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小西葫芦黄花叶病毒山东南瓜和丝瓜分离物全基因组序列分析
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作者 王健 冀树娴 +3 位作者 王莹 耿超 李向东 田延平 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期784-796,共13页
在山东泰安采集到两个表现黄花叶症状的丝瓜和南瓜样品中检测到小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV);通过RT-PCR和RACE方法获得了两个分离物的全基因组序列,分别命名为CN:Cm:17(丝瓜分离物)和CN:Lc:17(南瓜分离物)... 在山东泰安采集到两个表现黄花叶症状的丝瓜和南瓜样品中检测到小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV);通过RT-PCR和RACE方法获得了两个分离物的全基因组序列,分别命名为CN:Cm:17(丝瓜分离物)和CN:Lc:17(南瓜分离物)。结果表明,CN:Cm:17和CN:Lc:17基因组除Poly(A)尾巴外,分别含有9 593和9 591个核苷酸(Nucleotides,nt),通过多聚蛋白策略编码一个含3080个氨基酸的多聚蛋白。CN:Cm:17和CN:Lc:17在氨基酸水平上一致率为96.7%;CN:Cm:17与韩国分离物KR:RDA:07的氨基酸一致率最高(97.8%);CN:Lc:17与CN:CJLX30535:14和CN:spider131932:13的一致率最高(98.4%)。重组分析发现,CN:Lc:17具有显著重组事件,为KR:KR-PA:05和CN:Cm:17的重组体。基于多聚蛋白编码序列的系统进化聚类结果显示分组与分离物的地理起源存在密切相关性,所有中国分离物分别聚集在A-Ⅴ和A-Ⅵ亚组。 展开更多
关键词 小西葫芦黄花叶病毒 分离物 全基因组序列 系统发育分析 重组分析
3个黑龙江烟区烟草花叶病毒分离物的全基因组序列测定与分析 预览
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作者 姜瀚林 郭兆奎 +4 位作者 刘永中 万秀清 刘文涛 李现道 李向东 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期77-85,共9页
为明确黑龙江烟区烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)分子株系和进化特征,从哈尔滨和牡丹江感病烟草采集到HEB1、HEB2和MDJ三个样品,通过RT-PCR扩增了其全基因组序列,并进行了一致率、重组、系统发育和选择压力等分析。结果表明,3... 为明确黑龙江烟区烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)分子株系和进化特征,从哈尔滨和牡丹江感病烟草采集到HEB1、HEB2和MDJ三个样品,通过RT-PCR扩增了其全基因组序列,并进行了一致率、重组、系统发育和选择压力等分析。结果表明,3个分离物全长均为6395核苷酸(GenBank登录号分别为MH595919、MH595920和MH595921)。HEB1和MDJ与辽宁分离物Beipiao(HE818412)一致率最高,分别为98.9%和99.6%;HEB2与云南分离物Chuxiong1(HE818417)一致率最高,为97.1%。HEB1是MDJ和HEB2的重组体。在根据全基因组序列构建的系统进化树中,TMV分为3个组,其中HEB1和MDJ均属Ⅰ(U1)组,HEB2属Ⅱ(Rakkyo)组。TMV的4个基因均处于负选择,其中衣壳蛋白基因的选择压力最大。 展开更多
关键词 烟草花叶病毒 基因组全序列 系统发育分析 重组分析
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鹅细小病毒DY16株的分子鉴定及重组分析
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作者 贾婧宇 凌珏怡 +2 位作者 王志仙 王建业 朱国强 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期848-852,共5页
