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藏系绵羊mtDNA和Y染色体遗传多样性的检测与系统进化关系的分析
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作者 董泽生 高雪 +4 位作者 吴燕华 李蕾蕾 付弘赟 张瑞娜 贾功雪 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第4期45-47,51,179共5页
为了评估青海地区藏系绵羊各类群的遗传结构与分子进化关系,试验选择青海地区四个典型的地理生态类群(山谷型、欧拉型、高原型和扎什加型)藏羊,提取血液基因组DNA后,分别对线粒体D-loop区序列和Y染色体Sry基因序列进行特异性扩增并测序... 为了评估青海地区藏系绵羊各类群的遗传结构与分子进化关系,试验选择青海地区四个典型的地理生态类群(山谷型、欧拉型、高原型和扎什加型)藏羊,提取血液基因组DNA后,分别对线粒体D-loop区序列和Y染色体Sry基因序列进行特异性扩增并测序。结果表明:D-loop序列的核苷酸多样性为0.031±0.004,单倍型多样性为0.994±0.006;而Sry序列的核苷酸多样性为0.046±0.005,单倍体多样性为0.861±0.044。说明高原型藏羊在母系遗传上更接近扎什加型藏羊,而在父系遗传上扎什加型藏羊与其他三个类群间的隔离较为明显,三个类群在父系遗传上的基因交流更为频繁。 展开更多
关键词 藏系绵羊 线粒体DNA Y染色体 系统发育 遗传多样性 遗传距离
白花蛇舌草的简单重复序列区间(ISSR)遗传多样性分析 预览
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作者 周敏 高慧新 +2 位作者 封毅 曾昭清 田慧 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期200-205,共6页
采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记对不同产地白花蛇舌草的遗传多样性进行分析。分别在广西壮族自治区、广东省、湖南省、浙江省、福建省、江西省和安徽省共采集23份白花蛇舌草样品,选用150条ISSR引物进行PCR扩增,运用POPGENE1.32、NT... 采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记对不同产地白花蛇舌草的遗传多样性进行分析。分别在广西壮族自治区、广东省、湖南省、浙江省、福建省、江西省和安徽省共采集23份白花蛇舌草样品,选用150条ISSR引物进行PCR扩增,运用POPGENE1.32、NTSYS2.10软件进行遗传多样性分析。筛选出11条引物,扩增出115条多态性条带,多态性比率为85.22%,等位基因数(Na)为1.852 2,有效等位基因(Ne)为1.543 4,Neis基因多样性指数(H)为0.316 5,Shannon′s信息指数(I)为0.470 0。聚类分析结果表明白花蛇舌草可分成3类,实验结果表明ISSR分子标记可以为白花蛇舌草的系统分类和鉴定提供分子水平的科学依据。 展开更多
关键词 白花蛇舌草 ISSR 遗传多样性 遗传距离
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重庆本地山羊资源--铜梁麻羊的分子系统学分析
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作者 付琳 任航行 +10 位作者 蒋婧 李杰 周鹏 黄勇 王高富 李大春 陈世江 张文华 胡元平 郭志兵 江霞 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第3期62-67,180共7页
为了分析铜梁麻羊线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传多样性,鉴别其是否为一个新的山羊遗传资源,试验采用生物信息学方法,对8只铜梁麻羊线粒体D-loop区序列和川渝13个山羊品种的线粒体D-loop区共88条序列一起进行了分子系统学分析。结果表明... 为了分析铜梁麻羊线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传多样性,鉴别其是否为一个新的山羊遗传资源,试验采用生物信息学方法,对8只铜梁麻羊线粒体D-loop区序列和川渝13个山羊品种的线粒体D-loop区共88条序列一起进行了分子系统学分析。结果表明:铜梁麻羊线粒体D-loop区序列为1212bp,共发现39个变异位点,共定义出4种品种特有单倍型,其核苷酸多样度为0.015±0.010,单倍型多样度为0.700±0.008;品种间的遗传距离显示,铜梁麻羊与成都麻羊、黔北麻羊的遗传距离较大;聚类分析显示,铜梁麻羊与成都麻羊和黔北麻羊同在一个支系,但亲缘关系较远。说明铜梁麻羊在外貌和基因层次上均与现有的麻羊品种有明显的区别,很可能是一个新的山羊类群,值得进一步保护和开发。 展开更多
