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高羊茅FaGST1基因克隆、亚细胞定位及表达分析 认领
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作者 陈锡 赵德刚 +3 位作者 陈莹 吴佳海 袁暘暘 王小利 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1614-1624,共11页
【目的】克隆高羊茅谷胱甘肽-S-转移酶(GST)基因FaGST1,并进行亚细胞定位及表达分析,为深入研究该基因的抗逆分子调控提供理论依据。【方法】采用RT-PCR和RACE从高羊茅黔草1号中克隆FaGST1基因,对其进行生物信息学分析,构建植物融合表... 【目的】克隆高羊茅谷胱甘肽-S-转移酶(GST)基因FaGST1,并进行亚细胞定位及表达分析,为深入研究该基因的抗逆分子调控提供理论依据。【方法】采用RT-PCR和RACE从高羊茅黔草1号中克隆FaGST1基因,对其进行生物信息学分析,构建植物融合表达载体pCAMBIA1300-FaGST1-GFP,通过农杆菌介导转入烟草叶片表皮细胞,观察FaGST1基因亚细胞定位情况,并利用实时荧光定量PCR检测高盐、高温、干旱及低氮胁迫处理下高羊茅叶片中该基因的表达情况。【结果】克隆获得FaGST1基因cDNA全长序列为1003 bp,开放阅读框(ORF)为681 bp,编码227个氨基酸残基,其编码蛋白的分子量约25.60 kD,理论等电点(pI)为5.58,亲水指数平均值-0.342,不稳定系数32.96,为稳定的亲水蛋白,定位于细胞核。FaGST1蛋白二级结构中,α-螺旋占50.44%,β-转角占5.75%,无规则卷曲占30.54%,延伸链占13.27%。FaGST1蛋白的保守结构区域为含有G位点的N末端结构域和含有H位点的C末端结构域。FaGST1蛋白与黑麦草GST蛋白(AMY26594.1)的氨基酸序列相似性最高,为93%,其次是海滨雀稗GST蛋白(AMN87043.1),为91%,与玉米(ACG39365.1)和小米(KQK86785.1)GST蛋白氨基酸序列相似性均在80%以上,与系统发育进化树分析结果基本相符,即FaGST1蛋白与黑麦草、海滨雀稗、玉米和小米等禾本科植物GST蛋白亲缘关系较近。高羊茅FaGST1基因在干旱、高温、高盐胁迫和低氮胁迫处理下均出现抑制表达。【结论】FaGST1基因负向调控高羊茅逆境胁迫响应。 展开更多
关键词 高羊茅 谷胱甘肽-S-转移酶(GST) 基因克隆 亚细胞定位 生物信息学分析 生物胁迫 表达分析
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miR-182作为胃癌潜在生物学标志物的Meta分析及生物信息学分析 认领
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作者 徐雪莲 唐富天 +3 位作者 张凡 曾蕾 罗曼曼 李玉民 《医学研究杂志》 2020年第7期54-61,43,共9页
目的研究miR-182在胃癌中的表达,分析其作为胃癌生物学标志物的诊断价值及相关的分子机制。方法从GEO、TCGA及数据库获取miR-182的表达数据,使用Stata14.0软件分别对胃癌患者组织和血液/血清中miR-182的表达进行Meta分析和诊断性Meta分... 目的研究miR-182在胃癌中的表达,分析其作为胃癌生物学标志物的诊断价值及相关的分子机制。方法从GEO、TCGA及数据库获取miR-182的表达数据,使用Stata14.0软件分别对胃癌患者组织和血液/血清中miR-182的表达进行Meta分析和诊断性Meta分析。运用5个预测数据库预测miR-182的靶基因,通过GO、KEGG富集分析及蛋白质相互作用(PPI)网络分析探索miR-182在胃癌中的生物学功能和关键基因(Hub基因)。结果共纳入20个研究,包括13个胃癌组织研究和7个血液/血清研究。通过随机效应模型(SMD=1.09,95%CI:0.26~1.92)发现miR-182在胃癌组织中显著增加(I 2=96.3%,P=0.000)。此外,SROC曲线下面积、特异性和敏感度分别为0.76、0.75和0.65。在胃癌患者的血液/血清中,miR-182同样显著上调(SMD=3.37,95%CI:2.15~4.59,I 2=97.8%,P=0.000)。SROC曲线下面积、特异性和敏感度分别为0.90、0.72和0.90。GO和KEGG富集分析表明,miR-182的靶基因与多种重要通路有关。最后,通过PPI分析筛选出4个Hub基因(NRAS、CREB1、FBXW7和SOX2)。结论miR-182在胃癌样本中上调,可能通过靶向其靶基因在胃癌中发挥重要作用,其可能是胃癌诊断的潜在生物学标志物。 展开更多
关键词 生物标志物 胃癌 miRNA-182 META分析 生物信息学分析
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小麦TaCHS基因的克隆、表达特征及不同品种的等位变异分析 认领
