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基于TCMIP V2.0探析新型冠状病毒肺炎全病程中医证候和推荐方剂的科学内涵 认领
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作者 许海玉 张彦琼 +3 位作者 秦月雯 赵海誉 王萍 刘峰 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1488-1498,共11页
新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)自首次确诊以来,引起了全社会的高度关注,中医药针对COVID-19肺炎发病全过程治疗的参与度高,临床疗效确切。中医药以整体观念和辨证论治为理论和思维特色,证候是中医药理论的核心,... 新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)自首次确诊以来,引起了全社会的高度关注,中医药针对COVID-19肺炎发病全过程治疗的参与度高,临床疗效确切。中医药以整体观念和辨证论治为理论和思维特色,证候是中医药理论的核心,该研究以"症状"为切入点,运用中药整合药理学网络计算平台2.0(TCMIP V2.0,http://www.tcmip.cn/),构建COVID-19肺炎初期(寒湿郁肺证)、重症期(疫毒闭肺证)、危重期(内闭外脱证)、恢复期(肺脾气虚证)4个时期代表证候和代表方剂的分子网络,探析COVID-19肺炎各阶段证候的生物学基础及推荐方剂对证治疗的分子机制。结果显示,"免疫-炎症"相关分子可能贯穿COVID-19肺炎发病和进展全过程,在重症期和危重期患者炎症分子网络占比明显加大,该时期可能存在细胞因子风暴,同时出现呼吸障碍、心肺功能失调、神经系统紊乱等多脏器分子网络失衡。推荐方剂具有潜在的增强机体免疫功能、减轻炎症反应、加强营养物质吸收代谢、调节能量代谢、缓解心肺功能异常、调节神经系统功能等多方面作用,推测对呼吸困难、胸闷气促、腹胀便秘、汗出肢冷、神昏、烦躁等症状具有较好的改善作用,体现了"多成分、多靶标、多通路、多效应"的整合干预特点。该研究系统构建COVID-19发病4个阶段证候的分子网络,体现"对证"和"对症"治疗的中医优势和特色,对于揭示推荐方剂作用原理和科学内涵有所帮助,以期对中医药防治COVID-19提供参考。 展开更多
关键词 整合药理学网络计算平台 网络药理学 新型冠状病毒肺炎 中医证候 推荐方剂
网络药理学在中药复方研究中的应用 认领
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作者 段贤春 黄石 +4 位作者 彭代银 韩岚 汪小莉 汪永忠 潘凌宇 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期303-308,共6页
中药复方由多种草药和(或)矿物药等成份按照“君臣佐使”的原则配伍,可以达到增效减毒的目的。由于中药具有多成分、多靶点、多途径的特点,增加了中药复方物质基础及其作用机制研究的难度,而网络药理学具有整体性、系统性等优点,近年来... 中药复方由多种草药和(或)矿物药等成份按照“君臣佐使”的原则配伍,可以达到增效减毒的目的。由于中药具有多成分、多靶点、多途径的特点,增加了中药复方物质基础及其作用机制研究的难度,而网络药理学具有整体性、系统性等优点,近年来广泛应用于中药复方研究,通过参阅相关文献,本文首先总结了目前用于中医药研究的常见数据库和软件,其次简要介绍了网络药理学研究基本方法与技术,最后列举了网络药理学在中药复方研究中的代表性应用,以期为深入了解和应用网络药理学带来新的启示。 展开更多
关键词 复方 网络药理学 数据库 网络构建 网络分析 作用机制 慢性疾病
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化湿败毒方治疗新型冠状病毒肺炎的药理学机制探讨和网络药理学研究 认领
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作者 赖庆来 梁爱武 +2 位作者 何妙仪 黄小玉 吴伟泳 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期909-919,共11页
本文旨在探讨化湿败毒方治疗COVID-19的现代药理学研究并运用网络药理学方法预测化湿败毒方治疗COVID-19的作用机制。通过查阅文献及临床报道,总结化湿败毒方治疗COVID-19现代药理学研究。通过TCMSP数据库获取化湿败毒方的主要活性化合... 本文旨在探讨化湿败毒方治疗COVID-19的现代药理学研究并运用网络药理学方法预测化湿败毒方治疗COVID-19的作用机制。通过查阅文献及临床报道,总结化湿败毒方治疗COVID-19现代药理学研究。通过TCMSP数据库获取化湿败毒方的主要活性化合物及对应靶点并利用GeneCards数据库获取COVID-19的疾病靶点。使用STRING数据库构建蛋白互作网络并对核心靶点进行GO富集和KEGG通路分析,利用Cytoscape3.7.0软件构建化合物-靶标网络。最后把主要核心化合物与SARS-CoV-23CL水解酶及ACE2受体进行分子对接。现代药理学研究表明,化湿败毒方有抗炎、抗病毒和调节免疫作用。结果筛选到261个中药靶点,251个疾病相关靶点,药物和疾病靶点取交集得到关键靶点49个。GO富集包括1547条生物过程、29条细胞组分以及86项分子功能,KEGG通路富集得156条通路与COVID-19相关(P<0.05),涉及卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、甲型流感、IL-17通路、TNF通路、AGE-RAGE通路等相关通路。预测出主要的核心化合物有槲皮素、木犀草素、山奈酚、汉黄芩素、柚皮素、β-谷甾醇、黄芩素等,在整个网络中发挥着关键作用。分子对接结果显示槲皮素、木犀草素、山奈酚与3CL水解酶和ACE2均有较好的结合。本研究较为全面揭示了化湿败毒方治疗COVID-19"多成分、多靶点、多通路"的特点,为深入探讨化湿败毒方治疗COVID-19的作用机制提供参考依据。 展开更多
