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奉新县猕猴桃溃疡病病原菌鉴定 预览
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作者 鄢明峰 李诚 +4 位作者 王园秀 赵尚高 李帮明 涂贵庆 蒋军喜 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期243-248,共6页
为明确江西省奉新县猕猴桃溃疡病病原菌种类。从该县7个猕猴桃生产基地采集呈典型症状的发病枝条和叶片,采用稀释分离法对其进行病菌分离并作致病性测定,共获得27个致病性细菌菌株。对各菌株进行培养性状、形态特征观察和生理生化测定,... 为明确江西省奉新县猕猴桃溃疡病病原菌种类。从该县7个猕猴桃生产基地采集呈典型症状的发病枝条和叶片,采用稀释分离法对其进行病菌分离并作致病性测定,共获得27个致病性细菌菌株。对各菌株进行培养性状、形态特征观察和生理生化测定,结果与文献中对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae)的描述相吻合。提取各菌株基因组DNA,分别对其16S rDNA和16S-23S rDNA基因片段进行PCR扩增、测序、序列分析和构建系统发育树,结果各菌株16SrDNA和16S-23S rDNA序列长度均为1500bp和280bp,且菌株间序列完全一致。将获得的两段序列利用Blast程序分别在GenBank中进行同源性搜索,发现其与丁香假单胞菌猕猴桃致病变种同源性均为100%。待鉴定菌株在系统发育树上与该变种处于同一分支。根据实验结果,将奉新县猕猴桃溃疡病的病原鉴定为丁香假单胞菌猕猴桃致病变种。 展开更多
关键词 猕猴桃溃疡病 16 SrDNA 16S-23S RDNA 丁香假单胞菌猕猴桃致病变种
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不同心血管危险分层高血压患者肠道菌群多样性分析 预览
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作者 陈维玉 陈扬平 +7 位作者 冯婷 胡兴卫 周风云 路祥麒 张秋霞 张新禄 陈鹏 修建成 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2019年第9期1415-1420,共6页
目的探讨不同心血管危险分层高血压患者中肠道菌群的变化特征及其对心血管事件发生风险的预测价值。方法收集20~85岁的原发性高血压患者85例,根据2018年欧洲高血压指南,将患者分为高血压低中危组、高危组和很高危组,采用16S rDNA高通量... 目的探讨不同心血管危险分层高血压患者中肠道菌群的变化特征及其对心血管事件发生风险的预测价值。方法收集20~85岁的原发性高血压患者85例,根据2018年欧洲高血压指南,将患者分为高血压低中危组、高危组和很高危组,采用16S rDNA高通量测序技术检测各组患者肠道菌群组成及丰度的改变,并分析其与Score评分的相关性。结果不同危险分层的高血压患者,其肠道微生物的α多样性差异没有统计学意义(P > 0.05),相对丰度差异有统计学意义(P < 0.05)。与低中危组相比,很高危组及高危组患者肠道罗斯氏菌和Anaerostipes菌的相对丰度显著降低,而放线菌、瘤胃球菌、毛螺旋菌、嗜胆菌和SMB53在很高危组患者中的相对丰度显著低于高危组和低中危组。此外,通过Spearman相关系数分析发现克雷伯氏菌属和颤螺旋菌属丰度与Score评分呈正相关,而罗斯氏菌属和毛螺旋菌属丰度与Score评分呈负相关(P < 0.05)。结论不同心血管危险分层的高血压患者肠道菌群结构及相对丰度存在显著差异,随着心血管危险程度的提高,患者肠道内益生菌丰度显著降低,提示肠道微生物可能参与高血压疾病进程。 展开更多
关键词 高血压 肠道菌群 危险分层 Score评分 16S RDNA
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脓毒性休克患者肠道微生态变化临床研究
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作者 万有栋 朱瑞雪 +3 位作者 潘新亭 吕韶燕 赵连兴 吴自谦 《中华急诊医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期350-355,共6页