为了了解鹅细小病毒(goose parvovirus,GPV)田间分离株是否存在变异可能,本研究对GPV分离株DY16进行了全基因组测序和重组分析。DY16株基因组由5 046个碱基组成,与国内外的5个强毒株同源性在98.1%以上。末端倒置重复(inverted terminal ... 为了了解鹅细小病毒(goose parvovirus,GPV)田间分离株是否存在变异可能,本研究对GPV分离株DY16进行了全基因组测序和重组分析。DY16株基因组由5 046个碱基组成,与国内外的5个强毒株同源性在98.1%以上。末端倒置重复(inverted terminal repeats,ITR)由414个碱基组成,与已报道的多个GPV强毒株同样在ITR的回文区茎部存在14个碱基对缺失。Simplot软件在DY16株VP1基因内部检测到2个重组信号,序列比对显示DY16株位于重组第1区域的10个和重组第2区域8个核苷酸位点分别与匈牙利的B株和国内弱毒疫苗株SYG61v相一致,而不同于先前的国内强毒株,但均未产生氨基酸改变。不同来源毒株在VP1基因内部重组对于GPV致病性的影响有待深入探究。 展开更多
关键词 鹅细小病毒 分子鉴定 重组分析 核苷酸
一株引起病毒性脑炎的柯萨奇B组5型病毒全基因组分析
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作者 张海浩 赵义林 +6 位作者 张捷 李倩 李剑兰 丁丽莎 黄小琴 杨昭庆 马绍辉 《中国病毒病杂志》 CAS 2018年第1期26-32,共7页
目的对一株病毒性脑炎病原柯萨奇病毒B5(coxsackievirus B5,CV-B5)分离株KMA2/YN/CHN/2010的全基因组及其遗传特性进行分析。方法对297份病毒性脑炎患者脑脊液在RD细胞进行病毒分离;提取病毒RNA,采用RT-PCR移步法分段扩增CV-B5全长基... 目的对一株病毒性脑炎病原柯萨奇病毒B5(coxsackievirus B5,CV-B5)分离株KMA2/YN/CHN/2010的全基因组及其遗传特性进行分析。方法对297份病毒性脑炎患者脑脊液在RD细胞进行病毒分离;提取病毒RNA,采用RT-PCR移步法分段扩增CV-B5全长基因,经测序和拼接后,利用MEGA 7.0和SimPlot 3.5.1等软件进行分析。结果通过分离获得一株阳性分离株,经鉴定为CV-B5 KMA2/YN/CHN/2010株,其基因组全长为7 395 bp,编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。与其他CV-B5病毒分离株的全基因组的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.6%~98.8%和93.1%~98.1%;KMA2/YN/CHN/2010与其他CV-B5株在各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为75.0%~100.0%和88.8%~100.0%。其中与A210/KM/09株同源性最高。进化分析发现CV-B5分4个基因型,KMA2/YN/CHN/2010属于C基因型。通过重组分析发现KMA2/YN/CHN/2010可能为重组株。结论 KMA2/YN/CHN/2010与其他中国株一样同属于C基因型。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒B组5型病毒(CV-B5) 全基因组 肠道病毒 进化树分析 重组分析 同源性分析
两株田间重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定、进化分析及其致病性研究 被引量:1
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作者 王新港 王傲杰 +4 位作者 周峰 崔丹丹 常洪涛 陈陆 王川庆 《病毒学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期362-371,共10页
为了解2型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV2)田间毒株重组特征,本研究对两株分离物(HENXX-8、HENJY-2)进行全基因测序、进化分析及毒力测定,并对其全基因序列进行重组分析。结果显示,两个毒株均属于PRRSV 2,两者与其代表株VR-2332的... 为了解2型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV2)田间毒株重组特征,本研究对两株分离物(HENXX-8、HENJY-2)进行全基因测序、进化分析及毒力测定,并对其全基因序列进行重组分析。