关键词 铜梁麻羊 线粒体D-LOOP区 遗传多样性 遗传距离 分子系统学分析
基于微卫星标记的中国枣食芽象甲地理种群遗传多样性分析 预览
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作者 洪波 张锋 +2 位作者 陈志杰 罗坤 赵惠燕 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期381-390,共10页
【目的】枣食芽象甲Scythropus yasumatsui是我国北方枣树Zizyphus jujuba上的一种重要的灾害性害虫,在陕西、山西、河北、河南等枣树主产区普遍发生。本研究旨在揭示我国枣食芽象甲不同种群间的遗传分化和基因交流规律。【方法】利用... 【目的】枣食芽象甲Scythropus yasumatsui是我国北方枣树Zizyphus jujuba上的一种重要的灾害性害虫,在陕西、山西、河北、河南等枣树主产区普遍发生。本研究旨在揭示我国枣食芽象甲不同种群间的遗传分化和基因交流规律。【方法】利用枣食芽象甲转录组测序的SSR序列,使用荧光标记PCR及毛细管电泳分型方法,筛选出8个微卫星位点,对我国5个省份(山西、陕西、宁夏、河北和河南)10个地理种群共308头枣食芽象甲样本进行种群遗传多样性分析。【结果】8个SSR位点均存在无效等位基因且偏离哈迪-温伯格平衡。各位点的有效等位基因数(Ne)为2.113~8.016,多态信息含量(PIC)为0.561~0.908,期望杂合度(He)为0.476~0.865;种群间遗传分化系数(Fst)平均值为0.151;基因流(Nm)平均值为1.594。枣食芽象甲种群间遗传分化系数与地理距离之间显著正相关(r=0.596,P=0.0035),基于Nei’s遗传距离和Cavalli-Sforza&Edwards余弦遗传距离的系统进化树将10个地理种群均聚为3个相同的分支。【结论】结果说明,枣食芽象甲种群遗传多样性较高,不同地理种群间存在高度的遗传分化,且有一定的基因交流;地理隔离是影响枣食芽象甲地理种群遗传分化和基因交流的重要因素。 展开更多
关键词 枣食芽象甲 遗传多样性 微卫星位点 转录组 遗传距离 基因流
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黑龙江及吉林省边境口岸与境外全沟硬蜱线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列的比较研究
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作者 马菲雅 梅琳 +3 位作者 张雅芬 王慧煜 刘佳佳 韩雪清 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2019年第1期47-49,55共4页
目的利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因对我国黑龙江省绥芬河、吉林省延边口岸全沟硬蜱的COⅠ基因序列和国外全沟硬蜱COⅠ序列进行分析对比研究,为了解蜱媒病及其防控奠定基础。方法 2013年6月至2016年8月从黑龙江省绥芬河口... 目的利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因对我国黑龙江省绥芬河、吉林省延边口岸全沟硬蜱的COⅠ基因序列和国外全沟硬蜱COⅠ序列进行分析对比研究,为了解蜱媒病及其防控奠定基础。方法 2013年6月至2016年8月从黑龙江省绥芬河口岸和吉林省延边口岸共采集全沟硬蜱106只,选取31只样本提取基因组DNA,采用PCR方法从蜱基因组中扩增COⅠ基因进行同源性分析,然后构建系统发生树,并对2个地理种群的全沟硬蜱进行遗传距离分析。结果我国黑龙江省绥芬河口岸和吉林省延边口岸的全沟硬蜱COⅠ基因序列与俄罗斯多个地区同源性为99%~100%,与哈萨克斯坦边境口岸阿尔泰地区的全沟硬蜱COⅠ序列同源性也达到99%~100%;绥芬河口岸和延边口岸全沟硬蜱的遗传距离≤0.003。结论我国绥芬河口岸和延边口岸的全沟硬蜱与周边邻近国家的全沟硬蜱COⅠ基因序列高度一致,可能存在极高的基因交流或迁移。 展开更多
