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四川部分地区禽源空肠弯曲菌MLST分型及遗传进化分析 预览
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作者 姚学萍 张博 +6 位作者 王寒 邬旭龙 周丽军 曹随忠 王印 杨泽晓 德西措姆 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期5-10,共6页
目的 为了解四川部分地区分离到的48株禽源空肠弯曲菌间的分子特征,以对来源不同的空肠弯曲菌进行分子分型及遗传进化分析。方法 本研究参照MLST数据库,选取了空肠弯曲菌MLST分型7个管家基因aspA,glnA,glyA,gltA,tkt,pgm和uncA作为目的... 目的 为了解四川部分地区分离到的48株禽源空肠弯曲菌间的分子特征,以对来源不同的空肠弯曲菌进行分子分型及遗传进化分析。方法 本研究参照MLST数据库,选取了空肠弯曲菌MLST分型7个管家基因aspA,glnA,glyA,gltA,tkt,pgm和uncA作为目的基因分别扩增及测序,并将所得序列经比对后进行遗传进化分析。结果 48株分离株中共含24种不同的序列型分属于9种不同的克隆系及11种独特型,其中22株分离株含有新序列型,占分离株的45.83%(22/48);9种不同的克隆系中以CC-21、CC-353、CC-464克隆系所含菌株相对较多,而克隆系CC-45、CC-48最少,均为1株分离株;11种独特型共存于21株分离株中,其中以ST-8675序列型最多,为8株。遗传进化树显示,属同一克隆系的不同型别间的分离株亲缘关系较近,如同属于CC-21克隆系的ST-298与ST-760型别分离株处于同一小分支、亲缘关系较近,但不同克隆系的分离株间遗传进化关系较远,鹌鹑源分离株(V13-20)单独处于一大分支与其余禽源分离株间的亲缘关系最远。总体而言,不同地区、宿主来源的分离株呈现遗传多样性。结论 本研究中分离株间具有基因多样性,MLST分型为了解该地区空肠弯曲菌的遗传特性和分布特点提供了参考依据。 展开更多
关键词 空肠弯曲菌 MLST分型 管家基因 遗传进化
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使用管家基因进行生物气溶胶组分分析的初步研究 预览
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作者 李金珂 王玉娜 +7 位作者 李丽丽 马雪征 张丽萍 赵欣 程铭 周春雅 王涛 胡孔新 《生命科学研究》 CAS CSCD 2019年第2期108-114,共7页
空气中生物成分来源多样,对人类健康构成潜在威胁,目前缺少有效监测空气中不同生物成分含量的技术,通过检测不同物种的管家基因进行鉴别是可选的手段。本研究使用BIO Capturer-6病毒气溶胶采集富集仪收集环境样本28份,分别使用细菌、动... 空气中生物成分来源多样,对人类健康构成潜在威胁,目前缺少有效监测空气中不同生物成分含量的技术,通过检测不同物种的管家基因进行鉴别是可选的手段。本研究使用BIO Capturer-6病毒气溶胶采集富集仪收集环境样本28份,分别使用细菌、动物和植物管家基因特异性引物探针进行荧光定量PCR扩增,检测分析空气中各物种含量差异。结果表明:全部样本均检出细菌、动物和植物成分;不同高度(地面和楼顶)空气中各生物组分含量无统计学差异,温度高、湿度小时,空气中细菌成分含量最多。本研究创造性地将管家基因与生物气溶胶检测结合起来,建立了评价空气质量的新方法;并通过实验证明了该方法有良好的稳定性和灵敏度,相信可以为空气生物学调查分析提供新的手段。 展开更多
关键词 空气检测 生物气溶胶 管家基因 荧光定量PCR
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209株不同来源空肠弯曲菌分子特征分析 预览
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作者 赵冰 黄红 +3 位作者 王闻卿 李彩云 崔琪奇 朱林英 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期865-869,874共6页