结果显示,两个毒株均属于PRRSV 2,两者与其代表株VR-2332的核苷酸相似性分别为85.6%、85.7%;与高致病性PRRSV(HPPRRSV)毒株JXA1、TJ和WUH4株分别为85.7%-85.8%、85.4%-85.5%;与经典毒株CH-1a、HB-2(sh)分别为84.7%-85.7%、84.5%-85.7%;而与所有NADC30类毒株均在90.0%以上。全基因、ORF5及Nsp2序列进化分析结果均显示两个分离物与国内报道的类NADC30毒株遗传距离较近,同处于一个分支。全基因组重组分析结果表明,两个分离毒株存在明显重组现象,且重组模式均以类NADC30毒株为骨架病毒,与HP-PRRSV毒株发生重组。但重组对象不同:HENJY-2是由类NADC30毒株与TJ株发生重组;而HENXX-8则是由类NADC30毒株与WUH4、TJ株发生3毒株间重组。由于重组部位序列缺乏特异性分子标志,因此无法确定与类NADC30发生重组的是HP-PRRSV还是其减毒的疫苗毒株。两株分离物的重组部位与早期分离毒株HENANHEB、JL580等有所不同,均未涉及到ORF5基因,而是集中在Nsp1-Nsp2以及ORF2a-ORF3区域,主要发生在病毒基因组的靠5#端(30-7 000bp)和3#端(11 000-13 000bp)处。对部分重要基因的核苷酸相似性分析结果显示,两个分离株的ORF2a、ORF3基因与HP-PRRSV毒株相似性最高,表明重组病毒的这两个基因可能来自HPPRRSV毒株。致病性试验结果表明,参考毒株HENXC-4的毒力略高于分离毒株HENXX-8,主要表现在体温升高、日均增重降低和肺部病变上。但两个分离物均未引起发病猪死亡。以上结果表明,目前PRRSV2在田间的基因重组事件存在随机性,提示不同毒株在田间的存在会加剧PRRSV重组事件的发生和流行、毒株类型更加复杂,从而增加了临床防控难度。因此,慎重使用活疫苗� 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) 病毒分离鉴定 NADC30 HP-PRRSV 全序列 遗传进化分析 重组分析 致病性
1株田间自然重组PRRSV类NADC30毒株的分离鉴定及序列分析
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作者 崔丹丹 彭志锋 +3 位作者 王傲杰 王新港 周峰 王川庆 《中国兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期1071-1076,共6页
为了解田间猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRsv)的流行及变异情况,本研究将PRRSV阳性样品接种到Marc-145细胞并传代后成功分离到1株PRRSV,将其命名为HENZMD-9,并对其全基因序列进行测定和分析。结果显示,HENZMD-9为1株类美国NADC30毒... 为了解田间猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRsv)的流行及变异情况,本研究将PRRSV阳性样品接种到Marc-145细胞并传代后成功分离到1株PRRSV,将其命名为HENZMD-9,并对其全基因序列进行测定和分析。结果显示,HENZMD-9为1株类美国NADC30毒株,并与国内高致病性PRRSV(HP—PRRRSV)毒株的2个片段发生重组,这2个片段分别来自HP—PRRSV JXA1株的细胞传代致弱株JXA1-P80及JXA1P45,分别位于基因组5’端及开放式阅读框lab区域,表明HENZMD-9很有可能与JXA1-R疫苗回复株发生了重组,提示不同类型毒株在田间的共存会加剧PRRSV的演变,从而增加临床防控难度。因此,持续监测PRRSV田间流行及变异动态对PRRSV的防控具有一定的,临床指导意义。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 分离鉴定 序列分析 重组分析 类NADC30株 JXA1-R疫苗回复突变株
甘蔗花叶病毒2个山东分离物的全基因组序列分析 被引量:1
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作者 程德杰 闫志勇 +3 位作者 黄显德 田延平 原雪峰 李向东 《植物病理学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期357-363,共7页
甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒。本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171... 甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒。本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171814和KU171815)。序列分析结果表明,DWK1和DWK2基因组全长分别为9 575和9 576个核苷酸(nucleotides,nt),开放阅读框均为9 192 nt,编码3 063个氨基酸的多聚蛋白。DWK1和DWK2的全基因组核苷酸一致率为81.7%,DWK1与山西分离物SX(AY569692)的核苷酸一致率最高,为90.9%;DWK2与河北分离物BD8(JN021933)核苷酸一致率最高,达99.4%。二者在系统进化树中分别被聚类到Ⅰ组和Ⅳ组。重组分析发现,DWK1是HN(AF494510)、Guangdong(AJ310105)和BD8 3个分离物的重组体。选择压力分析表明,SCMV 11个蛋白的dN/dS值都小于1,均处于负选择,但在P1、P3和CP中存在正选择位点。本研究结果可为甘蔗花叶病毒株系的监测及防控提供理论指导。 展开更多
关键词 全基因组序列 系统发育分析 重组分析 甘蔗花叶病毒
全基因组序列的系统发育与重组分析鉴定我国马铃薯Y病毒株系 预览
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作者 蔡伟 杨宏凯 +2 位作者 沈建国 邹文超 高芳銮 《激光生物学报》 CAS 2017年第4期350-359,共10页
为明确我国马铃薯Y病毒y,PVY)株系组成及其在不同寄主上的分布特征,文章对31条PVY中国分离物的基因组编码区进行了系统发育及重组分析.系统发育分析结果显示,最大似然法(maxmmmlikelihood,ML)和邻接法(neighbor-joining,NJ)重建的... 为明确我国马铃薯Y病毒y,PVY)株系组成及其在不同寄主上的分布特征,文章对31条PVY中国分离物的基因组编码区进行了系统发育及重组分析.系统发育分析结果显示,最大似然法(maxmmmlikelihood,ML)和邻接法(neighbor-joining,NJ)重建的系统发育拓扑结构基本-致,GF_YL20、FZ10、DF、SD1、1116和9703-3等6个分离物均未与已知株系相聚,其他株系来源相同的分离物以较高的自展值相聚成簇,显示出较强的株系特异性.重组分析显示,31个PVY分离物中,共有28个PVY分离物均检测到具有显著的重组信号,这些分离物主要包括PVYN_Wl、PVYN?和PVYN?_?三种株系.进一步分析显示,分离物1104、DF、SD1、1116和9703-3为未报道过的PVY新重组分离物.株系统计结果显示PVY重组株系已上升为优势株系,生产上需要密切注意这些株系,尤其新重组分离物的发展动态.以上结果表明,综合应用PVY全基因组序列的系统发育和重组分析,可以实现PVY株系的准确鉴定. 展开更多
关键词 马铃薯Y病毒 系统发育分析 重组分析 株系鉴定
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上海郊区牛病毒性腹泻病毒(BVDV)基因型分析 预览
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作者 谢春芳 于瑞嵩 +4 位作者 董世娟 陈冰清 冯蒙 缪德年 李震 《上海农业学报》 CSCD 2017年第3期119-123,共5页
采用RT-PCR方法对2014年在上海郊区某奶牛场分离得到的牛病毒性腹泻病毒(BVDV SHYB)进行基因组5'UTR、Npro和E2基因扩增,并对PCR产物进行克隆、测序和BLAST比对分析,构建系统进化树和进行SimPlot重组分析。结果表明:2014年上海郊区... 采用RT-PCR方法对2014年在上海郊区某奶牛场分离得到的牛病毒性腹泻病毒(BVDV SHYB)进行基因组5'UTR、Npro和E2基因扩增,并对PCR产物进行克隆、测序和BLAST比对分析,构建系统进化树和进行SimPlot重组分析。结果表明:2014年上海郊区奶牛场感染的BVDV 5'UTR保守序列与猪源性BVDV-1m亚型的ZM-95病毒株高度同源,属BVDV-1m基因亚型,命名为BVDV-1 SHYB;紧接着BVDV-1 SHYB病毒株5'UTR序列后面的Npro基因与BVDV-1b亚型病毒株同源性高,在5'UTR基因的3'端与Npro基因连接处有基因重组位点。 展开更多
关键词 牛病毒性腹泻病毒 基因型 同源性 重组分析
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番鸭细小病毒YL08株VP1基因重组分析