关键词 化湿败毒方 新型冠状病毒肺炎 现代药理学 网络药理学 作用机制
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系统药理学Ⅲ:在诠释中医药整体作用机制中的应用进展 认领 被引量:1
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作者 姚文博 李丰 +1 位作者 石彬彬 李燕 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第13期219-227,共9页
整体医学是一个跨学科的研究领域,其整合了所有类型的生物信息(蛋白质、小分子、组织、器官、外部环境信号等),从而为医疗保健和疾病治疗提供可预测和可操作的模型。尽管这门学科具有全球性和综合性的特点,但阐明整体医学机制的科学证... 整体医学是一个跨学科的研究领域,其整合了所有类型的生物信息(蛋白质、小分子、组织、器官、外部环境信号等),从而为医疗保健和疾病治疗提供可预测和可操作的模型。尽管这门学科具有全球性和综合性的特点,但阐明整体医学机制的科学证据仍较为匮乏。作为一门基于经典药理学、计算机技术、生物信息学、网络药理学等多学科技术交叉、融合而发展起来的新兴学科,系统药理学从分子、细胞、器官、网络等多个水平系统地研究了药物与人体之间的相互作用以及其规律和本质,其自2011年诞生以来,已被广泛应用于整体医学推广、复方解析、新药开发和中医基础理论阐释等领域。该文详细介绍了中药系统药理学的研究思路,并通过梳理系统药理学在中药多成分、多靶点、多通路、多功能以及中药配伍等方面的研究,来诠释整体医学领域整体治疗复杂疾病的作用机制,以期为整体医学的现代化研究提供新方法与新思路。 展开更多
关键词 系统药理学 整体医学 网络药理学 作用机制 配伍 方剂
骨痹方治疗膝骨关节炎的网络药理学机制探讨 认领
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作者 刘丹凯 刘敏莹 +6 位作者 刘小宝 王强 韩隆胤 杜彦仪 钱凯 吕文丽 林昌松 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期306-314,共9页
目的通过网络药理学探究骨痹方治疗膝骨关节炎(Knee Osteoarthritis,KOA)的药理学机制。方法通过Disgenet数据库搜集KOA靶点;通过TCMSP、TCMID数据库搜集骨痹方各成分作用靶点,使用Cytoscape软件构建成分-靶点网络分析骨痹方的重要成分... 目的通过网络药理学探究骨痹方治疗膝骨关节炎(Knee Osteoarthritis,KOA)的药理学机制。方法通过Disgenet数据库搜集KOA靶点;通过TCMSP、TCMID数据库搜集骨痹方各成分作用靶点,使用Cytoscape软件构建成分-靶点网络分析骨痹方的重要成分。借助Genomics平台分析骨痹方和KOA共有靶点,并利用STRING平台构建共有靶点互作网络(Protein-Protein interaction network,PPI network)预测KOA潜在治疗靶点。在Systems Dock WebSite在线平台对重要成分和潜在靶点进行分子对接评估其结合活性。最后,利用Cytoscape软件"ClueGo插件"分析共有靶点KEGG信号通路并构建成分-靶点-通路网络进行可视化分析。结果共筛选出92个KOA靶点;骨痹方共有66种成分,263个靶点。骨痹方重要成分包含槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇和刺芒柄花素等。其中,共有靶点17个,潜在治疗靶点可能有IL-6、TNF、PTGS2。分子对接显示槲皮素、山柰酚和β-谷甾醇与潜在治疗靶点具有较强的结合能力。KEGG通路富集分析提示共有靶点参与IL-17信号通路、TNF信号通路和NF-κB信号通路等22条通路。结论骨痹方中槲皮素、山奈酚和β-谷甾醇等成分很可能通过IL-6、TNF、PTGS2等靶点作用于IL-17信号通路、TNF信号通路和NF-κB信号通路,发挥治疗KOA的作用。故骨痹方治疗KOA的药理学机制可能是通过多组分、多靶点、多通路实现,但需进一步通过基础和临床研究验证。 展开更多
关键词 骨痹方 桂枝茯苓丸 膝骨关节炎 网络药理学 分子对接 药理学机制 信号通路
基于网络药理学阐述青风藤对类风湿性关节炎的作用机制 认领
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作者 丁文聪 韩隆胤 +1 位作者 钱凯 林昌松 《中国医药导报》 CAS 2020年第17期15-20,共6页
