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正交设计优化槟榔SSR-PCR反应体系及引物筛选
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作者 齐兰 黄丽云 +3 位作者 王泽 符史娜 吴翼 刘立云 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1264-1269,共6页
优化槟榔SSR-PCR反应体系,筛选适用于槟榔的SSR引物。以槟榔(Areca catechu L.)叶片DNA为模板,利用正交设计方法对槟榔SSR反应体系中的Mg2+、TaqDNA聚合酶、dNTPs和引物等4种因子三个水平进行了优化,并通过比较模板DNA浓度对PCR扩增结... 优化槟榔SSR-PCR反应体系,筛选适用于槟榔的SSR引物。以槟榔(Areca catechu L.)叶片DNA为模板,利用正交设计方法对槟榔SSR反应体系中的Mg2+、TaqDNA聚合酶、dNTPs和引物等4种因子三个水平进行了优化,并通过比较模板DNA浓度对PCR扩增结果进行研究,确定了最佳反应体系。利用该体系筛选出适用于槟榔的SSR引物,对该体系稳定性进行验证。槟榔L9(34)正交试验设计的SSR反应体系的最优条件为,即20μL反应体系中含Mg2+Buffer 2.0 mmol/L、dNTPs 0.15 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U、引物0.4μmol/L、模板DNA量为60 ng为最优的反应体系。利用6份不同地理来源的槟榔资源DNA样品对50对SSR引物进行筛选,得到条带清晰、多态性好的引物6对。优化后的槟榔SSR-PCR反应体系和筛选的多态性引物可应用于槟榔种质资源遗传多样性分析、分子标记辅助育种等研究。 展开更多
关键词 槟榔 SSR引物 正交设计 引物筛选
地黄SCoT分子标记体系的建立和指纹图谱的构建 预览
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作者 杨珂 周延清 +1 位作者 段红英 郭萌萌 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期608-614,共7页
该研究采用L25(56)正交设计和单因素两种方法,对影响地黄SCoT-PCR反应的5个因素(模板DNA浓度,引物浓度,ddH2O和Mix的用量以及退火温度)进行了优化。结果表明:优化后的反应体系总体积为25μL,含有8μL ddH2O,1μL模板DNA(80 ng·μL^... 该研究采用L25(56)正交设计和单因素两种方法,对影响地黄SCoT-PCR反应的5个因素(模板DNA浓度,引物浓度,ddH2O和Mix的用量以及退火温度)进行了优化。结果表明:优化后的反应体系总体积为25μL,含有8μL ddH2O,1μL模板DNA(80 ng·μL^-1),1μL引物(8μmol·L^-1)和15μL Mix,退火温度为45℃。运用30份地黄种质材料,对优化的SCoT-PCR正交体系进行多次重复验证,获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,证明该反应体系稳定可靠。利用该体系对32条SCoT引物进行两次筛选,得到14个扩增产物清晰、重复性好且多态性条带相对较高的引物。利用SCoT4等5条引物构建了上述地黄2个种共30份种质的SCoT指纹图谱。利用这5个SCoT引物指纹图谱可将7个地黄常用栽培品种区分开。这表明SCoT分子标记体系适用于地黄主要品种亲缘关系及遗传多样性的研究,所构建的指纹图谱也为地黄常见的7个栽培品种的区分提供参考依据。 展开更多
关键词 目标起始密码子多态性(SCoT) 单因素试验 正交设计 引物筛选 品种鉴定
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百合荧光SSR标记体系构建及引物筛选 预览
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作者 周俐宏 石慧 +1 位作者 王志刚 蔡忠杰 《辽宁农业科学》 2019年第5期1-6,共6页