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作者 杜晨阳 李玲莉 +6 位作者 刘素君 高宏欢 冯健超 孙婉 王晨阳 卢红芳 马冬云 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第3期48-54,共7页
为了明确小麦查尔酮合成酶(CHS)基因TaCHS的表达规律以及挖掘TaCHS的等位变异,克隆了小麦TaCHS基因,并对其序列特征、表达特性及其在不同品种之间的多态性进行了分析。生物信息学分析表明,TaCHS基因属于多基因家族,编码的蛋白质分子质量... 为了明确小麦查尔酮合成酶(CHS)基因TaCHS的表达规律以及挖掘TaCHS的等位变异,克隆了小麦TaCHS基因,并对其序列特征、表达特性及其在不同品种之间的多态性进行了分析。生物信息学分析表明,TaCHS基因属于多基因家族,编码的蛋白质分子质量为43.15 ku,理论等电点为6.43,属于疏水稳定蛋白,定位于细胞质中。进化分析表明,小麦TaCHS蛋白与二穗短柄草亲缘关系最为密切。TaCHS基因在根、茎、叶、籽粒中均有表达,其中在茎中表达量最高;在灌浆期,籽粒中TaCHS的表达量呈现出先升高后下降再升高的变化趋势,且在花后14 d的表达量达到第一个峰值。通过对119份小麦品种的TaCHS序列分析,发现其在不同小麦品种间的保守性较强,共发现4种变异类型,TaCHS-A1a、TaCHS-A1b、TaCHS-A1c、TaCHS-A1d分别占85.72%,7.56%,3.36%,3.36%。综上,TaCHS-A1a类型为主要的变异类型,而不同小麦品种TaCHS基因在籽粒中的表达可能与类黄酮类物质积累有关。 展开更多
关键词 小麦 TaCHS基因 生物信息学分析 表达分析 等位变异分析
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改良电抽搐疗法治疗精神分裂症的生物学机制探讨 认领
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作者 王萍 刘可智 +3 位作者 向波 谭清宇 陈德超 梁雪梅 《山东医药》 CAS 2020年第8期29-33,共5页
目的探讨改良电抽搐疗法(MECT)治疗精神分裂症的生物学机制。方法接受MECT治疗的精神分裂症患者16例,采用PANSS评估临床疗效,减分率≥60%为治疗应答组(8例),<60%为治疗无应答组(8例),另选择一般资料相匹配的健康志愿者8例为正常对照... 目的探讨改良电抽搐疗法(MECT)治疗精神分裂症的生物学机制。方法接受MECT治疗的精神分裂症患者16例,采用PANSS评估临床疗效,减分率≥60%为治疗应答组(8例),<60%为治疗无应答组(8例),另选择一般资料相匹配的健康志愿者8例为正常对照组。收集各组外周血,提取总RNA,进行转录组测序。通过整合生物信息方法分别获得患者治疗前与正常对照组、治疗应答组治疗前后、治疗无应答组治疗前后的差异表达基因,对比分析得到重叠的差异表达基因,并对其进行GO功能富集分析、KEGG通路分析、疾病相关分析、药物相关分析、表型分析和全表型组关联分析。结果共筛选得到176个重叠的差异表达基因,其中表达上调55个、下调121个。重叠的差异表达基因GO富集分析显示,表达上调基因与磷脂酰激酶活性有关,表达下调基因与核糖体等显著相关。KEGG通路分析显示,表达上调基因与神经营养因子信号通路有关,表达下调基因与亨廷顿病通路、HIV显著相关。表型分析和全表型组关联分析显示,差异表达基因与心血管疾病及症状相关。结论MECT治疗精神分裂症的机制可能与调节神经元通路、促进神经元生长存活和可塑性、调节突触传递和神经递质相关。 展开更多
关键词 精神分裂症 改良电抽搐疗法 差异表达基因 生物信息学分析 GO富集分析 KEGG通路分析
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丹参F3′5′H基因克隆及其序列分析 认领
5
作者 严黎 刘琬菁 +3 位作者 杨成民 张建红 陈泓宇 罗红梅 《世界中医药》 CAS 2020年第5期689-695,701共8页
目的:为了验证丹参类黄酮-3′,5′-羟基化酶(Flavonoid 3′,5′-hydroxylase,F3′5′H)基因与丹参花色表型的相关性,本研究克隆并分析了紫花丹参99-3株系和一些白花丹参中的F3′5′H基因。方法:本研究通过提取紫花丹参和白花丹参中的总R... 目的:为了验证丹参类黄酮-3′,5′-羟基化酶(Flavonoid 3′,5′-hydroxylase,F3′5′H)基因与丹参花色表型的相关性,本研究克隆并分析了紫花丹参99-3株系和一些白花丹参中的F3′5′H基因。方法:本研究通过提取紫花丹参和白花丹参中的总RNA,再将其反转录得到cDNA,以此cDNA为模板,利用PCR方法扩增获得F3′5′H基因全长序列。再利用生物信息学分析方法,分析了该基因编码蛋白质的理化性状、结构域、系统进化等特点,并预测了该蛋白质的亚细胞定位、跨膜区等;利用实时定量PCR方法检测了该基因的表达特异性;利用毛状根遗传转化方法获得了该基因的过表达阳性毛状根株系。结果:F3′5′H基因全长1551 bp,编码516个氨基酸,相对分子质量为57.4 kDa。该基因在丹参花中高丰度表达。在42份(紫花25份;白花17份)丹参样品中发现一个单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)位点在紫花和白花丹参中呈现与花色相关的稳定变化。系统发育分析表明丹参F3′5′H与美女樱的F3′5′H具有较高序列同源性。获得了过表达F3′5′H的毛状根株系。结论:本研究在丹参中克隆到F3′5′H基因,对其序列进行了分析,为进一步研究丹参F3′5′H基因的功能奠定基础。 展开更多
