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全转录组芯片筛选肝癌组织中CX43的作用靶点 预览
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作者 谈震 郭卫东 +4 位作者 张璐 吴泽华 占世雄 刘世国 王祖森 《中华肝脏外科手术学电子杂志》 CAS 2019年第2期164-168,共5页
目的运用全转录组芯片测序技术结合生物信息学筛选缝隙连接蛋白CX43 的下游差异性表达基因并进行功能分析。方法采用TransIntroTM EL 将重组pCX43 质粒转染至人肝癌SMMC-7721 细胞,构建CX43 过表达组,对照组仅转染空载质粒。采用RT-PCR... 目的运用全转录组芯片测序技术结合生物信息学筛选缝隙连接蛋白CX43 的下游差异性表达基因并进行功能分析。方法采用TransIntroTM EL 将重组pCX43 质粒转染至人肝癌SMMC-7721 细胞,构建CX43 过表达组,对照组仅转染空载质粒。采用RT-PCR、Western blot 检测转染后细胞CX43 mRNA 和蛋白的表达情况,两组CX43 mRNA 和蛋白表达量比较采用t 检验。运用全转录组芯片Clariomtm D Assays 筛选CX43 的下游差异表达基因;利用DAVID 和STRING 数据库对差异性表达基因进行基因功能、信号通路和蛋白相互作用分析,确定中心节点蛋白。采用Kaplan-Meier曲线和Cox 回归分析靶点蛋白在生存预后中的价值。结果过表达组CX43 mRNA 和蛋白表达量分别为363±64、1.36±0.02,明显高于对照组的1、0.81±0.01(t=5.67,19.12;P<0.05)。筛选CX43 下游差异表达基因,其中上调基因394 个,下调基因534 个。STRING 数据库分析出9 个中心节点蛋白。Kaplan-Meier 曲线和Cox 回归分析显示,ENO1、RALA、SRC 高表达患者总体生存率较差(HR=2.29,1.72,1.75;95%CI:1.61~3.27,1.20~2.46,1.22~2.53;P<0.05)。结论 ENO1、RALA、SRC 为CX43 的下游作用靶点,3 个靶点蛋白为生存预后的独立影响因素,靶点蛋白高表达患者生存预后差。 展开更多
关键词 肝细胞 连接蛋白43 芯片分析技术
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骨形态发生蛋白9调节乳腺癌细胞中长链非编码RNA的表达
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作者 彭书生 袁永强 +3 位作者 李述 代红莹 朱天金 王科 《肿瘤》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期19-29,共11页
目的:筛选出与骨形态发生蛋白9(bone morphogenetic protein-9,BMP-9)表达相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),为探讨BMP-9通过调节LncRNA表达水平参与乳腺癌细胞生长、分化、迁移和凋亡等的作用机制提供实验依据。方法 ... 目的:筛选出与骨形态发生蛋白9(bone morphogenetic protein-9,BMP-9)表达相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),为探讨BMP-9通过调节LncRNA表达水平参与乳腺癌细胞生长、分化、迁移和凋亡等的作用机制提供实验依据。方法 :将携带有BMP-9全基因的重组腺病毒Ad-BMP-9和携带有绿色荧光蛋白(greenuorescent protein,GFP)基因的空载体腺病毒Ad-GFP(对照组)分别感染MDA-MB-231细胞。应用微阵列芯片技术分别检测BMP-9过表达组(MDA-MB-231/BMP-9细胞)和对照组(MDA-MB-231/GFP细胞)中Lnc RNA表达谱的差异,并通过实时荧光定量PCR法验证筛选获得的14条LncRNA(LINC00443、LINC00638、LINC00486、RHNO1、SERHL、HOXA11-AS、IQCA1、LINC00461、LOC440173、LHFPL、ANKRD36BP2、BVES-AS1、LINC00937和LINC00608)在MDA-MB-231/BMP-9和MDA-MB-231/GFP细胞中的表达情况。通过基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析发生表达水平变化的Lnc RNA涉及的功能及通路。结果 :重组BMP-9腺病毒感染的MDA-MB-231细胞中BMP-9 mRNA的表达水平较对照组明显升高。与对照组相比,BMP-9过表达的MDA-MB-231/BMP-9细胞中LncRNA表达水平发生明显变化。实时荧光定量PCR检测结果显示,LINC00443、LINC00638和LINC00486的表达水平上调(P值均<0.05),IQCA1、LINC00461、LOC440173、LHFPL和ANKRD36BP2的表达水平下调(P值均<0.05)。发生表达改变的LncRNA参与了细胞骨架和细胞膜等的形成,或作为细胞间信号转导的信号分子发挥作用。结论 :BMP-9过表达的MDA-MB-231细胞中LncRNA表达谱较对照组出现显著变化,提示部分LncRNA可能参与了BMP-9调控乳腺癌MDAMB-231细胞增殖和侵袭等生物学过程,并发挥关键作用。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 RNA 长链非编码 芯片分析技术 计算生物学
液相芯片系统在检测抗核抗体谱中的应用 预览
