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平邑甜茶生长素响应因子MhARF2基因克隆与表达分析
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作者 姜倩倩 曹慧 +1 位作者 张保仁 张慧玲 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期194-202,共9页
采用RT-PCR技术克隆得到平邑甜茶(Malus hupehensis)生长素响应因子基因MhARF2,该基因开放阅读框(ORF)2 532 bp,编码843个氨基酸残基。基因结构分析表明,MhARF2包含13个内含子和14个外显子;进化分析表明,MhARF2属于ARF2成员,与苹果(Malu... 采用RT-PCR技术克隆得到平邑甜茶(Malus hupehensis)生长素响应因子基因MhARF2,该基因开放阅读框(ORF)2 532 bp,编码843个氨基酸残基。基因结构分析表明,MhARF2包含13个内含子和14个外显子;进化分析表明,MhARF2属于ARF2成员,与苹果(Malus domestica)、白梨(Pyrus bretschneideri)、甜樱桃(Prunus avium)ARF2具有较高的同源性;MhARF2含有ARF家族特有的B3 DNA结合域、CTD结构域和Auxin-resp结构域;MhARF2定位于细胞核;MhARF2启动子区域含有光响应元件、生长素应答元件和MeJA响应元件、ABA响应元件等多个顺式作用元件。qRT-PCR结果表明,MhARF2在平邑甜茶叶、根、茎、花和果实中均表达,其中叶片中表达水平最高,根次之。30 mg·L-1 IAA处理下,MhARF2在根中的转录水平受到诱导,6 h时最高;在100mmol·L-1NaCl和200 mmol·L-1甘露醇处理下,根系中MhARF2转录水平均随胁迫时间的延长先上升后降低,这说明MhARF2可能参与调控平邑甜茶生长素信号转导以及渗透胁迫响应的过程。 展开更多
关键词 平邑甜茶 MhARF2 基因克隆 序列分析 表达分析
水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因的克隆与表达特性分析
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作者 朱胜琪 徐德宝 +4 位作者 王永鑫 冯凯 刘洁霞 仇亮 熊爱生 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期51-58,共8页
[目的]本文旨在研究水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因(OjCCoAOMT)的序列及其表达特性,了解该基因在水芹木质素代谢中的作用。[方法]利用RT-PCR技术从水芹中克隆OjCCoAOMT基因,用生物信息学方法对获得的序列进行分析,并利用实时荧光定量... [目的]本文旨在研究水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因(OjCCoAOMT)的序列及其表达特性,了解该基因在水芹木质素代谢中的作用。[方法]利用RT-PCR技术从水芹中克隆OjCCoAOMT基因,用生物信息学方法对获得的序列进行分析,并利用实时荧光定量PCR技术研究该基因在水芹不同组织以及不同贮藏条件下的表达。[结果]序列分析结果表明:OjCCoAOMT基因包含1个长度为726bp的开放阅读框(ORF),编码241个氨基酸,蛋白相对分子质量为27.111×10^3,理论等电点为5.38。OjCCoAOMT蛋白属于疏水性蛋白,无序化比例为12.45%,空间结构主要由8个α-螺旋和7个β-折叠组成。多重比对与系统树分析结果表明:OjCCoAOMT蛋白与同科植物欧芹的进化关系最近。实时荧光定量PCR显示,在‘八卦洲水芹’和‘南选八卦洲紫水芹’的叶片及叶柄中OjCCoAOMT基因的表达量差异显著。在室温(25℃)、低温(4℃)和室温黑暗(25℃)3种贮藏条件下OjCCoAOMT基因表达量差异较大,低温(4℃)下表达量最高。2个品种的基因表达量也具有显著差异。[结论]OjCCoAOMT蛋白有较高的保守性。OjCCoAOMT基因在水芹中的表达具有明显的组织特异性和材料差异性,同时在低温(4℃)条件下表达量最高。 展开更多
关键词 水芹 OjCCoAOMT基因 序列分析 多重比对 表达分析
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菜粉蝶HSP20基因的克隆及温度胁迫下表达分析 预览
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作者 袁远 张连根 +4 位作者 高熹 吴国星 张慧 龙华 朱家位 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期286-291,共6页
