相互作用关系。结果与结论:共筛选出158个差异基因,其中上调12个,下调146个。利用DAVID数据库对差异基因进行GO和KEGGPathway分析显示,差异基因主要富集在破骨细胞分化的正性调节、细胞连接等功能以及MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路及ECM受体相互作用等信号通路。将差异基因进行蛋白质相互作用分析后筛选出网络的核心基因为VEGFA,JUN,PRKACA,PXN,SPTAN1,核心基因之间存在复杂的相互作用。结果证实,差异基因的相互作用可能与骨关节炎的发生有关,可为骨关节炎的诊疗提供新的靶点。 展开更多
关键词 骨关节炎 生物信息学分析 差异基因 基因芯片 生物功能 组织工程 破骨细胞分化 细胞连接 MAKP信号通路 P13K-Akt信号通路 蛋白质相互作用 组织工程 基因调节网络 计算生物学
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巨噬细胞极化相关差异基因的筛选及其在脓毒症中的潜在治疗价值 预览
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作者 杨蕊萍 钟武 《新乡医学院学报》 CAS 2019年第2期147-150,154共5页
目的运用生物信息学方法寻找巨噬细胞极化成M1、M2型的差异基因,为临床筛选脓毒症的免疫调节治疗靶点提供理论依据。方法从综合性基因表达(GEO)数据库下载2套基因芯片数据,以在γ-干扰素(IFN-γ)及脂多糖(LPS)作用下极化为M1型巨噬细胞... 目的运用生物信息学方法寻找巨噬细胞极化成M1、M2型的差异基因,为临床筛选脓毒症的免疫调节治疗靶点提供理论依据。方法从综合性基因表达(GEO)数据库下载2套基因芯片数据,以在γ-干扰素(IFN-γ)及脂多糖(LPS)作用下极化为M1型巨噬细胞,白细胞介素-4(IL-4)作用下极化为M2型巨噬细胞为条件筛选样本,并提交至GEO2R平台进行在线分析,将筛选出的差异基因取交集作为最终的差异基因。利用DAVID软件对差异基因进行GO富集分析及KEGG信号通路分析,同时在STRING数据库行蛋白质交互作用分析。结果共筛选出1241个差异基因,其中在M1型巨噬细胞中表达上调而在M2型巨噬细胞中表达下调的基因有591个,在M1型巨噬细胞中表达下调而在M2型巨噬细胞中表达上调的基因有650个。功能富集分析结果显示,在M1型巨噬细胞中表达上调而在M2型巨噬细胞中表达下调的基因主要涉及炎症反应、细胞凋亡等功能,在M1型巨噬细胞中表达下调而在M2型巨噬细胞中表达上调的基因主要涉及能量代谢、氧化磷酸化等生物途径。STRING数据库分析结果显示,NDUFS3、ATP5D、ATP5I、NDUFB10等基因为相对核心的基因。结论本研究通过生物信息学筛选出的巨噬细胞极化核心差异基因,为脓毒症的免疫学治疗提供新的方向。 展开更多
关键词 脓毒症 巨噬细胞极化 差异基因 功能富集分析 蛋白质交互作用
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采用生物信息学挖掘胶质母细胞瘤核心基因及对患者生存预后的分析 预览
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作者 杨丽 韩娜 +3 位作者 于洋 张小茜 周洋媚 张孟贤 《华中科技大学学报:医学版》 CSCD 北大核心 2018年第3期255-261,273共8页
目的分析胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)核心基因及其相关信号通路,为GBM早期诊断、分子治疗及预后评价提供候选靶点。方法检索、整理TCGA数据库中神经胶质母细胞瘤的表达谱芯片RNA-seq Level-3数据,利用R软件中edgeR包筛选具有显著... 目的分析胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)核心基因及其相关信号通路,为GBM早期诊断、分子治疗及预后评价提供候选靶点。方法检索、整理TCGA数据库中神经胶质母细胞瘤的表达谱芯片RNA-seq Level-3数据,利用R软件中edgeR包筛选具有显著表达差异的基因(differentially expressed genes,DEGs)。