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prtR严紧调控的分子基础及对绿脓杆菌素表达的影响 被引量:1
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作者 孙子羽 满都拉 +1 位作者 陈忠军 吴卫辉 《生物技术》 2018年第4期361-365,共5页
[目的]阐明铜绿假单胞菌prtR严紧调控的分子基础及对绿脓杆菌素表达的影响。[方法]通过5'RACE确定prtR和ptrB的转录起始位点;通过RT-PCR的方法研究prtR的相对表达水平和对绿脓杆菌素表达的影响。[结果]prtR和ptrB的转录起始位点分别位... [目的]阐明铜绿假单胞菌prtR严紧调控的分子基础及对绿脓杆菌素表达的影响。[方法]通过5'RACE确定prtR和ptrB的转录起始位点;通过RT-PCR的方法研究prtR的相对表达水平和对绿脓杆菌素表达的影响。[结果]prtR和ptrB的转录起始位点分别位于已预测的结构基因上游-1 bp和-322 bp;另外,PrtR除了通过抑制prtN来抑制绿脓杆菌素的表达之外,它的本底水平的表达对绿脓杆菌素还有一个间接或直接的抑制作用。[结论]造成prtR极低表达水平的原因,除自我抑制外,还存在ptrB对其的转录竞争抑制。此外,prtR独立对绿脓杆菌素的表达有抑制作用。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 prtR 转录起始位点 调控 绿脓杆菌素
家蚕滞育关联山梨醇脱氢酶基因的启动子活性分析 预览
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作者 朱娟 谢雨辰 +3 位作者 陈艳荣 唐顺明 易咏竹 沈兴家 《昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期391-397,共7页
【目的】明确家蚕Bombyx mori滞育关联基因山梨醇脱氢酶基因BmSDH(BmSDH-1,BmSDH-2a和BmSDH-2b)的转录特性。【方法】用5'RACE技术确定家蚕3个BmSDH基因的转录起始位点。利用PCR技术克隆3个BmSDH基因约1 kb及BmSDH-2a不同长度的启动... 【目的】明确家蚕Bombyx mori滞育关联基因山梨醇脱氢酶基因BmSDH(BmSDH-1,BmSDH-2a和BmSDH-2b)的转录特性。【方法】用5'RACE技术确定家蚕3个BmSDH基因的转录起始位点。利用PCR技术克隆3个BmSDH基因约1 kb及BmSDH-2a不同长度的启动子区序列,分别构建带有萤火虫荧光素酶报告基因的载体pGL3-BmSDH-P-luc,并与pRL-CMV报告质粒(含海肾荧光素酶报告基因)共转染家蚕BmN细胞,通过双荧光素酶检测系统检测BmSDH基因启动子活性;分别在BmN细胞培养基中添加昆虫保幼激素、蜕皮激素和滞育激素,通过双荧光素酶检测系统检测不同浓度激素处理对BmSDH-2a基因启动子活性的影响。【结果】BmSDH-1的转录起始位点为A(-41),BmSDH-2a的转录起始位点为C(-41),BmSDH-2b的转录起始位点为A(-40)(翻译起始位点为+1)。双荧光素酶检测结果表明,BmSDH-2a启动子活性极显著高于BmSDH-1和BmSDH-2b启动子,BmSDH-2a 355 bp长度片段的启动子活性极显著高于674 bp和1 117 bp长度片段。用不同浓度滞育激素处理BmN细胞后,BmSDH-2a的1 117 bp启动子活性随着滞育激素浓度的升高有上升的趋势,当浓度高于100 ng/mL时启动子活性有所降低但仍保持在较高水平;用保幼激素进行处理后,随着激素浓度的升高启动子活性逐渐降低;蜕皮激素处理后,0.1 ng/mL激素显著增强启动子活性,当激素浓度继续升高启动子活性逐渐降低。【结论】确定了BmSDH基因的转录起始位点。BmSDH-2a启动子活性显著高于BmSDH-1和BmSDH-2b启动子,一定浓度的蜕皮激素能显著提高BmSDH-2a启动子活性。研究结果有助于阐明BmSDH基因在家蚕滞育中的功能。 展开更多
关键词 家蚕 启动子 山梨醇脱氢酶 滞育 转录起始位点 表达调控
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人SAMHD1基因核心启动子区域的初步鉴定和分析 预览
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作者 张栋 李苗苗 +4 位作者 董阳 刘星赟 应松成 方圣云 沈玉先 《安徽医科大学学报》 北大核心 2017年第11期1592-1596,共5页
目的鉴定人不育-α-基序结构域和组氨酸/天冬氨酸残基双联体结构域包涵蛋白1(SAMHD1)基因的核心启动子区域,研究SAMHD1的转录调控机制。方法从Hep G2细胞中提取基因组DNA,PCR扩增SAMHD1基因翻译起始位点上游937、667、553、399 bp片... 目的鉴定人不育-α-基序结构域和组氨酸/天冬氨酸残基双联体结构域包涵蛋白1(SAMHD1)基因的核心启动子区域,研究SAMHD1的转录调控机制。方法从Hep G2细胞中提取基因组DNA,PCR扩增SAMHD1基因翻译起始位点上游937、667、553、399 bp片段。将扩增出的4个片段连入p MD19-T载体,双酶切鉴定后将DNA条带切胶回收,再连入p GL3-Basic载体中,双酶切及DNA测序鉴定。将包含有4个片段的荧光素酶表达载体与pRL-TK共转染Hep G2细胞,荧光素酶报告基因活性检测并分析4个片段的启动子活性。5'RACE鉴定SAMHD1在Hep G2细胞中的转录起始位点。结果电泳结果显示已经从Hep G细胞中提取出基因组DNA。PCR扩增后电泳结果显示已经扩增出937、667、553、399 bp片段。双酶切后电泳结果显示成功将扩增出的4个片段连入p MD19-T载体。双酶切及DNA测序鉴定已成功构建荧光素酶表达载体p GL3-937、p GL3-667、p GL3-553和p GL3-399。荧光素酶报告基因活性检测显示SAMHD1核心启动子区域位于0~-399区域(ATG前一个碱基为-1)。5'RACE结果显示SAMHD1在Hep G2细胞中转录起始位点位于-101。结论 SAMHD1的核心启动子位于翻译起始位点上游-101~-399区域,为深入研究肝细胞中SAMHD1转录调控机制奠定了基础。 展开更多