【目的】克隆分析菜粉蝶(Pieris rapae)热激蛋白20基因(HSP20),并检测其在温度胁迫下的表达情况,为探析菜粉蝶适应温度胁迫机制提供参考。【方法】以菜粉蝶为试验材料,采用RT-PCR和RACE克隆获得菜粉蝶HSP20基因cDNA全长,并通过生物学软... 【目的】克隆分析菜粉蝶(Pieris rapae)热激蛋白20基因(HSP20),并检测其在温度胁迫下的表达情况,为探析菜粉蝶适应温度胁迫机制提供参考。【方法】以菜粉蝶为试验材料,采用RT-PCR和RACE克隆获得菜粉蝶HSP20基因cDNA全长,并通过生物学软件分析其序列,明确其基因结构特征和亲缘关系;采用实时荧光定量PCR检测菜粉蝶HSP20基因在低温(-20~0℃)和高温(5~45℃)胁迫下的表达响应。【结果】菜粉蝶HSP20基因全长725bp,5'-端非编码区105bp,3'-端非编码区109bp,开放阅读框531bp,编码176个氨基酸,预测蛋白分子量19.5kD,理论等电点6.61;其编码氨基酸序列中含有1个典型的HSP20家族结构域(位于第60~142位氨基酸)、1个α-晶体蛋白(位于第60~157位氨基酸)和1个Allatoallatostatin(位于第14~24位氨基酸);基序列相似度分析其与二化螟、家蚕和甘蓝夜蛾HSP20蛋白氨基酸相似度较高并聚为一族。该基因随环境温度的升高或降低发生变化,在-5和40℃诱发该基因高效表达。【结论】低温和高温均能诱导菜粉蝶HSP20基因高效表达。 展开更多
关键词 菜粉蝶 热激蛋白 HSP20 基因克隆 序列分析 温度胁迫 表达分析
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基于线粒体COⅡ基因和D-loop区序列对江西安南光唇鱼(Acrossocheilus)物种鉴定及系统发育位置分析 预览
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作者 薛艳洁 潘娜 李明云 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期25-28,共4页
以采自江西赣州安南的野生鱼为实验材料,分别设计引物扩增其线粒体DNACOⅡ和D-loop序列并进行序列比对分析,经扩增得到的COⅡ序列全长为691bp,D-loop序列的全长为937~944bp,其中COⅡ序列中A、T、G、C的平均占比分别为31.00%、25.80%、15... 以采自江西赣州安南的野生鱼为实验材料,分别设计引物扩增其线粒体DNACOⅡ和D-loop序列并进行序列比对分析,经扩增得到的COⅡ序列全长为691bp,D-loop序列的全长为937~944bp,其中COⅡ序列中A、T、G、C的平均占比分别为31.00%、25.80%、15.30%和27.90%,而D-loop序列的占比则分别为35.60%、32.30%、12.00%和20.00%,两序列都是A+T含量高于G+C,G的含量在4种碱基中最低。COⅡ序列中仅存在6个碱基位点的转换,D-loop则有多个碱基位点存在转换、颠换、缺失或插入,群体内遗传距离分别为0.0075、0.0050。用最大似然法构建的COⅡ和D-loop系统发育树显示赣州安南光唇鱼与半刺光唇鱼(Acrossocheilus hemispinus)亲缘性最近,序列相似性分别为98.70%、98.69%,遗传距离最近分别为0.0130、0.0260,未达到种间分化的水平(0.05)。2个序列分析结果一致,结合外部形态特征观察,可以断定赣州安南光唇鱼与半刺光唇鱼为同一种,研究为江西赣州安南光唇鱼的资源利用提供了资料。 展开更多
关键词 光唇鱼 形态特征 COⅡ D-LOOP 序列分析 系统发育分析
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山羊前动力蛋白2基因的克隆及其在OFTu细胞中的表达
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作者 鲁荣 葛士坤 +4 位作者 张凯照 任旭皎 李慧子 张彭涛 宁章勇 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期234-240,共7页
为深入研究前动力蛋白2(prokineticin 2,PK2)在山羊炎症性疾病中的作用,本研究克隆了海南黑山羊的PK2基因,并对其基因序列及编码蛋白进行了分析;构建了过表达载体pEGFP-N1-PK2和干扰表达载体pSUPER-PK2,并转染至羊胚胎鼻甲细胞(ovine fe... 为深入研究前动力蛋白2(prokineticin 2,PK2)在山羊炎症性疾病中的作用,本研究克隆了海南黑山羊的PK2基因,并对其基因序列及编码蛋白进行了分析;构建了过表达载体pEGFP-N1-PK2和干扰表达载体pSUPER-PK2,并转染至羊胚胎鼻甲细胞(ovine fetal turbinate,OFTu)中进行表达。结果显示,PK2基因种间同源性低,山羊PK2基因编码的蛋白由109个氨基酸组成,在蛋白序列的第9~25位间存在一个潜在的跨膜区,具有prokineticin结构域,是结构保守蛋白。ELISA检测表明,成功在OFTu细胞中进行了PK2蛋白的过表达和干扰表达。本研究结果为深入研究PK2基因的上下游信号通路及其在山羊疾病中的致炎机制提供了基础数据和工具。 展开更多
关键词 山羊 前动力蛋白2 序列分析 真核表达
鸡Toll样受体15的生物信息学分析及组织表达
