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变应性鼻炎患者鼻黏膜微小RNA的表达谱及其意义 预览
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作者 冯娟 张秀利 +2 位作者 阳玉萍 王燕 张华 《新疆医科大学学报》 CAS 2019年第10期1284-1289,共6页
目的探讨变应性鼻炎(AR)患者鼻黏膜微小RNAs(miRNAs)的表达谱特点,阐明miRNAs在AR的发病、诊断及治疗中的作用。方法研究设AR组及非变应性鼻炎患者(对照组),对其鼻黏膜进行总RNA抽提,应用RNA-seq技术对鼻黏膜miRNA进行差异表达谱的分析... 目的探讨变应性鼻炎(AR)患者鼻黏膜微小RNAs(miRNAs)的表达谱特点,阐明miRNAs在AR的发病、诊断及治疗中的作用。方法研究设AR组及非变应性鼻炎患者(对照组),对其鼻黏膜进行总RNA抽提,应用RNA-seq技术对鼻黏膜miRNA进行差异表达谱的分析。利用芯片技术,对miRNA进行二级结构的预测,从而判断和预测新的miRNA。比较2组新预测的miRNA的异常表达,筛选其miRNA,构建AR的新预测miRNA异常表达谱。结果将所有序列与rfam数据库进行比对,得到其中miRNA的具体分布情况。通过miRNA芯片,检测共有172个新预测的miRNA在2组鼻黏膜组织中表达,而AR组标本中表达的miRNA共有351个,有84个预测的miRNA在AR组共同表达。在对照组样品中表达的有342个,有85个预测的miRNA在对照组共同表达。本研究数据得到的6个新预测的miRNA在样本间差异表达(P<0.05)。对于得到的新预测的miRNA,使用软件miRand、RNAhybrid预测其靶基因。以新预测的128883为例,其对应的miRNA靶基因为34个。差异表达miRNA靶基因富集,得到差异表达新的miRNA与8条通路有关,分别是轴突指导、突触小泡循环、急性髓性白血病、胞吞作用、ErbB信号通路、Ras信号通路、黑色素瘤和赖氨酸降解。结论变应性鼻炎患者涉及多个新预测的miRNA,以及不同的信号通路,可能为AR患者的发病机制的研究提供新的思路。 展开更多
关键词 变应性鼻炎(AR) 微小RNA(miRNA) 表达谱 靶基因预测 京都基因基因组百科全书(KEGG)
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黄瓜microRNA171的克隆与功能分析
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作者 朱早兵 虞夏清 +5 位作者 翟于菲 王盼乔 赵勤政 李季 娄群峰 陈劲枫 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期864-876,共13页
为了解microRNA171(miR171)对黄瓜的调控作用,从华北型黄瓜‘北京截头’中克隆了Csa-miR171家族的4个miRNA前体序列Csa-miR171a、Csa-miR171b、Csa-miR171c、Csa-miR171d,对前体序列进行比对与进化分析,预测成熟序列的靶基因并进一步开... 为了解microRNA171(miR171)对黄瓜的调控作用,从华北型黄瓜‘北京截头’中克隆了Csa-miR171家族的4个miRNA前体序列Csa-miR171a、Csa-miR171b、Csa-miR171c、Csa-miR171d,对前体序列进行比对与进化分析,预测成熟序列的靶基因并进一步开展了拟南芥遗传转化功能研究。结果表明,4个前体共剪切出两种成熟序列Csa-miR171a和Csa-miR171b,系统进化显示,Csa-miR171a、Csa-miR171b、Csa-miR171c、Csa-miR171d分别与甜瓜Cme-miR171e、Cme-miR171c、Cme-miR171a、Cme-miR171b同源性最近,与拟南芥、水稻、番茄等较远;Csa-miR171a、Csa-miR171b成熟序列主要靶向GRAS转录因子蛋白家族基因,拟南芥中过表达Csa-miR171a前体改变了叶片形态、颜色、抽薹时间、根、果实、花器官形态等多个表型性状。 展开更多
关键词 黄瓜 microRNA171 克隆 靶基因预测 基因
Hsa-miR-139-3p靶基因预测及生物信息学分析 预览
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作者 何楚琦 钟浩 龙鼎新 《中国现代医学杂志》 CAS 2019年第17期22-28,共7页
