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鱼腥草中抗血栓活性生物碱成分的虚拟筛选
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作者 蒋跃平 陈章义 +2 位作者 刘敏 刘海涛 刘韶 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1623-1634,共12页
抗血栓是预防和治疗心血管疾病的有效方法之一。基于传统中医理论、作者前期研究和相关文献,发现鱼腥草中生物碱类成分具有潜在的抗血栓活性,但是其药效物质基础和作用机制尚未明确。该研究采用分子对接技术虚拟筛选鱼腥草生物碱抗血栓... 抗血栓是预防和治疗心血管疾病的有效方法之一。基于传统中医理论、作者前期研究和相关文献,发现鱼腥草中生物碱类成分具有潜在的抗血栓活性,但是其药效物质基础和作用机制尚未明确。该研究采用分子对接技术虚拟筛选鱼腥草生物碱抗血栓的药效物质,搜集现已经从鱼腥草中报道的70个生物碱类化合物组成配体化合物库,选择P2Y1,P2Y12,凝血因子FⅪa,凝血因子FⅩa,PAR1,凝血酶等10个与血栓形成密切相关且具有已知晶体结构的靶蛋白作为受体数据库,以Drug Bank中对各靶蛋白有抑制作用并已上市或者即将上市的小分子药物为阳性对照化合物,设定各靶蛋白对应的已上市小分子药物最低打分(S)为阈值,应用Molecular Operating Environment软件(MOE,version 2016)的Dock功能进行分子对接,虚拟筛选出对接评分(S)低于阈值的化合物。对比分析了原配体、已上市药物和鱼腥草生物碱作用于各靶蛋白的主要活性位点,初步揭示了鱼腥草抗血栓活性的作用机制,为抗血栓类药物的研发提供了一定的参考。 展开更多
关键词 鱼腥草 抗血栓 生物碱 分子对接 虚拟筛选
计算机辅助药物设计用于化妆品植物源功效原料筛选的建议 预览
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作者 赵斯琪 孟宏 易帆 《日用化学工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期253-258,274共7页
对计算机辅助药物设计技术应用于化妆品植物来源功效物质筛选和预测进行综述,论述其应用于预测药用植物所含成分在皮肤相关生物学途径中靶蛋白的结合关系,以及整体评价药用植物在皮肤生理学上的作用。提出构建完整、高效、便捷的原料研... 对计算机辅助药物设计技术应用于化妆品植物来源功效物质筛选和预测进行综述,论述其应用于预测药用植物所含成分在皮肤相关生物学途径中靶蛋白的结合关系,以及整体评价药用植物在皮肤生理学上的作用。提出构建完整、高效、便捷的原料研发模式的建议,并对其进行展望。 展开更多
关键词 化妆品功效原料 虚拟筛选 植物原料 计算机辅助药物设计
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益气滋阴饮治疗2型糖尿病活性成分的虚拟筛选研究 预览
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作者 邢天柱 徐勐 +2 位作者 刘咨博 于小娟 徐顺 《中国药房》 CAS 北大核心 2019年第7期910-916,共7页
目的:对中药方剂益气滋阴饮治疗2型糖尿病的活性成分、作用靶标和途径进行虚拟筛选研究,从分子水平上阐述该方治疗2型糖尿病的药效机制,为其推广应用和合理组方提供理论依据。方法:从《中药原植物化学成分手册》中检索出益气滋阴饮方剂1... 目的:对中药方剂益气滋阴饮治疗2型糖尿病的活性成分、作用靶标和途径进行虚拟筛选研究,从分子水平上阐述该方治疗2型糖尿病的药效机制,为其推广应用和合理组方提供理论依据。