目的应用多位点序列分型技术从分子水平分析不同来源的空肠弯曲菌的流行状况与特征,研究菌株间的亲缘关系和进化特征。方法本研究以2014-2015年分离自上海市浦东新区11个腹泻监测点的腹泻粪便、本辖区5个禽流感监测点的禽类养殖环境样... 目的应用多位点序列分型技术从分子水平分析不同来源的空肠弯曲菌的流行状况与特征,研究菌株间的亲缘关系和进化特征。方法本研究以2014-2015年分离自上海市浦东新区11个腹泻监测点的腹泻粪便、本辖区5个禽流感监测点的禽类养殖环境样本以及生禽肉食品中分离到的209株空肠弯曲菌为研究对象,选取7个管家基因进行测序分析,获得序列型(STs型),应用Bionumerics软件绘制进行溯源和遗传进化分析。结果209株分离株共分成了110种序列型,归属25种同源复合体,在144株人源株中,归属ST-353同源复合体菌株最多,占比16.7%,禽类养殖环境分离到的56株菌株归属ST-21同源复合体菌株最多,占比30.4%。遗传进化分析显示,209株菌株分为主要的5个彼此独立的聚类簇。结论上海市浦东新区的腹泻病人分离株与禽类株有着较为密切的关系,禽类是人感染空肠弯曲菌的重要传染源。 展开更多
关键词 空肠弯曲菌 多位点序列分型 管家基因 序列型 同源复合体
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多位点序列分型在幽门螺杆菌适应性进化中的应用进展
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作者 马智军 何雯婷 +2 位作者 刘涛 贺志云 李玉民 《国际外科学杂志》 2019年第4期272-277,共6页
幽门螺杆菌(HP)是寄生在人体胃黏膜组织内的一种革兰阴性杆菌,与人体共同进化。HP是最具遗传多样性的细菌种类之一,其多样性主要归因于其高突变率和重组率。经过上万年间的历史演变,HP为了维持与人类宿主之间的相对稳定的定植关系,经历... 幽门螺杆菌(HP)是寄生在人体胃黏膜组织内的一种革兰阴性杆菌,与人体共同进化。HP是最具遗传多样性的细菌种类之一,其多样性主要归因于其高突变率和重组率。经过上万年间的历史演变,HP为了维持与人类宿主之间的相对稳定的定植关系,经历了无数次基因多态性的变化及适应性进化,才使它成为原核生物中基因组变异最大的物种之一。正因为有这么长的与人类伴随的历史,所以在某种意义上HP可以作为人类迁移途径研究的参考信息。随着生物学信息技术的发展,多位点序列分型(MLST)技术在研究菌株的进化方面起到很大的作用,它具有高重复性和高分辨率等特点,并且可以将分析结果在不同国家、不同实验室间进行对比。本文主要就MLST技术在HP遗传进化方面的研究应用进展进行综述。 展开更多
关键词 螺杆菌 幽门 遗传 综述 多位点序列分型 管家基因
复杂生物样本管家基因研究进展
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作者 李金珂 张曼曼 +1 位作者 李丽丽 胡孔新 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2019年第3期216-220,共5页
管家基因(HKG)是一类在不同组织中表达稳定,且受环境干扰较小的基因的总称。管家基因检测已被广泛应用于物种进化分析,鉴定以及复杂生物样品的安全监测领域。生物气溶胶成分复杂,管家基因鉴别不同物种的能力为环境气溶胶成分分析提供了... 管家基因(HKG)是一类在不同组织中表达稳定,且受环境干扰较小的基因的总称。管家基因检测已被广泛应用于物种进化分析,鉴定以及复杂生物样品的安全监测领域。生物气溶胶成分复杂,管家基因鉴别不同物种的能力为环境气溶胶成分分析提供了新的手段。本文列举了近年来国内外研究中常用的植物、动物和微生物共15种管家基因,总结了其在生物物种鉴定的作用,旨在为环境样本中的复杂生物成分分析提供参考依据。 展开更多
关键词 管家基因 气溶胶 动物 植物 细菌 真菌
2013-2015年北京市丰台区腹泻患者肠产毒性大肠埃希菌的MLST分型
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作者 余红 董晓根 +3 位作者 尉秀霞 秦萌 王兆娥 陈倩 《实用预防医学》 CAS 2018年第7期874-877,共4页