运用DAVID数据库对DEGs进行GO注释和KEGG富集分析;利用STRING网络在线工具进一步建立蛋白互作网络(PPI)并进行Cytoscape可视化分析,运用网络分析插件CytoHubba筛选核心基因(hub gene);最后,结合R2数据库分析TP53、WNT5A、VAMP8等核心基因的表达与GBM生存预后的关系。结果 TCGA数据库分析显示GBM中显著表达差异的基因共10144个,其中表达上调基因5153个,表达下调基因4991个;GO和KEGG富集分析显示,表达上调基因主要涉及细胞周期、有丝分裂、细胞增殖和p53等生物学功能和通路,表达下调基因的功能与通路主要富集于突触传递、神经递质释放和MAPK信号通路等;Cytoscape可视化显示PPI网络中12个核心基因表达异常与GBM的发生发展密切相关。R2数据库检索发现TP53、WNT5A、VAMP8高表达组患者预后更差;SH3GL2高表达组患者生存明显优于低表达组。结论差异基因所富集的生物学功能和KEGG信号通路可能揭示了参与GBM发生发展的分子机制,其核心基因TP53、WNT5A、VAMP8、SH3GL2有望作为GBM患者早期诊断、治疗及预后判断的重要靶点。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 生物信息学 差异基因 预后 靶点
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Affymetrix基因芯片测序技术分析垂体对大鼠椎动脉型颈椎病模型的调控机制 预览
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作者 宋敏 巩彦龙 +4 位作者 刘涛 刘建鸿 董万涛 刘小钰 侯红艳 《西安交通大学学报:医学版》 CSCD 北大核心 2018年第2期210-215,共6页
目的 分析椎动脉型颈椎病(CSA)模型大鼠垂体组织差异基因表达谱变化,探讨垂体对CSA的调控机制。方法 将10只SPF级雄性Wistar大鼠随机分为模型组和正常组,采用复合造模法建立CSA模型,模型成功后取垂体组织,提取总RNA,用全基因芯... 目的 分析椎动脉型颈椎病(CSA)模型大鼠垂体组织差异基因表达谱变化,探讨垂体对CSA的调控机制。方法 将10只SPF级雄性Wistar大鼠随机分为模型组和正常组,采用复合造模法建立CSA模型,模型成功后取垂体组织,提取总RNA,用全基因芯片检测基因表达谱,筛选差异基因,进行基因本体论(GO)、信号通路分析差异基因在信号通路上的富集程度、分子功能和生物学过程。结果 与正常组比较,差异基因表达谱分析显示:差异基因总数为321个(|fold change︱〉2,P〈0.05),其中表达上调的基因有203个,下调的有118个;富集的GO功能共有1294条,涉及对细胞间信号转导活性的调节、神经细胞功能的调节、对外界刺激的应激反应及凝血功能的调节、血管形成的调节以及调节内膜系统、细胞周期等;参与调节的信号通路共有145条,包括脂肪细胞因子信号通路、TGF-β信号通路、AMPK信号通路、PPAR信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号转导通路等。结论 垂体对CSA的调控主要通过对炎性刺激、免疫调节、椎动脉功能及内膜系统等的调节实现。 展开更多
关键词 基因芯片 垂体 椎动脉型颈椎病(CSA) 差异基因 基因表达谱 信号通路
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综合基因表达谱分析与人类肝胰岛素抵抗相关蛋白分子表达研究 预览
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作者 黄发光 李小成 +1 位作者 龚建平 李泽民 《实用肝脏病杂志》 CAS 2018年第6期872-876,共5页