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作者 邢波建 于淼 +3 位作者 吴迪 徐笑 李连艳 刘玉芬 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期232-238,共7页
Toll样受体是参与机体天然免疫的一类模式分子,可以识别多种病原体相关分子模式,快速启动有效的免疫应答,在机体的抗感染免疫中发挥重要的作用。为了深入探讨鸡Toll样受体的免疫功能,为禽类相关疾病的预防和控制提供依据,试验通过RT-PC... Toll样受体是参与机体天然免疫的一类模式分子,可以识别多种病原体相关分子模式,快速启动有效的免疫应答,在机体的抗感染免疫中发挥重要的作用。为了深入探讨鸡Toll样受体的免疫功能,为禽类相关疾病的预防和控制提供依据,试验通过RT-PCR技术克隆海兰褐鸡TLR15基因的全长阅读框,同时将其胞外区片段插入载体p ET32a并导入大肠杆菌BL21(DE3)中进行优化表达,经SDS-PAGE和Western Blot法检测融合蛋白,并将融合蛋白作为免疫原免疫昆明鼠后制备多克隆抗体,同时采用免疫组织化学的方法,对ch TLR15的组织表达进行检测。结果表明,海兰褐鸡TLR15编码基因全长2 607 bp,编码868个氨基酸残基,其中胞外区1 962 bp,重组蛋白分子量约为72 ku;免疫小鼠可以产生特异性的抗体,抗体效价为1∶10 000;免疫组化检测结果显示,ch TLR15主要在脾脏中表达,在肝脏和肺部表达较少。研究结果可为禽类TLR15相关的免疫调节机制分析提供物质基础,也可为后续抗感染生物制剂的开发奠定基础。 展开更多
关键词 海兰褐鸡 TLR15 表达 序列分析
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褐飞虱一个新的海藻糖合成酶基因的特性、发育表达及RNAi效果分析 预览
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作者 唐斌 沈祺达 +5 位作者 曾伯平 肖仲久 邱玲玉 潘碧莹 李昆 张道伟 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期466-477,共12页
【背景】昆虫海藻糖合成酶基因是昆虫海藻糖合成的主要基因,大多数昆虫中只拥有一个海藻糖-6-磷酸合成酶(trehalose-6-phosphate synthase,TPS)基因,部分昆虫存在一个海藻糖-6-磷酸酯酶(trehalose-6-phosphate phosphatase,TPP)基因。... 【背景】昆虫海藻糖合成酶基因是昆虫海藻糖合成的主要基因,大多数昆虫中只拥有一个海藻糖-6-磷酸合成酶(trehalose-6-phosphate synthase,TPS)基因,部分昆虫存在一个海藻糖-6-磷酸酯酶(trehalose-6-phosphate phosphatase,TPP)基因。前期研究发现褐飞虱(Nilaparvata lugens)中拥有两个TPS,对其功能研究发现TPS不仅能够调控海藻糖代谢,还可介导海藻糖酶调控几丁质合成与降解途径,控制昆虫的蜕皮过程。【目的】通过对褐飞虱转录组测序分析获得了一个新的TPS,检测该基因在褐飞虱不同发育阶段的表达情况,探究该基因的功能与前期发现的两个TPS的区别。【方法】对获得的新TPS基因序列采用克隆技术获得全长c DNA序列,经验证正确后,对其蛋白的一级、二级、三级结构及与其他昆虫的TPS进行比对分析,最后采用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术测定3个不同TPS在褐飞虱不同发育阶段的表达,并采用RNA干扰(RNAi)技术抑制TPS3的表达。【结果】在前期研究的基础上,克隆出一个新的TPS,并命名为TPS3。TPS3开放阅读框长度为2 352 bp,编码783个氨基酸,预测蛋白分子量为88.9 kD,等电点为5.47,具有亲水性结构。生物信息学分析表明,褐飞虱3个TPS蛋白具有较高的同源性,都具有TPS和TPP两个保守结构域及其他特征序列,并且α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲所占的比例较为接近。褐飞虱不同发育阶段3条TPS的相对表达量不同,TPS1的相对表达量从4龄0 h开始逐渐上升,至成虫阶段达到最高,TPS2的相对表达量从4龄末期开始明显上升且在整个5龄阶段都有较高的表达,TPS3的相对表达量在5龄末期和成虫初期较高。单独干扰褐飞虱TPS3 48 h后被干扰基因的相对表达量下降,ds TPS3能有效抑制TPS3的表达。【结论】在褐飞虱中发现一个新的TPS(TPS3),其与褐飞虱中已经报道的TPS1和TPS2具有较高的同源性。不同发育阶段表达结果表明,3� 展开更多
关键词 褐飞虱 海藻糖-6-磷酸合成酶 序列分析 蛋白结构 实时荧光定量PCR
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椰子织蛾CSP基因的克隆与序列分析 预览