目的 了解2013-2015年北京市丰台区腹泻患者肠产毒性大肠埃希菌(ETEC)分布与分子分型特征,为ETEC的分子流行病学研究提供参考依据。方法 对2013-2015年北京市丰台区腹泻病例的粪便标本进行致病菌分离培养,采用MLST法,用e BURST V 3软... 目的 了解2013-2015年北京市丰台区腹泻患者肠产毒性大肠埃希菌(ETEC)分布与分子分型特征,为ETEC的分子流行病学研究提供参考依据。方法 对2013-2015年北京市丰台区腹泻病例的粪便标本进行致病菌分离培养,采用MLST法,用e BURST V 3软件和MEGA 5.0对分离株进行分子分型及进化树分析。结果 从1 599例腹泻病患者粪便标本中检出ETEC 58株,分离率为3.6%(58/1 599)。58株ETEC分离株MLST分型结果为共分成19个型别,部分试验菌株形成2个ST克隆群,分别为STC-6007、STC-3103,分别同属于一个进化分支,多数菌株的遗传关系较远,可能与菌株来源多样有关。结论 ETEC感染2013-2015年在丰台区腹泻疾患中占较高比例,ST-6010与ST-69是最主要的ST型别。 展开更多
关键词 致泻大肠埃希菌 MLST分型 管家基因 进化树
大鼠死后管家基因mRNA稳定性及其时序性降解与PMI相关性研究
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作者 刘志杰 董祖鑫 +2 位作者 路健 王英元 梁新华 《中国法医学杂志》 CSCD 2017年第5期448-452,共5页
目的研究脑组织及骨骼肌内β-actin、GAPDH、RPL32、PKG1、SDHA、RPL13、HPRT、TBP、YWHAZ死后稳定性及其相对表达量与死亡时间(PMI)的相关性。方法取健康成年SD大鼠33只,依据据死亡时间不同随机分为11组(0h、1h、3h、6h、12h、24h... 目的研究脑组织及骨骼肌内β-actin、GAPDH、RPL32、PKG1、SDHA、RPL13、HPRT、TBP、YWHAZ死后稳定性及其相对表达量与死亡时间(PMI)的相关性。方法取健康成年SD大鼠33只,依据据死亡时间不同随机分为11组(0h、1h、3h、6h、12h、24h、2d、4d、8d、16d、24d),分别在各时间点取大鼠胫骨前肌及脑组织约50mg,提取各组织总RNA,利用RT-q PCR技术检测9种管家基因的m RNA相对表达量。运用ge Norm、Norm Finder和Best Keeper软件对基因稳定性进行评价,利用spss软件对内参标准化的m RNA指标进行回归分析。结果脑组织及骨骼肌中均为HPRT稳定性最高,适合用于本研究的内参基因。脑组织中SDHA、RPL32及TBP 3种指标的相对表达量变化与PMI有一定的线性关系。骨骼肌中m RNA指标相对表达量与PMI之间没有显著的相关性。结论脑组织及骨骼肌是较适宜推断晚期死亡时间的检材。脑组织中SDHA、RPL32及TBP 3种m RNA的相对表达量变化与PMI有一定的线性关系,有望成为推断PMI的辅助指标。 展开更多
关键词 法医病理学 死亡时间 逆转录-实时荧光定量PCR 管家基因
全基因组关联研究中NanoDrop检测D260/D230值在DNA质检中的意义
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作者 郭倩 王赓 +4 位作者 殷健 李梦梦 黄少兰 姜磊 徐沪济 《第二军医大学学报》 CSCD 北大核心 2017年第11期1444-1448,共5页
目的探讨NanoDrop检测D_(260)/D_(230)值对全基因组关联研究(GWAS)中DNA标本质检的意义。方法 收集1 494例强直性脊柱炎(AS)患者的血液DNA样本,分别用NanoDrop和PicoGreen检测样本浓度。第一阶段,对24例NanoDrop和PicoGreen浓度... 目的探讨NanoDrop检测D_(260)/D_(230)值对全基因组关联研究(GWAS)中DNA标本质检的意义。方法 收集1 494例强直性脊柱炎(AS)患者的血液DNA样本,分别用NanoDrop和PicoGreen检测样本浓度。第一阶段,对24例NanoDrop和PicoGreen浓度〉50ng/μL的DNA样本行Omni中华8芯片检测,比较16例芯片成功样本与8例失败样本的D_(260)/D_(280)值及D_(260)/D_(230)值。第二阶段,选取1 122例NanoDrop和PicoGreen检测浓度均大于50ng/μL DNA样本行管家基因GAPDH的PCR检测,并对PCR反应成功的样本行Omni中华8芯片检测。采用Mann-Whitney U检验比较PCR反应成功与失败DNA样本的D_(260)/D_(230)值,采用受试者工作特征(ROC)曲线评价D_(260)/D_(230)值对PCR结果的鉴别效率。