为了确定百合荧光SSR-PCR反应的最佳体系,对反应体系和程序中的模板DNA、酶量和退火温度进行了优化筛选。结果表明,适用于百合的荧光SSR-PCR反应体系为:总体系为20μl,10×PCRbuffer(Mg^2+)2μl,2.5mMdNTP1μl,正、反引物各0.5μl,... 为了确定百合荧光SSR-PCR反应的最佳体系,对反应体系和程序中的模板DNA、酶量和退火温度进行了优化筛选。结果表明,适用于百合的荧光SSR-PCR反应体系为:总体系为20μl,10×PCRbuffer(Mg^2+)2μl,2.5mMdNTP1μl,正、反引物各0.5μl,模板DNA40ng,Taq酶1U,用ddH2O补足。反应程序为:94℃预变性5min,94℃(30s)/58℃(45s)/72℃(45s)35个循环,最后72℃延伸10min。利用优化后的反应体系对百合SSR引物进行筛选,从50对引物中筛选出6对多态性高的SSR引物,并通过合成荧光标记引物对77个百合品(野生)种进行复选,验证了6对引物的稳定性。该研究为百合的遗传多样性分析、分子标记辅助育种等方面的进一步研究提供了技术支持。 展开更多
关键词 百合 SSR荧光标记 引物筛选
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葛根SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选
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作者 尚小红 严华兵 +4 位作者 曹升 谢向誉 张尚文 王艳 欧昆鹏 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第16期5368-5374,共7页
为了更好地将SRAP分子标记技术应用于葛根上,本研究采用正交设计对葛根的SRAP-PCR反应体系进行优化,并筛选适用于葛根的SRAP引物。结果表明,葛根SRAP-PCR反应最优体系为20μL:DNA40 ng,Mg2+浓度1.5 mmol/L,dNTPs浓度0.25 mmol/L,引物浓... 为了更好地将SRAP分子标记技术应用于葛根上,本研究采用正交设计对葛根的SRAP-PCR反应体系进行优化,并筛选适用于葛根的SRAP引物。结果表明,葛根SRAP-PCR反应最优体系为20μL:DNA40 ng,Mg2+浓度1.5 mmol/L,dNTPs浓度0.25 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶0.5 U。各因素对葛根SRAP-PCR扩增效果影响大小依次为:dNTP>Taq DNA聚合酶>Mg2+>引物>DNA模板量。利用该最优体系筛选获得了91对可在葛根中扩增出清晰条带的引物组合。以3组引物组合对6个葛根材料进行PCR扩增,产物重复性好、稳定且具有多态性。本研究优化的葛根SRAP-PCR反应体系及筛选出的引物为葛根相关分子生物学研究提供了技术基础。 展开更多
关键词 葛根(Pueraria DC.) SRAP-PCR 反应体系优化 引物筛选
微齿菝葜CDDP-PCR体系优化、引物筛选及多态性分析 预览
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作者 张晴 臧德奎 《山东农业科学》 2019年第3期7-12,共6页
利用正交试验对微齿菝葜CDDP-PCR反应体系的模板DNA和引物浓度进行优化。最优CDDP-PCR反应体系为:2×Es Taq MasterMix酶(含染料) 10μL,0.4μmol/L引物,40 ng DNA模板,ddH2O补齐至20μL。利用该优化体系从21条通用引物中共筛选出1... 利用正交试验对微齿菝葜CDDP-PCR反应体系的模板DNA和引物浓度进行优化。最优CDDP-PCR反应体系为:2×Es Taq MasterMix酶(含染料) 10μL,0.4μmol/L引物,40 ng DNA模板,ddH2O补齐至20μL。利用该优化体系从21条通用引物中共筛选出12条条带清晰、多态性好的引物。利用筛选好的引物对105个微齿菝葜样品进行扩增,共得到229个位点,其中多态性位点225个,占总位点数的98.25%。本试验表明CDDP分子标记对于微齿菝葜的遗传多样性分析、分子图谱构建及性状基因连锁研究具有重要价值。 展开更多
关键词 微齿菝葜 CDDP分子标记 体系优化 引物筛选 多态性分析
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菊花iPBS分子标记的建立及优化
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作者 李茫茫 李帅磊 +4 位作者 时灿 李忠爱 刘艳华 安静 王子成 《河南大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第3期318-323,共6页