目的对hsa-miR-139-3p 的靶基因进行预测及相关生物信息学分析,为hsa-miR-139-3p 靶基因的实验验证及其调控机制提供理论基础。方法采用3 种软件预测hsa-miR-139-3p 的靶基因并对结果进行功能注释(GO)和信号通路富集分析(KEGG)。结果 hs... 目的对hsa-miR-139-3p 的靶基因进行预测及相关生物信息学分析,为hsa-miR-139-3p 靶基因的实验验证及其调控机制提供理论基础。方法采用3 种软件预测hsa-miR-139-3p 的靶基因并对结果进行功能注释(GO)和信号通路富集分析(KEGG)。结果 hsa-miR-139-3p 成熟序列在各物种间高度保守。获得的133 个靶基因存在于细胞各个组分,主要有转录调控、基因表达调控和蛋白连接等分子功能,并富集于发育生物学过程,涉及黏着斑信号转导以及基因信息处理等信号通路。结论 hsa-miR-139-3p 通过调控靶基因参与人类生命活动和疾病过程的很多方面,尤其生长发育和癌症过程是值得进一步研究的方向。 展开更多
关键词 hsa-miR-139-3p 靶基因预测 生物信息学
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布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测与 功能富集性分析 预览
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作者 赵宇 罗艺晨 +8 位作者 顾国靖 李博文 李文杰 周志雄 帅学宏 伍莉 陈吉轩 黄庆洲 焦寒伟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第10期2843-2850,共8页
为进行布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测,本试验利用布鲁氏菌(Brucella)感染RAW264.7细胞后,分别运用miRanda和TargetScan软件进行差异表达的mmu-miR-671-5p靶基因的预测,预测的靶基因分别有11 953和9 252个,将预测结果取交集... 为进行布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测,本试验利用布鲁氏菌(Brucella)感染RAW264.7细胞后,分别运用miRanda和TargetScan软件进行差异表达的mmu-miR-671-5p靶基因的预测,预测的靶基因分别有11 953和9 252个,将预测结果取交集进行韦恩(Venn)分析,重叠部分的靶基因有3 681个;利用GO与KEGG进行功能富集性分析,再利用PicTar软件进一步对mmu-miR-671-5p的靶基因进行预测,将预测结果与Venn分析结果进一步取交集,结果显示,mmu-miR-671-5p的预测靶基因有7个;实时荧光定量PCR分别验证7个预测靶基因的相对表达量发现,Tnfrsf1b与Tnip 1基因相对表达量极显著降低(P<0.01);在RAW264.7细胞中转染mmu-miR-671-5p inhibitors,分别验证7个预测靶基因的相对表达量发现,Tnfrsf1b与Tnip 1基因的相对表达量极显著升高(P<0.01);对mmu-miR-671-5p与Tnfrsf1b和Tnip1的3′非翻译区(3′UTR)结合靶位点分别进行预测,结果初步表明,mmu-miR-671-5p的靶基因为Tnfrsf1b与Tnip 1,其预测结合靶位点均只有1个,分别位于Tnfrsf1b和Tnip1 3′UTR全长位置的91和305 bp。本研究结果为进一步揭示mmu-miR-671-5p在布鲁氏菌感染RAW264.7细胞过程中的功能提供科学依据。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 RAW264.7细胞 mmu-miR-671-5p 靶基因预测 功能富集性分析
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陆地棉无绒突变体miRNA的鉴定及其靶标基因分析 预览
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作者 王金金 马启峰 +1 位作者 倪志勇 范术丽 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期220-232,共13页
