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基于拟比对CNN方法的人类p53癌症基因二级数据库构建及分析 预览
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作者 王丹丹 李晨鸿 +2 位作者 徐海阳 蔡蓉 朱平 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期15-20,共6页
以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数... 以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数据的检索、链接和统计分析等功能。本文提出一种拟比对CNN方法对p53癌症基因序列进行比对分析,通过改善传统CNN相似度评估公式,增强两序列全局比对相似度的敏感性和可靠性。结果表明,将改进的序列比对算法应用于乳腺癌和非小细胞肺癌p53外显子基因序列比对,发现外显子5突变后序列比对结果存在较大差异,可以作为区别这两种癌症的参考。此外,通过将一级数据库以XML形式转化成二级数据库,实现了网络数据与本地数据的动态交换。 展开更多
关键词 二级数据库 癌症 p53基因序列 细胞神经网络 序列比对
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2017年我国部分地区h9.4.2.5分支H9N2亚型禽流感病毒全基因序列分析
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作者 卢秀娴 亓文宝 +2 位作者 张思远 梁昭平 叶贺佳 《中国家禽》 北大核心 2019年第16期52-57,共6页
H9N2亚型禽流感病毒(AIV)h9.4.2.5分支近年在我国广泛流行,为了解其分子特征及变异特点和进化规律,对从2017年我国不同地区分离到的10株H9N2亚型AIV进行了全基因序列测定及分析。结果表明:10株H9N2亚型AIVHA裂解位点均没有连续的碱性氨... H9N2亚型禽流感病毒(AIV)h9.4.2.5分支近年在我国广泛流行,为了解其分子特征及变异特点和进化规律,对从2017年我国不同地区分离到的10株H9N2亚型AIV进行了全基因序列测定及分析。结果表明:10株H9N2亚型AIVHA裂解位点均没有连续的碱性氨基酸插入,属于低致病性。遗传进化分析表明:10个分离株的HA基因均属于h9.4.2.5分支,NA基因均处于Y280-like分支;6个内部基因(PB2、PB1、PA、NP、NS、M)与H5、H7亚型高致病性AIV处于同一分支,有可能发生不同程度的基因重配。 展开更多
关键词 H9N2亚型禽流感病毒 h9.4.2.5 序列比对 遗传分析
4K超高清视频序列内容一致性检测的关键技术 预览
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作者 黄振川 《现代电视技术》 2019年第9期96-101,共6页
本文介绍了4K超高清与高清视频序列在内容一致性检测中的原理,从色调映射、分辨率、画面特征值、感知哈希、时间序列动态比对等方面对4K超高清与高清视频进行实时内容比对方法,实现了两个视频信号内容一致性的自动化检测。实验测试表明... 本文介绍了4K超高清与高清视频序列在内容一致性检测中的原理,从色调映射、分辨率、画面特征值、感知哈希、时间序列动态比对等方面对4K超高清与高清视频进行实时内容比对方法,实现了两个视频信号内容一致性的自动化检测。实验测试表明本方法比传统逐帧视频比对实时性强、鲁棒性强、准确率高。 展开更多
关键词 视频内容一致性检测 色调映射 梯度特征值 感知哈希 序列比对
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我国羊巴贝斯虫棒状体颈部蛋白RON2基因的克隆与结构和遗传进化分析
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作者 徐建林 王锦明 +5 位作者 刘军龙 刘爱红 李有全 殷宏 罗建勋 关贵全 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期551-559,共9页
