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高通量测序技术在食品微生物检测中的应用
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作者 李桂澜 匡华 《食品安全质量检测学报》 CAS 2019年第15期5091-5097,共7页
微生物超标及食源性致病菌引发的生物污染是影响国家公共卫生的主要因素.新一代的高通量测序技术因其高覆盖度、高灵敏度、高准确性和低成本等特点,已经作为食品安全检测最重要技术逐渐替代常规DNA诊断和微生物分型方法.本文通过综述测... 微生物超标及食源性致病菌引发的生物污染是影响国家公共卫生的主要因素.新一代的高通量测序技术因其高覆盖度、高灵敏度、高准确性和低成本等特点,已经作为食品安全检测最重要技术逐渐替代常规DNA诊断和微生物分型方法.本文通过综述测序的发展历史和二代测序原理及流程,着重论述以高通量测序为基础的16S rRNA、全基因组、宏基因组以及宏转录组分析在现代食品安全实验室中的应用,展现了高通量测序技术在食品微生物检测、食源性致病菌监控及食品发酵工艺等方面的巨大优势. 展开更多
关键词 高通量测序技术 食品微生物检测 16S RRNA 全基因组测序 宏基因组测序 宏转录组测序
高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识(第一版通用部分)
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作者 王清涛 +8 位作者 李金明 樊高威 刘文彬 孟雪红 田婵 王威 魏星 张瑞 张秀艳 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第43期3393-3397,共5页
一、前言高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)即下一代测序(next generation sequencing,NGS),又称为大规模平行测序(massively parallel sequencing,MPS).相较于传统测序技术,高通量测序单碱基检测成本较低、速度较快、一次可... 一、前言高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)即下一代测序(next generation sequencing,NGS),又称为大规模平行测序(massively parallel sequencing,MPS).相较于传统测序技术,高通量测序单碱基检测成本较低、速度较快、一次可检测大量靶基因,因而广泛应用于染色体非整倍体无创产前筛查、肿瘤靶向治疗基因突变检测、遗传性肿瘤检测、遗传病及罕见病检测、病原微生物及宏基因组检测、胚胎植入前遗传学筛查和胚胎植入前遗传学诊断等领域[1]. 展开更多
关键词 染色体非整倍体 罕见病 高通量测序技术 病原微生物 下一代测序 宏基因组 临床检测
基于高通量测序技术的食源性病原体检测应用进展
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作者 戴陈伟 许勇 +1 位作者 武昌俊 蔡标 《食品安全质量检测学报》 CAS 2019年第18期6006-6012,共7页
高通量测序是DNA测序技术发展中里程碑式的突破。面对突然爆发的食源性病原体疫情,食源性病原体检测正从传统的物理化学方法以及核酸扩增杂交技术向无需富集分离的高通量测序技术发展。高通量测序技术把食源性病原体看成一个整体,直接... 高通量测序是DNA测序技术发展中里程碑式的突破。面对突然爆发的食源性病原体疫情,食源性病原体检测正从传统的物理化学方法以及核酸扩增杂交技术向无需富集分离的高通量测序技术发展。高通量测序技术把食源性病原体看成一个整体,直接对食品样本中的所有病原体进行全基因组测序,得到病原体基因组数据,并进一步通过生物信息学分析,得到病原体的基因型、毒力和耐药性报告。高通量测序技术广泛应用于食源性病原体检测的难点在于对测序数据的准确分析,但其在食源性病原体的快速检测、预防食源疫情传播和日常的食源疫情监测,尤其是发现未知食源性病原体方面拥有巨大的潜力。本文主要对基于高通量测序技术的食源性病原体检测技术的原理、应用进行综述,并介绍了现阶段面临的挑战和机遇。 展开更多
关键词 食源性病原体 高通量测序技术 全基因组测序 数据分析
秀珍菇转录组测序和初步分析 预览
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作者 王伟科 宋吉玲 +2 位作者 闫静 袁卫东 陆娜 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期292-299,共8页
