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川崎病相关甲基化基因及其作用 预览
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作者 孙婷 张连红 文放放 《广西医学》 CAS 2019年第2期216-220,共5页
目的采用整合生物信息学方法分析川崎病相关甲基化基因及其作用。方法从基因表达综合数据库下载川崎病DNA甲基化数据集GSE84624和基因表达数据集GSE68004。分别利用R软件中的IMA包和Limma包对数据集进行数据预处理及差异基因筛选,获得... 目的采用整合生物信息学方法分析川崎病相关甲基化基因及其作用。方法从基因表达综合数据库下载川崎病DNA甲基化数据集GSE84624和基因表达数据集GSE68004。分别利用R软件中的IMA包和Limma包对数据集进行数据预处理及差异基因筛选,获得差异甲基化基因(DMG)和差异表达基因(DEG),取两者交集得到甲基化差异表达基因(mDEG)。使用DAVID在线工具对mDEG进行生物学功能及信号通路富集分析,并采用STRING数据库和CytoScape软件构建及完善其蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络。结果在GSE84264数据集中共筛选出2402个差异甲基化位点,对应1393个DMG,其中高甲基化者35个,低甲基化者1358个。在GSE68004数据集中共筛选出1362个DEG,其中高表达者943个,低表达者419个。取交集后得到191个mDEG,其中4个为高甲基化低表达,187个为低甲基化高表达。mDEG主要涉及的生物学功能包括炎症反应、凝血作用、固有免疫应答、脂多糖刺激反应性等,主要涉及的信号通路包括血小板活化、破骨细胞分化、趋化因子信号途径等。PPI网络包含95个mDEG及170对相互作用关系,其中丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)及PH结构域和富含亮氨酸重复蛋白磷酸酶(PHLPP1)为网络中的核心基因。结论川崎病相关的甲基化基因多呈低甲基化状态,主要参与炎症反应、固有免疫反应、凝血作用和趋化因子信号途径,MAPK14和PHLPP1是其中重要的甲基化修饰基因。 展开更多
关键词 川崎病 差异甲基化基因 差异表达基因 甲基化差异表达基因 生物信息学
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儿童新诊断与慢性免疫性血小板减少症差异基因分析 预览
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作者 马利敏 杨学文 +1 位作者 杨海平 阮林海 《中国医药生物技术》 2019年第1期33-38,共6页
目的筛选儿童新诊断与慢性免疫性血小板减少症(ITP)之间的差异表达基因(DEGs)并进行生物信息学分析。方法从基因表达数据库中下载芯片表达谱GSE46922数据集,利用BRB-ArrayTools软件鉴定DEGs,然后分别对差异基因进行基因本体(GO)功能富... 目的筛选儿童新诊断与慢性免疫性血小板减少症(ITP)之间的差异表达基因(DEGs)并进行生物信息学分析。方法从基因表达数据库中下载芯片表达谱GSE46922数据集,利用BRB-ArrayTools软件鉴定DEGs,然后分别对差异基因进行基因本体(GO)功能富集分析、Pathway富集分析和互作网络分析。结果共筛选出1225个DEGs,其中上调基因665个,下调基因560个。GO富集分析发现DEGs主要参与转录调控、小分子代谢、蛋白泛素化、凋亡调控、固有免疫反应、病毒复制等生物学过程。Pathway富集分析发现DEGs显著富集于代谢通路、内质网蛋白加工、破骨细胞分化、MAPK信号通路、病毒感染、凋亡等。网络分析鉴定出的核心基因有CHD4、UQCR10、AP2M1、SIRPγ和GPR180,核心Pathways包括MAPK信号通路、细胞周期和细胞凋亡。结论明确了儿童新诊断与慢性ITP的基因表达谱不同,为进一步阐明儿童ITP发生发展的分子机制和指导早期治疗干预提供了基础。 展开更多
关键词 血小板减少症 基因表达 儿童 计算生物学 差异表达基因 免疫应答
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β-内酰胺类抗奶对犊牛瘤胃菌群差异基因表达及代谢的影响 预览
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作者 张帅 曲永利 +3 位作者 李伟 辛小月 王璐 殷术鑫 《中国草食动物科学》 CAS 2019年第1期39-46,共8页