目的对比脓毒性休克患者与健康志愿者的肠道菌群,以明确ICU脓毒性休克患者肠道菌群组成特点。方法采用前瞻性研究方法,选择2015年6月至2016年2月郑州大学第一附属医院重症医学科收治的脓毒性休克患者及同期健康志愿并肠道粪便样本各15例... 目的对比脓毒性休克患者与健康志愿者的肠道菌群,以明确ICU脓毒性休克患者肠道菌群组成特点。方法采用前瞻性研究方法,选择2015年6月至2016年2月郑州大学第一附属医院重症医学科收治的脓毒性休克患者及同期健康志愿并肠道粪便样本各15例,提取菌群DNA进行16S rDNA基因测序,评估肠道菌群组成对临床预后影响.采用香农-威纳指数评估菌群多样性.结果对比健康志愿者,脓毒性休克患者肠道菌群组成变化较大,变形菌门比例变化较为显著,健康志愿者平均相对比例为3.53%,脓毒性休克患者为23.71%,差异有统计学意义(P=0.000 6 );梭杆菌比例也相对增高,健康志愿者平均相对比例为0.12%,脓毒性休克患者为1.27%,但差异无统计学意义(P=0.059)脓毒性休克患者肠道菌群种类较多,本研究鉴別出29种.每个患者肠道菌群组成具有高度个体化分析肠道菌群组成与临床结局之间关系发现,健康志愿者与脓毒性休克患者香农-威纳指数差异无统计学意义(P=0.12),且服用益生菌、使用肠内营养均不能降低院内病死率(P=0.59, P=0.58 )结论脓毒性休克患者肠道菌群组成特点为种群多样性、个体化程度均较高,但也有单个菌属过度繁殖的现象肠道菌群组成马临床结局之间关系需要大样本研究进一步探索. 展开更多
关键词 肠道菌群 脓毒性休克 预后 16S RDNA
不同品种豇豆发酵过程中质构品质变化及产植物细胞壁降解酶微生物种类分析 预览
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作者 厍晓 钱杨 +5 位作者 李娅琳 何鹏晖 蒋珍菊 常伟 龚丽 饶瑜 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第2期1-7,12共8页
以4种不同品种豇豆为研究对象,探究发酵过程中菌群和质构特性变化,分析造成不同品种发酵豇豆软腐的产植物细胞壁降解酶(Plant cell wall degradation enzymes,PCWDEs)微生物的主要种类。采用质构分析仪测定发酵过程中豇豆质构的变化,用... 以4种不同品种豇豆为研究对象,探究发酵过程中菌群和质构特性变化,分析造成不同品种发酵豇豆软腐的产植物细胞壁降解酶(Plant cell wall degradation enzymes,PCWDEs)微生物的主要种类。采用质构分析仪测定发酵过程中豇豆质构的变化,用鉴别培养基筛选产PCWDEs微生物并进行16S rDNA或18S rDNA分子生物学鉴定。结果表明:豇豆品种A(成豇10号)在发酵过程中表现出的质构品质最好,与豇豆品种A相比,豆品种B(红嘴胖豇)、品种C(成豇9号)和品种D(挂面红)的硬度、弹性、咀嚼力下降得更快,尤其是豇豆品种B。对产PCWDES微生物种类分析得知,品种B发酵豇豆中产PCWDEs微生物数量和种类最多且产酶类别多样,微生物分属于肠杆菌属(Enterobacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、粘菌属(Myroides)、泛菌属(Pantoea)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)等属;品种A、品种C、品种D中产PCWDEs微生物及产酶种类较少,仅在品种D中发现产PCWDEs的解鸟氨酸拉乌尔菌(Raoultella ornithinolytica);4种发酵豇豆中均分离得到产蛋白酶的植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和产淀粉酶的异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyces anomalus)。综上所述,不同品种豇豆在发酵过程中微生物群体及质构品质变化具有品种特异性,发酵后期豇豆的软腐与产PCWDEs微生物的种类和数量有关。 展开更多
关键词 发酵豇豆 微生物群落 质构分析 植物细胞壁降解酶 16S RDNA
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葱兰夜蛾幼虫肠道细菌群落结构与多样性分析 预览
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作者 蔡泱莲 黄宽官 +1 位作者 黄俊浩 吴鸿 《浙江林业科技》 2019年第2期7-14,共8页
为明确葱兰夜蛾Brithys crini(Fabricius,1775)幼虫肠道细菌的群落结构和多样性,利用IonS5TMXL高通量测序平台对肠道细菌16S rDNA基因V3-V4变异区进行测序,应用Cutadapt、Uparse等软件整理、统计样品序列数和OUT数,分析肠道细菌的物种... 为明确葱兰夜蛾Brithys crini(Fabricius,1775)幼虫肠道细菌的群落结构和多样性,利用IonS5TMXL高通量测序平台对肠道细菌16S rDNA基因V3-V4变异区进行测序,应用Cutadapt、Uparse等软件整理、统计样品序列数和OUT数,分析肠道细菌的物种组成、丰度和多样性。4个虫体肠道样本测序拼接后,共得273 453条序列和在97%相似度下平均每个样本可聚类为512个OTU数目,总共注释到23门57纲86目168科347属,优势菌群为变形菌门Proteobacteria和厚壁菌门Firmicute。葱兰夜蛾肠道细菌Simpson指数、Shannon指数和Chao1指数分别为0.93~0.98,5.67~6.82和439.57~584.12。结果表明葱兰夜蛾幼虫肠道细菌多样性比较丰富,个体间微生物群落结构和多样性有差异。 展开更多