目的分析糖尿病患者与正常人肝组织之间的差异表达基因(DEGs),筛选出肝组织中与可能产生胰岛素抵抗相关作用的蛋白分子。方法从GEO数据库下载基因芯片数据集GSE23343(包括10例2型糖尿病和7例正常人肝组织的基因表达值),通过DEGs表达谱... 目的分析糖尿病患者与正常人肝组织之间的差异表达基因(DEGs),筛选出肝组织中与可能产生胰岛素抵抗相关作用的蛋白分子。方法从GEO数据库下载基因芯片数据集GSE23343(包括10例2型糖尿病和7例正常人肝组织的基因表达值),通过DEGs表达谱分析和功能通路富集分析,构建DEGs对应的蛋白质-蛋白质相互作用网络。结果分析得到928个显著上调的DEGs(P<0.01),发现DEGs主要富集在细胞和代谢生物过程中,KEGG通路富集显示DEGs主要集中于信号转导和肿瘤相关通路。经蛋白质相互作用网络构建,筛选出5个关键蛋白分子MDM2、PCNA、CAV1、PIK3R1、NR3C1。结论系统地筛选出人类肝组织中可能与胰岛素抵抗形成相关的蛋白分子,为进一步实验研究肝胰岛素抵抗产生机制和新的降血糖药物作用靶点提供基础。 展开更多
关键词 非酒精性脂肪性肝病 胰岛素抵抗 差异基因 蛋白质-蛋白质相互作用网路
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基于细菌毒性测试与小鼠肺基因转录分析的PM2.5健康效应
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作者 宋鹏程 陆书玉 +2 位作者 魏永杰 陈晓倩 罗丽娟 《环境科学》 CSCD 北大核心 2018年第5期2489-2497,共9页
尽管大量流行病学和毒理学研究表明,PM2.5暴露会导致一系列肺部疾病,但是其毒性机制尚不明确.本研究选取不同浓度梯度PM2.5颗粒物样品进行细菌毒性评价,结果显示颗粒物的发光细菌急性毒性、遗传毒性分别为低毒和阴性.此外,采用气管灌注... 尽管大量流行病学和毒理学研究表明,PM2.5暴露会导致一系列肺部疾病,但是其毒性机制尚不明确.本研究选取不同浓度梯度PM2.5颗粒物样品进行细菌毒性评价,结果显示颗粒物的发光细菌急性毒性、遗传毒性分别为低毒和阴性.此外,采用气管灌注方法模拟小鼠呼吸暴露,研究了肺脏病理改变及差异基因表达.肺脏病理切片分析显示,PM2.5暴露造成肺组织不同程度炎症反应和纤维化损伤,并呈现浓度越高、损伤程度越明显的现象.通路分析发现PM2.5暴露影响到核糖体蛋白功能、脂肪酸与胆固醇代谢功能的正常表达,提示肺部炎症反应源于基因损害,其造成的损害后果可能是不可逆的.GO聚类分析发现免疫功能发生聚类富集,相关基因功能异常表达可能是造成肺部炎症的具体路径.这些发现有助于了解PM2.5暴露危害路径和机制. 展开更多
关键词 PM2.5 急性毒性 遗传毒性 转录组分析 差异基因
髓母细胞瘤基因表达谱芯片关键基因的生物信息学分析
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作者 刘敏 董强 +4 位作者 唐圣桃 陶依然 吴铮 王鲲宇 王文 《生命科学研究》 CAS CSCD 2018年第6期468-474,共7页
筛选髓母细胞瘤(medulloblastoma,MB)发生发展的关键基因,可为MB分子机制的进一步研究提供生物信息学依据。本文通过下载GEO (Gene Expression Omnibus)数据库GSE50161原始数据,利用R语言对正常脑组织与髓母细胞瘤组织中差异表达的基因... 筛选髓母细胞瘤(medulloblastoma,MB)发生发展的关键基因,可为MB分子机制的进一步研究提供生物信息学依据。本文通过下载GEO (Gene Expression Omnibus)数据库GSE50161原始数据,利用R语言对正常脑组织与髓母细胞瘤组织中差异表达的基因进行分析;通过生物信息学分析工具(DAVID、STRING和Cytoscape)对差异基因进行生物学功能和蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,并通过PPI筛选互作调控的关键基因。结果显示,总共筛选出999个差异表达的基因,鉴定了CCNB1、AURKB、MAD2L1、CENPE、KIF2C、BUB1、BUB1B、NDC80、CENPF、CDC20十个关键基因。差异基因生物学功能主要富集于有丝分裂的核分裂、染色体分离、微管蛋白结合、RAGE受体结合等生物过程。KEGG信号通路分析结果显示差异基因主要富集于细胞周期、NF-κB、IL-17和T细胞受体等信号通路。10个关键基因的生物学功能和信号通路主要富集于细胞有丝分裂和细胞周期通路。因此,细胞周期通路对MB的增殖和分裂起着关键性的作用, 相关的分子机制值得进一步深入研究。 展开更多
关键词 髓母细胞瘤(MB) 差异基因 蛋白质互作网络 生物信息学