目的通过网络药理学探究青风藤治疗类风湿性关节炎(RA)的药理机制,为RA的临床治疗提供理论依据。方法检索时间为建库至2018年12月,基于TCMSP、TCMID数据库搜集青风藤成分及靶点,通过Cytoscape软件构建成分-靶点网络;通过TTD、Drug Bank... 目的通过网络药理学探究青风藤治疗类风湿性关节炎(RA)的药理机制,为RA的临床治疗提供理论依据。方法检索时间为建库至2018年12月,基于TCMSP、TCMID数据库搜集青风藤成分及靶点,通过Cytoscape软件构建成分-靶点网络;通过TTD、Drug Bank数据收集RA相关靶点,在STRING数据库构建靶点互作(PPI)网络。在Genomics数据库分析药物和疾病共有靶点,并利用Cytoscape软件中Cluego插件分析共同靶点的信号通路,最后构建成分-靶点-通路网络图并分析。结果青风藤发挥治疗RA的成分可能是拉兹马宁碱、千金藤啶碱、青藤碱等;发挥治疗作用的靶点可能包括Jun激酶(JUN)、维甲酸X受体(RXRA)、过氧化物酶体增殖活化受体γ(PPARG)等;关键作用通路包括PPAR通路、脂代谢调控、PTEN基因转录、核细胞受体及转录等13条。结论青风藤通过多组分、多靶点、多通路发挥镇痛消炎、减轻骨破坏等作用,对RA的治疗具有一定的价值。 展开更多
关键词 网络药理学 青风藤 类风湿性关节炎 成分-靶点-通路网络
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基于网络药理学探讨哮喘宁颗粒防治心理应激哮喘的作用网络与潜在机制 认领
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作者 弓雪峰 任培中 +7 位作者 崔红生 姜振远 张诗瑜 王佳美 张馨予 陈秋仪 吕明圣 候丹 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第4期576-589,共14页
目的运用网络药理学研究方法探讨哮喘宁颗粒防治心理应激哮喘的作用网络与潜在机制。方法在中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中药分子机制的生物信... 目的运用网络药理学研究方法探讨哮喘宁颗粒防治心理应激哮喘的作用网络与潜在机制。方法在中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中药分子机制的生物信息学分析网络(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM)等数据平台筛选哮喘宁颗粒的主要有效成分与靶点;并通过相关疾病靶点数据库检索心理应激哮喘的相关靶点;通过韦恩图得到哮喘宁颗粒与心理应激哮喘之共同靶点,利用Cytoscape 3.7.2建立"药物-成分-靶点"作用网络,然后使用STRING数据库进行化合物-疾病共同靶点的蛋白互作分析(protein-protein interaction,PPI),运用Cytoscape 3.7.2的插件MCODE、cytohubba及拓扑运算后筛选关键靶点;利用David数据库进行基因本体(Gene Ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析。结果筛选出哮喘宁颗粒39个主要有效成分和121个交集预测靶点,心理应激哮喘靶点1 063个;通过韦恩图得到共同靶点72个,继用cytohubba插件及拓扑运算得到重要基因,通过MCODE筛选出基因互作模块,从而得到MAPK1、MAPK8、TNF、VEGFA、EGF、PTGS2、JUN、IL-6等交集靶点;通过GO和KEGG富集分析得知这些靶点涉及信号转导、细胞增生正调控、MAPK信号通路激活等生物学过程,神经活性配体受体相互作用、TNF、NOD样受体、Toll样受体、钙离子、T细胞受体、PI3K-Akt等信号通路。结论哮喘宁颗粒可能通过多种有效成分作用于神经机制、免疫炎性反应、细胞增生等方面以综合调节"神经-内分泌-免疫"网络,从而防治心理应激哮喘。 展开更多
关键词 网络药理学 哮喘宁颗粒 心理应激哮喘 潜在机制 神经-内分泌-免疫网络
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当归-川芎药对治疗脑梗死的“调控网络”和机制 认领
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作者 杨正飞 杨小燕 +4 位作者 陈叶飞 吴旦斌 郭茂娟 徐彦龙 姜希娟 《中医学报》 CAS 2020年第1期149-154,共6页
目的:本研究借助网络药理学的方法预测当归-川芎药对治疗脑梗死的潜在靶点,探讨其调控网络及作用机制。方法:首先,本研究运用在线中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选当归-川芎作用的共同靶点;其次,通过OMIM数据库、GAD数据库、TT... 目的:本研究借助网络药理学的方法预测当归-川芎药对治疗脑梗死的潜在靶点,探讨其调控网络及作用机制。方法:首先,本研究运用在线中医药生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选当归-川芎作用的共同靶点;其次,通过OMIM数据库、GAD数据库、TTD数据库以及PharmGKB数据库筛选与脑梗死相关的靶点,并通过Cytoscape3.6.1软件筛选"药物-靶点-疾病"网络中的关键靶点;最后,利用DAVID 6.8在线分析工具对得到的关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集,并运用Omicshare在线分析工具对通路富集结果进行可视化。结果:通过筛选得到当归-川芎药对的共同靶点229个,脑梗死相关的作用靶点102个,通过网络合并和拓扑最终得到当归-川芎药对治疗脑梗死的关键靶点493个,其中涉及154个生物过程,65种细胞组成,51种分子功能及20条具有显著意义的通路(P<0.01,FDR<0.05)。结论:当归-川芎药对可能通过Thyroid hormone信号通路、Neurotrophin信号通路、MAPK信号通路及PI3K信号通路发挥治疗脑梗死的功效。其中,Thyroid hormone信号通路可能是治疗脑梗死的新方向。 展开更多