关键词 丹参 类黄酮-3′ 5′-羟基化酶 基因克隆 表达分析 生物信息学分析 SNP位点分析 丹参花色 转基因毛状根
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葡萄LIM家族基因特征及表达模式分析 认领
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作者 毛娟 卢世雄 +6 位作者 王萍 马宗桓 刘涛 何红红 乃国洁 张志强 陈佰鸿 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1277-1288,共12页
为了明确LIM家族基因在葡萄非生物胁迫下的表达特性,在生物信息分析的基础上,以‘黑比诺’葡萄(Vitis vinifera‘Pinot Noir’)试管苗为试验材料,利用q RT-PCR技术检测了不同逆境处理对葡萄LIM家族基因成员表达的影响。结果显示,葡萄LI... 为了明确LIM家族基因在葡萄非生物胁迫下的表达特性,在生物信息分析的基础上,以‘黑比诺’葡萄(Vitis vinifera‘Pinot Noir’)试管苗为试验材料,利用q RT-PCR技术检测了不同逆境处理对葡萄LIM家族基因成员表达的影响。结果显示,葡萄LIM基因家族有14个成员,可分为4个亚族,各亚族编码蛋白氨基酸数量差异较大,但亚族内差异较小;分析葡萄基因和拟南芥基因间的选择压发现,二者存在钝化选择关系;多序列比对发现,该家族基因成员含有1或2个锌指结构的保守结构域;保守基序分析结果表明,所有基因均包含motif2;基因结构显示Vv LIM含有4~15个外显子;14个基因中有11个编码蛋白存在互作关系。该家族基因存在大量的光诱导元件和水杨酸等逆境胁迫相关元件。基因芯片表达数据表明,高表达的基因主要存在生长旺盛的组织中。q RT-PCR分析发现,Vv LIM1在100 mmol·L-1NaCl、10%PEG和50 mg·L-1 SA胁迫下表达量与对照相比显著上调,且随处理时间的延长表达量显著增加。 展开更多
关键词 葡萄 LIM基因家族 生物信息学分析 QRT-PCR 生物胁迫
丹参酮合成相关的SmCYP81C16基因克隆和功能研究 认领
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作者 张建红 王喆 +5 位作者 陈泓宇 严黎 吕海舟 刘琬菁 徐志超 罗红梅 《世界中医药》 CAS 2020年第5期709-716,共8页
目的:丹参(Salvia miltiorrhiza)根中所含的丹参酮为二萜醌类化合物,而鉴定参与丹参酮合成的CYP450基因成为解析丹参酮生物合成途径分子机制的关键步骤。方法:本实验从丹参基因组和转录组数据中筛选到SmCYP81C16基因,采用RT-PCR方法克... 目的:丹参(Salvia miltiorrhiza)根中所含的丹参酮为二萜醌类化合物,而鉴定参与丹参酮合成的CYP450基因成为解析丹参酮生物合成途径分子机制的关键步骤。方法:本实验从丹参基因组和转录组数据中筛选到SmCYP81C16基因,采用RT-PCR方法克隆获得基因cDNA全长序列,利用生物信息学分析方法分析其所编码蛋白质的理化性质,预测该蛋白质二级结构、保守结构域等,建立系统发育进化树;利用实时荧光定量PCR方法检测了该基因的组织/器官表达特异性;通过遗传转化方法获得了该基因的过表达转基因毛状根株系,通过化学检测及代谢组学分析丹参酮类化合物在对照株系和过表达株系中的含量变化。利用实时荧光定量PCR方法检测了毛状根中丹参酮合成途径关键酶基因中的相对表达量。结果:SmCYP81C16基因全长1497 bp,编码498个氨基酸残基,该蛋白质相对分子质量为55.8 kDa;SmCYP81C16在丹参茎和根的周皮部高表达;通过化学检测及代谢组学分析发现,与对照株系比较,在SmCYP81C16过表达阳性株系中,丹参酮类化合物的含量升高;过表达毛状根中丹参酮合成途径关键酶基因的表达量显著上升。结论:本研究结果表明SmCYP81C16具有正向调控丹参酮生物合成的功能。本研究为利用生物技术方法提高丹参酮类化合物含量奠定基础。 展开更多
关键词 丹参 细胞色素P450 丹参酮 生物合成 基因克隆 生物信息学分析 基因过表达 转基因毛状根
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并发不孕的子宫内膜异位症患者阴道菌群的微生物组学研究 认领
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作者 陈思凯 谷智越 +3 位作者 郑萍 戴毅 冷金花 郎景和 《国际妇产科学杂志》 CAS 2020年第2期227-231,F0003共6页
