期刊文献+
共找到1,647篇文章
< 1 2 83 >
每页显示 20 50 100
骨关节炎基因差异谱的生物信息学分析 预览
1
作者 董政权 魏垒 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2019年第3期335-340,共6页
背景:骨关节炎对中老年人群的健康具有重要的威胁,其疾病发生发展受到多个基因的调控,但其具体机制尚未明确。目的:应用生物信息学方法研究骨关节炎的差异基因表达。方法:从GEO在线数据库中下载并分析获得在骨关节炎发生时关节滑膜组织... 背景:骨关节炎对中老年人群的健康具有重要的威胁,其疾病发生发展受到多个基因的调控,但其具体机制尚未明确。目的:应用生物信息学方法研究骨关节炎的差异基因表达。方法:从GEO在线数据库中下载并分析获得在骨关节炎发生时关节滑膜组织中明显表达差异的158个基因。通过DAVID数据库对基因进行功能富集。通过STRING数据库分析蛋白质与蛋白质间相互作用关系。结果与结论:共筛选出158个差异基因,其中上调12个,下调146个。利用DAVID数据库对差异基因进行GO和KEGGPathway分析显示,差异基因主要富集在破骨细胞分化的正性调节、细胞连接等功能以及MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路及ECM受体相互作用等信号通路。将差异基因进行蛋白质相互作用分析后筛选出网络的核心基因为VEGFA,JUN,PRKACA,PXN,SPTAN1,核心基因之间存在复杂的相互作用。结果证实,差异基因的相互作用可能与骨关节炎的发生有关,可为骨关节炎的诊疗提供新的靶点。 展开更多
关键词 骨关节炎 生物信息学分析 差异基因 基因芯片 生物功能 组织工程 破骨细胞分化 细胞连接 MAKP信号通路 P13K-Akt信号通路 蛋白质相互作用 组织工程 基因调节网络 计算生物
在线阅读 下载PDF
苏云金芽胞杆菌XL6 BTXL6_11095基因对生物被膜相关表型的调控
2
作者 马胜龙 凡肖 +7 位作者 姚俊敏 吴华川 束长龙 商铭达 张韶芮 杨郑豪 关雄 黄天培 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期53-62,共10页
在细菌生物被膜(bacterial biofilm, BBF)状态下,细菌往往具有更强的抗紫外线能力、环境适应性和耐药性。本课题组在前期工作中通过转座子插入突变强生物被膜产生菌苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)XL6,筛选出了一个可能调控... 在细菌生物被膜(bacterial biofilm, BBF)状态下,细菌往往具有更强的抗紫外线能力、环境适应性和耐药性。本课题组在前期工作中通过转座子插入突变强生物被膜产生菌苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)XL6,筛选出了一个可能调控生物被膜的基因BTXL611095。本文以该基因为研究对象,通过生物信息学手段分析该基因功能,构建了BTXL611095基因敲除菌株,并对其生物被膜相关表型进行了分析。生物信息学分析结果表明BTXL611095基因的结构域为PAS-GGDEF-GGDEF-EAL。生物被膜相关表型分析表明,与野生菌株相比,基因敲除菌株的生长曲线基本不变,群游能力上升,生物被膜形成能力减弱、UV-B抗性降低。本研究通过对BTXL611095基因表型变化综合评估,从功能角度揭示此基因对Bt XL6生物被膜相关表型的影响,为进一步解析Bt XL6生物被膜调控网络和构建高抗UV的工程生物被膜奠定了基础。 展开更多
关键词 生物被膜 苏云金芽胞杆菌 基因敲除 生物信息学分析
在线阅读 免费下载
大豆GmGLDH基因的克隆、表达及生物信息学分析
3
作者 薛晨晨 徐筋燕 +2 位作者 郭娜 赵晋铭 邢邯 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1738-1745,共8页
为了探究大豆L-半乳糖酸-1,4-内酯脱氢酶基因Gm GLDH-Glyma.02G166300 (以下简称GmGLDH)的功能,本研究采用同源克隆法获得大豆GmGLDH基因,开展了相关生物信息学分析,并对其非生物胁迫下表达模式进行调查。结果表明,GmGLDH基因包含一个... 为了探究大豆L-半乳糖酸-1,4-内酯脱氢酶基因Gm GLDH-Glyma.02G166300 (以下简称GmGLDH)的功能,本研究采用同源克隆法获得大豆GmGLDH基因,开展了相关生物信息学分析,并对其非生物胁迫下表达模式进行调查。结果表明,GmGLDH基因包含一个长度为1 752 bp的ORF序列,编码584个氨基酸。GmGLDH蛋白为亲水性较强的蛋白;二级结构中以无规则卷曲和α螺旋结构为主;预测亚细胞定位GmGLDH主要分布在线粒体中,分析结果并未发现跨膜结构域和信号肽结构;该蛋白序列中存在磷酸化位点56个。进化分析表明,克隆的GmGLDH氨基酸序列与菜豆、苜蓿的同源关系较近。基因上游顺式调控元件分析表明该基因可能参与光应答、激素响应、高温响应等,但光处理下大豆子叶中Gm GLDH基因的表达变化不大,且和子叶中抗坏血酸含量无相关性;4种非生物胁迫处理下大豆叶片中Gm GLDH基因是先下调后上调表达,和抗坏血酸含量变化呈反相关。本研究为进一步研究GmGLDH基因在大豆抗逆中的作用提供了重要的帮助。 展开更多