关键词 当归-川芎 脑梗死 “调控网络 网络药理学 富集分析 关键靶点 作用机制
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基于网络药理学探讨湿疹溻渍方治疗湿疹的作用机制 认领
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作者 于鸿妲 陈光耀 闫英 《世界中医药》 CAS 2020年第13期1914-1919,共6页
目的:利用网络药理学方法探索湿疹溻渍方(SZTZF)治疗湿疹的物质基础与作用机制。方法:借助TCMSP数据库筛选每味药物的有效活性成分和作用靶点,基于GeneCards数据库筛选与湿疹相关的靶点,确定药物作用靶点与湿疹疾病靶点的交集基因,并进... 目的:利用网络药理学方法探索湿疹溻渍方(SZTZF)治疗湿疹的物质基础与作用机制。方法:借助TCMSP数据库筛选每味药物的有效活性成分和作用靶点,基于GeneCards数据库筛选与湿疹相关的靶点,确定药物作用靶点与湿疹疾病靶点的交集基因,并进一步构建湿疹溻渍方有效成分靶点-湿疹疾病靶点的调控网络;应用STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络模型;同时对二者共同靶点进行GO和KEGG通路分析。结果:共计筛选出49个有效活性成分,对应66个相关的作用靶点,其中有23个靶点与湿疹密切相关。PPI分析结果表明,白细胞介素、簇分化抗原、性激素受体及相关肿瘤蛋白在网络中占据核心地位。GO功能包括核因子受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性等。KEGG共富集得到6条信号通路,主要为炎性反应、免疫调节、激素抵抗等相关信号通路。结论:湿疹溻渍方中有效活性成分可能通过作IL-6、GASP3、JUN等多个靶点进而调节多条信号通路来起到抑制湿疹炎性反应的作用,研究结果将为进一步研究提供重要信息依据。 展开更多
关键词 湿疹溻渍方 湿疹 网络药理学 作用机制 富集分析 炎性反应 调控网络 蛋白相互作用
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基于网络药理学的巴戟天治疗骨质疏松的通路及靶标 认领
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作者 赵金龙 黄和涛 +5 位作者 梁桂洪 曾令烽 吴明 林炯同 韩燕鸿 刘军 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期1301-1308,共8页
目的通过网络药理学方法探讨巴戟天治疗骨质疏松症的作用机制及原理。方法通过中药系统药理学分析平台数据库提取巴戟天中的活性成分和有关的靶标蛋白。运用可视化软件Cytoscape3.5.1构建巴戟天有效成分与靶标蛋白关系网络进行拓扑学分... 目的通过网络药理学方法探讨巴戟天治疗骨质疏松症的作用机制及原理。方法通过中药系统药理学分析平台数据库提取巴戟天中的活性成分和有关的靶标蛋白。运用可视化软件Cytoscape3.5.1构建巴戟天有效成分与靶标蛋白关系网络进行拓扑学分析。使用STRING10.5数据库进行蛋白之间相互作用网络的构建与数据分析。借助Davidv6.8数据库进行生物学信号通路功能富集分析。结果巴戟天的核心活性化合物有β-谷甾醇、2-羟基-1,5-二甲氧基-6-(甲氧基甲基)-9,10-蒽二酮、茜素-2-甲醚等;关键的靶标有前列腺素G/H合成酶2、热休克蛋白HSP 90、孕酮受体等。巴戟天有效活性成分主要作用于疾病的关键蛋白主要有ESR1、JUN、CASP3、PGR、CASP8等。KEGG结果表明巴戟天主要作用于Estrogen signaling pathway、PI3K-Akt signaling pathway等信号通路。结论巴戟天主要通过多种途径、多种信号通路作用于多种靶点发挥抗骨质疏松症的作用,其功效可能与蒽醌类化合物、cGMP-PKGsignalingpathway等信号通路以及ESR1、JUN等靶标蛋白相关。 展开更多
关键词 巴戟天 骨质疏松 网络药理学 通路 机制 原理 网络
基于生物分子网络的黄芪-丹参药对干预慢性心力衰竭作用机制预测研究 认领
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作者 章轶立 李园 +6 位作者 刘俊杰 张建 杨双杰 王旨引 王娟 赵慧辉 王伟 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2020年第2期93-98,共6页