目的:探讨子宫内膜异位症(EMs)患者人群中是否合并不孕患者的微生物组学差异,并找出相关的差异细菌和微生物学标识。方法:选取2018年4月2019年9月于中国医学科学院北京协和医院妇产科手术诊断为EMs的患者66例,按是否合并不孕分为不孕组(... 目的:探讨子宫内膜异位症(EMs)患者人群中是否合并不孕患者的微生物组学差异,并找出相关的差异细菌和微生物学标识。方法:选取2018年4月2019年9月于中国医学科学院北京协和医院妇产科手术诊断为EMs的患者66例,按是否合并不孕分为不孕组(n=17)和对照组(n=49),通过对于阴道后穹窿分泌物细菌16S核糖体RNA(16S-rRNA)测序结合生物信息学分析,使用细菌群落多样性算法(alpha多样性、beta多样性)、主坐标分析(PCoA)距离矩阵算法(Bray-Curtis和Unifrac矩阵)、生物学标识算法(LeFSe)找出含量有差异的细菌物种。结果:2组患者的细菌群落在alpha多样性中未见显著差异,在beta多样性中可观察到不孕组的乳酸杆菌含量略有减少。有3种细菌属表现出了显著的统计学差异,分别是普氏菌属(Prevotella)、巨型球菌属(Megasphere)和小类杆菌属(Dialister),其在不孕组患者中明显升高。PCoA矩阵分析未表现出显著的差异。变形菌门(Proteobacteria)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)可能是潜在的生物学标识物。结论:在EMs患者中,是否合并不孕与下生殖道细菌群落差异有关,细菌丰度的变化可能用来评估宿主的免疫水平与EMs不孕患者症状差异,为今后EMs不孕的机制研究和微生物诊断学发展奠定了理论学基础。 展开更多
关键词 子宫内膜异位症 生物 不育 女(雌)性 16S-rRNA测序 生物信息学分析
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野生黄毛草莓NAC转录因子基因FnNAC7克隆与表达分析 认领
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作者 何淑敏 姚立萍 +3 位作者 张童 胡玉慈 陈清西 文志丰 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期3461-3469,共9页
NAC转录因子基因为植物所特有,在植物的生长发育、非生物和生物胁迫的抗逆反应中起着重要作用。本研究以野生黄毛草莓(Fragaria nilgerrensis Schidl.)为材料,利用RT-PCR技术,从中克隆到1个NAC转录因子基因FnNAC7(GenBank登录号:MK6856... NAC转录因子基因为植物所特有,在植物的生长发育、非生物和生物胁迫的抗逆反应中起着重要作用。本研究以野生黄毛草莓(Fragaria nilgerrensis Schidl.)为材料,利用RT-PCR技术,从中克隆到1个NAC转录因子基因FnNAC7(GenBank登录号:MK685675)。序列分析结果表明,FnNAC7开放阅读框为1137 bp,编码378个氨基酸,包含一个保守的NAM结构域。同源性分析结果表明,FnNAC7基因编码的氨基酸序列与森林草莓编码的氨基酸相似性为94.87%。蛋白结果预测显示,FnNAC7蛋白为不稳定的酸性疏水蛋白,不存在跨膜结构域,且无信号肽存在;亚细胞定位试验结果显示,该基因编码的蛋白质在细胞核中表达;实时定量PCR结果显示,接种草莓尖孢炭疽菌(Colletotrichum acutatum)后,草莓叶片FnNAC7基因表达上调,接种24 h后该基因表达量最高,是对照组的17.0倍。研究结果为进一步深入开展NAC基因在草莓炭疽病抗性中功能分析和分子育种提供了科学的依据,也为进一步研究FnNAC7基因在野生黄毛草莓抗草莓炭疽病中所起的调控作用提供了参考。 展开更多
关键词 野生黄毛草莓(Fragaria nilgerrensis Schidl.) 草莓炭疽病 FnNAC7 生物信息学分析 表达分析
谷子SBP蛋白基因家族的鉴定及表达分析 认领
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作者 宋健 曹晓宁 +4 位作者 王海岗 陈凌 王君杰 乔治军 刘思辰 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1409-1420,共12页
为了深入分析SBP基因家族在谷子中的功能作用,本研究在谷子全基因组水平,通过NCBI blast及HMMER search等生物信息学方法进行了谷子SBP基因家族鉴定,分析了SBP蛋白理化性质及系统发育,利用RT-qPCR分析了谷子SBP基因在PEG和ABA胁迫下的... 为了深入分析SBP基因家族在谷子中的功能作用,本研究在谷子全基因组水平,通过NCBI blast及HMMER search等生物信息学方法进行了谷子SBP基因家族鉴定,分析了SBP蛋白理化性质及系统发育,利用RT-qPCR分析了谷子SBP基因在PEG和ABA胁迫下的表达情况。结果表明,谷子SBP基因家族有19个成员,位于9条染色体上,编码的氨基酸序列长度为199~1 118 aa。谷子SBP蛋白系统发育树结果显示,该蛋白家族可分为两大类:第一类分为六个亚类,第二类仅有一个SBP蛋白。谷子SBP蛋白家族成员的外显子数从2~11个不等,且均为亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果显示,除SBP7外,所有的SBP蛋白在细胞核中均有信号。