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作者 张程 吴姗姗 吕丹 《国际检验医学杂志》 CAS 2019年第1期71-73,共3页
目的探讨抗核抗体谱联合检测在液相芯片检测系统中的性能,提高自身免疫性疾病的诊疗效果。方法收集已确诊为自身免疫性疾病患者血样120例(病例组),体检正常血清90例(健康对照组),分别以线性免疫印迹法(LIA法)和液相芯片系统联合检测抗R... 目的探讨抗核抗体谱联合检测在液相芯片检测系统中的性能,提高自身免疫性疾病的诊疗效果。方法收集已确诊为自身免疫性疾病患者血样120例(病例组),体检正常血清90例(健康对照组),分别以线性免疫印迹法(LIA法)和液相芯片系统联合检测抗Ro52、抗SSA、抗SSB、抗Sm、抗RNP、抗Scl-70、抗Jo-1、抗Rib、抗His、抗PCNA、抗CB、抗PM、抗M2、抗NUC、抗双链DNA抗体15种自身抗体,评估其灵敏度、特异度和交叉反应。结果健康对照组与病例组患者总体阳性率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。液相芯片系统与LIA法对15种自身抗体的检测结果具有良好的一致性(P<0.05),但灵敏度优于LIA法。抗体在液相芯片系统中无交叉反应。结论液相芯片系统对抗核抗体联合检测具有良好的性能,其对抗核抗体谱的检测具有较好的灵敏度和特异度。 展开更多
关键词 芯片分析技术 免疫测定 抗体 抗核 自身免疫疾病
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长链非编码RNA HELT-3和MT1B-1在慢性心力衰竭患者外周血单个核细胞中的表达
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作者 刘淑珍 万大国 +2 位作者 马军 孙金旗 谢艳辉 《中华心力衰竭和心肌病杂志(中英文)》 2019年第1期2-7,共6页
目的 研究慢性心力衰竭(CHF)患者外周血单个核细胞(PBMC)中异常表达的长链非编码RNA(lncRNA),并验证lncRNAs和CHF的相关性.方法 心力衰竭组和健康对照组各3例分离PBMC,提取总RNA,用博奥人类lncRNA V4芯片筛选差异表达的lncRNA.从差异lnc... 目的 研究慢性心力衰竭(CHF)患者外周血单个核细胞(PBMC)中异常表达的长链非编码RNA(lncRNA),并验证lncRNAs和CHF的相关性.方法 心力衰竭组和健康对照组各3例分离PBMC,提取总RNA,用博奥人类lncRNA V4芯片筛选差异表达的lncRNA.从差异lncRNA中,选择前几位差异显著的lncRNA作为目的lncRNA.采用荧光定量PCR(qPCR)检测51例CHF患者和52例健康人表达量,对筛选出的lncRNA进行验证.结果 芯片筛选出359个上调和369个下调lncRNA,其中HELT-3、MT1B-1为CHF高表达转录本.qPCR验证发现HELT-3和MT1B-1在心力衰竭组高于健康对照组(P均<0.01),与芯片结果一致.结论 HELT-3和MT1B-1在CHF患者PBMC中的表达上调,可能成为CHF诊断的分子标记物和治疗靶点. 展开更多
关键词 心力衰竭 基因 芯片分析技术
单核苷酸多态性微阵列分析对智力障碍和发育迟缓的遗传学诊断价值 预览
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作者 胡珺洁 钱叶青 +3 位作者 孙义锡 俞佳玲 罗玉琴 董旻岳 《浙江大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期420-428,共9页
目的:评估单核苷酸多态性微阵列(SNP array)分析在智力障碍/发育迟缓(ID/DD)遗传学诊断中的应用价值。方法:以2013年1月至2018年6月在浙江大学医学院附属妇产科医院因ID/DD行SNP array的145例患者为研究对象,采用CHAS软件与多种数据库... 目的:评估单核苷酸多态性微阵列(SNP array)分析在智力障碍/发育迟缓(ID/DD)遗传学诊断中的应用价值。方法:以2013年1月至2018年6月在浙江大学医学院附属妇产科医院因ID/DD行SNP array的145例患者为研究对象,采用CHAS软件与多种数据库对染色体拷贝数变异(CNV)进行分析。结果:145例ID/DD患者通过SNP array技术发现致病性CNV26例,可能致病CNV6例,意义不明18例,可能良性14例,未见明显异常(包含良性)81例。结论:SNP array技术是一种高效和特异的遗传学分析技术,适用于ID/DD的遗传学病因诊断。 展开更多
关键词 智力障碍/遗传学 发育障碍/遗传学 染色体 芯片分析技术 多态性 单核苷酸
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金属硫蛋白2A、E钙黏蛋白及细胞周期蛋白E与前列腺癌生化复发的相关性
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作者 程伟 马丁 +3 位作者 杨彬 尚吉文 米振国 张雁钢 《肿瘤研究与临床》 CAS 2019年第6期395-400,共6页