[目的]本文旨在了解秀珍菇子实体形成的分子机制,为培育优质、高产、抗逆的秀珍菇品种提供理论基础。[方法]构建秀珍菇高质量cDNA文库,采用illumina高通量测序技术对秀珍菇菌丝体和子实体进行转录组测序,并利用生物信息学方法开展基因... [目的]本文旨在了解秀珍菇子实体形成的分子机制,为培育优质、高产、抗逆的秀珍菇品种提供理论基础。[方法]构建秀珍菇高质量cDNA文库,采用illumina高通量测序技术对秀珍菇菌丝体和子实体进行转录组测序,并利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究以及功能基因的预测。[结果]共获得81693个非重复序列基因(universal gene,UniGene),经BLAST比对NR数据库,可比对上的UniGene数量为61306个。NR数据分析显示,秀珍菇已比对的UniGene与糙皮侧耳相似度最高,占总数目的86.1%。同时,对秀珍菇转录组的UniGene进行了生物学通路的注释和预测,共注释14315个UniGene,且部分与糖类代谢、氨基酸代谢、信号传导、翻译相关通路有关,分别为1683、1241、1243和1372个,表明富集在上述通路中的UniGene在秀珍菇子实体形成过程中可能起到重要作用。通过分析SNP突变,发现秀珍菇中分别有10967和10683个位点发生C/T转换和A/G转换,同时,有2102个位点发生A/C颠换。通过查找分析SSR位点发现,共获得7574个SSR位点,占UniGene总数的比例为9.27%。其中,单核苷酸重复在所有SSR重复类型中所占比例最高,为45.14%,其次为三核苷酸重复类型,为31.94%。[结论]通过高通量测序技术获得秀珍菇菌丝体和子实体的转录组数据,结合生物信息学分析,为了解秀珍菇群体遗传多样性、构建遗传连锁图谱和研究其不同生长阶段差异表达基因及其功能奠定基础。 展开更多
关键词 秀珍菇 菌丝体 子实体 转录组测序 高通量测序技术
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水产品中特定腐败菌分析技术的研究进展 预览
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作者 邢家溧 徐晓蓉 +5 位作者 丁源 郑睿行 张书芬 李湘江 沈坚 李和生 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2019年第4期195-201,共7页
随着我国居民生活水平的提高,人们已经不再满足于单一的饮食品种,所以,近年来我国的水产品消费呈现出逐年增长的趋势。由于水产品在捕捞后的贮藏过程中极易发生腐败变质,其中引起水产品腐败的主要原因是特定腐败菌的代谢和生长,因此,对... 随着我国居民生活水平的提高,人们已经不再满足于单一的饮食品种,所以,近年来我国的水产品消费呈现出逐年增长的趋势。由于水产品在捕捞后的贮藏过程中极易发生腐败变质,其中引起水产品腐败的主要原因是特定腐败菌的代谢和生长,因此,对水产品中特定腐败菌的分析技术进行研究具有重要意义。该文主要针对国内外水产品特定腐败菌分析技术的研究现状进行综述,总结分析聚合酶链反应基因组指纹(polymerase chain reaction-repetitive extra-genic palindromic,Rep-PCR)分析技术、聚合酶链反应变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)分析技术、聚合酶链反应温度梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-temperature gradient gel electrophoresis,PCR-TGGE)分析技术、聚合酶链反应限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)分析技术和高通量测序技术各自的特点,以期为这方面的研究提供一定的参考。 展开更多
关键词 水产品 特定腐败菌 分析技术 高通量测序技术 研究现状
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早期自然流产的遗传学因素分析
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作者 赵艳辉 庞泓 +7 位作者 高铭 闫晓杰 滑君 佟丹 赵华 赵妍 陈洪 刘英 《中国优生与遗传杂志》 2019年第1期55-57,65共4页
目的对早期流产组织进行遗传学检测,并对各种染色体异常的年龄分布进行分析。方法综合应用染色体核型分析、高通量基因测序及荧光原位杂交技术,对180份稽留流产绒毛组织进行检测,分析不同年龄孕妇流产组织中染色体异常的发生率,同时分... 目的对早期流产组织进行遗传学检测,并对各种染色体异常的年龄分布进行分析。方法综合应用染色体核型分析、高通量基因测序及荧光原位杂交技术,对180份稽留流产绒毛组织进行检测,分析不同年龄孕妇流产组织中染色体异常的发生率,同时分析各种染色体异常的年龄分布情况,并分析异常胚胎的亲代染色体核型。结果在180例稽留流产绒毛样本中,共发现染色体异常89例,其中数目异常77例,拷贝数异常12例。在35岁以上的孕妇中,胚胎染色体异常发生率最高。结论高通量测序技术能够对流产组织进行高效检测,失败率低,对样本要求低,检测分辨率高。同传统的染色体核型分析以及荧光原位杂交相结合,能够显著提高染色体异常的检出率。 展开更多
