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洋甘菊WRKY转录因子的鉴定及表达分析
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作者 向黎 张威威 +3 位作者 瞿金旺 韩欢 许锋 廖咏玲 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期2127-2137,共11页
为了系统分析德国洋甘菊WRKY基因家族,本研究利用生物信息学方法,从德国洋甘菊转录组共鉴定出42个WRKY转录因子,包括12个Ⅰ型基因,1个Ⅱ-a型基因,5个Ⅱ-b型基因,11个Ⅱ-c型基因,5个Ⅱ-d型基因,3个Ⅱ-e型基因和5个Ⅲ型基因。保守基序分... 为了系统分析德国洋甘菊WRKY基因家族,本研究利用生物信息学方法,从德国洋甘菊转录组共鉴定出42个WRKY转录因子,包括12个Ⅰ型基因,1个Ⅱ-a型基因,5个Ⅱ-b型基因,11个Ⅱ-c型基因,5个Ⅱ-d型基因,3个Ⅱ-e型基因和5个Ⅲ型基因。保守基序分析显示,同类型的基因拥有特异性的保守基序。表达谱数据分析表明,德国洋甘菊WRKY基因至少在一个组织中表达,并具有器官特异性。5个MrWRKY基因只在根中表达,1个MrWRKY基因只在茎和根中表达,2个MrWRKY基因只在茎和叶中表达,2个MrWRKY基因只在根和叶中表达。这一研究结果为进一步解析德国洋甘菊WRKY转录因子的功能提供了科学基础。 展开更多
关键词 转录因子 WRKY 洋甘菊(Matricaria recutita) 转录 表达模式
山茱萸bHLH2基因的克隆与分析 预览
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作者 李志红 杨萌萌 +4 位作者 徐静雅 凡贞洁 王瑶瑶 王龙 侯典云 《世界中医药》 CAS 2020年第5期696-701,共6页
目的:获得山茱萸转录因子CobHLH2的cDNA序列。方法:以山茱萸转录组测序数据中的c101916_g1序列为参考,利用Primer Premier 5.0软件在其开放阅读框两端设计特异性引物,把山茱萸果实总RNA反转录获得的cDNA作模板,通过PCR扩增、纯化回收和... 目的:获得山茱萸转录因子CobHLH2的cDNA序列。方法:以山茱萸转录组测序数据中的c101916_g1序列为参考,利用Primer Premier 5.0软件在其开放阅读框两端设计特异性引物,把山茱萸果实总RNA反转录获得的cDNA作模板,通过PCR扩增、纯化回收和克隆测序,获得CobHLH2序列,并经生物信息学分析初步了解其基本结构与功能。结果:CobHLH2的ORF长度为795 bp,共编码264个氨基酸,为亲水性蛋白。CobHLH2蛋白的二级结构以无规卷曲和α-螺旋为主,有少量的β-转角和延伸链。多序列比对和系统进化树分析结果表明,CobHLH2的氨基酸序列与猕猴桃和茶树的bHLH类转录因子同源性较高。结论:首次获得山茱萸CobHLH2转录因子的cDNA序列,并进行了生物信息学分析,为深入研究bHLH类转录因子的结构和功能奠定基础。 展开更多
关键词 山茱萸 转录 转录因子 CobHLH2 基因 克隆 生物信息学 分析
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东乡野生稻MYB转录因子LOC_Os01g62410-DX苗期低温诱导荧光定量表达分析及克隆 预览
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作者 於紫蕾 却志群 沈春修 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期207-215,共9页
为了阐明东乡野生稻中MYB转录因子基因LOC_Os01g62410-DX在低温胁迫条件下的功能作用机制,依据课题组前期的转录组分析数据,以东乡野生稻和籼稻品种“93-11”为材料,通过实时荧光定量PCR分析该基因位点在冷胁迫条件下的表达模式。并参... 为了阐明东乡野生稻中MYB转录因子基因LOC_Os01g62410-DX在低温胁迫条件下的功能作用机制,依据课题组前期的转录组分析数据,以东乡野生稻和籼稻品种“93-11”为材料,通过实时荧光定量PCR分析该基因位点在冷胁迫条件下的表达模式。并参考公共数据库中测序水稻品种日本晴对应位点的序列信息设计引物,利用RT-PCR技术,从东乡野生稻中扩增获得LOC_Os01g62410-DX基因的全长cDNA,构建该基因的过表达载体。序列分析结果表明,LOC_Os01g62410-DX基因的cDNA全长为1500 bp,共编码499个氨基酸,蛋白质分子质量为55.04 ku,理论等电点(pI)为7.62。在线分析软件预测LOC_Os01g62410-DX氨基酸序列N端包含2个高度保守结构域SANT,表明该基因属于R2R3类MYB转录因子。系统进化分析结果表明LOC_Os01g62410-DX与水稻Osmyb3和Osmyb4编码的蛋白位于邻近分支上,亲缘关系最近。进一步利用农杆菌介导转基因方法,获得转入LOC_Os01g62410-DX基因的37株阳性转基因植株,为深入研究东乡野生稻LOC_Os01g62410-DX基因在低温胁迫条件下的作用机制奠定材料基础。 展开更多