结果 第一阶段中,芯片成功与失败样本的D_(260)/D_(280)值差异无统计学意义(P=0.444),而D_(260)/D_(230)值差异有统计学意义(Z=-3.920,P〈0.001);第二阶段中,PCR成功的DNA样本基因分型检测成功率为100%,PCR成功与失败组的D_(260)/D_(230)值比较差异有统计学意义(Z=-5.983,P〈0.01)。D_(260)/D_(230)值预测PCR结果的曲线下面积(AUC)为0.727;最佳诊断点的D_(260)/D_(230)值为0.89;特异度为0.95时的D_(260)/D_(230)值为2.305。结论 在进行GWAS时,浓度及D_(260)/D_(280)值均较好而D_(260)/D_(230)值较低的DNA样本可能含有较多杂质,需联用PCR检测以确保样本质量;D_(260)/D_(230)值≥2.305时,样本纯度满足GWAS芯片检测的要求,可省略PCR检测。 展开更多
关键词 基因组关联研究 D260/D230值 NanoDrop PICOGREEN 质量控制 聚合酶链反应 管家基因
87株多重耐药鲍曼不动杆菌多位点序列分型 预览 被引量:2
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作者 林吴兵 叶英 李家斌 《安徽医科大学学报》 北大核心 2017年第10期1480-1484,共5页
目的了解安徽地区近年来临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌的耐药性、菌群结构和流行菌株,分析其基因同源性及亲缘进化关系,为临床抗菌药物应用提供一定的实验室依据。方法收集安徽地区临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌87株,采用琼脂稀... 目的了解安徽地区近年来临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌的耐药性、菌群结构和流行菌株,分析其基因同源性及亲缘进化关系,为临床抗菌药物应用提供一定的实验室依据。方法收集安徽地区临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌87株,采用琼脂稀释法测定其对11种临床常见抗菌药物的最小抑菌浓度。通过多位点序列分型方法,反映菌株间进化关系,利用BioNumerics软件构建聚类图,从而进行基因分型。结果87株鲍曼不动杆菌对亚胺培南、美罗培南的耐药率分别为74.7%、66.7%,对其他常用抗菌药物耐药率都很高。其分为42个ST型,其中6个型别是数据库里原来有的,36个型别为新的型别(暂时命名为STnew01-ST-new36)。ST2包含37株菌,是优势型别,其属于克隆复合体CCl。结论多重耐药鲍曼不动杆菌对11种常见临床抗菌药物均呈现出较高的耐药率,ST2为安徽地区多重耐药鲍曼不动杆菌主要的流行克隆,安徽地区主要的流行株ST2与世界上主要的流行克隆具有高度的同源性。 展开更多
关键词 多重耐药鲍曼不动杆菌 MIC 多位点序列分型(MLST) 管家基因 PCR
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动物源粪肠球菌的遗传关系分析 预览 被引量:1
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作者 赵娣 段志刚 +5 位作者 崔新格 闫瑞杰 陈飞 李滨洲 胡慧 王亚宾 《农业科学》 2017年第2期140-146,共7页
目的:为了探讨不同动物来源中粪肠球菌(E.faecais)菌株之间的遗传关系。方法:利用PCR技术对59株不同来源粪肠球菌的7个管家基因gdh、gyd、pstS、gki、aroE、xpt、yiqL分别进行扩增测序,根据测序结果,利用多位点序列分型技术(Multilocus ... 目的:为了探讨不同动物来源中粪肠球菌(E.faecais)菌株之间的遗传关系。方法:利用PCR技术对59株不同来源粪肠球菌的7个管家基因gdh、gyd、pstS、gki、aroE、xpt、yiqL分别进行扩增测序,根据测序结果,利用多位点序列分型技术(Multilocus Sequence Typing, MLST)进行分析、比对。结果:59株不同来源粪肠球菌被分成了27个序列型(Sequence type, ST),其中,主要流行序列型是ST-16 (占16.9%),其次是ST-163 (占6.8%)、ST-238 (占6.8%)和ST-631 (占6.8%),而与医院内感染密切相关的ST-16序列型,广泛分布在除熟食食品和羊粪外的其它5种来源中。另外,猪和蜂猴的粪便中分别含有7种序列型,且均有ST-16序列型。结论:多种动物来源中均含有感染人的粪肠球菌序列型,这也为粪肠球菌致病机理研究奠定了基础。 展开更多