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作者 黎明 董慧莹 于天飞 《黑龙江畜牧兽医:下半月》 北大核心 2017年第3期117-119,283共4页
为确定番鸭细小病毒(MDPV)YL08株的起源和进化过程,基于VP1全基因序列,将YL08株与其他6株MDPV中国大陆株进行了基因重组分析。系统进化树分析表明:7株MDPV可分成3组,MDPV-Ⅰ、MDPV-Ⅱ和MDPV-Ⅲ。MDPV-Ⅰ仅仅包括1株MDPV,为黑龙江的Y... 为确定番鸭细小病毒(MDPV)YL08株的起源和进化过程,基于VP1全基因序列,将YL08株与其他6株MDPV中国大陆株进行了基因重组分析。系统进化树分析表明:7株MDPV可分成3组,MDPV-Ⅰ、MDPV-Ⅱ和MDPV-Ⅲ。MDPV-Ⅰ仅仅包括1株MDPV,为黑龙江的YL08株;MDPV-Ⅱ包括3株MDPV,为广东GD株以及福建P株和P1株;MDPV-Ⅲ包括2株MDPV,为广西MDPV-GX5株和上海SAAS-SHNH株。通过Sim Plot软件和系统进化树进行的重组分析表明,MDPV YL08株来源于MDPV-Ⅱ和MDPV-Ⅲ之间的重组。这是首次发现在MDPV VP1基因间存在重组现象。 展开更多
关键词 番鸭 细小病毒YL08株 起源与进化 VP1基因 重组分析 系统进化树
新疆加工番茄马铃薯Y病毒株系鉴定 被引量:1
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作者 梁学超 路遥 +2 位作者 刘丽娜 郑银英 向本春 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期739-747,共9页
马铃薯Y病毒(Potato virusy,PVY)是世界范围内对茄科属植物造成影响的重要病毒,为了解PVY对新疆加工番茄的危害,本文采集205份加工番茄样品进行血清学检测,结果PVYo、PVYO/N/C、PVYN检出率分别为20%、18.05%O%,且PVY不同... 马铃薯Y病毒(Potato virusy,PVY)是世界范围内对茄科属植物造成影响的重要病毒,为了解PVY对新疆加工番茄的危害,本文采集205份加工番茄样品进行血清学检测,结果PVYo、PVYO/N/C、PVYN检出率分别为20%、18.05%O%,且PVY不同株系总检出率达24.9%。根据血清学检测结果,在苋色藜(Chenopodium amaranticolor)上进行单斑分离获得2个PVY分离物S1-10、S2—12,其基因组序列分析结果显示,S1-10分离物是PVYO与PVYN的重组体,属于PVYN-O株系,S2-12属于PVYO株系。本研究表明新疆加工番茄上的PVY主要为PVY-NO。和PVYO株系。 展开更多
关键词 血清学 基因组 序列分析 重组分析
西藏部分地区12株藏族人群C/D重组型乙型肝炎病毒全基因序列分析 被引量:1
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作者 刘铁柱 沈立萍 +8 位作者 尹文娇 王锋 王富珍 张国民 郑徽 顿珠多吉 张爽 毕胜利 崔富强 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期156-160,共5页
为了解藏族人群中流行的乙型肝炎病毒(HBV)基因型及基因重组状况,收集藏族人群HBsAg阳性样本,提取HBV DNA并用巢氏PCR的方法扩增HBV全长序列,测序后用DNAstar软件拼接全基因序列,进一步利用MEGA6和Simplot软件进行序列同源性和系统进... 为了解藏族人群中流行的乙型肝炎病毒(HBV)基因型及基因重组状况,收集藏族人群HBsAg阳性样本,提取HBV DNA并用巢氏PCR的方法扩增HBV全长序列,测序后用DNAstar软件拼接全基因序列,进一步利用MEGA6和Simplot软件进行序列同源性和系统进化分析。应用该方法获得12株藏族人群HBV全基因序列,分析结果显示12株样本为C/D重组型,其中9株样本的重组位点位于nt750,3株样本的重组位点位于nt 1526,以此可分为两种重组方式,分别命名为C/Da和C/Db;从总体序列同源性来分析12株样本均属于C基因型,且与现有的C1-C15亚型的核苷酸差异均大于4%,与C1亚型最为接近。从地理分布来看,C/Da来自西藏中部和北部的拉萨市、阿里和林芝地区,C/Db均来自西藏南部的山南地区,提示两种重组型C/Da和C/Db在西藏地区的地理分布具有一定规律。研究结果可为西藏地区特殊HBV基因重组、基因特征分析、病毒进化研究以及当地乙肝防控提供参考。 展开更多
关键词 藏族人群 乙肝病毒 全基因序列 重组分析
猪和鸡戊型肝炎病毒基因重组分析