关键词 高通量测序技术 自然流产 荧光原位杂交技术 拷贝数变异 染色体核型分析
CA125抗原核酸适体的筛选及鉴定 预览
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作者 黄百海 何雷 +2 位作者 李保林 修尘林 赵运旺 《分子影像学杂志》 2019年第1期52-56,共5页
目的建立一种基于核酸适体快速检测肿瘤血清标志物CA125抗原的方法。方法以CA125抗原为筛选靶标,CA199抗原为反筛选靶标,羧基化琼脂磁珠为筛选介质,利用指数级富集配体的系统进化技术筛选其高特异性核酸适体,利用生物信息学方法对核酸... 目的建立一种基于核酸适体快速检测肿瘤血清标志物CA125抗原的方法。方法以CA125抗原为筛选靶标,CA199抗原为反筛选靶标,羧基化琼脂磁珠为筛选介质,利用指数级富集配体的系统进化技术筛选其高特异性核酸适体,利用生物信息学方法对核酸适体进行序列分析和二级结构预测,荧光定量法分析核酸适体的亲和力,ELONA法测定核酸适体的特异性。结果经过6轮消减SELEX筛选,次级ssDNA文库的亲和力逐渐提高,特异性次级ssDNA文库逐轮富集,经二代测序,获得3条拷贝数>1000的核酸序列(Apt-1、Apt-2、Apt-3),可特异性识别CA125抗原,测定Kd值,分别为41.02±4.9、19.06±9.0、10.02±5.0 nmol/L,Apt-3亲和力最高。结论功能性核酸适体Apt-3能高特异性识别CA125抗原,为肿瘤血清标志物CA125检测提供了一种新的、快速、有效的工具和手段。 展开更多
关键词 CA125抗原 消减SELEX技术 核酸适体 高通量测序技术
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基于微生物视角的耕地土壤质量综合评价--以A县土地整治区为例 预览
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作者 林耀奔 叶艳妹 +3 位作者 吴次芳 胡一鸣 施昊坤 王巧若 《中国土地科学》 CSSCI CSCD 北大核心 2019年第6期96-103,共8页
研究目的:为全面真实地反映耕地土壤质量水平,构建涵盖土壤理化性质、微生物特征以及重金属污染等指标的综合评价模型,以实现土地整治区耕地土壤质量的科学评估。研究方法:最小数据集(MDS)、土壤实验以及DNA高通量测序技术。研究结果:(1... 研究目的:为全面真实地反映耕地土壤质量水平,构建涵盖土壤理化性质、微生物特征以及重金属污染等指标的综合评价模型,以实现土地整治区耕地土壤质量的科学评估。研究方法:最小数据集(MDS)、土壤实验以及DNA高通量测序技术。研究结果:(1)研究区内耕地土壤质量水平不是很高(SQ<0.6),并受到不同程度的重金属污染,尤其是Cr污染(GI>3);(2)土地整治可以显著提高土壤微生物特征指标和土壤有机质含量,并有效降低重金属污染水平;(3)综合整治和传统耕作下的耕地分别具有最高(SQave=0.53)和最低(SQave=0.41)的土壤质量水平。研究结论:从微生物视角构建耕地土壤质量评价模型,有助于提高耕地资源的生态保护意识,可以为耕地综合效益评估和土地整治技术创新提供参考。 展开更多
关键词 土地整治 微生物 土壤质量 重金属 高通量测序技术
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高通量测序技术在食源性病原体快速检测中的应用进展 预览
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作者 付博菲 朱晓龙 邱斌 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2019年第3期200-205,共6页
探讨高通量测序技术在食源性致病病原体早期检测方面的应用,以充分显示高通量测序技术在食品快速检测、预防食源性疾病传播、疫情调查及作为精细化食品安全管理手段等方面的巨大潜力。评价该技术的优势及缺陷,同时对其在食源性病原体快... 探讨高通量测序技术在食源性致病病原体早期检测方面的应用,以充分显示高通量测序技术在食品快速检测、预防食源性疾病传播、疫情调查及作为精细化食品安全管理手段等方面的巨大潜力。评价该技术的优势及缺陷,同时对其在食源性病原体快速检测的应用前景进行展望,以期推动、完善高通量技术在食品安全领域的应用。 展开更多
关键词 食品微生物 食源性病原体 高通量测序技术 快速检测
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开菲尔粒发酵过程酵母菌多样性和动态规律