关键词 粪肠球菌 多位点序列分析 管家基因 序列型(ST)
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1株人兽鱼共患病原菌嗜水气单胞菌的分离鉴定 预览 被引量:2
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作者 毕建飞 康元环 +5 位作者 陈亨利 张海月 张冬星 姜剑峰 单晓枫 钱爱东 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2016年第3期118-121,共4页
为了对长春市某养鱼场病死鱼致病菌进行分离鉴定,对分离菌株进行了生物学特性分析,16S rRNA和3种管家基因的序列测定与分析,并对其进行鲤鱼、昆明系小鼠致病性试验及药敏试验。结果显示,该细菌为革兰阴性杆菌,培养特性、理化反应与嗜水... 为了对长春市某养鱼场病死鱼致病菌进行分离鉴定,对分离菌株进行了生物学特性分析,16S rRNA和3种管家基因的序列测定与分析,并对其进行鲤鱼、昆明系小鼠致病性试验及药敏试验。结果显示,该细菌为革兰阴性杆菌,培养特性、理化反应与嗜水气单胞菌基本相同;对左氧氟沙星、卡那霉素等18种抗菌药物敏感,万古霉素、苯唑西林等4种抗菌药物耐药;16S rRNA和dnaJ、rpoD、gyrB管家基因的均与Gen Bank上的嗜水气单胞菌相应基因有较高的同源性,同源性最高分别为99.6%、97.9%、99.9%。分离菌株对鲤鱼、昆明系小鼠有较强的致病作用,其半数致死量分别为6.76×10-7CFU/只、1.39×10-6CFU/只,表明该菌可能是1株人兽鱼共患病原菌。 展开更多
关键词 嗜水气单胞菌 管家基因 系统发育分析 药敏试验
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硒干预和DNCB致敏实验小鼠的基因表达分析参考基因的筛选 被引量:1
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作者 莫俊銮 梁雄顺 +4 位作者 周继昌 张丽君 龚春梅 朱玉梅 杨慧 《中国热带医学》 CAS 2016年第9期861-865,共5页
目的为1-氯2,4二硝基苯(1-chloro 2,4-dinitrobenzene,DNCB)致敏诱导的特应性皮炎小鼠动物实验的基因定量检测筛选内参基因。方法选取DNCB致敏诱导特应性皮炎动物实验中4个组别小鼠的皮肤、肝脏和脾脏样品各3份,利用q PCR方法对Atp5f1... 目的为1-氯2,4二硝基苯(1-chloro 2,4-dinitrobenzene,DNCB)致敏诱导的特应性皮炎小鼠动物实验的基因定量检测筛选内参基因。方法选取DNCB致敏诱导特应性皮炎动物实验中4个组别小鼠的皮肤、肝脏和脾脏样品各3份,利用q PCR方法对Atp5f1、Pgk1、Gusb、B2m、Ppia、Hprt1、Actb、Ywhaz、Tbp、Gapdh、Tfrc、Rplp1、Rps18等13种候选管家基因进行定量检测,采用Ge Norm分析软件分析基因表达稳定性,筛选在所有实验条件下各个组织中均稳定表达的管家基因作为内参基因。结果在全部组别皮肤和肝脏组织样品中稳定性最好的都是Gapdh(甘油醛-3-磷酸脱氢酶);在脾脏样品中稳定性最好的是Atp5f1(三磷酸腺苷合成酶5f1)和Ppia(肽酰脯氨酰异构酶A)。在全部组别所有样品中稳定性最好的依次是Gapdh、Pgk1和Atp5f1。结论 Gapdh和Atp5f1可以作为DNCB致敏诱导特应性皮炎小鼠基因定量检测的参考基因。 展开更多
关键词 内参基因 管家基因 特应性皮炎
褪色沙雷菌耐药率与多位点序列分析研究 被引量:1
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作者 赵瑞珂 顾国浩 +5 位作者 韩清珍 赵丽娜 钱雪峰 张险峰 史进方 徐杰 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第18期4084-4087,共4页