关键词 大豆 L-半乳糖酸-1 4-内酯脱氢酶基因 生物胁迫 表达 生物信息学分析
生物信息学法分析葛根芩连汤治疗心血管系统疾病的分子机理
4
作者 高宁 任朋英 +2 位作者 姜丽丽 葛鹏玲 程玉鹏 《华西药学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期187-191,共5页
目的利用生物信息学法探讨葛根芩连汤治疗心血管系统疾病的分子机理。方法利用在线数据库检索葛根芩连汤组方中药所含化合物,采用Pub Chem筛选化合物对应的靶蛋白,将靶蛋白汇总后导入蛋白相互作用分析系统,分析靶蛋白涉及的心血管疾病... 目的利用生物信息学法探讨葛根芩连汤治疗心血管系统疾病的分子机理。方法利用在线数据库检索葛根芩连汤组方中药所含化合物,采用Pub Chem筛选化合物对应的靶蛋白,将靶蛋白汇总后导入蛋白相互作用分析系统,分析靶蛋白涉及的心血管疾病相关分子网络及生物学通路。结果共筛选得到了265个葛根芩连汤靶蛋白,构建得到两个与心血管疾病相关的分子网络,15条涉及心血管疾病的生物学通路,其中,显著性最高的3个生物学通路为Endothelin-1 signaling、Renin-angiotensin signaling、P2Y purigenic receptor signaling pathway。结论葛根芩连汤能够通过多靶点、多途径改善心血管系统病变,分析结果为深入阐明葛根芩连汤治疗心血管疾病的分子机理奠定基础,并提供了进一步研究的参考方向。 展开更多
关键词 葛根苓连汤 生物信息学分析 生物通路 分子网络 动脉粥样硬化 内皮素 肾素-血管紧张素 P2Y嘌呤受体
水稻OsVQ20基因生物信息学及表达分析
5
作者 骆鹰 何福林 +5 位作者 李治章 张斌 刘永昌 谭炎宁 刘小文 张超 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1731-1737,共7页
植物VQ蛋白作为植物体内一类重要的辅助调控因子,对植物生长发育、基因调控以及响应外界环境变化方面发挥重要作用。探讨激素及非生物胁迫下OsVQ20基因的表达模式,为水稻的品种改良提供理论依据。通过PlantCARE数据对OsVQ20基因启动子... 植物VQ蛋白作为植物体内一类重要的辅助调控因子,对植物生长发育、基因调控以及响应外界环境变化方面发挥重要作用。探讨激素及非生物胁迫下OsVQ20基因的表达模式,为水稻的品种改良提供理论依据。通过PlantCARE数据对OsVQ20基因启动子元件进行分析,利用水稻激素芯片及荧光定量PCR分析OsVQ20基因的表达模式。结果表明,OsVQ20基因启动子含有干旱(MBS)、低温(LTR)、脱落酸(ABRS)、生长素(AuxRR-core)等多种应答元件;OsVQ20基因的表达受油菜素内酯(BL)、茉莉酸(JA)的诱导,受生长素(IAA)、细胞分裂素(CTK)以及脱落酸(ABA)的抑制作用,在赤霉素(GA)处理下无明显变化。在非生物胁迫下,OsVQ20基因明显受干旱和盐胁迫的诱导,受低温和氧化胁迫的抑制,高温胁迫下无显著变化。该研究为进一步研究OsVQ20基因的生物学功能及水稻抗逆育种提供理论依据。 展开更多
关键词 水稻 OsVQ20基因 生物信息学分析 表达分析
肝癌中CYP27A1表达的文献计量及生物信息学分析
6
作者 张孟之 管连城 +4 位作者 柴艺汇 李文 高洁 秦忠 陈云志 《湖北民族学院学报:医学版》 2019年第1期6-9,共4页
目的总结肝癌与固醇-27羟化酶(CYP27A1)的关联性研究近况及发展趋势,探讨CYP27A1在肝癌中的治疗作用。方法使用Go PubMed工具搜集文献资料,展开计量分析;基于The Human Protein Atlas数据库获取CYP27A1蛋白在正常肝组织及肝癌组织中的... 目的总结肝癌与固醇-27羟化酶(CYP27A1)的关联性研究近况及发展趋势,探讨CYP27A1在肝癌中的治疗作用。方法使用Go PubMed工具搜集文献资料,展开计量分析;基于The Human Protein Atlas数据库获取CYP27A1蛋白在正常肝组织及肝癌组织中的免疫组化表达情况,并依据The Cancer Genome Atlas内RNA-Seq数据集整理绘制CYP27A1高低表达情况在肝癌患者中的生存曲线。结果文献计量分析结果显示,PubMed中共收录相关文献13篇,整理后共得出20个高频研究关键词及主要作者信息、12个顶级期刊收录情况、1份研究地域分布图;免疫组化结果显示,与正常肝组织比较,肝癌组织中的CYP27A1呈现明显的低表达趋势;生存分析结果显示,CYP27A1的高表达有助于改善肝癌患者的预后,提高生存质量。结论二者的关联性研究尚处于起步阶段,CYP27A1可能是肝癌的潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 肝癌 CYP27A1 文献计量分析 生物信息学分析