方法:从《中药原植物化学成分手册》中检索出益气滋阴饮方剂10味药材中已分离得到的化学成分,从DrugBank数据库中检索出治疗2型糖尿病的药物/类药分子,在PubChem Compound数据库中下载各成分的三维分子结构,在Cerius^2 4.10软件中对其进行结构优化,建立益气滋阴饮小分子化合物数据集;以“type2 diabetes mellitus”为关键词,在治疗靶蛋白数据库中搜索及筛选出2型糖尿病的靶标蛋白,然后从治疗靶蛋白数据库中查询并下载这些蛋白质的三维立体结构;将选出的化合物分子(配体)与靶标蛋白(受体)进行对接,找出活性较高(根据Degree值与Betweenness值大小排序)的小分子和相关度较高的靶标蛋白;以筛选出的小分子化合物与靶标蛋白(如N-反式-咖啡酰酪胺分子与糖原合成酶激酶-3β)的精细对接为例,讨论配体与受体间的相互作用机制。结果:检索得到化学成分及药物/类药分子分别为732、127个,筛选出2型糖尿病的靶标蛋白30个;根据Degree值与Betweenness值大小排序,筛选出了8个活性较高的小分子化合物(如N-反式-咖啡酰酪胺、金丝桃苷等)和10个相关度较高的靶标蛋白(如碳酸酐酶1、糖原合成酶激酶-3β等);N-反式-咖啡酰酪胺与糖原合成酶激酶-3β之间可形成氢键及π烷基化相互作用,从而影响受体蛋白的结构稳定性及活性而产生降低血糖作用。结论:采用虚拟筛选研究发现,益气滋阴饮治疗2型糖尿病时既存在一个小分子化合物与多个靶标相互作用,同时又有不同小分子化合物作用于同一靶标的现象,从分子水平上揭示了其通过多组分、多靶标协同作用的机制,为开发治疗糖尿病的新药时先导化合物的筛� 展开更多
关键词 益气滋阴饮 2型糖尿病 活性成分 靶标蛋白 虚拟筛选
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寨卡病毒抑制剂的虚拟筛选、设计、合成及生物活性研究
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作者 李彦忠 齐思佳 +2 位作者 徐彦浩 夏成才 段桂运 《有机化学》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第3期786-792,共7页
由甲基转移酶和RNA聚合酶组成的多功能蛋白(NS5)是寨卡病毒复制过程中起主要作用的蛋白组分,其甲基转移酶(5M5B)部分是病毒复制和宿主固有免疫应答的中心参与者,因此被作为潜在抗寨卡病毒药物开发的首选靶标蛋白.将5M5B作为受体,利用其... 由甲基转移酶和RNA聚合酶组成的多功能蛋白(NS5)是寨卡病毒复制过程中起主要作用的蛋白组分,其甲基转移酶(5M5B)部分是病毒复制和宿主固有免疫应答的中心参与者,因此被作为潜在抗寨卡病毒药物开发的首选靶标蛋白.将5M5B作为受体,利用其已知的结合位点与200多万个化合物小分子进行虚拟筛选,得到抗寨卡病毒的先导化合物2a,并对该先导化合物进行结构优化、改造、活性预测、化学合成、药理活性研究.使用1HNMR和13CNMR对所有合成的化合物进行了表征,并进行了体外活性测试.结果表明化合物3a[IC50=(7.69±0.36)μmol·L^-1]的体外活性优于广谱抗病毒药利巴韦林活性[IC50=(8.15±0.42)μmol·L^-1],本研究的方法与结果对寨卡病毒抑制剂的结构设计研究具有重要的指导作用. 展开更多
关键词 寨卡病毒抑制剂 虚拟筛选 构效关系 结构改造
一种新的MDM2-p53信号通路抑制剂的研究 预览
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作者 涂潇 李雷 +4 位作者 张海波 刘扬 肖智雄 张渝君 曹洋 《四川大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期369-376,共8页
本研究以研发新型小分子MDM2抑制剂为目的,建立了以分子对接为基础的虚拟筛选流程.利用虚拟筛选流程对SPECS化合物库的分子进行类药性筛选、分子对接粗筛、二次筛选以及排序挑选,并通过细胞实验验证这些分子激活p53并抑制肿瘤细胞生长... 本研究以研发新型小分子MDM2抑制剂为目的,建立了以分子对接为基础的虚拟筛选流程.利用虚拟筛选流程对SPECS化合物库的分子进行类药性筛选、分子对接粗筛、二次筛选以及排序挑选,并通过细胞实验验证这些分子激活p53并抑制肿瘤细胞生长的活性.结果表明M12能够激活p53及其下游信号通路,抑制肿瘤细胞周期并促进肿瘤细胞凋亡.M12与已知MDM2-p53抑制剂结构完全不同,是一种潜在的癌症治疗候选药物. 展开更多