目的研究褪色沙雷菌的耐药率与分子流行病学规律,建立多位点序列分析方法,明确其进化特征,为临床针对性使用抗菌药物和防控此致病菌感染提供依据。方法对2013年9月-2014年12月分离的40株褪色沙雷菌进行体外药物敏感性试验与多位点序列... 目的研究褪色沙雷菌的耐药率与分子流行病学规律,建立多位点序列分析方法,明确其进化特征,为临床针对性使用抗菌药物和防控此致病菌感染提供依据。方法对2013年9月-2014年12月分离的40株褪色沙雷菌进行体外药物敏感性试验与多位点序列分析(MLSA),并用Splits tree与CLUSTALW软件进行生物信息学分析,揭示其流行趋势。结果体外药敏试验结果表明,40株褪色沙雷菌对13种抗菌药物的耐药率在10.0%~52.5%,对亚胺培南耐药率为32.5%;MLSA设计4个管家基因,GC含量约为60.0%;各等位基因数分布于14~16,各多态性位点数分布于33~74,gyrB的多态性位点数最多(74个);Splits tree软件分裂分解分析结果显示,大部分褪色沙雷菌聚在一起,形成一个克隆复合体;CLUSTALW软件聚类分析结果显示,40株褪色沙雷菌形成19个ST型,其中ST8型12株,且ST8型是耐碳青霉烯类抗菌药物褪色沙雷菌的流行与暴发型,ST8、ST9、ST10与ST11形成一个克隆复合体CC8。结论褪色沙雷菌对碳青霉烯类抗菌药物耐药率较高,且多为泛耐药菌株;褪色沙雷菌的分子流行病学趋势相对较慢,在基因组上高度保守,目前需要重点监测以ST8型为代表褪色沙雷菌CC8克隆复合体的流行,以防其在医院的大规模流行与暴发。 展开更多
关键词 褪色沙雷菌 多位点序列分析 管家基因 克隆复合体
TCR基因突变试验的原理及其应用
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作者 李晓雪 李国丽 何继亮 《中华劳动卫生职业病杂志》 CAS CSCD 2016年第6期478-480,共3页
管家基因系在所有的细胞中都能表达和不断转录,婴儿早期就出现并能终生保留和维持细胞功能的基因,管家基因的表达水平要高于其他基因。检测人体常用的管家基因有3种,即次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶(hpa)基因、
关键词 基因突变试验 次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶 TCR 应用 管家基因 细胞功能
分离自印度洋深海沉积物的部分链霉菌分离株多位点序列分析 被引量:3
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作者 姜钊 职晓阳 李文均 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期927-934,共8页
【目的】采用多位点序列分析方法,研究印度洋3 000 m以下深海沉积物中分离得到的16S rRNA基因比对高度相似的链霉菌菌株的种间系统发育关系,同时探讨各管家基因及多基因聚类分析后的种间区分能力。【方法】以分离自印度洋深海沉积物的7... 【目的】采用多位点序列分析方法,研究印度洋3 000 m以下深海沉积物中分离得到的16S rRNA基因比对高度相似的链霉菌菌株的种间系统发育关系,同时探讨各管家基因及多基因聚类分析后的种间区分能力。【方法】以分离自印度洋深海沉积物的7株Streptomyces albidoflavus,11株Streptomyces cavourensis,16株Streptomyces pratensis为研究对象,以16S rRNA、atpD、recA和rpoB基因片段为标记,通过PCR扩增、测序,获得序列。同时从NCBI上下载5株S.pratensis上述4个基因的序列,将所有序列在MLST网站进行比对,并构建系统进化树进行比较。【结果】S.pratensis各菌株种内比较发现,16S rRNA基因构建的系统进化树中相同基因型的菌株没有聚在一起,系统进化树不稳定,区分度不高。其余3个构建的系统进化树稳定,菌株的聚类关系与MLST数据库得到的基因型一致。同时,多基因聚类分析后将菌株分为6个类群。在3个种的种间多位点序列比较中,除区分度明显增加、进化树更加稳定以外,还发现rec A基因进化上比较特殊的菌株。【结论】多位点序列分析将实验菌株分为很多不同的类型,成功地将所分离的链霉菌进行了更细的分类,同时也找到部分菌株在个别基因上差异较大。此方法可以用于相近种的快速鉴定。 展开更多
关键词 链霉菌 管家基因 多位点序列分析
牡丹5个管家基因的克隆及其在系统进化分析中的应用 被引量:2