在线阅读 免费下载
高卢蜜环菌几丁质酶基因的生物信息学分析与表达
7
作者 黄靖雯 刘娟 +3 位作者 周骏辉 袁媛 杨全 黄璐琦 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1151-1155,共5页
高卢蜜环菌是一种兼性寄生真菌,在天麻栽培过程中作为天麻的唯一营养源。几丁质酶作为一种糖苷水解酶,在高卢蜜环菌的生长发育及其与天麻的共生过程中发挥重要作用。高卢蜜环菌几丁质酶基因共有22条,对这些几丁质酶基因的氨基酸序列进... 高卢蜜环菌是一种兼性寄生真菌,在天麻栽培过程中作为天麻的唯一营养源。几丁质酶作为一种糖苷水解酶,在高卢蜜环菌的生长发育及其与天麻的共生过程中发挥重要作用。高卢蜜环菌几丁质酶基因共有22条,对这些几丁质酶基因的氨基酸序列进行生物信息分析,发现有12条几丁质酶基因均含有糖苷水解酶18家族(GH18)结构域。对高卢蜜环菌、奥氏蜜环菌、天麻、酿酒酵母和哈茨木霉的几丁质酶氨基酸序列进行系统进化分析,进一步预测高卢蜜环菌中几丁质酶基因功能。利用独角金内酯类似物GR24诱导高卢蜜环菌分枝,并分析22条几丁质酶基因的表达模式,发现8条基因可能参与蜜环菌分枝、细胞壁降解和重塑等生理过程。 展开更多
关键词 蜜环菌 几丁质酶 独角金内酯 生物信息学分析 表达分析
慈竹BeCesA1和BeCesA7基因的克隆及组织表达分析
8
作者 罗丹 姜勇 +3 位作者 胡尚连 曹颖 黄艳 龙治坚 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期79-85,共7页
植物的纤维素合成酶(CesA)是纤维素合成途径的关键酶,不仅与纤维素含量相关,也与植物生长发育相关。但有关慈竹CesA基因的克隆与分析,以及GA3对慈竹CesA基因表达的影响未见报道。本研究通过慈竹转录组数据库、在线NCBI基因组数据库及毛... 植物的纤维素合成酶(CesA)是纤维素合成途径的关键酶,不仅与纤维素含量相关,也与植物生长发育相关。但有关慈竹CesA基因的克隆与分析,以及GA3对慈竹CesA基因表达的影响未见报道。本研究通过慈竹转录组数据库、在线NCBI基因组数据库及毛竹基因组数据库,同源克隆得到两个CesA基因,BeCesA1(GenBank注册号:KY435488)和BeCesA7 (GenBank注册号:KY435489),分别编码1 078和1 053个氨基酸残基。保守结构域分析及多重序列比对分析表明,慈竹BeCesA1和BeCesA7蛋白均在N端存在一个RING finger结构和两个高度可变区域。组织表达结果表明,BeCesA1和BeCesA7两个基因在竹不同组织中表达模式各不相同,但均在100 cm笋等组织中高表达,然而BeCesA7的表达量明显高于BeCesA1。在竹的发育过程中,BeCesA1基因随着笋的发育表达量逐渐降低,而BeCesA7则随着笋的发育逐渐增高。外源施加GA3后,以BeCesA1的CK未展开叶为参照,BeCesA1在茎秆中的表达量降低,而BeCesA7则在茎秆中的表达量增加。 展开更多
关键词 慈竹CesA基因 克隆 生物信息学分析 组织表达分析
沙柳SpsTAC2基因克隆、生物信息学及组织特异表达分析
9
作者 袁梦如 杨杨 +3 位作者 张磊 贺玉娇 金娜 杨海峰 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期2144-2151,共8页
TAC基因隶属IGT基因家族,该基因家族主要参与植物分枝角度的调控,目前国内外针对木本植物中TAC基因的研究较少。为了获得沙柳中的TAC基因并对该序列进行初步分析,本研究用同源克隆技术在沙柳中克隆得到长度为783 bp的CDS序列并命名为Sps... TAC基因隶属IGT基因家族,该基因家族主要参与植物分枝角度的调控,目前国内外针对木本植物中TAC基因的研究较少。为了获得沙柳中的TAC基因并对该序列进行初步分析,本研究用同源克隆技术在沙柳中克隆得到长度为783 bp的CDS序列并命名为Sps TAC2基因,对其进行生物信息学及组织特异性表达分析。结果分析表明,该基因编码260个氨基酸,为亲水性蛋白,未发现跨膜结构域,无信号肽区域,亚细胞定位预测在细胞核,基因内含有IGT基因家族典型结构域。系统进化树将SpsTAC2氨基酸序列与杨、柳位于第二条染色体上的TAC-like基因所编码氨基酸序列聚为一类。RT-qPCR结果表明,该基因在成熟叶表达量最高,其次是韧皮部,在根部几乎不表达。从沙柳中成功克隆出了调控分枝角度的IGT基因家族的SpsTAC2基因,推测该基因的主要作用部位可能在成熟叶、茎中。沙柳SpsTAC2基因的研究为IGT基因家族研究及沙柳育种工作提供了理论依据。 展开更多