关键词 靶向治疗 P53 MDM2 虚拟筛选
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中药中组织蛋白酶S潜在抑制剂的发现及作用机制研究
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作者 高宇 申洁 刘海波 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1201-1207,共7页
组织蛋白酶S是一种与自身免疫性疾病、银屑病等密切相关的半胱氨酸蛋白酶。该研究使用虚拟筛选的方法从中药天然产物化合物库中筛选出对组织蛋白酶S具有潜在抑制作用的化合物,研究代表性化合物的抑制作用机制,并分析该类化合物在中药中... 组织蛋白酶S是一种与自身免疫性疾病、银屑病等密切相关的半胱氨酸蛋白酶。该研究使用虚拟筛选的方法从中药天然产物化合物库中筛选出对组织蛋白酶S具有潜在抑制作用的化合物,研究代表性化合物的抑制作用机制,并分析该类化合物在中药中的分布情况以及与疾病的相关性,为组织蛋白酶S的新药研发提供数据基础。首先,以组织蛋白酶S的2FQ9复合物晶体结构为基础,建立组织蛋白酶S抑制剂的药效团模型,选择筛选性能最好的药效团模型,对TCMD数据库进行筛选,取打分排名前88的中药化合物,通过遴选确认65个为潜在组织蛋白酶S天然抑制剂。经分子对接研究发现这些潜在抑制剂能够与受体活性口袋中的关键残基产生包括氢键在内的多种作用力,因此结合自由能比较高,进而产生较强的抑制作用。研究发现,65个天然抑制剂分布于58种中药中,对这些中药的性味、归经、功效及现代药理作用进行资料收集和分析,发现多数中药的药效和适应症与组织蛋白酶S的生物活性相关,从另一个角度证实了筛选结果的有效性。研究结果证明,组织蛋白酶S与某些中药对自身免疫性疾病的治疗效果具有相关性,可作为中药作用靶标深入研究。 展开更多
关键词 组织蛋白酶S TCMD 虚拟筛选 分子对接 药效团 自身免疫性疾病
HIV-1衣壳蛋白抑制剂体外筛选方法研究进展 预览
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作者 张大为 许晓双 常珊 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期473-477,共5页
HIV-1的感染高度依赖其圆锥形的“富勒烯”型衣壳。衣壳由大约1500个衣壳蛋白组装而成。近年来,衣壳蛋白已成为设计和筛选抗HIV-1药物的理想靶点。目前,文献已报道了多种基于不同原理的HIV-1衣壳蛋白抑制剂的筛选方法,该文将对这些体外... HIV-1的感染高度依赖其圆锥形的“富勒烯”型衣壳。衣壳由大约1500个衣壳蛋白组装而成。近年来,衣壳蛋白已成为设计和筛选抗HIV-1药物的理想靶点。目前,文献已报道了多种基于不同原理的HIV-1衣壳蛋白抑制剂的筛选方法,该文将对这些体外筛选方法进行综述。 展开更多
关键词 HIV-1 衣壳蛋白抑制剂 邻近闪烁分析 均相时间分辨荧光 放大化学发光临近均相检测 噬菌体展示 双分子荧光互补 假病毒 虚拟筛选
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独活对巨噬细胞迁移抑制因子抑制作用的有效成分虚拟筛选研究 预览
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作者 李江 夏鹏 +1 位作者 曹必伟 徐建果 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2019年第5期105-108,共4页
