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狐源犬瘟热病毒HBF-1株全基因组序列测定及其分析
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作者 卜研 薛向红 +3 位作者 闫喜军 朱翔宇 胡博 史宁 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期510-516,540,共8页
通过比对GenBank中已发表的21株犬瘟热病毒全基因组序列,利用Primer Premier5.0设计了首尾重叠的11对特异性引物,对1株适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1的全基因组进行RT-PCR扩增。将扩增获得的11个特异性目的片段分别连接到pEA... 通过比对GenBank中已发表的21株犬瘟热病毒全基因组序列,利用Primer Premier5.0设计了首尾重叠的11对特异性引物,对1株适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1的全基因组进行RT-PCR扩增。将扩增获得的11个特异性目的片段分别连接到pEASY-Blunt载体,筛选出阳性克隆子。经过反复测序后,对11个片段的序列进行拼接最终获得了HBF-1株全基因组序列。利用DNAstar和MEGA6.0软件,分析HBF-1株与其他已公布CDV序列遗传进化关系。结果显示,适应Vero-dSlam细胞的犬瘟热病毒强毒HBF-1基因组全长为15690bp,与最初分离株Hebei株的同源性高达为99.8%,与国内黑龙江分离株HLJ-06的亲缘关系较近,同源性为98.5%,同经典疫苗株的亲缘关系相对较远,同源率为92.7%。HBF-1是分离株Hebei的Vero-dSlam细胞适应株,对二者基因编码区的序列比对,共出现13处氨基酸突变。其中,P蛋白突变率为0.39%,H蛋白突变率为0.33%,是2个变异率最高的结构蛋白。这些变异很有可能是病毒在适应Vero-dSlam细胞过程中形成的,但它们对HBF-1的致病性和毒力强弱是否存在影响,后续我们将深入研究。因此,开展细胞适应株HBF-1的全基因组序列测定及序列分析,对未来研究强毒株与Slam受体互作关系,及强毒株的致弱机制提供基础。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒 全基因组序列测定 序列分析
三叶崖爬藤叶绿体基因组的组装与序列分析
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作者 蒋明 王军峰 +2 位作者 应梦豪 杨如棉 马佳莹 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期461-468,共8页
目的以药用植物三叶崖爬藤为材料,在利用高通量技术测定DNA序列的基础上,对叶绿体基因组进行组装和序列分析,为进一步开展群体遗传学和多样性研究奠定基础。方法利用HiSeqXTen测定三叶崖爬藤的DNA序列,用NOVOPlasty组装叶绿体基因组,在... 目的以药用植物三叶崖爬藤为材料,在利用高通量技术测定DNA序列的基础上,对叶绿体基因组进行组装和序列分析,为进一步开展群体遗传学和多样性研究奠定基础。方法利用HiSeqXTen测定三叶崖爬藤的DNA序列,用NOVOPlasty组装叶绿体基因组,在基因注释的基础上开展序列分析。结果三叶崖爬藤叶绿体基因组的全长为160 189 bp,GC值37.5%,具1个典型的四分区域结构,包括1个大单拷贝区、1对反向重复区和1个小单拷贝区,序列长度分别为88 184、26 519、18 967 bp。三叶崖爬藤的叶绿体基因组共有133个基因,其中编码蛋白基因、rRNA基因与tRNA基因的数量分别为88、8、37个。位于反向重复区和小单拷贝区的ycf1基因3’端发生缺失,是1个假基因。结论三叶崖爬藤的叶绿体基因组的组装和序列分析为后续开展群体遗传学和遗传多样性研究奠定了基础。 展开更多
关键词 三叶崖爬藤 叶绿体基因组 组装 DNA序列 序列分析
闽西地区猪流行性腹泻病毒S基因遗传进化特征及序列分析
3
作者 董波 傅云扉 +2 位作者 戴爱玲 李晓华 杨小燕 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期469-475,共7页