为探究抗奶对犊牛瘤胃菌群差异基因表达及代谢的影响,选取45头3日龄左右、体重40 kg±5 kg的健康荷斯坦犊牛,随机分为3组,分别饲喂巴氏消毒抗奶(B1)、抗奶(B2)和无抗鲜奶(B3),于60(T1)、90(T2)和180(T3)日龄,每组选取6头采集瘤胃液... 为探究抗奶对犊牛瘤胃菌群差异基因表达及代谢的影响,选取45头3日龄左右、体重40 kg±5 kg的健康荷斯坦犊牛,随机分为3组,分别饲喂巴氏消毒抗奶(B1)、抗奶(B2)和无抗鲜奶(B3),于60(T1)、90(T2)和180(T3)日龄,每组选取6头采集瘤胃液,构建犊牛瘤胃细菌宏基因组文库,并使用illumina MiSeq测序后通过NOG、KEGG和CAZy数据库进行生物信息学分析和功能注释。结果显示:①9个样品在eggNOG数据库中比对共有86 145条基因得到了相应的功能注释;CAZy数据库在9个功能类共获得33 980条注释;在KEGG通路注释得到1 905条。②T1-T2、T1-T3、B1-B2和B1-B3四组分别含有318、1 398、30和24个差异表达基因(DEGs)。T1-T2组和T1-T3组DEGs在细胞周期及氨基酸生物合成代谢途径中明显富集,其中细胞周期代谢主要的DEGs为糖原合酶激酶-3β基因(Glycogen synthase kinase-3β,GSK-3β);周期蛋白依赖性激酶2基因(Cyclin-dependent kinase 2,CDK2)和周期蛋白依赖性激酶7基因(Cyclin-dependent kinase 7,CDK7)。③试验共检测到6类抗生素抗性基因,共19种基因型。进一步分析抗生素耐药性产生机制,其中由外排泵(Efflux pump)引起的所占比例最大。说明牦牛随日龄的增加瘤胃菌群丰度提高,瘤胃菌群中的差异表达基因GSK-3β、CDK2和CDK7可能影响犊牛早期生长的乳脂代谢。 展开更多
关键词 犊牛 抗奶 瘤胃菌群 差异表达基因 抗性基因
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胰腺癌转移相关基因的生物信息学分析 预览
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作者 曹俊宇 肖莹 +5 位作者 秦涛 孙联康 段万星 徐勤鸿 马清涌 马振华 《西安交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期235-242,共8页
目的 通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法 从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析... 目的 通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法 从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析软件、STRING在线数据库、Cytoscape软件和GEPIA在线分析工具进行差异表达基因的功能注释、通路分析、蛋白互作网络分析及预后分析。结果 共筛选出109个胰腺癌转移差异表达基因,其中上调49个,下调60个;功能注释和通路分析发现,这些基因主要集中在急性炎症反应、蛋白质活化级联、细胞外基质构建、细胞外基质分解等生物学过程,以及补体和凝血级联、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用等通路。蛋白互作网络分析获得2个关键模块和10个关键基因,分别为ORM1、IGFBP1、HPX、F2、APOA1、ALB、PLG、SERPINC1、KNG1和INS。预后分析得到4个基因的表达水平与胰腺癌患者总生存时间显著相关,分别是SCG5、CRYBA2、CPE和CHGB。结论 通过生物信息学的方法对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行数据挖掘,为深入研究胰腺癌转移的相关分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 胰腺癌 转移 生物信息学 基因芯片 差异表达基因
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玉米自交系响应花粒期高温胁迫差异表达基因的分析
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作者 李川 乔江方 +4 位作者 朱卫红 代书桃 黄璐 张美微 刘京宝 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期1-11,共11页
为了探明玉米重要自交系花粒期高温胁迫下转录组基因的表达差异,发掘玉米响应高温胁迫的关键基因和蛋白质,明确高温胁迫引起玉米减产的机理,从而利用分子生物学技术手段提高玉米耐高温胁迫性。首先,利用AmphaTMZ30花粉活性分析仪检测高... 为了探明玉米重要自交系花粒期高温胁迫下转录组基因的表达差异,发掘玉米响应高温胁迫的关键基因和蛋白质,明确高温胁迫引起玉米减产的机理,从而利用分子生物学技术手段提高玉米耐高温胁迫性。首先,利用AmphaTMZ30花粉活性分析仪检测高温胁迫和正常生长条件下玉米自交系昌7-2、郑58的花粉活性。然后收集花粉提取总RNA,利用Illumina Hiseq2000TM高通量测序技术分别对昌7-2、郑58花粒期高温胁迫材料和正常生长条件下的对照材料进行全转录组测序,序列结果分析后获得差异显著表达基因。通过差异基因维恩图(VENN图)重叠区域分析、GO功能分类和富集统计、KEGG pathway通路分类和富集分析以及转录因子分析,获得玉米花粒期高温胁迫相关的重要差异表达基因和蛋白质。花粉活性检测结果显示,高温胁迫后和正常生长条件下,昌7-2花粉活性分别为24. 37%,42. 89%,郑58花粉活性分别为35. 57%,64. 83%。高温胁迫后在昌7-2花粉转录组中共检测到4 176个显著差异表达基因,郑58花粉转录组中共检测到5 487个显著差异表达基因。KEGG pathway通路分类和富集分析结果显示,高温胁迫后郑58的花粉转录组中有2 062个差异表达基因富集到399个相关通路上,昌7-2的花粉转录组中有1 943个差异表达基因富集到352个相关通路上。转录因子分析结果表明,共获得55个转录因子家族,其中,有45个转录因子包含10个以上差异表达基因。研究表明,通过对玉米自交系花粒期高温胁迫后花粉转录组测序获得了大量的差异显著表达基因信息,昌7-2、郑58对高温胁迫响应机制存在明显差异,热激蛋白(Hsps)、热激转录因子(Hsfs)、生长素(IAA)基因和磷脂酰基醇-4,5-二磷酸基因家族(PIP2)在响应玉米花粒期高温胁迫过程中起着重要作用。 展开更多