目的借助生物网络及模块化分析方法探索黄芪-丹参药对治疗慢性心力衰竭(CHF)的潜在作用靶点和信号,初步探索益气活血法治疗CHF可能的生物学机制。方法综合利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学分析工具... 目的借助生物网络及模块化分析方法探索黄芪-丹参药对治疗慢性心力衰竭(CHF)的潜在作用靶点和信号,初步探索益气活血法治疗CHF可能的生物学机制。方法综合利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、DisgeNet和HPO数据库,分别获得药物有效成分、作用靶点及疾病相关治疗靶点,构建药对与疾病间的关键靶标网络,基于基因本体数据库GO和KEGG通路数据库确定靶标基因、蛋白质分子功能、细胞内定位及其所参与的生物学反应和通路。结果黄芪-丹参药对治疗CHF的作用机制可能与调节机体内激素的分泌、转运、代谢,机体循环系统调节,血液循环调节等有关,并可能作用于昼夜节律、固醇类激素合成、缺氧诱导因子、组氨酸代谢、肾素血管紧张素系统、基底转录因子等相关信号通路。结论黄芪-丹参药对可能通过调节相关物质基础发挥治疗CHF作用,“昼夜节律调控”可能成为益气活血法治疗CHF新的思路。 展开更多
关键词 网络药理学 黄芪 丹参 心力衰竭 生物网络
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文章速递基于网络药理学探讨牛蒡子药理作用机制 认领
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作者 杜毅 王晓芸 +2 位作者 陈伦 祁佳 张宇锋 《中医学报》 CAS 2020年第9期1971-1975,共5页
目的:基于网络药理学方法探讨牛蒡子的药理作用机制。方法:本研究利用TCMSP、UniProt、CTD等数据库分析牛蒡子的化学成分、靶点、疾病,并利用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析及基因组百科全书(kyoto encyclopedia of... 目的:基于网络药理学方法探讨牛蒡子的药理作用机制。方法:本研究利用TCMSP、UniProt、CTD等数据库分析牛蒡子的化学成分、靶点、疾病,并利用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析及基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,并采用Cytoscape软件绘图。结果:检索数据分析选出8个备选化合物、筛选出相关的50个靶蛋白,这些化合物及靶蛋白与354类疾病密切关联;GO富集分析显示最为密切的生物过程与细胞炎症、凋亡相关;KEGG富集分析显示最具显著性的通路与心血管、糖尿病、肿瘤有关。结论:本研究系统地探讨牛蒡子的主要成分最为相关的靶点及其作用机制,为临床研究提供了新的思路。 展开更多
关键词 牛蒡子 网络药理学 蛋白互作网络 多成分 多靶点
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文章速递基于“肺与大肠相表里”的小儿消积止咳口服液功效网络分析与作用机制探讨 认领
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作者 葛俊德 李晓骄阳 +4 位作者 刘闰平 侯磊 黄娜娜 赵潇 孙―蓉 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第15期3978-3986,共9页
目的运用网络药理学的分析方法,探讨小儿消积止咳口服液(Pediatric Xiaoji Zhike Oral Liquid,PXZOL)治疗小儿食积咳嗽的功效网络与作用机制。方法通过Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platfo... 目的运用网络药理学的分析方法,探讨小儿消积止咳口服液(Pediatric Xiaoji Zhike Oral Liquid,PXZOL)治疗小儿食积咳嗽的功效网络与作用机制。方法通过Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform(TCMSP)、Traditional Chinese Medicine Information Database(TCM-ID)等数据库并结合文献,分别搜集PXZOL中药味的主要成分及其作用靶点。利用Comparative Toxicogenomics Database(CTD)、PubMed、Drugbank等数据库并结合文献搜集功能性便秘相关靶点。通过Cytoscape 3.6.0软件构建PXZOL的药味-成分-靶点网络和药物-靶点-疾病的蛋白相互作用(protein-protein interaction network,PPI)网络。通过对PPI网络中靶点进行筛选,构建核心靶点网络。运用ClueGO插件对核心靶点网络进行Gene Ontology(GO)分析和Pathway分析。利用BioGPS数据库对核心靶点进行器官定位。结果GO分析结果显示,PXZOL发挥止咳作用主要是通过调节核转录因子-κB(nuclear transcription factor-κB,NF-κB)信号传导来实现。而发挥消积作用主要是通过相关蛋白质的合成和调节对刺激反应来实现。Pathway分析结果显示,PXZOL发挥止咳作用主要通过丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activatedproteinkinase,MAPK)信号通路、视黄酸(维甲酸)诱导基因蛋白Ⅰ(retinoic acid-inducible gene-Ⅰ,RIG-Ⅰ)样受体信号通路、白细胞介素17(interleukin 17,IL17)信号通路、肿瘤坏死因子受体相关因子6(TNF receptor associated factor 6,TRAF6)介导NF-κB激活等通路。发挥消积作用主要通过多种免疫和炎症信号传导通路来实现。器官定位方面,止咳作用靶点、消积作用靶点以及其共同靶点均有近50%靶点在肺和大肠上有较多表达。结论PXZOL是基于中医"肺与大肠相表里"的理论而组方潜药,现代药理学研究表明发挥"消积止咳"作用多集中在免疫和炎症方面,网络药理学研究发现止咳和消积的作用靶点以及其共同靶点在肺和大肠上有较多表达的数量近50%,从主治疾病和作用网络上提示,PXZOL的疗效发挥是通过黏膜免疫与炎症介导路径来体现中医"肺与大肠相表里"理论的科学性,也为后续在小儿食积咳嗽模型和临床进一步深入研究和验证奠定基础。 展开更多