获得6株闽西地区PEDV毒株,对其S基因全长序列进行分析,确定闽西毒株S基因同源性和遗传进化关系。结果显示,闽西毒株S基因相互间高度保守,与当前国内外流行毒株高度同源,属于当前流行毒株。并且,闽西毒株与疫苗毒株CV777和早期韩国毒株(D... 获得6株闽西地区PEDV毒株,对其S基因全长序列进行分析,确定闽西毒株S基因同源性和遗传进化关系。结果显示,闽西毒株S基因相互间高度保守,与当前国内外流行毒株高度同源,属于当前流行毒株。并且,闽西毒株与疫苗毒株CV777和早期韩国毒株(DR13和SM98)均存在遗传差异。序列比对结果显示,与疫苗毒株CV777相比,闽西毒株S基因中和表位区域COE中存在8~11个突变位点,与2010年后中国分离毒株相似。重组分析显示,闽西毒株与当前国内流行毒株起源相同,为早期疫苗毒株和变异毒株的重组毒株,这可能是导致近期疫苗接种失败的原因。本试验结果对了解闽西地区以及我国PEDV的流行病学提供了资料基础,为PEDV新疫苗的研发提供了理论基础。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 S基因 遗传特征 序列分析 重组分析
基于粪便DNA技术的鸟类物种鉴定体系研究 预览
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作者 秦啼 王东权 +3 位作者 曲宁新 刘帅齐 李波 柴洪亮 《野生动物学报》 北大核心 2020年第1期145-151,共7页
利用粪便DNA技术对候鸟进行物种鉴定,对了解鸟类在繁殖地和越冬地的种类分布、研究其迁徙路线等具有重要意义。本研究扩增、测定了76份雁形目鸟类粪便的D-loop区序列,将其与NCBI数据库中已知鸟类同源序列进行比对分析(BLAST比对法)。结... 利用粪便DNA技术对候鸟进行物种鉴定,对了解鸟类在繁殖地和越冬地的种类分布、研究其迁徙路线等具有重要意义。本研究扩增、测定了76份雁形目鸟类粪便的D-loop区序列,将其与NCBI数据库中已知鸟类同源序列进行比对分析(BLAST比对法)。结果表明:相似度为98.07%—100%,其中75%的单倍型可以被认定为单一物种,25%的单倍型检测为非单一物种,即包含2个近缘物种。比较基于Ts、Ts+Tv碱基替换计算的K2P遗传距离,说明后者更适合于D-loop区序列特征。而且,以此为基础的遗传距离法、ABGD划分法和系统发育树法可以得出一致的物种鉴定结果,消除了BLAST比对法时出现的非单一物种。由此构建了一套方法齐全、标准明确的鸟类粪便物种鉴定体系。该体系使得鸟类物种鉴定流程更具系统性、规范性,得出可信的鉴定结论,可以推广应用于其他检材的物种鉴定领域。 展开更多
关键词 雁形目鸟类 粪便DNA分析 物种鉴定 控制区 序列分析
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秀珍菇原基形成相关基因PpFBD 1的克隆与表达研究 预览
5
作者 王伟科 宋吉玲 +3 位作者 陆娜 袁卫东 闫静 陈观平 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期93-97,共5页
前期研究中通过对秀珍菇经低温诱导后不同发育阶段样本进行转录组测序及差异表达基因分析发现,ID为Cluster-6377.64510的基因(命名为PpFBD 1)在原基形成前期的样本中高表达。为进一步了解分析其表达特性及功能,根据转录组测序结果设计... 前期研究中通过对秀珍菇经低温诱导后不同发育阶段样本进行转录组测序及差异表达基因分析发现,ID为Cluster-6377.64510的基因(命名为PpFBD 1)在原基形成前期的样本中高表达。为进一步了解分析其表达特性及功能,根据转录组测序结果设计特异性引物,利用RT-PCR技术从秀珍菇中克隆获得了该基因的cDNA全长。该基因由342个核苷酸组成,编码一个由113个氨基酸组成的蛋白,蛋白相对分子质量约11 ku。进化树分析显示,PpFBD 1编码蛋白与糙皮侧耳hydrophobin 1编码的疏水蛋白亲缘关系最近。Gene Ontology功能分析表明,PpFBD 1主要参与真菌类细胞壁的合成。荧光定量RT-PCR检测显示,该基因在菌丝体经低温诱导后恢复至室温阶段(原基形成前期)表达量最高,这表明其可能参与调控秀珍菇原基形成过程。本研究结果为阐明秀珍菇原基形成机制提供参考。 展开更多
关键词 秀珍菇 PpFBD 1 基因克隆 序列分析 表达分析
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棉花色素腺体发育相关基因GhNAC201的克隆与表达分析 预览
6
