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低温条件下小麦叶绿体基因启动子甲基化的变化 预览
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作者 杨苑 肖磊 +4 位作者 汪宇迪 谢利萍 黄媛媛 郭蔼光 徐虹 《麦类作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第11期1263-1271,共9页
为建立小麦叶绿体基因启动子甲基化的检测体系,检测低温胁迫下小麦叶绿体编码基因甲基化的变化规律并分析叶绿体编码基因表达的调控模式,以低温敏感型小麦返白系及其对照矮变1号为材料,选取4个在低温条件下两个材料间表达有差异的叶绿... 为建立小麦叶绿体基因启动子甲基化的检测体系,检测低温胁迫下小麦叶绿体编码基因甲基化的变化规律并分析叶绿体编码基因表达的调控模式,以低温敏感型小麦返白系及其对照矮变1号为材料,选取4个在低温条件下两个材料间表达有差异的叶绿体基因petN、trnC、petD和rrn16S,通过亚硫酸盐测序法(BSP-seq)分别测定低温处理后这些基因(TaMET1,TaDRM和TaCMT)启动子的甲基化率,并用qPCR的方法对这4个基因以及预测定位于叶绿体的三个DNA甲基转移酶基因进行表达量检测。结果显示,叶绿体基因组总的甲基化水平在低温条件下持续增加,基因间启动子甲基化水平变化并不完全一致,基因型之间也略有差异。4个基因的表达量与甲基化水平的相关性不同,petN的表达对甲基化比较敏感,低温诱导甲基化率增加,基因的表达量则下调,但其余3个基因的表达与甲基化率的变化无直接相关性。返白系中三个DNA甲基转移酶基因的表达在低温条件下都呈上调趋势,但矮变1号中的TaMET1与TaCMT基因表达下调。结果为深入研究低温下小麦叶绿体基因甲基化的变化规律及其对叶绿体基因的调控机理奠定了基础。 展开更多
关键词 低温 叶绿体基因 甲基化 亚硫酸盐测序 甲基转移酶
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猪MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎心脏组织甲基化模式分析 预览
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作者 汪龙梅 朱哲坤 +4 位作者 王栋 刘玉兰 付书林 邓昌彦 郭玲 《华中农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期75-81,共7页
以梅山猪-大白猪正反交为模型,以65日龄和100日龄的胚胎心脏组织为研究材料,对MKRN3基因启动子区CpG岛进行预测,根据预测的CpG岛设计引物,采用重亚硫酸盐测序法(BSP法),分析MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎心脏组织的甲基化程度。结果显示... 以梅山猪-大白猪正反交为模型,以65日龄和100日龄的胚胎心脏组织为研究材料,对MKRN3基因启动子区CpG岛进行预测,根据预测的CpG岛设计引物,采用重亚硫酸盐测序法(BSP法),分析MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎心脏组织的甲基化程度。结果显示:对于65日龄胚胎,猪MKRN3基因启动子区CpG岛在大白×梅山和梅山×大白杂交后代的胚胎心脏组织中均表现高度甲基化(75.6%、76.4%);对于100日龄的胚胎,大白×梅山杂交后代的胚胎心脏组织表现高度甲基化(80%),而梅山×大白杂交后代的胚胎心脏组织呈现低甲基化(35.6%)。由此可见,猪MKRN3基因启动子区CpG岛的甲基化模式随着正反交、胚胎发育时期不同而呈现出一定变化,即在胚胎发育65日龄时,正反交子代均具有高度甲基化;而在胚胎发育至100日龄,正交子代呈现高度甲基化,反交子代呈现低甲基化,说明在胚胎发育晚期父本或母本等位基因可能会发生明显的去甲基化。 展开更多
关键词 猪胚胎 MKRN3 CPG岛 DNA甲基化 亚硫酸盐测序
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猪胚胎期小肠组织MKRN3基因启动子区CpG岛的甲基化模式分析 预览 被引量:1