用牛巴贝斯虫棒状体颈部蛋白RON2基因序列BLAST我国羊感染的2种巴贝斯虫全基因组数据库,以获得的RON2基因保守序列片段为模板设计PCR引物;从6株羊巴贝斯虫基因组DNA和c DNA中扩增RON2基因全长序列,分析其基因结构特征;并通过序列比对和... 用牛巴贝斯虫棒状体颈部蛋白RON2基因序列BLAST我国羊感染的2种巴贝斯虫全基因组数据库,以获得的RON2基因保守序列片段为模板设计PCR引物;从6株羊巴贝斯虫基因组DNA和c DNA中扩增RON2基因全长序列,分析其基因结构特征;并通过序列比对和进化树构建,分析我国羊巴贝斯虫的遗传进化关系。结果显示,该基因无内含子,羊巴贝斯虫未定种新疆株/敦煌株(BspX J/DH)、莫氏巴贝斯虫天祝株/临潭株(BmTZ/LT)和莫氏巴贝斯虫宁县株/河北株(BmNX/HB)RON2蛋白基因ORF的大小分别为4 029、4 047和4 044 bp,编码1 345、1 349和1 348个氨基酸。RON2蛋白的分子质量约为151 ku,等电点为8.91,具有3个跨膜区,N端第1~29位氨基酸为其信号肽区域。RON2核苷酸和氨基酸序列比对分析结果显示,BspXJ/DH与BmTZ/LT和BmNX/HB的核苷酸和氨基酸序列相似性分别为67.0%~67.4%和69.2%~69.3%,BmTZ/LT和BmNX/HB间的相似性分别为92.8%~92.9%和91.1%~91.2%。系统发生树上羊巴贝斯虫未定种和莫氏巴贝斯虫分别位于2大支,莫氏巴贝斯虫又被分为2小支。该结果为开展我国羊巴贝斯虫的分类关系和RON2基因功能的研究提供了基础数据。 展开更多
关键词 羊巴贝斯虫 棒状体颈部蛋白2 基因结构 序列比对 遗传进化
面向深网网页的信息抽取算法研究 预览
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作者 李丹 《信息记录材料》 2019年第1期46-47,共2页
海量结构化数据隐藏在深网中(Deep Web),对有价值的深网数据抽取研究变得十分重要。提出一种面向深网网页的信息抽取算法,创新性引入序列比对算法进行页面噪声去除,实验结果表明抽取效率和准确率大幅提升,同时具有较好的召回率和查准率。
关键词 深网 序列比对 模板抽取
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鸡传染性法氏囊病病毒CA株、CF株和B87株之间的抗原性差异研究
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作者 陈玲 蒋桃珍 +2 位作者 李润 孙晔 陈光华 《中国家禽》 北大核心 2019年第20期12-16,共5页
为比较鸡传染性法氏囊病三价活疫苗种毒毒株之间的抗原差异性,将CA株、CF株和B87株分别以104.0ELD50/0.1 mL、103.0ELD50/0.1 mL和104.0ELD50/0.1 mL免疫3周龄SPF鸡制备单特异血清。用制备的三种单特异血清与三株病毒进行交叉中和试验,... 为比较鸡传染性法氏囊病三价活疫苗种毒毒株之间的抗原差异性,将CA株、CF株和B87株分别以104.0ELD50/0.1 mL、103.0ELD50/0.1 mL和104.0ELD50/0.1 mL免疫3周龄SPF鸡制备单特异血清。用制备的三种单特异血清与三株病毒进行交叉中和试验,根据中和试验结果计算三个毒株之间的R值均低于0.4;设计引物扩增VP2片段,对3个毒株进行序列比对并构建系统发育树,表明3个毒株的VP2片段处于不同分支,且特征性氨基酸位点存在明显差异。结果表明:IBDV-CA、CF和B87毒株之间的抗原性具有较大的差异性,三个毒株属于不同的血清亚型。 展开更多
关键词 IBDV 中和试验 R值 序列比对 抗原性
细菌漆酶的生物信息学分析
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作者 艾嘉 刘坤 +5 位作者 张蕾 吴明旭 陈硕 朱德辉 韩毅强 高亚梅 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期1070-1078,共9页