作者 张曦 钱玉源 +6 位作者 刘祎 王广恩 宋世佳 李晓飞 米换房 崔淑芳 李俊兰 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期29-35,共7页
为了探究GhNAC201在棉花色素腺体发育中的作用,应用RT-PCR的方法克隆了有腺体棉花中棉所12中GhNAC201基因的编码区序列,并进行生物信息学分析。利用荧光定量PCR对有腺体和无腺体棉花材料不同生育时期、不同组织部位和不同激素处理下GhNA... 为了探究GhNAC201在棉花色素腺体发育中的作用,应用RT-PCR的方法克隆了有腺体棉花中棉所12中GhNAC201基因的编码区序列,并进行生物信息学分析。利用荧光定量PCR对有腺体和无腺体棉花材料不同生育时期、不同组织部位和不同激素处理下GhNAC201基因的表达情况进行分析。结果显示,GhNAC201编码区为948 bp,编码315个氨基酸。GhNAC201蛋白分子量为36.8 ku,理论pI 5.97,二级结构预测存在27.94%的α-螺旋、5.40%的β-转角、18.10%的延伸链和48.57%的无规则卷曲。三维结构预测表明,GhNAC201的26-190氨基酸与水稻胁迫应答NAC1蛋白序列高度匹配,模型维度为X:55.229?,Y:36.150?,Z:46.112?。GhNAC201在30-163氨基酸处存在1个NAM结构域,预测有5个苏氨酸、6个丝氨酸和4个酪氨酸磷酸化位点位于NAM结构域内。亚细胞定位预测GhNAC201可能位于分泌通路或除线粒体、叶绿体之外的其他亚细胞结构。不同物种中GhNAC201同源蛋白序列的相似性较高,存在5个高度保守的基序。GhNAC201与亚洲棉、雷蒙德氏棉中的同源蛋白的基序组成模式完全一致。GhNAC201基因在中棉所12各组织部位的表达量均极显著高于显性和隐性无腺体棉,且受ABA、BR、GA和MeJA诱导极显著上调表达,基因的时空表达模式与腺体密度的时空分布规律也趋于一致。综上所述,GhNAC201与棉花色素腺体发育密切相关,可能通过ABA、BR、GA和JA通路调控腺体发育或棉酚代谢。 展开更多
关键词 棉花 NAC转录因子 GhNAC201 序列分析 表达分析
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2019新型冠状病毒基因组序列分析比对及其可能药物的寻找
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作者 苏嘉洛 王康泓 杜成林 《华西医学》 CAS 2020年第3期269-273,共5页
2019新型冠状病毒具有潜伏周期长、传染性强、人群普遍易感的特点,目前没有特效药能较好地治疗新型冠状病毒肺炎。为增加对2019新型冠状病毒分子生物学水平的认知并尝试寻找有效治疗药物,该文利用SnapGene Viewer对由国家基因组科学数... 2019新型冠状病毒具有潜伏周期长、传染性强、人群普遍易感的特点,目前没有特效药能较好地治疗新型冠状病毒肺炎。为增加对2019新型冠状病毒分子生物学水平的认知并尝试寻找有效治疗药物,该文利用SnapGene Viewer对由国家基因组科学数据库发布的5株2019新型冠状病毒的基因组序列进行分析,得出该病毒的基因组长度约为29.8 kb,并预测了12个开放阅读框,发现开放阅读框中存在5个核苷酸变化的位点。此外,该文分析了严重急性呼吸综合征暴发时期使用药物、当前治疗新型冠状病毒肺炎的药物及其他可能药物等3个方面,以寻找部分具有临床治疗效果的可能药物。 展开更多
关键词 2019新型冠状病毒 序列分析 基因组 可能药物
细胞色素B基因检测方法在物种鉴定中的应用 预览
8
作者 王璐 冯慧 冯成利 《陕西农业科学》 2020年第1期74-76,共3页
运用DNA分析方法进行物种的鉴定是近些年来形成的一种愈发成熟并且精确、可靠的技术手段,其中位于线粒体DNA中的细胞色素B基因因为在不同种属间有着明显的差异,可以用来作为物种分子鉴定中的标准基因,笔者通过对动物样品的实际检测研究... 运用DNA分析方法进行物种的鉴定是近些年来形成的一种愈发成熟并且精确、可靠的技术手段,其中位于线粒体DNA中的细胞色素B基因因为在不同种属间有着明显的差异,可以用来作为物种分子鉴定中的标准基因,笔者通过对动物样品的实际检测研究,证明了在非法贸易动物物种鉴定以及动物肉质食品真假鉴定中,可以将细胞色素B基因检测方法作为一种非常有效的技术手段。 展开更多
关键词 细胞色素B基因 序列分析 物种鉴定 肉质食品鉴定
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河南省肉鸡4株禽传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析