关键词 东乡野生稻 冷胁迫 转录 实时荧光定量 MYB转录因子
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干旱胁迫和复水处理下玉米差异表达转录因子基因分析
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作者 张鹏钰 王国瑞 +4 位作者 曹丽茹 袁珍 库丽霞 王同朝 卫丽 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期211-222,共12页
干旱是影响作物高产稳产的主要限制性因素,转录因子(transcription factor, TF)在植物对干旱胁迫的响应中起着至关重要的作用。本研究利用20%PEG6000在玉米(Zea mays)苗期模拟干旱胁迫处理60、96 h和复水3 d时,利用转录组测序(RNA-seque... 干旱是影响作物高产稳产的主要限制性因素,转录因子(transcription factor, TF)在植物对干旱胁迫的响应中起着至关重要的作用。本研究利用20%PEG6000在玉米(Zea mays)苗期模拟干旱胁迫处理60、96 h和复水3 d时,利用转录组测序(RNA-sequence, RNA-seq)技术,对转录因子基因的表达变化进行分析。结果显示,转录组测序总共检测到56类转录因子家族,共计2 270个转录因子基因,差异表达的转录因子基因有556个,占总数的24.49%。与对照相比,干旱胁迫处理96 h,差异表达转录因子基因数目最少;复水3 d时,差异表达转录因子基因数目最多,且主要呈现下调表达趋势。差异表达转录因子基因数目较多的家族有碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix, b HLH)、C2H2、乙烯反应元件结合蛋白(ethylene responsive factor, ERF)、禽成髓细胞性白血病病毒癌基因同源物(v-avian myeloblastosis viral oncogene homolog, MYB)、NAC和WRKY。由差异表达转录因子基因维恩图分析可知,共有37个转录因子基因在干旱胁迫及复水处理3个时间点均差异表达,分布于15个转录因子家族,其中WRKY家族数目最多。本研究结果可为进一步探讨玉米对旱胁迫转录因子家族的分子响应机制提供理论依据。 展开更多
关键词 玉米 干旱胁迫 复水 转录 转录因子(TF)
转录组与代谢组联合解析红花槭叶片中花青素苷变化机制 预览
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作者 陆小雨 陈竹 +2 位作者 唐菲 傅松玲 任杰 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第1期38-54,共17页
【目的】红花槭秋彩叶的形成,与叶片中花青素苷的含量密切相关。本文旨在揭示红花槭中花青素苷的生物合成机理,为其叶色的定向改良提供理论依据。【方法】为解析花青素代谢物积累和基因表达水平的变化,以转色期同时具有绿叶、红叶和黄... 【目的】红花槭秋彩叶的形成,与叶片中花青素苷的含量密切相关。本文旨在揭示红花槭中花青素苷的生物合成机理,为其叶色的定向改良提供理论依据。【方法】为解析花青素代谢物积累和基因表达水平的变化,以转色期同时具有绿叶、红叶和黄叶的红花槭特殊单株为材料,用超高效液相色谱串联质谱和高通量RNA测序的方法分别进行代谢组和转录组分析。【结果】1)在红叶-绿叶、黄叶-绿叶、红叶-黄叶3个比较组中,代谢组正离子模式下分别检测出1377、1793、1098个差异积累代谢物,负离子模式下分别检测出789、699、6778个差异积累代谢物:红叶与绿叶相比,矢车菊素苷衍生物、天竺葵素苷元和飞燕草素苷元及其衍生物含量大幅上升;黄叶与绿叶相比,矢车菊素苷衍生物、飞燕草素苷及其衍生物含量增加,而天竺葵素苷及其衍生物减少。2)3个比较组中,转录组测序分别检测出28536、43017、27110个差异表达基因:红叶与绿叶相比,花青素苷合成通路中89.5%的基因表达量增加;黄叶与绿叶相比,花青素苷合成通路中66.7%的基因表达量增加。3)红花槭花青素苷的生物合成中,有29个差异积累的相关代谢物和48个差异表达基因。4)差异代谢物和基因的网络互作分析显示,ANR和LAR基因正向调节类黄酮产物而逆向调节花青素苷衍生物,ANS和UFGT基因正向调节花青素苷衍生物而逆向调节类黄酮产物。【结论】当红花槭叶片秋季变色时,花青素苷通路中大量基因的表达量上调,同时矢车菊素-3-(6″-乙酰半乳糖苷)和矢车菊素-3-阿拉伯糖苷含量大幅上升,此为红花槭叶片变色的主要驱动因子。 展开更多