目的探讨金属硫蛋白2A(MT-2A)、E钙黏蛋白(E-cadherin)、白细胞介素6(IL-6)、细胞周期蛋白E(cyclin E)、增殖细胞核抗原(PCNA)和抗凋亡蛋白bcl-2在前列腺癌组织中的表达及其与前列腺癌生化复发之间的相关性。方法收集2012年10月至2017... 目的探讨金属硫蛋白2A(MT-2A)、E钙黏蛋白(E-cadherin)、白细胞介素6(IL-6)、细胞周期蛋白E(cyclin E)、增殖细胞核抗原(PCNA)和抗凋亡蛋白bcl-2在前列腺癌组织中的表达及其与前列腺癌生化复发之间的相关性。方法收集2012年10月至2017年10月于山西大医院接受前列腺癌根治性手术的128例患者的前列腺癌组织标本,记录患者的临床数据。制作组织芯片,采用免疫组织化学生物素-亲和素复合物(ABC)染色法检测芯片组织MT-2A、E-cadherin、IL-6、cyclin E、PCNA和bcl-2的表达水平,并分析不同分子标志物与前列腺癌生化复发之间的相关性。结果 128例前列腺癌患者生化复发率为30.5%(39/128),低危、中危和高危前列腺癌患者生化复发率分别是14.8%(8/54)、38.7%(24/62)和58.3%(7/12)。前列腺癌患者危险分级和病理学T分期与MT-2A、cyclin E、IL-6、E-cadherin表达均有关(均P<0.05)。多因素Cox风险模型结果显示,高危险分级(HR=1.81,95% CI 1.56~2.19,P=0.042)、MT-2A阳性表达(HR=2.01,95% CI 1.08~3.15,P=0.005)、cyclin E阳性表达(HR=1.79,95% CI 1.08~2.21,P=0.042)和E-cadherin阴性表达(HR=1.92,95% CI 1.22~2.45,P=0.020)是前列腺癌生化复发的独立危险因素。结论前列腺癌组织中MT-2A、cyclin E和E-cadherin是预测前列腺癌生化复发的重要分子标志物。 展开更多
关键词 前列腺肿瘤 金属硫蛋白2A 钙黏着糖蛋白类 细胞周期蛋白E 生化复发 芯片分析技术
129株非结核分枝杆菌采用两种分子检测技术行菌种鉴定的结果分析
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作者 刘佳文 吕红艳 +1 位作者 丁北川 张治国 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第9期999-1004,共6页
目的分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16SrRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法用芯片法和基因测序进行北京地区3... 目的分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌(NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16SrRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法用芯片法和基因测序进行北京地区3个单位129株NTM临床分离株的菌种鉴定,实验操作者之间采用双盲法,对两种鉴定方法的结果进行比较和评价。结果129株NTM菌株中,有107株进行分枝杆菌基因测序,其中59株为胞内分枝杆菌(55.1%);29株为堪萨斯分枝杆菌(27.1%);5株为龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌(4.7%);3株为鸟分枝杆菌(2.8%);2株为偶发分枝杆菌(1.9%);2株为戈登分枝杆菌(1.9%);1株为蟾蜍分枝杆菌(0.9%);1株为草分枝杆菌(0.9%);1株为瘰疬分枝杆菌(0.9%);4株为其他NTM(3.7%)。有116株进行芯片法分枝杆菌菌种鉴定,且有96株同时进行芯片法和基因测序法检测,两种方法进行菌种鉴定的符合率为88.5%(85/96)。基因测序发现有3株外来菌株,分别为明尼苏达分枝杆菌、熊本分枝杆菌、提门分枝杆菌(M.temen)。结论北京3家机构NTM菌种以胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌和龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌为主。用芯片法和基因测序对NTM临床分离株进行菌种鉴定的一致率较高。 展开更多
关键词 分枝杆菌 非典型性 生物学鉴定法 芯片分析技术 分子探针技术 寡核苷酸序列分析 结果与过程评价(卫生保健)
新一代微测序基因芯片的设计及其耐药性检测效果的初步研究 被引量:1
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作者 孙照刚 张洪静 +7 位作者 李自慧 孙琦 吕琳娜 潘丽萍 Sandy Gilbert 张宗德 许绍发 James Xia 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第6期609-615,共7页
目的设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称“表型药敏试验”)和基因测序... 目的设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称“表型药敏试验”)和基因测序法检测MTB耐药相关基因突变(包括inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)。以荧光标记探针为基本检测原理设计制备微测序基因芯片,检测109株MTB临床分离株耐药基因突变,分析微测序基因芯片的检测效能。结果通过表型药敏试验及基因测序检测,明确了109株MTB临床分离株耐药相关基因(inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)突变位点及突变形式。微测序耐药检测基因芯片初期设计包含了katG、inhA、rpoB、gyrA、embB、rpsL、rrs和eis基因的目前已报道的所有突变位点的全部已知突变形式,共计220条探针,并确认出67条优秀探针。采用包含67条探针的微测序耐药检测基因芯片对109株MTB临床分离株进行检测。