9
作者 李宛玉 许鑫 +5 位作者 胡雯 吴永艳 阚云超 姚伦广 王新卫 冀君 《畜牧与兽医》 北大核心 2020年第1期107-114,共8页
通过病料接种SPF鸡胚和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2017至2018年从河南省不同发病鸡场分离到4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),分别命名为HB/L1/201711、ZMD/L2/201704、SQ/L3/201803、LY/L4/201710,并对4株毒株S1基因进行克隆和序列分析。... 通过病料接种SPF鸡胚和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2017至2018年从河南省不同发病鸡场分离到4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),分别命名为HB/L1/201711、ZMD/L2/201704、SQ/L3/201803、LY/L4/201710,并对4株毒株S1基因进行克隆和序列分析。结果:HB/L1/201711、SQ/L3/201803 S1基因全长1 620 nt,编码540 aa,其裂解位点分别为HRRRR,分属于基因型V、Ⅰ分支;ZMD/L2/201704、LY/L4/201710株S1基因全长1 617 nt,编码539 aa,其裂解位点为RRSRR,属于基因型Ⅱ分支。ZMD/L2/201704与LY/L4/201710分离株核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较高,分别为97.6%、95.4%,与另外2株分离株之间核苷酸序列同源性为76.5%、76.8%。4株分离株与国内外参考毒株及疫苗株的氨基酸序列同源性在58.5%~98%之间,具有较大的差异性。其中:ZMD/L2/201704、LY/L4/201710与491型传支疫苗氨基酸同源性较高,可达95.4%、95.9%;SQ/L3/201803与CHI分支参考毒株氨基酸同源性在94.6%~98.9%之间;HB/L1/201711与TWⅠ型毒株2575/98、3468/07有较高同源性,分别为94.8%和93.5%。本研究表明河南省肉鸡鸡群鸡传染性支气管炎病毒基因型相对复杂,推测存在重组与突变。 展开更多
关键词 传染性支气管炎病毒 S1基因 同源性 序列分析
翠竹及菲白竹LEA3同源基因的克隆及序列分析
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作者 黄小云 王奇 +4 位作者 牛伟超 林福永 鄢波 黄美娟 黄海泉 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期1109-1115,共7页
竹类植物在中国有着非常悠久的栽培历史,并被广泛应用于园林、造林、庭院以及食品等行业。本研究以翠竹和菲白竹为材料提取其叶片总DNA,采用PCR方法获得翠竹SpLEA3基因与菲白竹SfLEA3-1、SfLEA3-2基因;其中SfLEA3全长804 bp,编码195个... 竹类植物在中国有着非常悠久的栽培历史,并被广泛应用于园林、造林、庭院以及食品等行业。本研究以翠竹和菲白竹为材料提取其叶片总DNA,采用PCR方法获得翠竹SpLEA3基因与菲白竹SfLEA3-1、SfLEA3-2基因;其中SfLEA3全长804 bp,编码195个氨基酸,GC含量为68.4%;SfLEA3-1全长803 bp,编码195个氨基酸,G C含量为68.2%;SfLEA3-2全长557 bp,编码144个氨基酸,GC含量为67.8%。通过ProtParamy等生物软件分析,SfLEA3、SfLEA3-1和SfLEA3-2与贵州悬竹i£43基因同源性高达61%以上,且3个基因编码蛋白均属于亲水性蛋白。源自2个竹种基因均包含一个完整的开放阅读框,其编码的氨基酸含有4〜6个由11个氨基酸组成的保守基元序列。本研究不仅为深入了解竹类植物抗旱的分子机理研究提供了基础数据,也为竹类植物的抗旱育种后续研究提供了科学依据。 展开更多
关键词 翠竹(S.pygmaea) 菲白竹(S.fortunei) LEA3同源基因 基因克隆 序列分析
小琴丝竹和凤尾竹LEA3基因的克隆及分析