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作者 袁远 高熹 +4 位作者 喜超 杨志新 雷腾云 张连根 朱家位 《江苏农业科学》 2019年第3期43-46,共4页
利用rapid-amplification of cDNA ends(RACE)技术,克隆获得了1条椰子织蛾(Opisina aremosella)的全长化感蛋白基因序列。该基因全长为561 bp,开放阅读框全长为393 bp,3′和5′端非编码序列分别为48、120 bp,编码130个氨基酸,所编码蛋... 利用rapid-amplification of cDNA ends(RACE)技术,克隆获得了1条椰子织蛾(Opisina aremosella)的全长化感蛋白基因序列。该基因全长为561 bp,开放阅读框全长为393 bp,3′和5′端非编码序列分别为48、120 bp,编码130个氨基酸,所编码蛋白质的理论分子量为14.8 ku,等电点为5.85。同源性比对分析发现,椰子织蛾化感蛋白基因氨基酸序列有4个保守半胱氨酸位点且与其他昆虫化感蛋白基因在氨基酸的水平上相似性不高。除与棉红铃虫(Pectinophora gossypiella)相似度达71%外,与其他昆虫相比,均低于10%。SignalP预测显示,椰子织蛾化感蛋白基因所编码的前20个氨基酸为信号肽序列(MAMKYLIVLSCVLAAAIVAG)。系统进化树分析结果表明,椰子织蛾化感蛋白与稻纵卷叶螟(Cnaphalocrocis medinalis)、亚洲玉米螟(Ostrinia furnacalis)和家蚕(Bombyx mori)化感蛋白1、2、3、4聚为同一族,与家蚕化感蛋白1、2、3、4的进化程度最近。这为深入研究昆虫化学感受蛋白、揭开昆虫与环境化学信息联系的规律奠定理论基础。 展开更多
关键词 椰子织蛾 化感蛋白 基因克隆 序列分析 系统进化树
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从江香猪IFN-β基因的序列分析及原核表达 预览
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作者 温贵兰 张升波 +6 位作者 李昌红 徐丽 田浪 文明 王开功 程振涛 赵德刚 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第1期10-19,共10页
试验旨在探明从江香猪β-干扰素(interferon-beta,IFN-β)基因编码区分子序列及原核表达产物特征。以从江香猪为研究对象,提取肝脏总RNA并反转录为cDNA,设计特异性引物扩增IFN-β基因编码区,将目的基因片段克隆至原核表达质粒pET-28a上... 试验旨在探明从江香猪β-干扰素(interferon-beta,IFN-β)基因编码区分子序列及原核表达产物特征。以从江香猪为研究对象,提取肝脏总RNA并反转录为cDNA,设计特异性引物扩增IFN-β基因编码区,将目的基因片段克隆至原核表达质粒pET-28a上,获得重组质粒pET28a-CJpoIFN-β,并利用生物学软件对江香猪IFN-β基因编码区进行序列分析;将鉴定正确的重组质粒pET28a-CJpoIFN-β转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,经IPTG诱导表达、SDS-PAGE与Western blotting分析原核表达蛋白。结果表明,从江香猪IFN-β基因编码区长为561bp,编码186个氨基酸;该蛋白为分泌性蛋白,前21个氨基酸为信号肽序列;二级结构主要以α-螺旋(77.42%)和无规则卷曲(17.74%)为主。从江香猪与其他猪源IFN-β基因核苷酸序列同源性为99.5%~100.0%,与禽的同源性最低(35.2%);从江香猪与巴马猪、梅山猪IFN-β氨基酸同源性均为100.0%,但与贵州白香猪IFN-β同源性为99.5%,存在E43Q、K73R和C161R3处氨基酸的差异。Western blotting结果显示,带His标签的重组表达蛋白能被His单抗识别,条带大小约为24ku。本试验结果为进一步研究IFN-β基因生物学活性及加快从江香猪这一品种资源的有效利用提供参考依据。 展开更多
关键词 从江香猪 IFN-β基因 序列分析 原核表达
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偏肿革裥菌系统发育与Lg-mnp2和Lg-mnp3基因克隆及结构特征 预览
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作者 池玉杰 闫洪波 吴书景 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期64-69,87共7页