【目的】棉花纤维突起影响纤维的产量和品质,挖掘纤维起始相关的小RNA及其靶基因对于研究纤维起始机制至关重要。【方法】本研究以新乡小吉的野生型(Wild type,WT)及其无绒有絮突变体(Fuzzless mutant,FLM)开花当天的胚珠为材料,构建6个... 【目的】棉花纤维突起影响纤维的产量和品质,挖掘纤维起始相关的小RNA及其靶基因对于研究纤维起始机制至关重要。【方法】本研究以新乡小吉的野生型(Wild type,WT)及其无绒有絮突变体(Fuzzless mutant,FLM)开花当天的胚珠为材料,构建6个小RNA文库并进行高通量测序,以陆地棉(Gossypium hirsutum L.)基因组序列作为参考。【结果】共发现459个mi RNA,包括301个保守的mi RNA和158个新mi RNA。共得到13个差异表达的mi RNA,预测并分析了它们的靶基因。通过对靶基因的生物信息学分析结果显示,预测的这些靶基因侧重于编码HD-ZIP (Homeodomain-leucine zipper)、GRAS (Gibberellic acid insensitive,Repressor of GAI,Scarecrow)、AP2 (APETALA2)家族的转录因子,功能集中在转录和转录后调控阶段。对靶基因进行Gene Ontology (GO)注释发现,它们参与细胞分化、花药发育、花器官发育等生物学过程。随机选出4个mi RNA进行荧光定量PCR验证,结果证实了测序数据的可靠性。【结论】mi RNA通过负调控靶标转录因子和激素相关基因来影响纤维细胞的起始发育。 展开更多
关键词 陆地棉 纤维起始发育 MIRNA 小RNA测序 靶基因预测
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奶牛microRNA-205靶基因及调控网络的精细预测分析
6
作者 沈冰蕾 韩硕 +5 位作者 刘娟 邹紫雯 李鑫丽 罗林 武瑞 赵志辉 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2019年第8期874-879,共6页
目的预测奶牛microRNA-205(bta-miR-205)候选靶基因,对其进行生物信息学精细分析,构建候选靶基因参与的调控网络。方法应用miRBASE、Targetscan和miRWalk软件预测其候选靶基因,经Gene Ontology、Panther、STRING和DAVID软件进行功能注... 目的预测奶牛microRNA-205(bta-miR-205)候选靶基因,对其进行生物信息学精细分析,构建候选靶基因参与的调控网络。方法应用miRBASE、Targetscan和miRWalk软件预测其候选靶基因,经Gene Ontology、Panther、STRING和DAVID软件进行功能注释、分类统计、蛋白质互作及KEGG通路注释和富集分析,通过Cytoscape软件绘制靶基因可能重点参与的调控网络。结果 miR-205基因成熟区序列高度保守,共筛选出288个bta-miR-205候选靶基因,其参与的主要生物进程是细胞过程、代谢过程和生物调控,主要参与形成细胞器等细胞组分,主要分子功能是结合、催化作用。MAPK3等多个候选靶基因存在基因共表达和蛋白互作关系,参与免疫系统、适应性免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径显著富集在鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路。结论 bta-miR-205的候选靶基因MAPK3等可能通过参与免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径及鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路,在奶牛炎症疾病抗性、生殖及发育过程调控中发挥重要作用。 展开更多
关键词 奶牛microRNA-205 靶基因预测 调控网络 信号通路
Hsa-miR-10a-5p靶基因预测及生物信息学分析 预览
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作者 陈鸿儒 陈聪 曾怀才 《生物信息学》 2019年第3期189-194,共6页
利用生物信息学对miR-10a-5p的靶基因进行预测及相关分析,为miR-10a-5p靶基因的实验验证及其调控机制提供理论基础。通过 miRBase获取并分析人、大鼠,小鼠等物种的miR-10a-5p的碱基序列特征;使用在线数据库 Targetscan7.1,miRDB,mirDIP... 利用生物信息学对miR-10a-5p的靶基因进行预测及相关分析,为miR-10a-5p靶基因的实验验证及其调控机制提供理论基础。通过 miRBase获取并分析人、大鼠,小鼠等物种的miR-10a-5p的碱基序列特征;使用在线数据库 Targetscan7.1,miRDB,mirDIP和DIANA TOOLS等预测miR-10a-5p的靶基因,并用Venny 2.1绘制韦恩图取交集。用在线工具DAVID对交集靶基因进行GO功能注释和KEGG pathway分析。结果表明 miR-10a-5p成熟序列在各物种间高度保守。获得的79个靶基因在分子功能上主要涉及染色质结合,转录活性激活等,并显著富集于肝脏发育,脂肪组织发育等生物学过程,涉及cAMP信号通路,TNF信号通路及AMPK信号通路。miR-10a-5p通过调控靶基因参与了生命活动和疾病过程中多个方面,尤其生长发育和癌症过程,为进一步研究提供了生物学基础。 展开更多