谷子SBP蛋白与拟南芥SBP蛋白在进化关系上较远,而与高粱、水稻SBP蛋白进化关系较近。谷子SBP基因家族启动子区域的顺式作用元件主要为植物激素、干旱、光照及病原菌、创伤类的响应元件。RT-qPCR分析结果显示,PEG和ABA胁迫诱导下,SBP基因在叶和茎中的表达均上调,表达量增幅表现为:叶>茎。PEG胁迫后SBP基因的表达增长量显著高于外源ABA诱导;其中,SiSBP13的表达量增幅最大,PEG胁迫4 h叶和茎中的表达量分别达到未胁迫时的180倍和15倍,ABA诱导4 h茎中的表达量最高达到未胁迫时的8倍,而叶中的表达量持续升高,24 h时达到未胁迫时的28倍。本研究为下一步深入研究SiSBPs基因在谷子生长发育阶段中的功能奠定了基础,也为谷子功能基因的挖掘利用提供了候选基因。 展开更多
关键词 谷子 SiSBPs 生物信息学分析 表达分析
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高羊茅Fa6-SFT基因克隆、亚细胞定位及表达分析 认领
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作者 陈锡 赵德刚 +3 位作者 陈莹 刘晓霞 袁旸旸 王小利 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期759-770,共12页
蔗糖:果聚糖-6-果糖基转移酶(sucrose:fructan 6-fructosyl-transferase, 6-SFT)是禾本科植物中果聚糖合成的关键酶,在植物抵御干旱、低温、盐胁及氮胁等非生物逆境胁迫中起着十分重要的作用。为了探讨‘黔草1号’高羊茅(Festuca arundi... 蔗糖:果聚糖-6-果糖基转移酶(sucrose:fructan 6-fructosyl-transferase, 6-SFT)是禾本科植物中果聚糖合成的关键酶,在植物抵御干旱、低温、盐胁及氮胁等非生物逆境胁迫中起着十分重要的作用。为了探讨‘黔草1号’高羊茅(Festuca arundinacea)中6-SFT基因的分子机制,利用RT-PCR结合RACE技术(rapid amplification of cDNA ends)从高羊茅中克隆了6-SFT基因。序列分析显示, cDNA全长为2 375 bp,包含一个完整的开放阅读框1 860 bp,编码蛋白含有620个氨基酸,命名为Fa6-SFT。理化性质分析显示,其蛋白分子质量为68.20 kDa,理论等电点pI为5.61,属于酸性蛋白。保守结构域分析发现,由该基因推导的氨基酸序列具有糖基水解酶32 (glycosyl hydrolase family 32, GH32)家族保守结构域。蛋白多重序列比对及进化树分析发现,高羊茅Fa6-SFT与猫尾草、黑麦草和毒麦亲缘关系最近。亚细胞定位显示Fa6-SFT主要定位于细胞核和细胞膜。实时荧光定量PCR检测分析表明,干旱、高温、盐胁迫和氮胁迫等非生物胁迫均能调控Fa6-SFT基因的表达,推测高羊茅Fa6-SFT可能与非生物逆境胁迫密切相关。 展开更多
关键词 Fa6-SFT 基因克隆 生物信息学分析 亚细胞定位 表达分析
昆明犬PPARGC1A基因编码区克隆及生物信息学分析 认领
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作者 李静 万九生 +3 位作者 邓卫东 陈超 岳锐 黎立光 《饲料博览》 2020年第7期1-10,共10页
文章旨在获得昆明犬PPARGC1A基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析。根据Gen Bank中公布的序列设计一对特异性引物,采集昆明犬的肌肉组织提取总RNA,反转录成c DNA。以c DNA为模板进行RT-PCR扩增,并获得目的基因片段,将其插... 文章旨在获得昆明犬PPARGC1A基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析。根据Gen Bank中公布的序列设计一对特异性引物,采集昆明犬的肌肉组织提取总RNA,反转录成c DNA。以c DNA为模板进行RT-PCR扩增,并获得目的基因片段,将其插入载体,利用生物信息学软件对所获序列进行分析。试验成功克隆出昆明犬基因,cds长度为2 246 bp,共编码724个氨基酸序列。比对结果显示,昆明犬PPARGC1A基因与参考序列的同源性为100%。同源性比对结果昆明犬PPARGC1A基因的同源性与赤狐(登录号:XM025997319.1)、野牦牛(登录号:XM005897079.2)、牛(登录号:NM177945.3)、人(登录号:NM013261.5)、家鼠(登录号:NM008904.2)、卡氏小鼠(登录号:XM021162167.2)、欧亚野猪(登录号:NM213963.2)的同源性分别为99.6%、95%、95%、95.4%、91.7%、91.6%、95%。系统进化树分析发现,昆明犬与家犬的遗传距离最近,与小鼠遗传关系最远。PPARGC1A蛋白分子质量0971.82 ku,理论等电点p I为11.20。氨基酸组成亮氨酸Leu(L)占比最高,比例为11.3%。PPARGC1A蛋白不稳定性指数(Ⅱ)为59.16,这表明PPARGC1A基因编码蛋白质分类是不稳定的。脂肪指数为81.60,平均亲水系数(GRAVY)为-0.336,表明此蛋白亲水性差,脂溶性强。昆明犬PPARGC1A编码蛋白存在1个跨膜结构,二级结构预测昆明犬PPARGC1A蛋白中α螺旋、延伸链、β转角及无规则卷曲分别占28.04%、20.99%、6.77%、48.62%,三级结构与二级结构相一致。试验成功克隆出昆明犬PPARGC1A基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析,为研究PPARGC1A基因对警犬的肌肉形成机理和产能等影响提供理论依据。 展开更多