白腐菌偏肿革裥菌Lenzites gibbosa能分泌降解木质素的锰过氧化物酶(MnPs),为进一步鉴定试验菌株,对菌株L.gibbosa CB1进行了ITS序列(GenBank登录号为JF279440)扩增与测序,并进行了基于ITS序列的比对与系统发育分析,结果表明CB1与桦革裥... 白腐菌偏肿革裥菌Lenzites gibbosa能分泌降解木质素的锰过氧化物酶(MnPs),为进一步鉴定试验菌株,对菌株L.gibbosa CB1进行了ITS序列(GenBank登录号为JF279440)扩增与测序,并进行了基于ITS序列的比对与系统发育分析,结果表明CB1与桦革裥菌L.betulina和栓菌属Trametes等相关白腐菌的亲缘关系较近而聚类在一起,并与24个同种其他菌株的ITS序列覆盖度在85%~97%期间内的相似性都为99%,说明该菌株为偏肿革裥菌。为了获得该菌株多个编码MnP家族的基因,从而为研究MnP基因的表达调控奠定序列结构的基础,根据已知白腐菌MnPs基因保守区和已经扩增出的基因片段设计引物,以L.gibbosa CB1的基因组DNA和总RNA为模板,采用PCR、RT-PCR、RACE及染色体步移等方法,克隆到该菌株编码MnP2和MnP3的全长cDNA和DNA基因(GenBank登录号分别为JQ388597、JN571114;JQ411249、JN571116),分别命名为Lg-mnp2和Lg-mnp3。2个基因DNA全长分别为2 869、3 992 bp,都含有6个外显子和5个内含子;其启动子区域都含有TATA-Box、CAAT-Box、AP2、MRE等顺式作用元件,Lg-mnp2还含有AP1,Lg-mnp3还含有HSE;其cDNA基因分别含有50、52 bp的5′UTR,150、249 bp的3′UTR和1098、1 101 bp的完整开放阅读框ORF,分别编码了365、366个氨基酸的蛋白质多肽前体(GenBank登录号分别为AFC37493、AFC37494),成熟的Lg-mnp2蛋白含有339个氨基酸,比Lg-MnP1蛋白(GenBank登录号为ACO92620)多1个氨基酸;成熟的Lg-mnp3蛋白含有340个氨基酸,比Lg-MnP2蛋白多1个氨基酸。 展开更多
关键词 偏肿革裥菌 系统发育 锰过氧化物酶 基因克隆 序列分析
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福建省2015年本地登革热病例的病原学特征 预览
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作者 张拥军 吴生根 +3 位作者 王金章 游丽斌 阚乃鹏 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期28-33,共6页
目的 分析2015年福建省本地登革热病例部分登革病毒流行株的基因组序列,调查相关病毒株之间的遗传联系,为福建省登革热防控提供病原学证据。方法 采集急性期患者血清,实时荧光RT-PCR检测登革病毒RNA,阳性者分离病毒,扩增病毒基因组并测... 目的 分析2015年福建省本地登革热病例部分登革病毒流行株的基因组序列,调查相关病毒株之间的遗传联系,为福建省登革热防控提供病原学证据。方法 采集急性期患者血清,实时荧光RT-PCR检测登革病毒RNA,阳性者分离病毒,扩增病毒基因组并测序,以病毒全长编码区序列进行种系发生分析。结果 2015年福建省先后出现登革1型(DENV1)和登革2型病毒(DENV2)引起的本地暴发疫情,共发生4起聚集性病例,报告41例。分离到DENV1毒株9株,DENV2毒株8株。种系发生分析显示,9株DENV1高度相似,同属于基因1型(G1),提示其共同的输入来源可能为斯里兰卡;而8株DENV2病毒虽然同属于大都市基因型,却分为差异较大的两簇,表明莆田与福州两地疫情相关毒株的遗传关联度较低,可能分别来自马来西亚和印度。结论 2015年共出现4起聚集性本地登革热疫情,部分患者病毒分离株的病原学特征表明,福建省2015年本地登革热暴发疫情存在多个输入来源。 展开更多
关键词 登革热 病原学 基因组 序列分析
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人呼吸道合胞病毒兰州株基因组全长cDNA克隆的构建及鉴定 预览
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作者 朱传凤 瓦晓霞 +3 位作者 包红 寇桂英 傅生芳 马超 《微生物学免疫学进展》 2019年第1期1-7,共7页
目的构建用于呼吸道合胞病毒(respiratorysyncytialvirus,RSV)体外拯救的RSV基因组全长cDNA克隆,并进行鉴定。方法根据RSVLong株基因组序列设计并合成引物,利用RT-PCR技术分6段扩增RSVLZ01/09基因组序列并构建克隆载体;测序后,利用重叠... 目的构建用于呼吸道合胞病毒(respiratorysyncytialvirus,RSV)体外拯救的RSV基因组全长cDNA克隆,并进行鉴定。方法根据RSVLong株基因组序列设计并合成引物,利用RT-PCR技术分6段扩增RSVLZ01/09基因组序列并构建克隆载体;测序后,利用重叠PCR与酶切连接技术,根据基因组序列选择特异性酶切位点,引入KpnI、XmaI和SalI酶切位点,构建成4个亚克隆载体;将亚克隆载体的插入片段连接至经过改造且包含T7启动子、锤头状核酶、多克隆位点、丁肝核酶、T7终止子的pRSV1载体中,构建RSV基因组全长cDNA克隆;对克隆全长cDNA序列进行测定,与亲本RSVLZ01/09基因组进行同源性比对分析,并与RSV实验参比株进行系统进化树分析。结果测序结果显示,RSVLZ01/09的基因组全长为15204bp,与GenBank公布的RSV基因组序列长度相当,将完整的序列提交GenBank,登录号为KY782635;酶切及测序结果显示,用于RSV全长cDNA克隆构建的基本载体pBSKS-MCS(简称pRSV1)与预期相符,RSV全长基因组cDNA克隆质粒(简称转录载体pRSV1-4F)酶切片段大小与预期一致;同源性比对结果显示,全长cDNA序列与亲本RSVLZ01/09基因组序列同源性高达99.83%;系统进化树分析结果显示,其与RSV-A亚型序列同属于一个分支。结论测序及酶切分析结果表明已成功构建RSVLZ01/09基因组全长cDNA克隆,为建立拯救RSV重组病毒的反向遗传学系统平台奠定了基础。 展开更多