关键词 沙柳 分枝角度 TAC 生物信息学分析 表达分析
怀黄菊CmPAN基因的克隆与表达分析
10
作者 赵喜亭 刘克 +6 位作者 朱玉婷 马孟丹 吕萌 宋灵雨 蒋丽微 王苗 李明军 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期615-623,共9页
怀菊花(Chrysanthemum morifolium)是著名的四大怀药之一,具有很高的观赏、食用及药用价值,但其花器官发育缺乏相关研究。为探究PERIANTHIA (PAN)基因在怀菊花花发育中的功能,首先利用同源克隆与cDNA末端快速扩增(rapid amplification o... 怀菊花(Chrysanthemum morifolium)是著名的四大怀药之一,具有很高的观赏、食用及药用价值,但其花器官发育缺乏相关研究。为探究PERIANTHIA (PAN)基因在怀菊花花发育中的功能,首先利用同源克隆与cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends, RACE)技术成功克隆获得怀菊花优良种质怀黄菊(Ch. morifolium cv. Huaihuang)中CmPAN的cDNA序列,全长为1 484 bp,其中CDS区为1 314bp,5’UTR和3’UTR分别为64和106 bp。预测其编码437个氨基酸,与其他植物的PAN序列具有较高同源性,且C末端具有碱性亮氨酸拉链(basic leucine zipper motif, bZIP)家族D亚族的特征区和2个谷氨酰胺丰富区,与拟南芥(Arabidopsis thaliana) AtPAN的亲缘关系最近,故命名为CmPAN (GenBank No.KX380854)。生物信息学分析显示,CmPAN蛋白质的预测分子量和等电点分别为48.265 k D和8.82;CmPAN为非分泌性蛋白,并具有核定位序列,无序化程度小于AtPAN。qRT-PCR检测结果表明,CmPAN在花与茎中的表达量高于根与叶;在花发育的现蕾期至透色期表达量较高,之后呈下降趋势;在花器官中表达水平从高至低依次为管状花瓣、管状花雄蕊、舌状花瓣、舌状花心皮、花托。上述结果提示,CmPAN可能在花发育初期发挥重要作用,并且与管状花的花瓣和雄蕊的发育密切相关。本研究为进一步探究CmPAN基因的功能提供了参考依据。 展开更多
关键词 怀黄菊 PERIANTHIA (PATV) 基因克隆 生物信息学分析 表达分析
喜树碱关键酶基因的克隆与生物信息学分析 预览
11
作者 王瑶瑶 丁剑兰 +3 位作者 韩卓 郭亚鑫 刘诗卉 刘晓宁 《现代农业科技》 2019年第2期92-93,97共3页
为了克隆喜树碱生物合成途径关键酶异胡豆苷合成酶的基因STR,本文对喜树幼叶进行RNA提取,利用RT-PCR克隆基因STR的CDS序列,利用在线软件ExPASy ProtParam、SignalP4.1、TMHMMV.2.0、TargetP 1.1分析蛋白理化性质、蛋白信号肽、蛋白跨膜... 为了克隆喜树碱生物合成途径关键酶异胡豆苷合成酶的基因STR,本文对喜树幼叶进行RNA提取,利用RT-PCR克隆基因STR的CDS序列,利用在线软件ExPASy ProtParam、SignalP4.1、TMHMMV.2.0、TargetP 1.1分析蛋白理化性质、蛋白信号肽、蛋白跨膜区以及亚细胞定位,利用在线工具Conserved Domain、SOPMA预测蛋白保守结构域和二级结构,利用MEGA 6.0软件构建蛋白系统进化树。结果表明,以喜树幼芽为材料,通过RT-PCR克隆喜树碱生物合成途径关键酶基因STR的CDS序列为993 bp;生物信息学分析表明,STR定位于分泌通道,为酸性蛋白,无信号肽,有1个跨膜区,由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲等二级结构组成;STR包含高度保守的结构域,聚类分析表明其与中果咖啡具有较高的相似性、较近的亲缘关系和遗传距离。 展开更多
关键词 喜树碱 异胡豆苷合成酶 RT-PCR 基因克隆 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
巨龙竹木质素合成关键基因CCoAOMT的克隆及表达分析
12
作者 陈凌娜 郭晓娟 杨汉奇 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期476-484,共9页
咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(CCoAOMT,caffeoyl-CoA O-methyltransferase)是木质素合成过程中关键酶之一。研究通过逆转录PCR(RT-PCR)从巨龙竹(Dendrocalamus sinicus L.C.Chia&J.L.Sun)发育早期的竹笋中克隆了CCoAOMT基因(DsCCoAOMT)... 咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(CCoAOMT,caffeoyl-CoA O-methyltransferase)是木质素合成过程中关键酶之一。研究通过逆转录PCR(RT-PCR)从巨龙竹(Dendrocalamus sinicus L.C.Chia&J.L.Sun)发育早期的竹笋中克隆了CCoAOMT基因(DsCCoAOMT),基因全长cDNA序列为777 bp,编码258个氨基酸,理论分子量28.85 kD,等电点为5.35,蛋白质结构预测的结果显示该蛋白含有丰富的α-螺旋和无规则卷曲。系统进化分析表明,巨龙竹CCoAOMT基因与禾本科植物CCoAOMT基因同源性最高,亲缘关系最近;与非禾本科单子叶植物的亲缘关系次之,然后是裸子植物,与双子叶植物的亲缘关系最远,说明CCoAOMT基因在双子叶植物和单子叶植物之间的差异可能在被子植物进化之前就已经存在。DsCCoAOMT基因密码子偏好性分析的结果显示,该基因选择偏性较强且偏好以G/C结尾;密码子使用频率比较结果发现,DsCCoAOMT基因在微生物中异源表达分析时采用酵母表达系统更为合适,而模式植物拟南芥、烟草、番茄与巨龙竹CCoAOMT密码子使用频率差异较小,尤其烟草、番茄可能是该基因进行转基因功能验证时最为理想的受体。实时荧光定量PCR分析巨龙竹不同组织及竹笋发育过程中DsCCoAOMT基因表达水平的结果显示,该基因在巨龙竹不同组织中的表达具有明显差异,竹笋中表达量最高,茎秆中次之,叶片中最少;随着竹笋的发育,DsCCoAOMT基因的表达量上调并在竹笋发育中期维持较高水平,表明DsCCoAOMT基因可能在巨龙竹快速生长中发挥重要调节作用。本研究的结果为进一步阐明DsCCoAOMT基因的功能和作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 巨龙竹 CCOAOMT 基因克隆 生物信息学分析 基因表达
MAPK13基因表达在非小细胞肺癌临床预后中的作用
13
作者 栗霞 柳晓琳 彭伟 《广西医科大学学报》 CAS 2019年第2期213-216,共4页
目的:使用生物信息学来确定与非小细胞肺癌(NSCLC)发展相关的潜在关键基因及其涉及的信号通路,探讨所得关键基因表达水平在NSCLC临床预后中的作用。方法:从GEO数据库中获取NSCLC基因芯片数据并使用R语言分析筛选差异表达基因;通过DAVID... 目的:使用生物信息学来确定与非小细胞肺癌(NSCLC)发展相关的潜在关键基因及其涉及的信号通路,探讨所得关键基因表达水平在NSCLC临床预后中的作用。方法:从GEO数据库中获取NSCLC基因芯片数据并使用R语言分析筛选差异表达基因;通过DAVID数据库进行差异基因的KEGG通路富集分析,通过STRING数据库及Cytoscape软件构建差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)并筛选关键基因。通过Kaplan Meier plotter在线数据库对NSCLC患者进行生存分析。结果:共筛选出61个差异表达基因;差异表达基因主要富集在癌症相关的信号通路;PPI网络分析表明,丝裂原活化蛋白激酶13(MAPK13)基因是重要的关键基因;Kaplan Meier plotter分析显示,MAPK13基因表达水平与NSCLC患者预后明显相关,MAPK13基因表达水平越高生存率越高(HR=0.8,95%CI:0.70~0.91,P<0.05)。结论:MAPK13基因在NSCLC的发生发展中可能起着重要作用,是潜在的预后分子标志物。 展开更多
关键词 生物信息学分析 差异表达基因 非小细胞肺癌 预后
在线阅读 免费下载
甘蓝型油菜光敏色素互作因子4(BnaPIF4)基因克隆和功能分析
14
作者 冯韬 官春云 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期204-213,共10页