关键词 玉米自交系 花粒期 高温胁迫 转录组测序 差异表达基因
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邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯对罗非鱼肝脏转录组影响研究 预览
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作者 张林宝 胡莹 +2 位作者 陈海刚 贾晓平 蔡文贵 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期386-396,共11页
邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)作为生产量和使用量最多的一种邻苯二甲酸酯类化合物,其对水生生物具有多种毒性.本研究选用中国南方地区最重要的经济鱼类尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)作为实验对象,研究DEHP(50mg/kgbw)作用下... 邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯(DEHP)作为生产量和使用量最多的一种邻苯二甲酸酯类化合物,其对水生生物具有多种毒性.本研究选用中国南方地区最重要的经济鱼类尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)作为实验对象,研究DEHP(50mg/kgbw)作用下罗非鱼肝脏组织内转录组的响应特征.利用IlluminaTM HiSeq4000测序平台对DEHP处理组和对照组尼罗罗非鱼肝脏RNA样品分别进行转录组测序.对照组和DEHP暴露组分别获得30.10Mb和30.16Mb待分析数据(cleanreads),对转录组数据进行组装并去冗余后得到58,585个Unigene.将DEHP处理组和对照组的转录组数据进行比较一共获得5,008个差异表达基因,其中上调表达基因和下调表达基因分别为3,217个和1,791个.通过GO和KEGG功能分析后发现这些差异表达基因主要为机体免疫、生殖内分泌以及脂类代谢相关基因,这表明DEHP对尼罗罗非鱼肝脏毒性主要表现为免疫毒性、生殖毒性和脂类代谢紊乱.另外,实时荧光定量PCR验证结果发现转录组分析数据基本可靠.上述结果为在转录组水平筛选DEHP生物标志物,解析DEHP对罗非鱼毒性作用的分子机制提供了科学参考. 展开更多
关键词 邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯 尼罗罗非鱼 肝脏 转录组 差异表达基因
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基于RNA-seq数据发掘响应干旱的谷子C2H2型锌指蛋白基因 预览
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作者 齐帆 范兴 +3 位作者 陈义 王晶慧 许慧晶 马芳芳 《江苏农业科学》 2019年第2期41-45,共5页
C2H2型锌指蛋白在植物响应逆境胁迫以及激素信号转导过程中起着重要作用,为了发掘响应干旱胁迫的谷子C2H2型锌指蛋白基因(SiC2H2),利用转录组测序技术构建谷子聚乙二醇(PEG)处理前后转录组文库,根据表达谱数据鉴定出11个SiC2H2差异表达... C2H2型锌指蛋白在植物响应逆境胁迫以及激素信号转导过程中起着重要作用,为了发掘响应干旱胁迫的谷子C2H2型锌指蛋白基因(SiC2H2),利用转录组测序技术构建谷子聚乙二醇(PEG)处理前后转录组文库,根据表达谱数据鉴定出11个SiC2H2差异表达基因,对其进行理化性质、启动子元件等部分生物信息学分析和进化树及基因结构分析。实时荧光定量逆转录PCR(RT-PCR)验证结果表明,随机选取的4个基因在PEG胁迫前后的表达特点与表达谱数据基本一致。研究结果为后续进一步研究C2H2型锌指蛋白在谷子抗旱性中的作用以及谷子抗旱分子育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 谷子 C2H2型锌指蛋白 干旱胁迫 差异表达基因
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MAPK13基因表达在非小细胞肺癌临床预后中的作用
8
作者 栗霞 柳晓琳 彭伟 《广西医科大学学报》 CAS 2019年第2期213-216,共4页