关键词 种群遗传 同源性 遗传距离 系统发生分析
金华猪与杜洛克、长白猪、大白猪杂交的杂种优势预测 预览
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作者 徐忠 张哲 +7 位作者 孙浩 张向喆1] 徐宁迎 陈究成 华坚青 钟土木 王起山 潘玉春 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2019年第1期64-67,共4页
本研究旨在探讨杜洛克(D)、大白(Y)和长白(L)3个知名西方品种与金华猪(J)的杂交利用情况。应用“基于基因组简化与测序的基因型判型(GGRS)”技术平台,检测单核苷酸多态性(SNPs)并判定基因型。利用全基因组性状特异的SNP分子标记估算不... 本研究旨在探讨杜洛克(D)、大白(Y)和长白(L)3个知名西方品种与金华猪(J)的杂交利用情况。应用“基于基因组简化与测序的基因型判型(GGRS)”技术平台,检测单核苷酸多态性(SNPs)并判定基因型。利用全基因组性状特异的SNP分子标记估算不同群体间的遗传距离,从胴体与肉品质、繁殖、健康和生长4个性状对金华猪不同杂交模式下的杂种优势进行预测。结果表明:共找到繁殖、生长、胴体与肉品质和健康性状潜在相关基因的SNP分别为1835、2174、196057、17200个;在二元杂交组合中,♂杜×♀金(D×J)为较优组合;在三元杂交组合中,♂金×♀长大(J×LY)为较优组合;在四元杂交组合中,♂杜金×♀长大(DJ×LY)为较优组合。本研究应用生物信息学技术对金华猪不同杂交模式的杂交优势进行预测,可大大减少后续的配合力实验,结果可为金华猪的保种和杂交利用提供一定参考。 展开更多
关键词 金华猪 杂种优势预测 SNP分子标记 遗传距离
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基于水青树叶表型性状的核心种质资源库构建策略 预览
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作者 张欢 王东 +2 位作者 段帆 李珊 甘小洪 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2019年第2期166-173,共8页
[目的]为了更好地构建水青树核心种质资源库,本文以161个水青树种质为试材,利用叶表型性状的遗传变异数据,对其构建方法进行了探索。[方法]首先,采用欧氏距离和瓦尔德法对所有个体进行逐步聚类;然后,设定10个取样比例(10%、15%、20%、25... [目的]为了更好地构建水青树核心种质资源库,本文以161个水青树种质为试材,利用叶表型性状的遗传变异数据,对其构建方法进行了探索。[方法]首先,采用欧氏距离和瓦尔德法对所有个体进行逐步聚类;然后,设定10个取样比例(10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%),分别用随机取样策略、偏离度取样策略和位点优先取样策略筛选出与之对应的核心种质资源库。将这3种不同取样策略构建的核心种质资源库进行比较,从而筛选出最适种质资源。[结果](1)三种取样策略中,位点优先取样法明显提高了其种质资源库的方差差异百分率(VD)、变异系数变化率(VR)和极差符合率(CR),且45%是最适合构建水青树核心种质资源库的比例;(2)对种质资源核心库不同数量性状进行t检验,其累计贡献率达到82%以上。[结论]在欧氏距离结合瓦尔德法聚类条件下,位点优先取样策略是构建水青树种质资源核心库的最佳方法。 展开更多
关键词 水青树 核心种质资源库 遗传距离 聚类方法 取样策略 表型性状
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基于GenBank数据对红柴胡nrDNA序列ITS2片段的分析 预览
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作者 王鹤 杨娜 +5 位作者 徐丹丹 孙明阳 郭宏莉 关鑫 王世聪 王长宝 《安徽农业科学》 CAS 2019年第4期114-116,共3页