短期盐胁迫下盐穗木的转录组分析 预览 被引量:1
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作者 张丽丽 张富春 《植物研究》 CSCD 北大核心 2018年第1期91-99,共9页
盐穗木(Halostachys caspica)是荒漠盐碱地广泛分布的盐生植物,具有极强的耐盐性。为揭示盐胁迫下盐穗木基因组层面的基因表达变化特性,通过对300和500mmol·L^-1 NaCl胁迫3h的盐穗木同化枝进行了转录组测序。有效序列组装共得... 盐穗木(Halostachys caspica)是荒漠盐碱地广泛分布的盐生植物,具有极强的耐盐性。为揭示盐胁迫下盐穗木基因组层面的基因表达变化特性,通过对300和500mmol·L^-1 NaCl胁迫3h的盐穗木同化枝进行了转录组测序。有效序列组装共得到153298条平均长度为643bp的unigenes,进行GO和KEGG功能聚类,分别获得47个GO功能小类和118个KEGG通路。差异表达基因分析显示,短期低盐(300mmol·L^-1)响应基因有4432个,高盐(500mmol·L^-1)响应基因有2580个,两个胁迫的共差异基因有1245个,主要富集在细胞过程、代谢过程和响应刺激等类别中。从短期盐胁迫下盐穗木转录组筛选出渗透调节和活性氧清除的相关基因,大多为上调基因。说明盐穗木能够通过促进渗透调节和增强活性氧清除提高短期的盐胁迫适应能力。 展开更多
关键词 盐穗木 盐胁迫 转录组 差异基因 渗透调节 活性氧
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基于糙皮侧耳转录组测序挖掘降解木本基质的候选功能基因
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作者 魏珊珊 赫俊阳 +4 位作者 宋倩 王建国 耿楠楠 杜亚荣 宋瑞清 《吉林农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期164-170,共7页
采用Illumina HiSeq 4000 SBS高通量测序平台对糙皮侧耳[Pleurotus ostreatus (Jacq.:Fr.)Kummer]的转录组进行测序,挖掘糙皮侧耳降解木质基质的候选功能基因。共得到糙皮侧耳转录本序列64228条,单基因序列46417条。使用Blast工... 采用Illumina HiSeq 4000 SBS高通量测序平台对糙皮侧耳[Pleurotus ostreatus (Jacq.:Fr.)Kummer]的转录组进行测序,挖掘糙皮侧耳降解木质基质的候选功能基因。共得到糙皮侧耳转录本序列64228条,单基因序列46417条。使用Blast工具将转录本序列比对到NR、Swissprot、KEGG、String、Pfam等数据库中,并有33736条序列得到注释。通过对差异基因的对比和筛选,得到1408条差异表达基因,其中有1183条基因为上调基因,通过GO富集分析表明,差异基因显著富集于木质素分解代谢过程、锰过氧化物酶活性、苯丙素分解代谢过程中。将差异基因比对到KEGG数据库中,共有313条得到注释的序列,对其进行Pathway富集分析,证明差异基因显著富集于氨基苯甲酸降解、色氨酸代谢、β-丙氨酸代谢等通路中。c27028-gl、c28624-gl、c30793-gl、c30849-gl等基因与木质素降解过程相关性较高。c24893-g1、c29559-g1、c29956-g2等基因与纤维素降解过程相关性较高。 展开更多
关键词 糙皮侧耳 转录组 高通量测序 差异基因
基于人类全基因表达谱技术对“肾精亏虚证”原发性骨质疏松患者差异基因表达分析 预览
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作者 辛华 谢晚晴 +2 位作者 蒋宁 孙丽 郑洪新 《中国骨质疏松杂志》 CSCD 北大核心 2018年第9期1180-1185,共6页