光敏色素互作因子4(phytochrome interacting factor 4,PIF4)是光信号途径关键转录因子,PIF4与BZR互作介导光信号与油菜素内酯信号互作,参与植物光响应。本文在甘蓝型油菜湘油15号中克隆到2个PIF4基因,分别定位于A03号染色体和C03号染色... 光敏色素互作因子4(phytochrome interacting factor 4,PIF4)是光信号途径关键转录因子,PIF4与BZR互作介导光信号与油菜素内酯信号互作,参与植物光响应。本文在甘蓝型油菜湘油15号中克隆到2个PIF4基因,分别定位于A03号染色体和C03号染色体,命名为BnaPIF4_A03和BnaPIF4_C03,全长编码序列(coding sequence,CDS)、全长mRNA和全长基因分别为1242 bp和1245 bp、1701 bp和1731 bp、2527 bp和2665 bp,各自编码413和414个氨基酸。BnaPIF4_A03具有7个外显子和6个内含子,BnaPIF4_C03具有8个外显子和7个内含子,与测序品种中双11号相比,BnaPIF4_A03基因第1内含子存在单碱基插入突变,第4和第6内含子存在缺失突变,且具有更长的3'-UTR,两基因其他序列在湘油15号和中双11号之间无差别。BnaPIF4_A03和BnaPIF4_C03基因编码蛋白具有典型的植物bHLH结构域,亚细胞定位于细胞核,是典型的植物PIF4蛋白。多序列比对和进化分析表明,BnaPIF4蛋白与白菜、拟南芥、亚麻芥等PIF4蛋白高度同源。PIF4蛋白进化关系与物种进化关系一致,近缘物种中的PIF4蛋白在进化树中高度聚类,大量植物中可见PIF4蛋白重复且低等植物中分化程度明显低于高等植物中,表明PIF4蛋白是一个晚期进化事件且可能存在功能冗余。酵母杂交实验表明BnaPIF4与BnaBZR蛋白存在互作,但BnaPIF4不能与BnaBZR基因的启动子互作,表明BnaPIF4与BnaBZR在蛋白水平而非转录水平发生互作。湘油15号中BnaPIF4_A03和BnaPIF4_C03基因表达规律一致,BnaPIF4基因主要表达于油菜茎表皮、未成熟角果和叶中,在花和根中表达较低,且其表达随油菜生育进程逐渐降低。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 光敏色素互作因子4 基因克隆 基因互作 基因表达 生物信息学分析
在线阅读 免费下载
甘草NRAMP基因家族的鉴定和生物信息学分析 预览
15
作者 卢婷婷 李艳玲 +1 位作者 李存法 李利红 《河南农业科学》 北大核心 2019年第2期40-47,共8页
为研究甘草自然抗性相关巨噬细胞蛋白(NRAMP)家族成员的结构和功能,利用生物信息学方法,从甘草全基因组数据库中筛选并鉴定甘草NRAMP家族基因序列,并对该家族成员做进化分析、基因结构分析、保守结构域和保守基序分析、二级结构和三维... 为研究甘草自然抗性相关巨噬细胞蛋白(NRAMP)家族成员的结构和功能,利用生物信息学方法,从甘草全基因组数据库中筛选并鉴定甘草NRAMP家族基因序列,并对该家族成员做进化分析、基因结构分析、保守结构域和保守基序分析、二级结构和三维结构分析。结果显示,从甘草基因组中共鉴定出11个NRAMP基因家族成员,通过进化分析发现,亲缘关系近的NRAMP家族成员基因结构和保守基序都更为相似,甘草和大豆的NRAMP家族成员间亲缘关系更接近。甘草大部分NRAMP家族成员的氨基酸数量差异不大,介于300~549个,且亚细胞定位在细胞膜上,而2个分子质量较大的成员GurNRAMP7和GurNRAMP8亚细胞定位在叶绿体上,各个成员的跨膜结构数量不尽相同。各个基因在染色体上的分布较为分散,只有NRAMP9、NRAMP10、NRAMP11定位在同一条染色体上。α-螺旋是甘草NRAMP家族成员中最主要的二级结构,但各个成员含有的α-螺旋数量不完全一样。 展开更多
关键词 甘草 自然抗性相关巨噬细胞蛋白基因家族 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
猪流行性腹泻病毒Nsp5基因的原核表达及生物信息学分析 预览
16
作者 刘正奎 吴瑗 +4 位作者 陈琳 王磊 牟泓烨 祝徐航 王晓杜 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期532-538,共7页
旨在对猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)Nsp5基因进行原核表达,利用生物信息学软件,预测其编码蛋白的结构和功能,为了解PEDV致病机理奠定基础。本研究克隆PEDV/LY/2014/04毒株的Nsp5基因,亚克隆进pET-28a(+)原... 旨在对猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)Nsp5基因进行原核表达,利用生物信息学软件,预测其编码蛋白的结构和功能,为了解PEDV致病机理奠定基础。