[目的]了解红柴胡nrDNA序列ITS2片段特征,为中药柴胡的分子鉴定提供科学依据。[方法]从GenBank中获取已公布红柴胡ITS全长序列38条和ITS2序列3条,利用MEGA6.0进行多序列比对,分析ITS2片段碱基成分、变异位点、信息位点,计算遗传距离,并... [目的]了解红柴胡nrDNA序列ITS2片段特征,为中药柴胡的分子鉴定提供科学依据。[方法]从GenBank中获取已公布红柴胡ITS全长序列38条和ITS2序列3条,利用MEGA6.0进行多序列比对,分析ITS2片段碱基成分、变异位点、信息位点,计算遗传距离,并用邻接法(NJ)构建系统聚类树。[结果]ITS2片段长度为224~230bp,共发现14个简约信息位点,最大遗传距离0.124,系统树可明显分为4组,85.37%的聚为一组。[结论]ITS2在红柴胡居群中比较保守,可作为DNAbarcoding鉴定的片段使用。 展开更多
关键词 红柴胡 ITS2 遗传距离 发育分析
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43种植物CaM1基因密码子使用特征及遗传差异分析 预览
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作者 李晨辉 赵子捷 +6 位作者 陈文烨 焦义然 杨帆 刘永伟 董福双 杜进民 周硕 《江苏农业科学》 2019年第5期28-32,共5页
为深入了解不同类植物CaM1基因(calmodulin1,简称CaM1)在抵抗逆境进化过程所形成的密码子的使用特征和遗传差异。运用CodonW、BioEdit和MEGA软件对43种植物序列进行分析,并构建系统发育树。结果表明,CaM1基因对密码子的使用具有极强的... 为深入了解不同类植物CaM1基因(calmodulin1,简称CaM1)在抵抗逆境进化过程所形成的密码子的使用特征和遗传差异。运用CodonW、BioEdit和MEGA软件对43种植物序列进行分析,并构建系统发育树。结果表明,CaM1基因对密码子的使用具有极强的偏好性,CUC、AUC、UCU、CCA、ACU、UGA为其最优密码子,禾本目植物更偏好使用G/C碱基。G、C碱基含量和位置是引起CaM1基因密码子偏性的主要原因。遗传距离分析表明,山柑目与白花菜目之间的亲缘关系最近,豆目和无患子目间的亲缘关系次之,与聚类分析结果相符。 展开更多
关键词 CaM1 密码子偏性 遗传距离 亲缘关系
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基于ITS序列的胭脂萝卜亲缘关系分析
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作者 梁姗 杨霞 《北方园艺》 CAS 北大核心 2019年第1期30-35,共6页
以胭脂萝卜为试材,采用PCR扩增其ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,研究了序列同源性并构建系统发育树,以期为胭脂萝卜亲缘关系分析提供参考依据。结果表明:胭脂萝卜ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列总长度为655bp,ITS1(G+C)含量为51.4%,长度为220bp;5.8Sr... 以胭脂萝卜为试材,采用PCR扩增其ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,研究了序列同源性并构建系统发育树,以期为胭脂萝卜亲缘关系分析提供参考依据。结果表明:胭脂萝卜ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列总长度为655bp,ITS1(G+C)含量为51.4%,长度为220bp;5.8SrRNA(G+C)含量为53.4%,长度为217bp;ITS2(G+C)含量为55.1%,长度为218bp。胭脂萝卜与台北的Mei-Hwa、南京的Cd-03、台北的Mei-Nong、南京的Yanghua、杭州的Baiyuchun、渥太华的SW77的同源性最高(99%),归为同一种。由系统发育树可得20个样品的总平均遗传距离是0.134,结合形态学特征表明待测胭脂萝卜可能由白皮白心萝卜进化而来。 展开更多
关键词 胭脂萝卜 ITS序列 遗传距离 亲缘关系
江苏汉族人群19个常染色体STR基因座基因多态性及遗传距离分析 预览
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作者 潘猛 崔鹤 +8 位作者 居晓斌 刘燕婷 叶琴 陈子庆 丁小健 陈奇 周蓉 顾民 周惠英 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第6期650-655,共6页