结果发现,与测序结果相比,除检测embB基因突变的2条探针外,其余65条探针检测碱基突变形式的符合率均超过95%,其中42条探针检测的符合率达到100.00%。以测序结果为参照标准,基因芯片检测对embB基因、gyrA基因、inhA基因、katG基因、rpoB基因、rpsL基因、eis基因和rrs基因突变检测的敏感度分别为64.21%(61/95)、80.00%(8/10)、95.83%(23/24)、98.55%(68/69)、92.63%(88/95)、93.85%(61/65)、75.00%(3/4)和94.44%(17/18);特异度分别为92.86%(13/14)、100.00%(99/99)、97.65%(83/85)、87.50%(35/40)、85.71%(12/14)、63.64%(28/44)、100.00%(105/105)和98.90%(90/91);Kappa值分别为0.29、0.88、0.92、0.88、0.68、0.60、0.85、0.93。结论本研究研发设计了一套包含67条探针微测序耐药基因检测芯片,经过初步验证后证明其检测MTB耐药相关基因突变的效能较好,对embB基因的耐药检测探针还需进一步优 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 结核 抗多种药物性 微生物敏感性试验 基因 突变 芯片分析技术 技术评估 生物医学
组织芯片在组织学教学科研中的应用与体会 预览
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作者 赵春芳 龚淼 +2 位作者 沈亚欣 张雷 张亚楠 《河北医科大学学报》 CAS 2019年第8期976-980,共5页
组织芯片是将数十个至上千个小块组织整齐地排列在同一张载玻片上而制成的微缩组织切片。根据组织芯片放置组织的多少,分为多组织片、组织阵列片(最多可含有60个直径2 mm左右的组织)和组织微阵列片(最多含 1 000 个直径 0.6 mm左右的组... 组织芯片是将数十个至上千个小块组织整齐地排列在同一张载玻片上而制成的微缩组织切片。根据组织芯片放置组织的多少,分为多组织片、组织阵列片(最多可含有60个直径2 mm左右的组织)和组织微阵列片(最多含 1 000 个直径 0.6 mm左右的组织);按组织来源不同,又可分为人类组织芯片、动物组织芯片;人类组织芯片又可分为人类疾病组织芯片、正常组织芯片和胚胎组织芯片。组织芯片具有节省材料、信息量大、对比性强,可按不同的需要进行排列组合设计等特点[1]。 展开更多
关键词 芯片分析技术 实验教学 科研 考试
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尖锐湿疣患者宫颈人乳头瘤病毒检测及光动力治疗效果分析
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作者 李丽 王会民 陈惠荣 《中国基层医药》 CAS 2019年第1期91-93,共3页
目的分析尖锐湿疣患者宫颈人乳头瘤病毒(HPV)感染情况及艾拉光动力治疗的临床疗效。方法选择晋中市第一人民医院2014年3月至2016年8月就诊的女性尖锐湿疣患者82例为研究对象,对宫颈分泌物进行HPV基因芯片检测,对53例宫颈HPV感染的32例... 目的分析尖锐湿疣患者宫颈人乳头瘤病毒(HPV)感染情况及艾拉光动力治疗的临床疗效。方法选择晋中市第一人民医院2014年3月至2016年8月就诊的女性尖锐湿疣患者82例为研究对象,对宫颈分泌物进行HPV基因芯片检测,对53例宫颈HPV感染的32例患者进行3周艾拉光动力治疗,观察临床效果。结果尖锐湿疣患者宫颈HPV感染率高达65.0%(53/82),主要以高危型为主;经艾拉光动力治疗后3个月宫颈HPV阴转率为40.6%(13/32),治疗后6个月宫颈HPV阴转率为87.5%(28/32);治疗后HPV含量明显降低,治疗前高危型HPV-DNA(6.47±0.12)×10^4、低危型HPV-DNA(6.09±0.34)×10^4;治疗后3个月高危型HPV-DNA(1.50±0.26)×10^4、低危型HPV-DNA(1.61±0.41)×10^4,与治疗前差异均有统计学意义(高危型:t=2.748,P<0.01;低危型:t=2.632,P<0.01);治疗后6个月高危型HPV-DNA(0.83±0.06)×10^4、低危型HPV-DNA(0.72±0.16)×10^4,与治疗前差异均有统计学意义(高危型:t=2.897,P<0.01;低危型:t=2.892,P<0.01);治疗后6个月与治疗后3个月比较,差异均有统计学意义(高危型:t=1.743,P<0.05;低危型:t=1.708,P<0.05)。结论尖锐湿疣患者宫颈HPV感染率高,艾拉光动力治疗可有效清除宫颈HPV。 展开更多
关键词 尖锐湿疣 人乳头瘤病毒 乳头状瘤病毒感染 子宫颈 基因检测 芯片分析技术 光化学疗法 治疗结果
呼吸道合胞体病毒感染患儿鼻黏膜拭子样品微RNA表达 预览
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作者 张伟 王燕 +2 位作者 曾毅文 邹国涛 罗勇 《重庆医学》 CAS 2019年第8期1344-1347,1353共5页