关键词 昆明犬 PPARGC1A基因 克隆 生物信息学分析 同源性分析
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星油藤WOX基因家族成员的鉴定及其表达谱分析 认领
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作者 郭亚静 付乾堂 +5 位作者 胡晓笛 陈茂盛 潘帮珍 陶彦彬 何惠英 徐增富 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期3907-3915,共9页
本研究利用星油藤(Plukenetia volubilis L.)转录组及基因组数据库,通过本地BLAST,筛选到了9个星油藤WOX(PvoWOX)基因家族成员,并对它们编码的蛋白质氨基酸序列、分子量和等电点等进行了预测。通过构建系统进化树,将该基因家族成员分为... 本研究利用星油藤(Plukenetia volubilis L.)转录组及基因组数据库,通过本地BLAST,筛选到了9个星油藤WOX(PvoWOX)基因家族成员,并对它们编码的蛋白质氨基酸序列、分子量和等电点等进行了预测。通过构建系统进化树,将该基因家族成员分为3个进化支,分别为远古支、中间支和WUS支;进一步对PvoWOX家族成员的基因结构和蛋白保守结构域分析发现在同一进化支中均很保守,并且家族成员均含有保守的同源异型结构域,其中WUS支的成员都含有WUS-box结构域。利用转录组数据和qRT-PCR对PvoWOX基因家族成员在星油藤不同器官中的表达谱进行了分析,结果显示9个PvoWOX基因成员具有不同的表达模式,其中WUS支和中间支成员的表达具有组织特异性,而远古支成员则在不同的器官中均有表达。因此推测PvoWOX家族成员具有功能多样性,分别参与调控星油藤不同器官的发育过程。本研究结果为进一步研究PvoWOX的生物学功能提供了帮助。 展开更多
关键词 星油藤(Plukenetia volubilis) WOX基因家族 生物信息学分析 表达分析
芒果MiCOL6基因的克隆及其生物信息学和表达分析 认领
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作者 卢新喜 罗聪 +3 位作者 张秀娟 余海霞 刘源 何新华 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期715-721,共7页
CONSTANS(CO)是光周期途径的核心调控因子,其可以整合光质和生物钟输出的信号调控植物成花。在前期转录组研究的基础上,设计基因特异性引物,通过RT-PCR扩增得到芒果的1个CO基因的cDNA全长,序列长度为678 bp,根据与拟南芥CO家族基因的相... CONSTANS(CO)是光周期途径的核心调控因子,其可以整合光质和生物钟输出的信号调控植物成花。在前期转录组研究的基础上,设计基因特异性引物,通过RT-PCR扩增得到芒果的1个CO基因的cDNA全长,序列长度为678 bp,根据与拟南芥CO家族基因的相似性,将其命名为MiCOL6。生物信息学分析显示,该基因编码226个氨基酸,分子量为26.88 kDa,等电点为4.85,属于亲水性的非分泌蛋白。保守结构域和进化树分析显示,该基因仅含1个CCT结构域,属于CO基因家族的第4组;二级结构分析表明,该蛋白主要以无规卷曲和α-螺旋为主;亚细胞定位预测显示该蛋白定位在细胞质膜上的概率最大;不同花发育时期表达模式分析表明,MiCOL6基因在杧果的花芽分化期表达量最高。本研究结果为进一步研究芒果MiCOL6基因在芒果中的功能提供理论基础。 展开更多
关键词 芒果 CONSTANS MiCOL6 基因克隆 生物信息学分析 表达模式分析
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茶树CssHSP18.1基因克隆及表达分析 认领
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作者 蒋君梅 方远鹏 +5 位作者 宁娜 陈美晴 杨再福 王勇 李向阳 谢鑫 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期328-340,共13页