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作者 马龙 邢军 +1 位作者 李安 张瑞 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2019年第9期24-28,共5页
传统开菲尔发酵乳是一个复杂的微生物集合体,研究开菲尔中酵母菌对揭示菌群共生有重要作用。能帮助了解酵母菌与风味物质之间的关联。了解开菲尔粒(Kefirgrains)120h发酵过程中酵母菌群落的变化规律。以酵母菌ITS为引物,对发酵样品在120... 传统开菲尔发酵乳是一个复杂的微生物集合体,研究开菲尔中酵母菌对揭示菌群共生有重要作用。能帮助了解酵母菌与风味物质之间的关联。了解开菲尔粒(Kefirgrains)120h发酵过程中酵母菌群落的变化规律。以酵母菌ITS为引物,对发酵样品在120h发酵过程中的18个样品进行高通量测序,分析微生物类群的演变和丰度变化。经测序共获得有效序列1101576个,属于5个门,经类群分析酵母菌分布于33个属。丰度在发酵过程中呈现由高到低的变化。对开菲尔发酵过程中酵母菌种类及动态变化的研究有助于探究发酵乳发酵过程中酵母菌的动态变化,进而解析开菲尔中微生物与乳品风味物质之间的关联,最终揭示开菲尔发酵乳中复杂的菌群共生机制。 展开更多
关键词 群落结构 开菲尔粒 酵母菌多样性 高通量测序技术
全文增补中
高通量测序技术在产前诊断中的临床应用 预览
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作者 金敏 《中国社区医师》 2019年第27期36-37,共2页
目的:阐述高通量测序技术在产前诊断中的临床应用效果。方法:选取产前筛查中唐氏筛查高风险和临界高风险(开放性脊柱裂除外)孕妇300 例,均采用高通量测序技术进行无创检测。对检测结果高风险者行进一步羊水穿刺染色体诊断,观察检测结果... 目的:阐述高通量测序技术在产前诊断中的临床应用效果。方法:选取产前筛查中唐氏筛查高风险和临界高风险(开放性脊柱裂除外)孕妇300 例,均采用高通量测序技术进行无创检测。对检测结果高风险者行进一步羊水穿刺染色体诊断,观察检测结果;低风险者进行随访。结果:高通量测序结果提示高风险者占4.33%,其中T21阳性占4.00%、T18阳性占0.33%、未见T13阳性。高风险患者中,经过羊水穿刺染色体诊断T21真阳性占92%、假阳性占8%;T18阳性患者中,真阳性占100%、假阳性占0%。低风险患者随访妊娠结局,未发现21 三体,18 三体患儿的出生,假阴性均为0%。结论:将高通量测序技术应用到产前诊断中,能够有效提高T21、T18及T13阳性检出率,可以作为唐氏筛查的补充,节约成本、时间(与羊水穿刺相比较),降低羊水穿刺带来的风险与出生缺陷的发生率。 展开更多
关键词 高通量测序技术 唐氏筛查 产前诊断 T21 T18 T13 出生缺陷
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会仙岩溶湿地、稻田与旱地土壤细菌群落结构特征比较
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作者 贾远航 靳振江 +5 位作者 袁武 程跃扬 邱江梅 梁锦桃 潘复静 刘德深 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第7期3313-3323,共11页
为了探究土地利用变化对湿地系统土壤细菌的影响,以会仙天然湿地、稻田和旱地这3种土地利用方式的耕层土壤(0~20cm)作为研究对象,利用高通量测序技术对土壤细菌群落的α多样性、物种组成和丰度进行分析,并结合土壤理化性质探讨影响细菌... 为了探究土地利用变化对湿地系统土壤细菌的影响,以会仙天然湿地、稻田和旱地这3种土地利用方式的耕层土壤(0~20cm)作为研究对象,利用高通量测序技术对土壤细菌群落的α多样性、物种组成和丰度进行分析,并结合土壤理化性质探讨影响细菌群落结构的环境因素.结果表明,会仙湿地系统土壤中存在的细菌隶属于49个门和145个纲.其中,稻田土壤细菌的Shannon指数显著较高;天然湿地土壤细菌的Simpson指数显著较低.在会仙湿地系统土壤的优势菌门(operational taxonomic units,OTUs>1%)中,天然湿地的优势菌门为变形菌门(52.15%)、放线菌门(15.16%)和酸杆菌门(8.80%);稻田的优势菌门为变形菌门(45.79%)、酸杆菌门(17.20%)和绿弯菌门(11.75%);旱地的优势菌门为变形菌门(51.42%)、酸杆菌门(15.51%)和绿弯菌门(7.43%).在优势菌纲(OTUs>1%)中,天然湿地的优势菌纲为α-变形菌纲(17.98%)、β-变形菌纲(13.72%)和放线菌纲(13.13%);稻田的优势菌纲为酸杆菌纲(14.35%)、β-变形菌纲(13.37%)和δ-变形菌纲(12.02%);旱地的优势菌纲为α-变形菌纲(19.44%)、β-变形菌纲(13.30%)和酸杆菌纲(13.03%).