菊花是一种重要的观赏花卉,反转录转座子在其遗传多样性形成中发挥着重要作用.iPBS分子标记技术是一种基于反转录转座子的分子标记技术,建立此标记体系可用于检测菊花品种的多样性.本研究对菊花iPBSPCR体系进行优化,得到的最佳反应体系... 菊花是一种重要的观赏花卉,反转录转座子在其遗传多样性形成中发挥着重要作用.iPBS分子标记技术是一种基于反转录转座子的分子标记技术,建立此标记体系可用于检测菊花品种的多样性.本研究对菊花iPBSPCR体系进行优化,得到的最佳反应体系为:引物浓度0.40μmol/L,dNTPs浓度0.40 mmol/L,Mg2+浓度1.80mmol/L,Taq酶浓度0.10U,DNA模板用量60ng,反应总体积20.00μL.反应程序为:95℃预变性3min;95℃变性15s;48℃退火1min;68℃复性1min,30个循环;最后72℃延伸5min.依据上述iPBS-PCR反应体系和程序,从25个iPBS引物中筛选得到2个多态性较高的引物,对8个菊花品种进行iPBS-PCR扩增,结果显示所选用引物扩增效果较好,可以应用于菊花种质资源材料的iPBS分子标记分析. 展开更多
关键词 菊花 iPBS技术 体系优化 引物筛选
山东栒子基因组DNA的提取和SRAP分子标记引物筛选 预览
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作者 步俊彦 臧德奎 《安徽农业科学》 CAS 2019年第10期97-100,共4页
根据山东栒子叶片多糖多酚多毛的理化性质,研究适合山东栒子便捷高效的基因组DNA提取方法。结果获得了纯度高、质量符合后续分子标记和遗传多样性分析要求的基因组DNA。采用6个不同种群的样品,利用150对SRAP引物组合进行筛选,确定了最... 根据山东栒子叶片多糖多酚多毛的理化性质,研究适合山东栒子便捷高效的基因组DNA提取方法。结果获得了纯度高、质量符合后续分子标记和遗传多样性分析要求的基因组DNA。采用6个不同种群的样品,利用150对SRAP引物组合进行筛选,确定了最佳反应体系为2×EsTaqMasterMix(含染料)12.5μL,40ng/μLDNA模板1μL,10pmol/μL引物0.5μL,ddH2O10.5μL,共筛选出11对多态性相对良好、条带较为清晰的引物组合。该研究为以后SRAP分子标记在栒子属植物遗传多样性方面的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 DNA提取 山东栒子 SRAP 引物筛选
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南瓜MSAP体系的优化及引物筛选 预览
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作者 江毅 姜立娜 周俊国 《中国蔬菜》 北大核心 2019年第9期30-36,共7页
以南瓜自交系北观(Cucurbita maxima)为材料,利用正交设计L16(4^5)优化南瓜MSAP预扩增和选择性扩增体系的主要因素。结果表明,第一步最佳酶切时间2 h,HapⅡ(HpaⅡ,MspⅠ)用量0.5μL;第二步酶切时间6 h,EcoRⅠ用量0.4μL;连接体系包括酶... 以南瓜自交系北观(Cucurbita maxima)为材料,利用正交设计L16(4^5)优化南瓜MSAP预扩增和选择性扩增体系的主要因素。结果表明,第一步最佳酶切时间2 h,HapⅡ(HpaⅡ,MspⅠ)用量0.5μL;第二步酶切时间6 h,EcoRⅠ用量0.4μL;连接体系包括酶切产物21μL,EcoRⅠ接头(5μmol·L^-1)、HapⅡ接头(5μmol·L^-1)各1.0μL,连接时间12 h,T4 DNA Ligase用量为0.5μL;最佳预扩增反应体系(25μL)包含2.0μL连接产物,1.5μL 10×PCR Buffer(Mg^2+plus),2.0μL dNTP(2.5 mmol·L^-1),0.6μL Taq酶(5 U·μL^-1),0.4μL上下游引物(10μmol·L^-1);最佳选择性扩增反应体系为预扩增产物稀释120倍的模板4.0μL,其他同预扩增体系。最后,利用建立好的MSAP体系进行6%聚丙烯酰胺凝胶电泳验证并筛选出适于南瓜MSAP分析的36对引物,表明优化后的MSAP体系多态性好,体系稳定,可重复,为后续进行南瓜MSAP分析奠定了基础。 展开更多
关键词 南瓜 MSAP 体系优化 引物筛选
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青稞AFLP体系的建立及优化 预览
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作者 王姗姗 刘小娇 +5 位作者 靳玉龙 白婷 朱明霞 王波 张文会 张玉红 《现代农业科技》 2019年第5期3-6,共4页