sHSPs基因家族可编码一类小分子的热激蛋白,广泛分布于植物中,具有分子伴侣的功能,在植物抵抗逆境胁迫中起着重要作用。通过基因克隆的方法,获得1个茶树CssHSP18.1基因的开放阅读框(Open reading frame,ORF),其全长480 bp,编码159个氨... sHSPs基因家族可编码一类小分子的热激蛋白,广泛分布于植物中,具有分子伴侣的功能,在植物抵抗逆境胁迫中起着重要作用。通过基因克隆的方法,获得1个茶树CssHSP18.1基因的开放阅读框(Open reading frame,ORF),其全长480 bp,编码159个氨基酸。生物信息学分析表明,CssHSP18.1蛋白含有1个典型HSP20结构域,相对分子质量约为18.25 kDa,等电点为5.68,偏酸性,与栎和苹果亲缘关系最近,无信号肽与跨膜结构。RT-qPCR分析表明,CssHSP18.1在甘露醇(D-Mannitol)处理下表达量低于对照组;γ-氨基丁酸(GABA)能促进该基因的表达,在处理后1 h时表达量达到峰值;吲哚乙酸(IAA)和聚乙二醇(PEG 6000)处理后,CssHSP18.1在0.5 h时表达量最高,即GABA、IAA、PEG 6000均可诱导CssHSP18.1的表达。为获得CssHSP18.1可溶性蛋白,构建了pET-28a-CssHSP18.1重组质粒进行原核表达,并分别对表达菌株、诱导温度以及IPTG(异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷)诱导浓度进行优化。结果显示,CssHSP18.1蛋白最佳表达菌株为BL21(DE3),最佳诱导温度和IPTG浓度分别为30℃和1.2 mmol·L-1。最后,采用Western blot对表达的CssHSP18.1蛋白进行验证。本研究为进一步揭示CssHSP18.1基因的生物学功能提供依据。 展开更多
关键词 茶树 CssHSP18.1 基因克隆 生物信息学分析 胁迫 表达分析
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帕金森病关键基因及通路的筛选及其生物信息学分析 认领
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作者 王璐茜 陈志博 +1 位作者 郑晓露 张扬 《中国现代医生》 2020年第12期1-4,8,F0003,共6页
目的通过分析帕金森病患者与健康人基因芯片数据,寻找差异基因及其关键通路。方法利用GEO数据库中高通量基因芯片数据库筛选出帕金森病患者与健康对照的芯片。采用GO基因功能注释和KEGG通路富集分析,筛选出帕金森病的特征基因簇和通路,... 目的通过分析帕金森病患者与健康人基因芯片数据,寻找差异基因及其关键通路。方法利用GEO数据库中高通量基因芯片数据库筛选出帕金森病患者与健康对照的芯片。采用GO基因功能注释和KEGG通路富集分析,筛选出帕金森病的特征基因簇和通路,并进行蛋白质相互作用网络可视化分析。结果筛选出15个差异基因及7个关键节点蛋白。经差异基因分析后,发现神经丝、网格蛋白包被组装及多巴胺受体信号通路富集程度最高。结论本研究利用生物信息学方法,从不同的角度研究帕金森病的遗传学背景,在基因层面为帕金森病的诊断学标志与精准治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 帕金森病 差异基因 通路富集分析 生物信息学分析
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三月李及其红肉突变体Aux/IAA家族基因鉴定及分析 认领
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作者 方智振 姜翠翠 +2 位作者 周丹蓉 潘少霖 叶新福 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期247-255,共9页
为了解Aux/IAA家族基因在李果实成熟过程中的生物学功能,通过生物信息学鉴定三月李及其红肉突变体果实转录组中的Aux/IAA家族基因,并分析其在果实成熟过程中的表达模式。结果表明,三月李及其红肉突变体果实转录组中共有26个Aux/IAA家族... 为了解Aux/IAA家族基因在李果实成熟过程中的生物学功能,通过生物信息学鉴定三月李及其红肉突变体果实转录组中的Aux/IAA家族基因,并分析其在果实成熟过程中的表达模式。结果表明,三月李及其红肉突变体果实转录组中共有26个Aux/IAA家族成员,大部分为位于细胞核的不稳定亲水蛋白质。系统进化树分析表明,Aux/IAA家族成员可分为A、B两组,共9个亚组。大部分Aux/IAA蛋白质含有4个高度保守的结构域。16个Aux/IAA家族基因在三月李及其红肉突变体果实成熟过程中差异表达。PsIAA11、PsIAA13、PsIAA14、PsIAA18、PsIAA19和PsIAA25在三月李及其红肉突变体果实成熟过程中的表达模式存在显著差异。上述结果表明,Aux/IAA家族基因与李果实成熟密切相关,这为深入研究Aux/IAA家族基因在李果实成熟过程中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 转录组 Aux/IAA家族 生物信息学分析 表达分析
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薄荷Eβf合成酶基因(Tspa11)的克隆、序列分析与表达特性 认领