目的研究呼吸道合胞体病毒(RSV)感染患儿鼻黏膜拭子样品微RNA(miRNA)表达及与症状轻重间的关系。方法选取2017年9月至2018年2月该院收治的26例确诊为RSV感染阳性患儿作为试验组,按临床症状分轻度17例,重度9例。选择同期来院儿保门诊就诊... 目的研究呼吸道合胞体病毒(RSV)感染患儿鼻黏膜拭子样品微RNA(miRNA)表达及与症状轻重间的关系。方法选取2017年9月至2018年2月该院收治的26例确诊为RSV感染阳性患儿作为试验组,按临床症状分轻度17例,重度9例。选择同期来院儿保门诊就诊的12例健康儿童作为对照组。采集鼻黏膜上皮脱落细胞样品,通过miRNAs微阵列芯片分析其中2例重度、2例轻度和2例健康儿童的miRNA表达谱,通过qPCR对微阵列芯片筛选出的差异表达的24个miRNA进行验证。结果与对照组比较,试验组患儿miR-320d、miR-34b、miR-125a和miR-429表达下调,而miR-155、miR-203a和miR-106b表达上调;miR-125a在轻度患儿中的表达水平低于重度患儿(t=6.48,P<0.05)。结论RSV感染阳性患儿鼻黏膜脱落细胞差异表达miRNA与免疫系统密切相关,而与NF-κB信号通路相关的miR-125a能够解释RSV感染患儿疾病严重程度的差异。 展开更多
关键词 呼吸道合胞体病毒 微RNAs 鼻黏膜 儿童 芯片分析技术
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基因芯片与线性探针技术检测涂阳肺结核患者痰标本MTB耐药性的价值
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作者 刘元 周俊 +2 位作者 崔晓利 雷佳媛 党丽云 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 2019年第7期738-742,共5页
目的评价基因芯片技术与线性探针技术(GenoType MTBDRplus)快速检测MTB耐药性的临床应用价值。方法选取西安市胸科医院2017年4月至2018年8月住院治疗的493例涂阳肺结核患者作为研究对象,收集其痰标本,痰标本量均不少于2ml。每例患者用... 目的评价基因芯片技术与线性探针技术(GenoType MTBDRplus)快速检测MTB耐药性的临床应用价值。方法选取西安市胸科医院2017年4月至2018年8月住院治疗的493例涂阳肺结核患者作为研究对象,收集其痰标本,痰标本量均不少于2ml。每例患者用同一份痰标本分别进行基因芯片检测、线性探针检测和BACTEC MGIT 960液体培养(简称“MGIT 960液体培养”),同时对培养阳性且鉴定为MTB的临床分离株进行MGIT 960液体药物敏感性试验(简称“药敏试验”)。以MGIT 960液体药敏试验结果为参照标准,分析基因芯片技术及线性探针技术检测涂阳肺结核患者痰标本MTB利福平和异烟肼耐药性的效能。结果 454例研究对象同时具有3种药敏试验检测结果。以MGIT 960液体药敏试验结果为参照标准,基因芯片法和线性探针法检测涂阳肺结核患者痰标本MTB利福平耐药性的敏感度、特异度、Kappa值分别为89.0%(65/73)、96.1%(366/381)、0.82和90.4%(66/73)、96.1%(366/381)、0.83;检测涂阳肺结核患者痰标本MTB异烟肼耐药性的敏感度、特异度、Kappa值分别为80.2%(93/116)、96.7%(327/338)、0.80和81.9%(95/116)、97.0%(328/338)、0.82。454例涂阳肺结核患者痰标本中,453例应用2种分子生物学检测方法检测MTB利福平耐药性结果相同,符合率为99.8%;445例应用2种分子生物学方法检测MTB异烟肼耐药性结果相同,符合率为98.0%。结论基因芯片技术和线性探针技术(GenoType MTBDRplus)检测涂阳肺结核患者痰标本MTB利福平和异烟肼耐药性与MGIT 960液体药敏试验具有较高的一致性,二者均可为临床提供快速、特异的耐药检测结果。 展开更多
关键词 结核 抗多种药物性 芯片分析技术 分子探针技术 利福平 异烟肼 对比研究
慢性肾脏病中Cyr61加权基因共表达网络分析 预览
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作者 李宸羽 刘晓宇 +1 位作者 刘航 徐岩 《精准医学杂志》 2018年第1期28-33,共6页
目的使用加权基因共表达分析(WGCNA)构建慢性肾脏病(Choic Kidncy Discase,CKD)基因共表达网络,研究富含半胱氨酸蛋白61(Cyr61)基因在CKD肾小球及肾间质中表达情况,并探讨Cyr61基因是否为CKD枢纽基因。方法在公共基因芯片数据库NCBI GE... 目的使用加权基因共表达分析(WGCNA)构建慢性肾脏病(Choic Kidncy Discase,CKD)基因共表达网络,研究富含半胱氨酸蛋白61(Cyr61)基因在CKD肾小球及肾间质中表达情况,并探讨Cyr61基因是否为CKD枢纽基因。方法在公共基因芯片数据库NCBI GEO中搜集CKD相关样本,获得2个基因芯片平台共373个样本,其中包含正常对照和7种CKD,并按照样本的来源分为肾小球组及肾间质组。使用WGCNA包对表达差异基因进行基因共表达分析,识别与CKD发生相关性最高的枢纽基因,并获得Cyr61与其他枢纽基因的相关程度。结果与正常肾组织相比,Cyr61基因在高血压肾病、微小病变性肾病、膜性肾病、狼疮性肾炎、局灶阶段性肾小球硬化肾小球及肾间质中表达均降低,差异具有统计学意义;而在gA肾病中只有肾间质中表达降低,差异具有统计学意义。基因共表达分析结果显示,Cyr61基因为CKD发生的枢纽基因。相关分析结果显示,Cyr61基因与MAFF、JUN、KIF6基因间拓扑重叠系数>0.10,与ATF3JUNB基因间拓扑重叠系数>0.09,与EGRKMYC、GDF15、HBEGF、GEM、CCL2、RHOB、TRIBl基因间拓扑重叠系数>0.06。结论Cyr61基因在CKD中表达普遍下降;基因共表达分析结果显示,Cyr61基因为CKD发生的枢纽基因,并且MAFFJUN、KIF6、ATF3、UNB与Cyr61基因高度相关。 展开更多
关键词 肾疾病 半胱氨酸 基因表达 计算生物学 芯片分析技术 枢纽基因
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结核抗体检测辅助诊断结核病的价值研究 被引量:2