关键词 红花槭 花青素苷 叶色 代谢 转录
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利用WGCNA鉴定玉米株高和穗位高基因共表达模块 预览
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作者 马娟 曹言勇 +4 位作者 王利锋 李晶晶 王浩 范艳萍 李会勇 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期385-394,共10页
株高和穗位高是玉米株型的重要影响因子,与产量性状紧密相关。加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)是探索基因网络与特定性状间关联关系的重要方法,为株高和穗位高相关基因的挖掘提供新途径。... 株高和穗位高是玉米株型的重要影响因子,与产量性状紧密相关。加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)是探索基因网络与特定性状间关联关系的重要方法,为株高和穗位高相关基因的挖掘提供新途径。本研究利用郑58、掖478、昌7-2和黄早四及其组配的杂交种郑单958、安玉5号、郑58/黄早四和掖478/黄早四,结合其在45,000株hm–2和67,500株hm–2条件下的转录组数据,采用WGCNA构建了2种密度条件下的共表达网络,分别得到24个和21个共表达模块,并鉴定到与株高和穗位高显著且高度相关(相关系数的绝对值>0.50)的共表达模块15个,其中两性状相同的模块共6个。基因功能富集分析结果表明,株高和穗位高共表达模块主要参与生长发育、光合作用、响应光刺激、植物激素、碳水化合物合成/代谢等重要活动。根据模块内基因的连接度,发现乙烯响应因子EREB14、硫胺素酶TENA2、磷酸甘油酸激酶PGK、谷胱甘肽转移酶GST2和琥珀酸脱氢酶SUDH7等是模块内的核心基因。通过构建其局部网络,发现EREB14与已报道株高基因D8、DWF1和ZmGRF10以及C3H转录因子C3H35、C2C2-GATA转录因子GATA4和乙烯受体同源子ETR40等存在关联关系。此外,已报道株高基因An1和GA20ox3也存在于共表达模块中。以这5个已报道株高基因为核心,构建其基因网路,发现生长素转录因子ARFTF7、ARFTF26、GST39、光合系统II氧进化多肽PspB2和光合系统I N亚基PasN1等与其存在关联。15个共表达模块和核心基因的挖掘以及基因生物学功能和互作网络的解析有助于揭示玉米株高和穗位高的遗传基础。 展开更多
关键词 玉米 加权基因共表达网络 转录 株高 穗位高
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转录组在植物抗盐育种中的应用
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作者 刘佳月 李永宏 王照兰 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期125-133,共9页
盐胁迫是影响植物种子萌发、生长发育以及开花结实的主要非生物胁迫之一,能够导致农业生产力降低甚至造成植物死亡。植物在盐胁迫下的响应策略一直是抗盐分子机制的研究热点。转录组不仅可以更好地研究植物盐胁迫条件下的基因结构和基... 盐胁迫是影响植物种子萌发、生长发育以及开花结实的主要非生物胁迫之一,能够导致农业生产力降低甚至造成植物死亡。植物在盐胁迫下的响应策略一直是抗盐分子机制的研究热点。转录组不仅可以更好地研究植物盐胁迫条件下的基因结构和基因功能,而且能发掘抗盐基因。目前,基于转录组技术的种质资源鉴定及精确育种已广泛地应用于植物抗盐育种研究工作中。本综述总结了转录组技术在植物抗盐育种上的应用,浅谈不同植物材料对盐胁迫的响应,为植物抗盐育种提供理论基础。 展开更多
关键词 植物 抗盐 转录
川产道地药材花椒转录组及品质相关性探讨
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作者 华桦 严志祥 +5 位作者 田韦韦 刘俐 孙洪兵 周先建 鄢良春 赵军宁 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期732-738,共7页