本文以青稞为材料,对AFLP酶切连接、预扩增、选择性扩增过程进行优化。结果表明,酶切反应条件为DNA模板200 ng、限制性内切酶Eco RI/MseI 4U、酶切时间4h;连接反应条件为连接温度16℃,T4连接酶3 U,连接时间12 h以上;预扩增反应条件为rTa... 本文以青稞为材料,对AFLP酶切连接、预扩增、选择性扩增过程进行优化。结果表明,酶切反应条件为DNA模板200 ng、限制性内切酶Eco RI/MseI 4U、酶切时间4h;连接反应条件为连接温度16℃,T4连接酶3 U,连接时间12 h以上;预扩增反应条件为rTaq聚合酶3 U、dNTP 4 mmol/L、镁离子浓度1.00 mmol/L;选择性扩增反应条件为r Taq聚合酶4 U、d NTP 4 mmol/L、镁离子浓度1.25 mmol/L及预扩产物稀释10倍。利用优化后的AFLP体系,以藏青2000、冬青18这2个供试材料的基因组为模板,从100对引物组合中筛选出10对重复性好、稳定性强、扩增条带清晰、分布均匀、多态性高的引物组合,为青稞种质资源鉴定及遗传多样性分析提供了基础。 展开更多
关键词 青稞 AFLP PCR体系优化 引物筛选
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枇杷iPBS分子标记的PCR体系优化与引物筛选
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作者 顾林平 张冰 +2 位作者 费艳 王化坤 王鹏凯 《中国南方果树》 北大核心 2019年第1期41-46,共6页
以枇杷的DNA为模板进行iPBS-PCR扩增,采用预备试验中效果较好的iPBS分子标记引物2241,对枇杷iPBS-PCR反应体系中的dNTP、Mg^2+、引物、模板用量进行优化。根据检测结果确定枇杷iPBS-PCR使用10×Taq buffer 2μL,25mM Mg^2+1.6μL,2.... 以枇杷的DNA为模板进行iPBS-PCR扩增,采用预备试验中效果较好的iPBS分子标记引物2241,对枇杷iPBS-PCR反应体系中的dNTP、Mg^2+、引物、模板用量进行优化。根据检测结果确定枇杷iPBS-PCR使用10×Taq buffer 2μL,25mM Mg^2+1.6μL,2.5mM dNTP 1.6μL,10μmol/L Primer 1μL,5U/μL Taq酶0.2μL,模板DNA 5ng的20μL反应体系。反应程序中的退火温度可以参考iPBS引物理论Tm值。对33条iPBS引物扩增测试的结果显示在该反应体系下可以筛选到谱带清晰、多态性好的引物22条,可用于枇杷的分子标记分析。 展开更多
关键词 枇杷 iPBS分子标记 体系优化 引物筛选
稻花香2号SSR反应体系优化及引物筛选 预览
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作者 潘天旭 张宇鹏 +1 位作者 赵家慧 杨祥波 《新农民》 2019年第2期34-35,共2页
“稻花香2号”具有营养价值高,食味口感好等优点,为追求利益,市场上以次充好的现象时有发生,严重损害了种植户的利益。本研究以“稻花香2号”为材料,研究SSR-PCR反应体系各成分浓度对SSR扩增效果的影响,结果表明,此品种最优的SSR-PCR反... “稻花香2号”具有营养价值高,食味口感好等优点,为追求利益,市场上以次充好的现象时有发生,严重损害了种植户的利益。本研究以“稻花香2号”为材料,研究SSR-PCR反应体系各成分浓度对SSR扩增效果的影响,结果表明,此品种最优的SSR-PCR反应体系为:引物0.8μmol.L^-1,模板DNA8ng,2×PCR mix 6μL,并由此体系从农业部行业标准(NY/T1433-2014)中推荐的8对引物中筛选出2对多态性高的引物。为保护其知识产权,鉴定品种纯度及真伪提供了重要依据。 展开更多
关键词 稻花香2号 SSR分子标记 体系优化 引物筛选
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蒙古高原特有植物蒙古莸ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选
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作者 吴敏 贺晓 +2 位作者 贺一鸣 李琪 金鑫 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1583-1588,共6页