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作者 牛伟超 罗超 +3 位作者 黄小云 鄢波 黄海泉 黄美娟 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期1116-1122,共7页
中国竹类植物资源丰富,栽培历史悠久,是集生态、经济和社会价值于一身的园林植物。本研究以小琴丝竹和凤尾竹为材料提取叶片总DNA,通过PCR扩增技术克隆得到2种竹类植物基因,其中小琴丝竹LE43基因全长810bp,编码区序列编码188个氨基酸,G... 中国竹类植物资源丰富,栽培历史悠久,是集生态、经济和社会价值于一身的园林植物。本研究以小琴丝竹和凤尾竹为材料提取叶片总DNA,通过PCR扩增技术克隆得到2种竹类植物基因,其中小琴丝竹LE43基因全长810bp,编码区序列编码188个氨基酸,GC含量为67.9%;凤尾竹LEA3基因全长分别为810bp和834bp,编码区序列分别编码188个氨基酸和195个氨基酸,GC含量为67.72%和68.53%。通过DNAMAN等生物软件分析发现,小琴丝竹和凤尾竹基因与其他禾本科基因同源性均在77%以上,同源性较高,且编码蛋白均属于稳定的亲水蛋白;此外,小琴丝竹和凤尾竹LEA3基因均包含一个完整的开放阅读框,其编码的氨基酸均含有6个由11个氨基酸组成的保守基元序列,本研究不仅为分析其他竹类植物的脱水耐受性机制提供基础数据,同时也为竹类植物及其他农作物抗旱育种提供了科学依据。 展开更多
关键词 小琴丝竹(Sambusa multiplex cv. Alphonse-Karr) 凤尾竹(Sambusamultiplex cv.Fernleaf) LEA3基因 基因克隆 序列分析
犬弓首蛔虫MUC -1基因的克隆及序列分析
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作者 江艾耘 李芳 +1 位作者 陈绍基 周荣琼 《西南大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期81-87,共7页
为研究犬弓首蛔虫(Toxocara canis,T.canis)黏蛋白1基因(Tc-MUC-1)的分子特征,该试验根据犬弓首蛔虫基因组数据库中的Tc-MUC-1基因序列设计引物,通过PCR技术克隆Tc-MUC-1全长基因,并进行多重序列比对和种系发育进化树分析.结果发现该基... 为研究犬弓首蛔虫(Toxocara canis,T.canis)黏蛋白1基因(Tc-MUC-1)的分子特征,该试验根据犬弓首蛔虫基因组数据库中的Tc-MUC-1基因序列设计引物,通过PCR技术克隆Tc-MUC-1全长基因,并进行多重序列比对和种系发育进化树分析.结果发现该基因全长为531 bp,编码176个氨基酸.功能结构域分析发现Tc-MUC-1蛋白包含1个由11个STSSSSA重复序列构成的Mucin结构域和2个ShKT结构域;GO分析显示具有蛋白质结合和金属离子结合功能;多重序列比对发现Tc-MUC-1与T.canis的其余4个黏蛋白(Tc-MUC-2-Tc-MUC-5)均含有2个由36个氨基酸组成的ShKT结构域;种系发育进化树分析显示Tc-MUC-1与双胃线虫(Pristionchus pacificus;GenBank No.PDM76930)和秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans;GenBank No.NP491509)进化关系较近. 展开更多
关键词 犬弓首蛔虫 MUC-1基因 克隆 序列分析
基因C型鸭甲肝病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析
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作者 李娇 祖立闯 孟凡生 《中国家禽》 北大核心 2020年第3期106-109,共4页
为确定发病鸭场的致病原,并掌握该致病原的遗传进化特征,进行了临床病料的RT-PCR检测、病毒分离与鸭胚病变特征观察、分离毒株半数致死量(ELD50)测定、动物回归试验、VP1基因序列分析等研究。结果显示:临床病料样品经DHAV-C特异性引物... 为确定发病鸭场的致病原,并掌握该致病原的遗传进化特征,进行了临床病料的RT-PCR检测、病毒分离与鸭胚病变特征观察、分离毒株半数致死量(ELD50)测定、动物回归试验、VP1基因序列分析等研究。结果显示:临床病料样品经DHAV-C特异性引物检测为阳性,病料样品可引起10日龄鸭胚规律性死亡以及肝脏肿大、出血等特征性病变,分离毒株对鸭胚的ELD50为10^-6.32/0.1mL,分离毒株对雏鸭的致死率达100%,并可引起雏鸭精神沉郁、运动障碍、肝脏肿大出血等典型症状,分离毒株VP1基因序列与GenBank中登录的DHAV-C VP1基因的同源性在96.5%~100%之间,遗传进化关系中分离毒株与DHAV-C各毒株处于同一个分支,而与DHAV-A、DHAV-B处于不同分支。试验结果为研制针对DHAV-C流行毒株的诊断试剂和新型疫苗奠定了基础。 展开更多