目的筛选独活对巨噬细胞迁移抑制因子(MIF)抑制作用的有效成分,为独活治疗炎症和免疫介导疾病的作用机制研究及MIF抑制剂研发提供参考。方法以中国台湾中医药资料库中独活有效成分小分子化合物为对接配体库、MIF晶体结构为对接受体进行... 目的筛选独活对巨噬细胞迁移抑制因子(MIF)抑制作用的有效成分,为独活治疗炎症和免疫介导疾病的作用机制研究及MIF抑制剂研发提供参考。方法以中国台湾中医药资料库中独活有效成分小分子化合物为对接配体库、MIF晶体结构为对接受体进行分子对接,筛选结合能高于原配体的小分子。对结合后的复合物构像进行相互作用分析,选取最佳配体小分子与大分子复合物进行10 ns的动力学模拟,分析均方根偏差(RMSD)值。操作平台为Linux系统,采用OpenBabelGUI2.4.1进行小分子修饰,Pyrx0.8进行虚拟筛选,NAMD2.13进行分子动力学模拟,VMD1.9.3、Discovery studio4.5及Ligplot+1.4.5进行对接结果及动力学模拟结果分析。结果筛选出优于原配体的独活有效成分4种,分子相互作用分析提示主要作用残基8个,主要作用力为氢键及疏水作用,动力学模拟结果表明最佳配体小分子与受体结合较稳定。结论本研究提示独活抗炎作用机理可能与抑制MIF活性有关,其抑制作用有效成分主要有4种,可为研究和设计MIF抑制剂提供参考。 展开更多
关键词 巨噬细胞迁移抑制因子 独活 抑制剂 虚拟筛选 分子动力学模拟
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新型法尼基转移酶抑制剂的发现及构效关系分析
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作者 张明 李诗良 +3 位作者 朱丽丽 黄瑾 赵振江 李洪林 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期111-116,共6页
本文选择法尼基转移酶(FTase)作为靶标,利用计算机辅助药物设计Schr?dinger软件包中Glide v4.0程序进行虚拟筛选,获得了13个结构新颖、具备中等活性法尼基转移酶抑制剂(FTIs)苗头化合物。通过分析代表性化合物8 (IC50=2.29μmol·L^... 本文选择法尼基转移酶(FTase)作为靶标,利用计算机辅助药物设计Schr?dinger软件包中Glide v4.0程序进行虚拟筛选,获得了13个结构新颖、具备中等活性法尼基转移酶抑制剂(FTIs)苗头化合物。通过分析代表性化合物8 (IC50=2.29μmol·L^-1)和18 (IC50=0.41μmol·L^-1)与法尼基转移酶的结合模式,本文发现化合物8和18并未和Zn^2+鳌合,说明抑制剂中极性官能团与Zn^2+是否鳌合并未对酶抑制活性起到决定性作用。通过分析代表性化合物的预测结合模式与构效关系,本文发现的法尼基转移酶抑制剂(FTIs)苗头化合物仍具有改造空间,为进一步的结构优化并获得高活性和高选择性抑制剂奠定基础。 展开更多
关键词 法尼基转移酶 抑制剂 虚拟筛选 构效关系分析
弓形虫毒力效应因子ROP18竞争性抑制剂的筛选及亲和活性分析
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作者 邱潇 程允堂 +11 位作者 王利磊 赵桂华 姚营营 徐超 孙慧 刘功振 肖婷 朱嵩 魏庆宽 黄炳成 闫歌 尹昆 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2019年第3期298-303,310共7页
目的采用药物靶标虚拟筛选技术筛选靶向弓形虫毒性因子ROP18的小分子竞争性抑制剂,并对中靶小分子进行活性分析。方法通过MOE软件的Structure Prepare完成ROP18三维晶体结构的结构准备;以ATP结合口袋作为筛选起点,分别参考EHT药效团注... 目的采用药物靶标虚拟筛选技术筛选靶向弓形虫毒性因子ROP18的小分子竞争性抑制剂,并对中靶小分子进行活性分析。方法通过MOE软件的Structure Prepare完成ROP18三维晶体结构的结构准备;以ATP结合口袋作为筛选起点,分别参考EHT药效团注释及构建方法,以及TypeⅠ激酶抑制剂药效团特征构建靶向天然配体口袋的药效团;通过Pharmacophore Search导入包含202 919个化合物优势构象的SPECS数据库,通过EHT药效团注释方法进行小分子相似性筛选;筛选的小分子经分子对接和打分函数排序后,对排名前100的分子构象进行SAR分析。结果构建的药效团模型具有4个典型的TypeⅠ激酶抑制剂特征,保证了筛选的多样性和互作特异性;在SPECS数据库中共计通过了1 314个符合该模型的小分子,最终选取了25种活性较高的小分子。这些小分子具有2种母环核心Scaffold骨架聚类,分别命名为ScaffoldⅠ类及ScaffoldⅡ类。另有13种Scaffold各异的化合物类型。结论成功构建了靶向ROP18的ATP-结合口袋的药效团模型,筛选得到25种代表性小分子,形成2种Scaffold聚类及13种多样性骨架结构,为开发新型抗弓形虫病药物先导物奠定了基础。 展开更多