关键词 葱兰夜蛾 幼虫 肠道细菌 多样性 16S RDNA 高通量
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砖红壤微生物总DNA的提取方法比较 预览
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作者 邓大豪 邓涛 +3 位作者 周游 汪军 杨腊英 黄俊生 《热带农业科学》 2019年第1期47-51,共5页
针对中国南方砖红土壤的特点,通过比较和优化土壤微生物总DNA的提取方法,获得较高质量的DNA,从而进行土壤细菌16S r DNA基因扩增和真菌I TS r DNA基因扩增。结果表明:方法一提取的土壤微生物DNA受到腐殖质等影响无法进行基因扩增;方法... 针对中国南方砖红土壤的特点,通过比较和优化土壤微生物总DNA的提取方法,获得较高质量的DNA,从而进行土壤细菌16S r DNA基因扩增和真菌I TS r DNA基因扩增。结果表明:方法一提取的土壤微生物DNA受到腐殖质等影响无法进行基因扩增;方法二提取的DNA可以进行土壤微生物基因组16S r DNA基因扩增,提取时间大大减少,但无法进行I TS r DNA基因扩增;方法三提取的DNA质量最好,可以进行细菌16S r DNA和真菌I TS r DNA基因组扩增。 展开更多
关键词 土壤微生物 DNA提取 16SrDNA ITSrDNA
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磷矿区高效解磷菌的分离鉴定及其碱性磷酸酶的克隆表达 预览
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作者 宁清 刘迪 +3 位作者 靳翔 弓亚杰 薛智权 吕建华 《山西农业科学》 2019年第11期1974-1979,共6页
为了从磷矿区土壤分离高效溶磷菌,为开发施用于矿区复垦的高效微生物解磷菌肥提供试验基础,利用磷酸钙培养平板筛选磷矿区土壤中的解磷菌,采用PCR法扩增16S rDNA序列进行鉴定,探讨不同碳源、氮源、起始pH值和温度下菌株的生长情况,另外... 为了从磷矿区土壤分离高效溶磷菌,为开发施用于矿区复垦的高效微生物解磷菌肥提供试验基础,利用磷酸钙培养平板筛选磷矿区土壤中的解磷菌,采用PCR法扩增16S rDNA序列进行鉴定,探讨不同碳源、氮源、起始pH值和温度下菌株的生长情况,另外还进一步克隆表达该菌株的碱性磷酸酶。结果显示,经筛选得到1株高活性的解磷菌,16S rDNA鉴定其为成团泛生菌(Pantoea agglomerans);该菌株最佳碳源为甘油、氮源为NH4Cl类无机氮,起始pH值为9,培养温度为33℃;在最适培养条件下,有效溶磷量达到了287.48 mg/L;成功克隆了该菌株中的碱性磷酸酶基因,并在大肠杆菌中实现了异源表达,重组菌裂解液活性为原始菌株裂解液的32.77倍。分离得到的菌株及重组表达的碱性磷酸酶在矿区复垦、农业种植和工业上均具有广泛的应用前景。 展开更多
关键词 解磷菌 NBRIP平板筛选 钼锑抗法 碱性磷酸酶 16S RDNA
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保温发酵鱼露中细菌群落的16S rDNA分子生态分析 预览
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作者 王香君 段杉 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第12期112-119,127共9页
本文通过对细菌16S rDNA V4区进行高通量测序,并结合实时荧光定量PCR法(FQ-PCR)研究35℃发酵条件下鱼露的细菌群落多样性。研究发现发酵初期细菌数量快速下降,到后期数量基本保持稳定。鱼露中细菌群落组成复杂,在测序得到的所有细菌OTU... 本文通过对细菌16S rDNA V4区进行高通量测序,并结合实时荧光定量PCR法(FQ-PCR)研究35℃发酵条件下鱼露的细菌群落多样性。研究发现发酵初期细菌数量快速下降,到后期数量基本保持稳定。鱼露中细菌群落组成复杂,在测序得到的所有细菌OTUs中共注释出37个门、238个属,但有50%左右的OTUs未能注释到属。发酵8个月后,继续增加发酵时间,鱼露中的细菌组成变化不明显。