关键词 呼吸道合胞病毒 拯救 全长CDNA克隆 序列分析
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山羊腔阔盘吸虫的形态学观察和分子鉴定 预览
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作者 张卫兴 王龙 +5 位作者 田守龙 张炳顺 梁楚瑶 黄福强 刘全 张浩吉 《动物医学进展》 北大核心 2019年第2期34-38,共5页
为了从形态学和分子水平对山羊腔阔盘吸虫( Eurytrema coelomaticum )的种类鉴定提供依据,对采集自广东佛山发病山羊胰脏的阔盘吸虫在形态学观察的基础上,抽提虫体基因组DNA,通过PCR方法对虫体核糖体18S rRNA基因和线粒体cox1基因进行扩... 为了从形态学和分子水平对山羊腔阔盘吸虫( Eurytrema coelomaticum )的种类鉴定提供依据,对采集自广东佛山发病山羊胰脏的阔盘吸虫在形态学观察的基础上,抽提虫体基因组DNA,通过PCR方法对虫体核糖体18S rRNA基因和线粒体cox1基因进行扩增,将产物与pMD18-T载体连接,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞进行克隆、测序和序列分析。结果获得虫体18S rRNA基因的大小为1 922 bp,线粒体cox 1基因大小为444 bp。序列分析显示,获得的18S rRNA基因与GenBank收录的腔阔盘吸虫( E.coelomaticum ,登录号为DQ401035)同源性高达99%;线粒体cox1基因与GenBank收录的胰阔盘吸虫( E.pancreaticum ,登录号为KC535544)的同源性仅为90%。研究结果从分子水平证明采集自广东佛山山羊体的阔盘吸虫为腔阔盘吸虫( E.coelomaticum ),对山羊阔盘吸虫病的防控有指导意义。 展开更多
关键词 山羊 腔阔盘吸虫 18S核糖体RNA基因 细胞色素C氧化酶第1亚基基因 序列分析
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流行性出血病病毒(EHDV)血清7型毒株在中国的首次分离与鉴定
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作者 杨振兴 孟锦昕 +6 位作者 肖雷 朱建波 廖德芳 高林 李占鸿 杨恒 李华春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期602-610,共9页
流行性出血病(EHD)是由流行性出血病病毒(EHDV)感染反刍动物引起的一种虫媒病毒病,为了解中国云南EHDV的感染情况和病毒遗传特征,笔者课题组在云南省师宗县以EHDV血清学和核酸阴性的牛、羊为哨兵动物,拟对流行于云南省的EHDV进行分离与... 流行性出血病(EHD)是由流行性出血病病毒(EHDV)感染反刍动物引起的一种虫媒病毒病,为了解中国云南EHDV的感染情况和病毒遗传特征,笔者课题组在云南省师宗县以EHDV血清学和核酸阴性的牛、羊为哨兵动物,拟对流行于云南省的EHDV进行分离与鉴定。将采集于哨兵动物的EHDV核酸阳性血液接种BHK-21细胞进行病毒分离;通过血清中和试验与病毒Seg-2、Seg-3ORF区的序列分析,确定病毒的血清型与遗传特征;采用C-ELISA和qRT-PCR方法对EHDV感染动物血液中的抗体水平与病毒核酸进行监测。结果如下:从2013年8月采集自云南师宗县哨兵牛的血样中分离出一株EHDV(毒株号YNSZ/V269/2013),血清中和试验结果表明分离的病毒为血清型7型(EHDV-7);Seg-2、Seg-3序列分析表明分离的病毒属EHDV-7Eastern型,与日本毒株和澳大利亚EHDV-7型毒株具有最近的亲缘关系。哨兵动物病毒核酸转阳后,血清抗体迅速上升,3周后达最高点并能在该水平持续较长时间,而病毒核酸含量却迅速下降,7周后已经检测不到。本研究首次报道了EHDV-7型毒株在中国的分离、毒株序列特征以及在动物上的感染特性。研究结果可为进一步开展中国EHDV-7型病毒的全基因组测序、流行病学调查、诊断方法的建立和致病性等相关研究提供基础。 展开更多
关键词 流行性出血病病毒 病毒分离鉴定 血清型 序列分析
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两株猪伪狂犬病病毒变异株的分离鉴定及gB、gC和gE基因的分子特征分析 预览