建立并优化适用于蒙古莸的ISSR-PCR扩增反应体系并筛选出稳定的ISSR引物,进一步研究蒙古莸群体的遗传多样性水平。采用单因素试验设计方法,以蒙古莸基因组DNA为扩增模板,对dNTPs、引物、Mg2+、Taq DNA聚合酶、模板DNA进行优化。以此为基... 建立并优化适用于蒙古莸的ISSR-PCR扩增反应体系并筛选出稳定的ISSR引物,进一步研究蒙古莸群体的遗传多样性水平。采用单因素试验设计方法,以蒙古莸基因组DNA为扩增模板,对dNTPs、引物、Mg2+、Taq DNA聚合酶、模板DNA进行优化。以此为基础,筛选出扩增条带清晰且多态性好的有效引物,并确定各引物最佳退火温度,最后用呼和浩特大青山、乌海渡口村、赛罕塔拉柄扁桃保护区的24个蒙古莸野生品种为材料验证体系的稳定性。最佳反应体系为:在总体积20μL的反应体系中,含10×PCR Buffer 2.5μL,Mg2+2 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.5 U,dNTP 1.5 mmol/L,引物0.5μmol/L,模板DNA 15 ng。此外,从100条ISSR引物中筛选出15条清晰稳定的引物,并确定了引物各自的最佳退火温度。首次建立了蒙古莸ISSR-PCR最适反应体系,这一体系的建立可应用于后续蒙古莸遗传多样性的研究。 展开更多
关键词 蒙古莸 ISSR 体系优化 引物筛选
短丝木犀SSR-PCR反应体系优化及基于DNA混合池的引物快速筛选
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作者 钱慧蓉 陈林 +2 位作者 杨国栋 潘婷婷 王贤荣 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期525-530,共6页
本研究采用L9(23)正交试验设计确定短丝木犀的SSR-PCR最佳反应体系,同时设置12个不同的温度梯度优化引物退火温度;利用优化后的体系以50对候选SSR引物为对象,对6个短丝木犀基因组DNA样品等量混合,进行PCR扩增筛选引物。结果表明,第一,... 本研究采用L9(23)正交试验设计确定短丝木犀的SSR-PCR最佳反应体系,同时设置12个不同的温度梯度优化引物退火温度;利用优化后的体系以50对候选SSR引物为对象,对6个短丝木犀基因组DNA样品等量混合,进行PCR扩增筛选引物。结果表明,第一,短丝木犀SSR-PCR最优反应体系为:1.0μL50ng/μL模板DNA,1.0μL 100μmol/L引物,12.5μL 2×Taq PCR Master Mix,补ddH2O至25μL;第二,DNA混合池方法比常规的筛选方法具有效率高,实验资源消耗低的优点,可用于短丝木犀SSR引物的大量筛选;第三,最终筛选出10对具有高多态性、高稳定性且重复性好的SSR引物。本研究旨在建立适合短丝木犀的SSR-PCR最佳反应体系,并以DNA混合池为模板进行引物筛选,为短丝木犀引物的大量开发提供了一种新的途径。 展开更多
关键词 短丝木犀 SSR-PCR 优化 引物筛选 基因组DNA混合池
基于SSR标记的文冠果引物筛选及体系优化
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作者 张佳敏 涂姝月 +3 位作者 德永军 聂苗苗 苗雪松 包文泉 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第18期6053-6058,共6页
文冠果为中国北方的重要生态和能源树种,内蒙古地区不仅有66.667 hm2集中分布的天然林,还是人工栽培最早和面积最大的地区,对其不同居群间的遗传结构分析具有重要意义。本试验收集了内蒙古地区8个样地共231个样本,选用改良CTAB提取植物... 文冠果为中国北方的重要生态和能源树种,内蒙古地区不仅有66.667 hm2集中分布的天然林,还是人工栽培最早和面积最大的地区,对其不同居群间的遗传结构分析具有重要意义。本试验收集了内蒙古地区8个样地共231个样本,选用改良CTAB提取植物DNA、天根新型植物基因组DNA提取试剂盒(DP320)两种方法进行对比选取最适方式,选用1%琼脂糖凝胶电泳筛选引物及引物的最佳退火温度。结果表明:(1)选用试剂盒方法提取更加便捷,获得的DNA样本更加纯净;(2)筛选出14对引物,确立了各自在DNA浓度及SSR-PCR扩增反应程序中的退火温度,为后续对各采样地之间的遗传关系的研究提供参考。 展开更多
关键词 文冠果(Xanthoceras sorbifolium) SSR 引物筛选
甜菜DAMD引物的筛选及不同凝胶系统对扩增产物多态性的影响 预览 被引量:1
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作者 孙燕红 马龙彪 +1 位作者 兴旺 吴则东 《中国农学通报》 2018年第16期42-45,共4页
为了筛选适宜于甜菜品种纯度鉴定的DAMD引物,笔者利用12个不同的甜菜品种分别对26条DAMD引物进行扩增,并分别采用6%聚丙烯酰胺凝胶电泳和2%的琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行检测。结果表明,从26条DAMD引物中筛选出16条扩增清晰的引物,这1... 为了筛选适宜于甜菜品种纯度鉴定的DAMD引物,笔者利用12个不同的甜菜品种分别对26条DAMD引物进行扩增,并分别采用6%聚丙烯酰胺凝胶电泳和2%的琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行检测。结果表明,从26条DAMD引物中筛选出16条扩增清晰的引物,这16条引物共扩增出139条带,其中多态性条带为122条,多态性百分比为87.7%,这16条引物可以作为甜菜品种纯度和真实性鉴定的核心引物,同时发现聚丙烯酰胺凝胶电泳与琼脂糖凝胶电泳的检测结果差异不大,而琼脂糖凝胶具有制作方便、检测简单以及不使用任何有毒药剂等优点,推荐甜菜DAMD扩增产物的检测使用琼脂糖凝胶电泳。 展开更多