关键词 miR-10a-5p 靶基因预测 生物信息学
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奶牛miR-124a靶基因预测及生物信息学分析
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作者 杨卓妮娜 王秀伟 +4 位作者 郭丽 张伟红 杨焕民 沈冰蕾 刘胜军 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2018年第10期1084-1089,1094共7页
目的预测奶牛miR-124a(bta-miR-124a)的靶基因,并对其生物学功能、调控机制以及参与的信号转导通路进行富集分析,为bta-miR-124a调控乳品质代谢的功能验证研究提供理论依据。方法利用miRBase、miRWalk和Targetscan等在线数据分析系统... 目的预测奶牛miR-124a(bta-miR-124a)的靶基因,并对其生物学功能、调控机制以及参与的信号转导通路进行富集分析,为bta-miR-124a调控乳品质代谢的功能验证研究提供理论依据。方法利用miRBase、miRWalk和Targetscan等在线数据分析系统,获得bta-miR-124a的前体及成熟区序列,同时预测其候选靶基因并取交集,进而对筛选获得的候选靶基因进行GO功能注释及信号通路富集分析。结果 bta-miR-124a序列在各物种间高度保守,其候选靶基因主要富集在生物调控、细胞生长、代谢等生物学过程中。KEGG信号通路显示,在癌症、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、单磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMP-activated protein,AMPK)、环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,c AMP)信号转导、脂肪酸降解、脂肪酸生物合成等信号通路中,候选靶基因均被富集。结论 bta-miR-124a的候选靶基因在癌症发生、AMPK信号转导、脂肪酸代谢中发挥重要作用。其中,脂肪酸代谢是bta-miR-124a可能参与的主要代谢调控通路。为后期bta-miR-124a在奶牛乳腺组织中调控乳脂代谢的功能机制的研究提供参考。 展开更多
关键词 miR-124a 靶基因预测 生物信息学分析 乳脂代谢 奶牛
荜茇明碱靶基因预测与其治疗肺癌的研究进展
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作者 滕文静 李洪霖 李雁 《辽宁中医杂志》 2018年第4期886-889,I0006共5页
荜茇明碱是从胡椒科植物中分离出的生物碱(酰胺类)天然产物,具有多种药理作用。本研究总结近20年相关研究发现,荜茇明碱对多种实体肿瘤及血液病均具有抑制作用,主要包括血管生成转移;活性氧簇(ROS);DNA损伤;诱导细胞凋亡;阻止细胞周... 荜茇明碱是从胡椒科植物中分离出的生物碱(酰胺类)天然产物,具有多种药理作用。本研究总结近20年相关研究发现,荜茇明碱对多种实体肿瘤及血液病均具有抑制作用,主要包括血管生成转移;活性氧簇(ROS);DNA损伤;诱导细胞凋亡;阻止细胞周期;逆转肿瘤细胞耐药6个方面,经文献挖掘后本研究发现,其抗肿瘤潜能主要涉及79个基因,而且其潜在靶基因将指向目前其未探索的方向,包括核酸变化以及细胞压力处理过程,将为荜茇明碱的进一步研究提供新的研究方向。 展开更多
关键词 荜茇明碱 靶基因预测 抗肿瘤 凋亡 肺癌
血脂异常症脾虚证患者血清microRNA差异表达谱生物信息学分析 被引量:1
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作者 杨泽民 陈滢宇 +4 位作者 杨小蓉 袁前发 陈思羽 何震宇 洪敏 《中国中西医结合杂志》 CSCD 北大核心 2018年第3期310-315,共6页