关键词 SAMHD1 核心启动子 转录起始位点 转录调控
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Cloning and Functional Analysis of Xylem Specific Promoter Deletion Fragment 预览
4
作者 Yajing LUO Liang WANG +1 位作者 Kejiu DU Shuang ZHANG 《农业生物技术:英文版》 CAS 2016年第6期1-3,9共4页
Xylem-specific promoter could regulate efficient expression of foreign genes in xylem. Deletion analysis method was applied to obtain 5' deletion promoter fragments MU2 andM U4 with different distances from transc... Xylem-specific promoter could regulate efficient expression of foreign genes in xylem. Deletion analysis method was applied to obtain 5' deletion promoter fragments MU2 andM U4 with different distances from transcription start site of xylem-specific promoter MDCesA P through PCR procedure. Then CaM V35 S promoter in plant expression vector pB I121 was replaced by amplified fragments. The recombinant plasmids fused with corresponding gene segments and GUS reporter gene were obtained and transformed into Agrobacterium. The results of the tobacco transient transformation test showed that MU2 andM U4 had the promoter function,and both of their activity were significantly higher than that of CaM V35 S promoter,and they had the characteristics of xylem tissue specificity as well. Research on xylem-specific promoter structure and function could lay a foundation for the determination of necessary components to the xylem tissue specificity and cis-acting elements with induction activity,so as to enable the regulation of efficient expression of exogenous genes in specific time and specific tissues in plants through these cis-acting elements. 展开更多
关键词 特异启动子 木质部 CaMV35S启动子 植物表达载体 顺式作用元件 组织特异性 克隆 转录起始位点
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菠萝AcSERK1启动子的转录起始位点及胚性细胞特异性鉴定 被引量:1
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作者 栾爱萍 何业华 +5 位作者 林文秋 陈程杰 冯筠庭 谢桃 龚雪 夏靖娴 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期2251-2256,共6页
AcSERK1是菠萝(Ananas comosus)体细胞胚发生初期特异表达的基因,为探讨其转录调控规律,对其5′上游调控序列的转录起始位点及启动特性进行了鉴定。采用hiTAIL-PCR技术从菠萝基因组DNA中克隆了AcSERK1完整的5′上游调控序列,利用5′R... AcSERK1是菠萝(Ananas comosus)体细胞胚发生初期特异表达的基因,为探讨其转录调控规律,对其5′上游调控序列的转录起始位点及启动特性进行了鉴定。采用hiTAIL-PCR技术从菠萝基因组DNA中克隆了AcSERK1完整的5′上游调控序列,利用5′RACE技术鉴定出其转录起始位点位于起始密码子(ATG)上游258 nt(G)处。以AcSERK1 5′上游完整调控序列取代pBI121中的CaMV 35S启动子,构建植物表达载体AcSERK1(–2090/+258)︰︰GUS,并在菠萝不同组织器官中进行瞬时转化分析,发现AcSERK15′上游完整的调控序列(–2090/+258)能够启动GUS在胚性细胞中特异性表达,与AcSERK1表达规律相同,说明该启动子为胚性细胞特异性启动子,对调控外源基因在体细胞胚早期特异表达有重要意义。 展开更多