关键词 肺与大肠相表里 网络药理学 小儿消积止咳口服液 消积 止咳 功效网络 作用机制
文章速递骨碎补治疗骨质疏松性骨折的网络药理学研究 认领
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作者 马江涛 黄红 +1 位作者 万雷 黄宏兴 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2020年第7期89-92,I0014,I0015,共6页
目的运用网络药理学探索骨碎补治疗骨质疏松性骨折的作用机制。方法首先采用TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、中药靶标及疾病靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾... 目的运用网络药理学探索骨碎补治疗骨质疏松性骨折的作用机制。方法首先采用TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、中药靶标及疾病靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病靶标的蛋白互作网络和条形图,筛选核心靶标。最后将中药-疾病靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,得出中药-疾病靶标相关的信号通路。结果筛选得到骨碎补治疗骨质疏松性骨折的14个有效成分和51个中药-疾病靶标,中药-疾病靶标涉及的GO功能主要包括类固醇激素受体活性、核受体活性、转录因子活性、类固醇结合、参与凋亡过程的半胱氨酸型内肽酶活性、泛素样蛋白连接酶结合、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括前列腺癌信号通路、动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡信号通路、丙肝信号通路、乙肝信号通路等。结论基于网络药理学探讨了骨碎补治疗骨质疏松性骨折的作用机制,为中药现代化研究提供了思路。 展开更多
关键词 骨碎补 骨质疏松性骨折 网络药理学 作用机制
文章速递基于网络药理学研究罗勒黄酮类活性成分在心血管疾病中的作用及其机制 认领
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作者 阿地力江·萨吾提 周文婷 +4 位作者 阿布杜萨拉木·阿吾提 艾再提·克热木 卡迪尔亚·卡衣沙尔 赛米热·艾尼瓦尔 艾尼瓦尔·吾买尔 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2020年第7期153-157,I0018,共6页
目的基于网络药理学研究罗勒黄酮类活性成分在心血管疾病中的作用及其机制。方法从不同开源数据库中收集罗勒黄酮类的活性成分,预测和筛选出活性成分的作用靶点及其作用的信号通路,构建成分-靶点-疾病网络来阐明罗勒黄酮类成分对疾病的... 目的基于网络药理学研究罗勒黄酮类活性成分在心血管疾病中的作用及其机制。方法从不同开源数据库中收集罗勒黄酮类的活性成分,预测和筛选出活性成分的作用靶点及其作用的信号通路,构建成分-靶点-疾病网络来阐明罗勒黄酮类成分对疾病的作用机制。结果筛选出了9个罗勒黄酮类活性成分,经成分-靶点-疾病网络的分析,发现有24个作用靶点主要对应心脏病、高血压病、心肌梗死、动脉粥样硬化等常见的心血管疾病。结论罗勒黄酮类活性成分主要通过DYRK1A,SLC5A11,SLC5A10,SLC5A9,ERBB2,MBNL3,MBNL2,AKR1E2等不同靶点,经Cgmp-PKG信号通路、钙信号通路,甘油脂代谢等途径作用于心脏病、高血压病、心肌梗死、动脉粥样硬化等心血管疾病。 展开更多
关键词 网络药理学 罗勒 黄酮 天然 有效成分 作用靶点
文章速递基于网络药理学探讨黄芪治疗慢性心力衰竭作用机制 认领
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作者 陈纪烨 马跃 +5 位作者 李媛 张永健 甘东浩 周国锋 王永成 李晓 《辽宁中医药大学学报》 CAS 2020年第6期75-80,共6页