目的:使用生物信息学来确定与非小细胞肺癌(NSCLC)发展相关的潜在关键基因及其涉及的信号通路,探讨所得关键基因表达水平在NSCLC临床预后中的作用。方法:从GEO数据库中获取NSCLC基因芯片数据并使用R语言分析筛选差异表达基因;通过DAVID... 目的:使用生物信息学来确定与非小细胞肺癌(NSCLC)发展相关的潜在关键基因及其涉及的信号通路,探讨所得关键基因表达水平在NSCLC临床预后中的作用。方法:从GEO数据库中获取NSCLC基因芯片数据并使用R语言分析筛选差异表达基因;通过DAVID数据库进行差异基因的KEGG通路富集分析,通过STRING数据库及Cytoscape软件构建差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)并筛选关键基因。通过Kaplan Meier plotter在线数据库对NSCLC患者进行生存分析。结果:共筛选出61个差异表达基因;差异表达基因主要富集在癌症相关的信号通路;PPI网络分析表明,丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)基因是重要的关键基因;Kaplan Meier plotter分析显示,MAPK13基因表达水平与NSCLC患者预后明显相关,MAPK13基因表达水平越高生存率越高(HR=0.8,95%CI:0.70~0.91,P<0.05)。结论:MAPK13基因在NSCLC的发生发展中可能起着重要作用,是潜在的预后分子标志物。 展开更多
关键词 生物信息学分析 差异表达基因 非小细胞肺癌 预后
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基于转录组分析筛选凡纳滨对虾低温胁迫下的差异表达基因 预览
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作者 董丽君 孟宪红 +3 位作者 孔杰 罗坤 栾生 史晓丽 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期161-171,共11页
凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)是中国主要的对虾养殖品种之一,对低温的耐受性较差,低于18℃就会停止摄食。为了探究凡纳滨对虾耐低温性状相关基因,选用凡纳滨对虾低温胁迫组(18℃)和常温组(24℃)肝胰腺组织为实验材料,进行Illumina ... 凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)是中国主要的对虾养殖品种之一,对低温的耐受性较差,低于18℃就会停止摄食。为了探究凡纳滨对虾耐低温性状相关基因,选用凡纳滨对虾低温胁迫组(18℃)和常温组(24℃)肝胰腺组织为实验材料,进行Illumina HiSeq 2500测序,对测序原始数据进行拼接、注释,以及筛选分析低温胁迫下的差异表达基因。结果显示,测序共获得50921条基因(unigene),平均长度为828bp,N50为1589bp,其中28.13%为已知基因。基因差异表达分析共筛选得到243个低温胁迫相关基因,其中89个上调表达,154个下调表达。功能富集分析发现,差异表达基因多富集在生物结合和催化过程、过氧化物酶、溶酶体、精氨酸和脯氨酸的代谢以及氨基酸的生物合成途径中。进一步根据Q-值共筛选出10个差异表达最显著的基因,其中ATP结合盒B亚家族6转运蛋白基因(ATP-binding cassette sub-family B member 6,ABCB6)、C型凝集素基因(C type lectin)、谷氨酰胺合成酶基因(glutamine synthetase,GS)在低温胁迫下均呈下调表达,推测可能参与了凡纳滨对虾低温应答反应。利用Real time RT-PCR验证转录组数据,结果证明基于转录组测序筛选低温胁迫下的差异表达基因是可行的。本研究为揭示凡纳滨对虾耐低温分子调控机制提供了基础数据和理论依据。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 转录组 低温胁迫 差异表达基因
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基于通路及网络分析方法探究肝细胞肝癌差异表达基因
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作者 岳晓粉 李建彪 +1 位作者 李爽 陆伟 《生物医学工程与临床》 CAS 2019年第2期212-221,共10页
目的基于通路及网络分析方法,对肝细胞肝癌(HCC)相关差异表达基因进行系统分析,旨在由分子、通路及网络层面理解HCC发生、发展机制,并对HCC的防治靶点进行预测,为后续实验提供一些有意义的信息。方法由公共基因表达数据库(GEO)下载4组与... 目的基于通路及网络分析方法,对肝细胞肝癌(HCC)相关差异表达基因进行系统分析,旨在由分子、通路及网络层面理解HCC发生、发展机制,并对HCC的防治靶点进行预测,为后续实验提供一些有意义的信息。方法由公共基因表达数据库(GEO)下载4组与HCC相关的生物基因芯片(GSE62232、GSE49515、GSE19665和GSE29721),利用相应R包对基因表达阵列的差异表达基因进行计算与比较,确定HCC相关差异表达基因。利用功能富集分析方法 ,对HCC相关差异表达基因进行生物过程及通路注释。