本研究克隆PEDV/LY/2014/04毒株的Nsp5基因,亚克隆进pET-28a(+)原核表达载体,PCR和酶切验证重组质粒的构建,重组质粒pET-28a(+)-Nsp5转入E.coli BL21(DE3)中,SDS-PAGE检测Nsp5的表达和His band Ni+纯化情况,Vector NTI Advance等软件对Nsp5蛋白氨基酸组成、抗原表位、二级和三级结构进行预测和分析。结果表明,成功克隆并构建了重组质粒pET-28a(+)-Nsp5,表达重组蛋白大小约22 ku,且主要以包涵体形式存在,His band Ni+纯化后获得高纯度重组蛋白。Nsp5蛋白是由196个氨基酸残基组成的多肽,其分子质量的理论值为21820.07u,理论等电点(pI)为8.734,略偏碱;二级结构骨架中α-螺旋(h)占55.61%,β-折叠(t)占7.65%,无规则卷曲(c)占20.92%,延伸链(e)占15.82%;Nsp5蛋白质的三级结构中,中间段以α-螺旋为主作为骨架,C端多个复杂二级结构构成该蛋白的酶活性中心;B细胞抗原表位的预测,表明有15个潜在的B细胞优势表位。本研究为猪流行性腹泻病毒Nsp5蛋白质的生物学功能相关研究提供数据支持。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 Nsp5 基因 原核表达 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
VTCN1调控结肠癌细胞长链非编码RNA和mRNA的全基因表达谱分析 预览
17
作者 褚以忞 周锋利 +5 位作者 徐莹 蒯榕 李吉 侯照远 杨大明 彭海霞 《上海交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期270-277,共8页
目的·探讨含V-set域T细胞激活抑制因子(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1,VTCN1)在结肠癌中对下游长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和mRNA的调控作用。方法·利用慢病毒质粒在结肠癌细胞株SW1... 目的·探讨含V-set域T细胞激活抑制因子(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1,VTCN1)在结肠癌中对下游长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和mRNA的调控作用。方法·利用慢病毒质粒在结肠癌细胞株SW1116中过表达VTCN1,抽提RNA并测序,与阴性对照组比较分析差异表达的lncRNA和m RNA,并任意选取差异表达的lncRNA(3条)和mRNA(2条)进行实时定量PCR(qRT-PCR)验证RNA测序结果的准确性。通过BLAST2GO和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析预测这些差异表达lncRNA和m RNA的相关功能。利用线上平台GEPIA18(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)分析差异表达lncRNA与结直肠癌患者生存期的相关性。结果·通过RNA测序在过表达VTCN1的SW1116细胞中发现了167条差异基因,包括39条lncRNA和128条m RNA。qRT-PCR检验结果与RNA测序结果变化趋势一致。生物信息学分析结果显示这些受VTCN1调控的差异基因可能参与了内质网中的蛋白处理、mRNA监控信号通路。另外,在过表达VTCN1的结肠癌细胞中明显上调的3条lncRNA(DNAJC9-AS1、HCG27和RP11-339B21.13),同时也是预测结直肠癌患者总生存期的独立因子。结论·在结肠癌细胞中VTCN1对下游多条lncRNA和mRNA具有调控作用,这些lncRNA和mRNA可能参与了内质网中的蛋白处理和mRNA监控信号通路。 展开更多
关键词 含V-set域T细胞激活抑制因子 结肠癌 长链非编码RNA RNA测序 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
鲫葡萄糖调节蛋白78基因部分序列的克隆、鉴定及功能预测
18
作者 刘小花 赵元莙 +1 位作者 鄢彦杰 张金叶 《重庆师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第2期18-23,F0002共7页