在门的水平上,在鱼露发酵的各个阶段中细菌主要分布在变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);在属分类的水平上,优势菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、不动菌属(Acinetobacter)等。发酵前2个月,优势菌是嗜冷杆菌属(Psychrobacter,23.39%)、链球菌属(Streptococcus,5.34%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.05%),发酵12个月时,主要优势菌中变形菌门中以链球菌属(Streptococcus,3.62%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.23%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,1.20%)为主,而厚壁菌门以不动菌属(Acinetobacter,9.14%)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter,8.77%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.78%)为主,其中耐盐和嗜盐的乳酸菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)等。 展开更多
关键词 16S RDNA 鱼露 保温发酵 细菌群落 乳酸菌
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传统发酵宫面面团微生物菌群结构研究 预览
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作者 刁翠茹 韩建强 +3 位作者 张玉荣 张栓波 李祥 王浩 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2019年第11期200-204,共5页
以河北石家庄玉桥传统发酵宫面面团为研究对象,利用16SrDNA测序和18SrDNA测序技术研究面团中微生物菌群的多样性,测序结果显示,宫面面团样品中细菌主要有:魏斯氏菌(Weissella)、发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、乳酸乳球菌(Lactoc... 以河北石家庄玉桥传统发酵宫面面团为研究对象,利用16SrDNA测序和18SrDNA测序技术研究面团中微生物菌群的多样性,测序结果显示,宫面面团样品中细菌主要有:魏斯氏菌(Weissella)、发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)、棉籽糖乳球菌(Lactococcus raffinolactis)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)和一些不能培养的细菌(Uncultured Bacterium);面团中含有的酵母菌主要有:热带假丝酵母(Candida tropicalis)、异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyces anomalus)、东方伊萨酵母(Issatchenkia orientalis)和一些不能培养的酵母(Uncultured saccharomycete)。另外,对宫面面团中的乳酸菌和酵母菌进行了平板划线分离鉴定,鉴定得到发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)、异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyce sanomalus)和东方伊萨酵母(Issatchenkia orientalis)。 展开更多
关键词 宫面面团 16SrDNA 18SrDNA 细菌 酵母菌
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高发性拟穴青蟹细菌病的病原分离及鉴定 预览
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作者 孙丽慧 李倩 +1 位作者 蒋荣响 林锋 《湖北农业科学》 2019年第2期96-99,共4页