关键词 基因C型鸭甲肝病毒 分离鉴定 VP1基因 序列分析
猪繁殖与呼吸综合征病毒GZZJ201711株全基因组序列分析 预览
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作者 陈广 张升波 +8 位作者 温贵兰 李昌红 徐丽 田浪 张喜懿 龚新勇 陈彦希 文明 王开功 《动物医学进展》 北大核心 2020年第1期20-26,共7页
为了解贵州省毕节地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)基因变异情况,于2017年从贵州毕节地区某疑似感染PRRSV猪群分离到1株PRRSV,将其命名为GZZJ201711毒株。采用RT-PCR分段扩增出PRRSV GZZJ201711株13个基因片段,分别连接到pMD19-T载体... 为了解贵州省毕节地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)基因变异情况,于2017年从贵州毕节地区某疑似感染PRRSV猪群分离到1株PRRSV,将其命名为GZZJ201711毒株。采用RT-PCR分段扩增出PRRSV GZZJ201711株13个基因片段,分别连接到pMD19-T载体上进行测序,拼接后得到PRRSV GZZJ201711株全基因组长15 322 bp (去除polyA尾),包括5’UTR、ORFla-ORF7、3’UTR。序列分析表明,GZZJ201711株与欧洲型Lelystad virus(LV)株核苷酸同源性为60.3%,与美洲型毒株代表株ATCC VR-2332核苷酸同源性为89.2%,与HP-PRRSV(HUN4、JXA1、TJ)等毒株同源性在98.8%~98.9%之间。GZZJ201711株与高致病性毒株JXA1、HUN4、TJ属于同一小分支,其中与XJu-1、GDHY毒株遗传关系最近。GZZJ201711毒株的NSP2基因有30个氨基酸缺失,与JXA1、HUN4、TJ等HP-PRRSV毒株缺失位置一致。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 全基因组 序列分析
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水貂犬瘟热病毒分离鉴定及其H基因序列分析 预览
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作者 刘彩红 曹玉姣 +7 位作者 丁航天 崔宁宁 王凌霄 贺雯熹 霍宁宁 黄柏成 刘玉秀 田克恭 《动物医学进展》 北大核心 2020年第1期27-33,共7页
为了解山东地区水貂犬瘟热病毒(CDV)遗传变异特征,采集水貂养殖场的发病水貂病料,通过RT-PCR鉴定为CDV阳性,将阳性病料接种Vero/Dog SLAM细胞进行病毒分离,通过间接免疫荧光、电镜负染、测序等方法鉴定,得到4株犬瘟热病毒,分别命名为WD... 为了解山东地区水貂犬瘟热病毒(CDV)遗传变异特征,采集水貂养殖场的发病水貂病料,通过RT-PCR鉴定为CDV阳性,将阳性病料接种Vero/Dog SLAM细胞进行病毒分离,通过间接免疫荧光、电镜负染、测序等方法鉴定,得到4株犬瘟热病毒,分别命名为WD1株、WD2株、WX1株和WX2株。分离株H基因测序结果显示,WD1株、WD2株、WX1株均为Asia-Ⅰ型,其中WD1和WD2与近几年仅在水貂和狐狸养殖场流行的新犬瘟热毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.5%~99.2%和97%~99%;WX-1型与国内犬源HL001株的同源性最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.6%和99.5%;WX2与疫苗株同属于一个分支,与疫苗毒Lederle株核苷酸和氨基酸序列同源性高达99.5%和98.8%。结果表明,水貂养殖场存在多株犬瘟热病毒混合感染的情况,提醒养殖场应注意防控,该结果也为犬瘟热病毒分子流行病学积累了资料。 展开更多