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作者 张阳 汪龙梅 +4 位作者 郭玲 付书林 刘玉兰 张晶 陈洪波 《中国畜牧杂志》 北大核心 2018年第6期38-42,共5页
为揭示猪MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎小肠组织的甲基化模式,本实验以梅山猪-大白猪正反交为模型,以65、100日龄的胚胎小肠组织为研究材料,首先利用生物信息学手段预测猪MKRN3基因的启动子区CpG岛,围绕预测的CpG岛设计引物,采用重亚硫... 为揭示猪MKRN3基因启动子区CpG岛在胚胎小肠组织的甲基化模式,本实验以梅山猪-大白猪正反交为模型,以65、100日龄的胚胎小肠组织为研究材料,首先利用生物信息学手段预测猪MKRN3基因的启动子区CpG岛,围绕预测的CpG岛设计引物,采用重亚硫酸盐测序法检测梅山猪、大白猪正反交不同发育时期胚胎小肠组织中目的基因的甲基化水平。结果表明:在大白×梅山65日龄胚胎小肠中,猪MKRN3基因启动子区CpG岛呈现高度甲基化(70.8%),而在梅山×大白65日龄胚胎小肠中呈现低甲基化(8.4%),正反交后代的甲基化模式截然相反;在大白×梅山100日龄胚胎小肠组织中,目的基因CpG岛呈现低甲基化(16.4%),而在梅山×大白100日龄胚胎小肠组织中的平均甲基化水平为37.2%。MKRN3基因启动子区CpG岛的甲基化模式随着正反交、胚胎发育时期不同而呈现出一定变化规律,推测该基因的DNA甲基化具有父母本等位基因偏好性,且在胚胎发育65-100日龄父本或母本等位基因可能会发生明显的去甲基化。本研究结果为进一步阐明猪MKRN3甲基化水平调控其基因表达及印记状态提供一定理论基础。 展开更多
关键词 DNA甲基化 亚硫酸盐测序 MKRN3基因 CPG岛
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大鼠Ins1基因启动子区域DNA甲基化状态的研究 预览 被引量:2
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作者 王小莉 尹世学 +2 位作者 刘乔 江德巧 李东升 《湖北医药学院学报》 CAS 2012年第2期114-118,92共6页
目的:研究大鼠Ins1(Insulin 1)基因启动子在各种组织中DNA甲基化的状态及在转化分化过程中甲基化的变化情况,为从表观遗传学方面研究Ins1基因表达调控的机制奠定基础。方法:通过RT-PCR检测大鼠胰岛、大鼠胰岛素瘤细胞(INS-1)及大鼠肝干... 目的:研究大鼠Ins1(Insulin 1)基因启动子在各种组织中DNA甲基化的状态及在转化分化过程中甲基化的变化情况,为从表观遗传学方面研究Ins1基因表达调控的机制奠定基础。方法:通过RT-PCR检测大鼠胰岛、大鼠胰岛素瘤细胞(INS-1)及大鼠肝干细胞(WB)中Ins1基因的表达情况。采用重亚硫酸盐测序法分析这三种细胞位于转录起始位点上游400 bp的Ins1基因启动子区域DNA甲基化的状态,并用焦磷酸测序法分析大鼠肺、脾、皮肤、小肠、脂肪和肝脏组织的甲基化状态及WB细胞转入PDX1慢病毒后甲基化的变化情况。结果:大鼠胰岛和INS-1细胞中Ins1基因高表达,启动子区域的甲基化程度非常低,而在大鼠肺、脾、皮肤、小肠、脂肪、肝脏组织和WB细胞中Ins1基因不表达,启动子区域的甲基化程度很高,当WB细胞转入PDX1慢病毒后可使Ins1基因启动子区域的甲基化程度降低。结论:Ins1基因的表达受甲基化调控,PDX1单个转录因子虽可降低Ins1基因甲基化程度但并不能使其完全去甲基化并表达Ins1基因。 展开更多
关键词 Ins1基因 亚硫酸盐测序 焦磷酸测序 DNA甲基化
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利用分子量阵列平台进行特定序列甲基化分析的方法探讨 被引量:1
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作者 王理 上官少方 +1 位作者 马晓红 张霆 《现代生物医学进展》 CAS 2011年第4期618-623,共6页