漆酶是一种含铜的多酚氧化酶。本研究利用生物信息学分析工具对细菌的漆酶蛋白序列的基本性质、保守结构域、系统发育树以及结构等进行了分析。所分析细菌主要分布在变形菌门、放线菌和厚壁菌门。细菌漆酶的物理化学性质相似,但不同细... 漆酶是一种含铜的多酚氧化酶。本研究利用生物信息学分析工具对细菌的漆酶蛋白序列的基本性质、保守结构域、系统发育树以及结构等进行了分析。所分析细菌主要分布在变形菌门、放线菌和厚壁菌门。细菌漆酶的物理化学性质相似,但不同细菌来源的漆酶之间序列相似性较低,但其仍然具有容易识别的保守结构域特征。二级结构及三级结构具有明显的相似性。细菌漆酶的生物信息分析为其功能研究及在其他微生物中研究该类酶提供了基础。 展开更多
关键词 漆酶 细菌 序列比对 生物信息学
增强型稀疏后缀数组索引的高错误率reads比对
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作者 韦好 钟诚 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2019年第8期1804-1808,共5页
生物序列比对有助于定位序列之间的相似区域.测序技术的快速发展需要序列比对算法能够灵活地处理更长且错误率更高的reads序列.通过增强型稀疏后缀数组对参考序列建立索引,自适应地调整种子的最小长度,寻找参考序列与reads序列之间的最... 生物序列比对有助于定位序列之间的相似区域.测序技术的快速发展需要序列比对算法能够灵活地处理更长且错误率更高的reads序列.通过增强型稀疏后缀数组对参考序列建立索引,自适应地调整种子的最小长度,寻找参考序列与reads序列之间的最大精确匹配和超大精确匹配,以此进行种子扩展,提出一种改进的long-read比对算法.与已有代表性的算法相比,模拟和真实数据实验结果表明,本文算法在获得基本相同精确度的前提下,召回率明显提升,敏感度总体上更高,且能够识别更多的reads序列. 展开更多
关键词 序列比对 增强型稀疏后缀数组 索引 最大精确匹配
2013-2018年新乡市甲型H1N1流感病毒流行特征和基因进化分析
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作者 马建敏 李华峰 +3 位作者 史晓娟 梁爽 栾旭波 徐璐 《中国病毒病杂志》 CAS 2019年第3期167-172,共6页
目的分析新乡市2013年1月至2018年3月甲型H1N1流感病毒的流行和基因进化特征,了解新乡市甲型H1N1流感病毒的变异情况。方法采用描述性统计学方法对新乡市甲型H1N1流感病毒核酸阳性结果进行分析;随机抽取不同时间分离的20株病毒进行血凝... 目的分析新乡市2013年1月至2018年3月甲型H1N1流感病毒的流行和基因进化特征,了解新乡市甲型H1N1流感病毒的变异情况。方法采用描述性统计学方法对新乡市甲型H1N1流感病毒核酸阳性结果进行分析;随机抽取不同时间分离的20株病毒进行血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因测序,使用DNAman软件进行核苷酸和氨基酸序列比对,采用邻接法(neighbor-joining method,NJ)法进行进化树分析。结果 2013-2017年新乡市甲型H1N1流感呈低流行态势,2018年初成为优势流行株,主要感染0~15岁人群(123/150,82.0%)。新乡市分离株与同期疫苗株HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为96.65%~98.47%和96.64%~99.29%,NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为97.56%~99.22%和96.59%~99.19%。新乡流行株HA基因分属2个进化分支;2013-2017年初的流行株与同期疫苗株相比出现多处变异,其中2016-2017年初的毒株同时出现抗原位点Sa区S162N、K163Q、Sb区S185T和Ca区S203T变异。NA基因进化树与HA结果对应,2013-2017年初的流行株NA基因有16处氨基酸突变;95%的毒株糖基化位点有8个,分别是第42、50、58、63、68、88、146和235位。结论 2013-2018年新乡市传播的甲型H1N1流感病毒株发生了一定程度的变异,2017-2018年国际推荐的新的疫苗株更适用于当前流行株,但仍需加强监测。 展开更多
关键词 甲型H1N1流感病毒 流行特征 HA基因 NA基因 序列比对 进化分析
一种基于低频种子的三代测序序列比对方法 预览