关键词 虚拟筛选 药效团模型 竞争性抑制剂 棒状体蛋白激酶18 弓形虫
ppar-α激动剂的虚拟筛选研究 预览
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作者 罗蓓 郭银应 +1 位作者 陈双扣 任玉婷 《广州化工》 CAS 2019年第7期49-51,54共4页
通过虚拟筛选分子对接技术,利用sc-PDB数据库得到蛋白靶点的5类共晶结构。采用vina程序,基于建立的小分子数据库,分别对5类共晶结构进行对接计算。通过重对接过程,计算rmsd(均方根偏差值)来评估利用vina程序是否适用于该体系,通过构建... 通过虚拟筛选分子对接技术,利用sc-PDB数据库得到蛋白靶点的5类共晶结构。采用vina程序,基于建立的小分子数据库,分别对5类共晶结构进行对接计算。通过重对接过程,计算rmsd(均方根偏差值)来评估利用vina程序是否适用于该体系,通过构建诱饵化合物以及小分子与蛋白的相互作用分析来验证了模型的可靠程度。最终,利用该模型分别对5个靶点进行虚拟筛选,得到了效果较为理想的7个动剂分子,分析了分子和靶点蛋白的作用模式。 展开更多
关键词 ppar-α激动剂 分子对接 ROC曲线 虚拟筛选
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小分子化合物3D结构数据库的构建 预览
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作者 于明珠 张鹏莉 +3 位作者 吕思凡 杜尚民 高艳锋 杜江峰 《郑州大学学报:医学版》 CAS 北大核心 2019年第1期46-50,共5页
目的:构建小分子化合物3D结构数据库,为药物设计提供筛选平台。方法:从6个常用的小分子化合物公司的官方平台下载小分子化合物库(Chem Bridge、Chem Div、Inter Bio Screen、Life Chemicals、Specs和Vitas-m),同时通过整理文献获得毒理... 目的:构建小分子化合物3D结构数据库,为药物设计提供筛选平台。方法:从6个常用的小分子化合物公司的官方平台下载小分子化合物库(Chem Bridge、Chem Div、Inter Bio Screen、Life Chemicals、Specs和Vitas-m),同时通过整理文献获得毒理库、片段库、上市药物库以及天然产物库,用MOE软件对获得的所有化合物进行3D结构生成,通过能量最小化确定小分子化合物的最佳3D结构,并计算指纹图谱及其物理属性。结果与结论:构建了小分子化合物的3D结构数据库。对所有小分子化合物属性的分析表明6个商用数据库所包含的小分子化合物绝大多数具有类药性,但也存在具有毒性的片段;各数据库的物理属性如氢键受体/供体数等分布图不尽相同。该平台产生的数据可以直接用于基于靶点结构的虚拟筛选和3D相似性搜索,亦有助于药物设计者选择具有针对性的数据库进行药物筛选工作。 展开更多
关键词 指纹图谱 虚拟筛选 先导化合物 3D结构
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VR+药效团:一种交互可视的虚拟筛选系统 预览
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作者 何高奇 龚博杰 +3 位作者 陈诚 郁明强 卢兴见 李洪林 《郑州大学学报:工学版》 北大核心 2018年第5期28-32,共5页