关键词 水貂 犬瘟热病毒 分离鉴定 H基因 序列分析
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基于宏基因组学的二代测序技术快速诊断肾移植术后单纯疱疹病毒性肺炎1例并文献复习 预览
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作者 卓惠长 林建东 尤彦菁 《福建医科大学学报》 2020年第1期59-61,共3页
病毒性肺炎是肾移植术后合并肺炎的常见类型[1-4],在术后3~6月高发,以巨细胞病毒感染为主[5]。国内罕有确诊肾移植术后单纯疱疹病毒(herpes simplex virus,HSV)性肺炎,国外多年前有从尸检肺中分离出HSV的报道[6],这可能与病毒性肺炎诊... 病毒性肺炎是肾移植术后合并肺炎的常见类型[1-4],在术后3~6月高发,以巨细胞病毒感染为主[5]。国内罕有确诊肾移植术后单纯疱疹病毒(herpes simplex virus,HSV)性肺炎,国外多年前有从尸检肺中分离出HSV的报道[6],这可能与病毒性肺炎诊断困难有关。 展开更多
关键词 序列分析 肾移植 肺炎 病毒性
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花生NBS-LRR类基因P9的克隆与序列分析
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作者 朱晓峰 姜涛 +3 位作者 赵西拥 王嵩 汪清 倪皖莉 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期737-743,共7页
为探索花生NBS-LRR类基因在花生抗病中的分子作用机制,本研究以花生品种‘Z525’为试验材料,采用电子克隆与RT-PCR相结合的方法,克隆了花生叶片中的P9基因。结果表明,获得一个长度为3557 bp的序列,该序列包含一个完整的开放阅读框(ORF),... 为探索花生NBS-LRR类基因在花生抗病中的分子作用机制,本研究以花生品种‘Z525’为试验材料,采用电子克隆与RT-PCR相结合的方法,克隆了花生叶片中的P9基因。结果表明,获得一个长度为3557 bp的序列,该序列包含一个完整的开放阅读框(ORF),ORF的长度为3195 bp(93 bp~3287 bp),编码1064个氨基酸(120.4 kD),等电点pI为5.92。序列分析表明,该基因编码的蛋白与花生中假定的抗性蛋白RPP13-like及花生二倍体野生种Arachis duranensis和Arachis ipaensis推测的抗病蛋白At3g14460、RPP13-like高度相似;P9蛋白属于NBS-LRR家族,具有典型的NB-ARC和LRR-3两个保守结构域,推测该基因参与花生抗病调控过程。蛋白质亚细胞定位预测表明该基因编码的蛋白主要位于叶绿体中,可能少量分布于细胞核中,推测该基因可能主要作为叶绿体蛋白参与细胞的抗氧化、抗衰老等抗逆过程,其次作为转录因子参与转录调控作用。本研究克隆了P9基因的全长cDNA序列,并对该基因序列、结构和功能等方面进行了分析,为进一步研究花生抗病分子机制提供理论基础,同时为花生抗病品种的选育提供理论支持。 展开更多
关键词 花生 P9基因 克隆 序列分析
苹果Actin基因片段克隆及序列分析 预览
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作者 秦子禹 张向昆 +1 位作者 王娜 项殿芳 《江苏农业科学》 2020年第1期66-70,共5页
以红富士苹果叶片为材料,提取总RNA,利用反转录PCR(reverse transcriptase PCR,RT-PCR)技术扩增得到长度约1000 bp的基因片段,对其进行回收、克隆后测序并进行序列分析。结果表明,该基因片段长度为1048 bp,编码348个氨基酸,其核苷酸序... 以红富士苹果叶片为材料,提取总RNA,利用反转录PCR(reverse transcriptase PCR,RT-PCR)技术扩增得到长度约1000 bp的基因片段,对其进行回收、克隆后测序并进行序列分析。结果表明,该基因片段长度为1048 bp,编码348个氨基酸,其核苷酸序列与白梨Actin基因的同源性达99%,与桃、中国李、欧洲甜樱桃、枣4种果树Actin基因的同源性在90%以上,其编码的氨基酸序列与其他植物肌动蛋白的同源性达97%以上,说明克隆得到的片段为苹果Actin基因,具有较高的保守性和同源性。 展开更多
关键词 苹果 ACTIN基因 克隆 序列分析 RT-PCR