从患病拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肝胰腺中分离到2种优势菌株,对2种优势菌株进行了鉴定和特性分析。利用形态学观察、生理生化特性分析和16S r DNA序列测定法对细菌类别进行判定,并采用药敏试验对细菌的耐药性进行分析。结果表明,这... 从患病拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肝胰腺中分离到2种优势菌株,对2种优势菌株进行了鉴定和特性分析。利用形态学观察、生理生化特性分析和16S r DNA序列测定法对细菌类别进行判定,并采用药敏试验对细菌的耐药性进行分析。结果表明,这2种细菌分别为弧菌(Vibrio sp.)和希瓦氏菌(Shewanella),利用15种抗生素对2种细菌进行药敏试验分析,发现2种细菌对恩诺沙星、氟苯尼考、强力霉素高度敏感,对其他几种抗生素则有一定的耐受性。研究进一步证实了海水致病性弧菌是拟穴青蟹细菌性疾病高发的主要原因,也表明希瓦氏菌可能是一种潜在病原菌,与弧菌协同作用,对拟穴青蟹规模化养殖造成危害,同时也为拟穴青蟹养殖过程中细菌性病害的确定和防治提供参考依据。 展开更多
关键词 拟穴青蟹(Scylla paramamosain) 弧菌(Vibrio sp.) 希瓦氏菌(Shewanella) 16S rDNA 药敏试验
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舌苔细菌PCR-DGGE分析条件的建立与优化
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作者 方玲 夏永军 +2 位作者 刘罡 艾连中 熊智强 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2019年第7期793-799,共7页
目的针对口腔舌苔细菌16S rDNA序列进行变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)适用序列的筛选及电泳条件的优化。方法以DGGE图谱的高分辨率为指标,选择舌苔细菌DGGE分离最适的16S rDNA高变区、电泳电压和电... 目的针对口腔舌苔细菌16S rDNA序列进行变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)适用序列的筛选及电泳条件的优化。方法以DGGE图谱的高分辨率为指标,选择舌苔细菌DGGE分离最适的16S rDNA高变区、电泳电压和电泳时间,并采用优化的条件分析健康青年人舌苔细菌群落的分布。结果舌苔细菌16S rDNA V3高变区引物序列能获得更加丰富清晰的DGGE条带;基于该区,当变性剂浓度为30%~60%、电泳温度60℃、电压60 V和电泳时间14 h时能得到分辨率最佳的DGGE图谱。运用此优化条件对12个样本舌苔细菌群落的分析表明,舌苔微生物主要由厚壁菌门、梭杆菌门、拟杆菌门和变形菌门等组成。优化后的DGGE技术对舌苔细菌多样性的分析具有准确性、灵敏性和可重复性。结论DGGE图谱显示,不同分析条件对图谱类型和细菌多样性指数均有所差异。利用优化的DGGE条件能有效分离舌苔细菌16S rDNA V3区序列,为口腔微生物群落结构分析提供可靠的技术支持,也为其他不同生态细菌的多样性分析提供参考。 展开更多
关键词 PCR-DGGE 舌苔细菌 16S RDNA 条件优化
西北地区马铃薯疮痂病病原菌鉴定及其生物学特性
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作者 聂峰杰 陈虞超 +3 位作者 巩檑 甘晓燕 徐利敏 宋玉霞 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期611-617,共7页
为明确西北地区马铃薯疮痂病病原菌的种类和生物学特性,分别采用常规组织分离法和土壤混悬液分离法从宁夏、陕西和甘肃3个省区采集的29份疮痂病发病薯块和8份发病地块土壤中进行病原菌分离,并利用形态特征、生理生化特性和16S rDNA序列... 为明确西北地区马铃薯疮痂病病原菌的种类和生物学特性,分别采用常规组织分离法和土壤混悬液分离法从宁夏、陕西和甘肃3个省区采集的29份疮痂病发病薯块和8份发病地块土壤中进行病原菌分离,并利用形态特征、生理生化特性和16S rDNA序列分析对病原菌进行鉴定。结果表明,从发病薯块和发病土壤中共分离到50株链霉菌Streptomyces spp.,通过回接法验证获得6株马铃薯疮痂病致病菌株。6株致病菌株的培养特性和形态特征差别较大;其中菌株G4-1、G9和SYN13不能以果糖和木糖为单一碳源,菌株SYNT3不能以棉子糖为单一碳源;除菌株NLG4-1外,其余5株菌株均能在络氨酸琼脂培养基上产生黑色素。经16S rDNA序列分析,菌株G4-1、G9与疮痂病链霉菌S.scabiei的相似率分别达99.47%和99.34%,菌株NLG4-1、SYNT3与S.enissocaesilis的相似率分别达97.90%和98.18%,菌株GBH2与加利利链霉菌S.galilaeus的相似率达99.93%,菌株SYN13与S.turgidiscabies的相似率达97.56%,表明西北地区马铃薯疮痂病病原菌至少存在4个种。 展开更多
关键词 马铃薯疮痂病 链霉菌 病原菌鉴定 16S RDNA