基于药效团的虚拟筛选技术比传统筛选技术具有更高的准确率、更快的计算速度和更低的研究成本.但分子的微观性和结构复杂性对用户的空间感知和数据分析能力提出了挑战.本文将虚拟现实和药效团计算技术相结合,基于Unity3D引擎和HTC Vive... 基于药效团的虚拟筛选技术比传统筛选技术具有更高的准确率、更快的计算速度和更低的研究成本.但分子的微观性和结构复杂性对用户的空间感知和数据分析能力提出了挑战.本文将虚拟现实和药效团计算技术相结合,基于Unity3D引擎和HTC Vive设备,设计实现了一个交互可视的虚拟筛选系统,主要功能包括分子解析和绘制、药效团计算、基于HTC Vive的可视交互.实验表明,本文提出的交互可视虚拟筛选系统能够为药效团的设计分析带来新的视角,增强药物设计研究者的交互体验. 展开更多
关键词 虚拟现实 UNITY3D 药效团 虚拟筛选 人机交互
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蓖麻毒素亲和体的分子设计及虚拟筛选
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作者 高川 丁俊杰 +3 位作者 董华 刘冰 穆晞惠 童朝阳 《计算机与应用化学》 CAS 北大核心 2018年第7期521-531,共11页
通过分子间相互作用的模拟和关键氨基酸位点的虚拟突变,构建虚拟突变体库,探索虚拟筛选高亲和活性亲和体的方法。首先利用蛋白—蛋白分子对接方法研究亲和体与毒素的识别及相互作用模型,确定作用的关键位点,然后对关键位点分别单点突变... 通过分子间相互作用的模拟和关键氨基酸位点的虚拟突变,构建虚拟突变体库,探索虚拟筛选高亲和活性亲和体的方法。首先利用蛋白—蛋白分子对接方法研究亲和体与毒素的识别及相互作用模型,确定作用的关键位点,然后对关键位点分别单点突变和饱和突变,确定突变位点和方向,最后通过模拟突变构建虚拟突变体库,预测与毒素作用结合能和稳定性好的亲和体序列。按照模拟计算结果指导的突变位点和突变方向设计虚拟突变,构建的虚拟突变体库中绝大多数突变体具有高于模板的结合活性和结合稳定性。探索了通过计算机模拟计算筛选毒素高活性亲和体的方法,为毒素亲和体的分子设计和筛选提供了重要的线索和理论依据,对毒素新型抗体的研究和开发具有理论指导价值。 展开更多
关键词 蓖麻毒素 亲和体 分子设计 虚拟筛选 虚拟突变
野菊花中黄酮类成分抗炎活性的虚拟筛选 预览
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作者 张金杰 吕文文 +2 位作者 孙迎东 汪风芹 宋德海 《药学研究》 CAS 2018年第10期565-571,共7页
目的 前期研究及文献报道均表明野菊花黄酮类成分有明显抗炎活性,但其药效物质基础和作用机制尚未明确。该研究应用分子对接技术虚拟筛选野菊花黄酮抗炎活性的药效物质。方法 搜集现已分离鉴定的34个野菊花黄酮类化合物组成配体数据库,... 目的 前期研究及文献报道均表明野菊花黄酮类成分有明显抗炎活性,但其药效物质基础和作用机制尚未明确。该研究应用分子对接技术虚拟筛选野菊花黄酮抗炎活性的药效物质。方法 搜集现已分离鉴定的34个野菊花黄酮类化合物组成配体数据库,选择IκB激酶β(IKK-β)、p38、环氧合酶2 (COX-2)、肿瘤坏死因子(TNF)等4个与抗炎活性密切相关的靶点组成受体数据库,应用Discovery Studio 3.0 (DS3.0)软件进行分子对接。结果 通过分子对接虚拟筛选,筛选出打分总分高于阈值的黄酮类化合物共11个。结论 对比分析了原配体与野菊花黄酮作用于各靶点的主要活性位点,初步推断了野菊花黄酮抗炎活性的作用机制,为研发抗炎制剂类药物提供了一定的参考。 展开更多
关键词 野菊花 黄酮 抗炎活性 分子对接 虚拟筛选
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分子对接虚拟筛选苓桂术甘汤中NF-κB抑制剂 预览
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作者 周鹏 李雯婧 +3 位作者 陈筱彤 汪剑虹 丁婉雪 黄金玲 《长江大学学报:自然科学版》 CAS 2018年第20期1-5,共5页