花椒系芸香科植物花椒Zanthoxylum bungeanum或青椒Z.schinifolium的干燥成熟果皮,为著名的川产道地药材,尤以四川汉源、茂县、九龙等地区栽培的"大红袍"享誉海内外,但有关川产花椒"道地性"的遗传学基础研究较为薄... 花椒系芸香科植物花椒Zanthoxylum bungeanum或青椒Z.schinifolium的干燥成熟果皮,为著名的川产道地药材,尤以四川汉源、茂县、九龙等地区栽培的"大红袍"享誉海内外,但有关川产花椒"道地性"的遗传学基础研究较为薄弱。该文将四川省(汉源县、九龙县、理县、茂县)与甘肃武都、陕西凤县共6个产地的花椒进行转录组分析,Trinity组装后得到177616条unigene,通过与KEGG,NR,SwissProt,Trembl,KOG/COG,GO,Pfam数据库比对,最终获得106644条有注释信息的unigene;川产与其他产区的花椒果实中共4574个差异基因,3740个基因上调表达,834个基因下调表达,其中,27个上调基因与萜类化合物相关,8个上调基因与异喹啉类生物碱生物合成相关,不同产地花椒样本间差异表达基因的富集比较显示不同产地样本间存在明显差异;KEGG通路分析表明,川产与其他产区的花椒果实及叶片中的差异信号都主要集中在植物病原交互、植物激素信号转导、苯丙烷代谢等通路,而异黄酮合成通路、甜菜素合成通路在果实和叶片中有明显差异。该研究为后续比较不同产地的花椒品质差异与基因表达差异间的关系奠定了基础。 展开更多
关键词 川产道地药材 花椒 转录 品质
金定鸭卵巢组织转录组SNPs和可变剪接分析
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作者 朱志明 缪中纬 +5 位作者 章琳俐 李丽 辛清武 林顺东 郑嫩珠 黄勤楼 《中国家禽》 北大核心 2020年第2期11-16,共6页
为分析不同产蛋期金定鸭卵巢组织的SNPs和可变剪接,试验选取开产期和产蛋高峰期金定鸭各3只,对其卵巢转录组进行测序,得到299927852条高质量序列(Clean reads)。对筛选的SNPs进行了功能统计、位点区域统计和影响统计。功能统计结果显示... 为分析不同产蛋期金定鸭卵巢组织的SNPs和可变剪接,试验选取开产期和产蛋高峰期金定鸭各3只,对其卵巢转录组进行测序,得到299927852条高质量序列(Clean reads)。对筛选的SNPs进行了功能统计、位点区域统计和影响统计。功能统计结果显示,开产期共获得错义突变71276个、无义突变153个、同义突变共287148个,产蛋高峰期共获得错义突变65620个、无义突变138个、同义突变共269749个;位点区域统计结果显示,开产期外显子区域共获得401030个SNPs、内含子区域共242685个SNPs,产蛋高峰期外显子区域共获得362557个SNPs、内含子区域共219548个SNPs。影响统计结果显示,开产期共获得3141个危害程度高的SNPs,294815个危害程度低的SNPs和72772个危害程度中等的SNPs。高产期共获得2583个危害程度高的SNPs,276568个危害程度低的SNPs和67024个危害程度中等的SNPs。对开产期与产蛋高峰期进行可变剪接(AS)分类及差异AS分析。结果表明,SE事件最多涉及到15419个基因,MXE涉及到1601个基因,A5SS涉及到1211个基因,A3SS涉及到1740个基因,RI涉及到653个基因。进一步对差异AS进行显著性分析,开产期与产蛋高峰期显著差异的SE有1085个基因,MXE有219个,A5SS有199个,A3SS有288个,RI有136个。研究结果为进一步完善蛋鸭的基因组信息提供基础数据。 展开更多
关键词 转录 金定鸭 卵巢 SNPS 可变剪接
多花黄精转录组SSR位点分析及分子标记开发
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作者 陈友吾 廖荣俊 +4 位作者 叶碧欢 宋其岩 杨阳 李楠 李海波 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期182-189,共8页
目的基于转录组测序数据鉴别和分析多花黄精EST-SSR位点,开发可用于多花黄精种质资源评价与利用的SSR标记。方法利用MISA工具从多花黄精转录组126544条Unigenes中鉴定SSR位点并进行分析;利用Primer 3.0设计SSR引物,随机选择50对SSR引物... 目的基于转录组测序数据鉴别和分析多花黄精EST-SSR位点,开发可用于多花黄精种质资源评价与利用的SSR标记。方法利用MISA工具从多花黄精转录组126544条Unigenes中鉴定SSR位点并进行分析;利用Primer 3.0设计SSR引物,随机选择50对SSR引物进行有效性验证。结果从9982条Unigenes中鉴定出12317个包含2~6个核苷酸重复类型的SSR位点,SSR的分布频率为9.73%,发生频率为1/5.91 kb;SSR位点中的主导类型是二核苷酸重复,占总SSR的53.14%,其次是三核苷酸重复,占33.31%。SSR引物的有效性筛选显示,50个SSR引物对中有29个(58%)可从多花黄精中扩增出预期大小的SSR条带。SSR荧光标记的毛细管电泳检测显示在多花黄精的7个SSR位点共鉴定出了9种基因型,进一步验证了SSR引物的有效性。结论多花黄精转录组SSR位点出现频率高,重复类型丰富,多态性较高,这将为多花黄精遗传多样性分析和遗传图谱构建提供大量有价值的候选标记,也可为黄精属内种间物种的分子鉴别、多花黄精优良品种的分子辅助育种提供技术手段。 展开更多