在优势的OTUs中(>0.3%),天然湿地的优势菌属是Sphingomonas(OTU2和59)、Micromonospora(OTU5、24和50487)、Gemmatimonas(OTU1)和Stenotrophomonas(OTU8);稻田的优势菌属是Lysobacter(OTU4和115)和Aquabacterium(OTU33);旱地的优势菌属是Sphingomonas(OTU85、157和2916)、Rhodanobacter(OTU19和52)和Phenlobacterium(OTU60).聚类热图分析显示,3种土地利用下的土壤细菌群落结构差异极其显著.冗余分析结果显示,土壤细菌分布差异主要与p H、土壤总有机碳(SOC)、全氮(TN)、碱解氮(AN)、交换性镁、交换性钙、可溶性有机碳(DOC)和速效磷(AP)等生态因子显著相关(P<0.05).以上研究结果表明,土地利用方式变化能显著改变会仙湿地土壤的细菌群落结构. 展开更多
关键词 岩溶湿地 土地利用 细菌 群落结构 高通量测序技术
一例Prader-Willi/Angelman综合征胎儿的遗传学诊断及无创产前检测
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作者 高铭 庞泓 +8 位作者 史玉林 冯小静 赵艳辉 滑君 佟丹 刘锦平 文娟 樊婷婷 邬玲仟 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2019年第6期543-546,共4页
目的 明确1例超声提示宫内生长受限胎儿的病因,同时验证扩展的无创产前检测技术针对此类微缺失改变的灵敏度和有效性.方法 采用高通量测序技术同时检测胎儿脐带血染色体拷贝数及孕妇外周血胎儿游离DNA拷贝数,采用常规G显带分析技术分析... 目的 明确1例超声提示宫内生长受限胎儿的病因,同时验证扩展的无创产前检测技术针对此类微缺失改变的灵敏度和有效性.方法 采用高通量测序技术同时检测胎儿脐带血染色体拷贝数及孕妇外周血胎儿游离DNA拷贝数,采用常规G显带分析技术分析胎儿及父母的核型,采用荧光原位杂交技术对结果进行验证.结果 胎儿脐带血染色体拷贝数检测提示胎儿15号染色体q11.2-q13.1处缺失4.88Mb,覆盖了Prader-Willi综合征(2型)和Angelman综合征(2型)约99%区域,且包含了两个关键基因SNRPN及UBE3A.孕妇外周血胎儿游离DNA拷贝数微缺失检测提示胎儿15号染色体q12处缺失4.6Mb,为Prader-Willi/Angelman综合征高风险.胎儿及父母染色体在320-400条带水平未见明显异常.荧光原位杂交检测结果证实胎儿15q12处存在缺失.结论 该胎儿生长受限病例可能由Prader-Willi/Angelman综合征引起.通过扩展的无创产前检测方法可能检出该微缺失综合征. 展开更多
关键词 Prader-Willi/Angelman综合征 高通量测序技术 无创产前检测
连续性纯合片段在畜禽基因组研究中的应用 预览
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作者 刘刚 孙飞舟 +2 位作者 朱芳贤 冯海永 韩旭 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期304-317,共14页
随着高通量SNP芯片技术的快速发展和测序成本的大幅降低,SNP基因芯片和基因组重测序等技术被广泛地应用于畜禽基因组研究中。在基因组某一段区域内,当一定数量和一定密度的SNPs表现为纯合时,可以判定该区域存在连续性纯合片段(runs of h... 随着高通量SNP芯片技术的快速发展和测序成本的大幅降低,SNP基因芯片和基因组重测序等技术被广泛地应用于畜禽基因组研究中。在基因组某一段区域内,当一定数量和一定密度的SNPs表现为纯合时,可以判定该区域存在连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH)。目前,连续性纯合片段已经逐渐成为分析畜禽群体近交程度、遗传结构等方面的重要指标之一。但是,ROH计算应用的评价标准还相对匮乏。本文系统介绍了连续性纯合片段的发展历史、原理、鉴定方法以及在畜禽群体结构解析、基因组功能分析和种畜禽品质检测等方面的应用情况,以期为畜禽遗传资源保种区和保种场在遗传多样性等动态监测方面提供参考。 展开更多
关键词 高通量测序技术 连续性纯合片段 群体结构 基因组功能 遗传缺陷
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高通量测序技术在临床检验中的应用进展
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作者 刘国强 郭梁 《医学检验与临床》 2019年第5期38-42,共5页