目的: 虚拟筛选苓桂术甘汤中潜在的NF-κB抑制活性成分,为发现新型NF-κB抑制剂提供参考。方法:运用分子对接软件MOE(Molecule Operating Environment)将文献已报道的苓桂术甘汤中的 71个 活性成分与NF-κB进行分子对接,以结合能... 目的: 虚拟筛选苓桂术甘汤中潜在的NF-κB抑制活性成分,为发现新型NF-κB抑制剂提供参考。方法:运用分子对接软件MOE(Molecule Operating Environment)将文献已报道的苓桂术甘汤中的 71个 活性成分与NF-κB进行分子对接,以结合能力评分判断苓桂术甘汤中潜在的抑制NF-κB的活性成分。结果:71个小分子化合物与NF-κB进行对接后,其中7个成分显示出具有较强的结合活性,槲皮素、柚皮素、异槲皮酚、甘草列酮、山奈酚、异鼠李素和甘草黄酮醇A的结合活性较高,且结合位点主要是Lys 218和Arg 274。结论:基于分子对接的虚拟筛选可预测苓桂术甘汤中抑制NF-κB活性的有效物质,以黄酮类成分活性较好,可筛选出活性较强的NF-κB抑制剂,为后期结构改造提供目标化合物。 展开更多
关键词 分子对接 苓桂术甘汤 NF-ΚB 虚拟筛选
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TNNI3K抑制剂3D-QSAR的研究及虚拟筛选 预览
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作者 徐闻曦 蔡晓然 +2 位作者 郑小娇 刘根炎 巨修练 《武汉工程大学学报》 CAS 2018年第5期485-493,共9页
通过一系列肌钙蛋白Ⅰ相关激酶抑制剂苯磺酰胺衍生物构建了其3D-QSAR模型,研究其结构与活性关系。所得CoMFA、TopomerCoMFA模型的交叉验证相关系数q2分别为0.622、0.768,非交叉验证系数r2分别为0.952、0.981,外部验证相关系数R2pred分别... 通过一系列肌钙蛋白Ⅰ相关激酶抑制剂苯磺酰胺衍生物构建了其3D-QSAR模型,研究其结构与活性关系。所得CoMFA、TopomerCoMFA模型的交叉验证相关系数q2分别为0.622、0.768,非交叉验证系数r2分别为0.952、0.981,外部验证相关系数R2pred分别为0.823、0.754,说明模型具有良好的预测性能和稳定性。采用Topomer Search对ZINC数据库进行虚拟筛选,共得到25个分子,其预测活性均高于活性最高的模板分子。最后通过分子对接筛选得到11个分子可作为TNNI3K抑制剂进一步研究。 展开更多
关键词 肌钙蛋白Ⅰ相关激酶抑制剂 COMFA 分子对接 虚拟筛选
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根皮素对人卵巢癌细胞增殖的影响及虚拟筛选研究
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作者 单良 肖建英 《中药材》 北大核心 2018年第6期1479-1485,共7页
目的:探讨根皮素对人卵巢癌CAOV-3细胞增殖能力的影响,并运用网络药理学筛选根皮素发挥生物学效应的作用靶点,探讨其分子机制并进行初步验证。方法:应用MTT法检测根皮素对CAOV-3细胞增殖的影响;利用Pharmmapper及idTarget平台分别预测... 目的:探讨根皮素对人卵巢癌CAOV-3细胞增殖能力的影响,并运用网络药理学筛选根皮素发挥生物学效应的作用靶点,探讨其分子机制并进行初步验证。方法:应用MTT法检测根皮素对CAOV-3细胞增殖的影响;利用Pharmmapper及idTarget平台分别预测根皮素潜在作用靶点;用STRING平台对预测靶点进行蛋白互作分析,获得靶蛋白的注释、蛋白互作信息;通过生物信息注释数据库(DAVID)对预测靶点进行GO及代谢通路富集分析,并挖掘文献针对根皮素的分子机制进一步讨论;Western blotting检测根皮素对通路富集得到的癌症通路中p53、BAX蛋白水平以及ERK、p38磷酸化水平的影响。结果:根皮素能浓度依赖性抑制CAOV-3细胞活力,虚拟筛选提示其可能通过RACK1、ERK、EGFR等靶点发挥抗癌作用,对癌症信号通路具有调控作用,体外实验验证根皮素能激活ERK、p38通路并增加p53、BAX蛋白表达水平,从而发挥抗癌作用。结论:本研究表明根皮素可能通过激活ERK、p38通路诱导CAOV-3细胞凋亡,同时为根皮素发挥抗癌等药理学活性作用机制的深入研究提供重要的理论依据和线索。 展开更多