关键词 多花黄精 转录 EST-SSR 分子标记 多态性
发情期和乏情期哈萨克羊垂体差异表达基因筛选及功能预测
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作者 冯琳 李村院 +4 位作者 李晓悦 徐越仁 全仁哲 倪伟 胡圣伟 《畜牧与兽医》 北大核心 2020年第1期5-10,共6页
垂体是哺乳动物重要的内分泌器官之一,主要通过调控激素合成来调节动物发情。为了研究绵羊垂体系统在发情状态和乏情状态之间的基因表达差异,本研究使用RNA-seq技术分析了发情期和乏情期哈萨克羊垂体前叶的转录组数据。通过比较转录组... 垂体是哺乳动物重要的内分泌器官之一,主要通过调控激素合成来调节动物发情。为了研究绵羊垂体系统在发情状态和乏情状态之间的基因表达差异,本研究使用RNA-seq技术分析了发情期和乏情期哈萨克羊垂体前叶的转录组数据。通过比较转录组数据发现:在发情期和乏情期的哈萨克羊垂体中共筛选出了3 211个差异表达的基因,其中包含298个上调的和2 913个下调的基因。利用GO和KEGG富集分析这些差异表达的基因发现:它们被显著地富集在卵母细胞减数分裂和孕酮介导的卵母细胞成熟等调控发情的信号通路上,提示这些基因在调控哈萨克羊发情状态中发挥着不可或缺的作用。本研究丰富了绵羊的转录组资源,为今后深入研究绵羊季节发情机制、提高绵羊繁殖率打下了良好的基础。 展开更多
关键词 绵羊 垂体 转录 发情期 乏情期
花生幼苗响应低温胁迫的转录组分析 预览
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作者 张鹤 史晓龙 +4 位作者 任婧瑶 董佳乐 赵新华 蒋春姬 于海秋 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期96-104,共9页
低温冷害是限制我国东北地区花生产量和品质提升的主要环境因素,鉴定花生耐寒的关键功能基因,并揭示其调控机制是创制耐寒花生种质,提高花生耐冷性的重要途径之一。以耐寒型花生品种农花5号为试验材料,对6℃低温胁迫下的花生叶片进行RNA... 低温冷害是限制我国东北地区花生产量和品质提升的主要环境因素,鉴定花生耐寒的关键功能基因,并揭示其调控机制是创制耐寒花生种质,提高花生耐冷性的重要途径之一。以耐寒型花生品种农花5号为试验材料,对6℃低温胁迫下的花生叶片进行RNA-Seq转录组测序分析。结果表明:与对照相比,共有3910个基因持续差异表达;GO功能注释将差异表达基因富集到43个功能组,其中生物学过程中的代谢过程富集到的基因数目最多;KEGG代谢通路分析将持续差异表达基因富集到116个代谢通路中,其中植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢、植物-病原菌互作、植物昼夜节律和α-亚麻酸代谢途径富集到的基因数目最多,且大部分为上调表达,在低温胁迫中具有重要作用。从转录组数据库中随机挑选6个差异表达基因进行qRT-PCR验证,其表达趋势与高通量测序结果相一致,证明了转录组数据的可靠性。研究结果将为揭示花生响应低温胁迫的分子机制提供理论依据。 展开更多
关键词 花生 低温胁迫 基因表达 转录
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基于瓠瓜转录组测序的EST-SSR标记的开发及其应用 预览
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作者 许端祥 杜文丽 +3 位作者 陈中钐 赵瑞丽 徐同伟 高山 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第3期529-537,共9页
为丰富瓠瓜分子标记库、开发瓠瓜SSR标记、寻找有效的瓠瓜种质资源鉴定方法,利用MISA软件对瓠瓜转录组测序获得的87 518条unigene序列进行筛选,共检测出11 029个SSR位点,发生频率为9.85%,分布距离为平均每8.3 kb有1个SSR位点。其中只包... 为丰富瓠瓜分子标记库、开发瓠瓜SSR标记、寻找有效的瓠瓜种质资源鉴定方法,利用MISA软件对瓠瓜转录组测序获得的87 518条unigene序列进行筛选,共检测出11 029个SSR位点,发生频率为9.85%,分布距离为平均每8.3 kb有1个SSR位点。其中只包含1个SSR位点的unigene序列有6759条,其发生频率为7.72%;有1858条unigene序列含有2个及2个以上的SSR位点,发生频率为2.123%;有920条unigene序列属于混合形式的SSR标记,频率为1.051%。瓠瓜转录组中优势重复基序为单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点的55.51%、25.41%和17.07%。