目的调查19个常染色体STR基因座在江苏汉族人群中的等位基因分布情况。方法采用Goldeneye■DNA身份鉴定系统20A对9025例样本进行检测,对其中的19个常染色体STR基因座分型数据进行遗传学分析,并对其与其他17个地区人群间的遗传距离进行... 目的调查19个常染色体STR基因座在江苏汉族人群中的等位基因分布情况。方法采用Goldeneye■DNA身份鉴定系统20A对9025例样本进行检测,对其中的19个常染色体STR基因座分型数据进行遗传学分析,并对其与其他17个地区人群间的遗传距离进行分析。结果19个常染色体STR基因座均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),杂合度为0.6161~0.9163,匹配概率为0.0128~0.2026,个体识别率为0.7974~0.9872,非父排除率为0.3108~0.8288,多态信息含量为0.5617~0.9136,累积个体识别率为0.9999999999999999984341,累积非父排除率为0.999999989。江苏汉族人群与天津、湖南和吉林等汉族人群的遗传距离更近,与新疆阿勒泰汉族人群之间差异具有统计学意义(P<0.05)。结论获得较客观准确的江苏汉族人群STR基因座基因多态性数据和群体遗传学参数,可为上述STR基因座在江苏地区汉族人群的法医学应用提供数据支持。 展开更多
关键词 法医遗传 多态现象 遗传 短串联重复 遗传距离 汉族 江苏
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极危物种——南川木波罗遗传多样性ISSR分析
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作者 胡连清 王清明 +4 位作者 丁显平 谢依婷 张顺 包善飞 陈祖翼 《四川大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2018年第4期865-872,共8页
本研究利用ISSR-PCR分子标记技术分析研究了重庆市七个地区野生生长的46株南川木波罗(Artocarpus nanchuanensis)样品的遗传多样性.利用筛选出的12条UBC引物共扩增出了117条DNA片段,其中多态性片段为113条,多态条带百分率为96.58%.NT... 本研究利用ISSR-PCR分子标记技术分析研究了重庆市七个地区野生生长的46株南川木波罗(Artocarpus nanchuanensis)样品的遗传多样性.利用筛选出的12条UBC引物共扩增出了117条DNA片段,其中多态性片段为113条,多态条带百分率为96.58%.NTSYS~pc2.1软件分析表明:七个地区南川木波罗之间的遗传相似性介于0.062~0.989之间,并用UPGMA法构建了系统树.结果表明该市野生生长的南川木波罗既有相同的遗传背景,又存在较明显的差异.46份材料划分为4类,聚类基本符合地理来源相近的材料聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律. 展开更多
关键词 南川木波罗 ISSR 遗传多样性 遗传相似系数 遗传距离
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长沙汉族18个常染色体STR基因座的遗传多态性 预览
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作者 孙佳胜 田庆花 +3 位作者 赵霖 王俊方 毕洁 石美森 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期526-531,537共7页
目的调查长沙汉族群体18个常染色体短串联重复(short tandem repeat,STR)序列遗传多态性,探讨其群体遗传学关系及法医学应用价值。方法应用Goldeneye?誖DNA身份鉴定系统BASIC,对长沙地区2004名汉族无关个体血样DNA进行扩增,3130xl基因... 目的调查长沙汉族群体18个常染色体短串联重复(short tandem repeat,STR)序列遗传多态性,探讨其群体遗传学关系及法医学应用价值。方法应用Goldeneye?誖DNA身份鉴定系统BASIC,对长沙地区2004名汉族无关个体血样DNA进行扩增,3130xl基因分析仪电泳分析,GeneMapper?誖IDv3.2软件分析等位基因片段大小。