关键词 菠萝 AcSERK1 启动子 胚性细胞特异性 转录起始位点
Nucleotide sequence conservation of novel and established cis-regulatory sites within the tyrosine hydroxylase gene promoter
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作者 Meng WANG Kasturi BANERJEE +1 位作者 Harriet BAKER John W. CAVE 《生物学前沿:英文版》 CAS CSCD 2015年第1期74-90,共17页
酷氨酸 hydroxylase (TH ) 是在 catecholamine 生合成和它的基因的限制率的酶近似倡导者(TH 近似倡导者被报导了,但是这些元素的进化保存彻底地没被调查。因为许多脊椎动物种类被用来为人的 catecholaminergic 神经原的开发,功能和... 酷氨酸 hydroxylase (TH ) 是在 catecholamine 生合成和它的基因的限制率的酶近似倡导者(TH 近似倡导者被报导了,但是这些元素的进化保存彻底地没被调查。因为许多脊椎动物种类被用来为人的 catecholaminergic 神经原的开发,功能和混乱建模, evolutionarily 识别保存了抄写规章的机制是高优先级。在这研究,我们排列近似倡导者核苷酸从几脊椎动物种定序识别 evolutionarily 保存的主题的 TH。这分析识别了组成一个古老的脊椎动物 TH 倡导者的核心的三个元素(一个 TATA 盒子,周期的安培反应元素(CRE ) 和一个 5-GGTGG-3 地点) 。集中于仅仅 eutherian 哺乳动物,在近似倡导者以内的高保存的二个区域被识别:邻近抄写开始地点的 250 bp 区域和 85 bp 区域定位了进一步在上游的约 350 bp。在两个区域以内,以前报导的 cis 规章的主题和人的单个核苷酸变体的保存被评估。在表示房间线的 TH 的抄写记者试金证明在近似倡导者区域和 electromobility 移动试金的高度保存的主题的功能显示出特定的建筑群在这些主题上装配的那个大脑区域。这些研究也在近似倡导者识别了一个不在经典中的 CRE 绑定(CREB ) 蛋白质识别元素。一起,这些研究在 TH 倡导者以内提供进化保存的详细分析并且识别在哺乳动物位于规章的机制的一个核心集合下面的潜在的 cis 规章的主题。 展开更多
关键词 基因启动子 酪氨酸羟化酶 核苷酸序列 调控元件 顺式 转录起始位点 进化保守性 保护
DNA甲基化标记及其在猪生产上的研究进展 预览
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作者 蒋明 陈斌 +1 位作者 李智 董莲花 《猪业科学》 2015年第1期110-112,共3页
表观遗传学是在不影响DNA序列变化的前提下,而发生的可遗传基因表达的变化。DNA甲基化是重要的表观遗传学现象之一,它的主要作用是通过与转录因子相互作用或者改变染色质的结构来抑制基因的表达,启动子区和转录起始位点的DNA的甲基... 表观遗传学是在不影响DNA序列变化的前提下,而发生的可遗传基因表达的变化。DNA甲基化是重要的表观遗传学现象之一,它的主要作用是通过与转录因子相互作用或者改变染色质的结构来抑制基因的表达,启动子区和转录起始位点的DNA的甲基化作用尤其突出,DNA甲基化参与生命体活动的很多过程,目前检测DNA甲基化的方法有亚硫酸氢钠处理为基础的PCR方法、酶切处理为基础的Southern杂交和免疫沉淀法,这些方法总的来说就是整体水平上的基因组甲基化检测、特异性他点的检测以及甲基化新位点的寻找。 展开更多
关键词 DNA甲基化 SOUTHERN杂交 表观遗传学 生产 标记 转录起始位点 DNA序列 甲基化作用
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Does not hUTP14a promoter form a regulation feedback loop with P53? 预览
8
作者 Jingyi Zhang Yafei Guo +1 位作者 Xiaojuan Du Baocai Xing 《中国癌症研究:英文版》 SCIE CAS CSCD 2014年第2期159-165,共7页
Objective: We previously found that hUTP14a binds P53 and promotes P53 degradation. However, if hUTP14a is a downstream gene of P53 remains to be determined. This study aimed to identify the promoter of hUTP14a and in... Objective: We previously found that hUTP14a binds P53 and promotes P53 degradation. However, if hUTP14a is a downstream gene of P53 remains to be determined. This study aimed to identify the promoter of hUTP14a and investigate if hUTP14a is regulated