关键词 根皮素 虚拟筛选 潜在作用靶点 抗癌作用 癌症信号通路
分子对接虚拟筛选六味地黄方中α-葡萄糖苷酶抑制剂
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作者 徐青青 肖敏 +2 位作者 王鹏 杨光明 潘扬 《中国实验方剂学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第5期64-70,共7页
目的:传统名方六味地黄方(LWDH)对治疗2型糖尿病具有较好疗效,α-葡萄糖苷酶(α-GC)是2型糖尿病发生发展的关键靶点,该文采用虚拟筛选技术分析LWDH中抑制α-GC活性的有效成分。方法:从文献中获取LWDH中己知的21种主要化学成分及... 目的:传统名方六味地黄方(LWDH)对治疗2型糖尿病具有较好疗效,α-葡萄糖苷酶(α-GC)是2型糖尿病发生发展的关键靶点,该文采用虚拟筛选技术分析LWDH中抑制α-GC活性的有效成分。方法:从文献中获取LWDH中己知的21种主要化学成分及代谢产物结构组成配体分子库,采用分子对接法将配体与α-GC的C端,N端分别逐一对接后,进行复合物自由结合能的数据分析;并以α-GC抑制剂阿卡波糖(ACR)的结合能作为阈值,预测LWDH中抑制α-GC活性潜在的有效成分。结果:与ACR和α-GC之N端,C端的结合能(-38.38,-36.38 J·mol-1)相比较,分别有2种LWDH的主要成分与α-GC的N端或C端结合能较低,其作用力主要为氢键和范德华力,且这几种成分均属于组成药物泽泻中的四环三萜类化合物。结论:基于分子对接的虚拟筛选可推断LWDH中抑制α-葡萄糖苷酶活性的有效物质,为深入开展六味地黄方治疗2型糖尿病的机理研究提供了科学数据。 展开更多
关键词 六味地黄方 虚拟筛选 Α-葡萄糖苷酶抑制剂 分子对接 2型糖尿病
基于虚拟筛选、分子对接和生物测活的TRPV3选择性小分子拮抗剂的发现
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作者 沈燕君 张新然 +5 位作者 吴洋 王克威 刘振明 金宏威 张亮仁 张礼和 《药学学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期966-975,共10页
瞬时受体电位香草酸型通道第三亚型(transient receptor potential vanilloid 3,TRPV3)与伤害性感受、热感受等重要生理功能密切相关,发现靶向TRPV3通道的选择性小分子拮抗剂对深入研究TRPV3通道的病生理功能和促进TRPV通道的基础研... 瞬时受体电位香草酸型通道第三亚型(transient receptor potential vanilloid 3,TRPV3)与伤害性感受、热感受等重要生理功能密切相关,发现靶向TRPV3通道的选择性小分子拮抗剂对深入研究TRPV3通道的病生理功能和促进TRPV通道的基础研究和新药靶点研究具有重要的意义。本文基于已知的TRPV3小分子拮抗剂,提出基于配体的计算机辅助药物设计的方法进行选择性小分子拮抗剂的骨架跃迁,采用三维形状和静电相似性的虚拟筛选策略,对PKU-CNCL、Specs化合物库进行大规模的虚拟筛选;同时以TRPV1晶体结构为模板,并结合TRPV3的已解析出来的N末端ARD区域的晶体结构,构建了人TRPV3的晶体结构的单体模型,以TRPV3单体模型进行了TRPV3小分子拮抗剂的分子对接分析,将其应用于虚拟筛选和骨架跃迁中。经过两轮的虚拟筛选和生物活性评价,发现了对TRPV3具有选择性抑制作用且抑制活性IC(50)为18.0±1.1μmol·L-1(n=4)的新型骨架结构化合物V-39,该化合物与TRPV3相互作用的重要氨基酸残基为第310和314位组氨酸以及第577位精氨酸。本文研究结果可以用于进一步的结构改造和优化,有助于指导新型的TRPV3选择性拮抗剂的药物设计。 展开更多
关键词 虚拟筛选 TRPV3 拮抗剂 选择性 分子对接
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