一株抗辣椒疫霉的根际细菌CRJ-9的筛选、鉴定及防治效果研究 预览
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作者 程睿君 原晨虹 +3 位作者 成巨龙 张家韬 陈国参 安德荣 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期83-89,共7页
为了发掘出抗辣椒疫霉(Phytophthora capsici)的根际细菌,丰富我国有益微生物菌种资源库。本试验从高发病试验田采集健康辣椒根际土壤样品30份,经过稀释涂布、划线培养、病原菌定向筛选后得到对辣椒疫霉有明显拮抗活性且具有良好广谱抑... 为了发掘出抗辣椒疫霉(Phytophthora capsici)的根际细菌,丰富我国有益微生物菌种资源库。本试验从高发病试验田采集健康辣椒根际土壤样品30份,经过稀释涂布、划线培养、病原菌定向筛选后得到对辣椒疫霉有明显拮抗活性且具有良好广谱抑菌能力的根际细菌CRJ-9。试验结果显示:CRJ-9发酵液的抑菌带宽度为(20.83±0.62)mm,抑制率可达到90%左右。利用16S rDNA联合gyrB基因序列鉴定CRJ-9为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。通过温室盆栽试验,结果显示在施药7和14 d后,CRJ-9发酵液对辣椒疫病的相对防治效果分别为81.28%和79.91%,与烯酰吗啉的防治效果差异不显著,说明解淀粉芽孢杆菌CRJ-9能够有效控制辣椒疫病的发生和蔓延,具有极大的应用潜能。 展开更多
关键词 辣椒疫霉 根际细菌 16S RDNA GYRB 解淀粉芽孢杆菌
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大鲵源杀鲑气单胞菌的分离鉴定及药敏试验
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作者 郑松坤 高书伟 +5 位作者 李声平 陈梦飞 王俊维 牛树辉 李中军 高小蝉 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第11期11-16,178-179共8页
为了查明2016年3月份河南省洛阳市某大鲵(Andrias davidianus)养殖厂发生大规模疫病的原因,试验采用平板划线法从患病大鲵中分离细菌,结合革兰氏染色镜检、透射电镜观察、16S rDNA序列分析及遗传进化树构建对其进行鉴定,并对代表株进行... 为了查明2016年3月份河南省洛阳市某大鲵(Andrias davidianus)养殖厂发生大规模疫病的原因,试验采用平板划线法从患病大鲵中分离细菌,结合革兰氏染色镜检、透射电镜观察、16S rDNA序列分析及遗传进化树构建对其进行鉴定,并对代表株进行生长曲线的测定及人工感染试验以鉴定其致病性,最后进行药敏试验测定水产常用药物的抑菌效果。结果表明:从大鲵组织中共分离出5株细菌,编号为HN1~HN5,均为革兰氏阴性短杆菌,且有一根鞭毛;5株细菌与杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)序列的相似度高达99%,为同种菌株,鉴定其均为杀鲑气单胞菌;代表株HN3菌株与杀鲑气单胞菌LMG 22214株(NR115351.1)同源性最高;HN3菌株在培养6h后进入对数生长期,42h后进入稳定期;HN3菌株为大鲵的病原菌,且对甲砜霉素和恩诺沙星极度敏感,对氟苯尼考、复方新诺明、多西环素高度敏感,对磺胺二甲氧嘧啶钠等4种药物中度敏感,对磺胺间甲氧嘧啶钠等3种药物有耐药性。 展开更多
关键词 大鲵 杀鲑气单胞菌 病原菌 药敏试验 16S RDNA
5株塔克拉玛干沙漠蓝藻的形态学与分子生物学鉴定
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作者 古扎丽阿依·牙生 库热西·马木提汗 艾山江 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2019年第19期6525-6529,共5页
蓝藻(Cyanobacteria)是地球上生存最古老,形态结构较简单的一类原核生物。目前藻类研究比较集中于淡水藻与海洋藻类,关于塔克拉玛干沙漠蓝藻的生物学鉴定研究尚未报道。本研究以从塔克拉玛干沙漠中分离,纯化的5株藻种为样品进行显微结... 蓝藻(Cyanobacteria)是地球上生存最古老,形态结构较简单的一类原核生物。目前藻类研究比较集中于淡水藻与海洋藻类,关于塔克拉玛干沙漠蓝藻的生物学鉴定研究尚未报道。本研究以从塔克拉玛干沙漠中分离,纯化的5株藻种为样品进行显微结构观察与16S核糖体RNA基因(16S rDNA)序列分析。结果表明:5株藻细胞均为丝状,呈蓝绿色,除了藻种Y4外,其他藻种都有明显的分节点。从同源性分析结果来看,5株藻种均属于蓝藻纲(Cyanophyceae)的颤藻目(Osillatoriales),其中藻种Y1、Y2、Y3与鞘丝藻属(Leptolyngbya)的亲缘关系很近,藻种Y4与浮丝藻属(Planktothrix)、Y5与颤藻属(Oscillatoria)的亲缘关系比较近。该研究为沙漠蓝藻种类遗传多样性与生物学功能研究方面提供有利的理论依据。 展开更多