by P53.Methods: The hUTP14a promoter region was cloned into pGL3-Basic-luciferase reporter plasmid to get pGL3-hUTP14a-luc. The reporter plasmid was transfected into 293T cells and luciferase activity was evaluated by the Dual-Luciferase Reporter Assay System. Putative transcription factors were identified through searching MatInspector Professional and Algorismica i Genetica databases. Either pGL3-hUTP14aluc or p21 promoter reporter plasmid was co-transfected with increasing dose of p53 plasmid, and luciferase activity was evaluated. A series of deletion constructs of pGL3-hUTP14a-luc were constructed and minimal promoter region of hUTP14a was determined. Differences of the luciferase activities between different groups were assessed by statistical analysis.Results: The hUTP14a gene promoter reporter construct was correctly cloned and was demonstrated to possess promoter activity. The transcription of hUTP14a was not regulated by P53. The minimal promoter region of hUTP14a gene is located between-203 to-100 of the transcription initiation site.Conclusion: Unlike other P53-interacting proteins such as MDM2, Pirh2 and Cop I which promote P53 degradation and whose transcriptions are regulated by P53, does not hUTP14a transcription form a regulation feedback loop with P53. 展开更多
关键词 反馈回路 P53 荧光素酶报告基因 p53基因 启动子活性 质粒转染 转录因子 转录起始位点
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果蝇胚胎期不同表达模式基因转录起始位点上游核小体的定位
9
作者 单秋甫 丰继华 +2 位作者 卢英 单增辉 陈攀峰 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期72-78,共7页
在研究果蝇胚胎期核小体定位时,发现不同表达模式基因上的核小体定位特征有着很大的差异。与以往研究结果不同的是,在果蝇胚胎期限制性表达基因的转录起始位点上游一l核小体位置上存在着H2A.Z核小体。有趣的是,与单细胞酵母基因上... 在研究果蝇胚胎期核小体定位时,发现不同表达模式基因上的核小体定位特征有着很大的差异。与以往研究结果不同的是,在果蝇胚胎期限制性表达基因的转录起始位点上游一l核小体位置上存在着H2A.Z核小体。有趣的是,与单细胞酵母基因上的核小体定位相比较发现,果蝇胚胎期限制性表达基因上的核小体排列与酵母极其相似。 展开更多
关键词 核小体 表达模式 转录起始位点
本氏烟I型启动子的克隆及其转录起始位点分析
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作者 李志英 牟红珍 +3 位作者 高丁梅 丁国平 马婷 王盛 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期28-35,共8页
启动子是转录水平上一个重要的调控元件,其决定着基因的表达模式和表达强度。I型启动子具有高转录活性和种属间特异性等特点。如将其应用于植物RNA病毒载体表达系统,有利于提高表达系统的表达效率和生物安全性。本氏烟(Nicotianabent... 启动子是转录水平上一个重要的调控元件,其决定着基因的表达模式和表达强度。I型启动子具有高转录活性和种属间特异性等特点。如将其应用于植物RNA病毒载体表达系统,有利于提高表达系统的表达效率和生物安全性。本氏烟(Nicotianabenthaminana)是一种被广泛地应用于植物生物反应器和植物病理学的模式生物,但是现有核酸数据库中尚没有其I型启动子的相关信息。因此,克隆本氏烟I型启动子并分析其转录起始位点就具有重要的应用价值。通过半巢式PCR获得了514bp的本氏烟I型启动子序列(KC352713);生物信息学分析初步预测其转录起始位点位于其核心序列TATA(G)TA(N)GGGGG中的第3位A处;通过植物RNA病毒表达载体和5’RACE技术在体内验证本氏烟I型启动子转录起始位点与生物信息学预测结果一致。研究结果为深入研究I型启动子和构建I型启动子介导转录的植物RNA病毒载体表达系统奠定了基础。 展开更多
关键词 本氏烟 I型启动子 转录起始位点 病毒载体