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作者 杨勇 王顺利 +5 位作者 薛璟祺 任秀霞 李丹丹 杨若雯 曾秀丽 张秀新 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期307-319,共13页
利用RT-PCR技术从牡丹组7个野生种和1个栽培种中分别克隆得到泛素延伸蛋白基因(ubiquitin,UBI)、素环蛋白基因(cyclophilin,CYP)、肌动蛋白基因(Actin)、葡萄糖六磷酸脱氢酶基因(glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase,G6PD)和... 利用RT-PCR技术从牡丹组7个野生种和1个栽培种中分别克隆得到泛素延伸蛋白基因(ubiquitin,UBI)、素环蛋白基因(cyclophilin,CYP)、肌动蛋白基因(Actin)、葡萄糖六磷酸脱氢酶基因(glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase,G6PD)和β–微管蛋白基因(beta-tubulin,TUB)等5个管家基因的编码序列(coding sequence,CDS)。序列比对分析发现,5个管家基因序列均相对保守,其在牡丹7个野生种和1个栽培种中的保守性在99.04%~99.69%。利用5个管家基因分别构建了其在牡丹组8份材料中的系统进化树。5个系统进化树均将8份材料分成两组,即革质花盘亚组和肉质花盘亚组;由于5个管家基因核苷酸序列各自的保守性不同,在区分亚组成员间略有差异。综合分析5个管家基因构建的系统进化树可知,杨山牡丹(Paeonia ostii)和栽培牡丹(P.suffruticosa‘Luoyanghong’)常聚为一支,二者亲缘关系较近,因而推测杨山牡丹可能参与了栽培牡丹的形成;紫斑牡丹(P.rockii)和四川牡丹(P.decomposita)一直聚为一支,推测二者亲缘关系较近;黄牡丹(P.lutea)和紫牡丹(P.delavayi)一直聚为一支,推测这二者亲缘关系较近。狭叶牡丹(P.potaninii)与黄牡丹和紫牡丹分化较早,结合前人研究结果建议将狭叶牡丹作为一个独立的种。 展开更多
关键词 牡丹 管家基因 系统发生 进化
从珍珠龙趸体内分离的1株创伤弧菌的鉴定及耐药性分析 预览 被引量:3
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作者 辜良斌 徐力文 +4 位作者 王雨 苏友禄 刘广锋 郭志勋 冯娟 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期162-167,共6页
为研究创伤弧菌Vibrio vulnificus对药物的敏感性,减少珍珠龙趸养殖业中的病害影响,从患病珍珠龙趸(pearl gentian)(棕点石斑鱼Epinephelus fuscoguttatus早×鞍带石斑鱼E.1anceolatus♂)肝肾中分离出一株病原菌,编号为X11X... 为研究创伤弧菌Vibrio vulnificus对药物的敏感性,减少珍珠龙趸养殖业中的病害影响,从患病珍珠龙趸(pearl gentian)(棕点石斑鱼Epinephelus fuscoguttatus早×鞍带石斑鱼E.1anceolatus♂)肝肾中分离出一株病原菌,编号为X11XC26,并对其进行了鉴定及耐药性分析。经攻毒试验证明,该菌对斜带石斑鱼E.eoioide5有较强的致病性,半数致死浓度(LD与n)为1.70x105CFU/g,呈急性感染型;对该菌株进行常规生理生化试验、API(32E)系统鉴定和16SrDNA、rctB、topA、mreB、rpoD等5种管家基因序列分析,可将该菌株鉴定为创伤弧菌;通过纸片扩散K-B法测试了该菌株对16种药物的敏感性,结果显示,该菌株对氧氟沙星、诺氟沙星、环丙沙星、恩诺沙星和阿莫西林5种药物敏感,对多粘菌素B等11种药物不敏感。本研究中从患病珍珠龙趸体内分离出创伤弧菌在国内属首次报道,而该菌株较强的耐药性应引起人们的关注。 展开更多
关键词 珍珠龙趸 创伤弧菌 药物敏感 管家基因
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多位点序列分析在空肠弯曲菌监测中的运用 被引量:1
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作者 赵冰 朱林英 +1 位作者 黄红 孙乔 《职业与健康》 CAS 2016年第20期2792-2795,2799共5页