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作者 宋思怡 程昊宇 徐云 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2019年第9期1551-1556,共6页
随着测序技术的发展,三代测序已广泛应用于基因研究中。但是,由于三代测序序列具有平均长度长、错误率高的特性,如何快速、准确地将测序片段比对到参考基因组上成为严峻挑战。现有方法使用种子(从测序片段中挑选的短序列)来加速比对过程... 随着测序技术的发展,三代测序已广泛应用于基因研究中。但是,由于三代测序序列具有平均长度长、错误率高的特性,如何快速、准确地将测序片段比对到参考基因组上成为严峻挑战。现有方法使用种子(从测序片段中挑选的短序列)来加速比对过程,但在挑选时未考虑频率特性,导致定位候选区域阶段时间消耗较大。因此,提出了一种基于低频种子的三代测序序列比对方法,该方法采用种子投票策略,使用低频种子进行投票,减少投票计数的时间消耗,并根据位置及票数关系对候选区域进行再过滤,进一步提高比对速度。实验结果表明,在确保敏感性和准确率的同时,本文方法比现有方法快3倍左右。 展开更多
关键词 三代测序 单分子实时测序 序列比对 种子-扩展法
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基于高通量RNA转录组测序技术分析特应性皮炎患者皮损与非皮损组织差异表达基因
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作者 陈丽洁 梁景耀 +5 位作者 张锡宝 邵蕾 潘清丽 何素玲 刘玉梅 王建琴 《中华皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期729-735,共7页
目的探讨中重度特应性皮炎(AD)患者皮损和非皮损组织转录组差异表达基因,并阐述差异表达基因在AD发病机制中的作用。方法2016年7-10月于广州市皮肤病防治所/广州医科大学皮肤病研究所门诊收集5例汉族AD患者的皮损和非皮损组织,运用二代... 目的探讨中重度特应性皮炎(AD)患者皮损和非皮损组织转录组差异表达基因,并阐述差异表达基因在AD发病机制中的作用。方法2016年7-10月于广州市皮肤病防治所/广州医科大学皮肤病研究所门诊收集5例汉族AD患者的皮损和非皮损组织,运用二代高通量RNA转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,筛选差异表达基因,并对其进行GO功能注释及KEGG通路分析。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证候选基因在皮损和非皮损组织中的表达差异。结果10个样品测序平均获得10.96Gb数据,共检测到21729条基因,其中19268条为已知基因,2545条为预测的新基因;共检测出23153个新转录本,其中18889个属于已知蛋白编码基因新的可变剪接亚型,2545个属于新的蛋白编码基因的转录本,其他1719个属于长链非编码RNA。78条基因在皮损和非皮损中表达差异有统计学意义,其中67条在皮损中高表达,11条低表达,包括已知与AD炎症(CXCL1/2/8、IL6/IL1β、MMP1、SERPINB4、S100A2、GZMB、OASL、OSM)、屏障(KRT16、FABP5、CYP1A1)、角质形成细胞分化(IL-20)等相关的基因。GO分析显示,72条差异基因获得功能注释。KEGG通路分析表明,差异表达基因共富集到132条信号通路中,其中13条通路显著富集,包括白细胞介素17通路、NOD样受体信号通路、Toll样受体信号通路等。qRT-PCR结果显示,候选基因CXCL1、KRT6A、IL36A、SERPINB4和PSAPL1的mRNA表达与转录组测序结果趋势一致。结论本研究在转录组水平上筛选出AD患者皮损和非皮损组织差异表达基因及相关重要调节信号通路,发现汉族AD患者白细胞介素17通路最为富集,为深入探讨AD发病机制提供重要的基础。 展开更多
关键词 皮炎 特应性 转录组 序列比对 白细胞介素17 RNA-SEQ
高通量测序数据比对算法研究进展
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作者 陶然 宋晓峰 《计算机与应用化学》 CAS 北大核心 2018年第1期45-52,共8页