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作者 黄芳 党丽云 《中国防痨杂志》 CAS 2018年第1期41-46,共6页
目的 探讨应用结核抗体IgG检测试剂盒辅助诊断结核病的价值。方法 选择2013年1月至2016年12月在西安市胸科医院明确诊断为结核病的患者795例(TB组)、非结核分枝杆菌病的患者36例(NTM组),及除外TB与NTM的其他肺部疾患的患者185例(... 目的 探讨应用结核抗体IgG检测试剂盒辅助诊断结核病的价值。方法 选择2013年1月至2016年12月在西安市胸科医院明确诊断为结核病的患者795例(TB组)、非结核分枝杆菌病的患者36例(NTM组),及除外TB与NTM的其他肺部疾患的患者185例(对照组)。回顾性分析所有患者采用结核抗体检测的结果,以临床诊断及结核分枝杆菌培养结果为标准计算结核抗体检测的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值等,TB组与NTM组、对照组阳性率的比较采用卡方检验,评价结核抗体检测的应用价值。结果 以临床诊断为标准,结核抗体IgG检测的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、漏诊率、误诊率、患病率、准确度、约登指数分别为42.01%(334/795)、82.81%(183/221)、89.78%(334/372)、28.42%(183/644)、57.99%(461/795)、17.19%(38/221)、78.25%(795/1016)、50.89%(517/1016)、0.25;以结核分枝杆菌培养结果为标准,结核抗体检测的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、漏诊率、误诊率、患病率、准确度、约登指数分别为51.12%(160/313)、69.84%(491/703)、43.01%(160/372)、76.24%(491/644)、48.88%(153/313)、30.16%(212/703)、30.81%(313/1016)、64.07%(651/1016)、0.21。TB组、NTM组、菌阳肺结核、菌阴肺结核、结核性脑膜炎、结核性胸膜炎和(或)腹膜炎、结核性心包炎的结核抗体检测的阳性率分别为42.01%(334/795)、61.11%(22/36)、50.00%(80/160)、41.99%(97/231)、46.43%(13/28)、38.76%(138/356)、30.00%(6/20),各类结核病结核抗体检测阳性率差异无统计学意义(χ2=7.14,P=0.128)。而TB组(42.01%,334/795)、NTM组(61.11%,22/36)、对照组(8.65%,16/185)中以NTM组结核抗体检测阳性率最高,三组差异有统计学意义(χ2=81.63,P=0.000)。结论 应用结核分枝杆菌抗体IgG检测的敏感度、准确度均� 展开更多
关键词 结核 抗原抗体反应 芯片分析技术 实验室技术和方法 评价研究
结核抗体检测对活动性肺结核的诊断价值评价 被引量:4
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作者 杨松 严晓峰 +2 位作者 曾晓刚 谭顺 郭建琼 《中国防痨杂志》 CAS 2018年第1期47-52,共6页
目的 评价结核抗体检测对活动性肺结核的诊断价值。方法 收集2016年8月至2017年8月在重庆市公共卫生医疗救治中心结核科住院的495例活动性肺结核患者(观察组)和158例非结核呼吸道疾病患者(对照组),均为综合患者的临床表现、胸部影... 目的 评价结核抗体检测对活动性肺结核的诊断价值。方法 收集2016年8月至2017年8月在重庆市公共卫生医疗救治中心结核科住院的495例活动性肺结核患者(观察组)和158例非结核呼吸道疾病患者(对照组),均为综合患者的临床表现、胸部影像、痰细菌病原学检测或诊断性抗结核药物治疗有效等资料临床确诊后进行血清学诊断。分析血清MTB免疫球蛋白G(immunoglobulin G,IgG)、免疫球蛋白M(immunoglobulin M,IgM)、脂阿拉伯甘露聚糖(lipoarabinomannan,LAM),以及相对分子质量16 000(以下采用“16 kD”表示)和相对分子质量38 000(以下采用“38 kD”表示)的蛋白抗体的检测资料,以及单独及联合检测不同结核抗原(LAM、38 kD和16 kD)的结果,评价两组患者结核抗体检测的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值,以及对活动性肺结核的诊断效能。结果 495例观察组患者血清结核抗体检测阳性率[68.7%(340/495)]明显高于158例对照组患者[34.8%(55/158)],差异有统计学意义(χ2=57.50,P<0.01);菌阴肺结核患者血清结核抗体检测阳性率[64.0%(210/328)]明显低于菌阳肺结核患者[77.8%(130/167)],差异有统计学意义(χ2=9.83,P〈0.01)。观察组340例结核抗体阳性患者中,LAM、38 kD、IgG抗体联合检测同时均阳性的患者最多[61.8%(210/340)];对照组55例结核抗体阳性患者中,单一IgG抗体阳性最高[67.3%(37/55)]。以临床诊断为标准,血清结核抗体对活动性肺结核的诊断敏感度、特异度、阳性预测值和阴性预测值、总符合率、约登指数分别为68.7%(340/495)、65.2%(103/158)、86.1%(340/395)和39.9%(103/258)、67.8%(443/653)、0.34。结论 血清结核抗体检测活动性肺结核患者具有较高的阳性率和敏感度,对诊断活动性肺结核具有一定的辅助价值,其中菌阳肺结核患者的检测阳性率高于菌阴肺结核,LAM、 展开更多
