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基于米色、转录分析探究谷子食味差异 预览
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作者 李旭凯 胡萌萌 +2 位作者 张义茹 姜金霞 韩渊怀 《山西农业大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第5期1-9,共9页
[目的]谷子(Setaria italica),粒小多为黄色,脱皮后称为小米。本试验选取了12份谷子种质,探究其小米米色与食味的关系。[方法]用色差仪对其米色进行了测定,同时对小米的外观,以及熬制米粥的色泽、米油量、粘稠度、米粒完整性以及米粥的... [目的]谷子(Setaria italica),粒小多为黄色,脱皮后称为小米。本试验选取了12份谷子种质,探究其小米米色与食味的关系。[方法]用色差仪对其米色进行了测定,同时对小米的外观,以及熬制米粥的色泽、米油量、粘稠度、米粒完整性以及米粥的口感等进行评判。此外,我们分析了2个代表性品种的转录组,对筛选优质谷子以及对鉴定小米色、形、味的研究提供了基础。[结果]12份谷子种质中,晋谷21的米色b值平均值最大,牛毛白的b值最小。在食味评价中,晋谷21的得分最高,牛毛白的平均得分最低。[结论]我们初步认定谷子米色与食味有一定的关系。晋谷21和牛毛白在籽粒S2和S4两个灌浆时期的转录组数据结果发现S4时期相关基因差异的表达可能是造成两个谷子品种差异的主要原因。 展开更多
关键词 米色 食味品质 差异表达基因 表达差异分析
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鹅ASC基因序列分析与组织表达差异研究 预览
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作者 陈丹霞 邓汝森 +3 位作者 邱金辉 黄雪冰 黄运茂 刘文俊 《仲恺农业工程学院学报》 CAS 2019年第2期6-10,共5页
炎症小体作为固有免疫的重要组分在机体免疫反应和疾病发生过程中具有重要作用,ASC基因是炎症小体中连接胞浆受体和Caspase-1的关键蛋白.为进一步了解鹅的炎症系统,参考NCBI上公布的预测序列(XM_013201308.1)设计引物,克隆了马岗鹅ASC基... 炎症小体作为固有免疫的重要组分在机体免疫反应和疾病发生过程中具有重要作用,ASC基因是炎症小体中连接胞浆受体和Caspase-1的关键蛋白.为进一步了解鹅的炎症系统,参考NCBI上公布的预测序列(XM_013201308.1)设计引物,克隆了马岗鹅ASC基因(go-ASC),并进行了生物信息学分析和组织表达差异研究.结果显示,go-ASC基因完整ORF长663bp,共编码220个氨基酸.同源性分析显示,go-ASC基因序列与哺乳类动物的同源性较低(41.0%~52.6%),结构域也存在较大差异,仅含有CARD结构域,缺乏PYD结构域.组织表达结果显示,go-ASC基因主要在血液和粘膜上皮组织表达,在肌肉组织中表达量最低. 展开更多
关键词 基因克隆 序列分析 表达差异分析
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斑马鱼GAPDH蛋白片段的原核表达差异分析 预览
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作者 廖思宁 李松 +3 位作者 褚开淼 曾菲 张彪 胡有生 《井冈山大学学报:自然科学版》 2018年第1期37-42,共6页
为了分析斑马鱼GAPDH基因不同区域原核表达构建的诱导效应差异,应用生物信息技术分析斑马鱼GAPDH分子结构,通过定向删除技术,构建表达部分斑马鱼GAPDH蛋白片段的质粒。通过IPTG诱导,SDS-PAG检测,分析GAPDH基冈不同区域构建的蛋白... 为了分析斑马鱼GAPDH基因不同区域原核表达构建的诱导效应差异,应用生物信息技术分析斑马鱼GAPDH分子结构,通过定向删除技术,构建表达部分斑马鱼GAPDH蛋白片段的质粒。通过IPTG诱导,SDS-PAG检测,分析GAPDH基冈不同区域构建的蛋白表达差异。结果:引物对zGCKF/ZGCXR构建的GAPDH重组表达质粒具有IPTG诱导表达效应,而引物对ZGNKF/ZGNXR构建的质粒则不具有IPTG诱导表达效应。因此,为了在原核表达真核蛋白时应考虑过表达的真核蛋白是否会影响宿主的代谢以及是否会导致宿主的抵抗,设计引物时应当选择合适的区域构建重组质粒才能获表达产物。 展开更多
关键词 斑马鱼 GAPDH 蛋白片段原核表达 表达差异分析
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差异显示反转录—PCR及抑制性扣除杂交在基因表达差异分析中的应用 预览 被引量:2
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作者 黄升谋 邹应斌 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 2002年第2期 183-185,共3页
差异显示反转录-PCR和抑制性扣除杂交是目前广泛应用于基因表达差异分析的方法,它们分别具有灵敏度高假阳性率低等特点,对其原理、技术、优缺点及在基因表达差异分析中的应用进行简要概述.