目的基于网络药理学探讨黄芪治疗慢性心力衰竭可能的作用机制。方法运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)与文献挖掘获取黄芪的有效化学成分及作用靶点。在GeneCards、OMIM数据库搜索慢性心力衰竭的靶点。采用Cytoscape 3.2.1软件... 目的基于网络药理学探讨黄芪治疗慢性心力衰竭可能的作用机制。方法运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)与文献挖掘获取黄芪的有效化学成分及作用靶点。在GeneCards、OMIM数据库搜索慢性心力衰竭的靶点。采用Cytoscape 3.2.1软件构建黄芪活性成分-CHF-靶点网络模型。运用String数据库构建蛋白质间相互作用网络。借助DAVID在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果通过筛选得到黄芪21个化学成分,黄芪治疗慢性心力衰竭的预测靶点有145个。网络分析结果表明,得出黄芪主要涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、对炎症细胞因子的反应、过氧化氢的合成、调节平滑肌收缩等生物过程,通过调节肿瘤坏死因子、细胞凋亡、Toll样受体、分裂原激活的蛋白激酶(MAPK)等主要信号通路来发挥治疗慢性心力衰竭的作用。结论通过网络药理学方法初步揭示了黄芪治疗慢性心力衰竭的多成分、多靶点、多通路的作用机制,为黄芪的实验研究和临床应用提供了科学依据。 展开更多
关键词 黄芪 慢性心力衰竭 网络药理学 作用机制 信号通路
文章速递基于网络药理学探索真武汤治疗慢性心力衰竭作用机制研究 认领
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作者 曲苗 庄颖梅 +1 位作者 常惟智 关子赫 《辽宁中医药大学学报》 CAS 2020年第6期84-90,共7页
目的使用网络药理学的研究方法对真武汤治疗慢性心力衰竭的作用机制进行研究探讨。方法在中药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选真武汤的活性... 目的使用网络药理学的研究方法对真武汤治疗慢性心力衰竭的作用机制进行研究探讨。方法在中药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选真武汤的活性化合物成分,运用Perl编程语言以及通用蛋白(Universal Protein,uniprot)数据库得到真武汤的基因靶点;在GeneCards数据库检索和筛选慢性心力衰竭相关疾病基因靶点进行检索,使用R语言筛选出共同的靶点并构建韦恩图;应用Cytoscape 3.7.1软件构建"活性成分-靶点"网络图;将共同靶点输入功能蛋白关联网络STRING数据库,获得蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络模型;使用R语言对"活性成分-靶点"相互作用网络图中的核心靶点基因进行基因本体论(gene ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。结果预测得到真武汤活性化合物成分中51种以及潜在靶点381个;得到慢性心力衰竭疾病相关靶点980个,得到真武汤-慢性心力衰竭共同靶点20个,度值较高的活性成分包括β-谷甾醇(β-sitosterol)、山柰酚(kaempferol)、石防风素(deltoin)等,度值较高的靶点蛋白包括前列腺素内过氧化合物合酶(PTGS1)、核受体亚家族3组C成员2(NR3C2)、毒蕈碱型乙酰胆碱受体亚型3(CHRM3)、乙酰胆碱酯酶(ACHE)等;PPI网络中的核心基因包括白细胞介素-6(IL-6)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶-3(CASP3)、丝裂原活化蛋白激酶-8(MAPK8)、细胞间黏附分子-1(ICAM1)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)等;共同作用靶点主要富集于21种生物功能与61条信号通路上。结论通过运用网络药理学的研究方法我们发现真武汤治疗慢性心力衰竭具有多靶点、多通路的特点,从抑制炎症反应、调节免疫功能及调控细胞凋亡等多个机制治疗慢性心力衰竭。 展开更多
关键词 真武汤 慢性心力衰竭 潜在靶点 信号通路 机制研究 网络药理学
文章速递基于网络药理学探讨增液汤改善脂质代谢紊乱可能分子作用机制 认领
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作者 邓龙飞 张建伟 +1 位作者 刘海燕 刘力 《辽宁中医药大学学报》 CAS 2020年第6期143-148,F0003,共7页
目的本研究旨在运用网络药理学方法探讨增液汤改善脂质代谢紊乱的可能物质基础及机制。方法基于BATMAN-TCM并联用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,T... 目的本研究旨在运用网络药理学方法探讨增液汤改善脂质代谢紊乱的可能物质基础及机制。方法基于BATMAN-TCM并联用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)及化学数据库(Chemistry Database),筛选增液汤中的有效化学成分,基于BATMAN-TCM、TCMSP、DrugBank和UniProt筛选其有效化学成分的对应靶点;DiGSeE和GeneCards、DisGeNET数据库筛选脂质代谢紊乱疾病对应靶标,并对增液汤靶点与脂质代谢紊乱疾病靶标进行维恩图(Venn)分析,并在此基础上建立"增液汤-中药-有效化学成分-共有靶点"网络结构模型;利用DAVID及OmicShare数据库对靶标进行京都基因与基因组百科全书数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集、基因本体论(Gene Ontology,GO)分析并作可视化图;利用STRING在线工具对共有靶点相互作用展开分析,构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并利用Cytoscape软件进行拓扑参数分析,寻找关键核心靶点。