目的 基于人类全基因表达谱芯片高通量测序技术,检测肾精亏虚证骨质疏松患者和同龄健康状态老年人血液中的差异基因表达,探讨肾精亏虚证骨质疏松症的发病机制,为中医药防治该病证提供可能的作用靶点。方法 从辽宁中医药大学附属医院... 目的 基于人类全基因表达谱芯片高通量测序技术,检测肾精亏虚证骨质疏松患者和同龄健康状态老年人血液中的差异基因表达,探讨肾精亏虚证骨质疏松症的发病机制,为中医药防治该病证提供可能的作用靶点。方法 从辽宁中医药大学附属医院和上海中医药大学附属龙华医院门诊肾精亏虚证原发性骨质疏松症患者群中随机选择16例患者,男女各半,年龄60岁以上,作为OP组(OP group);同龄健康状态老年人24例,男女各半,年龄60岁以上,作为对照组。采用人类全基因表达谱芯片检测两组人群的差异基因表达,并对差异显著的基因表达进行荧光定量PCR验证。结果 在肾精亏虚证OP患者中共有602个基因呈现差异性表达,其中上调基因579个,下调基因23个(FC≥1.5或FC≤0.667,q-value≤5%)。表达上调超过3倍的基因有7个,分别为S100P、SNX3、DEFA1、MMP9、ANXA3、IL1R2、PLSCR1;表达下调超过2倍的基因有3个,分别为CX3CR1、SPON2、GNLY。对以上10个差异显著的基因进行RT-PCR验证,结果与基因芯片检测结果一致。结论 肾精亏虚证OP患者与同龄健康老年人比较,差异基因表达上调或下调显著,这些基因通过调控免疫应答、防御应答、趋化因子信号转导通路等方面在肾精亏虚证OP的发病过程中可能发挥着重要的作用。 展开更多
关键词 肾精亏虚 骨质疏松 高通量 差异基因
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基于GEO数据库的HPV阳性口咽癌特征基因生物信息学研究
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作者 张轶雯 钟里科 +3 位作者 楼倩雯 潘宗富 方罗 黄萍 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期638-641,共4页
目的通过分析HPV阳性与阴性口咽癌患者基因芯片数据,寻找差异基因及其关键通路,区分不同HPV感染状态下口咽癌的分子表达特征基因谱。方法利用GEO数据库中高通量基因芯片数据库筛选出口咽癌患者具有HPV感染状态信息的芯片。采用GO基因功... 目的通过分析HPV阳性与阴性口咽癌患者基因芯片数据,寻找差异基因及其关键通路,区分不同HPV感染状态下口咽癌的分子表达特征基因谱。方法利用GEO数据库中高通量基因芯片数据库筛选出口咽癌患者具有HPV感染状态信息的芯片。采用GO基因功能注释和KEGG通路富集分析,筛选出可表征不同HPV感染状态口咽癌生物特性的特征基因簇和通路,并进行蛋白质相互作用网络可视化分析。结果经差异基因分析后,发现HPV感染状态可影响口咽癌的生物学特征,并显著改变一些重要的肿瘤信号通路,如Wnt信号通路和PI3K-Akt信号通路等。结论本研究利用生物信息学方法,从多种角度定义了口咽癌不同HPV感染状态下的分子表达特征,为口咽癌的精准治疗提供理论依据。 展开更多
关键词 HPV感染 口咽癌 差异基因 生物信息学分析
蔗茅野生种响应低温胁迫的数字基因表达谱
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作者 孟玉 陈疏影 +5 位作者 徐荣 曹哲群 刘鲁峰 王先宏 何丽莲 李富生 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第12期3877-3886,共10页
以蔗茅野生种(昆明蔗茅99-1)为材料,利用数字基因表达谱(DGE)技术,对4℃低温胁迫处理后的蔗茅野生种构建的c DNA文库进行差异基因表达谱分析。结果表明,低温处理24 h(ER-LT1)有2 391个基因,低温处理72 h(ER-LT2)有4 892个基因... 以蔗茅野生种(昆明蔗茅99-1)为材料,利用数字基因表达谱(DGE)技术,对4℃低温胁迫处理后的蔗茅野生种构建的c DNA文库进行差异基因表达谱分析。结果表明,低温处理24 h(ER-LT1)有2 391个基因,低温处理72 h(ER-LT2)有4 892个基因因低温处理而发生表达变化。GO功能显著性富集分析表明,差异基因主要涉及对非生物刺激反应、氧化还原过程、能量代谢以及催化活性。KEGG富集分析表明,两个不同处理时间下共同富集的通路主要为植物激素信号转导途径、植物-病原体互作通路、光合作用通路、淀粉和蔗糖代谢途径和苯丙烷生物合成途径等。利用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)验证2个在低温胁迫条件下的差异表达基因,其结果与DGE分析结果基本一致,证实了DGE测序结果的可靠性。 展开更多