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作者 李翔 郭振华 +3 位作者 阮海宇 乔松林 张以芳 张改平 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第3期881-890,共10页
为探明近年来河南省猪伪狂犬病病毒(PRV)的遗传变异情况,本研究于2017年采集河南漯河和中牟地区疑似伪狂犬病发病养殖场送检的脑组织病料,通过细胞盲传、噬斑纯化、间接免疫荧光试验、Western blotting和透射电镜技术进行病毒分离鉴定。... 为探明近年来河南省猪伪狂犬病病毒(PRV)的遗传变异情况,本研究于2017年采集河南漯河和中牟地区疑似伪狂犬病发病养殖场送检的脑组织病料,通过细胞盲传、噬斑纯化、间接免疫荧光试验、Western blotting和透射电镜技术进行病毒分离鉴定。TCID50法测定分离毒株的病毒滴度、生长曲线,通过小鼠感染试验测定分离毒株对小鼠的致死性。对gB、gC和gE基因进行PCR扩增、测序,并与参考毒株序列进行比对分析。结果显示,对PCR鉴定阳性的病料在PK-15细胞盲传后,两份病料在6代内均出现细胞病变,通过间接免疫荧光试验、噬斑纯化和透射电镜技术,成功分离鉴定了两株PRV,分别命名为HeN-LH株及HeN-YM株。分离毒株在PK-15细胞上的生长曲线显示,HeN-LH和HeN-YM株在感染后36h病毒滴度分别可达10^8.35和10^6.63 TCID50/mL。用不同浓度的病毒接种小鼠,结果显示,HeN-LH和HeN-YM株LD50分别为10^2.13及10^3.25 TCID50。对gB、gC和gE基因全长扩增测序后构建遗传进化树,结果显示,两株PRV毒株与Bartha、Fa和Ea等经典株的亲缘关系相对较远,而与2011年以来国内不同省份分离的PRV变异株亲缘关系较近。氨基酸序列比对分析显示,与其他变异株相似,gB、gC和gE基因均发生了多个氨基酸的变异,且在特定的位点存在特征性的氨基酸插入和缺失。本研究成功分离鉴定了两株PRV变异株,分离株对小鼠均表现出一定的致病性,本试验结果可为河南省伪狂犬病的防控工作和疫苗株的选择提供科学依据。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒(PRV) 分离鉴定 噬斑纯化 感染试验 序列分析
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杉木涩籽形成过程的花青素还原酶基因表达 预览
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作者 王培 理挪 +3 位作者 张家君 马志慧 陈宇 林思祖 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期1-8,共8页
为探究杉木涩籽形成过程中,花青素还原酶(ANR)基因在类黄酮生物合成途径中的分子调控机制,以种子为试验材料,通过RT-PCR结合RACE的方法对杉木ANR基因进行全长克隆,运用qPCR技术分析不同涩籽率的杉木家系中ANR基因在种子不同发育时期的... 为探究杉木涩籽形成过程中,花青素还原酶(ANR)基因在类黄酮生物合成途径中的分子调控机制,以种子为试验材料,通过RT-PCR结合RACE的方法对杉木ANR基因进行全长克隆,运用qPCR技术分析不同涩籽率的杉木家系中ANR基因在种子不同发育时期的表达模式。结果显示,克隆到的ANR基因全长cDNA序列为1357bp,具有一个1056bp的开放阅读框,编码351个氨基酸。保守域预测显示ANR蛋白属于SDR超家族,具有一个FR_SDR_e特异性结构域。qPCR结果发现,在高涩籽率杉木中,90、100d的表达量一直显著高于中、低涩籽率杉木;而在中、低涩籽率杉木中,ANR基因的表达模式仅仅是种子发育80d时较高,之后明显下调。表明杉木涩籽率可能与其ANR基因表达相关。 展开更多
关键词 杉木 ANR基因 基因克隆 序列分析 表达模式
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羟胺氧化酶基因克隆载体构建及生物信息学分析 预览
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作者 李恺馨 《当代化工研究》 2019年第2期141-142,共2页
工业污水的氮元素积累导致水体的富营养化是污水处理过程中的重要挑战。而节能环保的生物脱氮技术作为一种新型的脱氮方法受到大量关注和应用。在生物脱氮过程中,羟胺氧化酶作为反应的关键酶起着承上启下的作用。本文通过对欧洲亚硝化... 工业污水的氮元素积累导致水体的富营养化是污水处理过程中的重要挑战。而节能环保的生物脱氮技术作为一种新型的脱氮方法受到大量关注和应用。在生物脱氮过程中,羟胺氧化酶作为反应的关键酶起着承上启下的作用。本文通过对欧洲亚硝化单胞菌体内的羟胺氧化酶进行生物信息学分析,根据其基因序列设计引物并构建重组载体进行全长克隆,为研究者实验进行羟胺氧化酶蛋白表达及脱氮反应机理研究提供帮助。 展开更多
关键词 生物脱氮 羟胺氧化酶 序列分析 克隆
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桂花β-胡萝卜素羟化酶基因的克隆与序列分析 预览