目的探讨多位点序列分析技术在腹泻病原空肠弯曲菌分子溯源方面的运用。方法用多位点序列分析(MLST)对上海市浦东新区腹泻病原监测中的70株阳性空肠弯曲菌菌株的7个管家基因进行扩增、测序并上传至MLST数据库确定基因序列型(ST型),... 目的探讨多位点序列分析技术在腹泻病原空肠弯曲菌分子溯源方面的运用。方法用多位点序列分析(MLST)对上海市浦东新区腹泻病原监测中的70株阳性空肠弯曲菌菌株的7个管家基因进行扩增、测序并上传至MLST数据库确定基因序列型(ST型),并运用Bio Numerics 7.1构建遗传进化树和聚类图进行亲缘性分析。结果 70株空肠弯曲菌分为52种已知ST型,分属13个同源谱系,ST353同源复合体占了流行株的26%。从70株分型结果中能找到聚集性病例。结论运用MLST技术能在分子水平上对空肠弯曲菌进行分型,并能直观表现菌株间的相互关系,从散发病例中找到聚集特征,为疾病的控制提供依据。 展开更多
关键词 多位点序列分析 空肠弯曲菌 管家基因 ST型 同源谱系
棒状乳杆菌4个管家基因PCR引物的设计与验证 预览 被引量:1
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作者 姚纲 陈永红 +1 位作者 胡红焱 张健鹏 《中国医学工程》 2015年第8期86-87,共2页
目的探索一种为棒状乳杆菌管家基因设计PCR引物的方法,并验证所设计引物的PCR扩增效率和特异性。方法先用在线引物设计工具Primer-BLAST为棒状乳杆4个菌管家基因设计PCR引物。然后用软件oligo 6.44评价引物的各项参数,综合考虑PCR引物... 目的探索一种为棒状乳杆菌管家基因设计PCR引物的方法,并验证所设计引物的PCR扩增效率和特异性。方法先用在线引物设计工具Primer-BLAST为棒状乳杆4个菌管家基因设计PCR引物。然后用软件oligo 6.44评价引物的各项参数,综合考虑PCR引物设计的各项原则,人工筛选出最佳引物,最后通过PCR扩增验证引物的效率和特异性。结果每个管家基因用Primer-BLAST程序设计得到10对引物,最后各选出1对引物。经PCR扩增验证,这些引物不仅效率高,而且特异性好。结论本研究所用的引物设计方法简单实用,用于设计棒状乳杆菌管家基因PCR引物效果理想。 展开更多
关键词 管家基因 引物设计 聚合酶链反应 棒状乳杆菌
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138株临床分离肺炎克雷伯菌耐药性与多位点序列分型研究 预览 被引量:1
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作者 陈鲜宝 金向红 +1 位作者 邵先兵 任姜黎 《全科医学临床与教育》 2015年第5期529-532,共4页
目的:研究肺炎克雷伯菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其遗传背景,为临床抗菌药物的合理选择提供依据。方法收集临床分离肺炎克雷伯菌138株,采用K-B纸片扩散法进行10种常用抗菌药物的体外药物敏感性试验,对所有菌株进行多位点序... 目的:研究肺炎克雷伯菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其遗传背景,为临床抗菌药物的合理选择提供依据。方法收集临床分离肺炎克雷伯菌138株,采用K-B纸片扩散法进行10种常用抗菌药物的体外药物敏感性试验,对所有菌株进行多位点序列分型(MLST)。结果 MLST方案中选取的7个管家基因GC含量均分布于55.02%~65.06%。各等位基因数分布于3~6范围内,其中infB的等位基因数只有3个,而tonB的等位基因数有6个。tonB的多态性位点最多,为79个;体外药物敏感性试验结果表明,138株肺炎克雷伯菌对10种抗菌药物耐药率分布于9.42%~50.00%;MLST结果显示,全部菌株共形成9个ST型,其中ST11有78株、ST258有16株、ST340有10株、ST379有8株,上述4个ST型均属于克隆复合体CC258。此外,本次研究还发现1个新ST型。结论肺炎克雷伯菌对临床常用抗菌药物的耐药率较高,呈现多重耐药趋势;肺炎克雷伯菌的传播趋势相对集中,在院内抗生素选择压的作用下易形成典型的克隆复合体。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 多位点序列分型 管家基因 克隆复合体
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