关键词 蔗茅 低温胁迫 数字基因表达谱 差异基因
肾透明细胞癌基因表达谱芯片的生物信息学分析 预览
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作者 卢泽潮 唐福才 +4 位作者 何烨 李志标 雷汉祺 黄伟娜 何朝辉 《现代泌尿生殖肿瘤杂志》 2018年第4期201-205,共5页
目的 利用生物信息学的方法分析肾透明细胞癌(ccRCC)相关基因功能富集、通路及关键基因的临床意义。方法 从TCGA和GEO下载ccRCC的RNA测序数据和芯片数据,利用R语言筛选出差异基因。然后利用metascape进行通路和功能富集,利用STRI... 目的 利用生物信息学的方法分析肾透明细胞癌(ccRCC)相关基因功能富集、通路及关键基因的临床意义。方法 从TCGA和GEO下载ccRCC的RNA测序数据和芯片数据,利用R语言筛选出差异基因。然后利用metascape进行通路和功能富集,利用STRING 网站和 Cytoscape 软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,同时从PPI网络中筛选出关键基因。最后利用OncoLnc网站对CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9做生存分析。结果 总共筛选出660个差异基因,这些差异基因与白细胞迁移、细胞黏附调节和免疫应答正调节等通路密切相关。在PPI网络中,得到两个意义显著的功能模块和15个关键基因。在这15个关键基因中,CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9表达的高低与ccRCC患者的生存率明显相关。结论 通过对ccRCC基因表达谱芯片的生物信息学分析发现,CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9基因可能在ccRCC的发生发展过程中起重要作用。 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 差异基因 信号通路 关键基因
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基于生物信息学的未分化甲状腺癌恶性机制研究
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作者 潘宗富 方琦璐 +2 位作者 张轶雯 钱杨洋 黄萍 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1606-1612,共7页
目的阐明未分化甲状腺癌(anaplastic thyroid carcinoma,ATC)与分化型甲状腺癌的分子通路差异,揭示ATC的恶性机制。方法利用GEO数据库联合R语言分析ATC与乳头状甲状腺癌(papillary thyroid cancer,PTC)肿瘤组织的基因表达差异,以及ATC、... 目的阐明未分化甲状腺癌(anaplastic thyroid carcinoma,ATC)与分化型甲状腺癌的分子通路差异,揭示ATC的恶性机制。方法利用GEO数据库联合R语言分析ATC与乳头状甲状腺癌(papillary thyroid cancer,PTC)肿瘤组织的基因表达差异,以及ATC、PTC与正常甲状腺组织的共有差异基因;基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,分析其关键网络节点和基因簇,并利用KEGG、DAVID数据库及ClueGO插件进行基因功能富集及注释。最后,利用RT-PCR检测关键节点在不同甲状腺癌细胞株中的表达差异。结果和正常甲状腺组织相比,ATC和PTC存在775个共同差异基因,通路富集于PI3K-Akt信号通路、p53通路、肿瘤通路、细胞周期等与调控肿瘤发生发展相关的经典通路,以及炎症反应、胞外基质重塑、免疫反应、血管新生等肿瘤微环境相关通路改变。进一步筛选ATC和PTC差异基因发现,与PTC相比,ATC组织中p53通路、PI3K-Akt信号通路、胞外基质-受体相互作用、细胞周期、蛋白消化及吸收、吞噬体、补体途径等肿瘤关键通路显著激活。研究通过构建PPI网络并分析出3个关键基因簇,其功能主要与细胞周期、双链修复、细胞趋化、蛋白泛素化等重要生物进程相关。其中,TOP2A、IL8、UBE2S是各基因簇的关键节点,并与甲状腺恶性演进潜在相关。结论研究利用生物信息学发现ATC发生发展的潜在分子机制网络,并揭示该网络中的关键基因簇及节点,为ATC的恶性机制及潜在治疗靶点提供理论依据。 展开更多