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作者 程楠 项黛徽 +2 位作者 沈雅园 付建新 张超 《河南农业科学》 北大核心 2019年第1期99-104,共6页
为揭示桂花不同品种β-胡萝卜素羟化酶(β-carotene hydroxylase,HYB)基因的序列差异,利用已构建的桂花花瓣转录组数据库中Unigene序列信息,结合RT-PCR技术对桂花品种玉玲珑、金球桂、堰虹桂和日香桂中2个β-胡萝卜素羟化酶基因(HYB1和H... 为揭示桂花不同品种β-胡萝卜素羟化酶(β-carotene hydroxylase,HYB)基因的序列差异,利用已构建的桂花花瓣转录组数据库中Unigene序列信息,结合RT-PCR技术对桂花品种玉玲珑、金球桂、堰虹桂和日香桂中2个β-胡萝卜素羟化酶基因(HYB1和HYB2)的最大阅读框进行扩增,并测序验证。生物信息学分析结果表明,4个桂花品种HYB 1基因均含有长为909bp的开放阅读框,编码302个氨基酸残基;HYB 2基因均含有长为915bp的开放阅读框,编码304个氨基酸残基。4个桂花品种HYB1和HYB2推导的氨基酸序列均具备保守的组氨酸结构域。HYB1基因核苷酸序列存在27个变异位点,其氨基酸序列存在8个变异位点;HYB2基因核苷酸序列存在12个变异位点,其氨基酸序列存在3个变异位点。进化树分析结果发现,4个桂花品种的HYB1和HYB2蛋白与茄科植物番茄和辣椒HYB蛋白亲缘性最高。 展开更多
关键词 桂花 花色 Β-胡萝卜素羟化酶 克隆 序列分析
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1株猪圆环病毒3型全基因组克隆与序列分析
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作者 胡胜云 刘鑫宇 +3 位作者 柳迦鹏 王阳 石玉佩 周双海 《北京农学院学报》 2019年第1期66-69,共4页
【目的】克隆获得1株猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列并进行序列分析.【方法】以PCV3阳性临床样品为模板,用PCR技术扩增PCV3全基因组片段,随后进行克隆、序列测定与分析.【结果】扩增出1株PCV3全基因组片段,序列测定结果显示,这株PCV3... 【目的】克隆获得1株猪圆环病毒3型(PCV3)全基因组序列并进行序列分析.【方法】以PCV3阳性临床样品为模板,用PCR技术扩增PCV3全基因组片段,随后进行克隆、序列测定与分析.【结果】扩增出1株PCV3全基因组片段,序列测定结果显示,这株PCV3全基因组大小为2000bp,与其他国内外14株PCV3的核苷酸同源性均达98.6%以上,表明获得1株PCV3全基因组序列,且不同PCV3之间的全基因组核苷酸有非常高的同源性.PCV3与PCV1、PCV2之间的全基因组核苷酸同源性都低于50%.系统发育显示,3种PCV分别处于明显不同的分支,表明各自属于不同的基因型.【结论】获得1株PCV3全基因组序列,其与其他PCV3毒株之间的核苷酸同源性很高. 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 全基因组 基因克隆 序列分析
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辽宁省2017年5例输入性卵形疟疾的实验室诊断
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作者 王博 毛玲玲 +5 位作者 王子江 李鑫 于维君 宋歌 王周超 孙英伟 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2019年第1期80-83,共4页
目的实验室鉴定和分析输入性卵形疟疾,比较不同实验室检测方法的结果并分析其基因型别,以避免卵形疟疾的误诊与漏诊。方法分别采用吉氏染色镜检、疟疾快速诊断试验(RDT)和巢式多重PCR 3种方法对辽宁省务工归来的5例输入性卵形疟疾患者... 目的实验室鉴定和分析输入性卵形疟疾,比较不同实验室检测方法的结果并分析其基因型别,以避免卵形疟疾的误诊与漏诊。方法分别采用吉氏染色镜检、疟疾快速诊断试验(RDT)和巢式多重PCR 3种方法对辽宁省务工归来的5例输入性卵形疟疾患者进行检测,并比较检测结果。对5例患者外周血中的疟原虫18S r RNA基因进行测序和同源性分析。结果 5例卵形疟疾患者通过吉氏染色镜检均观察到典型的卵形疟原虫形态,疟疾RDT和PCR检测结果均为阳性。对5例外周血中疟原虫的18S rRNA基因进行测序,获得1条长度均为800 bp的序列,通过GenBank比对,与已知卵形疟疾18S r RNA同源性达到99%。结论巢式PCR检测、疟疾RDT和疟疾染色镜检的结果一致,均为卵形疟原虫,需及时加强疟疾流行地区对疟原虫实验室镜检的检测能力水平,联合分子生物学检测技术可大大降低实验室误诊和漏诊。 展开更多
关键词 卵形疟疾 巢式聚合酶链式反应 序列分析 镜检
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