关键词 甜菜 DAMD 引物筛选 琼脂糖电泳
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山羽藓ISSR—PCR反应体系优化及引物筛选 被引量:2
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作者 麻扬 白学良 赵东平 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第6期1895-1902,共8页
本研究采用L16(45)JE交试验设计法对山羽藓ISSR—PCR反应进行优化试验。研究结果表明,山羽藓ISSR—PCR最佳反应体系(25μL)为:购DNA聚合酶0.8u,Mg^2+1.5mmol/L,dNTPs0.4mmol/L,引物0.6μmol/L和模板DNA40ng,对该反应... 本研究采用L16(45)JE交试验设计法对山羽藓ISSR—PCR反应进行优化试验。研究结果表明,山羽藓ISSR—PCR最佳反应体系(25μL)为:购DNA聚合酶0.8u,Mg^2+1.5mmol/L,dNTPs0.4mmol/L,引物0.6μmol/L和模板DNA40ng,对该反应体系的影响顺序为:Taq DNA聚合酶〉引物〉dNTPs〉模板DNA〉Mg^2+。同时筛选出12条适合山羽藓的ISSR引物,并确定了每条引物的最适退火温度。所建立的体系稳定可靠,条带清晰且多态性丰富,可为后续开展山羽藓种植资源、遗传多样性及分子亲缘地理学研究奠定基础。 展开更多
关键词 山羽藓 ISSR—PCR 正交设计 反应体系 引物筛选
银缕梅SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 被引量:1
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作者 张丽芳 方炎明 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第16期5340-5346,共7页
为有效利用SSR-PCR技术分析国家一级重点保护植物银缕梅的遗传多样性,采用正交试验设计L16(43),即3因素4水平,对影响SSR-PCR扩增结果的因素(引物,模板DNA浓度和循环数)进行优化筛选,并在此基础上对聚丙烯酰胺凝胶上样量进行优化,建... 为有效利用SSR-PCR技术分析国家一级重点保护植物银缕梅的遗传多样性,采用正交试验设计L16(43),即3因素4水平,对影响SSR-PCR扩增结果的因素(引物,模板DNA浓度和循环数)进行优化筛选,并在此基础上对聚丙烯酰胺凝胶上样量进行优化,建立了适合银缕梅的最佳SSR-PCR反应体系:10μL 2×PCR Mix、40 ng模板DNA、10μmol/L引物,其余用dd H_2O补齐至20μL。PCR扩增程序为:95℃预变性15 min,95℃变性30 s,57.5℃退火1.5 min,72℃延伸1 min,30个循环,循环结束后,60℃延伸30 min,扩增产物4℃保存。聚丙烯酰胺凝胶电泳上样量以1.5~2.0μL为最佳。利用优化后体系进行引物筛选,从18对引物中筛选出11对具有多态性引物,说明该反应体系具有良好的稳定性。该体系的建立可以为今后利用SSR标记对银缕梅遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供基础。 展开更多
关键词 银缕梅 正交设计 SSR-PCR 最佳上样量 引物筛选
纺织品中铜绿假单胞菌快速检测方法研究 预览
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作者 李轲 禹建鹰 +2 位作者 郭华麟 张淑霞 郭会清 《棉纺织技术》 北大核心 2018年第6期30-34,共5页