关键词 结核 抗原抗体反应 实验室技术和方法 芯片分析技术 诊断 评价研究
DNA微阵列芯片法检测耐药结核分枝杆菌的临床应用价值研究
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作者 单永梅 王伟炳 王建美 《中国防痨杂志》 CAS 2018年第10期1083-1088,共6页
目的评价DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌及其对异烟肼和利福平耐药的检测效能。方法收集2011年1月至2017年5月间在江苏省灌云县疾病预防控制中心登记的814例涂阳肺结核患者的痰标本。利用传统罗氏培养法及比例法药物敏感性试验(简称... 目的评价DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌及其对异烟肼和利福平耐药的检测效能。方法收集2011年1月至2017年5月间在江苏省灌云县疾病预防控制中心登记的814例涂阳肺结核患者的痰标本。利用传统罗氏培养法及比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)和DNA微阵列芯片法,同时对患者的痰标本进行结核分枝杆菌检测,并检测其对异烟肼和利福平的耐药情况;分别以传统罗氏培养及比例法药敏试验为标准,评价DNA微阵列芯片法的检测效能。结果DNA微阵列芯片法对涂阳肺结核患者的结核分枝杆菌检出率为86.1%(701/814),高于传统罗氏培养法的82.4os(671/814),差异有统计学意义(χ2=6.81,P〈0.05)。以传统罗氏培养法为标准,DNA微阵列芯片法检测涂阳患者结核分枝杆菌的敏感度和特异度分别为92.4%(620/671)和43.4%(62/143),Kappa=0.39,阳性预测值和阴性预测值分别为88.4%(620/701)和54.9%(62/113)。以药敏试验为标准,对有完整的异烟肼和利福平耐药检测结果的620例患者进行分析,DNA微阵列芯片法检测初治涂阳患者是否对异烟肼与利福平耐药的敏感度分别为78.7%(37/47)和84.6%(22/26),阳性预测值分别为69.8%(37/53)和73.3%(22/30);检测复治涂阳患者是否对异烟肼与利福平耐药的敏感度分别为71.9%(23/32)和89.3%(25/28),阳性预测值分别为85.2%(23/27)和89.3%(25/28)。结论DNA微阵列芯片法对结核分枝杆菌的检出率高于传统罗氏培养;对结核分枝杆菌对异烟肼和利福平耐药性检测效果理想,具有较好的应用价值。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 结核 抗多种药物性 芯片分析技术 评价研究
应用基因芯片技术筛选结直肠癌中差异DNA甲基化位点 预览
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作者 余捷 王梓桦 +1 位作者 杨世英 薛寒冰 《胃肠病学》 2018年第6期330-335,共6页
背景:DNA甲基化作为表观遗传学修饰的重要组成部分,与结直肠癌等多种肿瘤的发生、发展密切相关,但具体作用机制尚未完全明确。筛选特异性甲基化基因和构建肿瘤的甲基化表达谱已成为当前研究热点。目的:应用基因甲基化芯片技术初步筛选... 背景:DNA甲基化作为表观遗传学修饰的重要组成部分,与结直肠癌等多种肿瘤的发生、发展密切相关,但具体作用机制尚未完全明确。筛选特异性甲基化基因和构建肿瘤的甲基化表达谱已成为当前研究热点。目的:应用基因甲基化芯片技术初步筛选结直肠癌组织与癌旁正常黏膜组织间差异甲基化位点,构建特异性结直肠癌差异甲基化基因谱。方法:应用甲基化450K芯片技术对6例结直肠癌及其癌旁组织进行甲基化分析,共分析位点431 467个,按P值筛选出异常甲基化位点,按甲基化β值差值区分高甲基化位点和低甲基化位点;对筛选出的差异甲基化位点进一步行GO分析和KEGG分析,了解差异甲基化位点的功能。结果:共检出结直肠癌和癌旁正常组织显著差异的甲基化位点3 649个,其中高甲基化位点1 259个,主要分布于基因启动子区和基因体,筛选出特异的SLC15A3等高甲基化基因;低甲基化位点共2 390个,主要分布于基因间区和基因体,筛选出特异的ACOT2、TTLL8、UHRF1等低甲基化基因。GO分析和KEGG分析发现,这些基因功能与DNA结合、转录因子活性、信号转导通路等有关。结论:结直肠癌和癌旁正常组织存在大量差异甲基化位点,提示DNA异常甲基化与结直肠癌的发生、发展密切相关。基因芯片技术可用于结直肠癌差异甲基化位点的初筛,但构建结直肠癌差异甲基化谱作为临床分子标记物仍需行进一步验证。 展开更多
关键词 DNA甲基化 结直肠肿瘤 芯片分析技术
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新型胶颗粒芯片技术检测痰标本中结核分枝杆菌及其耐药性的研究
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作者 苏丹 李强 +4 位作者 车南颖 欧喜超 赵冰 赵雁林 黄海荣 《中国防痨杂志》 CAS 2018年第10期1034-1039,共6页