高通量测序技术在临床检验中的应用加快了人们对疾病背后分子机制的认知并有效的提高了相关检验的准确度.本文将介绍高通量测序技术的发展、原理以及在临床检验中的应用进展.最后对高通量测序技术在临床检验中的前景进行展望.随着高通... 高通量测序技术在临床检验中的应用加快了人们对疾病背后分子机制的认知并有效的提高了相关检验的准确度.本文将介绍高通量测序技术的发展、原理以及在临床检验中的应用进展.最后对高通量测序技术在临床检验中的前景进行展望.随着高通量测序技术在临床检验中更加广泛和深入的应用,相关疾病背后遗传背景(基因)的揭示会为诊断和治疗提供强有力的协助,使得疾病的诊断和治疗更加快速和准确. 展开更多
关键词 高通量测序技术 临床检测 疾病 诊断 治疗
土壤环境对传统豆酱制酱过程中细菌群落演替的影响 预览
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作者 安飞宇 武俊瑞 +4 位作者 刘一鸣 孙雪婷 祝新媛 魏丽丽 乌日娜 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第22期96-102,共7页
运用高通量测序技术,对采集自辽宁四平、辽中两家传统自然发酵的成熟酱醅、豆酱以及酱缸周围土壤环境的细菌群落结构进行分析。在揭示自然发酵豆酱细菌菌群动态变化的同时,比较分析土壤环境对发酵豆酱细菌菌群结构的影响。结果显示:四... 运用高通量测序技术,对采集自辽宁四平、辽中两家传统自然发酵的成熟酱醅、豆酱以及酱缸周围土壤环境的细菌群落结构进行分析。在揭示自然发酵豆酱细菌菌群动态变化的同时,比较分析土壤环境对发酵豆酱细菌菌群结构的影响。结果显示:四联球菌属(Tetragenococcus)、乳杆菌属(Lactobaillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、肠球菌属(Enterococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、魏斯氏菌属(Weissella)等是农家自然发酵酱醅和豆酱的主要细菌属,并随着发酵的进行发生动态变化。同时,土壤环境对豆酱菌群结构产生一定影响,且主要的扩散细菌为放线菌门(Actinobacteria)中的考克氏菌属(Kocuria)。但后期可能随着发酵的进行,菌群结构趋于相对稳定,同时土壤环境与豆酱接触的机会减少,从而使这种影响逐渐减弱,并维持在一定水平。 展开更多
关键词 自然发酵豆酱 土壤环境 细菌 高通量测序技术
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应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析梅干菜中细菌多样性 预览
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作者 尚雪娇 王玉荣 +3 位作者 杨江 折米娜 赵慧君 郭壮 《中国酿造》 CAS 北大核心 2019年第1期140-144,共5页
采用Illumina MiSeq高通量测序技术对恩施地区梅干菜中细菌多样性进行解析,同时使用传统纯培养技术对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,恩施地区梅干菜中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门(Firmicutes),其平均相对含量高达60.70%。优势细菌... 采用Illumina MiSeq高通量测序技术对恩施地区梅干菜中细菌多样性进行解析,同时使用传统纯培养技术对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,恩施地区梅干菜中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门(Firmicutes),其平均相对含量高达60.70%。优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、魏斯氏菌属(Weissella)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、四联球菌属(Tetragenococcus)和棒状杆菌属(Corynebacterium),其平均相对含量分别为60.50%、8.69%、2.86%、1.73%、1.28%、1.07%、1.03%、1.00%。采用传统培养方法从梅干菜分离出5种共12株乳酸菌,经分子生物学鉴定分别为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis),副干酪乳杆菌副干酪亚种(Lactobacillus paracasei subsp.paracasei)、食品乳杆菌(Lactobacillus alimentarius)和融合魏斯氏菌(Weissella confusa)。恩施地区梅干菜中的细菌主要以乳酸菌为主,且乳酸杆菌多样性较高。 展开更多