【目的】分析和预测鲫(Carassius auratus)葡萄糖调节蛋白78(Glucose regulated protein 78,GRP78)的功能,为研究GRP78在鱼类受细胞外刺激过程中的作用机制奠定基础。【方法】通过分子克隆技术获得鲫GRP78基因的部分序列,并利用生物信... 【目的】分析和预测鲫(Carassius auratus)葡萄糖调节蛋白78(Glucose regulated protein 78,GRP78)的功能,为研究GRP78在鱼类受细胞外刺激过程中的作用机制奠定基础。【方法】通过分子克隆技术获得鲫GRP78基因的部分序列,并利用生物信息学方法分析了该基因片段编码的蛋白质序列的二级结构、亲水性、可塑性、表面可及性和抗原表位。【结果】获得了长度为617bp的鲫GRP78基因片段序列,共编码113个氨基酸。这些氨基酸所构成序列的相对分子质量约为1.3kDa,等电点为5.82,无信号肽;可塑性区域位于第7~10位、第18~21位、第28~42位、第51~62位、第68~78位和第94~109位氨基酸残基;表面可及性区域位于第29~30位、第38~43位、第50~65位、第68~79位、第82~86位、第97~99位、第102~104位和第106~111位氨基酸残基;有1个B细胞抗原表位区域,位于第28~45位氨基酸残基。【结论】所获的鲫GRP78序列中含有ATPase保守结构域区段,该区段定位于内质网,具有较强亲水性。 展开更多
关键词 GRP78基因 生物信息学分析
一个新型牛樟芝PR-PKS基因的克隆及表达分析 预览
19
作者 原晓龙 华梅 +3 位作者 陈剑 王娟 杨宇明 王毅 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2019年第1期11-19,共9页
为了解牛樟芝中聚酮化合物的生物合成机理及聚酮合酶基因功能,从牛樟芝基因组挖掘并克隆得到一个部分还原型 PKS (PR-PKS)基因( AcPKS3 ),并对其进行生物信息学分析及表达谱分析。结果显示, AcPKS3 (GenBank登录号:MG988206)DNA全长8 28... 为了解牛樟芝中聚酮化合物的生物合成机理及聚酮合酶基因功能,从牛樟芝基因组挖掘并克隆得到一个部分还原型 PKS (PR-PKS)基因( AcPKS3 ),并对其进行生物信息学分析及表达谱分析。结果显示, AcPKS3 (GenBank登录号:MG988206)DNA全长8 286 bp,有22个内含子,其外显子共编码2 285个氨基酸;结构域依次为KS-AT-KR-ACP-SDR,各结构域的活性保守位点为β-酮基合成酶(DTACSS)、酰基转移酶(GHSAGETA)、酮基还原酶(YLLVGGIG)、酰基转移酶(YGLDSITSA)、短链醇脱氢酶与NAD(P)H结合的N端保守序列(ITGTTGSFG)及活性保守位点(YTESK);AcPKS3 与6-甲基水杨酸合成酶的亲缘关系较近;不同碳源中葡萄糖,不同氮源中牛肉浸粉、酪蛋白胨、土豆蛋白胨可促进 AcPKS3 基因表达。本研究为牛樟芝聚酮合酶功能研究及牛樟芝基因资源利用提供参考。 展开更多
关键词 牛樟芝 部分还原型PKS 生物信息学分析 基因表达
在线阅读 下载PDF
鹅掌楸LcKNOX3转录因子基因全长克隆及组织表达特异性分析
20
作者 马际凯 成彦丽 +2 位作者 仲维平 郝自远 李火根 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期437-444,共8页
KNOX基因是一类同源异形盒Homeobox gene转录因子家族基因,在植物的生长发育过程中发挥重要作用并与植物形态建成密切相关。本研究利用RACE技术从鹅掌楸叶芽中克隆出1个KNOX基因的全长序列,并将该基因序列与拟南芥KNOX类基因进行比对。... KNOX基因是一类同源异形盒Homeobox gene转录因子家族基因,在植物的生长发育过程中发挥重要作用并与植物形态建成密切相关。本研究利用RACE技术从鹅掌楸叶芽中克隆出1个KNOX基因的全长序列,并将该基因序列与拟南芥KNOX类基因进行比对。通过生物信息学分析预测该基因的开放阅读框(ORF)以及对基因编码蛋白结构进行分析,与其他物种的同类基因进行同源性比对,构建系统进化树;同时,采用qReal Time-PCR技术对该基因进行鹅掌楸组织表达特异性分析。结果表明,LcKNOX3基因全长1 732 bp,开放阅读框(ORF)长945 bp,编码314个氨基酸,蛋白分子量为34 848.89 kD,等电点(pI)为5.51,不稳定系数为47.52,归类为不稳定蛋白,编码蛋白结构具有4个TALE蛋白家族的保守结构域。BLAST比对结果显示,该基因与拟南芥KNAT3基因相似度最高,将其命名为LcKNOX3。利用Phyre2软件预测该基因编码蛋白的结构,发现与Homeodomain-like蛋白最为相似,系统进化树分析发现与凤梨(Ananas comosus)进化关系较近。根据组织表达特异性分析结果,发现LcKNOX3基因在鹅掌楸的花瓣和茎中的表达量最高,从高到低的顺序为:花瓣>茎>雄蕊>雌蕊>芽>花芽>叶。本研究结果可为鹅掌楸形态建成相关基因的鉴定提供参考依据。 展开更多
关键词 LcKNOX3基因 鹅掌楸 生物信息学分析 组织表达
上一页 1 2 83 下一页 到第
使用帮助 返回顶部 意见反馈