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作者 张跃 马春丽 +3 位作者 王芬 黄宇辰 王典 马德星 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第5期30-32,279,280共5页
鸡戊型肝炎病毒(avian Hepatitis E virus,a HEV)衣壳蛋白的抗血清可以与猪戊型肝炎病毒(swine Hepatitis E virus,s HEV)的衣壳蛋白发生交叉反应,提示上述两种病原之间存在某种相关性。为了研究s HEV和a HEV之间是否存在基因重组现... 鸡戊型肝炎病毒(avian Hepatitis E virus,a HEV)衣壳蛋白的抗血清可以与猪戊型肝炎病毒(swine Hepatitis E virus,s HEV)的衣壳蛋白发生交叉反应,提示上述两种病原之间存在某种相关性。为了研究s HEV和a HEV之间是否存在基因重组现象,试验应用生物信息学方法对s HEV和a HEV的重组进行了系统分析,共收集了具有代表性的61条s HEVs全基因组序列,11条a HEVs全基因组序列,应用RDP4.24和Sim Plot3.5.1生物学软件对重组事件进行了分析。结果表明:a HEV与s HEV之间没有发现明确的重组信号,但s HEV间存在两个重组信号,分别存在于DQ450072毒株的1 993~2 724位核苷酸碱基和4 745~5 754位核苷酸碱基区间内。说明a HEV与s HEV之间不存在重组现象。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒 基因 重组分析
烟草脉带花叶病毒基因组序列分析 预览
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作者 蔡联合 陈媛媛 +10 位作者 谢小东 魏攀 张剑锋 王忠 李锋 魏春阳 王燃 武明珠 罗朝鹏 杨军 林福呈 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第6期113-120,共8页
为了探明烟草脉带花叶病毒危害和流行的机制,使用RT-PCR技术扩增获得TVBMV云南分离物YN9.1基因组全序列,并进行了基因组结构、序列同源性、氨基酸保守基序、系统进化和重组分析。结果表明:(1)YN9.1基因组具有Potyvirus属病毒典型特征... 为了探明烟草脉带花叶病毒危害和流行的机制,使用RT-PCR技术扩增获得TVBMV云南分离物YN9.1基因组全序列,并进行了基因组结构、序列同源性、氨基酸保守基序、系统进化和重组分析。结果表明:(1)YN9.1基因组具有Potyvirus属病毒典型特征,含有在Potyvirus属病毒中较为少见的NIb/CP切割位点Q/N;(2)YN9.1与其它分离物核苷酸序列同源性为90.5-91.1%,氨基酸序列同源性为95.2-96.2%。与YND核苷酸和氨基酸序列同源性最高;(3)对HC-Pro和CP保守基序进行了分析。YN9.1具有RITC、PTK、DAG等病毒蚜虫传播保守基序,其中RITC在Potyvirus属病毒中常见形式为KITC;(4)系统进化树分析结果显示,TVBMV进化形成2个组,云南分离物独立进化形成一组,TVBMV进化与地域具有明显的相关性;(5)重组分析发现PY为ZC1和YN的组内重组体,重组位点位于HC-Pro 3’末端和NIb 5’端。 展开更多
关键词 烟草脉带花叶病毒 保守基序 序列分析 进化分析 重组分析
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ACLSV山东苹果分离物基因重组及CP序列多样性分析 预览
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作者 李科 时洪伟 +3 位作者 荆陈沉 孙现超 周常勇 青玲 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第14期2857-2867,共11页