统计分析18个STR基因座的频率数据和群体遗传学参数(观察杂合度、期望杂合度、个体识别率、多态信息含量),采用Cervus3.0计算累积个体识别率、三联体非父排除率和二联体非父排除率,采用Arlequinv3.5进行各基因座Hardy-Weinberg平衡及连锁不平衡检验,并与其他地区已有人群数据进行比较。结果长沙汉族各基因座个体识别率为0.7836~0.9879,多态信息含量为0.5494~0.9145。累积个体识别率、三联体非父排除率和二联体非父排除率分别为0.9999999999999999999998652、0.999999979和0.999988325。根据Nei的DA遗传距离发现,长沙汉族与湖南汉族遗传距离最近(0.0141),与新疆哈萨克族的遗传距离相对最远(0.0418)。结论这18个STR基因座在长沙汉族群体中具有丰富的遗传多态性。研究不同民族群体的遗传多态性对了解他们的起源、迁移以及相互关系有重要的意义。 展开更多
关键词 法医遗传 多态现象 遗传 短串联重复 常染色体 遗传距离 汉族 长沙
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基于SCoT分子标记的裸果木遗传多样性分析 预览
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作者 狄林楠 李新蓉 宋楠 《植物研究》 CSCD 北大核心 2018年第5期725-732,共8页
为了揭示裸果木的遗传多样性和遗传结构,采用SCoT分子标记对新疆7个裸果木自然种群201个植株进行分析。结果表明12条引物共扩增出145个位点,在物种和种群水平上裸果木多态位点百分率分别为97.24%和76.45%,Nei’s遗传多样性指数分别为... 为了揭示裸果木的遗传多样性和遗传结构,采用SCoT分子标记对新疆7个裸果木自然种群201个植株进行分析。结果表明12条引物共扩增出145个位点,在物种和种群水平上裸果木多态位点百分率分别为97.24%和76.45%,Nei’s遗传多样性指数分别为0.263 8和0.213 7,Shannon’s信息多样性指数分别为0.408 1和0.331 6,说明裸果木具有较高的遗传多样性,且物种水平遗传多样性略高于种群水平;遗传分化系数为 0.183 9 ,说明其遗传变异主要来自种群内,种群间存在一定程度的分化;Mantel检验结果表明裸果木种群地理距离与遗传距离不存在显著相关性;运用主坐标分析(PCoA)和STRUCTURE分析对裸果木个体间亲缘关系聚类分析的结果存在一定差异,但总体上结果是一致的。裸果木的遗传多样性和遗传结构可能与进化历史、繁育系统、地理隔离和人为干扰有关。 展开更多
关键词 裸果木 SCOT 遗传多样性 遗传分化 遗传距离
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广东省现有5个地方猪种基于SNP芯片的遗传多样性分析 预览
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作者 黄树文 张哲 +3 位作者 陈赞谋 袁晓龙 李加琪 张豪 《中国畜牧杂志》 北大核心 2018年第6期33-37,共5页
本研究以广东省现有的5个地方猪品种为对象,利用SNP芯片进行SNP分型,对比欧洲野猪、亚洲野猪以及4个西方商业猪种,对广东省现有地方猪品种的遗传多样性、遗传距离以及群体结构进行分析。结果表明:两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗... 本研究以广东省现有的5个地方猪品种为对象,利用SNP芯片进行SNP分型,对比欧洲野猪、亚洲野猪以及4个西方商业猪种,对广东省现有地方猪品种的遗传多样性、遗传距离以及群体结构进行分析。结果表明:两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗传多样性低于西方商业猪种以及粤东黑猪和梅花猪;广东省地方猪与亚洲野猪遗传距离较近,与西方猪种遗传距离较远;作为大花白猪一个类群的梅花猪与大花白猪遗传距离较远,主成分分析以及Structure分析表明梅花猪与大花白猪遗传差异较大,梅花猪具有独特的遗传结构并存在西方猪血液的渗入;粤东黑猪与西方猪种遗传距离较近,粤东黑猪也存在西方猪种血液的渗入。综上所述,两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗传多样性较低,梅花猪和粤东黑猪存在西方猪种血液的渗入。 展开更多