利用网络分析方法,对HCC相关差异表达基因进行生物调控网络构建,并对关键基因进行筛选,同时利用分子复合物检测(MCODE)方法对HCC相关疾病模块进行搜索。结果确定442个HCC相关差异表达基因,这些差异表达基因主要调控细胞周期、核分裂、染色体分离及代谢相关生物过程;参与影响细胞周期通路、有丝分裂过程通路、生物氧化通路、金属离子反应通路、生物代谢通路等多条信号通路的正常信号转导。网络分析提示,HCC相关差异表达基因之间互作关系紧密,进一步分析鉴定出20个处于HCC调控网络中心的关键Hub基因,推测Hub基因是HCC防治靶点。同时,鉴定出5个与HCC紧密相关的疾病模块,分别为细胞周期处理模块、趋化因子介导的信号处理模块、血管生成调控模块、与氧化应激和代谢过程相关功能模块及细胞核分裂模块。结论利用生物信息学方法,可以系统分析HCC的发生、发展机制,并对其防治靶点进行预测,为临床诊疗及后续基础实验提供有价值的信息。 展开更多
关键词 肝细胞肝癌 差异表达基因 通路 网络分析 致病机制 药物靶点
基于转录组测序技术挖掘大豆蛋白质合成相关基因
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作者 郭静文 史晓蕾 +8 位作者 刘茜 赵青松 邸锐 刘兵强 闫龙 王凤敏 张孟臣 赵宝华 杨春燕 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期61-73,共13页
通过转录组测序技术挖掘蛋白质合成相关基因,为解析蛋白质合成机制奠定基础。以遗传背景相近但蛋白含量差异较大的大豆高蛋白品系冀HJ117(蛋白质含量52. 99%)及其回交亲本冀豆12(蛋白质含量46. 48%)为研究材料,利用转录组测序技术和生... 通过转录组测序技术挖掘蛋白质合成相关基因,为解析蛋白质合成机制奠定基础。以遗传背景相近但蛋白含量差异较大的大豆高蛋白品系冀HJ117(蛋白质含量52. 99%)及其回交亲本冀豆12(蛋白质含量46. 48%)为研究材料,利用转录组测序技术和生物信息学分析,以期挖掘大豆籽粒蛋白质合成相关基因。通过对转录组数据中冀HJ117和冀豆12差异表达基因的分析筛选,共得到336个差异表达基因,其中冀HJ117较冀豆12有195个上调表达基因,141个下调表达基因。通过GO功能富集分析,发现在分子功能类型中注释的差异基因主要与催化和连接等功能相关;KEGG显著富集分析发现差异表达基因主要富集在蛋白质内质网合成途径中,该途径共筛选到34个差异表达基因,其中33个基因在冀HJ117中表达量较高。从该途径中筛选出9个候选基因,采用荧光定量PCR方法检测其表达量,表达趋势与RNA-Seq检测结果基本一致,证实了RNA-Seq数据的可靠性。RNA-Seq测序结果获得了与蛋白质合成相关基因的基本信息,蛋白质内质网合成途径可能是冀HJ117与冀豆12蛋白质含量产生差异的重要通路。 展开更多
关键词 大豆 蛋白质含量 转录组测序 差异表达基因 荧光定量PCR
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基于转录组测序的异常汉逊酵母菌不同发酵时期差异表达基因功能分析
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作者 唐朝 张寒玉 +4 位作者 王婷 冯光文 钱卫东 蔡长龙 毛培宏 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1-6,共6页
异常汉逊酵母(Hansenula anomala)具有较强的发酵力和酯化力,并能积累色氨酸。为了进一步理解其发酵过程中的基因表达与代谢的关系,在转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,分别对5个发酵时间点(0、24、48、72、96 h)的异常汉逊酵母... 异常汉逊酵母(Hansenula anomala)具有较强的发酵力和酯化力,并能积累色氨酸。为了进一步理解其发酵过程中的基因表达与代谢的关系,在转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,分别对5个发酵时间点(0、24、48、72、96 h)的异常汉逊酵母菌的差异表达基因的功能进行了分析。结果表明,各发酵时间点与其相邻的上一个时间点相比,发酵24、48、72、96 h的上调表达的基因数量分别为585、487、154、615,下调表达的基因数量分别为1 112、725、5、245。差异表达基因功能的GO富集和KEGG通路富集结果表明,异常汉逊酵母菌的代谢强度在0~48 h下降,48~96 h上升,并且在96 h时,具有较强的代谢活动和遗传信息处理能力。产色氨酸通路的差异基因表达矩阵分析表明,异常汉逊酵母菌合成色氨酸的速率在0~24 h下降,随后上升;而色氨酸的分解速率从0~48 h上升,随后下降。这些结果可为异常汉逊酵母菌的分子育种及其代谢调控研究提供理论依据。 展开更多
关键词 异常汉逊酵母 转录组 差异表达基因
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转录组测序技术在猪繁殖与呼吸综合征病毒研究中的应用 预览