关键词 差异显示反转录-PCR 抑制性扣除杂交 基因表达差异分析 应用
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经程序化冷冻的小鼠休眠胚胎的基因表达谱差异分析 预览 被引量:5
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作者 张劭俣 刘云海 +5 位作者 倪和民 王灏 顾美超 阎芃 杨菲 郭勇 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 2012年第5期15-19,F0003共6页
目的探讨小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后基因表达谱的变化及相关信号通路的改变趋势。方法采用Affymetrix基因芯片检测小鼠正常休眠胚胎和经程序化冷冻后的休眠胚胎的差异表达基因;采用GO分析和Pathway分析等生物信息学方法进一步了解相关... 目的探讨小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后基因表达谱的变化及相关信号通路的改变趋势。方法采用Affymetrix基因芯片检测小鼠正常休眠胚胎和经程序化冷冻后的休眠胚胎的差异表达基因;采用GO分析和Pathway分析等生物信息学方法进一步了解相关信号通路的改变。结果经程序化冷冻后的小鼠休眠胚胎与正常休眠胚胎相比,存在228个差异表达基因,其中50个基因表达上调,178个基因表达下调。Pathway分析显示黏着斑通路、细胞外基质受体相互作用通路、肌动蛋白细胞骨架调节通路、细胞凋亡通路、细胞通讯通路、泛素介导的蛋白质水解通路、甘油磷脂代谢通路、小细胞肺癌通路、TGF-β信号通路、MAPK信号通路等基因差异表达变化趋势明显。结论小鼠休眠胚胎经程序化冷冻后会导致一系列基因调控变化,并可能影响多条信号通路的协同变化。 展开更多
关键词 小鼠 休眠胚胎 程序化冷冻 基因表达差异分析
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基于SAM和GA/SVM的肿瘤基因表达谱分类算法 预览 被引量:1
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作者 李小波 《杭州师范大学学报:自然科学版》 CAS 2008年第3期 202-205,215,共5页
基因芯片技术在肿瘤分型分类的研究中得到了广泛的应用.为了处理肿瘤基因表达谱数据,建立肿瘤分类预测模型,文中采用基因表达差异显著性分析方法,支持向量机,遗传算法相结合的多步骤降维分类方法.采用该方法处理大肠癌和白血病数... 基因芯片技术在肿瘤分型分类的研究中得到了广泛的应用.为了处理肿瘤基因表达谱数据,建立肿瘤分类预测模型,文中采用基因表达差异显著性分析方法,支持向量机,遗传算法相结合的多步骤降维分类方法.采用该方法处理大肠癌和白血病数据集,筛选到基因数量较少并且分类准确度较高的特征基因子集.实验结果表明,文中的方法可以快速有效地筛选肿瘤特征基因,获得更好的分类效果. 展开更多
关键词 基因表达 分类 基因表达差异显著性分析方法(SAM) 遗传算法(GA) 支持向量机(SVM)
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多步骤降维的肿瘤特征基因选择方法 预览 被引量:1
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作者 李小波 《复旦学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期 541-544,共4页
针对基因芯片数据量大、样本数低和基因维数高的特点,提出了一种对基因芯片数据进行多步骤降维处理的分类方法.第一步,采用基因表达差异显著性分析方法(SAM)筛选得到差异表达基因子集.第二步,采用支持向量机(SVM)分类器对该差... 针对基因芯片数据量大、样本数低和基因维数高的特点,提出了一种对基因芯片数据进行多步骤降维处理的分类方法.第一步,采用基因表达差异显著性分析方法(SAM)筛选得到差异表达基因子集.第二步,采用支持向量机(SVM)分类器对该差异表达基因子集进行进一步的分类降维.将该方法用来处理大肠癌和白血病数据集,得到了数量较少而分类能力较强的特征基因子集.实验结果证明该方法可以快速有效地筛选肿瘤特征基因. 展开更多
关键词 基因芯片数据 特征基因选择 基因表达差异显著性分析方法 支持向量机 降维
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基因表达差异显示分析技术在创伤研究中的应用 预览
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作者 徐发良 李磊 《生理科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期 322-326,共5页