目的 通过对血脂异常症脾虚证患者血清microRNA(miRNA)表达谱和生物信息学分析,从miRNA水平上探讨脾虚证的发病机制和辨证分型。方法 选择5例血脂异常症脾虚证患者和5名健康志愿者,通过miRNA定量PCR芯片实验,筛选出两组之间差异表... 目的 通过对血脂异常症脾虚证患者血清microRNA(miRNA)表达谱和生物信息学分析,从miRNA水平上探讨脾虚证的发病机制和辨证分型。方法 选择5例血脂异常症脾虚证患者和5名健康志愿者,通过miRNA定量PCR芯片实验,筛选出两组之间差异表达的miRNA,进行靶基因预测和功能注释。结果 在血脂异常症脾虚证患者和健康志愿者的血清中发现12个差异表达miRNA,它们能将两组样本很好的区分。靶基因预测和功能注释显示,10个下调miRNA调控的178个靶基因显著富集到9个KEGG通路,主要涉及细菌和病毒等病原体入侵、脂肪酸代谢、DNA转录和修复、吞噬作用和慢性粒细胞白血病 5个方面。 2个上调miRNA调控的101个靶基因显著富集7个KEGG通路,主要涉及与增值和凋亡相关的信号通路、剪接体、药物代谢和肌萎缩性脊髓侧索硬化症4个方面。结论 本研究发现了一些血脂异常症脾虚证患者的血清miRNA标志物,并从代谢和免疫方面为脾虚证患者的发病机制提供了miRNA证据。 展开更多
关键词 脾虚证 血脂异常症 血清微小RNA 靶基因预测 功能注释
葡萄miR159家族生物信息学分析及靶基因预测分析 预览 被引量:3
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作者 葛金涛 王丽丽 +1 位作者 赵统利 刘兴满 《江西农业学报》 CAS 2018年第2期21-25,共5页
为了研究葡萄miR159基因家族在葡萄生长发育过程中发挥的作用,利用生物信息学工具和方法,对葡萄miR159家族成员进行了基因定位、前体序列二级结构预测、成熟序列保守性分析、靶基因及其功能预测以及系谱进化分析。结果显示:在葡萄miR15... 为了研究葡萄miR159基因家族在葡萄生长发育过程中发挥的作用,利用生物信息学工具和方法,对葡萄miR159家族成员进行了基因定位、前体序列二级结构预测、成熟序列保守性分析、靶基因及其功能预测以及系谱进化分析。结果显示:在葡萄miR159家族成员中vvi-miR159a和vvi-miR159b两个成员均分布在染色体15上,vvi-miR159c分布在染色体17上;葡萄miR159家族成员基本上符合进化规律;葡萄miR159家族成员的前体均可形成稳定的茎环结构,且其成熟序列都产生于其前体茎环结构的5'端臂上,其碱基序列保守性较高;葡萄miR159家族对应的靶基因主要有两个(GSVIVT01012447001与GSVIVT01037362001),经BLAST分析,主要为GAMYB转录因子家族。 展开更多
关键词 葡萄 miR159 基因家族 分子进化 靶基因预测
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microRNA靶基因预测算法的研究与发展 预览
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作者 程爽 郭茂祖 武雪剑 《智能计算机与应用》 2018年第1期1-5,13共6页
MicroRNAs(miRNAs)是一类小分子的非编码RNA,是通过与靶基因结合来抑制蛋白质的翻译和表达。研究表明,miRNA广泛参与了大量的疾病发生和发展的过程。距离miRNA首次被发现已经接近20年了,虽然关于miRNA这一关键角色的研究越来越多,但... MicroRNAs(miRNAs)是一类小分子的非编码RNA,是通过与靶基因结合来抑制蛋白质的翻译和表达。研究表明,miRNA广泛参与了大量的疾病发生和发展的过程。距离miRNA首次被发现已经接近20年了,虽然关于miRNA这一关键角色的研究越来越多,但是对于miRNA的功能和靶向机制依然不是很清楚。因此,预测miRNA靶向基因的研究显得越来越重要。本文较全面地介绍miRNA靶基因预测的相关研究,描述目前在领域内具有代表性的数据库和靶基因预测方法,并分析比较其运用方法和研究结果。最后,提出miRNA靶基因预测这一研究领域的未来发展方向。 展开更多
关键词 MICRORNA 基因 序列 表达谱 靶基因预测
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辽宁绒山羊皮肤毛囊mir-1298-5p靶基因预测及表达载体构建 预览
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作者 徐晶 张桂山 +3 位作者 孙丽敏 白曼 项露杰 姜怀志 《中国农学通报》 2018年第5期123-128,共6页