结果增液汤共筛选出29个有效成分,对应靶点数目为304个,脂质代谢紊乱靶点为8585个,二者共有靶标247个;GO及KEGG富集结果显示其功能多集中在代谢、细胞增殖、免疫系统等,可能与代谢通路、脂肪细胞因子信号通路、钙信号通路、氨酰基-tRNA生物合成途径通路等相关;数据分析显示其核心靶点为:ASS1、TNF、GRIN2B、DLG4、GRIN2A、SHMT1、SHMT2、DRD2、GLUL、CAT。结论增液汤有效成分改善脂质代谢紊乱具有多靶点多通路特点,主要与代谢通路、抗氧化、脂肪因子信号通路等密切相关。 展开更多
关键词 增液汤 脂质代谢紊乱 信号通路 网络药理学
文章速递黄精四草汤治疗高血压病作用机制的网络药理学研究 认领
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作者 陈凯明 薛一涛 《山东中医杂志》 北大核心 2020年第9期1001-1008,共8页
目的:基于网络药理学的方法,探讨黄精四草汤治疗高血压病的作用机制,为中医药防治高血压病提供新的策略。方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中查找与黄精四草汤5味中药相关的所有成分和作用靶点,结合口服生物利用度(OB≥30%)和类药... 目的:基于网络药理学的方法,探讨黄精四草汤治疗高血压病的作用机制,为中医药防治高血压病提供新的策略。方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中查找与黄精四草汤5味中药相关的所有成分和作用靶点,结合口服生物利用度(OB≥30%)和类药性分析(DL≥0.18),筛选黄精四草汤的活性成分及作用靶点;运用Cytoscape3.6.1构建"中药-成分-靶点"网络图;利用TTD、OMIM、GAD等多个数据库检索高血压病疾病靶点,将两者相互映射后获取黄精四草汤治疗高血压病的作用靶点。运用HPRD构建直接作用靶点相互作用网络,结合Cytoscape3.6.1软件对网络可视化展示,使用Network Analyzer进行拓扑分析,筛选出关键基因。采用生物学信息注释库(DAVID)对靶点基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:从黄精四草汤中共筛选出活性成分31个,主要包括β-谷甾醇、木犀草素、黄芩素等;与高血压相关的关键靶点63个,包括白细胞介素-6(IL-6)、一氧化氮合成酶3(NOS3)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)等。黄精四草汤治疗高血压病的生物过程主要涉及细胞信号转导、氧化还原反应等方面。黄精四草汤主要通过神经活性配体-受体相互作用通路、钙信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、5-羟色胺能突触通路等发挥治疗高血压病的作用。结论:黄精四草汤治疗高血压病的潜在作用机制涉及多成分、多靶点、多通路,为进一步探讨黄精四草汤治疗高血压病的作用靶点及药效物质研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 高血压病 黄精四草汤 网络药理学 作用机制 信号通路
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文章速递基于网络药理学探讨中医药治疗脑梗死后“半身不遂”的作用机制 认领
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作者 谢丽华 何飘 +4 位作者 翟子豪 王小菊 谢姝杰 胡国恒 廖君 《中国中医急症》 2020年第8期1348-1351,共4页
目的运用网络药理学方法,结合中医药临床或实验研究,探讨中医药治疗脑梗死后半身不遂的作用机制。方法借助人类基因数据库(GeneCards)、HPO数据库筛选脑梗死与半身不遂疾病靶点,运用STRING11.0数据库、Cytoscape3.6.1软件对靶点进行PPI... 目的运用网络药理学方法,结合中医药临床或实验研究,探讨中医药治疗脑梗死后半身不遂的作用机制。方法借助人类基因数据库(GeneCards)、HPO数据库筛选脑梗死与半身不遂疾病靶点,运用STRING11.0数据库、Cytoscape3.6.1软件对靶点进行PPI网络构建,运用DAVID 6.8数据库对靶点进行基因本体(GO)富集、KEGG通路注释分析。结果对脑梗死与半身不遂现有的靶标进行分析后得到39个共有靶标,PPI网络图显示前10个联系最多的靶点是TP53、TNF、IL10、MMP9、SNCA、TGFB1、PTEN、MTOR、SOD1、ACTA2。GO富集和KEGG注释分析结果显示,中医药治疗脑梗死后半身不遂与抗氧化、抑制脑组织细胞凋亡、抑制炎症反应、促进血管再生、调节血脂代谢、抑制脑细胞自噬死亡、免疫调节等机制有关。结论中医药治疗脑梗死后半身不遂使通过上述潜在的"多靶点-多途径"来发挥作用,该研究为中医药治疗脑梗死后半身不遂作用机制的进一步研究奠定基础。 展开更多
关键词 脑梗死 半身不遂 网络药理学 中医
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