关键词 梅干菜 高通量测序技术 传统培养法 细菌多样性 乳酸菌
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青海地区无创基因检测在产前诊断中的临床应用价值及准确性
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作者 王生兰 李洁 《青海医药杂志》 2019年第2期21-23,共3页
目的:探讨无创产前基因检测在产前诊断中的临床应用价值及准确性。方法:对2013年5月—2016年5月应用高通量测序对青海地区孕妇外周血浆进行胎儿游离DNA检测,发现无创基因检测阳性者行羊水穿刺性染色体核型分析及FISH检查97例,对两者结... 目的:探讨无创产前基因检测在产前诊断中的临床应用价值及准确性。方法:对2013年5月—2016年5月应用高通量测序对青海地区孕妇外周血浆进行胎儿游离DNA检测,发现无创基因检测阳性者行羊水穿刺性染色体核型分析及FISH检查97例,对两者结果不一致者进行随访。结果:无创基因检测阳性结果中,21-三体42例,经羊水穿刺后确诊假阳性1例,18-三体24例,经羊水穿刺后确诊假阳性6例,13-三体7例,经羊水穿刺后确诊假阳性2例,性染色体异常24例,经羊水穿刺后确诊假阳性7例。无创基因检测的21-三体、18-三体、13-三体、性染色体的准确率分别为97.6%(41/42)、75%(18/24)、57.1%(4/7)、70.8%(17/24)。结论:无创基因检测技术用于胎儿常染色体非整倍体尤其是21-三体检测有较高的准确性,提高了产前筛查与诊断的效价比,但对于其他非整倍体检测还有待进一步提高,且存在一定的假阳性率,必须通过胎儿染色体核型予以验证。 展开更多
关键词 无创基因检测 高通量测序技术 染色体非整倍体
基于高通量测序分析老面中菌群多样性及其对馒头品质的影响 预览
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作者 高静 刘敏 +1 位作者 吴丹丹 周中凯 《中国粮油学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第7期13-19,共7页
以河北(HB)、山西(SX)、山东(SD)和云南(YN)的老面为研究对象,采用高通量测序技术分析4个不同地区老面的菌群组成,并探究菌群对馒头品质的影响。结果表明,4种老面样品中细菌多样性优于真菌多样性,真菌菌门中相对丰度较大的是担子菌门(Ba... 以河北(HB)、山西(SX)、山东(SD)和云南(YN)的老面为研究对象,采用高通量测序技术分析4个不同地区老面的菌群组成,并探究菌群对馒头品质的影响。结果表明,4种老面样品中细菌多样性优于真菌多样性,真菌菌门中相对丰度较大的是担子菌门(Basidiomycota),细菌菌门中相对丰度较大的是厚壁菌门(Firmicutes)。在属水平上,HB、SX和SD样品中以片球菌属(Pediococcus)为主;而YN样品中以乳杆菌属(Lactobacillus)为主;老面中丰富的菌群可改善馒头的质构特性,使馒头内部结构更细腻柔软。 展开更多
关键词 老面 菌群结构 高通量测序技术 质构特性
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应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析巴东地区豆瓣酱中微生物多样性 预览
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作者 赵馨馨 崔梦君 +3 位作者 董蕴 倪慧 单春会 郭壮 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2019年第9期297-303,共7页
为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16 S rRNA及真菌18 S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果3个样品共获得117644条有效序列,... 为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16 S rRNA及真菌18 S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p<0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。 展开更多
关键词 豆瓣酱 高通量测序技术 细菌真菌群落结构 微生物多样性
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