A/T、AG/CT和AAG/CTT分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占总SSR重复类型的98.22%、55.39%和39.86%。用Primer 3.0共设计出8617对SSR引物,利用6对条带清晰、多态性稳定的SSR引物构建了36个品种的指纹图谱,部分位点具有高度的一致性,说明基因来源范围较小。聚类分析显示,在相似系数为0.68时将36个瓠瓜品种分为6类。其表明我国瓠瓜品种资源遗传多样性非常狭窄,利用现有瓠瓜资源开展品种选育潜力有限,应加强对野生特异种质的引进与发掘利用。利用瓠瓜转录组数据进行SSR标记开发,获得的SSR位点能为其遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更丰富可靠的标记选择。 展开更多
关键词 瓠瓜 转录 EST-SSR 指纹图谱 遗传多样性
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基于转录组分析铜绿假单胞菌DN1降解荧蒽特性
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作者 李艳鹏 田越欣 +1 位作者 郝志丹 马艳玲 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期54-65,共12页
[背景]铜绿假单胞菌DN1是一株从石油污染土壤中分离筛选到的具有广谱降解功能的菌株。[目的]深入了解荧蒽胁迫条件下铜绿假单胞菌DN1降解污染物过程中重要的降解相关基因信息。[方法]通过高通量测序技术对铜绿假单胞菌DN1进行转录组测序... [背景]铜绿假单胞菌DN1是一株从石油污染土壤中分离筛选到的具有广谱降解功能的菌株。[目的]深入了解荧蒽胁迫条件下铜绿假单胞菌DN1降解污染物过程中重要的降解相关基因信息。[方法]通过高通量测序技术对铜绿假单胞菌DN1进行转录组测序,对其所有的转录本进行KEGG (kyoto encyclopedia of genes and genomes)分类和Pathway注释、GO (gene ontology)分类和富集分析。[结果]转录组测序显示:与对照组相比,荧蒽诱导组检测到6 189个基因,其中1 919个基因上调表达,1 603个基因下调表达。KEGG注释分析显示差异上调表达基因匹配到了112个KEGG代谢途径,注释到"代谢途径"的1 408个基因(约占总差异基因的73.4%)中有317个基因参与了碳氢化合物代谢及含有苯环结构的异源生物质的生物降解,占"代谢途径"的16.53%,暗示了菌株DN1降解荧蒽可能与这些途径有密切关系。另外,主要代谢途径中的差异表达基因主要集中在ABC转运系统、氨基酸生物合成、双组分系统及碳代谢,这些途径大多数参与了底物的识别转运、信号转导及基因表达调控。[结论]进一步拓展了铜绿假单胞菌DN1在荧蒽胁迫条件下的代谢途径和逆境反应,也为微生物修复环境污染物研究夯实了理论基础。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌DN1 转录 荧蒽 降解 基因表达
养殖施氏鲟的性腺转录组特征分析 预览
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作者 李营 阮瑞 +4 位作者 艾成 岳华梅 叶欢 杜浩 李创举 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期310-318,共9页
鲟是目前世界上最古老的软骨硬鳞鱼类之一,雌雄个体之间无明显的第二性征。为了解人工养殖下鲟性腺发育的分子特征,研究以人工养殖2龄施氏鲟(Acipenser schrenckii Brandt)为研究对象,对其精巢与卵巢进行转录组测序分析。结果发现,雌雄... 鲟是目前世界上最古老的软骨硬鳞鱼类之一,雌雄个体之间无明显的第二性征。为了解人工养殖下鲟性腺发育的分子特征,研究以人工养殖2龄施氏鲟(Acipenser schrenckii Brandt)为研究对象,对其精巢与卵巢进行转录组测序分析。结果发现,雌雄性腺中共有19690个差异表达基因转录本,其中与性别分化相关基因包括转录因子Dmrt1、Sox9、Foxl2等和生长转化因子Amh、Bmp15、Gdf9等。另外,通过差异表达基因KEGG代谢通路富集分析发现了4条与卵巢发育相关的通路,分别为黄体酮介导的卵母细胞成熟、卵母细胞减数分裂、卵巢类固醇合成、促性腺激素释放激素信号通路。其中,卵巢类固醇合成通路中18个差异表达基因的表达模式暗示了2龄施氏鲟限制卵巢雌激素的合成,但精巢中雄激素的合成未受影响。研究结果为研究鲟性腺分化和发育机制以及今后在mRNA表达水平上鉴定鲟性别提供了基础。 展开更多
关键词 施氏鲟 转录 性腺发育 卵巢类固醇合成