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作者 梁婉 周丹娜 +8 位作者 彭忠 杨克礼 段正赢 郭锐 刘威 吴斌 陈文杰 孟丽 田永祥 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第1期37-44,共8页
猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)能导致母猪繁殖障碍及仔猪呼吸困难等症状,严重威胁全球养猪业的健康发展。目前,PRRSV的致病机制及其与宿主的互作机理并不完全清楚。近年来,随着... 猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)能导致母猪繁殖障碍及仔猪呼吸困难等症状,严重威胁全球养猪业的健康发展。目前,PRRSV的致病机制及其与宿主的互作机理并不完全清楚。近年来,随着高通量测序技术的快速发展,转录组测序技术已被广泛应用于PRRSV的研究中,为深入解析PRRSV的致病机理及其与宿主的互作机制提供了一种全新的研究工具。作者从感染应答、蛋白功能、毒株、疫苗、抗病品种5个方面对近年来转录组测序技术在PRRSV研究中的应用进行了综述分析,对其筛选的差异表达基因(DEGs)和通路进行总结,以期为未来PRRSV转录组学研究提供参考。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) 转录组测序 差异表达基因 通路
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小鼠舌癌模型差异基因的筛选及生物信息学分析 预览
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作者 武媛 万晓文 +3 位作者 王伟 蒋琳 邵益森 何露露 《临床医药实践》 2019年第1期31-36,共6页
目的:对小鼠舌癌模型差异表达基因进行筛选及基因功能分析,为舌癌发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法:从高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE64271和GSE75421数据包,获取其中小鼠舌癌模型的芯片数据,分为舌癌组和非... 目的:对小鼠舌癌模型差异表达基因进行筛选及基因功能分析,为舌癌发病机制相关的分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法:从高通量基因表达(GEO)数据库中选取GSE64271和GSE75421数据包,获取其中小鼠舌癌模型的芯片数据,分为舌癌组和非舌癌组,利用R语言的limma包分析筛选差异基因。利用DAVID和STRING数据库对差异表达基因进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)基因功能分析、蛋白相互作用分析。结果:对差异基因筛选后,将两个数据集的数据取交集后最终得到303个基因,其中31个基因上调与细胞周期(Cell Cycle)和卵母细胞分裂有关,说明在肿瘤发生发展的过程中,通过上调这些基因促进肿瘤增殖。而其余基因的KEGG分析结果则表明这些基因与代谢过程密切相关。通过蛋白互作网络(PPI)筛选出cross-talk基因:整合素a1(Itga1)和整合素a6(Itga6)。结论:筛选出的差异基因可能在舌癌的分子层面发挥了重要的作用,为舌癌发生、发展的机制、肿瘤标志物的筛选等提供了理论依据。 展开更多
关键词 生物信息学分析 差异表达基因 舌癌
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双孢蘑菇转录组测序及褐变相关基因的挖掘 预览
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作者 彭博 李炳娟 +1 位作者 关文强 林琼 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期126-132,共7页
为从分子水平研究双孢蘑菇多酚氧化酶调控褐变的机理,以采后贮藏第1、7、14天的双孢蘑菇菌盖为材料,应用转录组测序技术对双孢蘑菇菌盖RNA进行测序分析。共获得168 607 212个高质量的clean reads;贮藏第7天和第1天相比筛选出727个差异... 为从分子水平研究双孢蘑菇多酚氧化酶调控褐变的机理,以采后贮藏第1、7、14天的双孢蘑菇菌盖为材料,应用转录组测序技术对双孢蘑菇菌盖RNA进行测序分析。共获得168 607 212个高质量的clean reads;贮藏第7天和第1天相比筛选出727个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),贮藏第14天和第1天相比筛选出1 524个DEGs;Gene Ontology(GO)功能富集和Pathway富集分析将这些差异表达基因归类于180个代谢途径;从已获得的差异表达基因中筛选得到PPO1、PPO3、PPO5、LAC1和LAC4五个多酚氧化酶相关基因。研究结果为双孢蘑菇功能相关基因挖掘和品质改良提供理论数据支撑。 展开更多
关键词 双孢蘑菇 褐变 转录组测序技术 差异表达基因 多酚氧化酶
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转录组测序技术在植物水淹胁迫研究中的应用