基因是细胞增殖、分化、成熟等各项生命活动的调控中心,也是许多疾病发生、发展和转归的决定性因素.基因表达的变化必然导致细胞、组织、器官乃至整个机体的各种异常.包括创伤在内的各种内外刺激,都可不同程度地引起基因表达的变化,最... 基因是细胞增殖、分化、成熟等各项生命活动的调控中心,也是许多疾病发生、发展和转归的决定性因素.基因表达的变化必然导致细胞、组织、器官乃至整个机体的各种异常.包括创伤在内的各种内外刺激,都可不同程度地引起基因表达的变化,最终妨碍机体健康.随着生物信息学的逐渐兴起和分子生物学的不断发展并向其他学科的逐渐渗透,业已建立起一系列研究基因表达变化的切实可行的技术手段(即"基因表达差异分析技术",如DNA微阵列),对捕获基因表达的种种变化具有重要价值.这些技术已经在肿瘤及其他疾病的研究中得到了广泛应用;近几年也逐渐进入创伤研究领域,在一定程度上推动了创伤研究的发展. 展开更多
关键词 基因表达差异显示分析 创伤研究 应用
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一株与大鼠肝细胞再生相关的新cDNA克隆 预览
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作者 汪思应 程洁 +5 位作者 郑红 张平 张宝霆 许望翔 魏汉东 杨晓明 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第6期 602-606,共5页
目的:用表达性差异显示分析(RDA)技术发现的一株新基因为目的基因.研究该基因与肝细胞再生的可能关系及在组织中的分布等初步的生物学功能.方法: 用狭线杂交、Northern杂交、RT-PCR、cDNA文库筛选及序列分析法研究新基因cDNA序列、组织... 目的:用表达性差异显示分析(RDA)技术发现的一株新基因为目的基因.研究该基因与肝细胞再生的可能关系及在组织中的分布等初步的生物学功能.方法: 用狭线杂交、Northern杂交、RT-PCR、cDNA文库筛选及序列分析法研究新基因cDNA序列、组织分布及初步功能. 结果:从大鼠胎肝cDNA文库中筛选出该基因的克隆;杂交等证实其在肝大部切除后表达迅速上调,在EGF诱导的肝细胞及肿瘤组织中呈高丰度表达;对该基因进行序列测定并获得全长核苷酸序列;分析表明该核苷酸序列仅编码70余个氨基酸. 结论: 该基因与肝细胞再生相关;可能仅编码小分子多肽或其N-端具有更长的序列. 展开更多
关键词 CDNA克隆 肝细胞 表达差异显示分析 肝部分切除 肝再生 细胞增殖
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用表达性差异显示分析技术分离人胎肝组织选择性表达基因 预览 被引量:1
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作者 许望翔 魏汉东 +1 位作者 汪思应 杨晓明 《中国应用生理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期 192-194,共3页
目的:建立4月龄人胎肝组织选择性表达基因EST库,为研究胚胎肝组织特异表达基因提供有力的工具.方法:采用表达性差异显示分析(representational difference analysis, RDA)技术建立4月龄人胎肝组织选择性表达基因EST库,并测定部分克隆核... 目的:建立4月龄人胎肝组织选择性表达基因EST库,为研究胚胎肝组织特异表达基因提供有力的工具.方法:采用表达性差异显示分析(representational difference analysis, RDA)技术建立4月龄人胎肝组织选择性表达基因EST库,并测定部分克隆核苷酸序列,以竞争PCR检测代表性基因的差异表达.结果与结论:以珠蛋白家族基因为标志,所建差减cDNA文库中α-珠蛋白家族基因的表达频率较未差减cDNA文库增高7倍,同时该文库也含有多种与肝生长密切相关的基因,表明RDA技术确是研究差异表达基因的有效手段,所建EST库富集胎肝特异表达基因.部分克隆序列分析获得2种未报道序列,其中一株含有丝/苏氨酸激酶结构域,表明可望从此库中分离具有重要未知功能的新基因. 展开更多
关键词 人胎肝 基因表达 基因分离 表达差异显示分析技术
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用RDA技术寻找肝再生相关基因的初步研究 预览 被引量:3
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作者 许望翔 汪思应 《生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第4期 277,共1页
利用表达性差异显示分析(RDA)技术,研究大鼠2/3肝部分切除后1h肝组织中基因的选择性表达,建立了大鼠2/3肝部分切除术后1h再生肝组织选择性表达基因EST库。该库约含3×10^4个独立克隆,其中95%以上的克... 利用表达性差异显示分析(RDA)技术,研究大鼠2/3肝部分切除后1h肝组织中基因的选择性表达,建立了大鼠2/3肝部分切除术后1h再生肝组织选择性表达基因EST库。该库约含3×10^4个独立克隆,其中95%以上的克隆含有插入片段,长度约200-700bp不等,对同随机挑出的52个克隆的序列分析表明其中大多数基因与肝再生调控相关(38-52)。10株未报道序列经RNA杂交证实,其中6株与肝再生相关。 展开更多
关键词 肝再生 表达差异显示分析 RDA 基因克隆
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