探讨辽宁绒山羊皮肤毛囊不同发育时期mir-1298-5p的调控作用及其与靶基因的潜在关系,为mir-1298-5p与其靶基因对皮肤毛囊发育作用提供理论依据。以辽宁绒山羊皮肤毛囊组织为材料,通过mi RNA的分离、表达、靶基因预测筛选及靶位点3'UTR... 探讨辽宁绒山羊皮肤毛囊不同发育时期mir-1298-5p的调控作用及其与靶基因的潜在关系,为mir-1298-5p与其靶基因对皮肤毛囊发育作用提供理论依据。以辽宁绒山羊皮肤毛囊组织为材料,通过mi RNA的分离、表达、靶基因预测筛选及靶位点3'UTR表达载体构建,采用RT-PCR进行表达检测,在线靶基因预测软件预测mir-1298-5p的靶基因,并对其靶基因TGF-βR1的靶位点进行克隆测序、缺失突变。结果表明:靶基因预测发现TGF-βR1的3'UTR存在mir-1298-5p种子区结合位点,且mir-1298-5p及其靶基因TGF-βR1均在皮肤毛囊不同发育时期呈现差异性表达。mir-1298-5p对皮肤毛囊周期性发育可能起到一定的调控作用,并成功构建了TGF-βR1 3'UTR表达载体,为后期过表达转染体系的建立和功能基因的验证奠定了基础。 展开更多
关键词 辽宁绒山羊 皮肤毛囊 mir-1298-5p TGF-ΒR1 靶基因预测 表达载体构建
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miR-1/133基因簇的进化及其调控网络 预览
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作者 陈怡香 岳虎 +1 位作者 张超文 刘杰 《华中师范大学学报:自然科学版》 北大核心 2018年第2期231-239,共9页
miR-1/133基因簇在心肌和骨骼肌中特异性表达,对心脏以及骨骼肌的发育及生理病理具有重要作用.该研究采用生物信息学方法,研究了miR-1/133基因簇的进化特征,预测了其靶基因及其调控的生物学过程.利用miRBase数据库对23种不同物种间miR-1... miR-1/133基因簇在心肌和骨骼肌中特异性表达,对心脏以及骨骼肌的发育及生理病理具有重要作用.该研究采用生物信息学方法,研究了miR-1/133基因簇的进化特征,预测了其靶基因及其调控的生物学过程.利用miRBase数据库对23种不同物种间miR-1/133基因簇的序列、组织方式进行了比较.采用最大似然法构建miR-1/133基因簇的系统进化树,显示该基因簇的进化与物种进化关系有一定差异.利用在线数据库对miR-1/133基因簇上游转录因子及下游靶基因进行预测,并对其进行综合分析,绘制出该基因簇的网络调控图,表明miR-1/133基因簇参与了骨骼肌与心肌发育、胰岛素受体信号通路、经典Wnt信号通路、p53信号通路等体内重要生理过程,为进一步阐明miR-1/133基因簇的生物学功能提供了理论依据. 展开更多
关键词 miR-1/133基因 生物信息学分析 进化分析 靶基因预测
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蒙古冰草抗旱相关amo-miR5靶基因预测及表达载体构建
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作者 张旭婷 刘旭婷 +2 位作者 马艳红 于肖夏 于卓 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2018年第3期1302-1307,共6页
microRNA是植物体内普遍存在的非编码RNA,参与调控干旱、盐害、寒冷等多种逆境胁迫响应,是mRNA表达的关键调控因子之一。为研究蒙古冰草抗旱相关非保守amo—miR5的功能,本试验通过TargetFinder软件和在线PMTED数据库进行靶基因预测,... microRNA是植物体内普遍存在的非编码RNA,参与调控干旱、盐害、寒冷等多种逆境胁迫响应,是mRNA表达的关键调控因子之一。为研究蒙古冰草抗旱相关非保守amo—miR5的功能,本试验通过TargetFinder软件和在线PMTED数据库进行靶基因预测,用DNAStar MegAlign软件对预测得到的靶基因进行同源性分析,并构建amo.miR5表达载体。分析研究表明,预测到amo—miR5靶基因21个,有一部分靶基因功能与植物干旱胁迫有关,但大多功能未知;蒙古冰草的2个amo—miR5靶基因与小麦(Triticum aestivum)、水稻(Oryz0sati。曲、玉米(Zeamays)中预测的靶基因间相似性指数在19.3%~53%之间,同源性较低,推测与amo—miR5的非保守特异性有关。利用双酶切手段,切除pBI121载体中GUS基因,连入amo—miR5前体,成功构建了以GaMV35S为启动子的表达载体pBI121-amo—miR5,为下一步遗传转化研究amo—miR5抗旱调控机理提供依据。 展开更多
关键词 蒙古冰草 抗旱相关microRNA 靶基因预测 载体构建
植物miR408家族的进化与分子特性