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作者 张健 唐露 +1 位作者 张雅洁 冉启凡 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1191-1202,共12页
水淹胁迫是植物遭受的主要非生物胁迫之一,对作物生长发育、产量、品质等都会带来严重影响,全面解析植物的耐涝机制,对选育耐涝品种具有重要意义。高通量转录组测序技术以其数字化信息、高灵敏度、广泛的检测范围及重复性好等优点,已被... 水淹胁迫是植物遭受的主要非生物胁迫之一,对作物生长发育、产量、品质等都会带来严重影响,全面解析植物的耐涝机制,对选育耐涝品种具有重要意义。高通量转录组测序技术以其数字化信息、高灵敏度、广泛的检测范围及重复性好等优点,已被广泛用于生物体的多种功能研究。目前在水稻、玉米、油菜、黄瓜、大豆等多个物种中,已有从转录水平分析植物对水淹胁迫的分子响应机制相关研究报道,这对于深度解析植物耐涝的分子响应机制和加快作物耐涝品种选育具有重要意义。但目前尚未有转录组测序技术在植物水淹胁迫应用方面的综述。因此,本研究着重综述了植物水淹胁迫测序组织及时间点选择、各阶段基因表达水平、GO功能富集、小RNA的功能特征几个方面,并展望了新一代测序技术在植物抗逆机理研究中的应用前景。 展开更多
关键词 植物水淹胁迫 转录组测序 差异表达基因 GO功能富集
利用生物信息学分析鉴定原位骨肉瘤以及肺转移的信号通路和核心基因 预览
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作者 李浩江 陈茂强 +4 位作者 王振勇 付海涛 眭翔 郭全义 王桂琴 《中国医药生物技术》 2019年第1期4-13,共10页
目的应用综合生物信息学来识别骨肉瘤中涉及的肺转移的关键致病基因并揭示潜在的分子机制。方法GSE85537的表达谱从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载,该数据库包含6个样品,包括3个原位骨肉瘤样品和3个骨肉瘤肺转移样品。整理微... 目的应用综合生物信息学来识别骨肉瘤中涉及的肺转移的关键致病基因并揭示潜在的分子机制。方法GSE85537的表达谱从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载,该数据库包含6个样品,包括3个原位骨肉瘤样品和3个骨肉瘤肺转移样品。整理微阵列数据集以获得差异表达的基因(DEG),并通过生物信息学方法进行深入分析。利用基因本体论(GO)和京都百科全书基因和基因组(KEGG)途径对DEGs富集并通过DAVID在线进行分析。DEG的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络由STRING数据库构建。MCODE分析通过Cytoscape软件中的MCODE插件制作。关键基因的生存分析通过在线(http://www.ualcan.path.edu/index.html)分析获得。结果从GEO数据集中共鉴定出差异基因662个,其中234个基因被上调,428个基因被下调,通过基因拓扑学分析从PPI网络中鉴定出DEG中最密切相关的137个基因。其中38个基因被上调,99个基因被下调。GO分析表明DEGs的生物学功能主要集中在血管生成,转录中RNA聚合酶II启动子的正向调节。主要的细胞成分包括外泌体和细胞外基质。分子功能包括ATP结合。KEGG通路分析显示这些DEG主要参与PI3K-Akt信号通路和肿瘤信号通路。MCODE插件分析从PPI网络中检测到3个重要模块,此外选择了15个具有高度关联性的差异基因,并经过总体存活率和相关性分析,发现基因ACTA2可能在防治骨肉瘤肺转移中发生作用。结论利用生物信息学分析筛查骨肿瘤转移前后的DEGs和通路可以帮助了解骨肉瘤转移发生的分子机制,对早期诊断和预防骨肉瘤转移具有临床意义,并提供有效的指导治疗骨肉瘤转移的联合用药。 展开更多
关键词 骨肉瘤 GEO数据库 差异表达基因
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利用RNA-seq数据分析肝细胞癌差异表达基因及蛋白相互作用
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作者 张建华 应安娜 +1 位作者 俞梦琪 俞冰楠 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期461-467,共7页
RNA-Seq已成为当前转录组学研究的强有力工具,尤其在肿瘤差异表达基因的筛选方面有重要的应用价值。为进一步阐明肝细胞癌(HCC)的分子机制,本研究对GEO中1个包括12对HCC组织标本的RNA-Seq数据集(GSE63863)进行了生物信息学分析。采用ed... RNA-Seq已成为当前转录组学研究的强有力工具,尤其在肿瘤差异表达基因的筛选方面有重要的应用价值。为进一步阐明肝细胞癌(HCC)的分子机制,本研究对GEO中1个包括12对HCC组织标本的RNA-Seq数据集(GSE63863)进行了生物信息学分析。采用edgeR、DESeq2、voom等3种不同算法的软件进行统计分析,共获得976个差异表达基因(adj. p-value<0.01或FDR<0.01,|logFC|≥2),其中上调表达422个(43.2%),下调554个(56.8%)。GO富集分析显示这些差异表达基因主要涉及离子结合、氧化还原酶活性等分子功能以及氧化还原、细胞分裂等生物学过程;KEGG通路分析显示,这些差异表达基因主要涉及细胞周期、视黄醇等代谢通路。STRING分析显示,共有654个基因编码的蛋白质存在相互作用,进一步利用MCODE分析显示,169个基因编码蛋白构成4个子网络,相应的中心节点基因分别为UBE2C、GNG4、TTR、FOS,这些基因的异常表达可能在HCC的发生发展过程中具有重要作用。上述研究结果将为进一步阐明HCC分子发病机制、寻找新型生物标志物提供初步的依据。 展开更多