目的:探讨利用分子量阵列平台进行特定序列甲基化分析的方法。方法:通过对不同扩增条件和扩增效率及不同条件处理的质谱分析比较了MassArray平台进行甲基化分析的特点。结果:本研究通过与重亚硫酸盐测序结果比较证实,MassArray分子... 目的:探讨利用分子量阵列平台进行特定序列甲基化分析的方法。方法:通过对不同扩增条件和扩增效率及不同条件处理的质谱分析比较了MassArray平台进行甲基化分析的特点。结果:本研究通过与重亚硫酸盐测序结果比较证实,MassArray分子量阵列技术平台能够反映甲基化修饰的真实水平;通过不同条件下PCR扩增效率与甲基化分析的结果,发现扩增效率是制约MassArray分子量阵列技术平台甲基化分析的关键因素,而产物的放置时间和不同的处理没有明显影响甲基化分析。结论:Mas-sArray甲基化分析平台是高效快速检测甲基化修饰的平台,在使用过程中应该根据实际的实验条件,进行合理的质控。 展开更多
关键词 MassArray分子量阵列技术平台 甲基化 亚硫酸盐测序 扩增效率
MassARRAY定量分析法与普通亚硫酸盐测序法检测心肌梗死大鼠模型低甲基化基因序列的效果比较 被引量:1
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作者 王鹏 申程 +11 位作者 刘湘玮 董震 马鑫 朱洪 王聪 范凡 曹全 邹云增 胡凯 任骏 孙爱军 葛均波 《上海医学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期824-827,I0002共5页
目的 通过比较MassARRAY定量分析法与普通亚硫酸盐测序法(BSP)检测心肌梗死大鼠乙醛脱氢酶(ALDH2)基因启动子甲基化的效果,为确定适用于低甲基化基因序列检测的最佳方法提供依据。方法取10只平均体重为(200±10)g的雄性Spragu... 目的 通过比较MassARRAY定量分析法与普通亚硫酸盐测序法(BSP)检测心肌梗死大鼠乙醛脱氢酶(ALDH2)基因启动子甲基化的效果,为确定适用于低甲基化基因序列检测的最佳方法提供依据。方法取10只平均体重为(200±10)g的雄性Sprague-Dawley大鼠,将其随机分入对照组和实验组,每组5只。实验组行心脏冠状动脉左前降支结扎术,制备心肌梗死模型。常规饲养7d后,取实验组大鼠心脏梗死边缘区心肌组织,同时在对照组的相同区域取材。提取边缘区心肌组织DNA,分别采用MassARRAY定量分析法和普通BSP检测两组大鼠ALDH2基因核心启动子上游同一段DNA序列甲基化情况。结果 BSP可检测显示目标区域12个CpG位点,但检测结果示对照组和实验组均无DNA甲基化发生;MassARRAY定量分析法可检测显示目标区域10个CpG位点(2号至11号位点),实验组和对照组10个CpG位点均有低度DNA甲基化(〈30%),且两组间5号、6号和7号CpG位点甲基化水平的差异均有统计学意义(P值均〈0.05)。结论 对于低甲基化基因序列,MassARRAY定量分析法较BSP拥有更好的DNA甲基化检测精度和检测效率。 展开更多
关键词 DNA甲基化 MassARRAY定量分析 普通亚硫酸盐测序 低甲基化基因序列
5-Aza对肝纤维化进程及miR-29b基因异常甲基化的影响 被引量:1
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作者 林德照 郑建建 +2 位作者 林镯 董培红 俞富军 《中国卫生检验杂志》 北大核心 2014年第9期1229-1231,1235共4页
目的 观察5-氮杂-2′-脱氧胞苷(5-Aza)对TGF-β1诱导的HSC-T6细胞株活化状态及miR-29b基因甲基化的影响。方法 采用MTT、qRT-PCR及Westernblot技术检测5-Aza治疗组细胞活化状态及miR-29b含量;BSP及TA克隆检测miR-29b启动子区CpG岛甲... 目的 观察5-氮杂-2′-脱氧胞苷(5-Aza)对TGF-β1诱导的HSC-T6细胞株活化状态及miR-29b基因甲基化的影响。方法 采用MTT、qRT-PCR及Westernblot技术检测5-Aza治疗组细胞活化状态及miR-29b含量;BSP及TA克隆检测miR-29b启动子区CpG岛甲基化的改变。结果 相较TGF-β1组,5-Aza组细胞增殖率下调为58.62%(P〈0.05)且Ⅰ型胶原及α-SMA的mRNA及蛋白均显著下降(P〈0.05)。miR-29b在5-Aza治疗后呈时间依赖性上升(P〈0.05)。BSP及TA克隆显示5-Aza组miR-29b甲基化率为7.27%,呈现下调(P〈0.05)。结论 5-Aza可负性调控肝纤维化进程,这与miR-29b启动子区去甲基化进程密切相关。 展开更多