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基于转录组测序的大熊猫多态性微卫星标记筛选 预览
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作者 涂洪梅 周闯 +3 位作者 王冠楠 成美玲 岳碧松 孟杨 《四川动物》 北大核心 2020年第1期15-22,共8页
结合已公布的大熊猫Ailuropoda melanoleuca基因组和本实验室所测6只大熊猫的转录组数据,筛选多态性微卫星位点并分析其组成及特征。结果显示:共获得326个多态性微卫星位点,其中二碱基多态性微卫星最多,共228个,占69.93%;三、四、五、... 结合已公布的大熊猫Ailuropoda melanoleuca基因组和本实验室所测6只大熊猫的转录组数据,筛选多态性微卫星位点并分析其组成及特征。结果显示:共获得326个多态性微卫星位点,其中二碱基多态性微卫星最多,共228个,占69.93%;三、四、五、六碱基所占比例分别为9.51%、14.11%、5.21%、1.22%。根据分析结果中缺失率与标准差2项指标以及位点序列长度,选取20个多态性二碱基微卫星位点,用于25只大熊猫个体血液DNA进行PCR验证并做后续分析。结果表明:不同位点的等位基因数为2~8,平均等位基因数为3.70,观测杂合度、期望杂合度分别为0~1.000、0.280~0.784,平均值分别为0.472和0.532。在Bonferroni校正后,证实4个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,所有位点未观察到显著连锁不平衡(P>0.01)。20个位点多态信息含量(PIC)在0.246~0.734,其中具有高度多态性的位点9个(PIC>0.50),11个位点呈中度多态性(0.25<PIC<0.50)。本研究筛选的微卫星位点有助于评估大熊猫的遗传多样性和种群结构,并制定有效的保护和管理策略。该方法也可为后续开发更多优良微卫星位点用于大熊猫种群遗传学研究提供资源。 展开更多
关键词 大熊猫 基因 转录 多态性 微卫星标记
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基于高通量测序的山羊卵巢基质、卵泡转录组分析 预览
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作者 陆婷婷 邹娴 +6 位作者 杨镇玮 雷放 陈奕业 柳广斌 孙宝丽 刘德武 李耀坤 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期23-32,共10页
【目的】比较山羊Capra hircus卵巢基质、大卵泡和小卵泡间的mRNA表达图谱,为探究卵泡发育机制提供一定的研究基础。【方法】采用高通量测序技术对发情期川中黑山羊的卵巢基质、大卵泡和小卵泡进行转录组测序,利用生物信息学方法检测mRN... 【目的】比较山羊Capra hircus卵巢基质、大卵泡和小卵泡间的mRNA表达图谱,为探究卵泡发育机制提供一定的研究基础。【方法】采用高通量测序技术对发情期川中黑山羊的卵巢基质、大卵泡和小卵泡进行转录组测序,利用生物信息学方法检测mRNA表达谱,筛选差异基因,对其进行GO和KEGG通路分析,最后随机抽取5个差异基因进行荧光定量PCR验证。【结果】卵巢基质vs大卵泡、卵巢基质vs小卵泡和小卵泡vs大卵泡的差异表达基因分别为524、180和403个。筛选出INHA、TNFRSF19等15个与卵泡发育相关的基因,其主要富集在内质网蛋白质加工、类固醇生物合成、卵母细胞减数分裂等信号通路。通过qRT-PCR验证,定量结果与测序结果基本一致。【结论】川中黑山羊卵巢基质、大卵泡和小卵泡的基因表达模式不同,小卵泡与卵巢基质的基因表达模式更相近。 展开更多
关键词 山羊 卵巢基质 卵泡 转录 高通量测序
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基于转录组测序的槜李EST-SSR标记开发
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作者 李军 李白 +1 位作者 李斌 陆其华 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期200-207,共8页