探讨纺织品中铜绿假单胞菌的快速检测方法。将免疫磁珠富集技术和环介导等温扩增技术结合起来,利用免疫磁珠富集技术富集样品中铜绿假单胞菌,富集液提取DNA,进行环介导等温扩增技术特异扩增。以49株铜绿假单胞菌菌株和21株非铜绿假单胞... 探讨纺织品中铜绿假单胞菌的快速检测方法。将免疫磁珠富集技术和环介导等温扩增技术结合起来,利用免疫磁珠富集技术富集样品中铜绿假单胞菌,富集液提取DNA,进行环介导等温扩增技术特异扩增。以49株铜绿假单胞菌菌株和21株非铜绿假单胞菌菌株测定特异性,以49株铜绿假单胞菌阳性菌液稀释成不同梯度测试灵敏度。结果表明:该方法特异性、灵敏度符合要求,检测限可达4.5CFU/mL,且简化了测试流程,使检测时间显著缩短。认为:所建立的纺织品中铜绿假单胞菌快速检测方法鉴别准确、快速,尤其适用于基层检验、检疫机构。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 免疫磁珠富集技术 环介导等温扩增技术 ETA基因 引物筛选
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葛根SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选 预览 被引量:2
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作者 尚小红 严华兵 +4 位作者 曹升 张尚文 谢向誉 王艳 欧昆鹏 《南方农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期1-7,共7页
【目的】优化葛根SCoT-PCR反应体系,筛选适用于葛根的SCoT引物,为利用SCoT分子标记进行葛根种质资源鉴定、遗传多样性分析及分子标记辅助育种提供技术支持.【方法】采用正交设计对SCoT-PCR反应体系中的DNA模板量、dNTPs浓度、Mg2+浓度、... 【目的】优化葛根SCoT-PCR反应体系,筛选适用于葛根的SCoT引物,为利用SCoT分子标记进行葛根种质资源鉴定、遗传多样性分析及分子标记辅助育种提供技术支持.【方法】采用正交设计对SCoT-PCR反应体系中的DNA模板量、dNTPs浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶量和引物浓度5个因素进行优化,利用最佳SCoT-PCR反应体系筛选出适用于葛根的SCoT引物,并对该体系进行验证.【结果】最佳葛根SCoT-PCR反应体系20.00μL:DNA模板50.00 ng,dNTPs 0.25 mmol/L,Mg2+1.50 mmol/L,引物0.80μmol/L,Taq DNA聚合酶0.50 U.利用该体系从36条SCoT引物中筛选出35条可从葛根中扩增出清晰条带的引物.使用3条引物对18个葛根材料进行PCR扩增,PCR产物表现出良好的重复性、稳定性和丰富的多态性.【结论】建立的最佳葛根SCoT-PCR反应体系和筛选获得的35条SCoT引物可适用于葛根种质资种鉴定、遗传多样性分析、相关分子标记开发等研究. 展开更多
关键词 葛根 SCoT-PCR 反应体系优化 引物筛选
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番茄叶片DNA提取、SSR-PCR反应体系优化及引物筛选 被引量:1
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作者 芮文婧 王晓敏 +5 位作者 张倩男 张学琴 吕原 胡学义 高艳明 李建设 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第7期2230-2236,共7页
为了进一步开发利用番茄种质资源和开展分子标记辅助选择育种,本研究利用高通量组织研磨机研磨微量叶片,通过改良CTAB法快速提取DNA,并利用L16(45)正交设计试验,综合采用直观量化分析和方差分析两种方法,分析Mg2+、d NTPs、Taq DNA... 为了进一步开发利用番茄种质资源和开展分子标记辅助选择育种,本研究利用高通量组织研磨机研磨微量叶片,通过改良CTAB法快速提取DNA,并利用L16(45)正交设计试验,综合采用直观量化分析和方差分析两种方法,分析Mg2+、d NTPs、Taq DNA聚合酶、引物、模板DNA浓度5个因素对番茄SSR-PCR扩增的影响,比较不同处理组合扩增效果的差异,最终筛选与验证最优的番茄SSR-PCR反应体系,并在此体系下对SSR引物进行筛选。结果表明番茄SSR-PCR最佳反应体系(20μL)为Mg2+3.0 mmol/L、d NTPs 0.4 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U、引物0.5μmol/L、模板DNA 40 ng;且利用优化后的反应体系,从540对SSR引物中筛选出373对(占69.07%)扩增条带清晰、多态性丰富的引物。该SSR-PCR体系的建立为番茄种质资源遗传多样性分析,品种鉴定及指纹图谱构建等研究提供了一个标准化的程序。 展开更多
关键词 番茄 正交设计 SSR-PCR 体系优化 引物筛选
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