【目的】明确苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)山东苹果分离物全基因组的分子特征、潜在重组事件及CP基因的多样性。【方法】采用RT-PCR分段扩增、克隆、拼接获得ACLSV全基因组序列,对其进行分子特征描述,并... 【目的】明确苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)山东苹果分离物全基因组的分子特征、潜在重组事件及CP基因的多样性。【方法】采用RT-PCR分段扩增、克隆、拼接获得ACLSV全基因组序列,对其进行分子特征描述,并与已报道的16条全长基因组或近全长基因组序列进行比较和系统发育分析,同时扩增其CP进行多样性分析。【结果】扩增得到ACLSV山东苹果分离物QD-13全基因组序列(Gen Bank登录号KJ522693),QD-13全长7 557 nt,包含3个ORF。构建进化树分析表明,QD-13与日本苹果分离物B6聚为一簇,二者相似性最高,为85.9%。17条ACLSV分离物基因组分段比较表明,5′端和3′端差异较大;ORF3保守性相对较高,除分离物Ta Tao 5和MS外,其推导的氨基酸序列相似性均在91.2%以上。ORF1编码区527—665 aa区域保守性差,所比较的17条序列在该区域的相似性为15.4%—59.7%。基因组重组分析以P≤0.05为标准,3种以上算法同时检测到则为有意义重组事件,结果显示,QD-13存在3个重组事件,它们分别发生在6 507—6 247、6 397-6 497和3 851—4 760 nt。扩增QD-15、QD-20和YT-24分离物ACLSV的CP,共获得22条序列,可分为3种类型。对CP氨基酸序列进行比对分析表明,3种类型为不同氨基酸保守位点的组合,分别是Met60-Ser73-Ser79-Asp82-Asn97-Gly98、Leu59-Met83-Ile193和Ala40-Leu60-Ala72-Phe75-Ile86-Arg88-Ser130-Gly137-Met184。【结论】报道了中国ACLSV苹果分离物的完整基因组序列;明确了其基因组分子特点并发现了3个主要的潜在重组事件;ACLSV山东苹果分离物CP存在3种序列类型,具有丰富的多样性。 展开更多
关键词 苹果褪绿叶斑病毒 基因组 外壳蛋白 多样性 重组分析
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腺病毒7型河南分离株全基因序列测定及重组分析 被引量:2
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作者 黄学勇 王海霞 +2 位作者 许玉玲 聂轶飞 许汴利 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2014年第9期804-807,共4页
目的了解腺病毒7型河南分离株(hAdV35/Henan/2010)全基因特征及与其他腺病毒之间的进化重组关系。方法设计39对全长引物,采用RT-PCR方法扩增河南分离株腺病毒全序列,用DNASTAR中的SeqMan拼接全序,运用BioEdit进行序列剪齐,运用Mega4.... 目的了解腺病毒7型河南分离株(hAdV35/Henan/2010)全基因特征及与其他腺病毒之间的进化重组关系。方法设计39对全长引物,采用RT-PCR方法扩增河南分离株腺病毒全序列,用DNASTAR中的SeqMan拼接全序,运用BioEdit进行序列剪齐,运用Mega4.0分析基因组编码蛋白hexon、fiber、E4和penton区域氨基酸与核苷酸的同源性,并与其他腺病毒序列绘制进化树,运用Simplot软件进行序列重组分析。结果 hAdV35/Henan/2010基因组全长35 234bp,与其他腺病毒相比,基因组氨基酸和核苷酸同源性为68.0%-99.8%和46.5%-99.5%。不同编码区hexon、fiber、E4和penton的核苷酸同源性分别为72.4%-95.4%、74.1%-97.0%、55.7%-92.7%和69.9%-99.3%。进化树分析显示河南分离株与腺病毒7型疫苗株同属一支,与腺病毒3型进化分支最近,Bootsacn分析显示与B亚属腺病毒在多个区域发生重组,尤其与腺病毒3在hexon区域高度重组。结论 hAdV35/Henan/2010与B族腺病毒亲缘关系较近,与hAdV3在hexon区域存在重组。 展开更多
关键词 腺病毒7型 基因进化树 重组分析
2009年广州人肠道病毒EV71型分离株重组分析
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作者 关琳琳 汪杨 +3 位作者 罗燕芬 徐霖 张定梅 曹开源 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期299-303,共5页
对人肠道病毒EV71型2009年广州分离株Guangzhou09构建序列系统进化树并分析其重组特点。P1、P2和P3区种系发生进化树提示该分离株发生重组,相似性曲线以及bootscan进一步分析显示该分离株于非结构编码蛋白2B片段区(核苷酸位置4 027 b... 对人肠道病毒EV71型2009年广州分离株Guangzhou09构建序列系统进化树并分析其重组特点。P1、P2和P3区种系发生进化树提示该分离株发生重组,相似性曲线以及bootscan进一步分析显示该分离株于非结构编码蛋白2B片段区(核苷酸位置4 027 bp)处存在EV71亚型C4ShanghaiFJ713137与CVA409-HQ728260型间重组。该分离株与中国大陆目前优势株流行趋势一致,是广州首例发生型间重组且由C4亚型及CVA4型发生重组。 展开更多