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赤子爱胜蚓Calreticulin的cDNA和氨基酸序列分析
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作者 张丽娜 田九博 +5 位作者 王萱 马培元 孟凡秀 文朝朝 魏艳 于保锋 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2020年第1期26-32,共7页
目的分析赤子爱胜蚓Calreticulin的cDNA和氨基酸序列。方法从本院构建的赤子爱胜蚓cDNA文库中经测序获得其Calreticulin cDNA序列。采用生物信息学分析工具DNAMAN、NCBI ORF finder、ExPASy Protparam、ExPASY Protscale、NCBI Conserve... 目的分析赤子爱胜蚓Calreticulin的cDNA和氨基酸序列。方法从本院构建的赤子爱胜蚓cDNA文库中经测序获得其Calreticulin cDNA序列。采用生物信息学分析工具DNAMAN、NCBI ORF finder、ExPASy Protparam、ExPASY Protscale、NCBI Conserved Domains、SignalP 4.1 Server、TMHMM Server v.2.0、SOSUI、NetPhos 3.1 Server、PSORT、SOPMA、ExPASy COILS、SWISS-MODEL分别对Calreticulin的cDNA序列、氨基酸序列、一级结构基本理化性质、亲/疏水性、保守结构域、信号肽、跨膜区、可溶性、磷酸化修饰、亚细胞定位、二级结构、卷曲螺旋域以及三级结构进行预测及分析。结果赤子爱胜蚓Calreticulin cDNA序列长476 bp,其中包含354 bp的开放阅读框,编码118个氨基酸残基;Calreticulin由19种氨基酸组成,呈酸性,为稳定的可溶性亲水蛋白;具有1段Calreticulin超家族保守结构域;不存在信号肽和跨膜结构;具有12个潜在的磷酸化位点;主要存在于细胞核中;二级结构元件主要由α-螺旋(29.66%)和无规则卷曲(50.85%)组成,具有卷曲螺旋;三级结构预测结果与二级结构一致。结论掌握了赤子爱胜蚓Calreticulin的理化性质,预测了其潜在的特征,并分析了其结构,为后续深入开展其功能及分子作用机制的研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 赤子爱胜蚓 CALRETICULIN CDNA 氨基酸 序列分析
2016年福建省B型流感病毒基因特征分析 预览
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作者 陈宏彬 张炎华 +3 位作者 林琦 修文琼 翁育伟 谢剑锋 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期118-123,157,共7页
目的分析2016年福建省B型流感病毒(Influenza Virus)血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuramidinase,NA)的基因变异。方法从中国疾病预防控制信息系统采集日期2016.1.1至2016.12.31的福建省流感监测数据。毒株来源2016年福建省流... 目的分析2016年福建省B型流感病毒(Influenza Virus)血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuramidinase,NA)的基因变异。方法从中国疾病预防控制信息系统采集日期2016.1.1至2016.12.31的福建省流感监测数据。毒株来源2016年福建省流感网络监测流感样病例,提取病毒(犬肾传代细胞或鸡胚培养分离)核酸进行RT-PCR扩增HA和NA基因片段并测序,MEGA5.0分析基因特征。结果测序51株B型流感病毒HA、NA片段,与疫苗株核苷酸同源性在97.8%~100%。研究发现2株重配株(BY-NA/BV-NA)、耐药株1株、Victoria系HA片段新增一个糖基化位点(197),酶活性中心和周围的相关位点氨基酸仍保持高度保守。结论2016年福建省B型流感毒株少数发生变异与疫苗株不匹配。 展开更多
关键词 B型流感病毒 血凝素 神经氨酸酶 序列分析
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