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作者 刘一钒 王丹丹 李晓红 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2020年第3期90-94,共5页
为克隆薄荷Eβf合成酶基因(Tspa11)、分析蛋白质结构特性与理化性质,确定其在薄荷不同组织的表达量差异,本试验以薄荷为材料,采用RT-PCR技术扩增获得Tspa11基因cDNA序列,采用生物信息学软件分析编码蛋白质的结构特性,MEGA7.0软件邻接法... 为克隆薄荷Eβf合成酶基因(Tspa11)、分析蛋白质结构特性与理化性质,确定其在薄荷不同组织的表达量差异,本试验以薄荷为材料,采用RT-PCR技术扩增获得Tspa11基因cDNA序列,采用生物信息学软件分析编码蛋白质的结构特性,MEGA7.0软件邻接法构建氨基酸同源性系统进化树;采用实时定量PCR技术分析Tspa11在薄荷不同组织(种子、根、茎、叶、花)的差异表达情况。结果表明,得到Tspa11基因序列长度为1929 bp,最大开放阅读框为71~1723 bp,共编码550个氨基酸,分子量为63.74 ku,理论等电点(pI)5.21,偏酸性;表明Eβf合成酶是一种稳定的疏水性蛋白。NCBI保守结构域在线分析表明,Eβf合成酶基因编码的氨基酸具有Isoprenoid_Biosyn_C1 Superfamily的保守结构域(E-value:1.32e-03),蛋白氨基端位于膜内;氨基酸同源性分析,夏枯草Eβf合成酶基因与薄荷Tspa11亲缘关系最近,构成了一个小分支,同源性高达90%;夏枯草Tspa11基因在同条件下种子的基因表达量极显著地高于其他组织(P<0.01),根部表达量最低。 展开更多
关键词 薄荷 Eβf合成酶基因 抗蚜基因 生物信息学分析 聚类分析
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千里光苯丙氨酸解氨酶基因克隆与系统进化分析 认领
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作者 李林 左青青 +4 位作者 谢欣 刘朝波 陈立 张俊 钱刚 《遵义医科大学学报》 2020年第3期305-309,共5页
目的对具有良好抗菌性的千里光进行pal基因克隆,进行序列结构与系统进化分析,揭示该酶生物学功能与进化地位。方法以千里光转录组数据库中分离得到pal基因核酸序列设计引物,PCR扩增全长验证,运用SignalP、MEGA等系列生物信息学软件进行... 目的对具有良好抗菌性的千里光进行pal基因克隆,进行序列结构与系统进化分析,揭示该酶生物学功能与进化地位。方法以千里光转录组数据库中分离得到pal基因核酸序列设计引物,PCR扩增全长验证,运用SignalP、MEGA等系列生物信息学软件进行核酸序列信息、氨基酸结构特征与系统进化分析。结果克隆获得长度为2159 bp的核酸序列,ORF分析表明该基因编码708个氨基酸,无信号肽,是非跨膜蛋白。与近缘物种pal基因blast分析表明其氨基酸序列与黑心菊、雪莲等相似度达92.22%,具有相同的活性位点和保守结构域。系统进化树分析表明,千里光与菊科植物青蒿、雪莲归于一个亚支,表明3种植物pal在进化上具有较近的亲缘关系。结论千里光pal基因序列结构与其他14种PAL酶家族成员相似度高,在进化上与菊科植物较近。 展开更多
关键词 千里光 生物信息学分析 苯丙氨酸裂解酶(PAL) 进化分析
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沙棘3-磷酸甘油脱氢酶基因生物信息学及表达分析 认领
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作者 刘景 丁健 +3 位作者 阮成江 杜维 张莞晨 韩平 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期409-415,共7页
沙棘果肉和种子组织中均富含生物活性油。3-磷酸甘油脱氢酶(GPD1)是促进油脂合成前体甘油-3-磷酸(G3P)合成的限速酶。本研究对沙棘HrGPD1基因进行生物信息学分析(氨基酸序列,保守域,亚细胞定位等),及其在沙棘不同组织(果肉和种子)中的... 沙棘果肉和种子组织中均富含生物活性油。3-磷酸甘油脱氢酶(GPD1)是促进油脂合成前体甘油-3-磷酸(G3P)合成的限速酶。本研究对沙棘HrGPD1基因进行生物信息学分析(氨基酸序列,保守域,亚细胞定位等),及其在沙棘不同组织(果肉和种子)中的表达情况。研究发现:HrGPD1开放阅读框为1 143 bp,编码380个氨基酸,无信号肽和跨膜结构域,存在多个磷酸化位点,定位于质体中,蛋白高级结构以α-螺旋为主,该蛋白序列与桑、梅、烟草和拟南芥的GPD表现出较高的序列相似性。qRT-PCR分析发现,HrGPD1基因在沙棘品系‘新俄3号’成熟种子和果肉中的相对表达量分别为0.52和1.35,与二者的含油率高低规律相一致。这为进一步研究HrGPD1基因在沙棘生物活性油合成过程中的作用机理提供科学依据。 展开更多
关键词 沙棘(Hippophae L.) HrGPD1基因 生物信息学分析 基因表达分析
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