Distinct Role of Core Promoter Architecture in Regulation of Light-Mediated Responses in Plant Genes
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作者 Rakesh Srivastava Krishan Mohan Rai +7 位作者 Meenal Srivastava Verandra Kumar Bindu Pandey Sudhir P. Singh Sumit K. Bag Brahma Deo Singh Rakesh Tuli Samir V. Sawant 《分子植物:英文版》 SCIE CAS CSCD 2014年第4期626-641,共16页
在现在的学习,我们选择了调整光的倡导者的四个不同的类。bedistinctly 组织进任何一个 TATA-box-containing 或 TATA 少些的调整光的倡导者罐头(包含开始者) 倡导者。进一步,使用本国的倡导者或他们核心 promoterelements 的交换版... 在现在的学习,我们选择了调整光的倡导者的四个不同的类。bedistinctly 组织进任何一个 TATA-box-containing 或 TATA 少些的调整光的倡导者罐头(包含开始者) 倡导者。进一步,使用本国的倡导者或他们核心 promoterelements 的交换版本,我们建立了元素有的那个 TATA 盒子和 Inr (开始者) 涉及调停光的规定的不同机制,和这些元素是 notswappable。我们鉴别在功能的 TATA 盒子或 Inr 元素的变化导致 nucleosomal 结构的形成。在在 Arabidopsis 生态型的 TATA 盒子或 Inr 元素的核苷酸差异建议在核心倡导者的核苷酸变化能改变基因表示。我们显示出那主题 overrepresentationin 激活光的倡导者包含下游地在场的不同特定的规章的主题 TSS (抄写 startsite ) ,和这力量在调整与这些元素平行的轻倡导者用作一个关键因素。最后,我们断定 TATA 盒子或 Inr 元素不清楚地在隔离,而是我们的结果行动与 TATA 盒子或 Inr 元素在同时发生建议另外的不同核心 promoterelements 的可能的参与给予选择到调停光的 transcription.Key 词: 展开更多
关键词 调控作用 植物基因 介导 核心启动子 子结构 TATA盒 转录起始位点 反应
利用优化的5'-RACE实验定位副溶血弧菌基因的转录起始位点 预览
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作者 李杰 张义全 +3 位作者 高鹤 王丽 胡小许 周冬生 《生物技术通讯》 CAS 2014年第3期328-332,共5页
目的:优化5'-cDNA末端快速扩增(5'-RACE)实验平台,用于定位副溶血弧菌(VP)基因的转录起始位点。方法:提取VP的总RNA,用rDNaseI消化去除可能污染的基因组DNA;利用T4RNA连接酶将已知序列的寡核苷酸片段连接至RNA的5’端,进而... 目的:优化5'-cDNA末端快速扩增(5'-RACE)实验平台,用于定位副溶血弧菌(VP)基因的转录起始位点。方法:提取VP的总RNA,用rDNaseI消化去除可能污染的基因组DNA;利用T4RNA连接酶将已知序列的寡核苷酸片段连接至RNA的5’端,进而将其逆转录成cDNA;以cDNA为模板,采用巢式PCR技术扩增目的基因DNA片段,并将其直接克隆入T载体;最后通过测序比对的方法确定靶基因的转录起始位点。利用引物延伸实验进一步研究VPAl027的转录起始位点,以检验5'-RACE实验结果的可靠性。结果:5'-RACE实验结果表明,VPA1027、scrG、scrA、cpsA及VPA0198的转录起始位点分别为G(-103)、G(-70)、T(-205)、C(-129)和G(-238)(翻译起始位点为+1);引物延伸结果显示,VPAl027的转录起始位点也为G(-103)。结论:优化后的5'-RACE实验可以精确定位VP基因的转录起始位点。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 5'-cDNA末端快速扩增 转录起始位点
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Genome-Wide Analysis of Histone Modifications: H3K4me2, H3K4me3, H3K9ac, and H3K27ac in Oryza sativa L. Japonica
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作者 Zhou Du Hui Li +8 位作者 Qiang Wei Xin Zhao Chunchao Wang Qilin Zhu Xin Yi Wenying Xua X. Shirley Liu Weiwei Jin Zhen Su 《分子植物:英文版》 SCIE CAS CSCD 2013年第5期1463-1472,共10页