关键词 肝纤维化 miR-29b 亚硫酸盐测序PCR TA克隆
西藏小型猪IGFBP-3基因甲基化与表达差异分析 预览 被引量:3
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作者 许无恨 马强 +7 位作者 王佳 官员 房希碧 田来明 郝林琳 于浩 张英 刘松财 《扬州大学学报:农业与生命科学版》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期7-11,共5页
为研究西藏小型猪类胰岛素生长因子结合蛋白3(IGFBP-3)基因甲基化及表达差异,对IGFBP-3基因的CpG岛甲基化程度、mRNA及蛋白表达水平进行分析,并以军牧一号猪为对照。结果表明:西藏小型猪肝脏组织中IGFBP-3基因CpG岛甲基化水平显著高... 为研究西藏小型猪类胰岛素生长因子结合蛋白3(IGFBP-3)基因甲基化及表达差异,对IGFBP-3基因的CpG岛甲基化程度、mRNA及蛋白表达水平进行分析,并以军牧一号猪为对照。结果表明:西藏小型猪肝脏组织中IGFBP-3基因CpG岛甲基化水平显著高于军牧一号猪(P〈0.05);西藏小型猪不同组织中IGFBP-3mRNA表达量均显著高于军牧一号猪(P〈0.05);同时肾脏中IGFBP-3蛋白含量显著高于军牧一号猪(P〈0.05)。这为猪生长发育调控及促生长机制提供了分子依据。 展开更多
关键词 西藏小型猪 IGFBP-3基因 甲基化 亚硫酸盐测序PCR
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奶牛乳腺组织RPS6KB1基因启动子甲基化分析 被引量:3
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作者 郑宜文 王春梅 +2 位作者 高学军 王小艳 李庆章 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期469-474,共6页
DNA甲基化是目前生命科学领域的研究热点之一,DNA甲基化在维持细胞功能、遗传印记、个体生长发育中起着重要作用.本研究采用亚硫酸氢盐测序(BSP)技术检测了不同发育时期奶牛乳腺组织及不同乳品质泌乳期奶牛乳腺组织RPS6KBl启动子的... DNA甲基化是目前生命科学领域的研究热点之一,DNA甲基化在维持细胞功能、遗传印记、个体生长发育中起着重要作用.本研究采用亚硫酸氢盐测序(BSP)技术检测了不同发育时期奶牛乳腺组织及不同乳品质泌乳期奶牛乳腺组织RPS6KBl启动子的甲基化特征,实时荧光定量PCR检测RPS6KBl基因mRNA差异表达.实验结果显示,在RPS6KBl基因启动子内存在CpG及非CpG的甲基化模式,其中泌乳期奶牛之间甲基化水平相似,妊娠期奶牛甲基化程度高于泌乳期奶牛.荧光定量结果显示不同发育时期,RPS6KBl基因mRNA水平表达差异显著(P〈0.05),而两组泌乳期奶牛之间差异不显著(P〉0.05).说明RPS6KBl的表达受到其启动子甲基化的调控,非CpG甲基化模式可能具有与CpG甲基化模式相似的生物学功能,参与RPS6KBl的表达调控. 展开更多
关键词 奶牛 乳腺 RPS6KB1 亚硫酸盐测序(BSP) DNA甲基化
应用BSP联合TA克隆测序检测胰腺癌中RASSF1A基因启动子区异常甲基化 被引量:1
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作者 彭泉 张立洁 +4 位作者 蔡辉华 高文涛 赵成功 钱祝银 苗毅 《南京医科大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期 72-76,共5页
目的:检测Ras相关区域家族1A(Ras association domain family 1A,RASSF1A)在胰腺癌细胞株中的甲基化和表达状态,探讨其启动子异常甲基化在胰腺癌发病过程中的作用。方法:采用重亚硫酸盐测序PCR(bisulfite genomic sequencing PCR,... 目的:检测Ras相关区域家族1A(Ras association domain family 1A,RASSF1A)在胰腺癌细胞株中的甲基化和表达状态,探讨其启动子异常甲基化在胰腺癌发病过程中的作用。