关键词 未分化甲状腺癌 生物信息学 信号通路 蛋白.蛋白相互作用网络 差异基因
风湿宁胶囊对类风湿关节炎治疗效果的转录组测序研究
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作者 王一婕 王永辉 +1 位作者 刘佳维 周然 《中国中医基础医学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第9期1224-1227,1338共5页
目的:基于转录组测序技术探索风湿宁胶囊(FSN)治疗RA的关键基因。方法:大鼠按随机数字表法分为正常、CIA、复合模型、FSN-CIA低、中、高及FSN-复合低、中、高、Tofacitinib、塞隆风湿组各12只,正常组、模型组生理盐水灌胃,给药组FS... 目的:基于转录组测序技术探索风湿宁胶囊(FSN)治疗RA的关键基因。方法:大鼠按随机数字表法分为正常、CIA、复合模型、FSN-CIA低、中、高及FSN-复合低、中、高、Tofacitinib、塞隆风湿组各12只,正常组、模型组生理盐水灌胃,给药组FSN每日1次28 d,通过关节肿胀度、关节病理、相关炎性细胞水平观察FSN治疗效果;Illumina Hi Seq 4000测序分析正常、CIA、复合模型、FSN-CIA高剂量、FSN-复合高剂量5组大鼠,对差异基因进行GO、KEGG分析。结果:模型组大鼠关节肿胀度、炎性细胞因子水平明显升高,治疗组关节红肿减轻、关节病理特征改善,炎性细胞因子水平降低,共检测9070个新转录本,GO分析表明,差异基因富集在细胞进程、代谢、免疫等;KEGG分析表明,差异基因富集在遗传信息进程、人类疾病等,复合模型与其给药组、CIA与复合模型组、CIA与其给药组差异基因分别上调54、1和65个以及下调30、2和0个。结论:FSN胶囊可明显改善CIA大鼠相关生理指标及关节病理特征,YB-1可能为FSN胶囊治疗RA的关键蛋白之一。 展开更多
关键词 转录组测序 风湿宁胶囊(FSN) 类风湿关节炎 差异基因
甜瓜雄性不育系不同发育时期雄蕊转录组分析
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作者 戴冬洋 袁丽伟 +1 位作者 盛云燕 郑群 《生物技术通报》 CSCD 北大核心 2018年第8期93-100,共8页
从分子水平探讨甜瓜雄性不育雄蕊发育不同时期差异表达基因与花粉败育的相关性,为探究甜瓜雄性不育发生机理提供依据。通过对甜瓜雄性不育系(Male sterile,MS)花蕾(直径为2和5mm时期)雄蕊进行转录组测序,筛选差异表达基因,并对... 从分子水平探讨甜瓜雄性不育雄蕊发育不同时期差异表达基因与花粉败育的相关性,为探究甜瓜雄性不育发生机理提供依据。通过对甜瓜雄性不育系(Male sterile,MS)花蕾(直径为2和5mm时期)雄蕊进行转录组测序,筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行荧光定量分析。共发现224个差异表达基因,对差异表达基因进行GO功能分析显示,全部基因均归属于生物合成、分子功能和细胞组分3大分支,其中与酶类相关的差异基因为9个,2个差异表达基因为羧酸酯酶同源基因,4个为碳水化合物相关酶类的表达基因,细胞信号传导相关表达基因和玉米素生物合成相关表达基因各1个;qRT—PCR(Quantitative real一time PCR)验证表明,与碳水化合物相关酶类的表达基因和玉米素生物合成相关表达基因在雄性不育株2mm花蕾雄蕊中的表达量均低于5mm花蕾雄蕊中的表达量,与细胞信号传导相关表达基因在雄性不育株2mm雄蕊中的表达量高于5mm雄蕊中的表达量。雄性不育的发生与能量代谢相关基因表达量的上升和细胞信号传导相关表达基因表达量的减少存在一定的相关性。 展开更多
关键词 甜瓜 雄性不育 转录组 差异基因