关键词 地方猪 SNP芯片 遗传多样性 遗传距离 群体遗传结构
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改进型遗传算法在种子园无性系配置设计中的应用 预览
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作者 王晴 齐建东 +1 位作者 崔晓晖 李伟 《林业科学》 CSCD 北大核心 2018年第4期30-37,共8页
【目的】使用优化算法优化种子园无性系配置的设计方案,以保证种子园子代在具有较高的遗传增益的前提下维持丰富的遗传多样性,为高世代种子园的无性系配置设计提供参考。【方法】基于已有的内蒙古红花尔基樟子松国家良种基地的樟子松亲... 【目的】使用优化算法优化种子园无性系配置的设计方案,以保证种子园子代在具有较高的遗传增益的前提下维持丰富的遗传多样性,为高世代种子园的无性系配置设计提供参考。【方法】基于已有的内蒙古红花尔基樟子松国家良种基地的樟子松亲本为材料,采用SSR分子标记技术及其分析软件确定樟子松亲本之间的遗传距离,使用优化算法开展基于遗传距离的樟子松种子园无性系配置优化设计,并基于研究目标改进原有的优化方法,最后与传统的种子园无性系配置方案、其他优化方法得到的方案进行对比分析。【结果】使用本文改进的优化算法获得的种子园无性系配置方案优于传统的顺序错位以及其他方法的种子园配置方案,该方法能够使遗传距离较近的无性系在配置上保持最大距离,减少近亲交配机会,在一定程度上扩大了子代的遗传基础。【结论】当已知种子园无性系亲本间遗传距离时,可利用本文提出的基于传统遗传算法进行改进的多种群并行自适应的方法,即改进型自适应并行遗传算法,来实现基于遗传距离的种子园无性系优化配置。 展开更多
关键词 种子园 无性系配置 遗传距离 遗传算法
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120份欧美玉米自交系的遗传多样性分析
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作者 刘海忠 宋炜 +6 位作者 王宝强 王江浩 张全国 张动敏 李兴华 魏剑锋 李荣改 《植物遗传资源学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期676-684,共9页
为了拓宽黄淮海区玉米自交系的遗传基础,加快欧美优异种质的融入与利用,本研究利用SSR分子标记对120份来自美国和塞尔维亚及2份中国的玉米自交系进行遗传多样性和聚类分析。结果表明:29个多态性SSR标记共检测到115个等位位点,平均3.97... 为了拓宽黄淮海区玉米自交系的遗传基础,加快欧美优异种质的融入与利用,本研究利用SSR分子标记对120份来自美国和塞尔维亚及2份中国的玉米自交系进行遗传多样性和聚类分析。结果表明:29个多态性SSR标记共检测到115个等位位点,平均3.97个,位点多态性信息指数(PIC)平均为0.50,较好地揭示了自交系间的遗传多样性;观测杂合度(Ho)仅为0.03,表明参试自交系遗传稳定、纯合度高;美国SS、美国NSS、塞尔维亚和中国骨干自交系4个群之间相比,美国NSS群的等位位点数(3.55)、Shannon信息指数(0.93)最高,而塞尔维亚群的有效等位位点数(2.37)最高,表明美国NSS和塞尔维亚自交系群比其他两个群遗传多样性高;4个自交系群间的遗传距离介于0.1403-0.4695之间,美国NSS群与美国SS群、塞尔维亚群之间较小(0.1419,0.1403),与中国骨干自交系群之间最大(0.4695),4个群的遗传一致度介于0.6253-0.8691之间,美国NSS群与美国SS、塞尔维亚两个群之间的遗传一致度较高,表明美国与塞尔维亚自交系之间基因交流频繁,亲缘关系较近;聚类分析将122份玉米自交系分为9大主要类群,美国SS种质、NSS种质自交系被明显的区分开,并且SS种质被分为2个主要类群(Ⅰ和Ⅸ),NSS种质被分为6个主要类群(Ⅱ-Ⅶ),来自塞尔维亚的材料分散在美国NSS种质类群。本研究结果为来自欧美的自交系在玉米育种中合理利用提供可靠依据。 展开更多
关键词 玉米 自交系 SSR标记 遗传多样性 遗传距离
山西省旱柳古树资源遗传多样性的SSR分析 预览
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作者 张亮 王振龙 +3 位作者 高志文 马晶 樊明瑞 韩志校 《山西林业科技》 2018年第1期6-9,共4页