高通量测序技术的出现在极大的改变了生命科学研究方式的同时也产生了海量的测序数据,如何将这些数据快速而准确的比对到参考基因组上是许多生物医学研究过程中的关键一步。为此自2007年以来,研究者们开发出了超过70种用于高通量测序序... 高通量测序技术的出现在极大的改变了生命科学研究方式的同时也产生了海量的测序数据,如何将这些数据快速而准确的比对到参考基因组上是许多生物医学研究过程中的关键一步。为此自2007年以来,研究者们开发出了超过70种用于高通量测序序列比对的软件以解决这一问题。在本文中,我们将系统的回顾这些比对软件所运用的策略和算法,从它们的起源及发展进行比较,从而帮助生物信息工作者更好的理解和应用这些比对软件。 展开更多
关键词 高通量测序 序列比对 比对算法
基于序列比对的勒索病毒同源性分析 预览
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作者 龚琪 曹金璇 芦天亮 《计算机与现代化》 2018年第2期1-5,共5页
勒索病毒近年来数量呈爆发式增长,但其中真正的新型家族并不多,多数为已有家族变种。通过研究恶意代码行为特征,提出一种基于序列比对的同源性分析方法。使用沙箱提取勒索病毒动态行为特征,抽取API调用类别,并进行编码、去重,结合序列... 勒索病毒近年来数量呈爆发式增长,但其中真正的新型家族并不多,多数为已有家族变种。通过研究恶意代码行为特征,提出一种基于序列比对的同源性分析方法。使用沙箱提取勒索病毒动态行为特征,抽取API调用类别,并进行编码、去重,结合序列比对算法计算不同恶意代码之间的相似性,从而分析同源性。数据集选取6类勒索家族及其变种。实验结果表明该方法能较好地分析勒索病毒同源性,并能很好地区分正常软件和勒索病毒。 展开更多
关键词 勒索软件 动态检测 沙箱 API序列 序列比对
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猪圆环病毒2型青海分离株的分子鉴定及进化分析 预览 被引量:1
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作者 赵玉清 《中国动物检疫》 CAS 2018年第9期81-84,111共5页
本研究对青藏高原地区猪圆环病毒青海分离株(PCV2-QH1)进行了Cap基因的克隆鉴定及测序分析,并与我国及其他国家或地区的毒株进行了同源性比较和遗传进化分析。结果显示:PCV2-Cap基因核苷酸序列全长705 bp,编码蛋白为234个氨基酸,分... 本研究对青藏高原地区猪圆环病毒青海分离株(PCV2-QH1)进行了Cap基因的克隆鉴定及测序分析,并与我国及其他国家或地区的毒株进行了同源性比较和遗传进化分析。结果显示:PCV2-Cap基因核苷酸序列全长705 bp,编码蛋白为234个氨基酸,分子量大小约28.06 kDa,为不稳定蛋白,总体亲水性非常高,可溶于水;PCV2-Cap蛋白二级结构以无规则卷曲为主,有多个有效的抗原表位;PCV2-QH1分离株与其他参考序列的核苷酸和氨基酸序列同源性均在99%以上;PCV2-QH1分离株与PCV2美国分离株(KU697156)组成一个微小分支,并与美国毒株、韩国毒株聚在一支,表明它们之间的亲缘关系最近。本次对青海分离株PCV2-QH1的鉴定,可为我国猪圆环病毒分子流行病学调查提供数据参考。 展开更多
关键词 猪圆环病毒 青海分离株 分子鉴定 Cap基因 序列比对 进化分析
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国产与泰国薏苡仁DNA条形码的比较 预览
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作者 朱晓燕 陈伟盛 +1 位作者 黄韵璇 侯惠婵 《中国药品标准》 CAS 2018年第5期325-329,共5页
目的:通过对国产薏苡仁和泰国薏苡仁四段DNA条形码序列的比较,探索两者的亲缘关系,为其基因型上的差别提供佐证。方法:采用聚合酶链式反应(PCR)扩增两种薏苡仁的ITS2、psbA—trnH、rbcL、matK和ITS四段保守基因,并对其PCR产物进... 目的:通过对国产薏苡仁和泰国薏苡仁四段DNA条形码序列的比较,探索两者的亲缘关系,为其基因型上的差别提供佐证。方法:采用聚合酶链式反应(PCR)扩增两种薏苡仁的ITS2、psbA—trnH、rbcL、matK和ITS四段保守基因,并对其PCR产物进行测序和比对。结果:四段基因的PCR扩增和测序成功率均为100%,且国产薏苡仁与泰国薏苡仁的四段基因序列无位点差异。结论:国产薏苡仁与泰国薏苡仁的亲缘关系极近,或可一定程度上替代国产薏苡仁。 展开更多