为开发槜李EST-SSR标记,本研究利用MISA软件筛选了槜李花转录组测序获得的35584条Unigenes,对其SSR信息进行分析后,利用Primer Premier 3.0软件设计EST-SSR引物,并随机选取40对SSR引物对12个李品种进行EST-SSR引物筛选及多态性分析。结... 为开发槜李EST-SSR标记,本研究利用MISA软件筛选了槜李花转录组测序获得的35584条Unigenes,对其SSR信息进行分析后,利用Primer Premier 3.0软件设计EST-SSR引物,并随机选取40对SSR引物对12个李品种进行EST-SSR引物筛选及多态性分析。结果发现,在槜李花转录组中共搜索到个10791个SSR位点,分布于8433条Unigenes,SSR发生频率为23.70%,平均每3.71 kb含有1个SSR;SSR重复基元中二核苷酸重复出现频率最高,占总SSR数量的52.98%,其次为三核苷酸重复(占24.00%)和单核苷酸重复(占20.95%);二核苷酸重复基元以AG/CT为主(85.95%),三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主(31.24%)。利用Primer Premier 3.0软件共设计出9870对候选引物,随机选择40对引物对12个李品种进行SSR引物筛选及多态性分析。40对引物均能扩增出预期大小的条带,有效扩增效率为100%,40对引物中有5对引物在12个李品种中表现出多态性。本研究开发的EST-SSR标记可为李属植物遗传多样性分析提供丰富的候选标记,同时可为槜李发育相关功能基因定位、遗传图谱构建、及分子标记辅助育种等研究提供帮助。 展开更多
关键词 槜李(Prunus salicina) 转录 EST-SSR
醋酸菌对高产酯酿酒酵母酒精发酵及酯醇代谢的影响 预览
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作者 张华东 郭学武 肖冬光 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期36-42,共7页
将白酒生产中常见的1株醋酸菌(巴氏醋杆菌Acetobacter pasteurianus)与高产酯酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)进行混合发酵,研究醋酸菌对高产酯酿酒酵母酒精发酵及酯醇代谢的影响。保持高产酯酿酒酵母的接种量不变,向高粱汁培养基... 将白酒生产中常见的1株醋酸菌(巴氏醋杆菌Acetobacter pasteurianus)与高产酯酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)进行混合发酵,研究醋酸菌对高产酯酿酒酵母酒精发酵及酯醇代谢的影响。保持高产酯酿酒酵母的接种量不变,向高粱汁培养基内添加不同浓度的醋酸菌菌悬液、醋酸菌发酵上清液,结果发现:醋酸菌菌悬液的添加量对高产酯酿酒酵母酒精发酵及酯醇代谢的影响不大。随着培养基内醋酸质量浓度的增加(0~6 g/L),高产酯酿酒酵母乙酸酯和高级醇产量逐渐降低,乙酸酯最多下降60%,高级醇最多下降50%,酒精发酵没有受到影响;当醋酸质量浓度为8 g/L时,高产酯酿酒酵母酒精发酵及酯醇代谢受到严重抑制,乙醇产量下降85%。在培养基初始醋酸质量浓度为6 g/L时,高产酯酿酒酵母共有394个基因转录水平上调,282个下调,这些差异基因主要富集在细胞膜的组成,其中高产酯酿酒酵母的次生代谢产物合成、碳代谢、三羧酸循环(tricarboxylic acid cycle,TCA)、氨基酸生物合成、糖酵解、氧化磷酸化、丙酮酸代谢等多条代谢途径受到影响。 展开更多
关键词 醋酸菌 酿酒酵母 乙酸酯 高级醇 转录
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基于桑葚转录组测序的SSR位点分析
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作者 王晖 谢岩 +4 位作者 孙志超 高玉军 张东豪 宋永学 高妍夏 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期208-215,共8页
采用转录组测序技术对三个时期的桑葚进行转录组测序,建立桑葚的EST数据库。基于生物信息学方法分析桑葚转录组数据库的简单重复序列位点。从51895条Unigenes中共检索出23641条Unigenes含有44867个简单重复序列位点,共计252种基序类型... 采用转录组测序技术对三个时期的桑葚进行转录组测序,建立桑葚的EST数据库。基于生物信息学方法分析桑葚转录组数据库的简单重复序列位点。从51895条Unigenes中共检索出23641条Unigenes含有44867个简单重复序列位点,共计252种基序类型。在所有基序类型中,以A/T与AT/AT型出现次数最多。单核苷酸基序类型与二核苷酸基序类型出现频率最高,共计75.69%。基序长度以10~20 bp为主,重复次数集中5~18次。设计27149对引物,随机选择20对引物,通过PCR验证,在4个桑树品种中展现出良好的重现性与通用性。桑葚转录组SSR位点类型丰富,具备开发出适宜于果桑选育的分子标记的潜力。 展开更多
关键词 桑葚(Morus ALBA L.) 转录 简单重复序列位点
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