关键词 手足口病 肠道病毒EV71型 重组分析
烟草PVYN辽宁分离物全序列测定与分析 预览 被引量:2
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作者 王芳 高正良 +3 位作者 周本国 许大凤 安梦楠 吴元华 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第4期109-113,共5页
利用引起烟草脉坏死病的马铃薯Y病毒脉坏死株系辽宁分离物(PotatovirusY—veinnecrosisstrainLiaoningisolate,PvY”LN),以GenBank中已有的PvY全序列为基础,设计特异引物。通过总RNA提取、RT-PCR、3’RACE和5’RACE扩增及序列测定... 利用引起烟草脉坏死病的马铃薯Y病毒脉坏死株系辽宁分离物(PotatovirusY—veinnecrosisstrainLiaoningisolate,PvY”LN),以GenBank中已有的PvY全序列为基础,设计特异引物。通过总RNA提取、RT-PCR、3’RACE和5’RACE扩增及序列测定,测得PvY”“全长基因组序列(NCBI登录号为JQ971975)包括9714个碱基(含PolyA尾),整条序列仅包含一个由9186个碱基组成的开放读码框(ORF),编码一条包含3061个氨基酸的多聚蛋白。对所得序列进行BLAST,利用MEGA软件对所测得的PvY”“全序列与GenBank中已有的PVY全序列及氨基酸进行系统进化分析,发现PVYN。LN分离物与己报道的PVY”株系具有较高的进化亲缘关系,该分离物属于pvyN株系。序列重组分析软件RDP4分析,该序列无重组。 展开更多
关键词 烟草 PVYN 基因组全序列 重组分析
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基于完善内部控制的国有控股集团企业重组分析 预览
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作者 徐冬梅 王明虎 《美中经济评论:英文版》 2008年第12期 51-55,共5页
集团企业的成功运作需要良好的内部控制,而中国目前的国有企业集团内部控制存在多方面的问题,这些问题的存在严重影响了集团企业的运作效果、本文分析了国有企业集团内部控制存在的问题及其原因,并以此为依据提出了改革中国国有控股... 集团企业的成功运作需要良好的内部控制,而中国目前的国有企业集团内部控制存在多方面的问题,这些问题的存在严重影响了集团企业的运作效果、本文分析了国有企业集团内部控制存在的问题及其原因,并以此为依据提出了改革中国国有控股企业集团的建议。 展开更多
关键词 内部控制 国有控股集团 集团运作模式 重组分析
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企业产权改革:困难究竟在哪里——四通产权改革重组分析 预览 被引量:1
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作者 袁万福 莫扬 《企业经济》 北大核心 2000年第1期 6-8,共3页
中国80年代最著名的民营高科技企业四通集团,最近的产权改革引起了广泛关注。四通自从1987年提出产权改革的要求,十多年来曲折反复,历尽波折,斗转星移,而今终于让人们看到了一个较为明朗的结局。回顾反思,不能不令人感慨万千。几... 中国80年代最著名的民营高科技企业四通集团,最近的产权改革引起了广泛关注。四通自从1987年提出产权改革的要求,十多年来曲折反复,历尽波折,斗转星移,而今终于让人们看到了一个较为明朗的结局。回顾反思,不能不令人感慨万千。几乎可以说,四通的成长过程和产权改革历程乃是中国民营企业特殊的发展历史以及经济社会改革变迁的生动见证,值得认真剖析。一、四通的产权危机四通集团最初本是由7个创业者毅然走出中科院,冒着巨大的风险,凭着自己的智慧和艰苦努力,利用借贷资金办起来的。他们共同承担着借贷的责任和企业经营的风险,因此在企业制度上,一开始可以说是个“合伙企业”。然而,也是从一开始起,就遇到了两方面的麻烦。一是 展开更多
关键词 企业 产权制度改革 重组分析 民营企业
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