关键词 国产薏苡仁 泰国薏苡仁 聚合酶链式反应(PCR) DNA条形码 亲缘关系 序列比对
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T载体介导的基于attL核心区LR反应的简化快速Gateway克隆系统
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作者 朱晓博 张贵粉 +3 位作者 王友梅 Staffan Persson 谢国生 王令强 《中国生物化学与分子生物学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期341-350,共10页
Gateway克隆技术已得到广泛的应用。该技术先通过BP反应将目标片段连到带有完整attL特异识别位点的入门载体,然后与终载体通过LR反应得到表达载体。Gateway克隆方法与传统的酶切连接方法相比有快速简单等优点。但是,BP和LR酶都非常昂贵... Gateway克隆技术已得到广泛的应用。该技术先通过BP反应将目标片段连到带有完整attL特异识别位点的入门载体,然后与终载体通过LR反应得到表达载体。Gateway克隆方法与传统的酶切连接方法相比有快速简单等优点。但是,BP和LR酶都非常昂贵。本研究首先对3个常用Gateway载体的atts特异位点序列比对发现,attL序列核心交换位点"core attL"的21~22 bp长的碱基是保守和必要的。由此,设计含有core-attL序列的引物,通过PCR克隆得到DNA片段并连入p MD18-T载体,然后进行LR反应,可成功得到目标表达载体,并在保守的位点上正确重组。本研究还对其中一个带有绿色荧光蛋白基因的表达载体转化至烟草,能够正常表达该蛋白质。结果表明,通过将含有attL核心位点基因片段连接到p MD18-T载体上,可以省略BP反应而将目标片段连接到终载体上,节约了反应时间和成本。 展开更多
关键词 Gateway克隆技术 直接LR反应 序列比对 特异位点
中国美味蘑菇野生菌株的鉴定、生物学特性及驯化研究 预览 被引量:1
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作者 徐鸿雁 刘海林 罗春燕 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期56-61,共6页
对从青海酋海西州诺木洪林场草滩地采集获得的野生子实体进行鉴定,该野生子实体为中国美味蘑菇(Agaricus sinodeliciosus),并对其分离纯化菌株进行生物学特性和驯化研究。研究结果表明,该菌株菌丝在PDA培养基(200g马铃薯,17g葡... 对从青海酋海西州诺木洪林场草滩地采集获得的野生子实体进行鉴定,该野生子实体为中国美味蘑菇(Agaricus sinodeliciosus),并对其分离纯化菌株进行生物学特性和驯化研究。研究结果表明,该菌株菌丝在PDA培养基(200g马铃薯,17g葡萄糖,17g琼脂粉,1000mL水)上长势较好,生长快,日生长速度为(1.755±O.1)mm/d;菌丝生长的最适温度为25℃,培养基初始pH为8.O;使用棉籽壳培养料(61%棉籽壳,26%发酵牛粪,9.8%麸皮,O.8%石灰,O.8%石膏,O.8%过磷酸钙,O.8%轻质碳酸钙)栽培,覆土17d岳即可出菇,子实体为白色伞状,单菇重(72.OO±1.22)g。 展开更多
关键词 形态特征 序列比对 菌丝生物学特性
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人工繁育恒河猴CCR5全基因突变特征及其与人和部分非人灵长类动物的异同 预览
18
作者 王培智 刘舒媛 +5 位作者 禹文海 张新文 李传印 李艳艳 史荔 和占龙 《贵州医科大学学报》 CAS 2018年第6期646-652,共7页