采用10对SSR引物对采自山西省7个地区的49份旱柳古树材料进行分析,共扩增条带33条,多态性条带26条,多态性比率为78.79%.等位基因数、有效等位基因数、Nei's遗传多样性指数和Shannon多样性信息指数分别为1.787 9,1.332 3,0.205 9和0.324... 采用10对SSR引物对采自山西省7个地区的49份旱柳古树材料进行分析,共扩增条带33条,多态性条带26条,多态性比率为78.79%.等位基因数、有效等位基因数、Nei's遗传多样性指数和Shannon多样性信息指数分别为1.787 9,1.332 3,0.205 9和0.324 2,这些古旱柳材料具有丰富的遗传多样性。利用POPGENE32软件计算各地区间的遗传距离变化范围为0.009 4-0.144 9.其中,太原和忻州两个地区古树间的遗传距离最小,为0.018 4;晋中和临汾两个地区间的最大,为0.144 9.同时对这49个古旱柳品种个体进行聚类分析,结果表明这些古树均来源于不同无性系,聚类结果呈现混杂性,与地区关联度低。 展开更多
关键词 旱柳古树 遗传多样性 SSR 遗传距离 等位基因数 多样性指数
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4个贵州乌骨鸡群体遗传关系的微卫星标记分析 预览
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作者 伍革民 张继 唐继高 《江苏农业科学》 2018年第21期169-171,共3页
利用7个微卫星标记对贵州4个乌骨鸡(普安乌骨鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡、广西乌骨鸡)群体进行群体内遗传结构和群体间遗传距离的检测和分析。结果表明,4个乌骨鸡群体多态信息含量在0.6431~0.6913,杂合度在0.7069~0.7385,4个乌骨鸡群... 利用7个微卫星标记对贵州4个乌骨鸡(普安乌骨鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡、广西乌骨鸡)群体进行群体内遗传结构和群体间遗传距离的检测和分析。结果表明,4个乌骨鸡群体多态信息含量在0.6431~0.6913,杂合度在0.7069~0.7385,4个乌骨鸡群体中杂合度最高的是广西乌骨鸡,杂合度最低的是水西乌骨鸡。采用PopGen32软件分析4个乌骨鸡群体的Nei氏遗传距离和遗传一致度,构建系统发生树,结果表明,普安乌骨鸡聚为一类,水西乌骨鸡聚为一类,赤水乌骨鸡和广西乌骨鸡聚为一类。 展开更多
关键词 乌骨鸡 遗传多样性 微卫星 遗传距离 系统发生树
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新疆维吾尔族群体线粒体DNA高变区Ⅰ遗传多态性
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作者 古丽巴努·阿不来提 木耶赛尔·伊斯马依力 +3 位作者 佐日古丽·伊斯马伊力 苏比奴尔·艾力 熊发政 马合木提·哈力克 《生物技术》 2018年第1期49-53,12共6页
[目的]研究维吾尔族群体线粒体DNA高变区Ⅰ序列遗传多态性。[方法]收集240份新疆8个地域维吾尔族无关个体mt DNA高变区Ⅰ进行测序分析。[结果]发现多态性位点数为:喀什、和田、库车、且木、伊犁、哈密、吐鲁番、尉犁维吾尔族分别为75... [目的]研究维吾尔族群体线粒体DNA高变区Ⅰ序列遗传多态性。[方法]收集240份新疆8个地域维吾尔族无关个体mt DNA高变区Ⅰ进行测序分析。[结果]发现多态性位点数为:喀什、和田、库车、且木、伊犁、哈密、吐鲁番、尉犁维吾尔族分别为75、98、59、111、75、46和94。单倍型多样性分别为:喀什群体为0.996±0.014,和田群体为0.993±0.014,库车群体为0.993±0.015,且木群体为0.993±0.014,伊犁群体为0.993±0.013,哈密群体为0.995±0.012,吐鲁番群体为0.993±0.012,尉犁群体为0.994±0.023。用HVRⅠ序列多态性数据计算Fst和d A两种遗传距离,相关系数为r=0.993(P〈0.01)。[结论]中国的维吾尔族人群mt DNA其遗传多态性和个体识别力比较高,并且维吾尔族群体是东亚与欧洲人群的过渡人群,这些数据可用于法医学、人类学、遗传制图个体识别等领域研究。 展开更多
关键词 维吾尔族 线粒体DNA 高变区Ⅰ 遗传距离 遗传多态性
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