关键词 肝细胞癌 RNA—seq 差异表达基因 蛋白质相互作用网络
千里光茎和叶的差异表达基因分析 预览
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作者 谢欣 钱秋博言 +4 位作者 贺莉芳 李林 杨春先 左青青 钱刚 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期10-15,共6页
以千里光(Senecio scandens Buch.-Ham.ex D.Don)强抗菌性植株SC-32为研究对象,分别提取其茎和叶的总RNA,经质量检测合格后构建cDNA文库,利用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台对千里光茎和叶的cDNA文库进行转录组测序,筛选差异表达... 以千里光(Senecio scandens Buch.-Ham.ex D.Don)强抗菌性植株SC-32为研究对象,分别提取其茎和叶的总RNA,经质量检测合格后构建cDNA文库,利用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台对千里光茎和叶的cDNA文库进行转录组测序,筛选差异表达基因,并运用Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG数据库对差异表达基因进行功能分析。结果表明:从千里光茎和叶的cDNA文库中分别获得26 147 016和26 996 119个clean reads,Q30值分别为95.17%和94.74%,说明其转录组测序结果良好。从千里光的茎和叶中共筛选到10 991个差异表达基因,以茎中差异表达基因的表达量为准,叶中上调的差异表达基因有5 542个,下调的差异表达基因有5 449个。千里光的茎和叶中共有7 683个差异表达基因被GO功能注释成生物过程、细胞组分和分子功能3个大类53个亚类,且这些差异表达基因与信号传导途径、次生代谢过程、细胞组分合成和酶催化活性等密切相关。KEGG代谢通路分析结果表明:共有4 527个差异表达基因,涉及50个代谢通路,主要参与碳代谢、氨基酸生物合成及淀粉和蔗糖代谢。研究结果显示:千里光茎和叶的差异表达基因具有器官特异性,并且,其茎和叶的分化和形成与多糖和蛋白质累积密切相关。 展开更多
关键词 千里光 高通量测序 差异表达基因 茎和叶
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缺血性脑卒中相关基因筛选和功能分析 预览
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作者 胡瑞婷 覃冬华 +1 位作者 胡瑞光 冯晓敏 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2019年第1期24-27,共4页
目的分析缺血性脑卒中基因芯片数据,筛选出与缺血性脑卒中发病密切相关的基因。方法下载GEO数据库中有关缺血性脑卒中患者的数据,筛选出显著意义的差异表达基因,采用(DAVID)工具进行GO基因功能分析和(KEGG)通路富集分析,再应用STRING软... 目的分析缺血性脑卒中基因芯片数据,筛选出与缺血性脑卒中发病密切相关的基因。方法下载GEO数据库中有关缺血性脑卒中患者的数据,筛选出显著意义的差异表达基因,采用(DAVID)工具进行GO基因功能分析和(KEGG)通路富集分析,再应用STRING软件对差异表达基因构建蛋白-蛋白互作网络,使用Cytoscape软件分析和找寻与缺血性脑卒中发病相关的基因。结果检索到GSE22255和GSE16561两个缺血性脑卒中的数据集,共有99个外周血标本。以P<0.05,差异倍数>1.0倍为条件筛选差异表达基因,共得到61个差异表达基因,其中表达上调58个,下调3个。GO功能注释显示这些差异表达基因主要参与炎症反应、免疫反应、中性粒细胞趋化生物过程;主要分子功能为化学因子活性、蛋白结合、细胞因子活性等;KEGG通路显示这些差异表达基因主要参与类风湿性关节炎通路、肿瘤坏死因子通路、Toll样受体通路。蛋白-蛋白互作网络和Cytoscape分析显示人类白细胞抗原(HLA)-DRB1、肽酰基精氨酸脱亚胺酶(PADI)4、IgG-Fc片段低亲和力受体(FCGR)3B、肿瘤坏死因子(TNF)、细胞因子信号抑制物(SOCS)3在缺血性脑卒中发病中与其他差异表达基因关联度最高。结论缺血性脑卒中发病过程中伴随着多个基因的差异表达,这些基因参与了多种细胞功能和信号通路,其中HLA-DRB1、PADI4、FCGR3B等与缺血性脑卒中的发病密切相关。 展开更多
关键词 缺血性脑卒中 差异表达基因 蛋白-蛋白互作分析
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