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基于GEO甲状腺癌芯片数据的生物信息学分析 预览
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作者 袁小艳 梁韡 +1 位作者 张舒 周萍 《重庆医学》 2018年第36期4619-4622,4627共5页
目的用生物信息学分析方法挖掘甲状腺癌的关键基因并探索其发病机制。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中下载3组甲状腺癌表达谱芯片数据,采用R软件筛选甲状腺肿瘤组织与癌旁组织差异表达基因,对差异表达基因作GO富集分析、KEGG通路分析... 目的用生物信息学分析方法挖掘甲状腺癌的关键基因并探索其发病机制。方法从公共基因芯片数据库(GEO)中下载3组甲状腺癌表达谱芯片数据,采用R软件筛选甲状腺肿瘤组织与癌旁组织差异表达基因,对差异表达基因作GO富集分析、KEGG通路分析、蛋白质相互作用(PPI)网络分析,利用Cytoscape建立PPI互作模块。结果(1)经差异分析得到差异表达基因383个,其中上调基因217个,下调基因166个。(2)GO富集结果显示,上调基因主要富集在细外基质组织、胶原纤维组织、调节细胞增殖等生物学过程,下调基因主要富集在调节脂肪细胞分化、肾发育、内分泌系统发育等生物学过程。(3)KEGG信号通路结果显示,上调基因主要参与ECM受体相互作用、磷脂酰肌醇3-激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(PI3K-Akt)信号通路、血小板活化等信号通路,下调基因主要参与癌症转录失调、甲状腺激素合成、TGF-β信号通路等信号通路。(4)基于String数据库型筛选出CDC6、AURKA、FEN1、MCM4和MYC 5个degree得分较高的中心基因,Cytoscape软件MCODE插件共筛选出显著模块3个,涉及基因主要富集在DNA复制、细胞周期等信号通路。结论本研究获取了5个与甲状腺癌发生、发展相关的关键基因,包括CDC6、AURKA、FEN1、MCM4和MYC。这些基因主要是参与DNA复制、细胞周期、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用等与甲状腺癌相关的生物过程发挥作用。 展开更多
关键词 生物信息学 甲状腺肿瘤 基因芯片 差异基因
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人工感染沙门菌牦牛脾中相关差异表达基因筛选
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作者 陈通 朱育星 +3 位作者 蔡雯祎 杨琦玥 邓志和 兰道亮 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期794-803,共10页
旨在从基因组转录水平解析牦牛抗沙门菌感染相关免疫基因及其调控网络。以牦牛沙门菌为模式病原体,以牦牛为研究对象,在12、24、48h三个不同时间段利用RNA-Seq测序技术对感染牦牛的外周免疫器官脾进行转录组测序。通过比较分析三个时间... 旨在从基因组转录水平解析牦牛抗沙门菌感染相关免疫基因及其调控网络。以牦牛沙门菌为模式病原体,以牦牛为研究对象,在12、24、48h三个不同时间段利用RNA-Seq测序技术对感染牦牛的外周免疫器官脾进行转录组测序。通过比较分析三个时间段感染牦牛和健康牦牛转录组数据,筛选出差异基因,然后对这些差异基因进行GO、KEGG功能分析,并进行共表达网络分析。结果共筛选出413个差异基因,其中185个表现为上调,228个表现为下调,GO分析显示,与生物过程相关的类别比例最大,其中最为富集的是细胞过程、代谢过程、生物调节、生物过程的调控及单一有机体过程。KEGG分析显示,各时间段富集前20的通路中,与感染、免疫相关的通路占有较大比例,这些通路涉及的差异基因主要为趋化因子。WGCNA分析显示,处于网络枢纽的基因共66个,处于网络中心的基因是SCOC和NOCT。本研究在组学层面上探讨了牦牛脾细胞与沙门菌的分子互作机制。 展开更多
关键词 牦牛 沙门菌 转录组 差异基因 RNA-SEQ
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