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作者 刘炜姬 倪珊珊 +2 位作者 林争春 林玉玲 赖钟雄 《应用与环境生物学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期1042-1051,共10页
miR408家族在植物上已有报道,但其进化规律与分子特性研究很少. 利用miRbase数据库提供的34种植物49个miR408的前体序列和64个成熟体序列,采用分类统计、进化树构建、序列比对、二级结构预测、染色体定位分析及靶基因预测等手段,进... miR408家族在植物上已有报道,但其进化规律与分子特性研究很少. 利用miRbase数据库提供的34种植物49个miR408的前体序列和64个成熟体序列,采用分类统计、进化树构建、序列比对、二级结构预测、染色体定位分析及靶基因预测等手段,进行进化规律与分子特性分析. 结果显示:miR408家族成员分布在34个植物物种中,分布较为广泛,并且苔藓类植物可能是植物miR408家族进化的祖先;物种特异性是影响miR408前体进化特性的重要因素,而序列保守性是影响成熟体进化特性的主要因素;由5p臂上形成的miR408成熟体的序列特异性较大,由3p臂上形成的miR408成熟体的序列保守较高;Mfold预测表明植物miR408家族具有典型的茎环二级结构,茎序列的保守性高于环序列,3p臂上茎序列的保守性高于5p臂上茎序列;靶基因预测表明miR408广泛参与植物生长发育和逆境胁迫的应答. 综上表明植物miR408家族成员在进化过程中保守性与特异性并存,这对进一步研究植物miR408的生物学功能具有参考价值. (图7 表3 参35) 展开更多
关键词 植物 miR408家族 进化规律 分子特征 靶基因预测
辽宁绒山羊皮肤毛囊miR-1298-5p靶基因预测及验证 被引量:2
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作者 张桂山 徐晶 +3 位作者 孙丽敏 白曼 项露杰 姜怀志 《中国兽医学报》 CSCD 北大核心 2017年第10期1988-1992,共5页
以辽宁绒山羊不同发育时期皮肤毛囊组织为材料,用生物信息学方法预测miR-1298-5P的靶基因,采用RT-PCR对miR-1298-5P与其潜在靶基因TGF-βR1进行核酸水平表达检测,利用Westonblot对潜在靶基因TGFβR1进行蛋白水平表达检测。生物信息... 以辽宁绒山羊不同发育时期皮肤毛囊组织为材料,用生物信息学方法预测miR-1298-5P的靶基因,采用RT-PCR对miR-1298-5P与其潜在靶基因TGF-βR1进行核酸水平表达检测,利用Westonblot对潜在靶基因TGFβR1进行蛋白水平表达检测。生物信息学预测结果表明TGF-βR1的3’UTR存在miR-1298—5P种子区结合位点;miR-1298-5p在皮肤毛囊不同发育时期呈现差异性表达;TGF-βR1在皮肤毛囊不同发育时期无论在核酸水平还是蛋白水平均呈现差异性表达;miR-1298-5P与其潜在靶基因之间呈现一种负调控趋势,说明miR-12985P可能通过负调控TGF-βR1,从而对毛囊周期性发育起到调节作用。结合靶基因预测结果、miR-1298-5P在核酸水平表达规律及TGF-βR1在核酸水平表达规律和蛋白水平表达规律初步确定TGF-βR1为miR-1298-5P的靶基因。本实验旨在探讨辽宁绒山羊皮肤毛囊不同发育时期miR-1298-5P与其靶基因的调控作用及其与靶基因的潜在关系,为miR-1298-5P与其靶基因对皮肤毛囊发育作用提供理论研究数据。 展开更多
关键词 辽宁绒山羊 皮肤毛囊 miR-1298-5p TGF-ΒR1 靶基因预测 验证
蒙古冰草苗期抗旱相关microRNA的差异表达分析及靶基因预测 预览 被引量:1
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作者 马艳红 张旭婷 +3 位作者 于肖夏 刘旭婷 高慧 于卓 《麦类作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第9期1168-1174,共7页