目的评估一种新型胶颗粒芯片技术[TruArray胶颗粒芯片(Gel element arrays),简称为“TruArray芯片”]用于痰标本中结核分枝杆菌及利福平(RFP)和异烟肼(INH)耐药性的检测效能。方法选取2016年8月在首都医科大学附属北京胸科医院... 目的评估一种新型胶颗粒芯片技术[TruArray胶颗粒芯片(Gel element arrays),简称为“TruArray芯片”]用于痰标本中结核分枝杆菌及利福平(RFP)和异烟肼(INH)耐药性的检测效能。方法选取2016年8月在首都医科大学附属北京胸科医院就诊的149例疑似肺结核患者痰标本,分别进行涂片镜检、BACTEC MGIT 960快速液体培养系统(简称“MGIT 960”)、TruArray芯片和GeneXpert MTB/RIF(简称“GeneXpert”)检测,对液体培养阳性菌株进行测序菌种鉴定、MGIT960药物敏感性试验(简称“药敏试验”)和耐药相关基因测序,分析TruArray芯片检测痰标本中结核分枝杆菌及其耐药性的检测效能。结果液体培养、GeneXpert和TruArray芯片对结核分枝杆菌的检出率分别为32.2%(48/149),53.7%(80/149)和57.0%(85/149),TruArray芯片和GeneXpert两种方法检出率差异无统计学意义(χ2-0.34,P-0.560),但TruArray芯片检测阳性率高于液体培养(χ^2=18.59,P〈0.01)。以MGIT960试验结果为标准,TruArray芯片检测痰标本中结核分枝杆菌的敏感度和特异度分别为97.90%(47/48)和61.4%(62/101);以GeneXpert检测结果为标准,TruArray芯片检测结核分枝杆菌的敏感度和特异度分别为97.5%(78/80)和88.4%(61/69)。以MGIT960药敏试验结果为标准,TruArray芯片检测RFP耐药的敏感度和特异度分别为91.7%(11/12)和96.8%(30/31);以GeneXpert检测结果为标准,TruArray芯片检测RFP耐药的敏感度和特异度为85.0%(17/20)和97.9%(47/48);以耐药基因测序结果为标准,TruArray芯片检测RFP耐药的敏感度和特异度分别为92.3%(12/13)和100.0%(30/30)。以MGIT960液体药敏试验结果为标准,TruArray芯片技术检测INH耐药的敏感度和特异度分别为78.6%(11/14)和93.8%(30/32);以耐药基� 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 耐多药结核病 芯片分析技术 实验室技术和方法 对比研究
贵州籍遗传性耳聋患者的耳聋基因类型及分布 预览
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作者 刘兴梅 杨可婕 +4 位作者 徐筱婧 余姝妮 王幼勤 张华 武红权 《贵州医科大学学报》 CAS 2018年第9期1019-1022,共4页
目的: 探讨贵州籍遗传性耳聋基因突变类型及分布情况。 方法: 选择听力门诊进行听力测试的贵州籍受检者285例,采用耳聋基因芯片技术分别检测4个基因9个突变位点,分别为 GJB 2(35 delG 、176 del 16、235 delC 、299 delA )、GJB3... 目的: 探讨贵州籍遗传性耳聋基因突变类型及分布情况。 方法: 选择听力门诊进行听力测试的贵州籍受检者285例,采用耳聋基因芯片技术分别检测4个基因9个突变位点,分别为 GJB 2(35 delG 、176 del 16、235 delC 、299 delA )、GJB3( 538 C〉T)、 SLC 26 A 4( IVS 7-2 A 〉 G 、2168 A 〉 G )以及线粒体 DNA 12 S rRNA (1555 A 〉 G 、1494 C 〉 T ),分析耳聋患者的突变基因型以及等位基因突变类型的分布频率。 结果: 285例受检者中,经基因检测确诊耳聋的患者78例,总检出率27.37%;共检出9种耳聋基因突变基因型,按分布频率大小前4种依次为 SLC 26 A 4 IVS 7-2 A 〉G杂合突变(21例,26.92%)、 GJB 2 235 delC 杂合突变(19例,24.36%)、 GJB 2 235 delC 纯合突变(13例,16.67%)和 SLC 26 A 4 IVS 7-2 A 〉 G 纯合突变6例(7.69%) ;共检出等位基因突变类型6 种,前4 种依次为 GJB 2 235 delC (48.04%)、 SLC 26 A 4 IVS 7-2 A 〉 G (33.33%)、 GJB 2 299 delA (8.82%)和线粒体 DNA 12 S rRNA 1555 A 〉 G (7.84%)。 结论: 贵州籍遗传性耳聋的基因突变类型以 GJB 2 235 delC 突变最常见。 展开更多
关键词 听觉丧失 感音神经性 基因 突变 芯片分析技术 贵州
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微流控技术在临床检验中的应用 被引量:1
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作者 邹丽辉 李英 肖飞 《中华检验医学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第9期631-633,共3页
目前,临床检验正在向两种不同方向发展,一种是高度流水线化的中心实验室,一种是高度集成的便携式检测系统.后者从早期的单个项目检测,逐渐演化为基于微流控技术的集成平台,可以同时执行多个实验步骤和测试,进而形成包括生化、免疫、微... 目前,临床检验正在向两种不同方向发展,一种是高度流水线化的中心实验室,一种是高度集成的便携式检测系统.后者从早期的单个项目检测,逐渐演化为基于微流控技术的集成平台,可以同时执行多个实验步骤和测试,进而形成包括生化、免疫、微生物、细胞学检测的全套微型实验体系,这些基于微流控技术的快速诊断系统将伴随我国的医改进程,下沉到基层的医疗机构甚至家庭.本文综述了目前微流控技术在临床检验领域的应用现状以及未来发展趋势. 展开更多
关键词 芯片分析技术 微流体学 临床实验室技术
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