当以前的研究证明了 histone 修正能由调整基因抄写影响工厂生长和开发时,在这些修正和基因表示之间的关系的知识仍然是有限的。这研究使用了高产量的定序跟随的染色质 immunoprecipitation (ChIP-Seq ) ,到调查四 histone 修正的染... 当以前的研究证明了 histone 修正能由调整基因抄写影响工厂生长和开发时,在这些修正和基因表示之间的关系的知识仍然是有限的。这研究使用了高产量的定序跟随的染色质 immunoprecipitation (ChIP-Seq ) ,到调查四 histone 修正的染色体宽的分发:H3K4 (H3K4me2 和 H3K4me3 ) 和在 Oryza sativa L 的 H3K9 和 H3K27 (H3K9ac 和 H3K27ac ) 的 acylation 的 di 和 trimethylation。装饰用的梨树。由分析出版 DNase-Seq 数据,这研究探索了 DNase 过分敏感(DH ) 沿着米饭染色体的地点。histone 标记主要在通用区域出现了并且在基因的抄写开始地点(TSS ) 附近被充实。这分析证明四 histone 修正和 DH 地点都与活跃抄写被联系。而且,四 histone 修正与答应被用来在米饭基因注解预言失踪的基因的特征的抄本 regionsa 是高度并发的。预言被试验性地证实二的抄写预言了失踪的基因进一步验证。而且,顺序主题分析被构造以便识别 DH 地点和许多通常认为的抄写因素绑定地点。 展开更多
关键词 组蛋白修饰 基因组分析 水稻基因组 粳稻 转录因子结合位点 转录起始位点 染色质免疫沉淀 基因转录
Comparative Analysis of MicroRNA Promoters in Arabidopsis and Rice
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作者 Xin Zhao Lei Li 《基因组蛋白质组与生物信息学报:英文版》 CAS CSCD 2013年第1期56-60,共5页
Endogenously-encoded microRNAs (miRNAs) are a class of small regulatory RNAs that modulate gene expression at the post-transcriptional level. In plants, miRNAs have increasingly been identified by experiments based on... Endogenously-encoded microRNAs (miRNAs) are a class of small regulatory RNAs that modulate gene expression at the post-transcriptional level. In plants, miRNAs have increasingly been identified by experiments based on next-generation sequencing (NGS). However, promoter organization is currently unknown for most plant miRNAs, which are transcribed by RNA polymerase Ⅱ. This deficiency prevents a comprehensive understanding of miRNA-mediated gene networks. In this study, by analyzing full-length cDNA sequences related to miRNAs, we mapped transcription start sites (TSSs) for 62 and 55 miRNAs in Arabidopsis and rice, respectively. The average free energy (AFE) profiles in the vicinity of TSSs were studied for both species. By employing position weight matrices (PWM) for 99 plant cis-elements, we discovered that three cis-elements were over-represented in the miRNA promoters of both species, while four and ten cis-elements were over-represented in Arabidopsis only and in rice only. Thus, comparison of miRNA promoters between Arabidopsis and rice provides a new perspective for studying miRNA regulation in plants. 展开更多
关键词 MICRORNA 拟南芥 水稻 转录起始位点 miRNA 调控基因表达 顺式作用元件 转录后水平
MicroRNA Primary Transcripts and Promoter Elements Analysis in Soybean ( Glycine max L. Merril.) 预览
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作者 LI Jing LIU Yong-xin +3 位作者 HAN Ying-peng LI Yong-guang GUO Mao-zu LI Wen-bin 《农业科学学报:英文版》 SCIE CSCD 2013年第9期1522-1529,共8页