为明确蒙古冰草抗旱相关microRNA(miRNA)的表达特征及其靶基因,利用实时荧光定量PCR技术,对前期测序筛选到的4个miRNA(amo-miR21、amo-miR44、amo-miR62、amo-miR82)在干旱胁迫下的苗期差异表达情况进行了定量验证,用TargetFinde... 为明确蒙古冰草抗旱相关microRNA(miRNA)的表达特征及其靶基因,利用实时荧光定量PCR技术,对前期测序筛选到的4个miRNA(amo-miR21、amo-miR44、amo-miR62、amo-miR82)在干旱胁迫下的苗期差异表达情况进行了定量验证,用TargetFinder软件和psRNATarget数据库在线预测其靶基因,并用MegAlign软件对预测的靶基因进行了同源性比对分析。结果表明,干旱胁迫下,蒙古冰草中amo-miR21、amo-miR82和amo-miR62的表达量呈上调趋势,而amo-miR44的表达呈下调趋势,与前期测序结果相符;4个miRNA共预测出32个靶基因,其中,amo-miR44在玉米、水稻和小麦数据库中未发现同源的靶基因,在拟南芥、大麦、蒺藜苜蓿中发现的靶基因相似性较低;而amo-miR21、amo-miR82和amo-miR62的靶基因均与小麦中预测的靶基因存在较高同源性(68.6%-95.6%),推测这3个靶基因是参与干旱逆境胁迫响应的基因。 展开更多
关键词 蒙古冰草 干旱胁迫 MICRORNA 荧光定量RT—PCR 靶基因预测
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绵羊miR-376e-3p的靶基因预测与GO功能分析 预览
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作者 马元 胡子乔 +4 位作者 张莹姣 张雁 申彩云 张富权 刘文忠 《山西农业大学学报:自然科学版》 CAS 2017年第7期499-503,509共6页
[目的]研究miRNA对脂肪代谢的调节作用,在一定程度上揭示脂肪代谢的分子机制。[方法]本研究选取实验室前期高通量测序结果中的miR-376e-3p进行研究,其在不同脂尾型绵羊尾部脂肪组织中差异表达显著,是脂肪代谢的关键miRNA。用3种软件对mi... [目的]研究miRNA对脂肪代谢的调节作用,在一定程度上揭示脂肪代谢的分子机制。[方法]本研究选取实验室前期高通量测序结果中的miR-376e-3p进行研究,其在不同脂尾型绵羊尾部脂肪组织中差异表达显著,是脂肪代谢的关键miRNA。用3种软件对miR-376e-3p进行靶基因预测,并对预测结果进行GO通路富集分析。[结果]MiR-376e-3p有25个潜在的靶基因,其中21个基因富集到3种分子功能,23个基因富集到14个生物学过程中,其中Vldlr具有脂蛋白粒子受体活性。[结论]推测miR-376e-3p可能通过调节其潜在靶基因Vldlr参与脂肪代谢。为进一步研究miR-376e-3p和Vldlr在绵羊脂肪代谢中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 绵羊 miR-376e-3p 靶基因预测 GO分析
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新疆汉族食管鳞癌差异表达长链非编码RNA的筛选与分析 预览 被引量:1
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作者 李光华 郑勇 +4 位作者 史贵军 方春晓 程丽云 齐翠花 陈卫刚 《实用医学杂志》 北大核心 2017年第11期1805-1810,共6页
目的:全基因组关联分析食管癌组织中长链非编码RNA(1ncRNA)表达水平的改变及其意义。方法:通过基因芯片技术筛选了6对食管癌及其癌旁正常组织中差异表达的IncRNA和mRNA,通过靶基因预测,利用基因本体论(GO)和Pathway进一步分析ln... 目的:全基因组关联分析食管癌组织中长链非编码RNA(1ncRNA)表达水平的改变及其意义。方法:通过基因芯片技术筛选了6对食管癌及其癌旁正常组织中差异表达的IncRNA和mRNA,通过靶基因预测,利用基因本体论(GO)和Pathway进一步分析lncRNA的功能。结果:差异表达(2倍以上变化且P〈0.05)1ncRNA共680个,其中161个IncRNA表达上调,519个lncRNA表达下调;差异表达mRNA共1472个,其中653个mRNA上调,819个mRNA下调。GO和通路分析表明这些差异表达基因参与11条可能与食管鳞癌相关的通路,包括翻译后蛋白修饰调节,粘蛋白0型聚糖的生物合成和鞘糖脂代谢途径等通路,主要涉及分子功能、细胞成分和生物过程的改变。通过顺式和反式调控分析发现共有11个lncRNA有cis-调控的靶基因,1个IncRNA有trans.调控的靶基因,3个lncRNA同时有cis-和trans-调控的靶基因。结论:与癌旁正常组织相比,新疆汉族食管癌组织中IncRNA的表达水平明显改变,差异表达的lncRNA可能通过某些信号通路参与食管癌的发生发展,对进一步寻找食管鳞癌诊断和治疗相关的新的靶点具有重要意义。 展开更多
关键词 食管鳞癌 长链非编码RNA 信使RNA 靶基因预测
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