目的:研究人工繁育恒河猴趋化因子受体5(CCR5)全基因突变特征及其与人和部分非人灵长类动物的异同。方法:对82只人工繁育恒河猴CCR5进行全基因测序,分析CCR5全基因序列中的突变位点及突变类型;使用DNASTAR、MEGA、Dna SP软件分析其... 目的:研究人工繁育恒河猴趋化因子受体5(CCR5)全基因突变特征及其与人和部分非人灵长类动物的异同。方法:对82只人工繁育恒河猴CCR5进行全基因测序,分析CCR5全基因序列中的突变位点及突变类型;使用DNASTAR、MEGA、Dna SP软件分析其与人及黑猩猩、猩猩、恒河猴、大猩猩和非洲绿猴其他非人灵长类动物的异同。结果:恒河猴群CCR5全基因序列中共存在8个突变位点,均为同义突变;恒河猴与人类CCR5基因DNA序列有31个位置上存在碱基差异,8个位置的编码氨基酸不同,3个突变位点与人CCR5基因突变情况相同;在与人类及非人灵长类动物中的CCR5基因序列比较中,DNA序列共有44个位点存在差异,氨基酸序列共有14个位点存在差异,非人灵长类动物CCR5基因均未发现Δ32缺失。结论:人工繁育恒河猴群CCR5基因突变具有与其他非人灵长类及人类不同的特异分布特征。 展开更多
关键词 趋化因子受体5 CCR5基因 恒河猴 序列比对 非人灵长类
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非标工业控制协议格式逆向方法研究 预览
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作者 程必成 刘仁辉 +1 位作者 赵云飞 许凤凯 《电子技术应用》 2018年第4期126-129,共4页
协议安全是工业控制系统信息安全中的一项重要内容,非标协议格式的正确识别是协议安全分析的基础。基于工控系统行业现状和工控协议的结构确定、传输重复、语义有限的特性,提出了基于网络流量的非标准工控协议逆向识别方法,通过单报文... 协议安全是工业控制系统信息安全中的一项重要内容,非标协议格式的正确识别是协议安全分析的基础。基于工控系统行业现状和工控协议的结构确定、传输重复、语义有限的特性,提出了基于网络流量的非标准工控协议逆向识别方法,通过单报文处理进行初步分词聚类,多报文处理进行报文序列比对,关键字段推断语义,最终得到协议格式。验证结果表明,该方法能较好地识别非标工控协议格式。 展开更多
关键词 非标工控协议 协议逆向 网络流量 序列比对 语义推断
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基于分子标记和高通量测序的基因精细定位 预览 被引量:1
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作者 王茂辉 钟春燕 +4 位作者 罗文龙 聂金泉 郭涛 王慧 陈志强 《广东农业科学》 CAS 2018年第10期1-8,173共9页
水稻斑点叶突变体Spl34是自然获得的突变体,在研究其形态学和生理生化等方面的基础上,利用粳稻Francis和Spl34杂交构建F2基因定位群体进行精细定位研究,遗传分析表明Spl34的斑点叶表型受单个显性基因Spl34(t)调控;利用SSR/InDel标记... 水稻斑点叶突变体Spl34是自然获得的突变体,在研究其形态学和生理生化等方面的基础上,利用粳稻Francis和Spl34杂交构建F2基因定位群体进行精细定位研究,遗传分析表明Spl34的斑点叶表型受单个显性基因Spl34(t)调控;利用SSR/InDel标记对无斑点叶隐性单株进行连锁分析,将Spl34(t)精细定位于第11号染色体23.483~23.530 Mb之间,定位区间长度为46.99 kb,筛选出8个候选基因。另外,利用高通量测序技术对F2(Francis/Spl34)有斑点个体混合池、无斑点个体混合池以及双亲进行重测序,利用基因组SNP对有斑点和无斑点混合池进行关联分析,将Spl34(t)定位于第11号染色体23.223~23.791 Mb之间,区间大小约568 kb;进一步利用单分子测序技术对Spl34突变体进行测序,通过从头组装、关联分析,在两个重叠群tig00001409和tig00003011检测到紧密连锁。通过对两个重叠群之间序列进行Sanger测序并产生的新重叠群长度达到233.95 kb,其中Spl34(t)定位区间大小约40 kb。将斑点叶基因Spl34(t)精细定位于第11号染色体约40 kb的区间,为进一步开展该基因的功能研究奠定了良好基础。 展开更多
关键词 水稻斑点叶突变体 分子标记 高通量测序 基因定位 序列比对
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