The importance of microRNA (miRNA) at the post-transcriptional regulation level has recently been recognized in both animals and plants. In recent years, many studies focused on miRNA target identification and functio... The importance of microRNA (miRNA) at the post-transcriptional regulation level has recently been recognized in both animals and plants. In recent years, many studies focused on miRNA target identification and functional analysis. However, little is known about the transcription and regulation of miRNAs themselves. In this study, the transcription start sites (TSSs) for 11 miRNA primary transcripts of soybean from 11 miRNA loci (of 50 loci tested) were cloned by a 5′rapid amplification of cDNA ends (5′RACE) procedure using total RNA from 30-d-old seedlings. The features consistent with a RNA polymerase II mechanism of transcription were found among these miRNA loci. A position weight matrix algorithm was used to identify conserved motifs in miRNA core promoter regions. A canonical TATA box motif was identified upstream of the major start site at 8 (76%) of the mapped miRNA loci. Several cis-acting elements were predicted in the 2 kb 5′to the TSSs. Potential spatial and temporal expression patterns of the miRNAs were found. The target genes for these miRNAs were also predicted and further elucidated for the potential function of the miRNAs. This research provides a molecular basis to explore regulatory mechanisms of miRNA expression, and a way to understand miRNA-mediated regulatory pathways and networks in soybean. 展开更多
关键词 顺式作用元件 转录 大豆 微RNA 快速扩增CDNA末端 miRNA 启动子 转录起始位点
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Genome-Wide Analysis of DNA Methylation in Soybean
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作者 Qing-Xin Song Xiang Lu +6 位作者 Qing-Tian Li Hui Chen Xing-Yu Hu Biao Ma Wan-Ke Zhang Shou-Yi Chen Jin-Song Zhang 《分子植物:英文版》 SCIE CAS CSCD 2013年第6期1961-1974,共14页
Cytosine methylation 是为基因表示和 transposable 元素(TE ) mobilityduring 植物的动态规定的重要机制发展过程。这里,我们鉴别用高产量的 sequencingand 的基因的抄写开始地点然后在在 single-baseresolution 开发种子的大豆根,... Cytosine methylation 是为基因表示和 transposable 元素(TE ) mobilityduring 植物的动态规定的重要机制发展过程。这里,我们鉴别用高产量的 sequencingand 的基因的抄写开始地点然后在在 single-baseresolution 开发种子的大豆根,茎,叶子,和子叶分析了 DNA methylation 地位。在不同机关 DNA methylation 介绍在机关之中揭示了 2162 个差别 methylated 区域,并且 hypomethylated 区域的部分与附近的基因的高表示被相关。因为一级 TE (retrotransposons ) 和类 II TE (DNA transposons ) 的 differentdistribution, CG 和 CHG methylation 的低快车的 genesshowed 高水平的倡导者但是 CHH methylation 的底层。我们进一步发现班 II TE 的 CHH methylationlevel 比一级 TE 高,可能由于在班 II TE 的更多的 smRNAs 的存在。在开发种子的 cotyledonsof, smRNA 丰富断然粗略地与 hypermethylated 区域,但是否定地被相关 relatedto hypomethylated 区域。这些研究在 soybean.Key 词在 DNA methylation, smRNA 丰富, TE 分发,和基因表示之中提供重要卓见进复杂相互影响: 展开更多