方法:采用重亚硫酸盐测序PCR(bisulfite genomic sequencing PCR,BSP)联合TA克隆测序检测胰腺癌细胞株PANC-1及胰腺癌组织、癌旁组织及正常胰腺组织中RASSF1A启动子区CpG岛的甲基化状态,以甲基化酶抑制剂5-aza-2-deoxycitydine(5-aza-dC)处理PANC-1,观察处理前后甲基化率变化情况,逆转录PCR观察RASSF1A的mRNA表达情况。结果:在PANC-1细胞中RASSF1A启动子的甲基化率平均为100.00%,在正常胰腺、癌旁及癌组织中平均分别为1.79%、93.75%和100.00%,与正常胰腺组织相比,胰腺癌旁及癌组织的RASSF1A启动子甲基化率明显增高(P〈0.01),而癌旁及癌组织之间无明显差异(P〉0.05)。在PANC-1细胞、胰腺癌组织及癌旁组织中RASSF1A基因无表达,在正常胰腺组织中RASSF1A基因呈阳性表达;PANC-1细胞经5-aza-dC处理后,RASSF1A的甲基化率下降(88.89%,P〈0.05),mRNA表达无变化。结论:胰腺癌细胞株PANC-1及癌组织、癌旁组织RASSF1A基因表达与启动子区甲基化状态有关,启动子区的高甲基化导致PANC-1中RASSF1A基因的表达沉默。该基因异常甲基化有望成为胰腺癌的早期诊断指标和治疗靶点。 展开更多
关键词 胰腺癌 甲基化 RAS相关区域家族1A 亚硫酸盐测序PCR TA克隆
荷斯坦奶牛β-氧化关键酶ECHS1基因甲基化分析 预览 被引量:1
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作者 王凤武 姜明德 +3 位作者 付绍印 李晓奇 郭文华 闫红霞 《畜牧与饲料科学》 2014年第12期7-9,12共4页
为了检测烯脂酰辅酶A水合酶短链1(ECHS1)的甲基化状态,以同源比对克隆的方法获得荷斯坦奶牛ECHS1部分片段的序列,首先预测甲基化数目,然后采用重亚硫酸盐转化测序(BS-Seq)的方法检测了所获得片段的甲基化状态。结果表明,该试验... 为了检测烯脂酰辅酶A水合酶短链1(ECHS1)的甲基化状态,以同源比对克隆的方法获得荷斯坦奶牛ECHS1部分片段的序列,首先预测甲基化数目,然后采用重亚硫酸盐转化测序(BS-Seq)的方法检测了所获得片段的甲基化状态。结果表明,该试验成功获得了ECHS1459 bp的序列,其C+G含量为53.88%,含有28个CpG岛,其中1号、2号、9号、11号、13号、14号、17号、22号、24号、27号位点所有个体都发生了甲基化。 展开更多
关键词 烯脂酰辅酶A水合酶短链1 亚硫酸盐转化测序 甲基化
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一种用于定量分析ABO基因启动子区域甲基化水平方法的建立
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作者 应燕玲 陶苏丹 +4 位作者 和艳敏 许先国 朱发明 吕杭军 严力行 《中国卫生检验杂志》 2011年第1期4-6,共3页
目的:建立重亚硫酸盐测序法(BSP法)定量分析ABO基因启动子区CpG岛的甲基化水平。方法:提取胃癌细胞株MKN45和KatoⅢ以及人全血基因组DNA,以重亚硫酸盐转化法修饰其DNA,应用Meth Primer软件在ABO基因启动子区非CpG位点区设计4对特异... 目的:建立重亚硫酸盐测序法(BSP法)定量分析ABO基因启动子区CpG岛的甲基化水平。方法:提取胃癌细胞株MKN45和KatoⅢ以及人全血基因组DNA,以重亚硫酸盐转化法修饰其DNA,应用Meth Primer软件在ABO基因启动子区非CpG位点区设计4对特异性甲基化扩增引物,将ABO启动子附近区域的CpG岛分成4个片段分别扩增,优化PCR扩增条件后进行T-A载体克隆和测序分析,采用BiQ Analyzer软件分析ABO基因启动子区CpG岛的甲基化水平。结果:PCR扩增获得了约2kb的完整CpG岛片段,共包含191个CpG位点,测序图谱证实亚硫酸盐转化修饰完全。MKN28细胞株整个CpG岛内191个检测的CpG位点全部甲基化,细胞株KatoⅢ甲基化比例为8.9%,随机标本DNA甲基化比例为30.4%。结论:建立的方法可检测出ABO基因启动子区CpG岛所有CpG位点的甲基化状况,定量分析其甲基化水平。 展开更多
关键词 亚硫酸盐直接测序 甲基化 CPG岛 定量
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