关键词 沙漠蓝藻 16S RDNA 形态结构
龟源弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定及药敏特性研究 预览
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作者 白杰 周美红 +3 位作者 胡秀彩 吕爱军 叶明皓 孙敬锋 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期798-803,共6页
为探明患病巴西龟Trachemys scripta elegans的病原及其生物学特征,从病龟体内分离获得1株革兰氏阴性细菌,编号为TC-1,采用PCR方法扩增16S rDNA、gyrB基因序列,将其亚克隆到pMD18-T载体中测序获得片段大小分别为1503 bp、989 bp,与GenB... 为探明患病巴西龟Trachemys scripta elegans的病原及其生物学特征,从病龟体内分离获得1株革兰氏阴性细菌,编号为TC-1,采用PCR方法扩增16S rDNA、gyrB基因序列,将其亚克隆到pMD18-T载体中测序获得片段大小分别为1503 bp、989 bp,与GenBank中模式菌株弗氏柠檬酸杆菌Citrobacter freundii序列相似性分别为99.60%、98.80%;系统进化树分析显示,分离菌株与C.freundii自然聚为一支,最终鉴定分离菌株TC-1为弗氏柠檬酸杆菌;药敏试验显示,TC-1菌株对头孢哌酮、头孢他啶、萘啶酸、诺氟沙星、左氟沙星、四环素、氟苯尼考和亚胺培南等药物敏感,对阿莫西林、头孢氨苄、磺胺异恶唑和复方新诺明等耐药;人工回归感染试验显示,TC-1菌株对巴西龟有致病性,并与自然发病龟的临床症状基本一致。本研究结果可为龟类弗氏柠檬酸杆菌的分子诊断及防治提供参考依据。 展开更多
关键词 巴西龟 弗氏柠檬酸杆菌 16S rDNA gyrB基因 药敏试验
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儿童脓毒症与肠道菌群失调的相关性研究
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作者 杜白露 莫茜 +2 位作者 陶悦 李璧如 曹清 《中国小儿急救医学》 CAS 2019年第9期656-661,共6页
目的通过对比脓毒症患儿和健康儿童的肠道菌群组成之间的差异,探讨肠道菌群变化与脓毒症发生发展的关系。方法18例脓毒症患儿和6例健康儿童的粪便标本,经过基因组提取,对16S rDNA基因V4区进行扩增,构建小片段文库,进行高通量测序,下机... 目的通过对比脓毒症患儿和健康儿童的肠道菌群组成之间的差异,探讨肠道菌群变化与脓毒症发生发展的关系。方法18例脓毒症患儿和6例健康儿童的粪便标本,经过基因组提取,对16S rDNA基因V4区进行扩增,构建小片段文库,进行高通量测序,下机数据经过生物信息学处理得到有效序列。比较两组间肠道菌群物种多样性、组成上的差异,寻找脓毒症患儿肠道菌群中显著变化的物种。结果脓毒症组的操作分类单元较健康对照组显著减少(P=0.001),两组之间的生物多样性和丰度上存在显著差异(P<0.05);两组之间存在差异物种,其中假单胞菌目、肉杆菌科和苛氧颗粒链菌在脓毒症患儿肠道内富集,而巴斯德菌科、瘤胃球菌属、罗氏乳杆菌和Anaerostipes_butyratucus在健康儿童肠道内富集;另外,苛养颗粒链菌在脓毒症患儿肠道内特征性存在(P<0.001)。结论脓毒症患儿肠道菌群在物种组成和多样性上与健康儿童存在显著差异,脓毒症患儿肠道内显著改变的差异菌可能参与脓毒症的发生发展。 展开更多
关键词 脓毒症 肠道菌群 16S RDNA 儿童
富硒短小芽孢杆菌D1-019的筛选与鉴定 预览
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作者 孙毓 肖益新 +3 位作者 张冉 王成华 刘小玲 赵谋明 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第14期130-137,共8页