关键词 DNA甲基化 基因组分析 大豆 转录转座子 甲基化水平 跨国企业 发育过程 转录起始位点
dRNA-seq原理及其在原核生物转录组学研究中的应用 预览 被引量:4
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作者 侯志伟 王赟 +1 位作者 高宏 侯圣伟 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期983-991,共9页
第二代测序技术不仅推进了基因组学的研究,而且也广泛应用到转录组学的研究中。原核生物转录组学的研究方法主要有Tiling芯片和RNA-seq,后者因其较高的覆盖率和分辨率以及越来越低廉的成本而逐渐被更多的研究单位采用。根据对mRNA富集... 第二代测序技术不仅推进了基因组学的研究,而且也广泛应用到转录组学的研究中。原核生物转录组学的研究方法主要有Tiling芯片和RNA-seq,后者因其较高的覆盖率和分辨率以及越来越低廉的成本而逐渐被更多的研究单位采用。根据对mRNA富集方法或rRNA去除方法的不同,目前RNA-seq方法主要有6种,其中dRNA-seq由于采用了5′单磷酸依赖的外切酶,可以特异性地降解加工过的转录本,从而使初始转录本得到富集,已被广泛应用到原核生物转录起始位点、小的调控RNA、启动子及操纵子等研究中。文章对dRNA-seq的原理、技术流程及其在原核生物转录组学研究中的应用进行了综述,并对这一研究方法在现阶段应用的优势和局限性进行了讨论,也进一步对该方法在未来的发展和应用进行了展望,期望为国内相关领域研究人员提供参考。 展开更多
关键词 dRNA-seq 转录组测序 小RNA 转录起始位点 非编码RNA
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玉米MIR基因转录起始位点预测方法研究 预览
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作者 张芳芳 王洪秋 +2 位作者 付志远 李卫华 丁冬 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期1-5,共5页
MIR基因是由RNA聚合酶Ⅱ指导转录的,其核心启动子区域具有保守的顺式作用因子,主要是基因-30的TATA和-75的CAAT的特征,开发出一种转录起始位点的预测方法.利用该预测方法,对用深度测序技术获得的玉米胚萌发阶段杂种优势相关miRNA... MIR基因是由RNA聚合酶Ⅱ指导转录的,其核心启动子区域具有保守的顺式作用因子,主要是基因-30的TATA和-75的CAAT的特征,开发出一种转录起始位点的预测方法.利用该预测方法,对用深度测序技术获得的玉米胚萌发阶段杂种优势相关miRNA的编码M馏基因进行了顺式作用元件分析,得到了其转录起始位点和启动子区序列特征.同时,利用5’RACE技术对预测的一些转录起始位点进行了验证,证明该预测方法是可行的. 展开更多
关键词 玉米 MIR基因 转录起始位点 基因表达调控
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裂殖酵母核心启动子结构的初步研究 被引量:1
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作者 侯婧逸 李华 +1 位作者 康亚妮 孙洁林 《核技术》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期59-63,共5页
位于转录起始位点附近的核心启动子是调控真核生物基因转录的关键区域。近年来发现的高等真核生物核心启动子具有多样的形状、结构和调控机制,使得对核心启动子多样化结构的研究成为了该领域新的研究热点。为研究简单真核生物启动子的... 位于转录起始位点附近的核心启动子是调控真核生物基因转录的关键区域。近年来发现的高等真核生物核心启动子具有多样的形状、结构和调控机制,使得对核心启动子多样化结构的研究成为了该领域新的研究热点。为研究简单真核生物启动子的结构及其参与调控的机制,我们利用CAGE技术在全基因组范围内捕获裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)的转录起始位点,从而鉴定其核心启动子序列,并对其形状和序列进行分析。我们的研究揭示了低等真核生物酵母的核心启动子结构具有类似于高等真核生物的多样性,预示着其转录调控可能具有前所未知的复杂性。 展开更多
关键词 转录起始位点 核心启动子 DNA基序 裂殖酵母
一类核糖体蛋白基因转录起始位点与碱基情况分析 预览
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作者 丁雪梅 《科技信息》 2013年第20期115-116,共2页
选取69个含内含子的核糖体蛋白基因,抽取其中每个基因转录起始位点附近长度为100个碱基的序列,发现转录起始位点出现碱基A的有64个基因,出现碱基T的有3个基因,出现碱基C的有2个基因,每个基因序列样本转录起始位点是碱基A的数学期望为0.... 选取69个含内含子的核糖体蛋白基因,抽取其中每个基因转录起始位点附近长度为100个碱基的序列,发现转录起始位点出现碱基A的有64个基因,出现碱基T的有3个基因,出现碱基C的有2个基因,每个基因序列样本转录起始位点是碱基A的数学期望为0.928。分析69个基因序列样本碱基A,T,G,C出现的频率,发现碱基出现频率最大的为A,其次是T,碱基出现频率最小的是C,每个基因序列样本出现频率最大的碱基是A的数学期望为0.855,出现频率最小的碱基是C的数学期望为0.667。含内含子的核糖体蛋白基因中富含碱基A,T的序列有利于基因的转录。 展开更多
关键词 转录起始位点 碱基 数学期望
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