将无机硒耐受性筛选和"红硒法"筛选相结合,经过4轮筛选,从前期分离的119株来源于鸭食的菌株中,筛选到1株富硒菌株D1-019。基于菌落形态观察、革兰氏染色、16SrDNA序列分析和系统发育树分析,D1-019菌株被鉴定为益生菌短小芽孢... 将无机硒耐受性筛选和"红硒法"筛选相结合,经过4轮筛选,从前期分离的119株来源于鸭食的菌株中,筛选到1株富硒菌株D1-019。基于菌落形态观察、革兰氏染色、16SrDNA序列分析和系统发育树分析,D1-019菌株被鉴定为益生菌短小芽孢杆菌。采用正交试验设计方法,获得的最佳富硒条件为培养基初始pH5,30℃培养48h,培养6 h时加入质量浓度为20μg/mL的亚硒酸钠。在该富硒条件下,短小芽孢杆菌D1-019对培养基中亚硒酸钠的转化率为100%,菌体有机硒含量为(1 327±113)mg/kg,优于已报道富硒微生物。结果表明,短小芽孢杆菌D1-019有潜力开发成为一个可应用于食品领域的新富硒益生菌源。 展开更多
关键词 短小芽孢杆菌 有机硒 富硒 益生菌 亚硒酸钠 16S RDNA
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MALDI-TOF MS与16S rDNA方法对弧菌科微生物的鉴定与系统分类学分析 被引量:1
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作者 何江 朱军 +3 位作者 胡双双 聂国嫒 杨庆贵 孙立新 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2019年第7期836-840,共5页
目的比较基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)与16S rDNA方法对弧菌科微生物的鉴定及系统分类学分析能力。方法对19株弧菌科微生物,采用MALDI-TOF MS进行蛋白质图谱采集,通过对特征峰的分析,实现对微生物的鉴定和系统分类... 目的比较基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)与16S rDNA方法对弧菌科微生物的鉴定及系统分类学分析能力。方法对19株弧菌科微生物,采用MALDI-TOF MS进行蛋白质图谱采集,通过对特征峰的分析,实现对微生物的鉴定和系统分类学分析;同时对19株微生物进行16S rDNA测序,用邻接法对16S rDNA序列进行鉴定和系统分类学分析,比较两种方法在弧菌科微生物鉴定和系统分类学分析中的异同。结果两种方法对19株弧菌科微生物的种属鉴定结果一致。系统分类学分析中,多株同种属的弧菌的两种方法分析结果一致,但对拟态弧菌和霍乱弧菌在树状图中的位置和亲缘关系,两种方法差异较大。结论MALDI-TOF MS与16S rDNA均能够快速准确地鉴定弧菌科微生物,但利用MALDI-TOF MS进行系统分类学分析还有待数据库的扩大及算法的优化。 展开更多
关键词 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 16S RDNA 弧菌科微生物 鉴定 系统分类学分析
泽泻对高脂高糖饮食大鼠肠道菌群多样性的影响
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作者 李丽莎 徐小妹 +3 位作者 卢雪花 张亚敏 林文津 徐榕青 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期396-401,共6页
目的研究泽泻对高脂高糖饮食大鼠的降血脂作用与肠道菌群多样性的相关性,并测定高脂高糖饮食大鼠肠道菌群丰度与多样性的变化。方法将32只健康雄性SD大鼠随机分成正常组(control group,CON)、高脂高糖模型组(high-fat and high-sucrose ... 目的研究泽泻对高脂高糖饮食大鼠的降血脂作用与肠道菌群多样性的相关性,并测定高脂高糖饮食大鼠肠道菌群丰度与多样性的变化。方法将32只健康雄性SD大鼠随机分成正常组(control group,CON)、高脂高糖模型组(high-fat and high-sucrose diet group,HFS)、高脂高糖饲料加二甲双胍干预组(metformin treatment group,MET)和高脂高糖饲料加泽泻醇提取物干预组(Alisma orientale extract group,AOE)。每组8只,造模4周后分别灌胃给予相应药物,连续4周。CON组和HFS组灌胃给予生理盐水。检测血清TC、TG、LDL-C及HDL-C水平及其他指标,提取肠道菌群总DNA,分析肠道微生物的变化。结果 HFS组的TC、LDL-C水平明显高于CON组(Ps<0.05),给药4周后,AOE组TC、LDL-C水平均显著性降低(Ps<0.05)。高通量测序结果显示,AOE组中与脂质代谢、多聚糖生物合成与代谢相关的肠道菌群多样性及丰度增加显著,肠道菌群的生态环境得以改善,形成了新的肠道菌群稳态。结论泽泻醇提取物可以有效降低高脂高糖饮食大鼠的血脂水平,对其肝脏具有保护作用。泽泻醇提取物也能通过改变肠道菌群的丰度、多样性和功能类群等靶标进行脂质代谢调节。 展开更多
关键词 泽泻 肠道菌群 高脂血症 16S RDNA
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